जीनोमिक प्रतिलिपि संख्या वेरिएंट की जांच के लिए सरणी तुलनात्मक जीनोमिक संकरण (ऐरे CGH)

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Biology

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Summary

जीनोमिक प्रतिलिपि संख्या वेरिएंट का पता लगाने के लिए ऐरे CGH जी बंधी कुपोषण विश्लेषण बदल दिया गया है। इस पत्र में प्रौद्योगिकी और एक नैदानिक ​​सेवा प्रयोगशाला में अपने आवेदन का वर्णन है।

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Ahn, J. W., Coldwell, M., Bint, S., Mackie Ogilvie, C. Array Comparative Genomic Hybridization (Array CGH) for Detection of Genomic Copy Number Variants. J. Vis. Exp. (96), e51718, doi:10.3791/51718 (2015).

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Abstract

Introduction

यह विलोपन या गुणसूत्र क्षेत्रों के अतिरिक्त प्रतियां बौद्धिक विकलांगता, dysmorphism और congentical विकृतियों का कारण है कि कई वर्षों के लिए जाना जाता है, और कुछ मामलों में आनुवंशिक सिंड्रोम एक कारण रहा है। हालांकि, इन परिवर्तनों के जीनोम चौड़ा पता लगाने के लिए मध्य 2000 के दशक तक ही उपलब्ध तकनीक नहीं कर सकते हैं असंतुलन का क्षेत्र और प्रकृति पर निर्भर करता है, 5-10Mb के आसपास के एक संकल्प किया है जो गुणसूत्र विश्लेषण,-बंधी जी का था, और जो सामग्री एक ही बैंडिंग पैटर्न के साथ एक अलग गुणसूत्र से एक क्षेत्र द्वारा बदल दिया गया है, जहां असामान्य गुणसूत्रों का पता लगाने। ऐसे स्वस्थानी संकरण और मल्टीप्लेक्स बंधाव-विशेष जांच प्रवर्धन में प्रतिदीप्ति के रूप में सहायक सितोगेनिक क तकनीक संदिग्ध विशिष्ट सहलाक्षणिक असंतुलन के मामलों में विशिष्ट loci के पूछताछ के लिए उपलब्ध किया गया है, लेकिन यह सरणी तुलनात्मक जीनोमिक संकरण की शुरूआत तक नहीं था (सरणी CGH) नियमित नैदानिक ​​नैदानिक ​​एस मेंप्रतिलिपि संख्या के जीनोम चौड़ा पता लगाने (CNVs) वेरिएंट कि ervice 2-5 (आमतौर पर 120kb के आसपास) एक बहुत बढ़ संकल्प पर संभव हो गया। कुछ क्षेत्रों में सामान्य जनसंख्या 6-7 में बड़े पैमाने पर कर रहे हैं के लिए अनुसंधान अध्ययन के साथ नैदानिक ​​सेवा कार्य अन्य CNVs, जबकि पहले से undetectable, ऐसे आत्मकेंद्रित और मिर्गी 8-11 के रूप में neurodisabilities साथ जुड़े रहे हैं, CNVs दिखाया है।

इस पत्र में वर्णित प्रोटोकॉल हमारे ब्रिटेन की राष्ट्रीय स्वास्थ्य सेवा (एनएचएस) नैदानिक ​​नैदानिक ​​प्रयोगशाला में प्रयोग किया जाता है; हम इस राज्य वित्त पोषित सेवा में लागत कम करने के लिए उपन्यास संकरण रणनीतियों, बैच परीक्षण और रोबोटिक्स का उपयोग करें।

नीचे विस्तृत प्रोटोकॉल से पहले, उच्च गुणवत्ता डीएनए उपयुक्त सामग्री शुरू, आमतौर पर रक्त, संवर्धित कोशिकाओं या ऊतकों के नमूनों से निकाला जाना चाहिए। 280 absorbance के अनुपात (ख चाहिए: spectrophotometry एकाग्रता को मापने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है और 260 की जांच (> 50 एनजी / उल होना चाहिए)ई 1.8-2.0)। जेल वैद्युतकणसंचलन डीएनए महत्वपूर्ण गिरावट के बिना उच्च आणविक वजन की है कि जांच करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है।

