Оптимальная подготовка формалин фиксированной образцы для пептида основан матрицу помогает лазерная десорбция/ионизации масс-спектрометрия визуализации рабочих процессов

Biochemistry

Your institution must subscribe to JoVE's Biochemistry section to access this content.

Fill out the form below to receive a free trial or learn more about access:

 

Summary

Этот протокол описывает воспроизводимость и надежный метод для подготовки на основе сублимации формалин фиксированной ткани, предназначенные для визуализации масс-спектрометрии.

Cite this Article

Copy Citation | Download Citations

O'Rourke, M. B., Padula, M. P., Smith, C., Youssef, P., Cordwell, S., Witting, P., Sutherland, G., Crossett, B. Optimal Preparation of Formalin Fixed Samples for Peptide Based Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Imaging Workflows. J. Vis. Exp. (131), e56778, doi:10.3791/56778 (2018).

Please note that all translations are automatically generated.

Click here for the english version. For other languages click here.

Abstract

Использование матрицы с помощью лазерной десорбции/ионизации, масс-спектрометрия MALDI imaging (MALDI MSI) быстро расширяется, так как этот метод анализирует множество биомолекулы от наркотиков и липиды для N-гликанов. Хотя существуют различные методы подготовки образца, обнаружения пептиды с формальдегидом сохранить ткани остается одним из самых трудных задач для этого типа масс-спектрометрических анализа. По этой причине мы создали и оптимизированы надежной методологии, которая сохраняет пространственной информации, содержащихся в образце, заручаясь наибольшее количество ionizable пептидов. Также мы стремились добиться этого в экономически эффективным и простым способом, устраняя тем самым потенциальной предвзятости или подготовка ошибка, которая может произойти, когда с помощью автоматизированных инструментария. Конечным результатом является протокол воспроизводимость и недорогой.

Introduction

При содействии матрицы лазерной десорбции/ионизации масс-спектрометрии изображений (MALDI MSI) был нанят в качестве изображения на основе методики для двух десятилетий1,2, анализируя спектр включая биомолекулы: липиды3, пептиды2 ,4, белки2,5, метаболитов6,7, N-гликанов8и синтетические молекулы, такие как лечебных препаратов9,10. Количество публикаций, демонстрируя полезность этого метода значительно выросли за последние десятилетия6,11,12,13. Некоторые молекулы, такие как липиды, являются относительно легко проанализировать через MALDI MSI, как они ионизируют легко из-за их химической природы и таким образом требуют мало предварительной подготовки3. Однако для более сложных целей, как пептиды, шаги, необходимые для эффективного ионизировать эти молекулы являются обширные и вообще сложно14. В настоящее время существует очень мало публикаций, которые направлены на адрес или продемонстрировать повторяемость в методологиях, которые используются для подготовки ткани Этот уникальный визуальный метод15. По этой причине, мы собрали наблюдений и реализовано оптимизаций в единый, легко осуществить, методологии, которые следует требуют практически нет изменений, для анализа пептидов из формальдегида сшитого ткани источника14.

В этой рукописи мы описали проверенных, низкая стоимость, воспроизводимые методологии для обнаружения и пространственного картографирования пептиды, полученные формалин Исправлена замороженные (FFF) и формалин Исправлена парафин врезанных разделов ткани (FFPE). Эта методология не требует и не полагаться на любой специализированный инструментарий3. В частности мы решить многие аспекты специализированных пробоподготовки, необходимых для анализа пептидов; такие шаги, как антиген извлечения16 и покрытие матрицы. Наш протокол также использует недорогое оборудование и реагенты, тем самым делая доступными для более широкого сообщества, которые в противном случае будет не в состоянии позволить себе альтернативного роботизированной аппарат17этой методологии.

