3DNA साथ न्यूक्लिक एसिड संरचना का विश्लेषण और बिल्डिंग

Biology

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Summary

3DNA सॉफ्टवेयर पैकेज, विश्लेषण का निर्माण, और तीन आयामी न्यूक्लिक एसिड संरचनाओं कल्पना करने की क्षमता के साथ एक लोकप्रिय और बहुमुखी जैव सूचना विज्ञान उपकरण है. यह लेख व्यक्तिगत संरचनाओं और संबंधित संरचनाओं की टुकड़ियों दोनों पर लागू 3DNA में उपलब्ध नई और लोकप्रिय सुविधाओं के एक सबसेट के लिए विस्तृत प्रोटोकॉल प्रस्तुत करता है.

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Colasanti, A. V., Lu, X. J., Olson, W. K. Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA. J. Vis. Exp. (74), e4401, doi:10.3791/4401 (2013).

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Abstract

3DNA सॉफ्टवेयर पैकेज, विश्लेषण का निर्माण, और तीन आयामी न्यूक्लिक एसिड संरचनाओं कल्पना करने की क्षमता के साथ एक लोकप्रिय और बहुमुखी जैव सूचना विज्ञान उपकरण है. यह लेख व्यक्तिगत संरचनाओं और संबंधित संरचनाओं की टुकड़ियों दोनों पर लागू 3DNA में उपलब्ध नई और लोकप्रिय सुविधाओं के एक सबसेट के लिए विस्तृत प्रोटोकॉल प्रस्तुत करता है. प्रोटोकॉल 1 सॉफ्टवेयर डाउनलोड करने और स्थापित करने के लिए आवश्यक निर्देश के सेट सूचियों. इस आधार जोड़े के काम और संरचना का वर्णन है कि कठोर शरीर मापदंडों के निर्धारण सहित एक न्यूक्लिक एसिड संरचना, का विश्लेषण द्वारा प्रोटोकॉल 2, में, पीछा किया और, प्रोटोकॉल 3 में, एक परमाणु के पुनर्निर्माण की एक विवरण के आधार पर किया जाता है अपने कठोर शरीर मापदंडों से एक संरचना का मॉडल. 3DNA, संस्करण 2.1, का नवीनतम संस्करण जैसे परमाणु चुंबकीय अनुनाद (एनएमआर) मापन और आणविक गतिशील (एमडी से deduced के रूप में उन संरचनाओं की टुकड़ियों का विश्लेषण और हेरफेर के लिए नई सुविधाओं की है,) सिमुलेशन, इन सुविधाओं प्रोटोकॉल 4 और 5 में प्रस्तुत कर रहे हैं. 3DNA अकेले खड़े सॉफ्टवेयर पैकेज के अलावा, में स्थित w3DNA वेब सर्वर, http://w3dna.rutgers.edu , सॉफ्टवेयर की चयनित सुविधाओं के लिए एक उपयोगकर्ता के अनुकूल इंटरफेस प्रदान करता है. प्रोटोकॉल 6 उपयोगकर्ता द्वारा निर्दिष्ट स्थानों पर बाध्य प्रोटीन के साथ सजाया लंबे डीएनए अणु के मॉडल के निर्माण के लिए साइट का एक उपन्यास सुविधा को दर्शाता है.

Introduction

डीएनए, आरएनए और प्रोटीन, दवाओं, और अन्य ligands के साथ उनके परिसरों के तीन आयामी संरचना को समझना उनके विविध जैविक कार्यों का गूढ़ रहस्य के लिए महत्वपूर्ण है, और चिकित्सा विज्ञान की तर्कसंगत डिजाइन की अनुमति के लिए. विश्लेषण (आकार और बातचीत में पैटर्न निकालने के लिए), मॉडलिंग (ऊर्जा विज्ञान और आणविक गतिशीलता का आकलन करने के लिए), और दृश्य: ऐसी संरचनाओं का अन्वेषण तीन अलग, अभी तक बारीकी से संबंधित घटकों पर जोर देता. स्ट्रक्चरल विश्लेषण और मॉडल निर्माण एक ही सिक्के के अनिवार्य रूप से दो पक्ष हैं, और दृश्य उन दोनों के पूरक है.

कंप्यूटर प्रोग्राम के 3DNA सूट तीन आयामी न्यूक्लिक एसिड संरचना, विश्लेषण का निर्माण, और कल्पना करने के लिए क्षमताओं के साथ एक तेजी से लोकप्रिय संरचनात्मक जैव सूचना विज्ञान टूलकिट है. इससे पहले प्रकाशनों व्यंजनों चयनित कार्य 2 प्रदर्शन करने के लिए प्रदान की सॉफ्टवेयर 1, की क्षमताओं को रेखांकित किया, वेब आधारित इंटरफेस पेशसॉफ्टवेयर 3 की लोकप्रिय सुविधाओं के लिए, ढांचागत सुविधाओं की प्रस्तुत डेटाबेस का उपयोग कर एकत्र 3DNA 4, 5 और डीएनए और आरएनए संरचनाओं 6, 7 दोनों के विश्लेषण में सॉफ्टवेयर की उपयोगिता सचित्र.

इस अनुच्छेद के लक्ष्य डीएनए और राज्य के-the-कला कम्प्यूटेशनल उपकरण के साथ शाही सेना स्थानिक संगठन की जांच के लिए दिलचस्पी है और / या जरूरत के साथ प्रयोगशाला के वैज्ञानिकों और अन्य लोगों के लिए 3DNA सॉफ्टवेयर किट लाना है. यहाँ प्रस्तुत प्रोटोकॉल कदम दर कदम निर्देश (मैं) एक मैक ओएस एक्स सिस्टम पर सॉफ्टवेयर डाउनलोड करने और स्थापित करने के लिए, (II-III) घटक आधार जोड़ी कदम, के स्तर पर डीएनए संरचना का विश्लेषण और संशोधित करने के लिए (शामिल चतुर्थ-V) का विश्लेषण करने और संबंधित डीएनए संरचना के सेट संरेखित, और (vi) उपयोगकर्ता के अनुकूल w3DNA वेब इंटरफेस के साथ प्रोटीन से सजाया डीएनए श्रृंखला के मॉडल का निर्माण करने के लिए. सॉफ्टवेयर व्यक्तिगत संरचनाओं के साथ ही बड़े एक्स - रे crystallographic तरीकों का उपयोग कर हल का विश्लेषण करने की क्षमता हैपरमाणु चुंबकीय अनुनाद (एनएमआर) तरीकों के साथ निर्धारित या कंप्यूटर सिमुलेशन तकनीक द्वारा उत्पन्न संरचनाओं के ensembles.