इस प्रोटोकॉल स्वचालित तरल से निपटने रोबोटिक्स का उपयोग कर चला प्रति 96 नमूने लेबलिंग कर रहे हैं कि उच्च throughput प्रयोगशालाओं के लिए बनाया गया है। हालांकि, यह स्वचालन बिना कम throughput प्रयोगशालाओं के लिए अनुकूलित किया जा सकता है।

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Protocol

1. लेबलिंग रिएक्शन

  1. प्रयोग के लिए तैयार -20 सी में प्लेटें और दुकान 96 अच्छी तरह से में निर्माता की सिफारिश की सांद्रता में, पूर्व विभाज्य cyanine 3 और 5 लेबल dUTPs, लेबल हटाया गया न्यूक्लियोटाइड और यादृच्छिक प्राइमरों का उपयोग करने से पहले। इस प्रोटोकॉल, विभाज्य उपयुक्त लेबल किया dUTP की 10.5 μl और 10.5 μl लेबल हटाया गया न्यूक्लियोटाइड और अच्छी तरह से प्रत्येक के लिए यादृच्छिक प्राइमरों के प्रयोजनों के लिए।
  2. प्रकाश से रक्षा के बारे में एक घंटे के लिए 4 डिग्री सेल्सियस पर न्यूक्लियोटाइड और प्राइमरों के लिए तैयार करने के लिए उपयोग 96 अच्छी तरह से थाली, गला लें।
  3. Thawed एक बार, प्रकाश से सुरक्षित कम से कम 30 मिनट के लिए आरटी पर इस प्लेट संतुलित करना।
  4. कम से कम 15 मिनट के लिए 60 डिग्री सेल्सियस पर डीएनए नमूनों संतुलित करना।
  5. एक तरल से निपटने रोबोट का उपयोग करना, एक 96 अच्छी तरह से थाली के प्रत्येक अच्छी तरह से करने के लिए Nuclease मुक्त पानी बांटना।
    नोट: पानी की मात्रा प्रत्येक इनपुट डीएनए नमूने की एकाग्रता पर निर्भर करेगा और 50 एनजी / उल के अंतिम एकाग्रता में परिणाम के लिए पर्याप्त होना चाहिए।
  6. एक तरल हान का प्रयोगdling रोबोट, 96 अच्छी तरह से थाली के एक कुएं में पिपेट डीएनए के एक माइक्रोग्राम प्रति (1.5 देखें) 20 μl के लिए कुल मात्रा लाने के लिए।
    नोट: डेटा जिसके परिणामस्वरूप की गुणवत्ता से समझौता किया जा सकता है, हालांकि डीएनए की छोटी मात्रा में इस्तेमाल किया जा सकता है (अनमोल नमूनों के लिए, 400 एनजी करने के लिए नीचे इनपुट डीएनए मात्रा में इस्तेमाल किया जा सकता है)।
  7. एक तरल से निपटने रोबोट का प्रयोग, पतला डीएनए की थाली के प्रत्येक कुएं में equilibrated न्यूक्लियोटाइड और प्राइमरों के 20 μl हस्तांतरण।
  8. पट्टी टोपियां (एक तंग सील महत्वपूर्ण है) के साथ 96 अच्छी तरह से थाली सील।
  9. एक गर्म ढक्कन के साथ एक पीसीआर मशीन में 10 मिनट के लिए 99 डिग्री सेल्सियस पर डीएनए denature और फिर पानी रखना प्राइमरों के लिए 5 मिनट के लिए बर्फ पर शांत तस्वीर।
  10. एक तरल से निपटने रोबोट का उपयोग करना, अच्छी तरह से प्रत्येक DNAs और पिपेट मिश्रण करने के लिए Klenow Exo डीएनए पोलीमरेज़ एंजाइम के 10 μl जोड़ें।
    नोट: कुल मात्रा 50 μl होना चाहिए।
  11. 96 अच्छी तरह से थाली सील और 16 घंटे के लिए 37 डिग्री सेल्सियस पर सेते हैं।
    नोट: 4 घंटे की एक छोटी ऊष्मायन तथापि में एक हे / एन पर्याप्त हैcubation अधिक सुविधाजनक हो सकता है।
  12. एक तरल से निपटने रोबोट का उपयोग करना, अच्छी तरह से प्रत्येक के लिए रोक बफर के 5 μl जोड़ें।
    नोट: लेबलिंग प्रतिक्रिया के लिए इस्तेमाल किया अभिकर्मकों का एक सारांश तालिका 1 में दिखाया गया है।

