Automatisierte Gel Größenauswahl, um die Qualität der nächsten Generation Sequencing Libraries von Umweltwasserproben vorbereitet verbessern

1Department of Pathology and Laboratory Medicine, Faculty of Medicine, The University of British Columbia, 2Coastal Genomics, 3British Columbia Public Health Microbiology and Reference Laboratory
Published 4/17/2015
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Uyaguari-Diaz, M. I., Slobodan, J. R., Nesbitt, M. J., Croxen, M. A., Isaac-Renton, J., Prystajecky, N. A., et al. Automated Gel Size Selection to Improve the Quality of Next-generation Sequencing Libraries Prepared from Environmental Water Samples. J. Vis. Exp. (98), e52685, doi:10.3791/52685 (2015).

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Abstract

Protocol

1. Wassersammlung und Filtration

  1. Sammeln Süßwasserproben von verschiedenen Standorten (Abbildung 1). Geben Proben durch eine Reihe von Filtern: 1 & mgr; m-Filter, 0,2 & mgr; m-Filter und 30 kDa cutoff Tangentialstromfilter systematisch separaten eukaryotische, bakterielle und virale große Partikel auf.
    Hinweis: Nur der Reinigung und Analyse des Materials an der 0,2 & mgr; m-Filter (frei lebenden Bakterien) gewonnen wird in diesem Bericht beschrieben, jedoch ähnlichen Ansätzen kann für die anderen Partikel vom Filter gewonnen werden.

2. Bakterien Konzentration, DNA-Extraktion und Reinigung

  1. Entfernen Sie die 0,2 um-Membranfilter (s) von der Wasser-Filtersystem (schematische Darstellung, Figur 2). Falten Sie die 0,2 um Scheibenfilter in der Mitte und legen Sie es in einen 50-ml-Röhrchen mit der offenen Seite nach oben. 5 ml 1x phosphatgepufferter Lösung (PBS) und 0,01% Tween, pH 7,4, indas Rohr. Wenn mehr als ein Filter während des Verfahrens verwendet verwenden eine andere Röhre pro Filter. Öffnungsrohr (e) mit Filter bei 4 ° C bis zur Verarbeitung. Andernfalls fahren Sie mit Schritt 2.2.
  2. Entfernen Sie den 0,2 um-Membranfilter aus dem 50-ml-Röhrchen mit einer sterilen Pinzette. Platz-Filter (n) auf eine Petrischale (lassen Sie die PBS-Puffer in der Röhre).
    1. Mit einer sterilen Pinzette und einer sterilen Schere, schneiden Sie den Filter in kleine Streifen (1 cm x 1 cm). Desinfizieren Pinzette und Schere durch Einweichen in 70% Isopropanol, Abwischen mit einem DNA-Dekontaminations Oberfläche und Spülen mit Reinstwasser vom Typ 1 zwischen verschiedenen Proben.
  3. Setzen Sie den Filter in Streifen geschnitten wieder in den gleichen 50-ml-Tube. 10 ml 1x PBS und 0,01% Tween, pH 7,4 zu den Filtern gibt es insgesamt 15 ml Puffer in 50-ml-Röhrchen.
  4. In 6 Reinwolframkügelchen (Durchmesser 3 mm) in jede 50 ml Tube, decken Sie die Röhrchen mit Parafilm und Vortex kräftig 20 min (zu verwenden 50-ml-Röhrchen Vortex-Adapter). Wenn multiple Filter werden von einer Probe, die Weitergabe und Pool alle Homogenat in ein sauberes 50-ml-Tube verarbeitet. Zentrifugiere die Röhrchen bei 3.300 xg für 15 min bei 4 ° C.
  5. Das Pellet und aliquoten Bakterienzellen (~ 1 ml Aliquots) in 1,7 ml Mikrozentrifugenröhrchen. Beachten Sie, dass es 5 Mikrozentrifugenröhrchen pro Probe.
  6. Spin down die Reaktionsgefäße bei 10.000 × g für 10 Minuten, und entfernen Sie die meisten der Überstand bis auf ~ 200 & mgr; l-Marke.
  7. Lagern Sie die Proben bei -80 ° C, oder fahren bakterielle DNA unter Verwendung eines kommerziell erhältlichen DNA-Isolierungskits nach den Angaben des Herstellers extrahiert. Während bakterielle DNA-Extraktion verwenden entweder PBS oder Wasser als negative Extraktionskontrolle und E. coli als positive Extraktionskontrolle.
  8. Da DNA aus mehreren Rohren extrahiert werden, bündeln parallel Unterteilmengen aus der gleichen Probe in ein 2-ml-Tube. Diese führen eine O / N Niederschlag unter Verwendung einer Lösung von 0,1 umfassteVolumen von 3 M Natriumacetat, 2 Volumina 100% Ethanol und 5 & mgr; l von 5 & mgr; g / & mgr; l lineares Acrylamid. Gut mischen und Proben bei -80 ° C.
  9. Zentrifuge bei Höchstgeschwindigkeit (17,000 · g) für 30 min bei 4 ° C. Waschen Pellet mit 1 ml eiskaltem 70% Ethanol, der Luft trocknen in einer Biosicherheitswerkbank für nicht mehr als 5 Minuten und resuspendieren DNA-Pellet in 34 ul 10 mM Tris-Cl, pH 8,5.
    Hinweis: Linear Acrylamid wird dazu beitragen, DNA-Pellet nach der O / N Niederschlag zu visualisieren.
  10. Bestimmen DNA Menge und Qualität mit einer hohen Empfindlichkeit fluoreszierender Nukleinsäure Quantifizierung Assay und eine Mikrovolumen Spektralphotometer jeweils folgenden Anweisungen des Herstellers (siehe Tabelle der Materialien).
    Hinweis: Wenn mehrere Proben werden zum Zeitpunkt hergestellt wird, kann eine hochempfindliche fluoreszierende Nukleinsäurefärbemittel Assay zur Quantifizierung dsDNA und plattenbasierte Fluorometer / Spektrophotometer stattdessen verwendet werden.

