Zika-Virus spezifische diagnostische Epitop Entdeckung

Immunology and Infection

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Summary

Dieses Protokoll beschreibt eine Technik, um Zika Virus spezifische diagnostische Peptide mit einer High-Density-Peptid-Microarray entdecken. Dieses Protokoll kann für andere neu auftretende Infektionskrankheiten readly angepasst werden.

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Sabalza, M., Barber, C. A., Abrams, W. R., Montagna, R., Malamud, D. Zika Virus Specific Diagnostic Epitope Discovery. J. Vis. Exp. (130), e56784, doi:10.3791/56784 (2017).

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Abstract

High-Density-Peptid Microarrays erlauben Screening von mehr als sechs tausend Peptide auf einer einzigen Standard-Mikroskopie-Folie. Diese Methode kann für Arzneimittelforschung, therapeutischen Target-Identifizierung und Entwicklung von Diagnostika. Hier präsentieren wir ein Protokoll, um spezifische Zika Virus (ZIKV) diagnostische Peptide mit einer High-Density-Peptid-Microarray entdecken. Eine menschliche Serumprobe für ZIKV Infektion mit einer High-Density-Peptid Microarray enthält das gesamte ZIKV Protein übersetzt 3.423 einzigartige 15 linear (aa) Aminosäureresten mit einer 14-aa Rückstände Überlappung inkubiert wurde validiert in zweifacher Ausfertigung gedruckt. Färbung mit verschiedenen Sekundärantikörper innerhalb desselben Arrays, erkannt wir Peptide, die Bindung an Immunglobulin M (IgM) und Immunglobulin G (IgG) Antikörper im Serum vorhanden. Diese Peptide wurden für weitere Validierung Experimente ausgewählt. In diesem Protokoll beschreiben wir die Strategie zu entwerfen, zu verarbeiten und ein High-Density-Peptid-Microarray zu analysieren.

Introduction

Zika Virus (ZIKV) Diagnose anhand der klinischen Symptome ist schwierig, weil es Vektoren, geographische Verbreitung und Symptome mit Dengue-Fieber und Chikungunya-Virus-Infektion1teilt. Angesichts des Risikos für unerwünschte Schwangerschaft Ergebnisse bei Frauen während der Schwangerschaft mit ZIKV infiziert, ist es wichtig, zwischen den 3 Viren zu unterscheiden. Obwohl die aktuellen molekularer diagnostischer Tests spezifisch sind, sind sie nur während der relativ kurzen Zeit der akuten Infektion2,3nützlich im Blut oder Speichel. Serologische Tests sind unerlässlich für die Diagnose außerhalb dieser Phase der Infektion4.

Die Entwicklung eines spezifischen serologischen ZIKV-Assays ist anspruchsvoll, aus zwei Gründen: Erstens der Zika-Antigene, die auf das menschliche Immunsystem reagiert sind derzeit nicht bekannt; und zweitens konservierten Flaviviren Aminosäuresequenzen veranlassen Antikörper Kreuzreaktivität. Unser Ziel war es, entdecken einzigartige ZIKV spezifische Peptide in der Diagnostik verwendet werden. Verschiedene Ansätze wurden entwickelt, um einen Bildschirm Peptid Bibliotheken für ganze Proteine einschließlich Phagen, bakterielle, und Hefe Oberfläche display5,6,7,8,9, 10. Unsere Strategie war es, ein High-Density-Peptid-Microarray verwenden, die schnelle und kostengünstige Hochdurchsatz-serologische Untersuchungen11,12 erlaubt und anschließend die identifizierten Peptide können zur Verbesserung der serologischen Assays für die Erkennung von ZIKV Infektion.

