Glycan Profilering av Plant Cell Wall Polymers med Mikromatriser

Published 12/17/2012
0 Comments
  CITE THIS  SHARE 
Biology

Your institution must subscribe to JoVE's Biology section to access this content.

Fill out the form below to receive a free trial or learn more about access:

Welcome!

Enter your email below to get your free 10 minute trial to JoVE!





By clicking "Submit", you agree to our policies.

 

Summary

En teknikk som kalles

Cite this Article

Copy Citation

Moller, I. E., Pettolino, F. A., Hart, C., Lampugnani, E. R., Willats, W. G., Bacic, A. Glycan Profiling of Plant Cell Wall Polymers using Microarrays . J. Vis. Exp. (70), e4238, doi:10.3791/4238 (2012).

Please note that all translations are automatically generated.

Click here for the english version. For other languages click here.

Abstract

Plant celleveggene er komplekse matriser av heterogene glykaner som spiller en viktig rolle i fysiologi og utvikling av planter og gi råstoff for menneskelige samfunn (for eksempel tre, papir, tekstiler og biobrensel industri) 1,2. Men, forstå biosyntesen og funksjon av disse komponentene forblir utfordrende.

Cellevegg glykaner er kjemisk og conformationally mangfoldig på grunn av kompleksiteten i deres byggeklosser, de glykosyl rester. Disse danner bindinger ved flere posisjoner og skiller seg i ringstruktur, isomerisk eller anomere konfigurasjon, og i tillegg er substituert med en rekke ikke-sukkerrester. Glycan sammensetningen varierer i forskjellige celle-og / eller vevstyper eller selv sub-domener av en enkelt celle vegg 3. Videre er deres sammensetning også modifisert under utviklingen 1, eller i respons til miljømessige signaler 4.

I exsessen av 2000 gener har er Plant celleveggene komplekse matriser av heterogene glykaner blitt spådd å være involvert i celleveggen glycan biosyntese og modifikasjon i Arabidopsis 5. Imidlertid har relativt få av biosyntetiske gener blitt funksjonelt karakterisert 4,5. Omvendt genetikk tilnærminger er vanskelig fordi genene er ofte forskjellig uttrykk, ofte på lave nivåer, mellom celletyper 6. Dessuten er mutant studier ofte hindret av genet redundans eller kompenserende mekanismer for å sikre hensiktsmessig celleveggen funksjon opprettholdes 7. Dermed nye tilnærminger for å raskt karakterisere det varierte utvalget av sukkerkjedene strukturer og legge til rette funksjonell genomikk tilnærminger til forståelse celleveggen biosyntese og modifikasjon.

Monoklonale antistoffer (mAbs) 8,9 har dukket opp som et viktig verktøy for å bestemme glycan struktur og distribusjon i planter. Disse gjenkjenner distinct epitoper til stede innenfor store klasser av plante cellevegg glykaner, inkludert pectins, xyloglucans, xylans, mannans, glukaner og arabinogalactans. Nylig bruken har blitt utvidet til store screening eksperimenter for å bestemme den relative overflod av glykaner i et bredt spekter av anlegg og vevstyper samtidig 9,10,11.

Her presenterer vi en microarray-baserte glycan screening metode som kalles Omfattende Microarray Polymer Profiling (CoMPP) (figur 1 og 2) 10,11 som gjør at flere prøver (100 sek) skal skjermes ved hjelp av en miniatyrisert microarray plattform med redusert reagens og prøvevolumer. Spot signaler på microarray kan bli formelt kvantifisert å gi semi-kvantitative data om glycan epitop forekomst. Denne tilnærmingen er godt egnet til å spore endringer i sukkerkjedene komplekse biologiske systemer 12 og gir en global oversikt over celleveggen preparat spesielt når forkunnskaper of dette er utilgjengelig.