संरचनाओं (मैं) Borrelia burgdorferi 8 (मनुष्य 9, 10 में Lyme रोग का कारण बनता है कि टिक जनित जीवाणु), (ख) से HBB प्रोटीन के लिए बाध्य डीएनए के उच्च संकल्प क्रिस्टल संरचना में शामिल यहां क्रमिक रूप से दो बड़े सेट की जांच की घ के 4,500 स्नैपशॉट (GGCAAAATTTTGCC) 2 और घ (CCGTTTTAAAACGG) 2 गणना के दौरान 100 psec वेतन वृद्धि पर एकत्र, और ओ 3 डीएनए ऑपरेटर की एनएमआर आधारित संरचनाओं (iii) एक छोटा सा पहनावा - आणविक सिमुलेशन 11 के साथ उत्पादन संबंधी डीएनए अणु Escherichia कोलाई लाख repressor प्रोटीन 12 के headpieces के लिए बाध्य. नीचे दिए गए निर्देशों इन संरचनाओं में से प्रत्येक के साथ और साथ ही कैसे 3DNA (इस फ़ाइल की एक प्रति मिली है उपयोग करने के लिए जुड़े परमाणु निर्देशांक की फ़ाइलों का उपयोग करने के बारे में जानकारी शामिलपर 3DNA मंच पर http://forum.x3dna.org/jove ) इन संरचनाओं की जांच करने और संशोधित करने के लिए.

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Protocol

1. सॉफ्टवेयर पैकेज की स्थापना

  1. पर 3DNA वेबसाइट से कनेक्ट http://x3dna.org और 3DNA फोरम के लिए लिंक पर क्लिक करें. फोरम के भीतर 'रजिस्टर' लिंक का चयन करें और एक नया खाता बनाने के लिए निर्देशों का पालन करें.
  2. एक डिफ़ॉल्ट 'मार' खोल के साथ एक ओएस एक्स आधारित Macintosh कंप्यूटर पर सॉफ्टवेयर के निम्नलिखित निर्देशों विस्तार स्थापना. आमतौर पर इस्तेमाल किया गोले ('tcsh' सहित) के साथ लिनक्स या विंडोज (cygwin, MinGW / MSYS) सिस्टम के लिए प्रक्रिया 3DNA फोरम में पाया जाता है.
  3. आप एक उपयोगकर्ता नाम और पासवर्ड की स्थापना की है एक बार, फोरम में लॉग इन करें. आपका स्वागत अनुभाग में और नए पृष्ठ पर 'डाउनलोड' लिंक '3 डीएनए डाउनलोड करें 'चुनते हैं का चयन करें. इस सॉफ्टवेयर के विभिन्न संस्करणों को डाउनलोड किया जा सकता है, जहां 3DNA डाउनलोड पृष्ठ पर ले जायेगा.
  4. सॉफ्टवेयर युक्त एक संकुचित टारबॉल फ़ाइल (tar.gz) डाउनलोड करने के लिए मैक ओएस एक्स इंटेल लिंक का चयन करें.
  5. डबल clicx3dna-v2.1 के नाम का फ़ोल्डर बनाने के लिए (tar.gz) फ़ाइल पर कश्मीर. 3DNA सॉफ्टवेयर सूट होता है जो इस फोल्डर, किसी भी स्थान पर ले जाया जा सकता है. यह नुस्खा के प्रयोजन के लिए, हम खींचें और 'एप्लीकेशन' निर्देशिका में छोड़ देता है. इस स्तर पर आप tar.gz फ़ाइल के साथ खत्म हो रहे हैं और इसे नष्ट कर सकते हैं.
  6. आम तौर पर 'उपयोगिता' के अंतर्गत पाया टर्मिनल आवेदन, खोलें, और निम्न कमांड (यहाँ और एक गाड़ी वापसी से नीचे दिए गए निर्देशों का सभी में समाप्त हो) का उपयोग चरण 5 में बनाया x3dna-v2.1 निर्देशिका को बदलें:
    सीडी / Applications/x3dna-v2.1
  7. टाइप करके ठीक ढंग से काम करने के लिए 3DNA के लिए आवश्यक सेटअप स्क्रिप्ट चलाएँ:
    ./bin/x3dna_setup
  8. चरण 7 में छपी दो लाइन निर्यात सेटिंग्स कॉपी करें. उपयोगकर्ता 'एप्लीकेशन' निर्देशिका में सॉफ्टवेयर रखा गया है, दो लाइनों के रूप में प्रकट करना चाहिए:
    निर्यात X3DNA = / Applications/x3dna-v2.1
    $ पथ: पथ = / Applications/x3dna-v2.1/bin निर्यात
    'एप्लीकेशन' के अलावा एक अलग शब्द appe जाएगाउपयोगकर्ता एक अलग निर्देशिका में सॉफ्टवेयर स्थापित करने के लिए चुना गया है तो निर्यात आदेश में गिरफ्तारी. यह वैकल्पिक निर्देशिका के नाम के ऊपर दो आदेशों में 'एप्लीकेशन' की जगह लेगा. Setenv X3DNA / Applications/x3dna-v2.1 और setenv पथ / Applications/x3dna-v2.1/bin: $ डिफ़ॉल्ट खोल के बजाय 'मार' की 'tcsh' है, अगर दो लाइनों की सामग्री होगी कि नोट पथ.
  9. एक फ़ाइल का नाम देखने के लिए अगर 'खोजक' जांच में '. Bashrc' आपके कंप्यूटर पर पहले से ही मौजूद है.
  10. 'एप्लीकेशन' निर्देशिका में पाया TextEdit आवेदन खोलें और 'स्वरूप' मेनू के तहत 'सादा पाठ करें' का चयन करें.
  11. चरण 9 से '. Bashrc' फ़ाइल मौजूद है, TextEdit में फ़ाइल खोलने और चरण 8 से फाइल के अंत करने के लिए निर्यात सेटिंग्स पेस्ट. कोई '. Bashrc' फ़ाइल से बाहर निकालता है, तो एक खाली फ़ाइल में चरण 8 से निर्यात सेटिंग्स पेस्ट और फ़ाइल नाम आपके घर निर्देशिका में '. Bashrc' से बचाने के लिए. (घर निर्देशिका Macintosh पर एक 'घर' आइकन से चिह्नित किया गया है.)
  12. ख के लिए नई सेटिंग्स के लिए आदेश मेंउपलब्ध ई, आप टर्मिनल प्रोग्राम में निम्न आदेश का उपयोग हाल में बचाया '. bashrc' फ़ाइल चलाना चाहिए:
    स्रोत ~ /. bashrc
  13. 3DNA सूट अब आपके सिस्टम पर स्थापित है और आप टर्मिनल कार्यक्रम के भीतर प्रोटोकॉल 2-5 प्रदर्शन कर सकते हैं. प्रोटोकॉल 6 3DNA सॉफ्टवेयर के चयनित सुविधाओं को w3DNA, एक वेब अंतरफलक का प्रयोग किया जाता है.

