Одновременное измерение HDAC1 и HDAC6 активности в НеЬа клетки с помощью UHPLC-MS

* These authors contributed equally
Chemistry

Your institution must subscribe to JoVE's Chemistry section to access this content.

Fill out the form below to receive a free trial or learn more about access:

 

Summary

Нынешний метод служит для идентификации изоформы специфичные Ингибиторы гистоновых комплексы (HDAC) в клетки HeLa UHPLC-MS анализ нескольких субстратов. Это антитела, свободной метод разработан для отражения активности HDAC1 и HDAC6 в живых клеток окружающей среды, в отличие от одного изоформы клеток бесплатные анализы.

Cite this Article

Copy Citation | Download Citations

Simões-Pires, C. A., Zwick, V., Cretton, S., Cuendet, M. Simultaneous Measurement of HDAC1 and HDAC6 Activity in HeLa Cells Using UHPLC-MS. J. Vis. Exp. (126), e55878, doi:10.3791/55878 (2017).

Please note that all translations are automatically generated.

Click here for the english version. For other languages click here.

Abstract

Поиск новых Ингибиторы гистоновых деацетилаз (ГДАЦ) имеет повышенный интерес в лекарственных препаратах. Избирательность изоформы был в центре внимания после утверждения romidepsin, класс я HDAC ингибиторов для терапии рака и клиническое исследование HDAC6-специфические ингибиторы множественной миеломы. Нынешний метод используется для определения ингибиторная активность соединений тест на HDAC1 и HDAC6 в клетках. Изоформы активность измеряется с помощью жидкостной хроматографии ультра-высокой производительности – масс-спектрометрия (UHPLC-МС) анализ конкретных субстратов, инкубировали с обработанных и необработанных НеЬа клетки. Этот метод имеет преимущество отражающие действие эндогенного HDAC в среде клетки, в отличие от свободных клеток биохимических анализов, проведенных на отдельных изоформ. Кроме того потому что он основан на количественной оценке синтетических субстратов, метод не требует признания антитела эндогенного ацетилированный белков. Он легко адаптируется к несколько клеточных линий и автоматизированный процесс. Этот метод уже оказался полезным в поиске HDAC6-селективные соединений в нейробласты. Представитель результаты отображаются здесь с стандартным HDAC ингибиторов трихостатин (неспецифические), MS275 (HDAC1-специфические), и tubastatin (HDAC6-специфические) с использованием клеток HeLa.

Introduction

Гда принадлежат к семейству ферментов, возможность deacetylate гистонами в структуре хроматина. Они также имеют другие белковых субстратов в цитозоле и расположены в различных клеточных компартментов. В общей сложности 18 HDAC изоформ до настоящего времени были определены и были связаны с нескольких клеток механизмов, включая регулирование факторов транскрипции и экспрессии генов, а также сигнализации ячейки и транспорта1,2,3,4,5,6,7. Каталитического ингибиторы ГДАЦ появились как потенциальных лекарственных препаратов для терапии рака. Большинство ингибиторы ГДАЦ, в настоящее время одобрен FDA для лечения Т-клеточной лимфомы и множественной миеломы и ингибиторы ГДАЦ неспецифической, например vorinostat (Саха), belinostat и panobinostat8,9. Однако целый ряд побочных эффектов были связаны с Пан ингибиторы, и поиск для конкретных изоформы малых молекул является горячей темой в лекарственных химии и наркотики discovery. Соответственно, класс I (HDAC1-3 и HDAC8) селективный ингибитор romidepsin является уже утвержденных наркотиков10, HDAC6-специфические ингибиторы в настоящее время в клинических испытаниях, с повышенной терапевтический потенциал множественной миеломы11,12,13,14,15.