अनिगमित न्यूक्लियोटाइड 2. निकालना

  1. सिलिका झिल्ली आधारित स्पिन कॉलम और एक समर्पित स्पिन स्तंभ प्रसंस्करण रोबोट (स्पिन कॉलम भी मैन्युअल संसाधित किया जा सकता है) का उपयोग कर अनिगमित न्यूक्लियोटाइड निकालें। निर्माता के निर्देशों का पालन करें।
    1. अच्छी तरह से एक 2 मिलीलीटर ट्यूब करने के लिए प्रत्येक की सामग्री स्थानांतरण; अच्छी तरह से पहचान पत्र के साथ पूर्व लेबल इन।
      नोट: इस कदम के लिए एक तरल से निपटने रोबोट का उपयोग कर मैन्युअल रूप से या बेहतर प्रदर्शन किया जा सकता है।
    2. एक स्पिन स्तंभ प्रसंस्करण रोबोट का उपयोग करते हैं, तो 2 मिलीलीटर ट्यूब, डीएनए शुद्धि स्पिन कॉलम और एसोसिएटेड buffers के साथ रोबोट लोड।
    3. सिलिका के लिए लेबल डीएनए बाध्य करने के लिए लेबलिंग प्रतिक्रिया के लिए 250 μl उच्च नमक, डीएनए बाध्यकारी बफर (बफर पंजाब) जोड़ेंझिल्ली।
    4. 500 μl धो बफर (पीई बफर) के साथ दो बार झिल्ली धोने से अशुद्धियों को दूर।
    5. ~ 12 μl की एक मात्रा में शुद्ध, लेबल डीएनए ठीक करने के लिए झिल्ली के लिए 15 μl कम नमक क्षालन बफर (ईबी बफर) जोड़ें।

3. Hyb जोड़े जुडा

  1. Cyanine 3 और 5 लेबल डीएनए के उपयुक्त जोड़े जुडा है, खाट-एक डीएनए, एक निर्माता की आपूर्ति अवरुद्ध मिश्रण और एक तरल से निपटने रोबोट का उपयोग कर एक निर्माता की आपूर्ति संकरण बफर।
    नोट: साझा CNVs एक मुद्दा नहीं हैं, तो ये HYB जोड़े (उदाहरण के लिए, हम नियमित तौर पर वे बहुत हैं, के रूप में इस तरह के एक craniosynostosis रोगी बनाम एक गुर्दे dysplasia के रोगी के रूप में फेनोटाइप-बेमेल नमूने, इस जोड़ी नमूना बनाम एक नमूना और एक संदर्भ, या नमूना हो सकता है ) एक ही चिकित्सकीय महत्वपूर्ण CNV ले जाने की संभावना नहीं है। एक संदर्भ के डीएनए का उपयोग करते हैं, तो एक व्यावसायिक डीएनए की आपूर्ति की सिफारिश की है, और यह नमूना के साथ संसाधित किया जाना चाहिए।
    1. एक तरल से निपटने की भूमिका का प्रयोगबॉट, खाट-एक डीएनए (3333 एनजी / μl) जोड़ने के निर्माता-आपूर्ति की हर अच्छी तरह से 1.1 μl खाट-एक डीएनए, 4.95 μl अवरुद्ध मिश्रण और 24.75 होता है कि तो एक 96 अच्छी तरह से थाली के प्रत्येक अच्छी तरह से करने के लिए मिश्रण और संकरण बफर अवरुद्ध μl संकरण बफर।
    2. प्रत्येक अच्छी तरह से करने के लिए उपयुक्त cyanine 3-लेबल डीएनए की 9.35 μl जोड़ें। प्री-गीला प्रत्येक टिप सटीकता pipetting बढ़ाने के लिए।
    3. प्रत्येक अच्छी तरह से करने के लिए उपयुक्त cyanine 5 लेबल डीएनए के 9.35 μl जोड़ें। प्री-गीला प्रत्येक टिप सटीकता pipetting बढ़ाने के लिए।
    4. 1 मिनट के लिए 96 अच्छी तरह से थाली और भंवर सील। अच्छी तरह से प्रत्येक के तल पर सामग्री को इकट्ठा करने के लिए 96 अच्छी तरह से थाली स्पिन।