2. एक क्रिस्टल संरचना का विश्लेषण

  1. हम Borrelia burgdorferi 8 से HBB प्रोटीन के लिए बाध्य डीएनए का उपयोग कर एक न्यूक्लिक एसिड संरचना का विश्लेषण वर्णन. , इस संरचना के साथ जुड़े परमाणु निर्देशांक की फाइल प्रोटीन डाटा बैंक 13 (पी डी बी में पाया जा सकता http://www.rcsb.org यह संरचनात्मक पहचानकर्ता 2np2 सौंपा है, जहां). साथ पूरक डाटा भी पर 3DNA फोरम पर पाया जा सकता है जो इस फ़ाइल की एक प्रतिलिपि, शामिल http://forum.x3dna.org/jove.
  2. संरचना के 3DNA विश्लेषण में पहला कदम रखा अड्डों की सूची है कि एक फ़ाइल की रचना है. यह निम्न लिखकर 'find_pair' कार्यक्रम के साथ किया जाता है:
    find_pair 2np2.pdb 2np2.bps
    यहाँ 2np2.pdb परमाणु ऊपर वर्णित निर्देशांक और 2np2.bps के इनपुट फ़ाइल आधार बाँधना जानकारी होती है कि उत्पादन पाठ फ़ाइल है. बाद के आधार जोड़ी फाइल की जांच की और उपयोगकर्ता यदि आवश्यक द्वारा संपादित किया जा सकता है.
  3. विश्लेषण में अगले कदम के लिए संरचना विशेषताएँ कि ज्यामितीय मापदंडों का निर्धारण करने के लिए है. ये मानक रासायनिक मरोड़ कोण 14, कुर्सियां ​​और क्रमिक आधार जोड़े 16, और तीन आयामी रासायनिक संरचना के अन्य उपायों की व्यवस्था निर्दिष्ट है कि चीनी की अंगूठी 15, कठोर शरीर मापदंडों के puckering वर्णन है कि pseudorotation कोण शामिल हैं. आदेश के रूप में इनपुट चरण में उत्पन्न आधार जोड़ी फ़ाइल लेता है 2 और कई कहां पैदा 'विश्लेषण'वर्तमान कार्य निर्देशिका में दिखाई देते हैं जो tput फाइलें. ये मान निम्न आदेश टाइप करके गणना कर रहे हैं:
    2np2.bps विश्लेषण
    यहां इस्तेमाल आउटपुट फाइल की गणना मापदंडों के एक सिंहावलोकन होता है जो 2np2.out,, और मापदंडों से ऊपर वर्णित कठोर शरीर की एक सूची है जो bp_step.par, शामिल हैं. उत्तरार्द्ध फाइल को आसानी से आगे के विश्लेषण और साजिश रचने के लिए एक स्प्रेडशीट कार्यक्रम में पढ़ा जा सकता है. एक उदाहरण के लिए प्रतिनिधि परिणाम (चित्रा 1) देखें.

3. कठोर शरीर पैरामीटर्स से एक डीएनए संरचना का निर्माण

  1. एक न्यूक्लिक एसिड संरचना का विश्लेषण करने के अलावा, 3DNA सॉफ्टवेयर 'पुनर्निर्माण' आदेश का उपयोग कठोर शरीर मापदंडों से एक संरचनात्मक मॉडल का निर्माण करने की क्षमता प्रदान करता है. इस प्रोटोकॉल में हम पहले प्रोटोकॉल 2 में गणना के रूप में HBB डीएनए जटिल से कठोर शरीर मापदंडों का उपयोग और फिर w में मानकों का एक संशोधित सेट का उपयोग कर, दो डीएनए पेचदार मॉडल के निर्माण के लिए कैसे दिखाhich चयनित रोल कोण बदल रहे हैं. रोल कोण डीएनए 16 के खांचे में क्रमिक आधार जोड़े के झुकने की डिग्री के उपाय. रोल के सकारात्मक मूल्यों मामूली नाली के संकुचन के साथ प्रमुख नाली और नकारात्मक मूल्यों के संकुचन के साथ जुड़े रहे हैं. मानक संदर्भ फ्रेम 17 3DNA और अन्य लोकप्रिय न्यूक्लिक एसिड विश्लेषण सॉफ्टवेयर द्वारा अपनाई गई है, जैसे घटता + 18, वाटसन क्रिक आधार जोड़े की गणना मापदंडों में संख्यात्मक स्थिरता का आश्वासन दिया.
  2. डिफ़ॉल्ट रूप से, 3DNA 'पुनर्निर्माण' समारोह नाइट्रोजन अड्डों में परमाणुओं का केवल निर्देशांक होते हैं कि सटीक परमाणु मॉडल बनाएगा. रीढ़ की हड्डी और आधार परमाणुओं दोनों से निर्देशांक भी शामिल है जो लगभग एक परमाणु मॉडल बनाने के लिए, निम्न आदेश टाइप करें:
    x3dna_utils cp_std bdna
    इस आदेश को कठोर शरीर मापदंडों से मॉडलों के निर्माण में एक मानक बी डीएनए रीढ़ रचना पेश करने 3DNA निर्देश देता है.
  3. Bui के लिएHBB डीएनए संरचना में पाया कठोर शरीर मानकों के साथ ld, एक डबल पेचदार मॉडल, निम्न लिखें:
    पुनर्निर्माण परमाणु bp_step.par 2np2_rbld_org.pdb
    यहां 'परमाणु' सभी भारी (गैर हाइड्रोजन) परमाणुओं के लिए परमाणु निर्देशांक के साथ एक सभी परमाणु मॉडल का निर्माण निर्दिष्ट करता है, 'bp_step.par' इनपुट कठोर शरीर पैरामीटर शामिल हैं जो प्रोटोकॉल 2 के चरण 3 में उत्पन्न फ़ाइल है , और '2 np2_rbld_org.pdb 'बनाई संरचना के परमाणु निर्देशांक के साथ उत्पादन फ़ाइल है. उत्तरार्द्ध फ़ाइल पी डी बी के विनिर्देशों के अनुसार स्वरूपित और इस तरह '. pdb' के साथ समाप्त हो जाता है.
  4. 'Bp_step.par' फ़ाइल एक संशोधित संरचना उत्पन्न करने के लिए संपादित किया जा सकता है. एक लबादा पर, परिवर्तन प्रोटोकॉल 1 चरण 10 में वर्णित के रूप TextEdit आवेदन का उपयोग किया जा सकता है.
  5. यहाँ हम सबसे बड़ी झुकने के दो स्थलों पर गठित चरम रोल कोण संशोधित. डिग्री में व्यक्त कर रहे हैं जो मान, रेखा 17 और 60 में 64.95 के मूल्यों से शून्य करने के लिए बदल रहे हैंलाइन 26 में .93. हम 'bp_step_roll0.par', एक नए नाम के साथ संशोधित फाइल को बचाने, और TextEdit प्रोग्राम बंद करें.
  6. हम टाइपिंग द्वारा इनपुट फ़ाइल के रूप में कदम मापदंडों के संशोधित सेट के साथ, चरण 3 में के रूप में, संरचना का निर्माण:
    पुनर्निर्माण परमाणु bp_step_roll0.par 2np2_rbld_roll0.pdb
  7. दो मॉडल इस तरह PyMOL (के रूप में एक मानक आणविक दर्शक, में देखा जा सकता है www.pymol.org निवेश के रूप में उत्पन्न समन्वय फ़ाइलें (. pdb) का उपयोग करते हुए). पुनर्निर्माण संरचनाओं की छवियों के लिए प्रतिनिधि परिणाम (चित्रा 2) देखें.