Обоснование разработки метода подготовки ручной выборки был два раза: во-первых, использование sublimator создает последовательного и однородное покрытие матрицы кристаллов, которые являются ~ 1 мкм в длину18, что-то недостижимое с более распространенными распыления методы. Во-вторых относительно небольшой набор расходы: Общая стоимость аппарата настраиваемые был <$ 1500 AUD. Мы отмечаем, что с точки зрения эффективности затрат, Цена за образец гораздо дешевле, когда есть без роботов техники. Использование сублимации уже сообщалось ранее, однако, в меру наших знаний, шаг за шагом методологий, которые описывают этот процесс и пробоподготовки, не сообщили ни не описаны в литературе.

Этот протокол предназначен для оказания помощи исследователям, имеют доступ к Малди масс-спектрометром и которые намерены генерации пространственной информации применительно к био молекула интерес19. По сути MALDI MSI является формой гистологическое обследование, не полагаться на антитела или пятна2.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Protocol

Предупреждение: Все применимые меры предосторожности следует использовать при выполнении этой процедуры, в том числе с использованием соответствующих средств индивидуальной защиты (СИЗ) (например, лаборатории пальто, нитриловые перчатки, защитные очки, и т.д.)

1. Подготовка реагенты и оборудование

  1. Подготовка решений
    1. Подготовить 500 мл жидкости в Карнуа, смешать 100% этанола (EtOH), хлороформе и уксусной кислоты кристаллизированной в 6: v/v/v соотношении 3:1 в чистой стеклянной бутылке Schott.
    2. Чтобы сделать жидких нитроцеллюлозы (NC), Растворите NC мембраны (часто используется в Западный blotting) в аккуратные ацетон, путем нежный агитации, до конечной концентрации 40 мг/мл.
  2. Подготовка слайдов NC покрытием
    1. Используйте методику, аналогичную той, которая используется для подготовки крови мазки на гистологическом20 подготовить NC покрытием слайды.
    2. Пипетка 40 мкл жидкое НК на один край проводящих Индий оксид олова (ITO) микроскопа. Используя обычные стекла микроскопа, NC под поверхностное натяжение перетащите слайд для создания даже тонкой пленки покрытия.
    3. Разрешить NC высохнуть при комнатной температуре 20 s и затем хранить до тех пор, пока требуется при комнатной температуре. Хранения образцов в этих условиях может быть бессрочным тканях поддерживаются и свободной от пыли.
      Примечание: Этот метод подготовки более известный как «тонкий фильм» и даст равномерное покрытие, которое опирается на вязкость НК, а также ее отсутствие поверхностного натяжения для самостоятельной уровня на слайде. Только уход, который следует использовать при подготовке слайды не двигаться слишком быстро, который создаст полосы NC, а не полный охват.
      Предупреждение: Как жидкое НК очень быстро сохнет, важно работать быстро, чтобы избежать высыхания решение, прежде чем он был должным образом распространился. Следует также позаботиться при обработке NC в жидком состоянии, как он представляет собой весьма энергичный соединение и не должен связаться с источником зажигания для предотвращения взрыва зажигательной. NC также подвергается эндотермических переходы при сушке и может вызвать ожоги холодной, если разрешено приехать в длительный контакт с кожей или перчатках. Чтобы свести к минимуму все риски, только небольшие суммы должен быть подготовлен на каждом (< 1 мл рекомендуется). После высыхания при комнатной температуре. Однако NC может оставаться взрывоопасной, когда присутствует в больших количествах.
  3. Создание пользовательских пара камер
    1. Вырежьте кусок толстой промокательной бумаги с ножницами, достаточно большой, чтобы поместиться в нижней половине стандартные пластиковые Петри (94 мм диаметром и толщиной 3 мм).
    2. Разрежьте бумагу, оставляя прямоугольной полосой в центре, такого же размера как микроскопа, оставляя достаточно избыток, так что бумага будет сохранять свою позицию в Петри (дополнительный рис. 1).

