Name: RootChip kullanarak Kök Çevre Rapid manipülasyonu ile Arabidopsis Kök Büyüme Time-lapse Floresans Görüntüleme (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-07-07T11:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 54 s
Description: Öğrenin Arabidopsis kök gelişimini RootChip mikroakışkan platformu kullanarak mikroskobik düzeyde incelemeyi. Bu yöntem, kök mikroçevresinin hassas kontrolünü ve uzun süreli gözlemi mümkün kılar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Biz sensörleri oyma ifade bitki hat sağlanması için video hazırlama ve Bhavna Chaudhuri yardım için Philipp Denninger teşekkür ederim. Bu çalışma, Ulusal Bilim Vakfı (MCB 1.021.677), WBF, Ulusal Sağlık Enstitüleri Enerji Departmanı (DE-FG02-04ER15542) ve SRQGG ile Howard Hughes Tıp Enstitüsü&#39;nden hibeleri tarafından desteklenen bir EMBO Uzun tarafından desteklenmiştir dostluk vadeli. MM Alexander von Humboldt Vakfı tarafından desteklenmiştir.

Not: steril koşullar altında tüm adımları hazırlık adımları gerçekleştirin. 1. Tohum Çimlenmesi Plastik Konileri hazırlanması <ol><li> 5 mm arasında bir kalınlığa kadar% 1 agar içeren büyüme medyumu ile bir 10 santimetrelik bir petri tabağına doldurun. Biz Hoagland orta 4 değiştirilmiş bir buçuk gücü, ancak orta kompozisyon bireysel deneysel gereksinimlerine uygun olarak seçilmelidir. </li><li> Orta halen sıvı iken, Petri gelen orta 5 ul ile 10 ul pipet uçları doldurmak için bir çok kanallı pipet kullanın. </li><li> Orta katı kadar daha sonra dik katı büyüme ortamı içeren Petri içine 4 mm uzunluğunda plastik huni ve yere kesip, pipet ucu kutusu dolu ipuçları saklayın. </li></ol> 2. Tohum Çimlenmesi ve Fide Büyümesi <ol><li> 5 dk için% 5 NaOCI tohum sterilize yüzey, steril su ile üç kez yıkanır daha sonra, orta-dolu konik her birinin üstünde tek bir tohum yerleştirmeks. </li><li> 4 at Micropore bandı (3M) ve mağaza ile çanak Seal ° C çimlenme senkronize etmek. </li><li> Üç gün sonra, çimlenme başlatmak için bir büyüme kabine plakaları aktarın. Bizim büyüme koşulları 16h yüksek light/8h karanlık döngüsü az 23 ° C (100 μE m -2 s -1 Işık yoğunluğu) vardır. </li><li> 5 ve 7 gün çimlenme sonrası arasında, fidan RootChip transfer için hazır olmalıdır. Bu zamanda, kök uçları plastik koni alt çıkış yakın olması gerekir. Bir mikroskop altında fide sağlık, kök uzunluğu ve, varsa, bir floresan işaretleyici ifade edin. </li><li> Yonga üzerine transfer için tek tek fidan işaretleyin. Durumda birinde on kadar fidan seçin aktarımı sırasında zarar görmüş. </li></ol> 3. RootChip üzerine Fidan Transferi <ol><li> Uzun vadeli deneyler için RootChip sterilize edilmesi, sarmakkağıt mendil, bir cam petri yer ve otoklavda cihaz. </li><li> RootChip soğuduktan sonra, sıvı besi ile örtün. RootChip tamamen daldırılmış gerekir, ancak sıvı seviyesini RootChip yüzeyi üzerinde en fazla 3 mm arasında olmalıdır. </li><li> 20 ul pipet ile, orta ile gözlem odasına doldurmak için kök giriş ve çıkış haznesi ile orta çekin. </li><li> Tak plastik konileri RootChip girişleri içine adım 2.5 seçili. Konileri koylarda rahatça oturmalıdır. RootChip optik cam ince bir tabaka üzerine monte edildiğinden, çip çok fazla baskı uygulamayın. </li><li> Sıvı bir ortamda gece RootChip inkübe edin. Kayan önlemek için, yonga üzerine iki cam slaytlar yerleştirin. Bir manyetik karıştırıcı ekleyin ve çanak kapatın. </li><li> Bir manyetik karıştırıcı ile montaj