Protocol

1. Tissue Collection og klargjøring

  1. Samle 100 mg frisk vekt plantemateriale (minimum 10 mg tørrvekt) i minst tre eksemplarer for hvert vev av interesse. Følgende trinn beskriver fremstillingen av celleveggen materiale fra vegetative vev. I tilfelle av lagring vev, er un-ettersøkte stivelse enzymatisk fjernes før fortsetter med utvinning av cellevegg polymerer som tidligere beskrevet 13.
  2. Homogenisere prøvene til et fint pulver med flytende nitrogen ved hjelp av en Qiagen TissueLyser II, med 24 Röradapter sett og 3 mm wolframkarbid perler (30 Hz, 2 x 30 sek). Alternativt om bare noen få eksempler blir behandlet, en morter brukt.
  3. Overfør homogenater inn i 10 ml plast koniske rør.
  4. Forbered cellevegg materiale ved vasking av homogenater i 10 ml 80% v / v etanol ved RT og virvling kraftig i 2 min.
  5. Sentrifuger prøver på 3500 xg og kast supernatanten. Gjenta 70% etanol vasker minst tre ganger eller inntil supernatanten er klart, særlig for vev inneholder klorofyll.
  6. Utføre en siste vask med 100% aceton og la pellets som inneholder alkohol Uløselig Rester (AIR) til luft-tørke over natten.
  7. Sil luftprøver med en 0,4 mm 2 mesh for å oppnå en fin, homogen pulver og å fjerne større, dårlig bakken partikler som gang igjen i homogenatet.
  8. Veie 10 mg luftprøve inn mikrorør, som hver inneholder en 3 mm glassperle for å hjelpe den blanding av prøver.

2. Utvinning av cellevegg glykaner

  1. Pektiner og polymerer assosiert med pektiner er ekstrahert fra prøvene ved å tilsette 500 ul av 50 pM CDTA (pH 7,5) til hver prøve.
  2. Kort vortex rørene for å sikre at oppløsningsmidlet er i kontakt med prøvematerialet og deretter blande med TissueLyser i 3 timer ved 8 Hz.
  3. Sentrifuger prøver på 12000 xg, nøye remove supernatantene og oppbevar ved 4 ° C.
  4. Vask pellets i 1 ml av de-ionisert vann for å fortynne og fjerne eventuelle gjenværende oppløsningsmiddel, Vortex og sentrifuger ved 13.000 x g.. Gjenta dette trinnet uten å forstyrre pelleten og fjerne all væske fra rørene før du går videre til neste trinn.
  5. Kryssbinding glykaner er sekvensielt ekstrahert fra den gjenværende celleveggen pellet med 500 pl av 4M NaOH med 0,1% w / v NaBH4, ved bruk av samme fremgangsmåte som er beskrevet i trinn 2.1 til 2.4 for CDTA utvinning. NaBH 4 er tilsatt for å redusere aldehyd (eller keto) gruppe ved den reduserende ende av polysakkaridene til en alkohol og dermed hindre basen peeling av polysakkarider.
  6. Etter sentrifugering blir supernatantene igjen fjernet, lagret ved 4 ° C, og pelletene vasket to ganger i avionisert vann før man går videre til neste ekstraksjon.
  7. Som et valgfritt trinn, blir gjenværende polymerer, som cellulose ekstrahert med 500 pl cadoxen (31% v / v 1,2-diaminoethane med 0,78 M CdO) ved hjelp av samme fremgangsmåte som beskrevet i trinn 2.1 til 2.4. Alternativt kan absolutt cellulosic innhold i gjenværende pellets bestemmes ved hjelp Acetic / Nitric analyser (se diskusjon).

3. Skrive ut Mikromatriser

  1. Sentrifuger supernatanter inneholder ekstrakt cellevegg polymerer på 13000 xg å fjerne eventuelle partikler.
  2. Last 50 ul av hver prøve til en polypropylen 384 godt mikrotiterplate bruker en pre-designet egendefinert oppsett hvor prøvene er ordnet etter vevstype og utvinning type.
  3. Fortynn celleveggen polymerprøven i en 0, 5 og 25 × seriefortynning serie med avionisert vann.
  4. Parametere som pin høyde, innsamling og holdetid, og vasketrinnene er satt på programvare styrer microarrayer.
  5. Fuktigheten av utskrift kammeret reguleres ved 60% for å hindre prøven fordampning.
  6. Utskriftsjobben startes med LabNEXT software og et program som svarer til microarray layout.
  7. Roboten bruker kapillarkanalen kartnålene å skrive løsninger fra prøveplate på 20 x 20 cm nitrocellulosemembran som er festet til en flat plate i maskinen. Hver flekk på matrisen inneholder 15 nl av løsning og er trykket i triplikat.
  8. Identiske microarrays skrives ved siden av hverandre på membranen og kutt i enkelte arrays etter at jobben er fullført.
  9. I hvert forsøk oppstillingene kan modifiseres for å tilpasses flere eller færre prøver, fortynninger eller replikater.