2. Подготовка разделов ткани

  1. FFPE ткани21.
    1. Выберите желаемый ткани блока и раздел на 12 мкм толщина в стандартной скамейке навесные микротома и плавать горе на NC предварительно покрытая ITO слайды.
    2. Опускайте слайды в свежих ксилол для удаления остатков парафина на 2 мин и повторите операцию во второй раз.
      Примечание: Если парафин блок особенно широко распространенной или ткани является относительно небольшим по сравнению с блоком парафина, образцы можно подогревать при 60 ° C таять большинство прочь перед стиркой в ксилоле.
    3. Мыть deparaffinized образцы, погрузив слайды в градуированных растворителей серии: 70% v/v EtOH/вода, 100% EtOH, Карнуа жидкости, 100% EtOH, ультра-чистой воды и 100% EtOH. Продолжительность каждого погружения должно быть 30 s, за исключением Карнуа в жидкость, которая должна длиться 2 мин.
      Предупреждение: Карнуа жидкости и ксилол должны храниться и использоваться в вытяжного шкафа, как они высоко токсичен при вдыхании.
  2. Формалин Исправлена замороженные (FFF) ткани
    Примечание: Образцы должны уже быть заморожены, надлежащим образом в зависимости от типа образца.
    1. Сбалансировать блока ткани при рабочей температуре микротом для 20 минут22.
      Примечание: Уравновешивания температура зависит от типа ткани.
    2. В разделе ткани, используя микротом на 12 мкм и оттепели Маунт секции на заранее подготовленные NC покрытием Ито слайд.
    3. Храните слайды в вакуумный сушильный шкаф на скамейке в темноте.
      Примечание: Образцы можно хранить в течение нескольких недель в этих условиях.
    4. Стирать образцы в градуированных растворителей серии, как указано на FFPE ткани (2.1.3).
      Примечание: Нет необходимости для шага deparaffinisation ксилол как образец не внедрены.

3. метиленовой Crosslink гидролиз

  1. Загрузите образец слайдов (FFF или FFPE) в поле пластиковых слайд, который наполнен 20 ммоль трис HCl (рН 8,8) к вершине. Уплотнение коробки и поместите его в водяной бане, содержащий 500 мл воды, позволяя поле коснуться дна. Затем тепло его 15 мин при температуре 120 ° C в скороварке, которого можно достичь рабочее давление 70 кПа.
  2. Удалите слайды, дать им остыть и дайте им высохнуть при комнатной температуре в течение 15 мин.

4. ткань пищеварение

  1. После гидролизованный, пальто образцы с 10 мкл раствора (1 мг/мл) трипсина в ультра-чистой воды, путем дозирования 10 мкл раствора на кромку ткани, затем, используя тот же Совет пипетки, перетащить дроплет по всей поверхности ткани под поверхностью напряжение.
    Примечание: Не поцарапать поверхность ткани с кончиком пипетки и за распространение фермента за пределами края ткани.
  2. Разрешить образцы высохнуть при комнатной температуре.
  3. После высыхания, смонтируйте образцов внутри верхней палаты ранее созданный паров (ткани вниз) с лентой автоклава на либо краю слайда (дополнительный рисунок 2).
  4. Пипетка 600 мкл раствора, содержащего смесь 1:1 v/v 100% ацетонитриле и 50 мм бикарбонат аммония осторожно прижмите палец промокательной бумаги в нижней части Петри, до тех пор, пока палец, как представляется, быть равномерно влажным.
  5. Место в верхней половине камеры пара на нижней половины, обеспечение бумага палец и образец слайдов выровнять совершенно и уплотнение камеры вокруг экватора с парафином фильм.
  6. Оставьте на ночь образца в инкубаторе 37 ° C разрешить полный пищеварение.