3. DNA-Bibliothek Vorbereitung

  1. Enzymatisch Fragment ein Nanogramm von bakterieller DNA mit einem Transposon-beruhenden Methode (tagmentation). Fügen Sie Adapter und Indexfolgen auf fragmentierte DNA nach den Anweisungen des Herstellers. Gegenstand tagmented Proben zu 12 PCR-Zyklen, wie in den Anweisungen des Herstellers, an welchem ​​Punkt die Sequenzierungs Indizes eingeschlossen angegeben.

4. Automatisierte Gel Größenauswahl

  1. Überspringen Standard Post-PCR-Clean-up-Schritt in den Anweisungen des Herstellers beschrieben (siehe Tabelle der Materialien). Größe wählen Post-PCR-Proben direkt mit Hilfe eines automatisierten Gel-Basis Größenauswahl Plattform.
    1. Hinzufügen 3,5 ul Beladungspuffer zu jeder Probe.
    2. Nach dem Protokoll des Herstellers, laden Sie die Proben auf die Elektrophorese-Workstation, die Angabe eines Größenselektionsziel von 500 bis 800 bp, in einem 300 ul ExtraktIonenvolumen unter Verwendung eines vorgegossenen 1,5% Agarose-Kassette.
    3. Konzentriere das rohe Ausgangsmaterial (300 ul) auf 25 & mgr; l über Ethanolfällung.
      Hinweis: Alternativ können Sie die Elektrophorese Workstation an Konzentration für eine größere Anzahl von Proben über Filterplatte und Vakuumkammer zu automatisieren.
      1. Ausfällung des rohen Elutionsvolumen unter Verwendung von 0,1 Volumina 3 M Natriumacetat, 2 Volumina 100% Ethanol und 5 & mgr; l von 5 & mgr; g / & mgr; l linear Acrylamid. Gut mischen, Ort Proben bei -80 ° CO / N. Zentrifuge Proben bei 17.000 xg für 30 min.
      2. Verwerfen Überständen und fahren Sie mit DNA-Pellet mit 1 ml eiskaltem 70% Ethanol waschen.
      3. Zentrifuge Proben wieder bei 17.000 × g für 30 min, die Überstände verworfen, an der Luft trocknen, und schließlich zu resuspendieren DNA Pellet in 25 ul 10 mM Tris-Cl, pH 8,5.
  2. (Optional) Verwenden Sie 1 ul DNA-Bibliotheken Größe mit dem automatisierten Gelgröße Auswahl Plattform ausgewählt, um einen fünf machenfache Verdünnung mit Tris-EDTA-Pufferlösung, pH-Wert 8,0. Analysieren Bibliotheken unter Verwendung einer Chip-basierte Kapillarelektrophorese Instrument dsDNA Qualität entsprechend den Anweisungen des Herstellers analysiert.