4. Sondering av glycan Mikromatriser

  1. Etter trykking, blokkere enkelte mikromatriser i 5% w / v skummetmelkpulver oppløst i fosfatbufret saltvann (mpbs) ved romtemperatur i 2 timer for å redusere ikke-spesifikk binding.
  2. Probe microarrays med monoklonale antistoffer spesifikke for celle-vegg glycan epitoper i 2 timer i mpbs. Flertallet av monoklonale Antibodies mot cellevegg glykaner er kommersielt tilgjengelig fra tre selskaper; Biosupplies ( www.biosupplies.com.au ), Carbosource Services ( www.carbosource.net ) og PlantProbes ( www.plantprobes.net ).
  3. Ta med en negativ kontroll, en microarray inkubert med bare mpbs og ingen primære antistoff.
  4. Vask mikromatriser 3 ganger i fosfatbufret saltløsning (PBS) i 5 min for å fjerne ikke-spesifikk binding.
  5. Undersøke microarrays med sekundær antistoff konjugert til pepperrot peroksidase (HRP) i mpbs for 2 hr. Mest monoklonale antistoffer mot cellevegg glykaner krever anti-mus eller anti-rotte sekundære antistoffer.
  6. Gjenta vasketrinnene 3 ganger med PBS-buffer i 5 min for å fjerne ikke-spesifikk binding.
  7. Utvikle microarrays med kromogent (3,3-Diaminobenzidine) eller chemiluminecent (luminol) underlag.

5. Kvantifisering

  1. Etter utvikling, skanne de enkelte microarrays med en høy oppløsning (1200 dpi) desktop skanner og lagrer bildene som negative, 16-bits TIFF-filer (Figur 3).
  2. Beregn integralet intensiteten av hver spot med Xplore bildebehandling (LabNEXT) utstyrt med en automatisert grid verktøyet. Integralet flekk intensitet er avledet fra summen av piksler i ruteområdet omgir hver flekk.
  3. Rutenettet data for hver microarray eksporteres som en txt-fil og kan manuelt importeres til et Excel-regneark for analyse. Et nettbasert verktøy ( http://microarray.plantcell.unimelb.edu.au/ ) har blitt utviklet for å automatisk oversette og behandle data fra individuelle txt filer.
  4. Integralet sted intensitet i snitt utskriften replikeres og fortynninger å få en "gjennomsnittlig stedintensitet 'verdi for hver prøve (Figur 2). Alternativt, SPOT signaler som svarer til bare en fortynning verdi på matrisen brukes til å kvantifisere den relative glykan epitopen overflod for hver prøve.
  5. De relative gjennomsnittlige spot-intensiteter mellom forskjellige prøver blir presentert som en heatmap (figur 4) med betinget formatering i Excel eller online heatmapper verktøy ( http://bar.utoronto.ca/welcome.htm ). Dataene for hvert antistoff type er korrigert til 100 og en 5% grenseverdi er pålagt å fjerne bakgrunnssignalet og falske positiver.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Representative Results

Den relative overflod av glykaner i seks vevstyper (anther filamenter, pollen, eggstokker, kronblad, begerblad og stigma) fra Nicotiana Alata blomster ble fastsatt ved hjelp CoMPP. Fig. 3A viser et representativt microarray som har blitt analysert med mAb JIM5 spesifikk for delvis (lav) metylforestringsgrad homogalacturonan (HG), en epitop som forekommer på pektinstoffer polysakkarider 14. Den JIM5 epitop er oppdaget i CDTA ekstrakter av alle blomst vev er imidlertid høyest i pollen og lavest i stigmatic vev (figur 3A og 4A). Interessant er JIM5 epitopen også påvist i NaOH ekstrakter i pollen, men ikke i andre vev (Figur 3A).