5. Матрица покрытие через сублимации

  1. После переваривается, взвесьте образец слайда на microanalytical баланс 5-значный.
  2. Маунт слайд на охлаждения палец сублимации аппарата и закрепите его с медной лентой, таким же образом, как описано для камеры пара (дополнительный рис. 3).
    Примечание: Чтобы гарантировать, что слайд связывается равномерно охлаждения палец, слой медной лентой помещается в нижней части охлаждения палец до уровня поверхности. Это гарантирует, что слайд равномерно охлаждается, что приводит к даже осаждения матрицы.
  3. Место 300 мг матрицы α-циано-4-Гидроксикоричная кислота (CHCA) в чашку Петри стекла в нижней части камеры и распространение равномерно, чтобы создать тонкий слой кристаллов матрицы.
  4. Соберите sublimator и зафиксируйте две половинки с зажимом подкова. Приостановите собран блок 15-20 см над песочной ванны, разогретую на 220 ° C, поместив его в металлическом кольце подключен к стенд реторты.
  5. Подключите камеру к источнику вакуума, включите вакуум и позволило стабилизировать до ~ 25 mTorr за 5 мин.
  6. Пакет охлаждения палец на вершину со льдом и добавить 50 мл воды. Разрешить аппарат урегулировать еще 5 минут, прежде чем продолжить.
  7. Нижняя палата на поверхность песка, гарантируя песок полностью контакты в нижней части камеры и оставить его на 45 минут, чтобы создать идеальное покрытие 0,22 мг/см2
    : Уход следует проявлять осторожность при обработке стекла в высоком вакууме, как любые повреждения аппарата, хотя эвакуированы, может привести к катастрофический провал стекло камеры.
  8. После 45 минут удалите камеры из песочной ванны путем повышения металлическое кольцо и вентиляционные камеры.
    Примечание: После того, как палата была вентилируемые, слайд должны быть удалены очень быстро, как воды в воздухе начнет конденсироваться на замораживание палец и образец слайдов.
  9. Удалить слайд и взвесить его, чтобы убедиться, что был достигнут желаемого покрытия.
    Примечание: Если был достигнут недостаточно покрытие, просто повторите процесс сублимации для слайда до тех пор, пока был достигнут желаемого покрытия толщиной.

6. рекристаллизации

  1. После Сублимированные, смонтировать образец слайда внутри верхней палаты ранее созданный паров, как описано ранее (ткани вниз).
  2. Пипетка 600 мкл раствора, содержащего смесь 1:1 (v/v) 100% ацетонитриле и 0,1% v/v trifluoroacetic кислоты в воде тщательно на промокательную бумагу в нижней части Петри обеспечить ровное покрытие.
  3. Соберите палата, обеспечение бумага вкладка и Микроскоп слайд отлично выровнять и оставить в инкубатора 37 ° C за 1 ч.
    Предупреждение: Не запечатывайте камеры.
    Примечание: После порошкообразные, обычно желтый оттенок матрицы следует изменить на белый, выглядят менее блестящими и появляются очень даже. Это означает, что перекристаллизации была выполнена правильно.
  4. Образец теперь готов для анализа.

7. приборостроение

  1. Сканирование слайдов в планшетный сканер для создания цифровых изображений.
  2. Загрузить образец в масс-спектрометр, а затем проанализировать с помощью соответствующего программного обеспечения платформы.
  3. Анализ образцов в режиме reflectron положительный ион с массовых спектр 750-3500-Да, с разрешением пятно, которое применимо к желаемому результату. В большинстве случаев 20-50 мкм растровое ширины достаточно, однако, как мало, как 10 мкм могут быть используется15.
    Предупреждение: MALDI УФ лазеров являются источником ионизирующего излучения и не должны рассматриваться непосредственно. Убедитесь, что лазер содержится в инструмент экранирования до операции.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Representative Results

Если после правильно, этот протокол производит изображения, которые явно представляют собой грубые морфология ткани без каких-либо царапин или других деформаций (рис. 1). Идеальный проверки для правильно выполненных пробоподготовку, является способность различать различные физические структуры, изменив молекулы, Просмотрели (рис. 2).

Хорошее руководство для определения если неправильно подготовлены образцы, чтобы проверить на наличие делокализация или матрица агрегирования; пептид подписей, которые выходят за границы физического ткани идеально показатели, которые молекулы перемещены во время подготовки проб. Это объясняется подробно о ' Рурк и Падула (2017)15.