5. Bibliothek Normalisierung und Sequencing

  1. Fahren Sie mit Proben mit Bibliothek Normalisierung Perlen (in der Transposon-basierte Bibliothek Vorbereitung Kit im Lieferumfang enthalten), wie in den Hersteller Vorbereitung Guide beschrieben zu normalisieren.
    1. Alternativ Maßnahme dsDNA-Bibliotheken mit einer hohen Empfindlichkeit fluoreszierender Nukleinsäurequantifizierungsassay, gefolgt durch die Bündelung in äquimolaren Verhältnissen, um eine endgültige dsDNA Konzentration von 2 nM erreichen. Fahren Sie mit Bibliotheken mit 10 ul der gepoolten Bibliotheken und 10 ul 0,2 N NaOH denaturiert, Inkubation für 5 min bei RT Denaturierter Bibliotheken unter Verwendung von Hybridisierungspuffer (mit der Transposon-basierte Zubereitung Satz enthalten) in einem Endvolumen von 1 ml und die Konzentration von 23.05.
  2. Lastprobes in einer der nächsten Generation Sequenzierungsplattform durch folgende Standardsequenzierungsprotokolle des Herstellers.

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Representative Results

DNA-Konzentration, and Quality Assessment

Bakterielle DNA-Konzentrationen reichten von 0,01 bis 0,11 ng ​​/ ml pro Wasserprobe der verschiedenen Einzugsstellen (Tabelle 1). DNA aus Bakterien-Fraktion isoliert hatte eine 260/280 und A-260/230-Verhältnisse von 1,4 bis 1,8 und 0,3 bis 1,6 auf. Während einige der A 260/230 Verhältnisse waren relativ niedrig war, wurde keine offensichtliche Hemmung in der hergestellten Bibliothek und andere Downstream-Anwendungen beobachtet. Diese Anwendungen enthalten PCR und qPCR-Tests Targeting 16S rRNA und cpn 60 und anschließende Sequenzierung Amplikon (Daten nicht gezeigt).

Ranger Technologie

DNA-Bibliotheken mit einem Transposon-beruhenden Verfahren und Gelgröße mit einer Hochdurchsatz-automatisierte Plattform ausgewählt erhielt man eine dichte Reihe von DNA-Fragmenten zwischen 500-800 bp (Abbildung 3). Diese Alternative protocol ergab Konzentrationen im Bereich von 0,3 bis 3,4 ng / & mgr; l (Tabelle 1). Mit durchschnittlich 650 bp DNA-Fragmentgröße, mittlere Konzentration dieser Bibliothek war 3,81 nM Inputmaterial. Bibliotheken wurden konsequent in allen DNA-Bibliotheken von mehreren Wassereinzugsstellen vorbereitet ausgewählte Größe.

