प्रोटीन विश्लेषण के लिए सतत मान्यता पैटर्न उत्पन्न इलेक्ट्रॉनिक जीभ

Bioengineering

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Hou, Y., Genua, M., Garçon, L. A., Buhot, A., Calemczuk, R., Bonnaffé, D., Lortat-Jacob, H., Livache, T. Electronic Tongue Generating Continuous Recognition Patterns for Protein Analysis. J. Vis. Exp. (91), e51901, doi:10.3791/51901 (2014).

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Abstract

Introduction

सटीक और तेजी से प्रोटीन संवेदन तरीकों चिकित्सा निदान और प्रोटिओमिक्स में बहुत महत्वपूर्ण हैं. ऐसे biochips के रूप में शास्त्रीय प्रोटीन का पता लगाने सरणियों, "ताला और चाबी" मान्यता सिद्धांत पर आधारित है और इस तरह के aptamers, एंटीबॉडी, या mimetics के रूप में विशिष्ट रिसेप्टर्स की आवश्यकता है.

हाल के वर्षों में, मानव घ्राण और gustation से प्रेरित अंतर संवेदन एक विकल्प 1 रूप में उभरा है. इस इलेक्ट्रॉनिक नाक / जीभ (एन / ईटी) दृष्टिकोण लक्ष्य अणुओं के लिए अत्यधिक विशिष्ट या चयनात्मक होने की जरूरत नहीं है कि पार प्रतिक्रियाशील रिसेप्टर्स (CRRs), की एक सरणी के लिए analytes की बाध्यकारी अंतर पर आधारित है इस प्रकार श्रमसाध्य बढ़ना करने की अनुमति अत्यधिक चयनात्मक रिसेप्टर्स के विकास की प्रक्रिया. यह अपनी पहचान की अनुमति, एक अंगुली की छाप की तरह, प्रत्येक नमूना के लिए एक विशिष्ट पैटर्न बनाता है कि सभी रिसेप्टर्स की संयुक्त प्रतिक्रिया है.

चुनाव के विकास के लिए दो प्रमुख चुनौतियोंप्रभावी प्रोटीन संवेदन के लिए इलेक्ट्रॉनिक नाक / जीभ संरचनात्मक समान analytes और बाध्यकारी घटना के लिए उपयुक्त पारगमन प्रणाली के बीच भेद करने की क्षमता है कि संवेदन तत्वों का उत्पादन कर रहे हैं. अब तक, पढ़ाई सरणी विकास 2 के लिए विभिन्न तरीकों की सूचना दी है. एक अध्ययन में उदाहरण के लिए प्रोटीन की एक सरणी आधारित पहचान विभिन्न अमीनो एसिड या प्रोटीन और के लिए अलग से चार्ज परिधि के लिए समानता के लिए एक हाइड्रोफोबिक कोर रखने अंतर रिसेप्टर्स प्रदान करने के लिए dipeptides को carboxyl समूहों युग्मन द्वारा टेट्रा-carboxyphenylporphyrin डेरिवेटिव से तैयार CRRs का उपयोग कर विकसित किया गया था प्रदान अंतर बंधन. इस प्रणाली का उपयोग करना, विभिन्न प्रोटीन और प्रोटीन मिश्रण analytes 3,4 के साथ बातचीत पर रिसेप्टर्स की प्रतिदीप्ति शमन मापने के द्वारा की पहचान की गई. एक अन्य अध्ययन में, एक hexasubsti पर एक मिश्रित रास्ते में संश्लेषित त्रिपेपटाइड और boronic एसिड moieties युक्त 29 CRRs के एक पुस्तकालयtuted बेंजीन पाड़ एक सूचक तेज वर्णमिति पता लगाने 5,6 के साथ प्रोटीन संवेदन के लिए विकसित किया गया था. इस तरह के एक डिजाइन के साथ, प्रत्येक रिसेप्टर ग्लाइकोप्रोटीन से प्रोटीन के भेदभाव में सहायता पेप्टाइड बाहों में विचरण पर आधारित प्रोटीन, और boronic एसिड के साथ अंतर बाध्यकारी क्षमता दिखाया. अभी हाल ही में एक anionic फ्लोरोसेंट बहुलक पाली (पी phenyleneethynylene) (पीपीई) के साथ संयुग्मित अलग cationic functionalized सोना नैनोकणों से बना एक सरणी का पता लगाने और प्रोटीन 7 की पहचान करने के लिए बनाया गया है. प्रतिस्पर्धी प्रोटीन के लिए अलग मान्यता पैटर्न के उत्पादन, प्रोटीन के बीच बंधन और प्रतिदीप्ति पुनर्जीवित पीपीई / सोने nanoparticle परिसरों बुझती. इस अध्ययन में, functionalized nanoparticle प्रोटीन बातचीत nanoparticle अंत समूहों के भौतिक गुणों अलग से देखते थे. इसके अलावा, यह इस दृष्टिकोण जटिल और प्रोटीन युक्त मध्यम ऐसे में प्रोटीन विश्लेषण के लिए प्रभावी है कि दिखाया गया थाphysiologically प्रासंगिक सांद्रता में मानव सीरम के रूप में, इस प्रकार की बीमारी राज्यों 8 निदान के लिए वास्तविक नमूने की रूपरेखा में एट के संभावित दिखा.

