ओवेरियन कैंसर में नॉच सिग्नलिंग की भूमिका को समझने के लिए बायोइन्फॉर्मेटिक्स अप्रोच और प्रायोगिक सत्यापनों का एकीकरण

Cancer Research

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Summary

बायोइन्फॉर्मेटिक्स बड़े पैमाने पर डेटासेट को संसाधित करने का एक उपयोगी तरीका है। बायोइन्फॉर्मेटिक्स दृष्टिकोणों के कार्यान्वयन के माध्यम से, शोधकर्ता जल्दी, मज़बूती से और कुशलता से व्यावहारिक अनुप्रयोगों और वैज्ञानिक खोजों को प्राप्त कर सकते हैं। यह लेख ओवेरियन कैंसर अनुसंधान में जैव सूचना विज्ञान के उपयोग को दर्शाता है। यह प्रयोग के माध्यम से बायोइंफॉर्मेटिक्स निष्कर्षों को सफलतापूर्वक मान्य करता है।

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Defreitas, S., Rowe, M., Paculis, L., Jia, D. Integration of Bioinformatics Approaches and Experimental Validations to Understand the Role of Notch Signaling in Ovarian Cancer. J. Vis. Exp. (155), e60502, doi:10.3791/60502 (2020).

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Abstract

नॉच सिग्नलिंग कई सेलुलर प्रक्रियाओं में शामिल एक अत्यधिक संरक्षित नियामक मार्ग है। इस सिग्नलिंग मार्ग के डिस्रेगुलेशन से अक्सर उचित विकास में हस्तक्षेप होता है और कुछ मामलों में कैंसर की दीक्षा या प्रगति भी हो सकती है। क्योंकि यह मार्ग जटिल और बहुमुखी कार्यों में कार्य करता है, इसलिए इसे कई अलग-अलग दृष्टिकोणों के माध्यम से बड़े पैमाने पर अध्ययन किया जा सकता है। इनमें से, बायोइन्फॉर्मेटिक्स अध्ययन की एक निर्विवाद रूप से लागत-कुशल, सुलभ और उपयोगकर्ता के अनुकूल विधि प्रदान करता है। बायोइन्फॉर्मेटिक्स बड़े पैमाने पर डेटासेट से जानकारी के छोटे टुकड़ों को निकालने का एक उपयोगी तरीका है। विभिन्न बायोइन्फॉर्मेटिक्स दृष्टिकोणों के कार्यान्वयन के माध्यम से, शोधकर्ता इन बड़े डेटासेट ों की जल्दी, मज़बूती और कुशलता से व्याख्या कर सकते हैं, जिससे व्यावहारिक अनुप्रयोग और वैज्ञानिक खोजें प्राप्त हो सकती हैं। यहां, ओवेरियन कैंसर में नॉच सिग्नलिंग की भूमिका की जांच करने के लिए बायोइंफॉर्मेटिक्स दृष्टिकोणों के एकीकरण के लिए एक प्रोटोकॉल प्रस्तुत किया जाता है। इसके अलावा, बायोइन्फॉर्मेटिक्स निष्कर्षों को प्रयोग के माध्यम से मान्य किया जाता है।

Introduction

नॉच सिग्नलिंग पाथवे एक अत्यधिक संरक्षित मार्ग है जो जैविक जीवों के भीतर कई विकासात्मक प्रक्रियाओं के लिए महत्वपूर्ण है। नॉच सिग्नलिंग को सेल प्रसार और आत्म-नवीकरण में महत्वपूर्ण भूमिका निभाने के लिए दिखाया गया है, और नॉच सिग्नलिंग मार्ग में दोष कई प्रकार के कैंसरकाकारण बन सकते हैं1,2,3,4,5,6। कुछ परिस्थितियों में, नॉच सिग्नलिंग पाथवे को ऊतक विकास और कैंसर दोनों के साथ-साथ सेल डेथ और ट्यूमर दमन7से जोड़ा गया है। कई पायदान रिसेप्टर्स (पायदान 1−4) और co\u2012एक्टिवमास्टरमाइंड (MAML 1−3), सभी विविध कार्यों के साथ, जटिलता का एक अतिरिक्त स्तर जोड़ें। जबकि नॉच सिग्नलिंग पाथवे कार्यों के मामले में परिष्कृत है, इसका मुख्य मार्ग आणविक आधार8पर सरल है। नॉच रिसेप्टर्स एक्सट्रासेलुलर और इंट्रासेलर क्षेत्रों से बने ट्रांसमेम्ब्रेन प्रोटीन के रूप में कार्य करते हैं9। नॉच रिसेप्टर्स के बाह्य क्षेत्र के लिए एक लिगाण्ड बाध्यकारी प्रोटेलिटिक क्लीवेज की सुविधा प्रदान करता है, जो नॉच इंट्रासेलर डोमेन (एनआईसीडी) को नाभिक में जारी करने की अनुमति देता है। इसके बाद एनआईसीडी डाउनस्ट्रीम जीन अभिव्यक्ति10को सक्रिय करने के लिए co \u2012एक्टिव मास्टरमाइंड से बांधता है ।

हाल के वर्षों में, नॉच सिग्नलिंग कोविभिन्नप्रजातियों6,11में कई प्रकार के कैंसर की दीक्षा और प्रगति में विभिन्न भूमिकाएं निभाने के लिए दिखाया गया है। उदाहरण के लिए, नॉच सिग्नलिंग को मानव नॉच 1 जीन12से जुड़े ट्यूमरजीनसे जोड़ा गया है । हाल ही में, NOTCH2, NOTCH3, डेल्टा की तरह 3 (DLL3), मास्टरमाइंड \ u2012like प्रोटीन 1 (MAML1),और एक disintegrin और metalloproteinase डोमेन \ u2012समाहित प्रोटीन 17 (ADAM17) जीन को ओवेरियन कैंसर से दृढ़ता से जुड़ा हुआ दिखाया गया, खासकररोगियों केगरीब समग्र अस्तित्व के साथ 13 ।