aktarın ve hafifçe orta ajitasyon. </li><li> RootChip Kullanıcı girişleri li normal cihaza 30 ° açıyla kanallar kesişirkanalları (Şekil 1A) içine kök büyümesi litate. Daha fazla istenen yönde büyümeyi desteklemek için, çıkışlarının çip ters tarafında Petri altında bir cam slayt koyarak biraz montaj eğin. </li><li> Bir zamanlayıcı bağlı: aydınlık / karanlık döngüsü korumak için, bir halka lamba (100 μE m -2 s -1 Işık yoğunluğu) ile fide aydınlatır. </li></ol> 4. Taşıyıcının RootChip Bağlanması <ol><li> Ertesi gün, sıvı besi (Şekil 1B) ile yapışmalı, basınçlandırılabilir şişe doldurun. </li><li> Yonga taşıyıcı ters çevirin ve düz bir yüzeye yerleştirin. Sıvı ortamdan RootChip çıkarın ve çip taşıyıcı alt diyafram içine PDMS tarafı aşağı yerleştirin. Orient çip, böylece kontrol tabakası içeren girişler yan taşıyıcı yan duvarda basınç borusu bağlayıcı yan karşı karşıyadır. </li><li> Kapağı cam kurulayınhafifçe kağıt mendil ile blotting tarafından çip alt. Bant ve doğru montaj ile tüm taşıyıcı RootChip sabitleyin. </li><li> Boru bağlantı 5 cm uzunluğunda parçalar halinde esnek plastik microbore boru (Tygon, 0.20 &quot;ID x 0,060&quot; OD) kesme ve paslanmaz çelik borular microbore (New England Küçük Tüp, 0.025 &quot;OD x 0.013&quot; ID x 0.75 &quot;bağlayarak yapılır uzunluğunda). çip üzerindeki ilgili kontrol katmanı girişine, bir şırınga ve fişi her tüp konnektörü kullanılarak su ile boru bağlantı doldurun. su daha sonra kontrol katmanı kanallar dolduracaktır ve mikromekanik vanaları için basınç iletmek için kullanılır. </li><li> Medya / çözüm şişe (ler) içine hatlarının uçlarından takın. Hava bir şırınga ile çözüm flakonuna basınç uygulayın. Çözüm flakon içinde artan hava basıncı çizgileri içine sıvı zorlar. </li></ol> 5.. Mikroskop de RootChip Montaj <ol><li> Microsc üzerine yerleştirmek taşıyıcıope aşamasında. Odada titreşimleri nedeniyle deney boyunca değişen montaj olasılığını azaltmak için, taşıyıcı sahne ucun çentikler içine tam olarak oturmalıdır. </li><li> Çip ile çipi vanalar ve orta akışını hava basıncı tarafından kontrol edilir. Düzenleyicileri ile iki çizgi, bir ana basınç hattının kapalı dallı edilmektedir - one kanallardan orta akışını kontrol etmek için kullanılır ve diğer kontrol tabakasının itme-up valf harekete solenoid vantuzlardan bağlanmıştır. Selenoid vana vana USB denetleyicisi (Rafael Gomez-Sjöberg, Lawrence Berkeley Ulusal Laboratuvarı tarafından geliştirilen) ile bilgisayardan işletilmektedir. Çip bağlamadan önce hem basınç regülatörleri kapatın. </li><li> Derlemenin içinde nemi yüksek tutmak için taşıyıcı rezervuarlarının su birkaç ml ekleyin. Bu adım kurumasını bitkileri korumak için uzun süre deney boyunca tekrarlanmalıdır. T en aza indirmek için hacim düşük tutunmikroskop dökülmüş olabilir sıvı o miktarı. Uzun vadeli deneyler için, çip çıkışlarından çıkış microbore boru (adım 4.4) ile rezervuar için çip çıkışları bağlayarak taşıyıcının rezervuarların içine yönlendirilmesini edilebilir. Alternatif olarak, yonga yüzeyi üzerinde biriken çıkış pipet ile toplanabilir. </li><li> Levha koruyucular gelen şeffaf plastik (C-Line) kare yaprak hazırlayın. Toplama yüksek nem korumak için çift taraflı bant ile taşıyıcıya şeffaf plastik Fix. </li><li> Çip üzerinden halka ışık yerleştirin ve aydınlık / karanlık döngüsü korumak. Halka ışık direkt aydınlatma resim koleksiyonu engel olacak şekilde, floresan işaretleri kullanan