बहुत ही होनहार हालांकि, इन पद्धतियों के कुछ निहित सीमाएं हैं. वे डिजाइन और काफी जटिल संरचनाओं के साथ 5 से 29 CRRs से synthesizing की आवश्यकता होती है. इसके अलावा, प्रत्येक माप निम्नलिखित रीसेट है कि घ्राण प्रणाली के विपरीत, प्रोटीन संवेदन नमूना प्रति एक सरणी की तैयारी की आवश्यकता है. अंत में, निगरानी वास्तविक समय बाध्यकारी घटनाओं बेहद मुश्किल हैं.

इस संदर्भ में एक मिश्रित दृष्टिकोण विभिन्न भौतिक गुणों के साथ सरल और आसानी से सुलभ अणुओं की एक छोटी संख्या का उपयोग करके प्रस्तावित किया गया था (तटस्थ नकारात्मक आरोप लगाया सकारात्मक आरोप लगाया हाइड्रोफिलिक, हाइड्रोफोबिक,,,, आदि.) बिल्डिंग ब्लॉक्स (बीबीएस) के रूप में 9. करने के लिए मिश्रण में अलग BBs और नियंत्रित अनुपात मिश्रण और अनुमति देकर एक की सोने की सतह पर स्वयं को इकट्ठाचश्मे, प्रोटीन बंधन के लिए उपयुक्त गुणों की विशेषता मिश्रित सतहों की एक सरणी बनाया गया था. विशेष रूप से, इस प्रणाली पर आत्म इकट्ठे monolayers तेजी से और कुशलता से उत्पादित करने के लिए विविध मिश्रित पार प्रतिक्रियाशील रिसेप्टर्स (CoCRRs), सक्रिय करने के एक बेहद अलग फैशन में सतह के गुणों की एक श्रृंखला के लिए आसान ट्यूनिंग अनुमति देते हैं. प्रोटीन संवेदन एक ऑप्टिकल पहचान प्रणाली का उपयोग किया गया था, plasmon अनुनाद इमेजिंग (SPRI) सतह. संक्षेप में, एक एलईडी से एक व्यापक बीम रंग ध्रुवीकृत प्रकाश चश्मे की सतह पर पूरे CoCRR सरणी क्षेत्र illuminates. एक उच्च संकल्प सीसीडी वीडियो कैमरा CoCRR सरणी के सभी स्थानों में वास्तविक समय का अंतर चित्र प्रदान करता है. यह बाध्यकारी घटनाओं और गतिज प्रक्रियाओं 10 पर विस्तृत जानकारी प्रदान करने CoCRR सरणी की सतह पर स्थानीय परिवर्तनों के सभी कब्जा. इस बीच, इमेजिंग सॉफ्टवेयर की मदद से, स्पॉट के लिए इसी SPR चित्र स्वतः परावर्तन versu की विविधताओं में बदल रहे हैंsensorgrams बुलाया गतिज बाध्यकारी घटता की एक श्रृंखला पैदा करने, समय है. इस प्रकार, spri बंधन घटनाओं के लेबल से मुक्त,, तुल्यकालिक, समानांतर और वास्तविक समय अवलोकन की अनुमति देता है. साथ ही, प्राप्त CoCRR सरणी प्रोटीन विश्लेषण के लिए regenerable और पुन: प्रयोज्य है.