Dieses Protokoll ermöglicht die Entdeckung von Zika Virus spezifische diagnostische Peptide mit einer High-Density-Peptid Microarray (Abbildung 1). Die High-Density-Peptid-Microarray wurde mit der Peptid-Laserdrucktechnologie hergestellt. Die gesamte ZIKV Proteinsequenz bestehend aus 3.423 Aminosäurereste basierend auf dem französischen polynesischen Stamm (GenBank: KJ776791.2), wurde gedruckt auf einer standard-Glas-Folie in Blöcken von 15 lineare Rückstände mit einer Überlappung von 14 Aminosäurereste in doppelter Ausführung für eine insgesamt 6.846 Peptid Flecken. Neben der gesamten Zika Protein Sequenz Peptide, nutzt die Microarray Influenza Hämagglutinin (HA) Peptide für interne Kontrollen.

Ein Zika bestätigt positive Serumprobe gewonnenen Wadsworth Center (Albany, NY), verwendet wurde, um spezifische Immunglobulin M (IgM) und Immunglobulin G (IgG) reaktive Peptide zu identifizieren. Nach Inkubation mit der Probe über Nacht, war die Microarray gebeizt mit einem sekundären Fluorochrom konjugierten Antikörper (Anti-Human IgM oder Anti-Human-IgG) und auf einem Microarray Scanner analysiert. Quantifizierung der spot Intensitäten und Peptid-Annotation erfolgte mit einer speziellen Software zur Verfügung gestellt von der gleichen Firma, die die Microarray hergestellt.

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Protocol

Diese Daten sind ein Teil einer laufenden Forschungsstudie an der New York University College of Dentistry und wurden von der Institutional Review Board der New York University School of Medicine, IRB genehmigt # H10-01894. In dieser Studie verwendete klinischen Proben wurden anonymisierte Proben zuvor verwendet, für die Diagnose und mit Erlaubnis von Wadsworth Center der New York State Department of Health, Albany, NY.

1. Installation der ZIKV High-Density-Peptid Microarray Slide in einem bestimmten Fach Inkubation

  1. Die Glas-Folie an den Rändern mit puderfreien Handschuhen zu behandeln. Die Glas-Folie-Dimensionen sind 75,4 mm 25,0 mm und 1 mm dick. Legen Sie die Folie mit der Microarray-Oberfläche nach oben in das Fach der Inkubation.
  2. Legen Sie die glänzende Seite der Dichtung mit Blick nach unten auf die Microarray bedruckte Oberfläche. Um eine gute Position zu gewährleisten, überschneiden sich die Schraubenlöcher der Dichtung und der Bodenplatte.
  3. Legen Sie das Oberteil des Behälters auf die Dichtung zu eine Microarray-Kammer schaffen.
  4. Sichern Sie die Folie in das Fach durch anziehen ebenso die Rändelschrauben nacheinander von Hand in einem wechselnden Muster, ausgehend von der oberen linken Ecke, gefolgt von unten rechts. Setzen Sie den Deckel des Fachs Inkubation.

2. Hintergrund Interaktion Erkennung: Färbung der Microarray mit Sekundärantikörper

Hinweis: Verwenden Sie eine Pipette, um die Lösungen (standard und blockierende Puffer, verdünnte Sekundärantikörper) in der Ecke der Microarray-Kammer zu hinterlegen.