DNA-Sequenzierung QC-Parameter

DNA-Sequenzierung dieser Bibliothek auf der Illumina MiSeq erzeugt ein Cluster Dichte von 1,198 K / mm 2. Der Prozentsatz der Cluster-Weitergabe Filter betrug 84,2% mit einem geschätzten Ertrag von 9,2 Gb. Darüber hinaus 7,4 Gb oder 82,8% der liest hatte einen Qualitätsfaktor ≥30. Nutzung eines automatisierten Gelgröße Auswahl Plattform konsequent in geeigneten Ausbeuten führte und unter 200 bp minimiert das Clustering von unerwünschten Fragmente.

Abbildung 1 <br /> Abbildung 1. Wasserproben wurden von städtischen (A) und landwirtschaftlich (B) beeinflussten Einzugsgebieten gesammelt.

Abbildung 2
Abbildung 2: Schematische Darstellung der zur Transposon-basierten DNA-Bibliotheken aus Süßwasserproben generieren Methoden. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version der Abbildung zu sehen.

Figur 3
Abbildung 3. Elektropherogramme der DNA-Bibliotheken aus Süßwasserproben erzeugt: (A) Post-PCR-DNA-Bibliotheken vor der Größenauswahl und (B) DNA-Bibliotheken Größe ausgewählt mit dem automatisiertenGel Größenauswahl Plattform (Zielkorridor: 500 bis 800 bp). Alle Proben wurden fünfmal mit TE-Puffer verdünnt.

<td> 0,04 (0,04)
Umweltproben Bakterielle DNA-Konzentration
(Ng / ml) *
A 260/280 A 260/230 DNA-Konzentration (ng / ul), bevor Größenauswahl, Volumen: 25 & mgr; DNA-Konzentration (ng / ul) nach Größenauswahl, Volumen: 25 & mgr;
1 0,11 (0,16) 1.8 1.4 27 1.2
2 0,11 (0,20) 1.8 1.3 27,4 3.3
3 0,10 (0,37) 1.8 1.6 19,5 3.4
4 1.5 0,5 24,4 1.6
5 0,11 (0,13) 1,7 1.0 26,1 1.1
6 0,05 (0,03) 1.5 0.7 15.2 0.4
7 0,01 (0,01) 1.4 0.3 15.1 0.3
8 0,03 (0,05) 1.6 0.7 17 0.9
* Die Werte zeigen, dsDNA-Konzentration mit einer hohen Empfindlichkeit fluoreszierender Nukleinsäurequantifizierungsassay. Zahl in Klammern steht für Konzentration mit Hilfe eines Mikrovolumens Spektralphotometer.

Tabelle 1: Qualität und Quantität Beurteilung von Umweltsüßwasserproben extrahierten DNA und Transposon-basierten Bibliotheken vor und nachautomatische Gel Größenauswahl.