इस प्रोटोकॉल इमारत ब्लॉक के रूप में केवल दो छोटे अणुओं का उपयोग करके इलेक्ट्रॉनिक जीभ का निर्माण का वर्णन और spri के साथ प्राप्त की सतत मान्यता पैटर्न के आधार पर आम प्रोटीन के विश्लेषण के लिए अपने आवेदन को दिखाता है.

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Protocol

विभिन्न समाधान और प्रोटीन के नमूने की 1. तैयारी

  1. 50 मिमी नाह 2 पीओ 4, 50 मिमी NaCl युक्त फॉस्फेट बफर समाधान (पीबीएस जी) के 100 मिलीलीटर, और पीएच 6.8 से कम 10% ग्लिसरॉल तैयार करें.
  2. 7.4 पीएच में 10 मिमी HEPES, 150 मिमी NaCl, 0.005% बीच 20 युक्त HEPES बफर समाधान की 250 मिलीलीटर की तैयारी.
  3. पीबीएस जी में 0.2 मिमी लैक्टोज (चित्रा 1) सल्फेटकृत निर्माण खंड 1 (BB1) लैक्टोज और निर्माण खंड 2 (BB2) के शेयर समाधान तैयार है.
  4. 1 माइक्रोन से कम एक पुष्पक्रम hypogaea लेक्टिन (AHL) 500 एनएम, मायोग्लोबिन में, और 500 एनएम पर lysozyme: HEPES में प्रोटीन समाधान के 1 मिलीलीटर तैयार करें.
  5. Ultrapure पानी में 1% एसडीएस की 20 मिलीलीटर की तैयारी.

CoCRR ऐरे की 2. तैयारी

  1. 75% ऑक्सीजन, 25% आर्गन, 0.6 एमबार, बिजली 40 डब्ल्यू: इन परिस्थितियों में 3 मिनट के लिए एक प्लाज्मा क्लीनर के साथ प्रयोग करने से पहले चश्मे 48 घंटा के सोने की सतह को साफ
  2. ग्यारह शुद्ध और मिश्रित solutio तैयार[BB1] / साथ BB1 और BB2 के एनएस ([BB1] [BB2]) पीबीएस जी में 0.1 मिमी की कुल बीबी एकाग्रता में 10% की वृद्धि के साथ 0 से 100% के बीच अनुपात.
  3. जमा में कुल 44 स्पॉट (चित्रा 2) के साथ प्रत्येक अनुपात के लिए चार प्रतियों में एक गैर संपर्क निशानदेही का उपयोग चश्मे सतह पर इन शुद्ध और मिश्रित समाधान के 8 नाथन बूंदों.
    नोट: पीबीएस जी में गयी 10% ग्लिसरॉल विलायक वाष्पीकरण और बयान के बाद बी बी एकाग्रता के परिवर्तन को कम करने के लिए बहुत महत्वपूर्ण है.
  4. Ultrapure पानी की 1 मिलीलीटर युक्त एक पेट्री डिश के अंदर चश्मे प्लेस और यह सोने की सतह पर BB1 और BB2 की आत्म विधानसभा के लिए आरटी पर ओ / एन छोड़ दें. इस के साथ साथ, यह मिश्रित SAMs में औसत सतह रचना बयान मिश्रित समाधान की संरचना (चित्रा 3) 11 दर्शाता है कि माना जाता है.
  5. Ultrapure पानी से अच्छी तरह चश्मे धो लें और फिर आर्गन के प्रवाह के तहत शुष्क.