Kvantitativ informasjon om forekomsten av en glykan av interesse oppnås ved å inkludere en serie av renset polysakkarider som interne standarder på microarray (figur 3B). Integrert flekk intensiteten av ekstrakter av forskjellige t problemer probet med mAb JIM5 er tilpasset til de forenklede signalene avledet fra en seriell fortynning av homogalacturonan (25% grad av metyl forestring, DE). I eggstokk vev, var ca 157 ug homogalacturonan inneholder JIM5 epitopen stede i hver prøve, utgjør omtrent 1,5% (vekt) av totale cellevegg rester (figur 3C). Mens 625 ug homogalacturonan inneholder JIM5 epitopen var til stede i pollen vev som står for omtrent 6,25% (vekt) av totalt cellevegg rester.

Den relative overflod av 15 sukkerkjedene epitoper er oppsummert som en heatmap i figur 4 der intensiteten av fargefelter er proporsjonal med justerte gjennomsnittlige flekk intensitet for hver prøve. En billedlig fremstilling av disse dataene er også illustrert i figur 5 og tillater oss å raskt tolke forskjeller i glycan epitop forekomst mellom de ulike blomst vev.

ontent "> Våre resultater tyder på at enkelte sukkerkjedene epitoper er unikt fordelt blant N. Alata blomst vev. For eksempel er LM13 epitop (lineære (1-5)-α-L-arabinan 15) mest tallrike i anther filamenter og Sepal vev i forhold til andre vev (figur 5D). Dette mønsteret er i slående kontrast til kortere kjede (1-5)-α-L-arabinan epitoper fortrinnsvis detektert av mAb LM6 (figur 5E) 15. fornettende glykaner også distinkt mønstre av forekomst i N. Alata blomster. LM10 epitop (lav-substituert (1-4)-β-D-xylan) er rikelig i stigma vev i forhold til andre vev, men er fraværende fra eggstokk vev (Figur 5G). LM15 xyloglycan epitoper er høyest i bladet og anther filament i forhold til andre vev (figur 5H), mens heteromannans er høyest i anther filamenter (figur 5J).


Figur 1. En forenklet flytdiagram representerer de fem viktigste trinnene i Comprehensive Microarray Polymer Profiling (CoMPP).

Figur 2
Figur 2. En illustrasjon av de viktigste trinnene i Comprehensive Microarray Polymer Profiling (CoMPP). (A) Plant vev samles som tre replikater, homogenisert og vasket i 70% EtOH og aceton for å gjøre alkohol uoppløselige rester (luft). (B) cellevegg glykaner er sekvensielt hentet fra luftprøver med 50 mM CDTA og 4 M NaOH. (C) hentet cellevegg glykaner er trykt på nitrocellulose med en microarray robot. Hver prøve er representert i tre konsentrasjoner, og som en serie av fire trykkteknikker replikates. (D) De trykte arrays er analysert individuelt med mAbs rettet mot cellevegg glykaner epitoper. (E) på feltet signalene er kvantifisert ved hjelp microarray bildebehandlingsprogrammer, eksporteres som txt filer og relative gjennomsnittlige flekk intensitet verdier blir automatisk beregnet ved hjelp av en online databehandling verktøy.

Figur 3
Figur 3. Glycan profilering av Nicotiana Alata blomst vev. (A) En representant microarray analysert med monoklonalt antistoff (MAB) JIM5 spesifikk for homogalacturonan (delvis, lav methylesterification) er indisert som en negativ, 16-bits TIFF-fil. (B) Mengden polysakkarid inneholdende en glykan epitop av interesse kan kvantifiseres ved å skrive en rekke av polysakkarid standarder. (C) Integrert flekk intensiteten av prøven av interesse probed etter mAbJIM5 beregnes og matches til en standardkurve for å beregne mengden (pg) av polysakkarid inneholdende denne epitopen i prøven.