herhangi bir deney başlamadan önce kapatılmalıdır. </li></ol> 6. LabView Arayüzü kullanarak RootChip İşletim LabView yazılım platformu için RootChip denetleyici arayüzü yapabilirsinizweb sitemizden indirilebilir <a href="http://dpb.carnegiescience.edu/technology/rootchip" target="_blank">http://dpb.carnegiescience.edu/technology/rootchip</a> . <ol><li> Çip üzerinde vanalar selenoid hava vanaları açarak bu durumda, kontrol katmanı basınç uygulanarak kapatılır. Denetleyici arabirimi vana sayısı aşağıdaki butona tıklayarak vanaları harekete izin verir. Parlak yeşil bir çip vanası (Şekil 2B) basınç ve kapama uygulamaları gösterir. Basınç regülatörleri açmadan önce kontrol arayüzü her üç çözüm emme supabı etkinleştirin. Not: kontrol arayüzü sistemin durumunun izlenmesi sağlayan bir geri besleme döngüsü sahiptir. Bu özellik kontrol arayüzü &quot;Readback&quot; butonuna basarak aktif edilebilir. </li><li> Kontrol katmanı için basınç regülatörü açın ve başlangıçta 15 psi ayarlayın, ardından akışı katman için düzenleyici açın ve başlangıçta 5 psi olarak ayarlayın. Bağımlıarzu edilen akış oranı rı, daha sonra basınç ayarlanabilir. </li><li> Orta odaları temizlemek için tercih edilen besi için giriş vanasını açın. </li><li> Mikroskop altında akış yolları kontrol edin. Tipik olarak, hava akışı kanal içinde tutulur ve çıkarılması gerekir. Ayrıca, kontrol tabakasının kanalları hala tüp konnektörleri (çıkmaz dolum) gelen su ile zorla ve değiştirilmesi gerekir hava içerir. Her iki işlem tüm hava PDMS içine kanalları (&quot;gaz giderme&quot;) zorla kadar sekiz odalarına her birkaç kez (5 psi) püskürtülerek elde edilir. Not: denetleyici arabirimi deneyler otomatikleştirmek için programlanabilir. Bu tür rutinleri gazdan arındırmak çip da kullanılabilir. </li></ol> 7. Temsilcisi Sonuçlar RootChip asal amacı, entegrasyon yüksek seviyesi ile tek bir cihazda bir görüntüleme platformu ve perfüzyon sisteminde birleştirmektir. Manipülasyonu göstermek içinköklerin mikroçevresinin biz koyu gıda boyası (hidroponik orta 1:4 dilüsyon) ile odaları temizlendi ve odaların içinde sıvı değişimi ölçülür. 5 psi önerilen basınç anda yaklaşık 1.5 ul / dk (Şekil 3) hesaplanan bir akış hızında 10 saniye içinde tam bir değişim ölçülür. Biz de bu durumda karanlıkta yetiştirilen ve harici bir enerji kaynağı (Şekil 4) olarak 10 mM glukoz ile birlikte olarak, fidelerin kök gelişimi gözlenmiştir. Gibi hafif ve orta bileşimi olarak büyümeyi koşullarına bağlı olarak, bitkiler üç gün için RootChip kadar görülebilir. RootChip Förster Rezonans Enerji Transferi (FRET) 5-7 dayalı genetik olarak kodlanmış nanosensors ifade kökleri hücre içi glukoz ve galaktoz düzeyleri izlemek için kullanılır olmuştur. Yonga Roots glukoz veya galaktoz solüsyon kare darbeleri ile perfüze edildi ( <strong&gt; Şekil 5). Şekerler hücre içi seviyelerini izlenmiş ve burada gösterilen donör ECFP yoğunluğuna alıcı fluorofor Citrine yoğunluğu bir oranı olarak ifade edilir. Oranında artış şeker birikimi gösterir. <img src="/files/ftp_upload/4290/4290fig1.jpg" alt="Şekil 1" /> Şekil 1.. RootChip ilkesi. <ol class="ualpha"><li> RootChip köklerin büyüme ve görüntüleme için sekiz gözlem odaları bulunmaktadır. Tohumlar ilk plastik konileri filizlenmeye - plastik pipet uçları imal - hangi katı ortam ile doldurulur. Kök ucu ortam içinden geçerek sıvı ortamın büyür ve sürekli bir akış odası içinde sabit tutar koşulları haznesi