चूंकि प्रायोगिक और रोगी से जुड़े डेटा की मात्रा लगातार बढ़ती है, इसलिए उपलब्ध डेटा के विश्लेषण की मांग भी बढ़ जाती है । उपलब्ध डेटा प्रकाशनों में बिखरे हुए हैं, और वे असंगत या विरोधाभासी निष्कर्ष भी वितरित कर सकते हैं । हाल के दशकों में नई प्रौद्योगिकी के विकास के साथ, जैसे अगली पीढ़ी अनुक्रमण, उपलब्ध आंकड़ों की मात्रा तेजी से बढ़ी है । हालांकि यह विज्ञान में तेजी से प्रगति और जारी जैविक अनुसंधान के लिए अवसरों का प्रतिनिधित्व करता है, अनुसंधान के सवालों को हल करने के लिए सार्वजनिक रूप से उपलब्ध डेटा के अर्थ का आकलन एक बड़ी चुनौती14है । हमारा मानना है कि बायोइन्फॉर्मेटिक्स बड़े पैमाने पर डेटासेट से जानकारी के छोटे टुकड़ों को निकालने का एक उपयोगी तरीका है। विभिन्न बायोइन्फॉर्मेटिक्स दृष्टिकोणों के कार्यान्वयन के माध्यम से, शोधकर्ता इन बड़े डेटासेट ों की जल्दी, मज़बूती से और कुशलता से व्याख्या कर सकते हैं, जिससे व्यावहारिक खोजें प्राप्त हो सकती हैं। ये खोजें संभावित नए ड्रग थेरेपी लक्ष्यों या रोग बायोमार्कर की पहचान से लेकर व्यक्तिगत रोगी उपचार15,16तक हो सकती हैं।

बायोइन्फॉर्मेटिक्स अपने आप में तेजी से विकसित हो रहा है, और तकनीकी प्रगति स्वीप चिकित्सा और जैविक विज्ञान के रूप में दृष्टिकोण लगातार बदल रहे हैं। वर्तमान में, आम बायोइन्फॉर्मेटिक्स दृष्टिकोणों में डीएनए या प्रोटीन दृश्यों का विश्लेषण करने, विशेष प्रासंगिकता या महत्व के जीन की पहचान करने और कार्यात्मक जीनोमिक्स16के माध्यम से जीन और जीन उत्पादों की प्रासंगिकता निर्धारित करने के लिए सार्वजनिक रूप से सुलभ डेटाबेस और सॉफ्टवेयर कार्यक्रमों का उपयोग शामिल है। हालांकि बायोइन्फॉर्मेटिक्स का क्षेत्र निश्चित रूप से इन दृष्टिकोणों तक सीमित नहीं है, ये चिकित्सकों और शोधकर्ताओं की मदद करने में महत्वपूर्ण हैं जो पूरे रोगियों के लाभ के लिए जैविक डेटा का प्रबंधन करते हैं।

इस अध्ययन का उद्देश्य पायदान सिग्नलिंग मार्ग के बारे में अनुसंधान के लिए कई महत्वपूर्ण डेटाबेस और उनके उपयोग को उजागर करना है। NOTCH2, NOTCH3,और उनके co\u2012एक्टिवर MAML1 डेटाबेस अध्ययन के लिए उदाहरण के रूप में इस्तेमाल किया गया । इन जीनों का उपयोग इसलिए किया गया क्योंकि ओवेरियन कैंसर में नॉच सिग्नलिंग पाथवे के महत्व को मान्य किया गया है। प्राप्त आंकड़ों के व्यवस्थित विश्लेषण ों ने ओवेरियन कैंसर में नॉच सिग्नलिंग के महत्व की पुष्टि की । इसके अलावा, क्योंकि पायदान सिग्नलिंग प्रजातियों में अच्छी तरह से संरक्षित है, इसलिए इस बात की पुष्टि की गई थी कि ड्रोसोफिला मेलानोगास्टर एनआईसीडी और मास्टरमाइंड की अतिअभिव्यक्ति ड्रोसोफिला अंडाशय में ट्यूमर को प्रेरित कर सकती है, डेटाबेस निष्कर्षों का समर्थन कर सकती है और ओवेरियन कैंसर में नॉच सिग्नलिंग की महत्वपूर्ण और संरक्षित भूमिका है।

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Protocol

1. जीनोमिक प्रोफाइल (PRECOG) से नैदानिक परिणामों की भविष्यवाणी

नोट: PRECOG पोर्टल (precog.stanford.edu) जीन अभिव्यक्ति के स्तर और रोगी नैदानिकपरिणामों 17सहित १६५ कैंसर अभिव्यक्ति डेटासेट से सार्वजनिक रूप से उपलब्ध डेटा तक पहुंचता है । यह विशेष रूप से मेटा \u2012Z विश्लेषण प्रदान करता है, जिसमें रोगी समग्र अस्तित्व को इंगित करने के लिए 39 कैंसर प्रकारों में विभिन्न जीनों के Z\u2012scores प्रदान करने के लिए बड़े डेटासेट शामिल हैं। खराब और अच्छे जीवित रहने की दर क्रमशः सकारात्मक और नकारात्मक Z\u2012score मूल्यों द्वारा इंगित की जाती है।

  1. इस डेटाबेस तक पहुंचने के लिए अकादमिक संबद्ध ईमेल के साथ एक खाता बनाएं। खाते से जुड़ा ईमेल एड्रेस और पासवर्ड डालें।
  2. मेटा-जेड विश्लेषण शीर्षक के नीचे स्थित व्यू विवरण बटन पर क्लिक करें।
  3. खोज बार में ब्याज के जीन इनपुट।
  4. विशिष्ट कैंसर प्रकार की रुचि के लिए अस्तित्व जेड-स्कोर प्राप्त करने के लिए स्क्रीन के नीचे स्थित स्क्रॉल बार का उपयोग करें।

2. सीएसआईओडीबी

नोट: CSIOVDB(csibio.nus.edu.sg/CSIOVDB/CSIOVDB.html)सिंगापुर के कैंसर विज्ञान संस्थान द्वारा विकसित एक माइक्रोऐरे डाटाबेस है जो ओवेरियन कैंसर18का अध्ययन करने के लिए है । इस डेटाबेस में विभिन्न ट्यूमर साइटों के साथ-साथ सामान्य अंडाशय ऊतक डेटा से कार्सिनोमा का डेटा शामिल है। इसके अलावा, CSIOVDB अंतर जीन अभिव्यक्ति के स्तर के साथ रोगी अस्तित्व का आकलन करने के लिए Kaplan \ u2012Meier अस्तित्व भूखंड प्रदान करता है । CSIOVDB जीन अभिव्यक्ति के स्तर और अंडाशय के कैंसर के चरणों/ग्रेड के बीच संघ की जांच करने के लिए लागू किया जा सकता है ।