Скрининг анализов характеризовать HDAC ингибиторов основаны на инкубацию HDAC субстрата с источником ферментативный (один изоформы, ядерной экстракт или lysate клетки). Субстрат, как правило небольших пептидных последовательность, содержащую ацетил лизин остатков в сочетании с горные Флюорофор (например, кумарина), например N-(4-methyl-7-aminocoumarinyl)-Nα-(t-butoxycarbonyl)-Nω-acetyllysineamide (MAL)16. Различать изоформы конкретных мероприятий, отдельных свободных клеток с участием каждого изоформы необходимы и могут не отражать реальный изоформы активность в живых клетках. Изоформы специфических субстратов коммерчески доступны, такие как бензил (S)-[1-(4-methyl-2-oxo-2H-chromen-7-ylcarbamoyl)-5-propionylaminopentyl]carbamate (MOCPAC, HDAC1 конкретного субстрата) и (S)-[5-acetylamino-1-(2-oxo-4-trifluoromethyl-2H-chromen-7-ylcarbamoyl)pentyl]carbamic кислота трет бутилового эфира (BATCP, HDAC6 конкретного субстрата) (рис. 1B). Однако, мульти субстрат смесь, содержащую мал, MOCPAC и BATCP для живых клеток не допустит обнаружения отдельных deacetylated продуктов флуориметрический измерения, учитывая, что они несут же горные Флюорофор.

Метод, описанный здесь позволяет для обнаружения и относительной количественная оценка каждого субстрата и его deacetylated продукта в НеЬа клетки с использованием мульти субстрат пробирного следуют UHPLC-ЭСИ-MS/MS анализ17. HDAC assay проводится на клетки HeLa для прямой идентификации HDAC ингибиторная активность и специфичность тест соединений на эндогенных гда. Существует акцент на HDAC1 и HDAC6, которые оцениваются одновременно. Для достижения этих ферментативные измерений в одном инкубации assay, смесь неспецифические и специфические субстраты HDAC добавляется обработанных и необработанных клетки HeLa, покрытием на 96-луночных тарелку. После инкубации шаг клетки являются лизированы выпустить субстратов и продукты их соответствующей реакции, которые разделены и обнаружить с помощью метода UHPLC-мс (рис. 1 c). Deacetylated мал, MOCPAC и BATCP субстратов продукция deacetylated мал (dMAL), deacetylated MOCPAC (dMOCPAC) и deacetylated BATCP (dBATCP), соответственно. Доза реакция кривых могут быть построены с активных соединений.

Figure 1
Рисунок 1: Общая схема на основе ячеек HDAC проба для выявления HDAC1 и HDAC6-специфичные ингибиторы UHPLC-MS анализ нескольких субстратов. (A) схема типичной 96-луночных пластины, содержащей лечение (тест соединения) и клетки HeLa неочищенные (управления), а также пустые ячейки бесплатно. (B) Химическая структура субстратов, добавляется как смесь (по 21 мкм) быть deacetylated путем эндогенного гда. (C) типичный UHPLC-MS Хроматограмма показаны вершин добавлена субстратов (MAL, MOCPAC и BATCP) и их deacetylated продуктов (dMAL, dMOCPAC и dBACTP, соответственно). Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Protocol

1. клеточная культура

Примечание: Следующие шаги выполняются в стандартной культуры ткани капюшоном. Знакомство с стерильных ожидается.

  1. Культура клетки HeLa в 80% confluency в колбе культуры клеток T75 в MEM, дополнена 10% плода бычьим сывороточным, пенициллина G (100 ед/мл) и стрептомицин (100 мг/мл).
    Примечание: Культуры клеток, лечение и лизис шаги проводятся под ламинарным потоком, с шагов инкубации клеток при 37 ° C, в атмосфере увлажненные 5% CO2 в стерильных условиях.
  2. Вымыть клетки дважды с 5 мл DPBS, аспирационная DPBS и добавьте 1 mL реагента диссоциации клеток. Инкубируйте при 37 ° C за 5 мин до отсоединения клетки.
  3. Добавить 9 мл MEM питательной среды, тщательно Ресуспензируйте суспензию клеток и подсчитать количество ячеек с помощью Горяева.
  4. Регулировка плотности суспензии клеток до 6 x 104 клеток/мл в MEM.
  5. 100 мкл суспензии клеток для контроля и тестирования скважины стерильные, с плоским дном, культуры тканей лечение 96-луночных пластины (Рисунок 1A).
  6. 100 мкл MEM питательной среды, в пустой скважин 96-луночных пластины (рис. 1A).
  7. Инкубируйте 96-луночных пластины при 37 ° C в течение 24 ч.
    Примечание: 24 ч инкубации это подходящее время для проверки эндогенного HDAC активность клеток HeLa. Различных типов клеток с неизвестным HDAC активности может понадобиться timecourse оценки управления клеток.