4. मल्टी मॉडल संरचना फ़ाइलों का विश्लेषण

  1. हम एक ही न्यूक्लिक एसिड युक्त संरचना का विश्लेषण है जिसमें प्रोटोकॉल 2, के विपरीत, यहाँ हम संरचनाओं के एक बड़े कलाकारों की टुकड़ी का विश्लेषण करने के लिए दिखा. हम आणविक गतिशीलता (एमडी) सिमुलेशन 11 से प्राप्त 14 आधार जोड़ी डीएनए श्रृंखला की एक श्रृंखला के साथ कठोर शरीर मापदंडों के समय के साथ भिन्नता की जांच http://forum.x3dna.org/jove .
  2. विश्लेषण में पहला कदम 'find_pair' कार्यक्रम चलाकर प्रोटोकॉल 2, बनती ठिकानों की पहचान में प्रदर्शन के रूप में ही है. संरचनाओं शेयरों के पूरे सेट के बाद से ही आधार बाँधना योजना एक एक प्रतिनिधि फाइल पर केवल एक बार 'find_pair' चलाने की जरूरत है. यहाँ हम फ़ाइल नाम md_AT_set1.pdb.1001 साथ, कदम पर एक केंद्रीय युक्त डीएनए श्रृंखला के अनुकरण में 1001 संरचना का चयन करें. निम्नलिखित अनुदेश पीढ़ीआधार बाँधना जानकारी tes और फाइल md_AT_set1.bps में यह भंडार:
    find_pair md_AT_set1.pdb.1001 md_AT_set1.bps
    उपयोगकर्ता कतरन पहचान आधार की जांच करने और संरचना के ज्ञान पर आधारित फ़ाइल में मार्गदर्शन परिवर्तन कर सकते हैं.
  3. अगले कदम के आदेश 'x3dna_ensemble विश्लेषण' का उपयोग संरचनाओं के पूरे सेट के ज्यामितीय मापदंडों का निर्धारण करने के लिए है. कार्यक्रम इनपुट के रूप में चरण 2 (md_AT_set1.bps) के रूप में अच्छी तरह से विश्लेषण किया जा संरचनाओं की एक सूची वाली फ़ाइल में उत्पन्न आधार जोड़ी फ़ाइल का उपयोग करता है. यहाँ md_AT_set1.list बुलाया उत्तरार्द्ध फ़ाइल, एमडी अनुकरण द्वारा उत्पन्न क्रम में व्यक्तिगत लाइनों पर दर्ज फाइल नाम के साथ विश्लेषण किया जा 4,500 फ़ाइलें हैं. इस फाइल की एक प्रति अनुपूरक सामग्री में शामिल और भी 3DNA फोरम में की पेशकश की है. उपयोगकर्ता कम्प्यूटेशनल समय लंबा हो सकता है, क्योंकि फाइल के बड़ी संख्या में चेतावनी दी जानी चाहिए (~ एक AMD Phenom द्वितीय X4 965 प्रोसेसर पर 1,000 फाइलें प्रति 20 मिनट). गुई कमांड निम्न लिखकर चलाया जाता है:
    x3dna_ensemble विश्लेषण बी md_AT_set1.bps एल md_AT_set1.list ओ md_AT_set1.out
    ऊपर के उदाहरण में चरण 2 में बनाए गए आधार जोड़ी फाइल करने के लिए 'बी' से संबंधित है, 'एल' फ़ाइलों की एक सूची दी है कि निर्दिष्ट करता है, और 'ओ' उपयोगकर्ता आउटपुट फाइल करने के लिए एक नाम आवंटित करने की अनुमति देता है. ऐसे विशिष्ट मॉडल का चयन के रूप में 'x3dna_ensemble विश्लेषण' कमांड के साथ संयोजन के रूप में इस्तेमाल किया जा सकता है कि कई विकल्प हैं. उपयोगकर्ता इन विकल्पों पर अधिक जानकारी प्राप्त करने के लिए 'x3dna_ensemble विश्लेषण ज' टाइप कर सकते हैं.
  4. अगले कदम के चरण 3 में उत्पन्न सिंहावलोकन आउटपुट फाइल, md_AT_set1.out, से वांछित कठोर शरीर मापदंडों निकालने के लिए है. इस 'x3dna_ensemble निकालने' आदेश का उपयोग किया जाता है. उपलब्ध ज्यामितीय मापदंडों की एक सूची टाइपिंग 'x3dna_ensemble निकालने एल' द्वारा पाया जा सकता है. यहाँ हम रोल कोण निकालने और निम्न कमांड के साथ रोल कोण का एक अल्पविराम अलग पाठ फ़ाइल (सीएसवी) बनाने के लिए:
    x3dna_ensemble निकालने पीरोल है, च md_AT_set1.out ओ md_AT_set1_roll.csv
    इस आदेश में 'पी' रोल निकाले पैरामीटर निर्दिष्ट करता है, 'एस', 'एक अल्पविराम अलग फ़ाइल का प्रतीक है,' च 'कमांड का विश्लेषण पहनावा से प्राप्त आउटपुट फ़ाइल को दर्शाता है, और' ओ उपयोगकर्ता के सभी विश्लेषण संरचनाओं में डीएनए के साथ रोल कोण की सीएसवी आउटपुट फ़ाइल नाम के लिए अनुमति देता है. यह फाइल आगे के विश्लेषण और साजिश रचने के लिए अन्य कार्यक्रमों में पढ़ा जा सकता है. ऊपर वर्णित दो एमडी जनित डेटासेट और इन छवियों को उत्पन्न करने के लिए इस्तेमाल किया MATLAB स्क्रिप्ट के लिए 3DNA फोरम में रोल के बदलाव के विश्लेषण के लिए प्रतिनिधि परिणाम (चित्रा 3) देखें.