  1. ब्याज का इनपुट जीन, तो खोज बटन पर क्लिक करें ।
  2. रोग राज्य टैब पर क्लिक करें।
    नोट: यह टैब अंडाशय कैंसर रोग राज्यों में ब्याज के लक्ष्य जीन की जीन अभिव्यक्ति के सारांश आंकड़े प्रदान करता है ।
  3. हिटोलॉजी टैब पर क्लिक करें।
    नोट: यह टैब प्रमुख अंडाशय के कैंसर हिस्टोलोजी में ब्याज के लक्ष्य जीन की जीन अभिव्यक्ति के सारांश आंकड़े प्रदान करता है ।
  4. क्लिनिको-पैथोलॉजिकल पैरामीटर टैब पर क्लिक करें।
    नोट: यह टैब मान-व्हिटनी परीक्षणों के साथ विभिन्न अंडाशय के कैंसर चरणों, ग्रेड और नैदानिक प्रतिक्रियाओं के बीच जीन अभिव्यक्ति के स्तर की तुलना प्रदान करता है।
  5. सर्वाइवल टैब पर क्लिक करें।
    नोट: यह टैब समग्र अस्तित्व और रोग मुक्त अस्तित्वसे जुड़े Kaplan-Meier भूखंड प्रदान करता है । इस डेटाबेस के लिए, रोग मुक्त अस्तित्व प्रगति माना जाता है-और पुनरावृत्ति मुक्त अस्तित्व18समग्र अस्तित्व और रोग मुक्त अस्तित्व के लिए बहुविरात विश्लेषण भी इस टैब के तहत पाए जाते हैं। मल्टीवेरिएट विश्लेषण उन विशेषताओं की तुलना करते हैं जो ओवेरियन कैंसर प्रोग्नोस (स्टेज, ग्रेड, सर्जिकल डिबुलकेटिंग, हिस्टोलॉजी, उम्र) और ब्याज के जीन से संबंधित हैं।
  6. सबटाइप टैब पर क्लिक करें।
    नोट: यह टैब ओवेरियन कैंसर के आणविक उपप्रकारों में ब्याज के जीन के अभिव्यक्ति स्तर के लिए सारांश आंकड़े और मान-व्हिटनी परीक्षण प्रदान करता है। यह टैब ओवेरियन कैंसर के आणविक उपप्रकारों में रुचि के जीन के समग्र अस्तित्व और रोग मुक्त अस्तित्व से जुड़े काप्लान-मेयर भूखंड भी प्रदान करता है।

3. सामान्य और ट्यूमर ऊतक (GENT) भर में जीन अभिव्यक्ति

नोट: GENT पोर्टल (चिकित्सा\ u2012genome.kribb.re.kr/GENT) विकसित और जैव विज्ञान और जैव प्रौद्योगिकी (KRIBB)19कोरिया अनुसंधान संस्थान द्वारा बनाए रखा है । यह सार्वजनिक रूप से उपलब्ध नमूने १६,४०० (U133A; २४१ डेटासेट) और २४,३०० (U133plus2; ३०६ डेटासेट) एकत्र करता है । मानकीकरण के बाद, जेंट विविध ऊतकों में जीन अभिव्यक्ति डेटा प्रदान करता है, जो आगे ट्यूमर और सामान्य ऊतकों में विभाजित हैं।

  1. स्क्रीन के शीर्ष पर सर्च टैब पर क्लिक करें।
  2. 1 लेबल अनुभाग में। कीवर्ड,ड्रॉपडाउन मेनू से शर्तों के लिए जीन प्रतीक का चयन करें, कीवर्ड अनुभाग के खाली क्षेत्र में ब्याज के जीन के जीन प्रतीक को इनपुट करें, और टाइप विकल्प के लिए ऊतक का चयन करें।
  3. 1 के तल पर खोज बटन पर क्लिक करें । कीवर्ड सेक्शन। यह U133A और U122Plus2 प्लेटफार्मों के आधार पर विभिन्न कैंसर प्रकार के सामान्य और ट्यूमर ऊतकों में जीन अभिव्यक्ति के सारांश रेखांकन दिखाता है।
    नोट: अध्ययन करने के लिए किसी विशेष डेटाबेस को बाहर निकालने के लिए सारांश ग्राफ के शीर्ष पर डेटा फ़िल्टरिंग विकल्प का चयन करना वैकल्पिक है।
  4. जीन अभिव्यक्ति मूल्यों, ऊतक प्रकारों और डेटा स्रोतों के बारे में विस्तृत जानकारी तक पहुंचने के लिए रिजल्ट डेटा डाउनलोड के बगल में लिंक पर क्लिक करें।

4. ब्रॉड इंस्टीट्यूट कैंसर सेल लाइन विश्वकोश (CCLE)

नोट: CCLE (portals.broadinstitute.org/ccle) व्यापक संस्थान द्वारा बनाया गया था और जीनोमिक प्रोफाइल और ९४७ मानव कैंसर सेल लाइनों के म्यूटेशन प्रदान करता है20

  1. वांछित जीन को खोज बार में इनपुट करें और फिर खोज बटन पर क्लिक करें।
  2. सेलेक्ट डेटासेटलेबल किए गए सेक्शन में ड्रॉपडाउन मेन्यू से एमआरएनए एक्सप्रेशन (RNAseq) ऑप्शन पर क्लिक करें ।
    नोट: अन्य विकल्पों में एमआरएनए अभिव्यक्ति (एफ़ी), दुखती श्रना नॉकडाउनऔर कॉपी नंबरशामिल हैं।
  3. टॉगल ऑल ट्रेस बटन पर क्लिक करें। दाईं ओर ग्रे बॉक्स से ब्याज के ऊतक प्रकार का चयन करें। स्क्रीन के नीचे नीचे स्क्रॉल करें और डाउनलोड एमआरएनए एक्सप्रेशन बटन पर क्लिक करें।
  4. डाउनलोड किए गए टेक्स्ट डॉक्युमेंट को खोलें। सभीपाठ को शीट 1 में कॉपी और पेस्ट करें। शीट 1में सभी पाठ की प्रतिलिपि ।
  5. स्प्रेडशीट के नीचे शीट 2 टैब में शीट पर क्लिक करें। एक कॉलम पर सही क्लिक करें, पेस्ट स्पेशलका चयन करें, और फिर शीट 2 में ट्रांसपोस विकल्प का चयन करें।
  6. एक बार जब टेक्स्ट शीट 2पर दो कॉलम में स्थानांतरित हो जाता है, तो सॉर्ट एंड फिल्टर विकल्प शीर्षक के लिए ड्रॉपडाउन तीर पर क्लिक करें और फिर फ़िल्टर विकल्प का चयन करें। जीनलेबल वाले शीर्षक क्षेत्र में एक तीर दिखाई देगा . तीर पर क्लिक करें और ब्याज के ऊतक प्रकार में टाइप करें।
    नोट: यह कदम सभी डेटा को फ़िल्टर करेगा और केवल ऊतक प्रकार के ब्याज के लिए जीन अभिव्यक्ति के स्तर को प्रदर्शित करेगा।