3 प्रोटीन सेंसिंग spri द्वारा

  1. Incubato सेटआर जिसमें spri तंत्र प्रोटीन संवेदन दौरान तापमान परिवर्तन से प्रेरित अपवर्तनांक परिवर्तन से बचने के लिए 25 डिग्री सेल्सियस पर रखा गया है.
  2. (तिरछी) एक कंप्यूटर नियंत्रित सिरिंज पंप, एक degasser और एक 6 पोर्ट मध्यम दबाव इंजेक्शन वाल्व से जुड़े सेल प्रवाह (चित्रा 4) के 10 μl Polyether ईथर ketone में एक गैर functionalized rinsing चश्मे डालें. हौसले फ़िल्टर और बफर HEPES चल degassed साथ प्रवाह प्रणाली में भरें.
  3. Rinsing चश्मे निकालें और प्रवाह सेल में CoCRR सरणी युक्त चश्मे डालें. एक 100 μl / मिनट प्रवाह दर पर भागो HEPES. सीसीडी कैमरे की मदद से जल्दी चल बफर पारित करके चश्मे सतह पर मौजूद किसी भी हवाई बुलबुले को दूर.
  4. सरणी की एक अच्छी तरह से विपरीत छवि पर और spri प्रणाली में एकीकृत सॉफ्टवेयर की मदद से आधार ब्याज की क्षेत्र के लिए एक ही व्यास के साथ एक चक्र बनाकर प्रत्येक स्थान के लिए अध्ययन के क्षेत्र को परिभाषित करें.
  5. प्रतिबिंबित का प्रतिनिधित्व करते हैं जो plasmon घटता, ट्रेससभी स्थानों के लिए घटना कोण के समारोह में ivity घटता.
  6. परावर्तन घटता के उच्चतम ढलान पर काम कर रहे कोण (गतिज घटता दर्ज किया जाएगा, जिस पर स्थिति) चुनें. गतिज माप के लिए चयनित काम कर रहे कोण ठीक करने के लिए स्कैनिंग दर्पण घुमाएँ.
  7. सभी स्थानों के लिए परावर्तन संकेत स्थिर और स्थिर है जब तक प्रवाह प्रणाली के माध्यम से HEPES चलते रहें.
  8. स्थिति "लोड" पर इंजेक्शन वाल्व के साथ नमूना पाश (500 μl) में एक सिरिंज के साथ 1 मिलीलीटर AHL समाधान इंजेक्षन. फिर "इंजेक्शन" स्थिति को इंजेक्शन वाल्व डाल दिया. सभी प्रोटीन इंजेक्शन के लिए इस्तेमाल प्रवाह की दर 100 μl / मिनट था.
  9. सभी स्थानों पर एक साथ समय के खिलाफ परावर्तन विविधताओं की निगरानी के द्वारा गतिज माप शुरू करो.
  10. प्रोटीन इंजेक्शन के अंत में, 8 मिनट के लिए बफर चलाने के साथ सरणी कुल्ला. अंत में, यह पुनर्जीवित करने के लिए 1 मिलीलीटर 1% एसडीएस इंजेक्षन.
  11. अन्य पी के लिए एक ही प्रक्रिया दोहराएँroteins.

4 डाटा प्रोसेसिंग और विश्लेषण

  1. प्रवाह सेल में प्रोटीन समाधान के प्रवेश के बाद, बाध्यकारी आणविक होता है और plasmon घटता की एक पारी और प्रतिबिंब के एक बदलाव लाती है. छवि अधिग्रहण सॉफ्टवेयर sensorgrams (चित्रा 5 ब) दे रही है, SPR छवियों 5A आंकड़ा दे, पैमाने स्तर ग्रे मापा प्रकाश तीव्रता मूल्यों धर्मान्तरित, और समय बनाम परावर्तन की भिन्नता उत्पन्न करता है.
  2. [BB1] बनाम प्रत्येक प्रोटीन इंजेक्शन के अंत में परावर्तन (आर%) साजिश करने के लिए एक गणित कंप्यूटिंग सॉफ्टवेयर का प्रयोग करें / ([BB1] [BB2]) प्रत्येक नमूने के लिए 2 डी सतत विकास प्रोफाइल (सीईपी) उत्पन्न करने के लिए अनुपात (चित्रा 5C).
  3. [BB1] / ([BB1] [BB2]) sensorgrams में अनुपात जोड़ें (चित्रा 5 ब) प्रत्येक प्रोटीन (चित्रा 5D) के लिए 3 डी सतत विकास परिदृश्य (सीईएल) उत्पन्न करने के लिए.