4. संकरण

  1. 65oC करने के लिए एक संकरण पहले से गरम ओवन और एक समर्थन स्लाइड और प्रत्येक सरणी स्लाइड के लिए एक संकरण कक्ष prewarm।
    1. सरणियों के लिए आवेदन किया जा रहा से पहले एक पूर्व संकरण ऊष्मायन में लेबल डीएनए denature। 24 घंटे के लिए एक घूर्णन ओवन में संकरण प्रदर्शन करते हैं।
    2. 30 मिनट के लिए 70 डिग्री सेल्सियस पर 96 अच्छी तरह से थाली सेते हैं और फिर कम से कम 5 मिनट के लिए 37 डिग्री सेल्सियस पर छोड़ दें।
    3. 42 डिग्री सेल्सियस पर एक गर्म मंच पर कार्य करना है, का उपयोग करने से पहले एक संकरण कक्ष में प्रत्येक का समर्थन स्लाइड लोड। गैस्केट स्लाइड के पारदर्शी भाग संकरण चैंबर के 'विंडोड' भाग के साथ संरेखित करता है कि सुनिश्चित करें।
    4. Pipet पहले से तैयार संकरण मिश्रण के 42 μl स्लाइड का समर्थन सरणी पर उचित स्थिति पर (धारा 3 देखें)। प्री-गीला प्रत्येक टिप सटीकता pipetting बढ़ाने के लिए। Pipet धीरे-धीरे यकीन कर रही है प्रत्येक स्थिति के केंद्र पर तरल रबर की अंगूठी सीमा को स्पर्श नहीं करता है।
    5. समर्थन स्लाइड पर सभी पदों पर रह रहे हैं एक बार, इसे ध्यान पर सरणी स्लाइड कम और संकरण चैम्बर इकट्ठा। उस पर लिखने के साथ सरणी के पक्ष समर्थन स्लाइड का सामना करना पड़ रहा है कि सुनिश्चित करें। पूरी तरह से संकरण कक्ष पेंच कसने के लिए सुनिश्चित करें।
    6. इकट्ठे संकरण कक्ष का निरीक्षण किया। एवहां रबर की अंगूठी सीमाओं के बाहर संकरण मिश्रण का कोई रिसाव है और संकरण कक्ष खड़ी अपने अंत पर विश्राम किया जाता है जब प्रत्येक हवा बुलबुला ऊंचाई में ~ 4 मिमी है कि nsure। संकरण कक्ष घुमाएँ और स्थिति में और आगे बढ़ नहीं फंस रहे हैं कि कोई हवाई बुलबुले हैं कि वहाँ की जाँच करें। इनमें से कोई भी कर रहे हैं, चैम्बर बेंच पर एक तेज नल दे। सभी हवाई बुलबुले आगे बढ़ रहे हैं की जाँच करें।
    7. 24 घंटे के लिए 65 डिग्री सेल्सियस पर घूर्णन ओवन में संकरण चैम्बर रखें। ओवन रोटर संतुलित है सुनिश्चित करें; यदि आवश्यक हो तो अन्य खाली कक्षों का उपयोग करें।

5. धुलाई और स्कैन स्लाइड्स

  1. अतिरिक्त लेबल डीएनए को हटाने और फिर हर जांच के प्रतिदीप्ति मापने के लिए स्कैन करने के लिए सरणियों धो लें।
    1. ओवन और अलग से बाहर संकरण कक्षों ले लो। सरणी और गैसकेट स्लाइड एक साथ अटक जाएगा; धोने बफर एक में इन डूब और उन्हें अलग जिज्ञासा की प्लास्टिक, फ्लैट धार संदंश की एक जोड़ी का उपयोग करें।
    2. डिगैस्केट स्लाइड scard और बफर एक में डूबे एक रैक में सरणी स्लाइड जगह है।
    3. सख्ती क्रियाशीलता, 5 मिनट के लिए नए सिरे से धो बफर एक की ~ 700 मिलीलीटर में सरणी स्लाइड धो (एक कबाड़ी और एक चुंबकीय उत्तेजक का उपयोग करें)।
    4. ~ 700 मिलीलीटर धो बफर करने के लिए 2 सरणी स्लाइड स्थानांतरण और सख्ती क्रियाशीलता, 90 सेकंड के लिए धो लो। धीरे धोने बफर 2 के बाहर सरणी स्लाइड लिफ्ट, वे सूखी उभरना चाहिए।
    5. एक स्लाइड रक्षक का उपयोग करते हुए, स्कैनर का एक स्लाइड धारक में सरणी स्लाइड लोड करें। सरणी स्कैनर में स्लाइड लोड और सरणी निर्माता के निर्देशों का पालन स्कैन।