5. सीबीओपोर्टल

नोट: cBioPortal (www.cioportal.org) मेमोरियल स्लोन केटरिंग कैंसर सेंटर (MSK) में विकसित किया गया था, और बड़े पैमाने पर कैंसर जीनोमिक डेटा21,22तक पहुंच, विश्लेषण और कल्पना करता है । विशेष रूप से, यह पोर्टल शोधकर्ताओं को आनुवंशिक परिवर्तन और सिग्नलिंग नेटवर्क की खोज करने की अनुमति देता है।

  1. लैंडिंग पेज पर क्वेरी का उपयोग करते हुए, चुनिंदा अध्ययनोंके लेबल वाले अनुभाग के तहत रुचि के अंगों/ऊतकों पर क्लिक करें । ब्याज के विशेष अध्ययन का चयन करें, तो जीन बटन द्वारा क्वेरी मारा ।
  2. चुनिंदा जीनोमिक प्रोफाइललेबल वाले अनुभाग में, तीन विकल्पों में से चुनें: म्यूटेशन, जीस्टिक से ख्यात प्रति-संख्या परिवर्तन,या एमआरएनए अभिव्यक्ति। इसके अलावा चुनिंदा रोगी/केस सेटके लिए ड्रॉपडाउन मेनू से इसी डेटा का चयन करें ।
  3. प्रवेश जीनके क्वेरी बॉक्स में लक्ष्य जीन प्रतीक (एस) दर्ज करें। सबमिट क्वेरी बटन पर क्लिक करें।
  4. वांछित जीन नेटवर्क को पुनः प्राप्त करने के लिए पृष्ठ के शीर्ष पर नेटवर्क टैब पर क्लिक करें।
    नोट: सिग्नलिंग नेटवर्क रंग-कोडित है। पुट किए गए जीन को मोटी सीमा वाले बीज नोड्स द्वारा इंगित किया जाता है। प्रत्येक जीन एक लाल सर्कल द्वारा प्रतिनिधित्व किया जाता है, और लाल सर्कल की रंग तीव्रता इसके उत्परिवर्तन आवृत्ति को दर्शाती है। जीन अलग रंग की रेखाओं से जुड़े होते हैं। ब्राउन लाइनों का मतलब है "एक ही घटक में", एक ही जैविक घटक में भागीदारी का संकेत है । नीली रेखाओं का मतलब है "के साथ प्रतिक्रिया", जीन प्रतिक्रियाओं का संकेत है । ग्रीन लाइनों का मतलब है "राज्य परिवर्तन", सुझाव है कि एक जीन एक और जीन के एक राज्य परिवर्तन का कारण हो सकता है ।
  5. नेटवर्क इमेज डाउनलोडिंग के लिए सेव इन इमेज (पीएनजी) चुनने के लिए इमेज के शीर्ष पर फाइल टैब पर क्लिक करें।

6. वांछित जीनोटाइप और डीपीआई धुंधला के साथ ड्रोसोफिला का विच्छेदन

नोट: वांछित जीनोटाइप के साथ मादा ड्रोसोफिला को इकट्ठा करें, फिर इमेजिंग के लिए डीपीआई धुंधला की प्रक्रियाओं से गुजरने के लिए फ्लाई अंडाशय को विच्छेदन करें।