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Discussion

Die Anwesenheit von Adapter Dimere und Clusterbildung von kleinen Plattengrößen bevorzugt in aktuellen Plattformen sequenziert stellen eine Abnahme der nutzbaren Ertrag und Unterauslastung der Kapazität 15 der Geräte. Die Verwendung von Wulst zu schlagen Methoden kombiniert mit einer Transposon-basierten Ansatz, um Bibliotheken vorbereiten kann in mehrere DNA-Scherung führen im Vergleich zu anderen Methoden der Extraktion 4,5. Trotzdem werden alle Methoden der Extraktion und Bibliotheks Herstellung potentiell einzuführen spannt, die Verteilung der Sequenzierungs liest 8,16. Experimentelle Beobachtungen unter Verwendung eines automatisierten Nukleinsäure-Extraktionsplattform in Verbindung mit einem Ligation basierende Methode, schienen nicht den Überschuss Adapter Dimere von Shotgun-Bibliotheken zu entfernen (Daten nicht gezeigt). Diese Studie beschäftigte modifizierten Protokoll zu Bibliotheken aus Umweltproben nach Größe Auswahl von DNA-Fragmenten in einem ganz bestimmten Bereich vorzubereiten, damit Trag von Adapter Dimere oder kleine minimierenDNA-Fragmente. Die Verwendung eines automatisierten Gelgröße Auswahl Plattform erzeugt reproduzierbare Spuren von DNA-Bibliotheken in einem bestimmten Bereich von 500-800 bp (Abbildung 3). Während eine größere Anzahl von unverarbeiteten Lesevorgänge (~ 1,5 Millionen) wurden unter Verwendung von Standard-Behandlung (paramagnetischen Kügelchen bei 0,5x-Verhältnis) im Vergleich zu anderen Aufräumarbeiten (dh 2 mal bei 0,5x-Verhältnis) und dem modifizierten Protokoll hier beschrieben wird, nur 55% erhalten die Lesevorgänge pro Probe wurden mehr als 225 bp. Der Prozentsatz der Leseoperationen pro Probe unter Verwendung des modifizierten Protokolls erzeugten, mindestens 75% größer als 225 bp liest. In der Standardbehandlung, die große Anzahl von Lesevorgängen angegeben einen überproportionalen Anteil der kurzen liest in der Bibliothek. Fragmentgrößen mit paramagnetischen Beads (Standardbehandlung) ausgewählt wurden berichtet, variabel zu sein im Vergleich zu Gel Größenauswahl nähert 17. Diese modifizierten Protokoll erzeugt informativer liest als paramagnetischen Kügelchen. Die Verwendung von Gel-Auswahl, um Bibliotheken zu bauen hat einlso zeigte eine Reduktion der Inzidenz von Chimären von ca. 5% bis 0,02% 9.

Kritische Schritte im vorliegenden Protokoll sind Überlegungen zur Normalisierung der eingesetzten DNA, DNA-Menge in den Bibliotheken und Chemie des PCR Master Mix. Je nach Ausgangseingangs DNA-Konzentration, kann es zeitaufwendig, zu messen und verdünnt das DNA bis auf eine Menge von 1 ng mit dem hier verwendeten und somit schneller automatisierbare perlenbasierte Ansätze zur Eingabe DNA normalisieren können Transposon-beruhenden Verfahren notwendig werden in der Vorbereitung der Probe 18 betrachtet werden. Nach tagmentation und Einbau von Indizes wurden die Proben direkt Größe mit der in dieser Studie beschriebenen Elektrophorese Workstation ausgewählt. Ein wichtiger Schritt in diesem Verfahren ist die Menge der DNA in das System geladen. Die minimale Proben DNA-Konzentration zur optischen Erfassung hängt von der Natur der Probe (Amplikon gegen Shotgun-Sequenzierung). Eigenabbauerträge wurdengezeigt, um mit Low-Input-Proben und Wiederherstellungseffizienz> 75% halten. Die niedrigste DNA Betrag, um den hier beschriebenen automatisierten Gelgröße Auswahlsystem erkannt werden kann, ist 1,5 ng Gesamt-DNA (Nesbitt, M. und Slodoban, J. 2014, unveröffentlichte Daten). Dennoch wird optische Detektion der Probe nicht erforderlich, um Größenauswahl durchzuführen, als Dual Farbstoff Marker werden verwendet, um festzustellen, wo Größe eine bestimmte Ziel. Bevor Bibliotheken aus Umweltproben, wurden in die Plattform geladen wurde, wurde die DNA-Konzentration unter Verwendung eines Fluorometers quantifiziert. Ein relativ engen Bereich von DNA-Konzentrationen wurden in Post-PCR-Proben (Tabelle 1) festgestellt. Obwohl diese Proben ein Gemisch von Salzen, Dimere, DNA-Polymerase, amplifiziert Umwelt-DNA und nicht offenbarte Reagenzien 19, diese Konzentrationen repräsentiert mindestens enthaltenen 252-fach höher als die berichteten niedrigste Menge an DNA durch Elektrophorese Workstation nachweisbar. Normalerweise Größe Auswahl von DNA fraggen würden in einer Pufferlösung anstelle der PCR-Master-Mix durchgeführt. Auch wenn Informationen bezüglich PCR Mastermix in diesem Protokoll verwendet wurde Still vom Hersteller, wurden Vorversuche durchgeführt, um die Wanderung von Doppelfarbstoffmarker in der Mischung zu verfolgen (Daten nicht gezeigt). Ein Puffer hoher Ionenstärke in der PCR-Master-Mix wird die elektrophoretische Mobilität der Probe zu verändern, und damit diese Variable muss für gebracht werden. Die in dieser Studie beschriebenen automatisierten Gel Auswahl Plattform setzt eine Option, um anzuzeigen, wenn eine Probe in hoher Ionenstärke. Wenn diese Option verwendet wird, werden dann veränderte elektrophoretische Mobilität Kurven und verzögert Band Tracking-Parameter verwendet. Daher ist es möglich, dass die Chemie der PCR-Mix einen Einfluss auf den Ladepuffer und Markierungen aufweisen, und betrifft Migration von DNA-Fragmenten im Gel.