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Representative Results

एक संकरित सरणी पर हर जांच लाल और हरे रंग fluorochromes का एक मिश्रण के रूप में कल्पना की है (चित्रा 1 देखें)। हर जांच के लिए हरी फ्लोरोसेंट संकेत करने के लिए लाल रंग का अनुपात स्कैनर द्वारा मात्रा निर्धारित है और संबंधित सॉफ्टवेयर उनके जीनोमिक स्थिति के अनुसार log2 अनुपात के रूप में इन भूखंडों, और बाहर पूर्व निर्धारित सीमाओं गिरने क्षेत्रों को पहचानती है। जिसके परिणामस्वरूप सरणी निशान genomically असंतुलित रूप में पहचान क्षेत्रों की व्याख्या की अनुमति है। उदाहरण के लिए, विलियम्स सिंड्रोम, 7 गुणसूत्र के समीपस्थ क्षेत्र में कम प्रतिलिपि दोहराता द्वारा मध्यस्थता एक आवर्ती microdeletion सिंड्रोम के साथ एक बच्चे से ट्रेस, चित्रा 2 में सचित्र है। इस असंतुलन सॉफ्टवेयर द्वारा की पहचान की थी और एक लाल रेखा ने संकेत दिया।

जीनोम के सामान्य क्षेत्रों के लिए 1: 1 के एक हरी / लाल अनुपात का संकेत है, चित्रा 2 में दिखाया गया है फ्लोरोसेंट प्रवेश अनुपात, शून्य के आसपास बारीकी क्लस्टर चाहिए जांच। बिखरे हुए सरणी निशान resul सकता है गलत असामान्य क्षेत्रों में से बुला, या जीनोमिक असंतुलन की पहचान करने में विफलता में टी (चित्रा 3 देखें)। इस तरह के बिखराव गरीब डीएनए गुणवत्ता, या वातावरण में ओजोन का उठाया स्तर की उपस्थिति सहित कारकों की एक संख्या के कारण हो सकता है। ओजोन स्तर की निगरानी की सिफारिश की है, और जहां ऊंचा ओजोन स्तर समस्याग्रस्त हैं, समर्पित ओजोन बहिष्कार अलमारियाँ उपलब्ध हैं; इन अलमारियाँ के उपयोग आम तौर पर स्पष्ट रूप से सुधार सरणी गुणवत्ता में यह परिणाम है।

चित्र 1
एक सरणी निम्नलिखित संकरण की चित्रा 1. छवि। सफेद बॉक्स लाल जांच और हरे रंग की जांच पीले जांच की पृष्ठभूमि के खिलाफ, (इन जांच के प्रतिनिधित्व वाले क्षेत्रों के लिए असंतुलन का संकेत है) देखे जा सकते हैं, जहां एक बढ़ाया क्षेत्र को दिखाती है (संतुलित जीनोमिक क्षेत्रों का संकेत )।

ontent "के लिए: रख-together.within पृष्ठ =" हमेशा "> चित्र 2
43 लगातार जांच के लिए -0.8 के एक औसत अनुपात द्वारा दिखाए गए एक 1.7Mb विलोपन के साथ एक नमूना है, में 7 गुणसूत्र के लिए चित्रा 2 (ए) उदाहरण ट्रेस। इस मामले में हटाए गए क्षेत्र कुरूपता सुविधाओं, एक दिल दोष और बौद्धिक विकलांगता की सिफ़ारिश के संकेत के साथ संगत विलियम्स-Beuren सिंड्रोम, के साथ जुड़ा हुआ है। (बी) USCS जीनोम ब्राउज़र में प्रदर्शित से ऊपर हटाए गए क्षेत्र, हटाए भीतर जीन दिखा क्षेत्र। इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।

चित्र तीन
चित्र तीन।गरीब संकरण के साथ एक नमूने में गुणसूत्र 7 के लिए एक बिखरे हुए सरणी का पता लगाने का उदाहरण। यह आंकड़ा का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।

अभिकर्मक वॉल्यूम (μl)
प्राइमर और प्रतिक्रिया बफर 20
डीएनए (1μg) + पानी 20
Klenow exonuclease डीएनए पोलीमरेज़ 10