  1. तैयार मक्खी स्टॉक ्स tj-Gal4, Gal80ts/CyO; यूएएस-एनआईसीडी-जीएफपी/TM6B, w *; यूएएस-मैम.ए; और डब्ल्यू [1118] एनआईसीडीके साथ मक्खियों को बनाने के लिए -अतिअभिव्यक्ति(टीजे-गल4, Gal80ts/+; यूएएस-एनआईसीडी-जीएफपी/+और एनआईसीडी और एमएएम-अतिअभिव्यक्ति(टीजे-गल4, Gal80ts/UAS-mam.A; यूएएस-एनआईसीडी-जीएफपी/+)क्षमता।
  2. स्थानिक जीन अभिव्यक्ति23को नियंत्रित करने के लिए लौकिक और क्षेत्रीय जीन अभिव्यक्ति लक्ष्यीकरण (लक्ष्य) तकनीक लागू करें । वयस्कता तक 18 डिग्री सेल्सियस पर मक्खियों को बढ़ाएं, फिर विच्छेदन से पहले खमीर के साथ 48 घंटे के लिए 29 डिग्री सेल्सियस पर शिफ्ट करें।
    नोट: tj-Gal4 केवल उच्च तापमान के तहत UAS अभिव्यक्ति ड्राइव कर सकते हैं, जब Gal80ts द्वारा निषेध राहत मिली है । विच्छेदन से पहले खमीर के अलावा कटाई के लिए अंडाशय को बढ़ाता है।
  3. एक भ्रूण संग्रह डिश में 1x फॉस्फेट-बफरेड लवण (पीबीएस) (137 एमएम एनएसीएल, 2.7 एमएम केसीएल, 10 एमएम एनए2एचएम4,1.8 एमएम एचएच2पीओ4)की 3 मिलीएल रखें। मक्खियों को एनेस्थेटिज़ करने के लिए सीओ2 पैड का उपयोग करें।
  4. एक मादा फ्लाई चुनें, फिर ध्यान से विच्छेदन संदंश की एक जोड़ी का उपयोग करके फ्लाई के निचले छाती को पकड़ें और इसे भ्रूण संग्रह पकवान में 1x पीबीएस समाधान में जलमग्न करें। निचले पेट को चुटकी लेने और आंतरिक अंगों को छोड़ने के लिए धीरे-धीरे खींचने के लिए संदंश की दूसरी जोड़ी का उपयोग करें।
  5. फ्लाई बॉडी से अंडाशय की जोड़ी की पहचान करें और अलग करें। अंडाशय के पीछे के छोर पर स्थित मांसपेशियों के म्यान को तोड़ें और अंडाशय को अलग करें।
    नोट: उच्च गुणवत्ता वाले धुंधला परिणाम प्राप्त करने के लिए ओवारियोलों को अलग करना और मांसपेशियों के म्यान को तोड़ना आवश्यक है।
  6. अंडाशय को 1.5 एमएल सेंट्रलाइज ट्यूब में रखें जिसमें 1x पीबीएस का 500 माइक्रोन हो। ट्यूब बर्फ पर रहना चाहिए जब तक सभी अंडाशय एकत्र कर रहे हैं।
  7. 1x पीबीएस निकालें और ट्यूब में फिक्स समाधान (4% फॉर्मलडिहाइड) के 0.5 mL रखें। ट्यूब को 10 मिन के लिए न्यूलेटर पर रखें।
  8. ट्यूब से फिक्स समाधान निकालें और एक उपयुक्त अपशिष्ट कंटेनर में इसे निपटाएं। 1x पीबीटी (1x पीबीएस 0.4% ट्राइटन™ एक्स-100 के साथ पूरक के 1 mL का उपयोग करें अंडाशय 3x 15 min के लिए धोने के लिए।
  9. अंतिम पीबीटी वॉश को त्यागें और गैर-विशिष्ट बाध्यकारी को रोकने के लिए पीबीटीजी (0.2% गोजातीय सीरम एल्बुमिन, 1x पीबीटी में 5% सामान्य बकरी सीरम) के 1 एमएल जोड़ें।
    नोट: यह कदम DAPI धुंधला के लिए छोड़ दिया जा सकता है, लेकिन यह एंटीबॉडी धुंधला के लिए आवश्यक है । विस्तृत इम्यूनोहिस्टोकेमिस्ट्री धुंधला जिया एट अल24में पाया जा सकता है ।
  10. 10−15 मिनट के नटेशन के लिए ट्यूब में डीएपीआई (10 μg/mL) के 150 माइक्रोन रखें। DAPI को त्यागें और 1x पीबीटी के 1 mL का उपयोग कर 10 min के लिए अंडाशय 1x धोलें। पीबीटी निकालें और 1x पीबीएस का उपयोग करके 10 मिन के लिए 2x धोएं।
  11. अतिरिक्त पीबीएस को तब तक निकालें जब तक कि पीबीएस का लगभग 300 माइक्रोन अंडाशय के साथ ट्यूब में नहो। अंडे के कक्षों को मुक्त करने के लिए, 200 माइक्रोन पिपेट का उपयोग करके कई बार अंडाशय को ऊपर और नीचे पिपेट करें।
  12. धीरे-धीरे ट्यूब को स्पिन करें और अंडाशय को हटाने के बिना जितना संभव हो उतना 1x पीबीएस समाधान को ध्यान से हटा दें। बढ़ते समाधान के 120 माइक्रोन (1 ग्राम एन-प्रोपिल गैलेट, 10एक्स पीबीएस के 5 मिलीलीटर, ग्लाइसेरोल के 40 मिलीलीटर और डीएच2ओ के 5 मिलीलीटर) को ट्यूब में रखें।
    नोट: बढ़ते समाधान चिपचिपा है, इसलिए बढ़ते समाधान के ठीक 120 माइक्रोन को ट्यूब में स्थानांतरित करना मुश्किल है। इस समस्या को कम करने के लिए, ट्यूब में बढ़ते समाधान की तीन बूंदों को जोड़ने के लिए 1,000 माइक्रोन पाइपेट टिप का उपयोग किया जा सकता है।
  13. 200 माइक्रोन पिपेट टिप से लगभग 0.33 मिमी निकालें और माइक्रोस्कोप ग्लास स्लाइड पर बढ़ते समाधान को रखने के लिए नए कट पिपेट टिप का उपयोग करें।
  14. धीरे-धीरे बढ़ते समाधान पर कवरस्लिप ग्लास रखें और पारदर्शी नेल पॉलिश के साथ कवर स्लिप के किनारों को सील करें।
    नोट: कवर ग्लास के किनारों को सील करने की आवश्यकता है ताकि अंडे के कक्षों को कॉन्फोकल छवियों को लेते समय बढ़ते समाधान के अंदर बहने से रोका जा सके।
  15. निम्नलिखित सेटिंग्स का उपयोग करके कॉन्फोकल माइक्रोस्कोप के साथ छवियां प्राप्त करें: ऑब्जेक्टिव लेंस = 10x आवर्धन; संख्यात्मक एपर्चर = 0.8; डीएपीआई उत्सर्जन तरंगदैर्ध्य = 410−513 एनएम।

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Representative Results

प्रीकॉग पोर्टल का उपयोग करके चरण 1 में उल्लिखित प्रक्रिया का उपयोग करके, ओवेरियन कैंसर में ओथेन2, नोच 3और एमएएमएल1 के जेड-स्कोर प्राप्त किए गए (क्रमशः 1.3, 2.32, 1.62)। नकारात्मक Z \u2012score मूल्यों तीन जीन के उच्च अभिव्यक्ति के स्तर के साथ रोगियों के गरीब समग्र अस्तित्व का संकेत मिलता है । स्प्रेडशीट सॉफ्टवेयर के सशर्त स्वरूपण का उपयोग करते हुए, Z \u2012score मान चित्रा 1में एक रंगीन बार ग्राफ में दिखाए जाते हैं।