Figur 4
Figur 4. Glycan profilering av Nicotiana Alata blomst vev representert som en heatmap. Fargeintensiteten er proporsjonal med den relative midlere flekk identitetsverdi (skala bar). Relative overflod av 15 sukkerkjedene epitoper oppdaget av monoklonale antistoffer (oppført øverst) ble analysert for seks vevstyper hentet med CDTA og NaOH (venstre side). De sukkerkjedene epitoper faller i tre hovedkategorier klasser av polysakkarider, pektiner, tverrbindende glykaner og arabinogalaktan proteiner (AGPS). meg, metyl-forestring, DP, Grad av polymerisasjon; MAB, monoklonale antistoffer; AGP, arabinogalaktan-protein.


Figur 5. Glycan profilering av Nicotiana Alata blomst vev representert billedlig. AL representerer den relative overflod av 12 sukkerkjedene epitoper oppdaget av mAbs i ulike blomst vev. Målestokk fargeintensiteten er proporsjonal med den relative midlere flekk identitetsverdi stammer enten CDTA eller NaOH ekstrakter eller en sum av begge. meg, metyl-esterification, DP, polymeriseringsgrad, MAB, monoklonale antistoffer;. AGP, arabinogalaktan-protein Klikk her for å se større figur .

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

CoMPP er en rask og følsom metode for å profilere glycan sammensetningen av hundrevis plante-avledet prøver i løpet av noen dager. Denne metoden utfyller de allerede tilgjengelige bakterielle eller mammalske sukkerkjedene rekke plattformer for high-throughput screening av karbohydrat interaksjoner med glycan-bindende proteiner som lektiner, reseptorer, og antistoffer 16. Med et stort mangfold av sonder tilgjengelige for detektering cellevegg glykaner, er det mulig å få informasjon om sukkerkjedene epitoper tilhører alle hovedklasser av polysakkarider i planten celleveggen 8,9. Men disse omfatter bare en liten andel av de sukkerkjedene strukturer som har blitt identifisert 8,9, og i noen tilfeller begrense lesbarheten i CoMPP. Likevel har denne evnen nylig blitt utvidet ved bruk av karbohydrat bindende moduler (CBMs) mot plantesykdommer glykaner 17, og også mot epitoper kjennetegnet ved ikke-glykosyl residues som phenolics 18 og acetyl rester 19 som modifiserer glykosyl rester og spiller en viktig rolle i glycan funksjon.

Selv CoMPP bestemmer de relative nivåer av glykaner tvers et sett av prøver, er det mulig å kvantifisere epitopen nivåer i sekvensielle ekstrakter ved å sammenligne binding signalet i bestemte prøver til at av kjente standarder (Figur 3B og C). Til tross for fordelene av reduserte prøvevolumer i en microarray-basert plattform, kan evnen til å nøyaktig kvantifisere glycan forekomst bli hindret av forskjeller i stedet morfologi eller metning av spot signal. Disse problemene (samt falske positiver) unngås ved å optimalisere mengden av celleveggen materiale versene ekstraksjonsmidlet volum, før analyse, og med en serie av replikater og fortynninger som beskrevet her og i pattedyr sukkerkjedene matrise metoder 16. Videre forskjeller i stedet morfologi (forårsaket av spredning av prøvenepå ulike priser fra kontaktpunkt) kan overvinnes ved hjelp av ikke-kontakt ink-jet mikromatriseteknologi 16.

CoMPP brukes i kombinasjon med etablerte prosedyrer for isolering og fremstilling av cellevegger 20. Den kan også brukes i parallell med eksisterende biokjemiske, enzymatiske og fysiske metoder for å oppnå ytterligere informasjon om glykan innhold i prøver av interesse. For eksempel i stedet for å utvinne cellulose polymerer, Acetic / salpetersyre assays 20 kan brukes til å kvantifisere cellulose innhold (mg) som blir igjen etter sekvensiell ekstraksjon av pektin og tverrbindende glykaner med CDTA og NaOH. Enzymbehandling av sukkerkjedene microarrays 21 kan også avsløre ytterligere forskjeller i glycan epitop distribusjon blant prøvene, eller bekrefte det spesielle ved epitoper strukturer oppdaget på microarray. Fastsettelsen av glykan preparat av uavhengige analytiske teknikker, slik som de som nylig er beskrevet