  1. Microarray mit einem standard-Puffer (1 x Phosphat gepufferte Kochsalzlösung (PBS), 0,05 % Tween 20, pH 7,4, mit einem 0,45 µm-Filter gefiltert) inkubieren (Gesamtvolumen von 2.000 µL/Microarray) für 15 min bei Raumtemperatur (RT) auf einem Orbitalschüttler bei 140 u/min.
  2. Entfernen Sie die standard-Puffer durch Absaugen mit einer Pipette aus der Ecke der Microarray-Kammer. Füllen Sie leere Objekthalter mit leeren Folien, brechen die Microarray-Folie zu verhindern.
  3. Die Microarray mit dem blockierenden Puffer (Gesamtvolumen von 2.000 µL/Microarray) für 60 min bei RT auf einem Orbitalschüttler bei 140 u/min zu blockieren.
  4. Entfernen Sie die blockierenden Puffer durch Absaugen mit einer Pipette aus der Ecke der Microarray-Kammer.
  5. Inkubieren Microarray mit sekundären Antikörper, Anti-Human IgM Fluorochrom konjugiert, verdünnt 1: 5.000 (Gesamtvolumen von 2.000 µL/Microarray) in der Färbung-Puffer (10 % Puffer im standard Puffer blockiert) für 30 min bei RT in der Dunkelheit auf einem Orbitalschüttler bei 140 u / min.
  6. Entfernen Sie den sekundären Antikörper durch Absaugen mit einer Pipette aus der Ecke der Microarray-Kammer.
  7. Waschen Sie die Microarray 3 X, 1 min pro Waschgang mit standard-Puffer (Gesamtvolumen von 2.000 µL/Microarray bei RT auf einem Orbitalschüttler bei 140 u/min. Entfernen Sie nach jedem Waschen die standard Puffer durch Absaugen mit einer Pipette aus der Ecke der Microarray-Kammer.
  8. Tauchen Sie die Folie 2 X in einen frisch zubereiteten Dipp Puffer (1 mM Tris, pH 7,4), (Gesamtvolumen von 200 mL).
  9. Trocknen der Microarray, für ca. 1 min, durch Absaugen überschüssigen Flüssigkeit sehr sorgfältig von oben nach unten von der Folie ohne Berührung der Oberfläche der Folie. Analysieren Sie die Folie in einem Microarray Scanner Reader.

(3) Exposition von Microarray Serum hosten

Achtung: Führen Sie diesen Schritt unter Laborbedingungen Sicherheit, Biosafety Level 2 (BSL-2) aufgrund der potenziellen infektiöse Natur der Serumproben. Arbeiten Sie innerhalb einer Klasse II biologischen Sicherheitsschrank (BSC).

  1. Serumprobe bei 56 ° C für 30 min und Zentrifuge bei 16.000 Rcf für 5 min bei 4 ° C13zu inaktivieren.
    Hinweis: Verwenden Sie eine Pipette, um die Lösungen (Färbung, standard-Puffer und verdünnte Serum) in der Ecke der Microarray-Kammer zu hinterlegen.
  2. Verdünnen Sie Serumprobe in Färbung Puffer, beginnend mit einer 1:1,000 (Gesamtvolumen von 2.000 μL/Microarray) Verdünnung. Halten Sie es bei 4 ° C bis zur Verwendung.
  3. 15 min bei RT auf einem Orbitalschüttler bei 140 u/min die Microarray mit der Färbung Puffer (Gesamtvolumen von 2.000 μL/Microarray) inkubieren.
  4. Entfernen Sie die Färbung Puffer durch Absaugen mit einer Pipette aus der Ecke der Microarray-Kammer.
  5. Inkubieren Sie die Microarray mit verdünnte Serumprobe über Nacht bei 4 ° C auf einem Orbitalschüttler bei 140 u/min.
  6. Entfernen Sie die verdünnte Serumprobe durch Absaugen mit einer Pipette aus der Ecke der Microarray-Kammer.
  7. Waschen Sie die Microarray 3 X, 1 min pro Waschgang mit standard-Puffer (Gesamtvolumen von 2.000 μL/Microarray bei RT auf einem Orbitalschüttler bei 140 u/min. Entfernen Sie nach jedem Waschen die standard Puffer durch Absaugen mit einer Pipette aus der Ecke der Microarray-Kammer.

4. Färben mit Sekundärantikörper und beschrifteten Kontrolle Antikörper

Hinweis: Verwenden Sie eine Pipette, um die Lösungen (standard-Puffer, verdünnte Sekundar- und Label-Antikörper) in der Ecke der Microarray-Kammer zu hinterlegen.