Es gibt einige Systeme zum automatischen oder halbautomatischen Gelgröße Auswahl im Handel erhältlich. DieseInstrumente bieten auch Trennung, Verwertung und Dokumentation in weniger als 1 Stunde. Es gibt jedoch Einschränkungen, wenn es um die Anzahl der Proben, die diese Systeme verarbeiten kann, und die Kosten mit Verbrauchs 17,20 zugeordnet kommt. In diesem Zusammenhang ist die hier beschriebene Technik behandelt sowohl Aspekte der Agarose-Gel Größenauswahl und Analytik. Bis zu 96 Proben können Größe in einem einzigen Durchlauf ausgewählt werden, während bis zu 192 Proben mit hoher Auflösung Elektrophorese charakterisiert werden. Darüber hinaus kann das Gerät auch füllen Sie die generische Liquid-Handling-Aufgaben Benutzer einen automatisierten Arbeitsplatz erwarten.

Raw Elutionsvolumen dieses Protokolls Bereich von 100 bis 400 ul, in Abhängigkeit von der Zielbereich (25 bp bis 40 kb). Während dieser Aspekt der Instrument kann als eine Begrenzung angesehen werden, ist zu beachten, dass die DNA-Bibliotheken mit einem Volumen von 300 & mgr; l eluiert würde eine mittlere Konzentration von 301 pM aufweisen (Daten nicht gezeigt). Das sich ergebende Wert Vertretiert ein 26-fach höher als die gewünschte Endkonzentration für die Sequenzierung in einer MiSeq Plattform (~ 11.05). In der vorliegenden Studie, Ethanolfällung repräsentiert einen weiteren Schritt im Hinblick auf die Zeit in der Bibliothek Vorbereitung beschäftigt. Derzeit kann der Elutionsvolumen durch Verwendung eines auf dem Deck Vakuumfiltrationsschritt, der eine kommerzielle Filterplatte und einen Vakuumverteiler, die auf dem Deck (Upgrade) passt verwendet reduzieren. Mit diesem Setup wird das Ausgangs Elutionsvolumen in die Filterplatte, eingeengt und dann in 25 ul (Slodoban, J., 2014, persönliche Mitteilung) suspendiert. Für diese Studie wurden DNA-Fällung durchgeführt, um den Arbeitsablauf in Übereinstimmung mit der Eingangslautstärke für die Normalisierung Probe Schritt erforderlich, wie in der Transposon-basierten Kit beschriebenen halten.