Vi viser at glykaner er fordelt i et organ eller vev bestemt måte i N. Alata blomster. Denne informasjonen kan gi innsikt i den biologiske funksjonen til glycan epitoper eller glycan syntetisere eller endre enzymer tilstede i disse forskjellige celletyper. CoMPP har tidligere gitt innsikt i cellevegg endringer som oppstår i forhold til plante attraksjon 22 under utviklingen 23,24 eller som respons på mutasjon 10,25. Oppsummert er CoMPP et verdifullt verktøy for å studere den mangfoldige rollen glykaner og sukkerkjedene syntetisere og modifisere gener i planten celleveggen.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Disclosures

Ingen interessekonflikter erklært.

Acknowledgements

IEM ønsker å takke den danske Forskningsrådet (FTP og FNU) for finansiering. ERL erkjenner støtte fra en ARC DP stipend. AB erkjenner støtte fra ARC Centre of Excellence i Plant Cell Walls stipend.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
3 mm Tungsten Carbide beads Qiagen 69997
Collection microtubes (1.2 mm) Qiagen 19560 1.5 ml microfuge tubes can also be used
Qiagen TissueLyser II Qiagen 85300
3 mm glass beads Sigma Aldrich Z143928
CDTA Sigma Aldrich 34588
Cadmium oxide Sigma Aldrich 202894
1,2-diamin–thane Sigma Aldrich 03550
Nitrocellulose membrane (0.22 μm pore size) GE-water process technologies EP2HY00010 different pore sized membranes are suitable for different pin types
Xact II microarrayer robot Labnext 001A the Xact II robot was fitted with a custom 20 x 20 cm ceramic plate to which the nitrocellulose membrane is attached
Xtend RM microarray pins Labnext 0037-350 pins must be suitable for spotting on membranes
384 well microtiter plates (polypropylene) Greiner 781207
Anti-glycan monoclonal antibodies Plant Probes/
CarboSource/Biosupplies
Websites; PlantProbes (www.plantprobes.net), Carbosource (www.carbosource.net) and Biosupplies (www.biosupplies.com.au).
Anti-Rat IgG (whole molecule) - Peroxidase antibody produced in goat. Sigma A9037 the type of secondary antibodies depends on the primary antibody used (e.g. raised in rat, mouse, goat etc).
SIGMAFAST 3,3'-Diaminobenzidine tablets Sigma D4293 the type of developing reagent depends on the secondary antibodies used and the detection method (colourmetric, or chemiluminecent).
SuperSignal West Pico Chemiluminescent Substrate Thermoscientific 34080 see above
Xplore Image Processing Software LabNext 008 many software types with automatic gridding tools are available to measure pixel value of microarray spots.
Plant polysaccharides Sigma/Megazyme