निष्कर्षों की पुष्टि के लिए CSIOVDB डाटाबेस का उपयोग किया गया था । चरण 2, नोच 2, नोच3और MAML1 में निर्देशों का उपयोग क्रमिक रूप से CSIOVDB डेटाबेस खोज क्षेत्र में इनपुट किया गया था, और अस्तित्व टैब के तहत स्थित रोगी अस्तित्व डेटा प्राप्त किया गया था। समग्र अस्तित्व डेटा के अलावा, CSIOVDB रोग मुक्त अस्तित्वप्रदान करता है । CSIOVDB आगे जीन अभिव्यक्ति के स्तर के Q1 बनाम Q4 (निचले चतुर्थक बनाम ऊपरी चतुर्थक) के आधार पर अस्तित्व डेटा पेश करने के लिए रोगियों को अलग करता है । पिछले निष्कर्षों के अनुरूप, NOTCH2, NOTCH3और MAML1 की उच्च अभिव्यक्ति गरीब समग्र अस्तित्व और रोग मुक्त अस्तित्व के साथ सहसंबंधित(चित्रा 2ए, बी)। इस बीच, CSIOVDB के Clinico-रोग मापदंडों टैब भी विभिन्न अंडाशय के कैंसर के चरणों, ग्रेड, और मान-व्हिटनी परीक्षणों के साथ नैदानिक प्रतिक्रियाओं के बीच जीन अभिव्यक्ति के स्तर की तुलना प्रदान करता है । परिणाम बताते हैं कि NOTCH2, NOTCH3और MAML1 के उच्च अभिव्यक्ति के स्तर उन्नत अंडाशय के कैंसर के चरणों(चित्रा 2सी)के साथ जुड़े हुए हैं ।

क्योंकि NOTCH2, NOTCH3,और MAML1 समग्र रोगी अस्तित्व के लिए महत्वपूर्ण हैं, अंडाशय ट्यूमर और कैंसर सेल लाइनों में जीन अभिव्यक्ति के स्तर की जांच की गई । सामान्य और ट्यूमर अंडाशय ऊतकों में NOTCH2, NOTCH3,और MAML1 के अभिव्यक्ति डेटा GENT के लिए चरण 3 निर्देशों का उपयोग कर U133A मंच से डाउनलोड किए गए थे । वैज्ञानिक अपने विशिष्ट शोध उद्देश्य के अनुसार डाउनलोड किए गए डेटा को संसाधित कर सकते हैं। यहां, हमने ग्राफपैड चश्मे (संस्करण 8) का उपयोग करके बॉक्स और मूंछ भूखंडों का उत्पादन करने के लिए डेटा का उपयोग किया। इसके अलावा क्रमपरिवर्तन परीक्षणों का सुझाव दिया है कि NOTCH2, NOTCH3,और MAML1 अत्यधिक ट्यूमर ऊतकों में व्यक्त कर रहे हैं(चित्रा 3ए)। इसके बाद, ओवेरियन कैंसर सेल लाइनों में ओच2, नोच 3और MAML1 के अभिव्यक्ति डेटा को सीसीएलई का उपयोग करके प्रोटोकॉल चरण 4 के अनुसार डाउनलोड किया गया था। कैंसर सेल लाइनों में जीन अभिव्यक्ति का स्तर बॉक्स और मूंछ भूखंडों(चित्रा 3बी)द्वारा दिखाया गया है । हालांकि NOTCH2, NOTCH3,और MAML1 के अभिव्यक्ति के स्तर कैंसर सेल लाइनों में उच्च रहे हैं, निष्कर्ष CCLE डेटाबेस में सामांय सेल लाइन नियंत्रण की कमी के कारण नहीं खींचा जा सकता है । हालांकि, वैज्ञानिक कैंसर सेल लाइनों की उत्पत्ति की पहचान कर सकते हैं, और विभिन्न ग्रेड, चरणों और अन्य क्लिनिकोपैथोलॉजिकल मापदंडों के आधार पर अभिव्यक्ति के स्तर की तुलना कर सकते हैं।

एक बार ओवेरियन कैंसर में NOTCH2, NOTCH3और MAML1 के महत्व की पुष्टि की गई, cBioPortal उनके जुड़े संकेत नेटवर्क का अध्ययन करने के लिए उपयोग किया गया था । प्रोटोकॉल चरण 5 का उपयोग करते हुए, अंडाशय/फैलोपियन ट्यूब को चुनिंदा अध्ययनोंके लिए चुना गया था, फिर ओवेरियन सेरस सिस्टेडेनोकार्सिनोमा (टीसीजीए, नेचर 2011) डेटासेट को विश्लेषण के लिए चुना गया था। चुनिंदा जीनोमिक प्रोफाइललेबल वाले अनुभाग के लिए, एमआरएनए अभिव्यक्ति का चयन किया गया था, और अंत में इसकी प्रोफ़ाइल एमआरएनए अभिव्यक्ति जेड-स्कोर (सभी जीन)। सेक्शन सेलेक्ट पेशेंट/केस सेटके लिए एमआरएनए डेटा (एस्ट्रेंडेंट माइक्रोरे) (४८९) ऑप्शन वाले नमूनों को ड्रॉपडाउन मेन्यू से चुना गया था । अंत में, क्वेरी सबमिट करने के लिए जीन नॉच2, नॉच3और एमएएमएल1 का चयन किया गया । तीन कोर जीन के आधार पर, एक सिग्नलिंग नेटवर्क ५० सबसे अधिक बार बदल पड़ोसी जीन है, जो उच्चतम उत्परिवर्तन दरों(चित्रा 4)के साथ एक ही मार्ग में भी है प्रदान करने के लिए बनाया गया था ।

क्योंकि पायदान सिग्नलिंग अच्छी तरह से प्रजातियों में संरक्षित है, यह ड्रोसोफिला अंडाशय के कैंसर में जांच की गई थी । नॉच सिग्नलिंग की सूचना पहले कूप सेल प्रसार 25 , विभेदन26,27और सेल साइकिल नियमन28,29को विनियमित करने के लिए दी गई है । अकेले एनआईसीडी की अतिअभिव्यक्ति ने ड्रोसोफिला (चित्रा 5ए)में ट्यूमर को प्रेरित नहीं किया, क्योंकि ड्रोसोफिला अंडे कक्षों का एपिथेलियम एक ही परत के साथ बरकरार रहा। हालांकि, एनआईसीडी और एमएएम की अतिअभिव्यक्ति ने ड्रोसोफिला (चित्रा 5बी)में ट्यूमर को प्रेरित किया, जो कई एपिथेलियल परतों और संचित कोशिकाओं द्वारा प्रदर्शित किया जाता है।