2. клеток лечение с испытания соединений и HDAC субстратов

  1. Аспирационная среднего из скважин 96-луночных пластины.
  2. 25 мкл 2 x тест соединения (например, трихостатин A, MS275 и tubastatin A) в MEM для тестирования скважины. 25 мкл MEM, управления и пустой скважин.
    Примечание: Концентрация соединений теста является корректироваться предоставлять широкий спектр по крайней мере 5 финальный тест концентрации (одна концентрация на хорошо). Конечная концентрация ДМСО в составные теста не должна превышать 0,5% и должен быть одинаковым в каждой скважины, включая пробелы и элементы управления. Окончательный инкубации объем-50 мкл в колодец. A трихостатин проверяется на 5 концентрациях от 500 до 1,95 Нм (разбавления 1:4). MS275 и tubastatin A тестируются на 5 концентрациях от 8000 до 6.17 Нм (разбавления 1:6). Концентрация желаемого финального теста для каждого испытания комплекса должны определяться каждого отдельного пользователя, создавая кривой доза ответ.
  3. 25 мкл смеси субстрата (42 µM ТЗА, 42 µM MOCPAC и 42 µM BATCP в мкм), для контроля и испытания скважин. 25 мкл MEM, пустой скважин.
    Примечание: Конечная концентрация каждого субстрата-21 микрон. MOCPAC и BATCP различие между HDAC1 и HDAC6 активности, соответственно (рис. 1B). Когда никакой активности наблюдается с этих поверхностей, использование MAL потенциально может привести к идентификации деятельности против другой HDAC изоформы.
  4. Инкубировать 96-луночных пластины при 37 ° C в течение 8 ч в увлажненные 5% CO2 инкубатора.
    Примечание: Этот время инкубации подходит для НеЬа клетки и позволяет эндогенного HDAC взаимодействовать с синтетических субстратов. Различных клеточных линий может потребовать корректировки концентрации инкубации время и/или субстрат.

3. сотовый Lysis и Пробоподготовка для UHPLC-ЭСИ MS/MS

Предупреждение: Шаги подготовки образца использовать органические химические вещества, которые являются высоко горючих и токсичных путем вдыхания или проглатывания. Надевайте соответствующую личной защиты, таких как перчатки и защитные очки.

  1. 10 мкл 6 x RIPA буфера (разбавленный от 10 x RIPA буфера) дополнены ингибитор протеазы для каждой скважины 96-луночных пластины.
  2. Остановить реакции, добавив 160 мкл холодной Ацетонитрил для каждой скважины и смешивать, закупорить вверх и вниз.
    Примечание: Держите Ацетонитрил в-20 ° C до этого шага.
  3. Место пластину в морозильной камере-80 ° С за 10 мин.
  4. Снять пластину из морозильника и передачи 220 мкл содержание каждой скважины нестерильные, конические-(V-внизу) 96-луночных днище. Центрифуга пластину на 5000 x g и 4 ° C на 10 мин.
    Примечание: Этот шаг направлен на устранение соли и белки. При необходимости, решения может быть переданы отдельным конические пробирок до центрифугирования или фильтруют через набор 96-луночных, 0,65 мкм PVDF фильтра плиты. До UHPLC анализа требуется успешное удаление осадка.
  5. Перевести 200 мкл супернатант (или фильтрата) на плиту 96-луночных совместима с системой UHPLC и запечатать его с отслаивающейся, термосвариваемый фольги, используя герметик пластины.
    Примечание: Избегайте закупорить гранул при удалении supernatants. Если UHPLC анализ не может быть выполнена сразу, пластины могут храниться при температуре 4 ° C максимум 24 часа до анализа.