5. एक आम संदर्भ फ्रेम पर मल्टी मॉडल संरचनाएं की superposition

  1. 3DNA (संस्करण 2.1) का नवीनतम संस्करण एक उपयोगकर्ता एक आम नजरिए से कई संरचनाओं को देखने की अनुमति देता है एक नई सुविधा है. 'X3dna_ensemble नई दिशा' आदेश संबंधित स्ट्रक्चरल का एक संग्रह superimposesएक आम आधार जोड़ी या आधार जोड़ी कदम पर ते. निम्नलिखित प्रोटोकॉल लाख repressor प्रोटीन 12 के headpieces के लिए बाध्य ओ 3 डीएनए ऑपरेटर की एनएमआर व्युत्पन्न संरचनाओं के लिए इस क्षमता लागू होता है. इन संरचनाओं के रूप में प्रोटोकॉल 4 में 4500 मॉडल से प्रत्येक के लिए इस्तेमाल किया उन लोगों की तरह अलग अलग फ़ाइलों का विरोध करने के लिए एक एकल फाइल में सभी संरचना मॉडल होता है, जो एक बहु - मॉडल संरचनात्मक फ़ाइल में पहचानकर्ता 2kek तहत पी डी बी में जमा हो जाती है. साथ पूरक डाटा भी पर 3DNA फोरम पर पाया जा सकता है जो इस फ़ाइल की एक प्रतिलिपि, शामिल http://forum.x3dna.org/jove .
  2. पिछले प्रोटोकॉल के रूप में, पहला कदम 'find_pair' कार्यक्रम के साथ डीएनए के आधार बाँधना गणना करने के लिए है. इस मामले में हम इनपुट फ़ाइल '2 kek.pdb 'के रूप में इस्तेमाल करते हैं और निम्न लिखें:
    find_pair 2kek.pdb 2kek.bps
    आधार बाँधना pdb फ़ाइल में पहला मॉडल का उपयोग कर उत्पन्न होता है. Outputted ख को मैन्युअल सुधारase जोड़ी फ़ाइल, '2 kek.bps ', संरचना के ज्ञान के आधार पर बनाया जा सकता है.
  3. कार्यक्रम एक सामान्य संदर्भ के फ्रेम पर एक बहु - मॉडल संरचना में अलग अलग मॉडल पंक्ति में होगा 'x3dna_ensemble नई दिशा'. इस कार्यक्रम के लिए निवेश के रूप में पिछले चरण से pdb फ़ाइल और आधार बाँधना फ़ाइल दोनों की आवश्यकता है और निम्न कमांड के साथ चला जाता है:
    x3dna_ensemble नई दिशा बी 2kek.bps च 1 ए 2kek.pdb ओ 2kek_fr1.pdb
    यहां 'बी' विकल्प के आधार बाँधना फ़ाइल निर्दिष्ट करता है, 'च 1', अनुक्रम असर किनारा 5'-अंत में इस मामले आधार जोड़ी 1 में, सभी संरचनाओं गठबंधन कर रहे हैं जिस पर आधार जोड़ी अर्थ 'ए' इनपुट पहनावा फ़ाइल निर्दिष्ट करता है, और 'ओ' उपयोगकर्ता इस मामले '2 kek_fr1.pdb 'में, एक आउटपुट फाइल नाम प्रदान करने के लिए अनुमति देता है. आदेश विकल्पों पर अधिक जानकारी टाइपिंग 'x3dna_ensemble नई दिशा ज' द्वारा प्राप्त किया जा सकता है. गठबंधन संरचनाओं की चर्चा के लिए प्रतिनिधि परिणाम (चित्रा 4) देखें.