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Representative Results

आम प्रोटीन विश्लेषण के लिए इलेक्ट्रॉनिक जीभ की क्षमता की जांच करने के लिए, तीन प्रोटीन का इस्तेमाल किया गया: AHL, मायोग्लोबिन और lysozyme. चित्रा 6 में दिखाया गया के रूप में प्रत्येक प्रोटीन के लिए, एक अलग 2 डी सतत विकास प्रोफाइल, सीईपी, ईटी द्वारा उत्पन्न किया गया.

इसके अलावा, प्रत्येक प्रोटीन के लिए, एक समय निर्भर निरंतर मान्यता पैटर्न वास्तविक समय सोखना और desorption कैनेटीक्स की निगरानी करने में सक्षम है जो spri, करने के लिए धन्यवाद, 3 डी सतत विकास परिदृश्य (सीईएल), उत्पन्न किया गया था बुलाया. चित्रा 7 में, इन तीन प्रोटीन की विशेषता cels दिखाए जाते हैं.

चित्रा 1
इस प्रोटोकॉल में इस्तेमाल दो इमारत ब्लॉकों की संख्या 1 रासायनिक संरचना CoCRR सरणी तैयार करने के लिए.51901 / 51901fig1highres.jpg "लक्ष्य =" _blank "> इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें.

चित्रा 2
चित्रा 2 चार प्रतियों में प्रत्येक अनुपात के साथ एक गैर संपर्क piezoelectric निशानदेही का उपयोग BB1 और BB2 की शुद्ध और मिश्रित समाधान की 44 बूंदों जमा करने के बाद एक चश्मे की एक तस्वीर. चश्मे 1.5 मिलीलीटर की एक Eppendorf ट्यूब के बगल में रखा गया था.

चित्रा 3
करने के लिए मिश्रण विभिन्न अनुपात में BB1 और BB2 की शुद्ध और मिश्रित समाधान के साथ तैयार किया गया है कि 11 अंतर रिसेप्टर्स युक्त और अनुमति के CoCRR सरणी की चित्रा 3 योजनाबद्ध चित्र सोने सुर पर स्वयं को इकट्ठाचश्मे का चेहरा.

चित्रा 4
एक microfluidic प्रणाली के साथ संयुक्त spri पहचान प्रणाली के 4 योजनाबद्ध चित्र चित्रा.

चित्रा 5
2 डी सतत विकास प्रोफाइल और 3 डी सतत विकास परिदृश्य: विकसित इलेक्ट्रॉनिक जीभ के साथ निरंतर मान्यता पैटर्न के दो प्रकार की पीढ़ी के लिए डेटा उपचार की चित्रा 5 योजनाबद्ध चित्र.

चित्रा 6
चित्रा 6 continuouविकासवाद प्रोफाइल के तीन शुद्ध प्रोटीन के लिए:. AHL (500 एनएम), मायोग्लोबिन (1 माइक्रोन), और lysozyme (500 एनएम) वे [BB1 बनाम प्रोटीन इंजेक्शन के अंत में परावर्तन (आर%) की भिन्नता की साजिश रचने के द्वारा उत्पन्न किया गया ] / ([BB1] [BB2]) अनुपात.

चित्रा 7
स्वाद के 7 लैंडस्केप चित्रा: इलेक्ट्रॉनिक जीभ द्वारा उत्पन्न AHL, मायोग्लोबिन और lysozyme की विशेषता 3 डी cels.