  1. Verdünnen Sie den sekundäre Antikörper in der Färbung Puffer.
    Hinweis: Verwendung Anti-Human IgM Fluorochrom konjugierten Antikörper oder Anti-Human-IgG Fluorochrom konjugierten Antikörper bei einer Verdünnung von 1:5,000 (Gesamtvolumen von 2.000 µL/Microarray) in Färbung Puffer.
  2. Mix-Steuerelement Label Antikörper (monoklonalen Anti-HA Fluorochrom konjugiert) bei einer Verdünnung von 1:1,000 (Gesamtvolumen von 2 000 µL/Microarray) in der Färbung Puffer mit sekundären Antikörper, die zuvor in der Färbung Puffer verdünnt.
  3. Mit dem Microarray für 30 min bei RT in der Dunkelheit auf einem Orbitalschüttler bei 140 u/min inkubieren.
  4. Entfernen Sie die Mischung aus verdünnten Sekundar- und Label Antikörper durch Absaugen mit einer Pipette aus der Ecke der Microarray-Kammer.
  5. 3 X mit standard-Puffer (Gesamtvolumen von 2.000 µL/Microarray) waschen. Jedes waschen ist für 1 min auf einem Orbitalschüttler bei 140 u/min. Entfernen Sie nach jedem Waschen die standard Puffer durch Absaugen mit einer Pipette aus der Ecke der Microarray-Kammer.

(5) Microarray Scannen

  1. Tauchen Sie die Folie 2 X in frisch zubereiteten Dipp Puffer (1 mM Tris, pH 7,4) (Gesamtvolumen von 200 mL).
  2. Trocknen der Microarray, ca. 1 min, durch Absaugen sehr sorgfältig von oben nach unten von der Folie ohne Berührung der Oberfläche der Folie.
  3. Scannen Sie die Microarray gemäß den Anweisungen des Scanners. Legen Sie die Folie auf den Scanner mit der bedruckten Oberfläche nach oben.
  4. Erstellen Sie ein neues Projekt und wählen Sie den Scanbereich. Scannerparameter als einstellen: Auflösung: 21 µm, Intensität für 700 und 800 nm Kanäle: 7.0, Scan-Qualität: Medium und Offset: 0,8.
  5. Erwerben und die Scan-raw-Bild als ein 16-Bit-Graustufen TIFF-Dateiformat speichern.

(6) Microarray-Analyse unter Verwendung einer speziellen Software

  1. Öffnen Sie die raw-Bild (TIFF-Bild). Öffnen Sie die Array-Raster-Datei.
  2. Array-Raster, um das Bild mit der Computer-Maus oder Tastatur-Pfeiltasten ausrichten.
  3. Wählt "quantifizieren" die spezifische Software, die eine Auslesen-Datei erstellt, die die Signalstärke für jeden Fleck, den Hintergrundwert und die entsprechenden Peptidsequenz enthält.
    Hinweis: Diese Ausgabe-Datei kann auch in ein Tabellenkalkulations-Programm für die weitere Analyse und grafische Darstellung importiert werden.

(7) Microarray-Lagerung

  1. Speichern Sie die Microarray versiegelt im Dunkeln bei 4 ° C unter Sauerstoff freien Stickstoff oder Argon Gas.

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Representative Results

Die erzielten Ergebnisse mit dem beschriebenen Protokoll sind in Abbildung 2 dargestellte und Abbildung 3. Keine Hintergrund-Wechselwirkungen festgestellt wurden, wenn die Microarray mit sekundären Anti-Human IgM (Daten nicht gezeigt) Pre-Färbung. Färbung mit einem Anti-Human IgM führte Konjugat in mehreren Bereichen über dem Hintergrund grün fluoreszieren Intensitäten, unter Angabe der Bindung dieser Peptide mit IgM in der Host-Serum-Probe (Abbildung 2). IgG-Erkennung (rote Fluoreszenz-Signal) ergab nur wenige Peptide (Abbildung 2).