Спектр производимых пептид должен содержать многочисленность дискретные молекул, которые хорошо распределены по выбранным массового диапазоне1,23 (это во многом является пробы зависит, однако, это не редкость увидеть свыше 50 дискретные пептид подписей из FFPE ткани) (рис. 3)18.

Figure 1
Рисунок 1 : Правильно составленных образец ткани человеческого мозга FFF. Это образцы переработанных тканей было imaged на 50 мкм и показывает хороший макрос структуры и четкое различие между белого вещества (WM) и серого вещества (ГМ). Успешно подготовлен примерах будет четкая дифференциация тканей различных мест. Здесь есть четкое регион вверх-регулирования пептида (представлено соотношение массы и заряда, M/Z) 1085 в регионе WM группы A. дифференциация далее подтверждается отсутствие этой определенной формы в группе B следуют его возвращения в панели C. Опробование распределения трех различных молекул на том же разделе ткани и показать, что некоторые из них равномерно распределены, в то время как другие ограничены дискретных физического местоположения, мы видим, что подготовка образца была выполнена правильно. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.

Figure 2
Рисунок 2 : Неправильно подготовленных часть ткани человеческого мозга FFF. Этот образец отображаемого в на 50 мкм, но показывает крупномасштабных уровень делокализация. Модели молекул настоящее через 1, 2 и 3 групп ясно продемонстрировать, что, в отличие от на рисунке 1, существует нет четкого определения биологического регионов или различия в изобилии молекул, отображается. Поскольку изображения одинаковы, независимо от молекул, выбранные для отображения, мы можем заключить, что он был делокализован из-за неправильно готовится. Поскольку это ткани мозга, этот результат не имеет смысла логических, биологические. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.

Figure 3
Рисунок 3 : Глобальные массовые спектр изображения, отображаемого в Рисунок 1. Спектр содержит обилие пептид подписей через нижнюю область диапазона массы, с несколько пиков высокой массы пептид настоящего также. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.

Supplementary Figure 1
Дополнительные рисунок 1 : Схема для резки промокательной бумаги, используемых в камере паров. Толстые промокательной бумаги вырезать в круглую форму диаметром 94 мм. Прямоугольные вкладки также вырезать, чтобы соответствовать размер стандартного стекла микроскопа. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.

Supplementary Figure 2
Дополнительные рисунок 2 : Ассамблея схема палаты паров. Эта схема показывает, как пара камеры должны быть собраны с конкретные сведению как образец слайдов, промокательной бумаги и клейкой ленты соотносятся друг с другом. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.

Supplementary Figure 3
Дополнительная цифра 3 : Схема сублимации палата Ассамблеи: Этот рисунок показывает, как образец слайда, sublimator и обогревательные приборы расположены чтобы воспроизводимость сублимации. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

Этот протокол был разработан для получения максимального дохода ionizable молекулярных видов устраняя делокализация аналитов. Ключевые факторы связаны с использованием же основополагающий принцип при применении матрицы, переваривание образца, или recrystallizing после сублимации24; а именно, что даже осаждения паров, матрица или в противном случае, должен быть создан и поддерживается. Дозирование растворителей смывки для перекристаллизации и пищеварение, равномерно под образца, предотвращает любые отдельные области, получение более растворителя пара чем нигде. Это важно для предотвращения образования конденсата видимых и в целом тормозит делокализация поверхности молекул, а также обеспечения ровно переваривается и порошкообразные образца. Это необходимо для достижения даже осаждения матрицы, как слишком мало покажет относительно низкой интенсивности и разнообразие видов и слишком много будет подавлять ионов из образца, также снижение интенсивности и разнообразие видов25. Для достижения даже осаждения матрицы, убедитесь, что даже тонкий слой кристаллов матрицы однородной размера, располагаются непосредственно под след приостановлено микроскопа. Если слой неравномерно или слишком тонкие, сублимация матрицы будет действовать слишком медленно или будет неравномерным26. Потенциальные проблемы с ручным применением растворителя и фермент приходит вниз к индивидуального опыта пользователя. Некоторые уровень «практики» необходим для обеспечения повторяемости результатов, и там могут быть некоторые первоначальные случайное неправильное оформление. Однако если позаботиться чтобы обеспечить окончательное изображение в соответствии с свойствами «хорошее» образцов мы предоставили, то любые неправильно подготовлены образцы не приведет к ложных биологических выводы.