6. Construएक प्रोटीन से सजाया डीएनए अणु की ction

  1. w3DNA वेब इंटरफेस 3DNA सॉफ्टवेयर पैकेज के कुछ लोकप्रिय सुविधाएँ शामिल हैं. यहाँ हम वेब सर्वर के साथ प्रोटीन सजाया डीएनए के तीन आयामी मॉडल का निर्माण करने की क्षमता की ओर ध्यान आकर्षित. बाध्य डीएनए टुकड़े यहां चयनित प्रोटीन डीएनए परिसरों, प्रोटोकॉल 2 में विश्लेषण HBB प्रोटीन के लिए बाध्य डीएनए के मूल्यों का कठोर शरीर मापदंडों को अपनाने. डीएनए की अपार क्षेत्रों तीन उपयोगकर्ता के चयनित पेचदार रूपों (ए, बी, या सी) में से एक को अपनाने कर सकते हैं. ए, बी, और सी में क्रमश: 11, 10 के साथ, जल्दी फाइबर विवर्तन प्रयोगों से प्राप्त डीएनए के तीन विहित मॉडल, और डबल हेलिक्स 19-21 के मोड़ प्रति 9 आधार जोड़े को देखें.
  2. एक प्रोटीन सजाया डीएनए मॉडल के निर्माण में पहला कदम पर स्थित w3DNA वेबसाइट पर जाएँ है http://w3dna.rutgers.edu . पेज acti के शीर्ष बाएँ हाथ की ओर पर मेनू से 'पुनर्निर्माण' का चयनऑनलाइन मॉडल के निर्माण क्षमताओं काव्यकार.
  3. अगले कदम के लिए नया पृष्ठ के बीच में हल्के से छायांकित बॉक्स में पाया 'बाध्य प्रोटीन डीएनए टेम्पलेट' लिंक पर चयन करने के लिए है. यह चयन उपयोगकर्ता बाध्य प्रोटीन की संख्या को निर्दिष्ट करने की अनुमति देता है जो एक पुल डाउन मेनू, सक्रिय करेंगे. यहाँ हम दो बाध्य प्रोटीन का चयन करें और 'जारी रखें' बटन पर क्लिक करें. मॉडल 1000 के आधार जोड़े, या 2,000 nucleotides, और तीस बाध्य प्रोटीन के लिए आकार में सीमित कर रहे हैं कि ध्यान दें.
  4. बाध्य प्रोटीन की संख्या का चयन चित्रा 5 में दिखाया गया है कि इसी तरह एक विनिर्देश पृष्ठ की ओर जाता है. यह पृष्ठ उपयोगकर्ता डीएनए अनुक्रम, अबाध डीएनए की पेचदार फार्म, और बाध्य प्रोटीन की पहचान और स्थानों को निर्दिष्ट करने की अनुमति देता है.
  5. विनिर्देश पृष्ठ के बीच में पाठ बॉक्स (चित्रा 5, लेबल 1) में वांछित अनुक्रम में उपयोगकर्ता प्रकार या चिपकाता है. ए, टी, सी, जी, और यू - - स्वीकार कर रहे हैं केवल मानक अवशेषों ध्यान दें. यहाँ हम एक 81 आधार जोड़ी hom में प्रवेशअनुक्रम असर किनारा में एक साथ एक · टी जोड़े की पूरी तरह से बना opolymer,.
  6. एक पुल से नीचे मेनू (चित्रा 5, लेबल 2) डीएनए की अपार क्षेत्रों के पेचदार रचना का चयन करने के लिए, पाठ बॉक्स के नीचे, वहाँ है. इस उदाहरण में हम बी फार्म रचना का चयन करें.
  7. बाध्यकारी स्थिति (एस) और बाध्य प्रोटीन (एस) के फ़ाइल नाम (एस) (चित्रा 5, लेबल 3) में प्रवेश के लिए विनिर्देश पृष्ठ के नीचे के निकट एक पाठ बॉक्स है. बाध्यकारी स्थिति डीएनए अनुक्रम पर प्रोटीन वाली टुकड़ा के केंद्र का स्थान निर्दिष्ट करता है. बाध्य डीएनए HBB डीएनए संरचना के रूप में आधार जोड़े की एक विषम संख्या भी शामिल हैं, बाध्यकारी स्थिति टुकड़ा के बीच आधार जोड़ी के स्थान को दर्शाता है. HBB वाली डीएनए के मामले में, इस बीच आधार जोड़ी एक टी · टी mispair है. इस उदाहरण में, हम डीएनए टेम्पलेट को HBB प्रोटीन की दो प्रतियां बाँध, जहां टी · टी जोड़ी पदों पर 20 और 81 आधार जोड़ी डीएनए सेवा क्षेत्र की 63 में रखा गया हैquence. बाध्य टुकड़ा के अनुक्रम उस के साथ मेल खाना जरूरी नहीं है कि नोट चरण 5 में प्रवेश किया. प्रोटीन वाली क्षेत्र बेस जोड़े का एक भी नंबर शामिल हैं, बाध्यकारी स्थिति डीएनए पर मध्यम आधार जोड़ी कदम के स्थान को दर्शाता है. यही है, समयबद्ध टुकड़ा का केंद्रीय आधार जोड़ी कदम आधार जोड़े n और n खंड के साथ निर्धारित संख्या में है जहां n 1, के बीच रखा गया है. में भी जाना जाता है और मानक PDB प्रारूप 13 में संग्रहीत किया जाता है कि उपयोगकर्ता इतने लंबे समय के डीएनए के साथ अपने परिसर की संरचना के रूप में किसी भी प्रोटीन के साथ डीएनए सजाने कर सकते हैं ध्यान दें.
  8. विनिर्देश पृष्ठ के तल पर उपयोगकर्ता प्रोटीन वाली डीएनए (चित्रा 5, लेबल 4) के एक पूर्वावलोकन उत्पन्न करने के लिए अनुमति देता है कि एक बॉक्स है. यहाँ हम उस चेक बॉक्स और 'जारी रखें' बटन पर क्लिक करें. इस कार्रवाई चयनित मानदंडों के साथ ही चयनित बाध्यकारी साइटों के ओवरलैप से उत्पन्न हो सकता है कि किसी भी त्रुटि लिस्टिंग एक समीक्षा पृष्ठ उत्पन्न करता है. उपयोगकर्ता से कर सकते हैंकिसी भी परिवर्तन किए हैं या आगे बढ़ने के लिए 'बिल्ड' बटन होने की जरूरत है 'वापस' बटन लेवल.
  9. अगले पेज इसकी सबसे विस्तारित व्यवस्था में डीएनए प्रोटीन परिसर के एक स्थिर छवि प्रदर्शित करता है और Jmol और Webmol के माध्यम से ऑन लाइन इंटरैक्टिव दृश्य के लिए अनुमति देता है. उपयोगकर्ता भी पी डी बी के विनिर्देशों के अनुसार स्वरूपित है कि एक समन्वय (. pdb) फ़ाइल डाउनलोड कर सकते हैं. यह उत्पन्न छवि नीचे दिए गए लिंक 'पुनर्निर्माण pdb फ़ाइल डाउनलोड' का चयन किया जाता है. उत्तरार्द्ध फाइल को आसानी से आगे दृश्य के लिए एक आणविक ग्राफिक्स कार्यक्रम में पढ़ा जा सकता है. HBB सजाया डीएनए के उदाहरण के लिए प्रतिनिधि परिणाम (चित्रा 6) ऊपर वर्णित है और पदों पर 20 और 67 में HBB केंद्रित के साथ एक थोड़ा अब (86 आधार जोड़ी) श्रृंखला देखें.

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Representative Results

3DNA सॉफ्टवेयर उपकरणों नियमित न्यूक्लिक एसिड संरचनाओं का विश्लेषण करने के लिए उपयोग किया जाता है. उदाहरण के लिए, आधार जोड़े की पहचान और डीएनए और आरएनए संरचनाओं के डबल पेचदार टुकड़ों में ठिकानों की व्यवस्था की विशेषताएँ कि कठोर शरीर पैरामीटर स्वतः न्यूक्लिक एसिड डाटाबेस 22, की एक दुनिया भर में भंडार में प्रत्येक नई प्रविष्टि के लिए गणना और जमा हो जाती है न्यूक्लिक एसिड संरचनात्मक जानकारी. प्रोटोकॉल 2 के साथ निर्धारित कठोर शरीर मापदंडों के मूल्यों को आसानी से पाया जाता है, इस तरह के बड़े सकारात्मक रोल कोण (64.95 डिग्री और 60.93 °) के साथ, प्रमुख नाली में झुकने चरम डीएनए के दो स्थलों के रूप में, तीन आयामी संरचना में विकृतियों प्रकट Borrelia burgdorferi HBB प्रोटीन 8 (चित्रा 1) के साथ क्रिस्टल परिसर में चरणों 13 और 22 एटी · एटी.