Figure 1
चित्रा 1: ओवेरियन कैंसर में NOTCH2, NOTCH3,और MAML1 की अभिव्यक्ति गरीब समग्र अस्तित्व के साथ जुड़ा हुआ है । ओवेरियन कैंसर रोगियों में NOTCH2, NOTCH3,और MAML1 के अस्तित्व जेड स्कोर प्रस्तुत कर रहे हैं । खराब अस्तित्व नकारात्मक Z \u2012score मूल्यों द्वारा इंगित किया जाता है। कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें ।

Figure 2
चित्रा 2: ओवेरियन कैंसर में NOTCH2, NOTCH3,और MAML1 के उच्च स्तर गरीब समग्र अस्तित्व, गरीब रोग मुक्त अस्तित्व, और उन्नत कैंसर के चरणों के साथ जुड़े रहे हैं । माइक्रोऐरे डेटाबेस CSIOVDB ओवेरियन कैंसर रोगियों में नोच2, NOTCH3और MAML1 के Kaplan-Meier समग्र अस्तित्व और रोग मुक्त अस्तित्व भूखंड प्रदान करता है, और विभिन्न कैंसर चरणों में जीन अभिव्यक्ति का स्तर। कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें ।

Figure 3
चित्रा 3: NOTCH2, NOTCH3,और MAML1 अत्यधिक अंडाशय ट्यूमर और कैंसर सेल लाइनों में व्यक्त कर रहे हैं । पी मानसामान्य अंडाशय और इसी अंडाशय ट्यूमर में जीन अभिव्यक्ति की तुलना करने के लिए संकेत दिए जाते हैं। (संक्षिप्त: अंडाशय-एन = सामान्य अंडाशय ऊतक; अंडाशय-सी = अंडाशय के कैंसर के ऊतकों) । कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें ।

Figure 4
चित्रा 4: NOTCH2/NOTCH3/MAML1 जीन और ५० सबसे अक्सर बदल पड़ोसी जीन के साथ उनके जुड़े संकेत नेटवर्क । सिग्नलिंग नेटवर्क रंग-कोडित है। पुट किए गए जीन को मोटी सीमा वाले बीज नोड्स द्वारा इंगित किया जाता है। प्रत्येक जीन एक लाल सर्कल द्वारा प्रतिनिधित्व किया जाता है, और लाल सर्कल की रंग तीव्रता इसके उत्परिवर्तन आवृत्ति को दर्शाती है। जीन अलग रंग की रेखाओं से जुड़े होते हैं। ब्राउन लाइनों का मतलब है "एक ही घटक में", एक ही जैविक घटक में भागीदारी का संकेत है । नीली रेखाओं का मतलब है "के साथ प्रतिक्रिया", जीन प्रतिक्रियाओं का संकेत है । ग्रीन लाइनों का मतलब है "राज्य परिवर्तन", सुझाव है कि एक जीन एक और जीन के एक राज्य परिवर्तन का कारण हो सकता है । कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें ।

Figure 5
चित्रा 5: ड्रोसोफिला में एनआईसीडी और एमएएम भी ओवेरियन ट्यूमर को प्रेरित करते हैं। A. अकेले एनआईसीडी की अतिअभिव्यक्ति ड्रोसोफिलामें ट्यूमर गठन को प्रेरित नहीं करती है। एनआईसीडी और एमएएम की बी अतिअभिव्यक्ति एक साथ ड्रोसोफिलामें ट्यूमर को प्रेरित करती है । स्केल बार = 50 माइक्रोन कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।

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Discussion

चूंकि बायोइन्फॉर्मेटिक्स के उपयोग के लिए अनगिनत दृष्टिकोण और तरीके हैं, इसलिए आम जनता के लिए ऑनलाइन कई डेटाबेस उपलब्ध हैं। जानकारी की एक बहुतायत इन डेटाबेस में से प्रत्येक से निकाला जा सकता है, लेकिन कुछ सबसे अच्छा विशेष प्रयोजनों के लिए अनुकूल हैं, जैसे कुछ आदानों के आधार पर रोगी अस्तित्व का आकलन । विभिन्न व्यक्तिगत डेटाबेस से प्राप्त डेटा के व्यवस्थित विश्लेषण महत्वपूर्ण वैज्ञानिक निष्कर्षों को कायल कर सकते हैं।

वर्तमान विश्लेषण बायोइन्फॉर्मेटिक्स दृष्टिकोणों के उपयोग के माध्यम से ओवेरियन कैंसर में नॉच सिग्नलिंग की भूमिका पर केंद्रित है। उदाहरण के लिए, प्रीकॉग पोर्टल डेटाबेस पर मेटा-जेड विश्लेषण का उपयोग जेड-स्कोर प्राप्त करने के लिए किया गया था जो नैदानिक कैंसर अध्ययन में रोगी के अस्तित्व के परिणामों का संकेत देता है। CSIOVDB एक और मेटा विश्लेषण डेटाबेस है जिसका उपयोग ओवेरियन कैंसर रोगियों के अस्तित्व के परिणामों का अध्ययन करने के लिए किया गया था। CSIOVDB डेटा सफलतापूर्वक PRECOG पोर्टल से निष्कर्षों को मान्य है कि NOTCH2, NOTCH3,और MAML1 समग्र रोगी अस्तित्व के लिए महत्वपूर्ण हैं । बाद में, जेंट और CCLE डेटाबेस के अनुप्रयोगों ने आगे दिखाया कि NOTCH2, NOTCH3,और MAML1 अत्यधिक अंडाशय ट्यूमर और कैंसर सेल लाइनों में व्यक्त कर रहे हैं । इन डेटाबेस के संयोजन ने व्यवस्थित रूप से ओवेरियन कैंसर में NOTCH2, NOTCH3और MAML1 की महत्वपूर्ण भूमिकाओं का खुलासा किया। बायोइन्फॉर्मेटिक्स विधियों के इस उपयोग ने कैंसर अनुसंधान लागत-प्रभावी ढंग से करने का एक कुशल तरीका प्रदान किया और दिखाया कि यह भविष्य के प्रयोगात्मक और नैदानिक अनुप्रयोगों के लिए महत्वपूर्ण निष्कर्ष कैसे प्राप्त कर सकता है।