4. UHPLC/МС МС анализ

  1. Подготовьте систему UHPLC, заполнив его с системой мобильных фазы (95% A:5% B):
    A: H2O, ВЭЖХ класс, содержащий 0.1% муравьиной кислоты (подготовить 1 Л)
    B: ацетонитриле, ВЭЖХ класс, содержащий 0.1% муравьиной кислоты (подготовить 1 Л).
    Внимание: Мобильные этап содержит органических химических веществ, которые являются высоко горючих и токсичных путем вдыхания или проглатывания. Надевайте соответствующую личной защиты, таких как перчатки и защитные очки.
  2. Место пластину 96-луночных в образец менеджер, содержащие пластину держателя. Выполнение примеров согласно условиям UHPLC-ЭСИ-MS/MS, приводятся в таблице 1.
    Примечание: Каждый столбец аналитической 96-луночных плиты должны иметь один элемент управления хорошо и один пустой колодец (как показано на схеме пластина Рисунок 1A). Элементы управления являются представитель ферментативную активность 100% в строке протестированных клеток, в то время как пробелы существуют, чтобы проверить, обеспечивает ли источник MS последовательной фона. Необычные пики MS, обнаружены в данный бланк должен быть проверен для предотвращения изменения чувствительности MS.

5. анализ данных

  1. Интегрируйте площади пика каждого субстрата и его deacetylated продукта с соответствующим программным обеспечением интеграции UHPLC.
    Примечание: Используйте параметры автоматической интеграции с сглаживание методом (среднее, размер окна 3 и количество гладких 2, например). С помощью хроматографических условий, предусмотренных в таблице 1, элюирование заказ dMAL (5,8 мин), dBATCP (6.0 мин), dMOCPAC (6,2 мин), мал (7.6 мин), MOCPAC (8,9 мин) и BATCP (9,8 мин), как показано на рисунке 1 c.
  2. Для каждого субстрата Вычислите отношение площади пика (deacetylated/ацетилированные) в каждой хроматограммы (образцы испытания и контроль).
  3. Рассчитайте процент HDAC торможение каждого испытательного образца:
    Equation
    Примечание: HDAC1 торможения рассчитывается с помощью пик соотношение dMOCPAC/MOCPAC; HDAC6 торможения рассчитывается с dBATCP/BATCP. Соотношение dMAL/MAL может использоваться для выражения общего HDAC ингибирование.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Representative Results

Чтобы продемонстрировать применение метода для выявления неизбирательной и выборочной ингибиторов для HDAC1 (класс I) и HDAC6 (класс IIb), клетки НеЬа были относиться с известных стандартных соединений: трихостатин A (неизбирательной между HDAC1 и HDAC6)18, MS275 (HDAC1-селективный ингибитор)19и tubastatin (HDAC6-селективный ингибитор)20. При использовании нынешнего метода (рис. 1), IC50 значений может быть непосредственно определяется в живых клетках для HDAC1 (взглянув на MOCPAC диацетилморфина) и HDAC6 (глядя на BATCP диацетилморфина) (Рисунок 2). Трихостатин A был мощным, но неизбирательной ингибитор к HDAC1 и HDAC6. С другой стороны MS275 был селективный для HDAC1, в то время как tubastatin A был явно избирательным для HDAC6.

Figure 2
Рисунок 2: Для HDAC1 и HDAC6 трех стандартных HDAC ингибиторов одновременно получить IC50 доза реакция кривых: неизбирательной трихостатин A, HDAC1-селективного MS275 и HDAC6-селективного tubastatin а. Среднее ± SD трех независимых измерений являются значения50 IC, представлено в таблице рядом. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.

Объем впрыска 5 МКЛ
Колонка C18 (2.6 мкм, 100 мм x 3 мм в.д.)
Температура колонки 40 ° C
Скорость потока элюции 0,8 мл/мин (типичный диапазон: 400-600 баров)
Элюирующий градиент B 5-45% в течение 10 минут
45-98% B в 2 мин
Вымойте шаг 98% B 2 мин
Является шагом 5% B 4 мин
ЭСИ MS/MS конус напряжение, 30 В; капиллярные источник напряжения, 3,0 кв; Капиллярный температура, 350 ° C; Температура источника, 120 ° C; оболочка газ - азот (600 Л/ч); давление газа столкновения, аргон, равным 3 x 10-3 мбар
Параметры столкновения и реакция каналы, оптимизированные с продолжительность 0,1 s, 0.01 s interscan задержек и энергию столкновения, заход в 20 eV.
MAL обнаружение массовых переходов 446 → 346 (ТЗА) и 404 → 304 (dMAL).
MOCPAC обнаружение массовых переходов 494 → 449 (MOCPAC) и 439 → 394 (dMOCPAC).
BATCP обнаружение → → 400 (BATCP) и 476 массовых переходов 500 376 (dBATCP).