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Carpita, N. C., Gibeaut, D. M. Structural models of primary cell walls in flowering plants: consistency of molecular structure with the physical properties of the walls during growth. Plant J. 3, 1-30 (1993).
  2. Somerville, C. Biofuels. Curr. Biol. 17, 115-119 (2007).
  3. Willats, W. G., Orfila, C., Limberg, G., et al. Modulation of the degree and pattern of methyl-esterification of pectic homogalacturonan in plant cell walls. implications for pectin methyl esterase action, matrix properties, and cell adhesion. J. Biol. Chem. 276, 19404-19413 (2001).
  4. Doblin, M. S., Pettolino, F., Bacic, A. Plant cell walls: the skeleton of the plant world. Functional Plant Biology. 37, 357-381 (2010).
  5. Carpita, N., Tierney, M., Campbell, M. Molecular biology of the plant cell wall: searching for the genes that define structure, architecture and dynamics. Plant Molecular Biology. 47, 1-5 (2001).
  6. Sarria, R., Wagner, T. A., O'Neill, M. A., Faik, A., et al. Characterization of a family of Arabidopsis genes related to xyloglucan fucosyltransferase1. Plant Physiol. 127, 1595-1606 (2001).
  7. Somerville, C., Bauer, S., Brininstool, G. Toward a systems approach to understanding plant cell walls. Science. 306, 2206-2211 (2004).
  8. Willats, W. G. T., Knox, J. P. Molecules in context: probes for cell wall analysis. The Plant Cell Wall. Rose, J. K. C. Blackwell. 92-110 (2003).
  9. Pattathil, S., Avci, U., Baldwin, D., et al. A Comprehensive Toolkit of Plant Cell Wall Glycan-Directed Monoclonal Antibodies. Plant Physiology. 153, 514-525 (2010).
  10. Moller, I. E., Sørensen, I., Bernal, A. J., et al. High-throughput mapping of cell-wall polymers within and between plants using novel microarrays. The Plant J. 50, 1118-1128 (2007).
  11. Sørensen, I., Willats, W. G. T. Screening and characterization of plant cell walls using carbohydrate microarrays. Methods Mol. Biol. 715, 115-121 (2011).
  12. Moller, I. E., Licht, D. eF. ine, Harholt, H. H., J,, et al. The dynamics of plant cell-wall polysaccharide decomposition in leaf-cutting ant fungus gardens. PLoS One. 6, (3), e17506 (2011).
  13. Pettolino, F. A., Walsh, C., Fincher, G. B. Chemical procedures for the determination of polysaccharide composition of plant cell walls. Nature Protocols. In Press (2012).
  14. Clausen, M. H., Willats, W. G. T., Knox, J. P. Synthetic methyl hexagalacturonate hapten inhibitors of anti-homogalacturonan monoclonal antibodies LM7, JIM5 and JIM7. Carbohydrate Res. 338, 1797-1800 (2003).
  15. Verhertbruggen, Y., Marcus, S. E., Haeger, A., et al. Developmental complexity of arabinan polysaccharides and their processing in plant cell walls. Plant J. 59, 413-425 (2009).
  16. Heimburg-Molinaro, J., Song, X., Smith, D. F. UNIT 12.10 Preparation and Analysis of Glycan Microarray. Current Protocols in Protein Science. (2011).
  17. McCartney, L., Blake, A., Flint, J., et al. Differential recognition of plant cell walls by microbial xylan-specific carbohydrate-binding modules. PNAS. 103, 4765-4770 (2006).
  18. Caño-Delgado, A. I., Metzlaff, K., Bevan, M. W. The eli1 mutation reveals a link between cell expansion and secondary cell wall formation in Arabidopsis thaliana. Development. 127, 3395-3405 (2000).
  19. Manabe, Y., Nafisi, M., Verhertbruggen, Y., et al. Loss-of-Function Mutation of REDUCED WALL ACETYLATION2 in Arabidopsis Leads to Reduced Cell Wall Acetylation and Increased Resistance to Botrytis cinerea. Plant Physiology. 155, 1068-1078 (2011).
  20. Updegraff, D. Semimicro determination of cellulose in biological materials. Anal. Biochem. 32, 420-424 (1969).
  21. 21Moller, I., Marcus, S. E., Haeger, A., et al. High-throughput screening of monoclonal antibodies against plant cell wall glycans by hierarchial clustering of their carbohydrate microarray binding profiles. Glycoconjugate Journal. 25, 37-48 (2007).
  22. Sørensen, I., Pettolino, F. A., Wilson, S. M., et al. Mixed linkage (1→3),(1→4)-β-D-glucan is not unique to the Poales and is an abundant component of Equisetum arvense cell walls. Plant J. 54, (13), 510-521 (2008).
  23. Domozych, D. S., Sørensen, I., Willats, W. G. T. The distribution of cell wall polymers during antheridium development and spermatogenesis in the Charophycean green alga, Chara. 2104, 1045-1056 (2009).
  24. Singh, B., Avci, U., Eichler Inwood, S. E. A specialized outer layer of the primary cell wall joins elongating cotton fibers into tissue-like bundles. Plant Physiol. 150, 684-699 (2009).
  25. Øbro, J., Sørensen, I., Derkx, P., et al. High-throughput screening of Erwinia chrysanthemi pectin methylesterase variants using carbohydrate microarrays. Proteomics. 9, 1861-1868 (2009).

Comments

0 Comments


    Post a Question / Comment / Request

    You must be signed in to post a comment. Please or create an account.

    Video Stats