ulaşır. Mikromekanik vanalar (kırmızı) akışını kontrol. Çip bir optik cam kapak üzerine monte edilmiştir. Ölçeksizdir çizimi. (Grossmann ve ark., 2011 Bitki Hücre izniyle uyarlanmıştır.) </li><li> Schdiyafram (kırmızı) ile bir basınçlandırılabilir çözeltisi şişeden eme. </li></ol><img src="/files/ftp_upload/4290/4290fig2.jpg" alt="Şekil 2" /> Şekil 2. Bağlama ve RootChip montaj. <ol class="ualpha"><li> Tam olarak bağlı RootChip ve taşıyıcı üstten görünümü bir inverted mikroskop üzerine monte edilmiş. </li><li> Programı valving sistemi ve kontrol arabirimi gösteren. Tek bir odaya sıvı akışı yönlendirmek için bir ayar vanası için bir örnek gösterilmiştir. Iken vanalar 4 tek vanalar, gruplar halinde 3 fiiller sonucu vana 0 olarak 8 fiiller sonucu. Bu sistem ile tek bir vana odasının bir kombinasyonu aktive tarafından ele alınabilir. </li></ol><img src="/files/ftp_upload/4290/4290fig3.jpg" alt="Şekil 3" /> Şekil 3. Gözlem ch çözümleri değişimiamberleri. boya çözeltisi kullanılarak bir gözlem odasında sıvı alışverişi Görselleştirilmesi. Görüntü parlak alan ve boya sinyalin yanlış renkli yoğunlukta bir kaplama olduğunu. <img src="/files/ftp_upload/4290/4290fig4.jpg" alt="Şekil 4" /> Şekil 4. On-chip kök büyümesi. Gözlem bir floresan ifade eden bir tek büyüyen kök 20h boyunca glikoz / galaktoz için nanosensor FRET. Zaman formatı: ss: dd; ölçek çubuğu: 100 mikron. <img src="/files/ftp_upload/4290/4290fig5.jpg" alt="Şekil 5," /> Şekil 5. Ile ölçülmesi hücre içi şeker düzeyleri nanosensors FRET. <ol class="ualpha"><li> Sensörünün miktarı kök ucu içinde sitrin yoğunluğu (sol) olarak gösterilir. Hücre içi arasında tepki glikoz veya galaktoz çözeltisinin uygulanması için nanosensor oranlı metrik görüntüler olarak gösterilir FRET. (Grossmann ve ark izniyle uyarlanmıştır., 2011 Plant Hücre) Ölçek çubuğu:. 100 mikron. </li><li> Takip üç tekrarlanan kare glikoz bakliyat (yeşil) ve galaktoz (kırmızı) bir tepki olarak oran değişiklikleri FRET. </li></ol>

<ol><li>Grossmann, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+RootChip%3A+An+Integrated+Microfluidic+Chip+for+Plant+Science%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The RootChip: An Integrated Microfluidic Chip for Plant Science.</a> Plant Cell. 23, 4234-4240 (2011).</li>
<li>Unger, M. A., Chou, H. P., Thorsen, T., Scherer, A., Quake, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Monolithic+microfabricated+valves+and+pumps+by+multilayer+soft+lithography%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Monolithic microfabricated valves and pumps by multilayer soft lithography.</a> Science. 288, 113-116 (2000).</li>
<li>Okumoto, S., Jones, A., Frommer, W. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+Imaging+with+Fluorescent+Biosensors%3A+Advanced+Tools+for+Spatiotemporal+Analysis+of+Biodynamics+in+Cells%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Quantitative Imaging with Fluorescent Biosensors: Advanced Tools for Spatiotemporal Analysis of Biodynamics in Cells.</a> Annu. Rev. Plant Biol. , (2012).</li>
<li>Loqué, D., Lalonde, S., Looger, L. L., von Wirén, N., Frommer, W. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+cytosolic+trans-activation+domain+essential+for+ammonium+uptake%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A cytosolic trans-activation domain essential for ammonium uptake.</a> Nature. 446, 195-198 (2007).</li>