Таблица 1: UHPLC-ЭСИ-MS/MS условия.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

Ингибирование HDAC является горячей темой в лекарственных препаратах, с текущей упором на HDAC6-селективных ингибиторов для рака терапии21. HDAC селективность обычно оценивается серия высокой пропускной способностью, клетки бесплатные анализы, которые намерены определить ингибирующее потенции к отдельных изоформ HDAC21. Однако, избирательность ингибитор должна быть дополнительно подтверждена в живых клетках оценки состояния ацетилирования эндогенного белка субстратов, например гистонов (для класса I ГДА) и тубулин (для HDAC6). Таким образом, ячейка анализов, связанных с признанием антител (например, иммуноокрашивания, Западная помарка, проточной цитометрии и ELISA) обычно необходимы для достижения количественных или полу количественные оценки изоформы потенции данного комплекса в живых клетках21. Это не редкость, что соединение, которое было селективного в свободной ячейки ферментативные assay оказывается неизбирательной в клетки или ткани17,22и вице-обратно19. Это может объясняться различия в нестандартизированного ферментативные источников и отсутствие сопутствующих факторов или белка партнеров в биохимических анализов21.

Метод, описанный здесь является быстрое, антитела бесплатная альтернатива позволяет для прямого измерения класса I (HDAC1) и класс IIb (HDAC6) ингибирующее потенции в живых клеток окружающей среды17. Еще одним преимуществом метода является, что она может быть легко адаптирована для различных клеточных линий, таких как нейробласты23, с возможностью для миниатюризации и автоматизации, как описывалось ранее для других анализов на основе ячеек24. Выявление конкретных субстратов по масс-спектрометрии способствует точное измерение deacetylated продукции, обеспечивая сопоставимых количественных результатов. Это первый доступный метод для определения значения50 IC к конкретным изоформ HDAC в живых клетках. Как вопрос сравнения были продемонстрированы неколичественного выборочного профиля ингибиторы ГДАЦ наблюдением иммуноблоттинга соответствует профиль избирательности, полученные с помощью метода описано здесь17. Даже если этот метод был разработан для обнаружения нового класса селективные ингибиторы ГДАЦ, он может также применяться для измерения активности HDAC в пределах ячейки модели в течение болезни. Это могло бы способствовать прояснению эпигеномные и молекулярных механизмов в соответствующих заболеваний и потенциально может определить наркотиков кандидатов. С учетом Экстраполируя этот метод к HDAC изоформ помимо HDAC1 и HDAC6, развитие новых селективного HDAC субстратов настоятельно рекомендуется. Кроме того субстратная специфичность MOCPAC и BATCP следует полностью охарактеризовать с точки зрения ориентации одного изоформ. Действительно, в то время как MOCPAC классифицируется как HDAC1-конкретного субстрата (класс I класса II), это более вероятно, что это универсальный класс я субстрата (включая HDAC3 изоформы), как ранее продемонстрировали25. Таким образом, BATCP это хорошо известных HDAC6-селективный субстрата (класс II более сорта ГДА), но его специфичность к другой класс II гда, таких как HDAC4, заслуживает дальнейшего характеристика25.