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Discussion

इस एट के निर्माण के लिए सबसे महत्वपूर्ण कदम प्रणाली का अच्छा reproducibility सुनिश्चित करने के लिए समर्पित कर रहे हैं. उदाहरण के लिए, BB1 और BB2 के ग्यारह शुद्ध और मिश्रित समाधान में ग्लिसरॉल का 10%, उनका उपयोग करने से पहले एक मानकीकृत प्रक्रिया के साथ चश्मे की सोने की सतह की सफाई BBs चश्मे की सोने की सतह पर स्वयं कोडांतरण दौरान विलायक वाष्पीकरण को खत्म करने, प्रत्येक [BB1] के लिए कई replicates / ([BB1] [BB2]) अनुपात, आदि जमा. Spri द्वारा प्रोटीन संवेदन के रूप में, काम कर रहे कोण के चुनाव महत्वपूर्ण है. आमतौर पर, यह भावना curves के उच्चतम ढलान पर तय हो गई है. इसके अलावा, यह इस तरह के आदि काम कर रहे तापमान, प्रवाह की दर, के रूप में प्रत्येक प्रोटीन संवेदन के लिए मानकीकृत प्रयोगात्मक शर्तों, उपयोग करने के लिए बहुत महत्वपूर्ण है. प्रत्येक प्रोटीन इंजेक्शन के बाद, CoCRR सरणी रिसेप्टर्स करने के लिए किसी भी क्षति के बिना सिस्टम का पूरा उत्थान की अनुमति देता है कि एक उचित समाधान के साथ पुन: उपयोग के लिए पुनर्जीवित किया जाना चाहिए.

e_content "> इस्तेमाल किया गया दो गैर चीनी बाध्यकारी प्रोटीन मायोग्लोबिन और lysozyme साथ एक लेक्टिन AHL एक साथ, आम प्रोटीन के लिए भी विकसित एट के रूप में पहले से 9 की सूचना दी चीनी बंधनकारी प्रोटीन के अध्ययन के लिए केवल प्रभावी नहीं दिखाना है कि है, लेकिन वे. HEPES (7.4 पीएच) में आरोपों की एक किस्म है करने के लिए चुना गया:. चित्रा 6 में दिखाया गया है AHL (समविद्युतविभव बिंदु (पीआई) 6.0), मायोग्लोबिन (पीआई 7.2) और lysozyme (पीआई 11) उल्लेखनीय है, प्रत्येक प्रोटीन एक अद्वितीय पास प्रतिक्रिया पैटर्न. AHL थोड़ा नकारात्मक HEPES में आरोप लगाया है. इसकी सीईपी यह नकारात्मक आरोप लगाया BB2 युक्त CoCRRs साथ मजबूत बातचीत है कि पता चलता है. सबसे अधिक संभावना है, यह प्रोटीन का सकारात्मक आरोप लगाया डोमेन और BB2 युक्त CoCRRs के बीच बातचीत की वजह से है यहां तक ​​कि एक उच्च एकाग्रता में अहल और lysozyme की Ceps को सीईपी में मायोग्लोबिन तुलना. HEPES में विश्व स्तर पर तटस्थ है जो मायोग्लोबिन, के लिए, सभी CoCRRs साथ प्राप्त संकेतों के बीच ज्यादा अंतर नहीं है. संकेत बहुत लो हैwer. सकारात्मक HEPES में आरोप लगाया है जो lysozyme, के रूप में, अधिक से अधिक संकेत शुद्ध BB2 युक्त CoCRR साथ प्राप्त हुई थी.

एक 3 डी सतत विकास परिदृश्य उत्पन्न किया गया प्रत्येक प्रोटीन के लिए, वास्तविक समय सोखना और desorption कैनेटीक्स निगरानी करने में सक्षम spri के फायदे के लिए धन्यवाद. समय पर निर्भर मान्यता पैटर्न के इस तरह के प्रोटीन विश्लेषण के लिए अनुपूरक भेदभाव मापदंडों लाता है. विशेष रूप से, यह दो analytes CoCRRs का एक सेट के लिए इसी तरह की आत्मीयता पेश लेकिन बातचीत के उनके कैनेटीक्स में भिन्न विश्लेषण करने के लिए अत्यंत उपयोगी हो सकता है. चित्रा 7 में दिखाया गया है, cels आसानी से साफ़ कर रहे हैं. इन परिणामों CoCRRs साथ तीन प्रोटीन की बातचीत ऐसे, हाइड्रोफोबिक तटस्थ और आरोप लगाया एमिनो एसिड के अवशेष के वितरण के रूप में उनकी सतह विशेषताओं पर निर्भर है कि दिखा. सीईपी और सीईएल दोनों प्रोटीन भेदभाव और Prospec के लिए "उँगलियों के निशान" के रूप में इस्तेमाल किया जा सकता हैसक्रिय पहचान. इस प्रकार, एट आम प्रोटीन के विश्लेषण के लिए प्रभावी है.