बायोइन्फॉर्मेटिक्स जनता को एक बार में हजारों प्रयोगों से परिणाम प्राप्त करने की क्षमता प्रदान करता है। सार्वजनिक डेटाबेस से प्राप्त जानकारी प्रयोगों को करने से पहले एक प्रयोगात्मक डिजाइन स्थापित करने के लिए एक लागत प्रभावी और कुशल तरीका प्रदान करती है। इसके अलावा, यह ध्यान रखना महत्वपूर्ण है कि सार्वजनिक रूप से उपलब्ध डेटा प्रकाशनों में बिखरे हुए किया जा सकता है और असंगत या विरोधाभासी निष्कर्षों को वितरित कर सकता है, जिसके लिए बायोइन्फॉर्मेटिक्स दृष्टिकोणों के माध्यम से मेटा-विश्लेषण किए जाने की आवश्यकता होती है । वैज्ञानिक विशिष्ट वैज्ञानिक परिकल्पनाओं को मान्य करने के लिए बड़े बायोइंफॉर्मेटिक्स डेटाबेस के माध्यम से पाए जाने वाले आंकड़ों के आधार पर प्रयोगों को डिजाइन और प्रदर्शन कर सकते हैं। ड्रोसोफिला प्रयोग के परिणामों ने बायोइन्फॉर्मेटिक्स डेटाबेस से निष्कर्षों की पुष्टि की और आगे इस विचार का समर्थन किया कि नॉच पाथवे घटकों की संभावित चिकित्सीय दवा लक्ष्यों के रूप में जांच जारी रखनी चाहिए। प्रयोग के माध्यम से बायोइन्फॉर्मेटिक्स निष्कर्षों का सफल सत्यापन भी वैज्ञानिक खोजों के लिए बायोइंफॉर्मेटिक्स दृष्टिकोण के महत्व को सुझाता है।

बायोइन्फॉर्मेटिक्स की कुछ सीमाएं हो सकती हैं। सबसे पहले, कुछ वेबसाइटों/उपकरण समय के प्रयासों या रखरखाव के साथ जुड़े लागत के कारण अपने निष्कर्षों को अद्यतन नहीं हो सकता है । दूसरा, कुछ वेबसाइटें/उपकरण लगातार अपडेट करते हैं, लेकिन अतिरिक्त इनपुट के साथ अपडेट पहले प्राप्त परिणामों को बदल सकता है । तीसरा, कुछ वेबसाइटों/टूल्स के डेवलपर्स कॉपीराइट आरक्षित करते हैं और अपनी सामग्री के उपयोग को प्रतिबंधित करते हैं । चौथा, कुछ वेबसाइटों/उपकरणों का विश्लेषण या एल्गोरिदम हमेशा सटीक नहीं हो सकता है ।

इन सीमाओं को दूर करने के लिए, बेहतर भविष्य के अनुप्रयोगों के लिए कुछ कदम या संशोधन और समस्या निवारण का सुझाव दिया जाता है। सबसे पहले, कुछ वेबसाइटों/उपकरण शोधकर्ताओं को मैन्युअल रूप से विश्लेषण के लिए नए डेटा लोड करने की अनुमति देते हैं । यदि नहीं, तो शोधकर्ताओं को डाउनलोड और अपने दम पर सबसे हाल ही में डेटा का विश्लेषण कर सकते हैं । दूसरा, शोधकर्ताओं को बार-बार अपने विश्लेषण चलाने की जरूरत है, और तारीखों का रिकॉर्ड रखने के लिए । यदि परिणाम काफी बदल जाते हैं, तो शोधकर्ताओं को कारणों का पता लगाने के लिए डेटा के अतिरिक्त इनपुट का उपयोग करने की आवश्यकता हो सकती है। तीसरा, शोधकर्तासंभावित कॉपीराइट मुद्दों से बचने के लिए अपने विश्लेषण को चलाने के लिए एक वैकल्पिक वेबसाइट/टूल पा सकते हैं । चौथा, शोधकर्ताओं को अपने महत्वपूर्ण निष्कर्षों को मान्य करने के लिए अतिरिक्त वेबसाइटें/उपकरण प्राप्त कर सकते हैं । यदि विश्लेषण या एल्गोरिदम के साथ कोई समस्या है, शोधकर्ताओं को डाउनलोड और गलतियों को सही या उचित सेटिंग्स के साथ अंय वेबसाइटों/उपकरणों का उपयोग करने के लिए डेटा का पुनः विश्लेषण कर सकते हैं ।

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Disclosures

लेखकों के पास खुलासा करने के लिए कुछ नहीं है ।

Acknowledgments

इस काम को स्टार्ट-अप फंडिंग, कॉलेज ऑफ साइंस एंड मैथमेटिक्स रिसर्च ग्रांट, समर रिसर्च सेशन अवॉर्ड और जॉर्जिया दक्षिणी यूनिवर्सिटी से रिसर्च सीड फंडिंग अवॉर्ड ने सपोर्ट किया था ।

Materials

Name Company Catalog Number Comments
DAPI (4',6-Diamidino-2-Phenylindole, Dihydrochloride) Invitrogen D1306 1:1000 Dilution
PBS, Phosphate Buffered Saline, 10X Powder, pH 7.4 ThermoFisher FLBP6651 Dissolved with ddH2O to make 1X PBS
Goat serum Gibco 16210064 Serum
Embryo dish Electron Microscopy Sciences 70543-45 Dissection Dish
Nutating mixers Fisherbrand 88861041 Nutator
tj-Gal4, Gal80ts/ CyO; UAS-NICD-GFP/ TM6B Dr. Wu-Min Deng at Florida State University N/A Fly stock
w*; UAS-mam.A Bloomington Drosophila Stock Center #27743 Fly stock
w[1118] Bloomington Drosophila Stock Center #5905 Fly stock
The PRECOG portal Stanford University precog.stanford.edu Publicly accessible database of cancer expression datasets
CSIOVDB Cancer Science Institute of Singapore csibio.nus.edu.sg/CSIOVDB/CSIOVDB.html Microarray database used to study ovarian cancer
The Gene Expression across Normal and Tumor tissue (GENT) Portal Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology (KRIBB) medical–genome.kribb.re.kr/GENT Publicly accessible database of gene expression data across diverse tissues, divided into tumor and normal tissues.
Broad Institute Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) Broad Institute and The Novartis Institutes for BioMedical Research portals.broadinstitute.org/ccle Provides genomic profiles and mutations of human cancer cell lines
cBioPortal Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSK) cioportal.org Portal that allows researchers to search for genetic alterations and signaling networks
Zeiss 710 Inverted confocal microscope Carl Zeiss ID #M 210491 Examination and image collection of fluorescently labeled specimens

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