Die spezielle Software zur Verfügung gestellt von der gleichen Firma, die die Microarray hergestellt analysiert die Microarray nach dem Scannen. Die erstellte Datei auslesen enthält die Signalstärke für jeden Fleck, den Hintergrundwert und die entsprechenden Peptidsequenz. Der Ort Fluoreszenz-Intensität von jedes Peptid mit einer starken Reaktion auf IgM wurden durch Plotten der grünen Vordergrund mittlere Werte, die nach Abzug der Hintergrund von den Rohwert (Abbildung 3) visualisiert.

Figure 1
Abbildung 1: Schaltplan zeigt den Analyseprozess für High-Density-Peptid Microarray. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.

Figure 2
Abbildung 2: Peptid Microarray gescannte Bilder. Rohe Fluoreszenzbilder der Färbung der Peptid-Microarray nach Inkubation mit einem ZIKV Serum Probe verdünnt 1: 250. Die IgG Reaktivität ist abgebildet in rot (Links) und die IgM-Reaktivität ist grün (Rechts) dargestellt. HA umrahmen Kontrolle Peptide die Peptid-Microarray. Zoom-Tafeln zeigen Gruppe von Peptiden mit hoher Fluoreszenz-Intensitäten, zeigt eine starke Reaktion auf IgM oder IgG. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.

Figure 3
Abbildung 3: Vertreter Zika-Virus Epitop Konsensussequenz mit IgM in der Host-Serum-Probe reagieren. Grünen Vordergrund mittlere Werte aus überlappenden Peptide wurden in einem Diagramm dargestellt. Peptide aus der Konsensussequenz Epitop sind rot hervorgehoben. Das Peptid mit der höchsten Fluoreszenzintensität ist fett markiert. Vektor basierte Grafik-Design Software verwendet wurde, um diese Zahl zu generieren. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.

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Discussion

Wir entwarfen ein Protokoll mit Hilfe einer High-Density-Peptid Microarray enthält die gesamte Zika Virus Proteinsequenz (Französisch Polynesischen Stamm). Die Microarray wurde von Druck 3.423 anderen überlappenden lineare Peptide hergestellt. Jedes Peptid war 15 Aminosäuren und durch nur einen Rückstand von seinem nächsten Nachbarn in der Reihenfolge (d.h. 14 Rückstände Überlappung) variiert. Obwohl kürzere Überschneidungen gedruckt werden können, ist Epitop Mapping präziser mit längeren Überschneidungen. Jedes Peptid gedruckt wurde in doppelter Ausführung, Zuverlässigkeit zu erhöhen.

Es ist wichtig, starten Sie den Vorgang mit Pre-Färbung der Microarray mit dem sekundären Antikörper zu möglichen Hintergrund Wechselwirkungen erkennen und unterscheiden sie von der Probe spezifisches Signal. Mit einem speziellen blockierende Puffer ist auch wichtig wie andere blockierende Puffer wie Bovine Serum Albumin (BSA) oder getrocknete Milch Pulver verringerte Signalintensität führen kann. Eine validierte Serumprobe für ZIKV IgM-Antikörper wurde zuerst mit dem Microarray bei 1:1,000 inkubiert, aber kein Signal erkannt wurde. Anschließenden Inkubation bei einer niedrigeren Verdünnung von 1: 500 führte zu eine niedrige Intensität Signal aus Peptiden, die mit IgM-Antikörper in der Probe reagiert. Die besten Ergebnisse wurden erzielt, wenn die Zika validierten Serumprobe auf 1: 250 verdünnt wurde. Wir nicht erneut testen Serumprobe in einer höheren Konzentration zu einer Zunahme der das Hintergrundsignal zu vermeiden. Schonenden Umgang mit der Microarray ist unbedingt zu vermeiden, Microarray Spitze des Eisbergs. Daher die Lösungen so uns Serum und standard-Puffer verdünnt werden hinzugefügt und entfernt von der Ecke der Microarray-Kammer. Auch ist wichtig für ein erfolgreiches Ergebnis bestimmte Inkubation Einschubfachs zur Verfügung gestellt von der Firma, die die Microarray, die entworfen ist hergestellt, um arbeiten mit minimaler Probenvolumina zu ermöglichen. Die Inkubation Tablett Abmessungen sind 13,0 cm x 9,0 cm und 3 cm dick. Es gibt 3 Dias bezeichnet Hohlräume in der Inkubation Schublade, die es ermöglichen, 3 verschiedene Folien gleichzeitig prüfen. In diesem Experiment haben wir jedoch nur 1 Folie verwendet. Leere Objektträger wurden in den weiteren zwei Kavitäten auf das Tablett zu balancieren und brechen von der Array-Folie verhindert. Die Inkubation Tray besteht aus 4 Teilen: einer Grundplatte wo sich die Dias in dafür vorgesehenen Vertiefungen befinden; eine Versiegelung, bestehend aus Silizium, jede Folie voneinander zu trennen; ein Oberteil, die Rändelschrauben um die Versiegelung mit der Bodenplatte verbinden und schaffen die Microarray-Kammern für das Hinzufügen von Lösungen für den Assay wie Waschen Puffer oder Serum-Probe enthält. Die Versiegelung und Oberteil vermeiden, Verunreinigung oder Vermischung von Lösungen zwischen den Folien. Der letzte Abschnitt Komponente ist ein Deckel, minimieren Sie das Risiko von Verdampfung oder Umweltverschmutzung der Proben. Einem Orbitalschüttler wird bevorzugt, um optimale Benetzung und Färbung Bedingungen erhalten.