इस के साथ साथ वर्णित प्रोटोकॉल प्रोटीन विश्लेषण के लिए ईटी के निर्माण के लिए एक मिश्रित दृष्टिकोण का उपयोग करता है. Synthesize करने के लिए संरचनात्मक जटिल और श्रमसाध्य हैं जो अणुओं के एक नंबर का उपयोग करने वाले अन्य तरीकों के विपरीत, केवल दो छोटे अणुओं वर्तमान अध्ययन में अच्छा संकल्प के साथ प्रोटीन फर्क करने में सक्षम पार प्रतिक्रियाशील रिसेप्टर सरणी तैयार करने के लिए इस्तेमाल किया गया. साथ ही, पिछले जांच के अनुसार, एट, स्थिर प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य और 9 पुन: प्रयोज्य है. इसके अलावा, spri वास्तविक समय में बाध्यकारी घटनाओं की निगरानी और अभूतपूर्व विश्वसनीयता के साथ उपन्यास निरंतर मान्यता पैटर्न पैदा करने की अनुमति देता है. निकट भविष्य में, पूरक भौतिक गुणों के साथ अतिरिक्त BBs तरल या गैस में जटिल मिश्रण के विश्लेषण के लिए सरणियों में CoCRR की विविधता को बढ़ाने के लिए पेश किया जाएगा.

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Materials

Name Company Catalog Number Comments
SPRi apparatus  Horiba Scientific-GenOptics SPRi apparatus is placed in a temperature regulated incubator at 25 °C.
Incubator Memmert
Syringe pump  Cavro scientific instruments Cavro XLP 6000
Micro Elite Degasser  Alltech AT590507
6-port medium pressure injection valve Upchurch Scientific The volume of injection loop used is 500 µl.
Femto plasma cleaner (version 7) Diener Electronic On-line degassing system with 2 channel.
Spotter Siliflow It is a non-contact piezoelectric spotter.
SPRi-Biochip Horiba Scientific-GenOptics 36000067 The prism is made of a high refractive index glass prism coated with a thin gold film (45 nm) and specially developed for imaging purposes.
Erythrina cristagalli lectin  Sigma-Aldrich L5390
Arachis hypogaea lectin  Sigma-Aldrich L0881
Myoglobin Sigma-Aldrich M1882
Lysozyme Sigma-Aldrich L6876
CXCL12α Provided by Dr. Hugues Lortat-Jacob; for preparation details, see supporting information in reference 9
CXCL12γ  Provided by Dr. Hugues Lortat-Jacob; for preparation details, see supporting information in reference 9
Lactose Provided by Prof. David Bonnaffé; for preparation details, see supporting information in reference 9
Sulfated lactose Provided by Prof. David Bonnaffé; for preparation details, see supporting information in reference 9
Glycerol Sigma-Aldrich G5150
SDS Sigma-Aldrich L4509
Tween 20 Sigma-Aldrich 274348
HEPES Sigma-Aldrich H3375
Sodium phosphate monobasic Sigma-Aldrich S0751
Sodium chloride Sigma-Aldrich S3014

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References

  1. Margulies, D., Hamilton, A. D. Combinatorial protein recognition as an alternative approach to antibody-mimetics. Current Opinion in Chemical Biology. 14, 705-712 (2010).
  2. Umali, A. P., Anslyn, E. V. A general approach to differential sensing using synthetic molecular receptors. Current Opinion in Chemical Biology. 14, 685-692 (2010).
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  5. Wright, A. T., Griffin, M. J., Zhong, Z., McCleskey, S. C., Anslyn, E. V., McDevitt, J. T. Differential receptors create patterns that distinguish various proteins. Angew. Chem. Int. Ed. 44, 6375-6378 (2005).
  6. Wright, A. T., Anslyn, E. V. Differential receptor arrays and assays for solution-based molecular recognition. Chem. Soc. Rev. 35, 14-28 (2006).
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  9. Hou, Y., et al. Continuous evolution profiles for electronic-tongue-based analysis. Angew. Chem. Int. Ed. 51, 10394-10398 (2012).
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