Diese modifizierte Technik für DNA oder cDNA-Bibliotheken aus anderen Umweltproben wie Meerwasser, Kläranlage, Sediment, Boden oder mikrobiellen Matten vorbereitet sein. Die Auto-matisierte Gel Größenauswahl Plattform hier berichtet wird, kann mit minimalen Änderungen nicht nur auf Illumina Sequenzierung mit Geräten, sondern auch zu anderen Next-Generation-Sequencing-Plattformen, einschließlich Roche 454, Life Technologies, und Pacific BioSciences angewendet werden. Besondere Überlegungen, diese Technologie passen sich andere Plattformen sind auch Ladekapazität (bis zu 51 & mgr; l), Dimensionierung Referenzen oder Marker und Prozentsatz der Agarose-Gel-Kassette (abhängig von der Zielfraktion). Dieses Hochdurch automatisierte Gelgröße Auswahltechnik ist eine diskriminierende Form der Reinigung und ist ausreichend für kostengünstige elektrophoretische Charakterisierungen. Andere Anwendungen, die von dieser Technologie profitieren können, sind RNA-Seq-Projekte, langes Fragment Sequenzierung (einschließlich Funktions Metagenomik), Gensynthese, Kumpel Paar Bibliothekskonstruktion, die de novo und komplexen Genom-Sequenzierung, Restriktionsverdau Analyse und Genotypisierung.

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Disclosures

Jared R. Slobodan und Matthew J. Nesbitt beide halten Aktien der Küsten Genomics, ein in Privatbesitz British Columbia Corporation bietet die Ranger Technologie.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Peristaltic pump Masterflex P/S 1400 Series Thermo Scientific  1400-1620
0.2 µm Supor Membrane VWR CA28143-969 Pall Corporation, Ann Harbor, MI
Tungsten carbide beads 3 mm (200) Qiagen 69997
Isopropyl alcohol 70% Jedmon Products 825751 Healthcare Plus
DNA away VWR 7010 Molecular BioProducts, Inc. San Diego, CA
Milli-Q water purification system Fisher Scientific ZMQS6VF0Y Merck Millipore. This system has been discontinued.
20x PBS pH 7.5 VWR E703-1L Amresco, Inc., Solon, OH
Tween 20 Fisher Scientific BP337-100 Fisher chemicals
Vortex adapter for 2 (50 ml) tubes VWR 13000-V1-50 MoBio, Carlsbad, CA
Vortex-Genie 2, 120 V (Model G560) VWR SI-0236 Scientific Industries, Inc.
Beckman Centrifuge Raeyco Lab Equipment Systems Management Ltd Model J-6B
PowerLyzer Powersoil DNA isolation kit VWR 12855-100 MoBio, Carlsbad, CA
Vortex adapter for 24 (1.5-2 ml) tubes VWR 13000-V1-24 MoBio, Carlsbad, CA
Microfuge 18 centrifuge Beckman Coulter 367160
Nimbus Select workstation with Ranger Technology Hamilton Robotics 92720-01 Includes the liquid handling workstation and integrated Ranger Tech (electrophoresis hardware)
Ranger reagent kit Coastal Genomics CG-10600-150-12-21 Includes loading buffer and cassettes
Ethyl alcohol (anhydrous) Commercial Alcohols P016EAAN Greenfield Ethanol
Sodium acetate Sigma-Aldrich S2889-250G
Linear acrylamide (5 mg/ml) Life Technologies AM9520 Ambion
Eppendorf refrigerated centrifuge Raeyco Lab Equipment Systems Management Ltd. 5417R
Buffer EB (250 ml) Qiagen 19086
NanoDrop 1000 Spectrophotometer Thermo Scientific ND-1000
Qubit fluorometer Life Technologies Q32857 Invitrogen. This product has been discontinued.
Qubit dsDNA HS assay kit Life Technologies Q32854 Invitrogen
High sensitivity DNA reagent Agilent Technologies 5067-4626
High sensitivity DNA chips Agilent Technologies 5067-4626
Agilent 2011 Bioanalyzer Agilent Technologies G2938B
Nextera XT DNA sample preparation kit Illumina FC-131-1024
Nextera XT index kit Illumina FC-131-1001
MiSeq reagent kit v2 (500-cycles) Illumina MS-102-2003
Miseq system Illumina SY-410-1003

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References

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