Ферментативная активность может отличаться в зависимости от линии клетки, сотовый номер, confluency и инкубации время. Когда линия клетки используется в первый раз в assay, важно проверить диапазон концентраций субстрата в клетки управления, в точках разное время, чтобы проанализировать Ферментативная кинетика, UHPLC-мс (например, через участок Михаэлиса-Menten). Это позволит исследователей, чтобы выбрать наиболее подходящие время и субстрат концентрации инкубации. Этот выбор основывается на двух основных параметров: 1 Ферментативная кинетика и 2) для обнаружения субстратов и их deacetylated продуктов. При анализе Ферментативная кинетика, крайне важно для оценки значения начальной скоростью (то есть, когда формирование продукта находится в пределах диапазона линейной) учредить Ферментативная кинетика. По словам кинетики концентрации субстрата под Km должен быть выбран предоставить точный процент торможения, особенно в случае конкурентных и неконкурентных ингибиторы26. С другой стороны концентрация выбранной подложки следует предусмотреть обнаружению и количественному MS сигналов для субстрата и deacetylated продукт (отношение сигнал шум каналов ≥20)17. При использовании нескольких субстратов, хроматографический метод должен обеспечивать разделение всех вершин для анализа. Альтернативные хроматографические системы может потребовать изменений в разделение градиента и столбец Тип.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Disclosures

Авторы не имеют ничего сообщать.

Acknowledgments

Авторы признают стоимость действий CM1406 (эпигенетическими химической биологии). Исследования в этой публикации была поддержана Фондом Пьер Мерсье.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
BATCP Sigma-Aldrich B4061
MAL Sigma-Aldrich SCP0168 Synonym: BOC-Ac-Lys-AMC
MOCPAC Sigma-Aldrich M2195
MS275 Sigma-Aldrich EPS002
Trichostatin A Sigma-Aldrich T8552
Tubastatin A Sigma-Aldrich SML0044
Acetonitrile, HPLC grade Fisher Scientific 10660131
Formic acid, LC/MS grade Fisher Scientific 10596814
H2O, HPLC grade distilled H2O filtered through a Milli-Q purification system
HeLa cells ATCC ATCC CRM-CCL-2
Cell dissociation reagent TrypLE Express ThermoFisher Scientific 12604013
DMSO, cell culture grade Applichem 146463
DPBS ThermoFisher Scientific 14190144
Fetal bovine serum Biowest S1810
MEM ThermoFisher Scientific 22561021
Penicillin-Streptomycin Bioconcept 4-01F00-H
10x RIPA buffer Abcam ab156034
SigmaFast protease inhibitor tablets Sigma-Aldrich S8820
96-well plates, sterile, flat-bottom, tissue culture treated Corning VWR 29442-058
96-well plates, non-sterile, V-bottom Corning VWR 29442-404 used in the centrifugation step
96-well plate, conical bottom, Nunc ThermoFisher Scientific 249944 compatible with the Acquity UHPLC system
T75 cell culture flasks Corning Sigma-Aldrich CLS430641
Peelable heat sealing foil Waters 186002789
Acquity UPLC system Waters
Eppendorf Centrifuge 5810 R Fisher Scientific 05-413-323
Integration software: MassLynx V4.1 Waters Catalog number not available
Combi thermo-sealer SP-0669/240 Waters Catalog number not available
Quattro micro API Tandem Quadrupole System Waters Catalog number not available