Для того, чтобы эффективно переваривать образец ткани сохранились в формальдегид (FFPE или FFF), важно, чтобы удалить как многие из метиленовой сшивки максимально до трипсина осаждения16. Это легко достигается путем нагрева образца в скороварку на > 100 ° C, на короткий срок, без фактически вызывает пузыри, которые могут механически отделить образца. Ткань может быть легко потеряны при обработке таким образом, чтобы бороться с этим, NC слайды работают. Хотя не критично, он обеспечить физическую неприкосновенность образца при воздействии тепла, давления и органических растворителей. Пищеварение образца затем достигается путем применения фермента в государстве, которое предотвращает ее активации и затем позволяя высохнуть, т.е. приостановлено в ультра-чистой воде. Пара палата затем следует тот же принцип как перекристаллизации, обеспечивая достаточно влажный среды чтобы разрешить локализованных движение фермента столкнуться и прилепится костяк белок, но не хватает «сырости» чтобы результирующая пептиды дрейф значительно от их первоначального расположения26. Дозирование прямо на слайде будет не delocalize любой поверхности аналитов, из-за влияния остаточного сшивки и общего нерастворимость крупных белков в воде.

Хотя мы сосредоточились на применение этой методологии для пептидов, он так же легко может применяться для рабочих процессов для анализа метаболитов, липиды и интакт белками. Некоторые шаги должны быть удалены или увеличены; интактных белков изображений не требует каких-либо шагов протеолитического расщепления, но основные рабочий образец секционирование и монтажа, следуют матрица сублимации, перекристаллизации и анализа могут быть применены к почти любой тип образца. Наши разработки этот протокол и обеспечение его надежности и устойчивости через обширные эмпирические исследования, предполагалось создать метод, который требует мало или вообще не модификации, использующий недорогое оборудование и поддаются широкий сообщество с различной аппаратуры и биохимических мастерство. Мы надеемся, что это открывает новые возможности исследования в лаборатории, которые бы иначе отвергли эту технику как слишком сложным или дорогостоящим. Мы также уверены в том, что мы предоставили первый метод подготовки окончательного образца для пептида MSI. На момент написания большинство методик были главным образом на основе инструментария, с особым упором на простоту использования роботов распыления на основе методологии27,,2829. Кроме того, мало надежное метиленовый гидролиза методологий с гипотеза о правильной процедуре и аппарат для использования.

В заключение мы считаем, что применение методологии выше FFPE и FFF тканей, приведет к большей уверенности в эффективности MSI для анализа пептидов.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Disclosures