Je nachdem, wann das Virus die Host die daraus resultierenden spezifischen Zika IgM infiziert kann Antikörperkonzentration im Serum hoch oder niedrig sein. Deshalb wurde davon ausgegangen, dass mit einer Serumprobe mit einer höheren IgM-Konzentration der relativen Fluoreszenzintensität Signal erhöhen würde. Nach IgM-Erkennung die gleichen Serumprobe wurde bei einer Verdünnung von 1: 250 mit dem Microarray inkubiert, aber eine Anti-Human-IgG diente als sekundäre Antikörper. Alternativ können verschiedene Antikörper-Klassen gleichzeitig innerhalb der selben Microarray mit einer Mischung aus sekundären Antikörper, die jeweils konjugiert mit verschiedenen Fluoreszenz-Farbstoffen nachgewiesen werden. Die gleichen Microarray kann wieder mit einer konzentrierteren Serumprobe befleckt werden, wenn die Signalstärke niedrig ist. Bei sachgemäßer Lagerung der Microarray ist seit einigen Monaten stabil und kann möglicherweise wieder verwendet werden.

Quantifizierung der spot Intensitäten und Peptid Anmerkungen erfolgte mittels proprietären Software von der Firma, die die Microarray hergestellt, die auch eine "haben.PSF" Datei mit der Vorlage des Array-Format bereitstellt. Die Psf-Datei ist im Wesentlichen ein Gitter, das auf das rohe Scanner-Bild mit der proprietären Software abgestimmt ist. Ein Software-Algorithmus analysiert die relative Fluoreszenz-Intensitäten von jedem Fleck in raw (Intensitätswert des Spot Signal), (geschätzter Wert des Signals, verursacht durch die unspezifische Bindung) Hintergrund und Vordergrund (subtrahiert den Hintergrund aus dem raw Wert) Signal. Darüber hinaus berechnet der Vordergrund Medians und aggregierte Vordergrund Median entspricht dem Mittelwert der beiden mittleren vor Ort Werte jedes Peptid in zweifacher Ausfertigung. Darüber hinaus identifiziert die Software Konsens Motive/Epitop in überlappenden Peptiden. Alternativ Signalintensitäten quantifiziert werden können mit der Microarray-Scanner-Software und dann mit der Vorlage des Array-Format, der Peptidsequenz identifiziert werden kann.