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Arrowsmith, C. H., Bountra, C., Fish, P. V., Lee, K., Schapira, M. Epigenetic protein families: a new frontier for drug discovery. Nat Rev Drug Discov. 11, (5), 384-400 (2012).
  2. Henikoff, S., Greally, J. M. Epigenetics, cellular memory and gene regulation. Curr Biol. 26, (14), R644-R648 (2016).
  3. Kim, C., et al. HDAC6 inhibitor blocks amyloid beta-induced impairment of mitochondrial transport in hippocampal neurons. PLoS One. 7, (8), (2012).
  4. Kawaguchi, Y., et al. The deacetylase HDAC6 regulates aggresome formation and cell viability in response to misfolded protein stress. Cell. 115, (6), 727-738 (2003).
  5. Zhao, Y., et al. Acetylation of p53 at lysine 373/382 by the histone deacetylase inhibitor depsipeptide induces expression of p21(Waf1/Cip1). Mol Cell Biol. 26, (7), 2782-2790 (2006).
  6. Berger, S. L. Histone modifications in transcriptional regulation. Curr Opin Genet Dev. 12, (2), 142-148 (2002).
  7. Simões-Pires, C., et al. HDAC6 as a target for neurodegenerative diseases: what makes it different from the other HDACs? Mol Neurodegener. 8, (7), 1-16 (2013).
  8. Mottamal, M., Zheng, S., Huang, T. L., Wang, G. Histone deacetylase inhibitors in clinical studies as templates for new anticancer agents. Molecules. 20, (3), 3898-3941 (2015).
  9. Manal, M., Chandrasekar, M. J., Gomathi Priya, J., Nanjan, M. J. Inhibitors of histone deacetylase as antitumor agents: A critical review. Bioorg Chem. 67, 18-42 (2016).
  10. Mack, G. S. To selectivity and beyond. Nat Biotech. 28, (12), 1259-1266 (2010).
  11. U.S. National Institutes of Health. Study of ACY-1215 alone and in combination with bortezomib and dexamethasone in multiple myeloma (ACY-1215). Available from: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT01323751 (1211).
  12. U.S. National Institutes of Health. Study of ACY-1215 in combination with lenalidomide, and dexamethasone in multiple myeloma. Available from: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT01583283 (2012).
  13. U.S. National Institutes of Health. 13ACY-1215 (ricolinostat) in combination with pomalidomide and low-dose dex in relapsed-and-refractory multiple myeloma. Available from: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT01997840 (2013).
  14. U.S. National Institutes of Health. Study of ACY-241 alone and in combination with pomalidomide and dexamethasone in multiple myeloma. Available from: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02400242 (2015).
  15. Yee, A. J., et al. Ricolinostat plus lenalidomide, and dexamethasone in relapsed or refractory multiple myeloma: a multicentre phase 1b trial. Lancet Oncol. 17, (11), 1569-1578 (2016).
  16. Jung, M. Homogenous non-isotopic assays for histone deacetylase activity. Expert Opin Ther Pat. 13, (6), 935 (2003).
  17. Zwick, V., Simões-Pires, C., Cuendet, M. Cell-based multi-substrate assay coupled to UHPLC-ESI-MS/MS for a quick identification of class-specific HDAC inhibitors. J Enzyme Inhibi Med Chem. 31, (1), 209-214 (2016).
  18. Khan, N., et al. Determination of the class and isoform selectivity of small-molecule histone deacetylase inhibitors. Biochem J. 409, (2), 581-589 (2008).
  19. Glaser, K. B., et al. Differential protein acetylation induced by novel histone deacetylase inhibitors. Biochem Biophys Res Commun. 325, (3), 683-690 (2004).
  20. Butler, K. V., et al. Rational design and simple chemistry yield a superior, neuroprotective HDAC6 inhibitor, tubastatin A. J Am Chem Soc. 132, (31), 10842-10846 (2010).
  21. Jung, M., Yong, K. -J., Velena, A., Lee, S. Cell-Based Assays for HDAC Inhibitor Hit Validation. Epigenetic Targets in Drug Discovery. Sippl, W., Jung, M. Wiley-VCH. (2010).
  22. Milli, A., et al. Proteomic analysis of cellular response to novel proapoptotic agents related to atypical retinoids in human IGROV-1 ovarian carcinoma cells. J Proteome Res. 10, (3), 1191-1207 (2011).
  23. Zwick, V., et al. Synthesis of a selective HDAC6 inhibitor active in neuroblasts. Bioorg Med Chem Lett. 26, (20), 4955-4959 (2016).
  24. Ciossek, T., Julius, H., Wieland, H., Maier, T., Beckers, T. A homogeneous cellular histone deacetylase assay suitable for compound profiling and robotic screening. Anal Biochem. 372, (1), 72-81 (2008).
  25. Heltweg, B., Dequiedt, F., Marshall, B. L., Brauch, C., Yoshida, M., et al. Subtype selective substrates for histone deacetylases. J Med Chem. 47, (21), 5235-5243 (2004).
  26. Copeland, R. A. Evaluation of enzyme inhibitors in drug discovery. Wiley. (2005).

Comments

0 Comments


    Post a Question / Comment / Request

    You must be signed in to post a comment. Please or create an account.

    Usage Statistics