Авторы не имеют конфликта интересов или коммерческий интерес раскрывать

Acknowledgements

Авторы хотели бы признать Сидней фонд медицинской школы и блюз и фонд для финансирования части этой работы через их кандидат Стипендиальной программы для исследования болезни Альцгеймера и обнаружения дуги гранта (DP160102063) для ГИК.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Cryo Microtome Leica CM3050 For preparation and section of tissue.
Indium Tin Oxide Microscope slides Bruker 8237001 For preparation and section of tissue.
Coplin Jars Sigma Aldrich S5516 For preparation and section of tissue.
Pressure Cooker Kambrook KPR620BSS For preparation and section of tissue.
Sublimator Chem Glass NA For sublimation procedure. Similar in design to the CG-3038 however it was custom made 
Sand bath NA NA For sublimation procedure. Fine grade river sand held in folded aluminium foil sourced from outside not from any specific company
Glass Petri Dish Sigma Aldrich CLS70165100 For sublimation procedure.
Vacuum Pump NA NA For sublimation procedure. Sourced as a spare part from an old mass spectrometer 
Cold trap Chem Glass CG-4510-02 For sublimation procedure.
Hot Plate John Morris EW-15956-32.  For sublimation procedure.
Plastic petri dish Sigma Aldrich Z717223 For sublimation procedure.
37 °C incubator NA NA For sublimation procedure. Not applicable, incubator is non sterile and over 30 years old 
Blotting paper Sigma Aldrich P7796 For sublimation procedure.
Nitrocellulose  Sigma Aldrich N8395 For washing of slides.
Acetone Sigma Aldrich 650501 For washing of slides.
Xylene Sigma Aldrich 214736 For washing of slides.
100% EtOH Sigma Aldrich 1.02428 For washing of slides.
70% EtOH Sigma Aldrich NA For washing of slides. Made in lab from 95% stock ethanol 
Chloroform Sigma Aldrich C2432 For washing of slides.
Glacial Acetic Acid Sigma Aldrich ARK2183 For washing of slides.
Tris HCL pH 8.8 Sigma Aldrich TRIS-RO For proteolytic cleavage. Powder made to 1M followed by equilibration with 32% HCl to PH 8.8
Milli Q Ultra-Pure Water Sigma Aldrich NA For proteolytic cleavage. Purification performed in house by sartorious water purification system
Ammonium Bircarbonate Sigma Aldrich A6141 For proteolytic cleavage. 
Trypsin Sigma Aldrich T0303 For proteolytic cleavage. 
CHCA Matrix Sigma Aldrich C2020 For recrystallisation.
Acetonitrile Sigma Aldrich 1.00029 For recrystallisation.
Trifluoroacetic Acid (TFA)  Sigma Aldrich 302031 For recrystallisation.