प्रोटोकॉल 3 के साथ इन मात्रा से संरचनाओं के पुनर्निर्माण के लिए सॉफ्टवेयर की क्षमता यह संभव निर्धारित करने के लिए कैसे बनाता मेंजुदा आधार और आधार जोड़ी कदम समग्र आणविक गुना करने के लिए योगदान करते हैं. चित्रा 2 में सचित्र, HBB द्वारा प्रेरित डीएनए की वैश्विक झुकने दो चरम रोल विकृतियों से ऊपर उल्लेख किया और अधिक से अधिक दर्शाता है. यही कारण है, डीएनए इन आधार जोड़ी कदम के साथ खंगाला जब अत्यधिक घुमावदार बनी हुई दो स्थलों पर अशक्त रोल कोण के साथ यानी, स्ट्रेट. उसी तकनीक पहले से बैक्टीरिया के लिए विशिष्ट आधार जोड़ी कदम और विकृतियों का nucleosome के मूल कण 6 की सतह पर लिपटे डीएनए की superhelical पिच को और बाध्य डीएनए की मामूली नाली की चौड़ाई के योगदान से पता चला है nucleoid- प्रोटीन जुड़े वित्तीय संस्थाओं 23.

संबंधित संरचनाओं की बड़ी संख्या की जांच करने के लिए प्रोटोकॉल 4 में वर्णित 3DNA में नई क्षमता,, यह संभव नकली डीएनए और आरएनए अणुओं के स्थानिक व्यवस्था में दोनों अनुक्रम और समय पर निर्भर पैटर्न निकालने के लिए बनाता है. उदाहरण के लिए, (पीला) कर्नलनकली डीएनए संरचना 11 के दो बड़े सेट में लगातार आधार जोड़े के बीच रोल कोण से या कोडिंग pyrimidine-प्यूरीन आधार जोड़ी कदम (चित्रा 3) में इन अणुओं की तरजीही झुकने का पता चलता है. डीएनए के सिरों पर कम अवधि के लिए जारी रहती है कि लाल रंग में दिखाया गया रोल के उच्च मूल्यों, स्थानीय पिघलने के सूचक हैं और डबल पेचदार संरचना की reannealing. ऐसे कोणों और पूरक अड्डों के बीच की दूरी के रूप में अन्य कठोर शरीर मापदंडों के परिवर्तन संबंधी पैटर्न समझने सटीक संरचनात्मक विकृतियों के लिए कर सकते हैं.

एक आम संदर्भ फ्रेम में संबंधित अणुओं को नई दिशा प्रोटोकॉल 5 में प्रस्तुत 3DNA सॉफ्टवेयर,, की क्षमता, पी डी बी में संग्रहीत फ़ाइलों के कई में छिपा समग्र संरचना की विशेषताओं का पता चलता है. उदाहरण के लिए, इसी परमाणुओं में से एक रूट मतलब वर्ग फिट के आधार पर संबंधित संरचनाओं की पारंपरिक संरेखण समान स्थानिक रास्ते की एक श्रृंखला टी का उत्पादनटोपी लगभग ओ 3 डीएनए ऑपरेटर के दस एनएमआर आधारित मॉडल लाख repressor प्रोटीन 12 (4 चित्र बाएं) की headpieces के लिए बाध्य है, यहाँ एक दूसरे पर ऊपर रखना. प्रत्येक डुप्लेक्स का 5'-टर्मिनल आधार जोड़ी पर एक आम समन्वय फ्रेम पर ही संरचनाओं के superposition अणुओं appreciably अलग दिशाओं (सही चित्रा 4) में फ्लेक्स जिसमें वैश्विक संरचना का बड़ा विकृतियों का पता चलता है. संरचनात्मक परिवर्तनशीलता Escherichia कोलाई लाख repressor प्रोटीन ओ 3 बांधता है और लाख ओपेरोन 24 में ओ 3 और क्रमिक रूप से दूर ऑपरेटरों के बीच एक पाश लाती है जिस आसानी से प्रभावित कर सकते हैं.

प्रोटोकॉल 6 में उल्लिखित चरणों, प्रोटीन और अन्य ligands के साथ मनमाना स्थलों पर सजाया लंबे डीएनए टुकड़े के मॉडल के निर्माण के लिए, बड़े macromolecular विधानसभाओं के संगठन पर एक नए परिप्रेक्ष्य कहते हैं. इस तरह के मॉडल बहु आणविक परिसरों समझने के लिए कैसे मददजैविक प्रक्रिया के दौरान बातचीत. चित्रा 6 में सचित्र, HBB तरह एक वास्तुशिल्प प्रोटीन का सटीक स्थान डीएनए के समग्र तह पर एक नाटकीय प्रभाव हो सकता है. ज्ञात उच्च संकल्प संरचना 8 की दो प्रतियां 43 आधार जोड़े से अलग होती है, तो एक 81 आधार जोड़ी डीएनए टुकड़ा एक चुस्त, लगभग बंद विन्यास में बंद कर देता है. दो प्रोटीन एक अतिरिक्त पाँच जोड़े आधार से अलग होती है, तो डीएनए एक खुला, घुमावदार मार्ग इस प्रकार है. प्रोटीन से सजाया द्वैध शो से बहुत अलग व्यवस्था कैसे वास्तु प्रोटीन की रिक्ति डीएनए 25, 26 की चक्रगति या पाशन प्रभावित कर सकते हैं.

चित्रा 1
चित्रा 1. डीएनए चा साथ लगातार आधार जोड़े के बीच रोल कोण की भिन्नता (दृश्य चित्रण के लिए डालने देखें)में Borrelia burgdorferi 8 से HBB प्रोटीन के लिए बाध्य. 3DNA की 'विश्लेषण' कमांड और प्रोटोकॉल 2 में वर्णित संरचनात्मक डेटा का उपयोग कर प्राप्त मान. कदम एटी में रोल के चरम मानों ध्यान दें कि ब्रैकेट संरचना के मध्य तीसरी.

चित्रा 2
चित्रा 2. रंग कोडित परमाणुओं (; एन नीले, ओ लाल, पी सोने सी सियान) के साथ PyMOL में गाया 'पुनर्निर्माण' 3DNA के समारोह और प्रयोग का निर्माण डीएनए के लगभग परमाणु मॉडल. HBB प्रोटीन और रोल के दो सबसे बड़े मूल्यों को शून्य करने के लिए स्थापित किए गए हैं, जहां कदम मापदंडों के (दाएं) एक संशोधित सेट की (बाएं) कठोर शरीर कदम मानकों पर आधारित मॉडल. कदम दर कदम निर्देश के लिए प्रोटोकॉल 3 देखें . रोल में लगाया परिवर्तन से प्रेरित डीएनए का खुलासा नोट.