लेबलिंग प्रतिक्रिया के लिए इस्तेमाल किया अभिकर्मकों की तालिका 1. सारांश।

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Discussion

ऐरे CGH ऐसे triploidy के रूप में संतुलित rearrangements या ploidy असामान्यताओं का पता नहीं लगा होगा। इसके अलावा, कम स्तर मोज़ेक असंतुलन नहीं पाया जा सकता है। हालांकि, सरणी CGH यह कई कोशिकाजननप्रकरण प्रयोगशालाओं में बदल दिया गया है, जो जी बंधी गुणसूत्र विश्लेषण से CNV का पता लगाने के लिए एक उच्च संकल्प किया है। इसलिए यह जीनोम चौड़ा CNV का पता लगाने के लिए वर्तमान स्वर्ण मानक है। यह भविष्य में अगली पीढ़ी के अनुक्रमण प्रौद्योगिकियों द्वारा प्रतिस्थापित किया जा सकता है, लेकिन वर्तमान में, उनकी लागत और तकनीकी जटिलताओं यह अभी तक नैदानिक ​​इस्तेमाल के लिए एक अच्छा फिट नहीं है कि इसका मतलब यह CNV का पता लगाने के लिए पढ़ता है कम उपयोग करने के साथ जुड़े।

यहाँ वर्णित प्रोटोकॉल हमारे नैदानिक ​​सेवा प्रयोगशाला में नियमित प्रयोग में है। 96 नमूने प्रत्येक के दो रन एक तरल से निपटने रोबोट और एक समर्पित सिलिका झिल्ली स्पिन स्तंभ प्रसंस्करण रोबोट का उपयोग कर प्रत्येक सप्ताह कार्रवाई की जाती है। स्वचालन अत्यधिक स्थिरता में सुधार और गुणवत्ता बनाए रखने के लिए सिफारिश की है। डीएनए खून से निकाला, लार, जन्म के पूर्व नमूने (जैसे, कोरियोनिक विल्ली या एमनियोटिक द्रव) या ऊतकों के नमूनों हो सकता है और नियमित रूप से है, इस प्रोटोकॉल के साथ प्रयोग किया।

ओजोन cyanine रंजक नीचा करने के लिए जाना जाता है और इसलिए ओजोन की निगरानी और सुरक्षा की सिफारिश की है। ओजोन के स्तर में मौसमी बदलाव के भी आम है। लगातार हमारे प्रयोगशाला पर नज़र रखता है और रिकॉर्ड ओजोन का स्तर। एक दीवार पर चढ़कर ओजोन हटाने इकाई ओजोन का स्तर और प्रोटोकॉल का विशेष रूप से संवेदनशील भागों को कम करने के लिए प्रयोग किया जाता है (यानी, कपड़े धोने और स्कैनिंग सरणियों) ओजोन मुक्त डाकू में प्रदर्शन कर रहे हैं। यदि संभव हो, ओजोन स्तर 5 पीपीबी से नीचे रखा जाता है।

अधिकांश अभिकर्मकों प्रभावी रूप से गुणवत्ता नियंत्रण आउटसोर्स करने के लिए निर्माताओं से किट के रूप में खरीदा जाता है; यह एक प्रभावी रणनीति साबित हुई है। हालांकि, इस गुणवत्ता नियंत्रण की आवश्यकता नहीं है कि इसका मतलब यह नहीं है। दरअसल, गुणवत्ता मेट्रिक्स ध्यान से किसी भी विसंगतियों के लिए निगरानी कर रहे हैं: log2 अनुपात (DLRS) के व्युत्पन्न मानक विचलन ख किया जाना चाहिए0.2 elow, cyanine 3 और 5 के संकेत तीव्रता से अधिक 500 और cyanine 3 और 5 के संकेत शोर अनुपात> 30 होना चाहिए करने के लिए होना चाहिए। ये मीट्रिक स्कैनिंग सॉफ्टवेयर के द्वारा स्कैनिंग प्रोटोकॉल के हिस्से के रूप में उत्पन्न कर रहे हैं और लंबी अवधि की निगरानी के लिए दर्ज हैं।

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Materials

Name Company Catalog Number Comments
CGH microarray 8 x 60K Agilent G4126
Array CGH wash buffers Agilent 5188-5226
Array CGH hybridisation buffer Agilent 5188-5380
Minelute purification kit Qiagen 28006
Array CGH labelling kit Enzo ENZ-42672-0000

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References

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