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Schwartz, S. A., Reyzer, M. L., Caprioli, R. M. Direct tissue analysis using matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry: practical aspects of sample preparation. J Mass Spectrom. 38, (7), 699-708 (2003).
  2. Caprioli, R. M., Farmer, T. B., Gile, J. Molecular Imaging of Biological Samples: Localization of Peptides and Proteins Using MALDI-TOF MS. Anal Chem. 69, (23), 4751-4760 (1997).
  3. Jackson, S. N., et al. MALDI-Ion Mobility Mass Spectrometry of Lipids in Negative Ion Mode. Analytical methods : advancing methods and applications. 6, (14), 5001-5007 (2014).
  4. O'Rourke, M. B., Djordjevic, S. P., Padula, M. P. A non-instrument-based method for the analysis of formalin-fixed paraffin-embedded human spinal cord via matrix-assisted laser desorption/ionisation imaging mass spectrometry. Rapid Commun Mass Spectrom. 29, (19), 1836-1840 (2015).
  5. O'Rourke, M. B., Raymond, B. B. A., Djordjevic, S. P., Padula, M. P. A versatile cost-effective method for the analysis of fresh frozen tissue sections via matrix-assisted laser desorption/ionisation imaging mass spectrometry. Rapid Commun Mass Spectrom. 29, (7), 637-644 (2015).
  6. Chughtai, K., Heeren, R. M. Mass spectrometric imaging for biomedical tissue analysis. Chem Rev. 110, (5), 3237-3277 (2010).
  7. Ye, H., et al. MALDI mass spectrometry-assisted molecular imaging of metabolites during nitrogen fixation in the Medicago truncatula-Sinorhizobium meliloti symbiosis. Plant J. 75, (1), 130-145 (2013).
  8. Powers, T. W., et al. MALDI imaging mass spectrometry profiling of N-glycans in formalin-fixed paraffin embedded clinical tissue blocks and tissue microarrays. PLoS One. 9, (9), 10655 (2014).
  9. Rompp, A., Spengler, B. Mass spectrometry imaging with high resolution in mass and space. Histochem Cell Biol. 139, (6), 759-783 (2013).
  10. Shariatgorji, M., Svenningsson, P., Andren, P. E. Mass spectrometry imaging, an emerging technology in neuropsychopharmacology. Neuropsychopharmacology. 39, (1), 34-49 (2014).
  11. Alexandrov, T. MALDI imaging mass spectrometry: statistical data analysis and current computational challenges. BMC Bioinformatics. 13, Suppl 16 11 (2012).
  12. Weaver, E. M., Hummon, A. B. Imaging mass spectrometry: From tissue sections to cell cultures. Adv Drug Deliv Rev. 65, (8), 1039-1055 (2013).
  13. Watrous, J. D., Dorrestein, P. C. Imaging mass spectrometry in microbiology. Nat Rev Microbiol. 9, (9), 683-694 (2011).
  14. O'Rourke, M., Padula, M. The Non-Instrument Based Preparation of Tissue Samples Destined for Imaging Mass Spectrometry (IMS) Analysis. Protocol Exchange. (2017).
  15. O'Rourke, M. B., Padula, M. P. A new standard of visual data representation for imaging mass spectrometry. Proteomics Clin Appl. 11, (3-4), (2017).
  16. O'Rourke, M. B., Padula, M. P. Analysis of formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue via proteomic techniques and misconceptions of antigen retrieval. Biotechniques. 60, (5), 229-238 (2016).
  17. Casadonte, R., Caprioli, R. M. Proteomic analysis of formalin-fixed paraffin-embedded tissue by MALDI imaging mass spectrometry. Nat. Protocols. 6, (11), 1695-1709 (2011).
  18. Ong, T. H., et al. Mass Spectrometry Imaging and Identification of Peptides Associated with Cephalic Ganglia Regeneration in Schmidtea mediterranea. J Biol Chem. 291, (15), 8109-8120 (2016).
  19. Seeley, E. H., Caprioli, R. M. Molecular imaging of proteins in tissues by mass spectrometry. Proc Natl Acad Sci U S A. 105, (47), 18126-18131 (2008).
  20. Blood-smear showing Experimental Infection with Herpetomonas. Proc R Soc Med. 18, Sect Trop Dis Parasitol 55 (1925).
  21. Gorrie, C. A., et al. Effects of human OEC-derived cell transplants in rodent spinal cord contusion injury. Brain Res. 1337, 8-20 (2010).
  22. Wu, Q., Comi, T. J., Li, B., Rubakhin, S. S., Sweedler, J. V. On-Tissue Derivatization via Electrospray Deposition for Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Imaging of Endogenous Fatty Acids in Rat Brain Tissues. Anal Chem. 88, (11), 5988-5995 (2016).
  23. Sturm, R. M., Greer, T., Chen, R., Hensen, B., Li, L. Comparison of NIMS and MALDI platforms for neuropeptide and lipid mass spectrometric imaging in C. borealis brain tissue. Anal Methods. 5, (6), 1623-1628 (2013).
  24. Kompauer, M., Heiles, S., Spengler, B. Atmospheric pressure MALDI mass spectrometry imaging of tissues and cells at 1.4-mum lateral resolution. Nat Methods. 14, (1), 90-96 (2017).
  25. Yang, J., Caprioli, R. M. Matrix sublimation/recrystallization for imaging proteins by mass spectrometry at high spatial resolution. Anal Chem. 83, (14), 5728-5734 (2011).
  26. Rohner, T. C., Staab, D., Stoeckli, M. MALDI mass spectrometric imaging of biological tissue sections. Mech Ageing Dev. 126, (1), 177-185 (2005).
  27. Li, B., Bhandari, D. R., Rompp, A., Spengler, B. High-resolution MALDI mass spectrometry imaging of gallotannins and monoterpene glucosides in the root of Paeonia lactiflora. Sci Rep. 6, 36074 (2016).
  28. Spengler, B. Mass spectrometry imaging of biomolecular information. Anal Chem. 87, (1), 64-82 (2015).
  29. Widlak, P., et al. Detection of molecular signatures of oral squamous cell carcinoma and normal epithelium - application of a novel methodology for unsupervised segmentation of imaging mass spectrometry data. Proteomics. 16, (11-12), 1613-1621 (2016).

Comments

0 Comments


    Post a Question / Comment / Request

    You must be signed in to post a comment. Please or create an account.

    Usage Statistics