Nach diesem Protokoll wurden mehrere vielversprechende Peptid-Kandidaten identifiziert anhand der Fluoreszenzintensität. Anschließende Explosion-14 -Analyse wurde verwendet, um Rückstände mit möglichen Kreuzreaktivität zu anderen Flavivirus identifizieren. Insgesamt 14 identifizierten Peptide sind nur in ZIKV wie in 3 Proteom Datenbanken identifiziert. Eine zweite Reihe von Microarrays ist geplant, wird die ausgewählte Peptide aus dem ersten Array enthalten. Dies ermöglicht mehrere validierte Proben sowie Proben von nur infizierte Flavivirus als ZIKV um die Spezifität zu bestätigen. Für das Screening passen wir eine ELISA-Assay-Format, Beschichtung der Platten mit der ausgewählten Peptide und die Bindung an ZIKV spezifische Antikörper im menschlichen Serum und Speichel Proben testen.

ZIKV Handhabung erfordert in Biosafety Level 2 (BSL-2) Anlage15arbeiten. Wie wir mit einer Serumprobe für ZIKV Infektion validiert arbeitete arbeiteten wir in BSL-2-Anlage, die alle dem Beispiel Manipulation innerhalb einer Klasse II (oder höher) biologischen Sicherheitsschrank (BSC) durchführen. Deshalb haben wir das Virus Heizung Serumprobe bei 56 ° C für 30 min vor der Inkubation der Probe mit der Microarray-13inaktiviert. Nach Hitzeinaktivierung, empfiehlt es sich auch in eine BSL-2 Anlage mit entsprechenden gute Laborpraxis Sicherheit zu vermeiden, die Gefahr einer Infektion weiterarbeiten.

Microarray, das wir entwickelt enthält nur lineare Peptide und konsequent Konformationsänderungen Epitope, die nützlich sein könnten, wie Diagnostik vielleicht verpasst habt. Diese Einschränkung kann durch den Einsatz einer High-Density angesprochen werden mit zyklischen eingeschränkte Peptide, die Schleife Epitop imitieren Microarray Strukturen16. Dieses Protokoll kann schnell an andere Krankheitserreger angepasst werden, denn sobald die Proteinsequenz bekannt ist ein neuer Microarray für Entdeckung der möglichen diagnostischen Peptide gestaltet werden kann. Es kann auch für andere Anwendungen wie z. B. Biomarker Discovery17, Antigen und Epitop Entdeckung für die Entwicklung von Impfstoffen oder therapeutischen Ziele18,19angepasst werden.

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Disclosures

Die Autoren haben nichts preisgeben.

Acknowledgments

Von NIDCRR44 DE024456 wird es durch einen SBIR (Small Business Innovation Research) administrative Ergänzung Grant aktuelle unterstützt. NIDCR HIV-Stipendium, das aus NIDCR Zuschuss U01 DE017855 für die Entwicklung einer bestätigenden Point-of-Care-Diagnostik für HIV entwickelt. Wir erkennen dankbar Silke Weisenburger(PEPperPRINT Heidelberg, Germany) für ihre technische Hilfe und freundliche Unterstützung. Wir danken auch NYU Langone Medical Center für die LI-COR Odyssey Imaging System.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
PEPperCHIP Custom Peptide Microarray PEPperPRINT PPC.001.001 Custom peptide micarray: our microarray contains the entire Zika virus protein sequence
PEPperCHIP incubation tray 3/1 PEPperPRINT PPC.004.001
PEPperCHIP Staining Kit (680 nm) (anti-HA, DyLight labeling) PEPperPRINT PPC.037.002
PepSLide Analyzer PEPperPRINT PSA.004.001 14-days free License for Windows
Rockland Blocking buffer Rockland MB-070
anti-human IgM (mu chain) DyLight 800 Rockland 609-145-007
anti-human IgG Fc DyLight 680 Thermo Scientific SA5-10138
LI-COR Odyssey Imaging System LI-COR
Orbital shaker device IKA MTS 2/4 digital microtiter shaker
Adobe Illustrator Adobe
Deltagraph Redrocks

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References

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