चित्रा 3. नकली संरचनाओं 11 के दो सेट में डीएनए के साथ रोल कोण की मोजाइक छवियों. प्रोटोकॉल 4 का उपयोग कर निकाला रोल का मान, सीमा पर नीले रंग से लाल करने के लिए रंग कोडित रहे हैं [-5 °, 20 °]. दो 14 आधार जोड़ी आत्म पूरक दृश्यों में pyrimidine-प्यूरीन कदम पर होते हैं, जो पीला / लाल स्तंभों से प्रकाश डाला अड्डों और रोल के बड़े मूल्यों के विपरीत क्रम, ध्यान दें.

चित्रा 4
4 चित्रा. क्षमताओं का उदाहरण लाख repressor प्रोटीन headpieces 12 के साथ ओ 3 डीएनए ऑपरेटर की एनएमआर व्युत्पन्न संरचनाओं में पाया डीएनए मॉडल के कार्टून छवियोंPyMOL (अनिवार्य जरूरतों नीले लाठी के रूप में सोने की नलियों और ठिकानों के रूप में दिखाने के लिए) में गाया और (बाएं) पी डी बी प्रविष्टि (2kek) में निर्देशांक और प्रोटोकॉल 5 में प्रस्तुत (दाएं) संरचनात्मक superposition उपयोग कर गठबंधन आदेश 'x3dna_ensemble नई दिशा'. छवियाँ . 5'-टर्मिनल आधार जोड़ी पर एक आम संदर्भ फ्रेम में रखा जब संरचनाओं के बीच बड़े मतभेद ध्यान दें.

चित्रा 5
चित्रा 5. स्क्रीन w3DNA वेब सर्वर से डीएनए अनुक्रम की illustrating विनिर्देशों लेबल (1), अबाध डीएनए की पेचदार फार्म लेबल (2), पदों और प्रोटीन की पहचान लेबल (3), और पूर्वावलोकन छवि चेक बॉक्स लेबल (4) को गोली मार दी प्रोटोकॉल 6 में वर्णित है. बड़ा आंकड़ा देखने के लिए यहां क्लिक करें .

चित्रा 6
6 चित्रा. एक लंबे समय से डीएनए टुकड़ा करने के लिए बाध्य दो HBB प्रोटीन 8 के लगभग परमाणु मॉडल. प्रोटोकॉल 6 में वर्णित और PyMOL में प्रदान के रूप में w3DNA वेब सर्वर के साथ बनाया संरचनाएं. डीएनए परमाणु प्रकार (; एन नीले, ओ लाल, पी सोने सी सियान) द्वारा रंग कोडित है, जबकि प्रोटीन चेन बैंगनी रिबन के रूप में शो कर रहे हैं. प्रत्येक प्रोटीन बाध्यकारी साइटों के केंद्रीय आधार जोड़ी पदों पर निर्धारित है 86 आधार जोड़ी डीएनए श्रृंखला के साथ (बाएं) 20 और 62 में 81 आधार जोड़ी डीएनए श्रृंखला के साथ और (दाएं) 20 और 67. दो प्रोटीनों की वृद्धि (पांच आधार जोड़ी) विस्थापन के साथ जुड़े संरचनाओं की तह में बड़ा परिवर्तन नोट.

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Discussion

इस लेख में प्रस्तुत प्रोटोकॉल का सेट केवल कार्यक्रमों की 3DNA सूट की क्षमताओं पर संपर्क. उपकरण आदि,, ऐसे बाँधना होता है जिसमें माध्यमिक संरचनात्मक संदर्भों निर्धारित करने के लिए पेचदार टुकड़े के स्थानिक स्वभाव यों को, चेन रीढ़ साथ अड्डों में ओवरलैप को मापने के लिए, गैर विहित आधार जोड़े की पहचान करने के लिए संरचनाओं शाही सेना के लिए लागू किया जा सकता पुनर्निर्माण के आदेश उपयोगकर्ता चित्रा 1 इनसेट में दिखाया कि तरह कुर्सियां ​​और बेस जोड़े के सरल और सूचनाप्रद ब्लॉक अभ्यावेदन का निर्माण करने की अनुमति देता है. निर्माण उपकरण भी कई डबल, ट्रिपल, और चार असहाय डीएनए संरचना के मॉडल उत्पन्न करने के लिए, किसी दिए गए संरचनात्मक टेम्पलेट पर 'सूत्र' विभिन्न दृश्यों के लिए सुविधाओं में शामिल हैं, एक विशेष दिशा में पूरबी मॉडल के लिए, आदि के अंत में, 3DNA है ; के लिए कला वेब सर्वर न्यूक्लिक एसिड 27 के लिए Sws solvation वेब सेवा: ऐसी ही अन्य परियोजनाओं की एक संख्या में एक महत्वपूर्ण भूमिका निभाईaligning शाही सेना तृतीयक संरचनाओं 28, आणविक गतिशीलता परिणाम और संरचना भविष्यवाणी 29 के विश्लेषण के लिए MDDNA वेब आधारित उपकरण, हेडेक जानकारी चालित प्रोटीन डीएनए डॉकिंग विधि 30, शाही सेना संरचनाओं 31 के समारोह में टिप्पणी के लिए सारा सर्वर, 3 डी डार्ट डीएनए संरचना मॉडलिंग सर्वर 32, प्रोटीन डीएनए परिसरों 33 की संरचनात्मक विश्लेषण के लिए 3 डी पदचिह्न डेटाबेस, शाही सेना संरचनाओं 34 भीतर तीन आयामी टुकड़े की पहचान के लिए शाही सेना FRABASE 2.0 डेटाबेस, और जोड़ो में तुलना के लिए सेटर वेब सर्वर शाही सेना संरचनाओं 35 की. हमारी जानकारी के अनुसार, सुविधाओं और 3DNA के मजबूत प्रदर्शन के रिकॉर्ड की एक तुलनीय व्यापक संयोजन के साथ कोई अन्य न्यूक्लिक एसिड संरचना सॉफ्टवेयर पैकेज वर्तमान में वहाँ है.

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Disclosures

ब्याज की कोई संघर्ष की घोषणा की.

Acknowledgements

हम आणविक गतिशीलता सिमुलेशन में उत्पन्न डीएनए डबल हेलिक्स के निर्देशांक साझा करने के लिए Jiří Šponer के लिए आभारी हैं. हम भी इन संरचनाओं को डाउनलोड करने में सहायता के लिए नाडा Spackova को स्वीकार करते हैं. USPHS अनुसंधान अनुदान के माध्यम से इस काम का समर्थन GM34809 और GM096889 कृतज्ञता से स्वीकार किया है.

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