<li>Okumoto, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+approach+for+monitoring+cellular+metabolites+and+ions+using+genetically+encoded+biosensors%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Opin.+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Imaging approach for monitoring cellular metabolites and ions using genetically encoded biosensors.</a> Curr. Opin. Biotechnol. 21, 45-54 (2010).</li>
<li>Fehr, M., Frommer, W. B., Lalonde, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visualization+of+maltose+uptake+in+living+yeast+cells+by+fluorescent+nanosensors%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+USA%22%5BJournal%5D)">Visualization of maltose uptake in living yeast cells by fluorescent nanosensors.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99, 9846-9851 (2002).</li>
<li>Takanaga, H., Chaudhuri, B., Frommer, W. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GLUT1+and+GLUT9+as+major+contributors+to+glucose+influx+in+HepG2+cells+identified+by+a+high+sensitivity+intramolecular+FRET+glucose+sensor%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim.+Biophys.+Acta%22%5BJournal%5D)">GLUT1 and GLUT9 as major contributors to glucose influx in HepG2 cells identified by a high sensitivity intramolecular FRET glucose sensor.</a> Biochim. Biophys. Acta. 1778, 1091-1099 (2008).</li>
<li>Chaudhuri, B., Hörmann, F., Frommer, W. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+imaging+of+glucose+flux+impedance+using+FRET+sensors+in+wild-type+Arabidopsis+plants%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Exp.+Bot%22%5BJournal%5D)">Dynamic imaging of glucose flux impedance using FRET sensors in wild-type Arabidopsis plants.</a> J. Exp. Bot. 62, 2411-2417 (2011).</li>
<li>Meier, M., Lucchetta, E. M., Ismagilov, R. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+stimulation+of+the+Arabidopsis+thaliana+root+using+multi-laminar+flow+on+a+microfluidic+chip%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Chip%22%5BJournal%5D)">Chemical stimulation of the Arabidopsis thaliana root using multi-laminar flow on a microfluidic chip.</a> Lab Chip. 10, 2147-2153 (2010).</li>
<li>Parashar, A., Pandey, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant-in-chip%3A+Microfluidic+system+for+studying+root+growth+and+pathogenic+interactions+in+Arabidopsis%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Phys.+Lett%22%5BJournal%5D)">Plant-in-chip: Microfluidic system for studying root growth and pathogenic interactions in Arabidopsis.</a> Appl. Phys. Lett. 98, 263703-26 (2011).</li>
<li>Whitesides, G. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+origins+and+the+future+of+microfluidics%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The origins and the future of microfluidics.</a> Nature. 442, 368-373 (2006).</li>
<li>Lee, J. N., Park, C., Whitesides, G. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solvent+Compatibility+of+Poly%28dimethylsiloxane%29-Based+Microfluidic+Devices%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Solvent Compatibility of Poly(dimethylsiloxane)-Based Microfluidic Devices.</a> Anal. Chem. 75, 6544-6554 (2003).</li>
</ol>

Çıkar çatışması ilan etti.

Klasik büyüme yöntemleri üzerinde RootChip başlıca avantajları mikroskopi için minimal invaziv hazırlanması, geri dönüşümlü ve tekrar tekrar kök çevrelerini değiştirme yeteneği ve birkaç gün bir süre içinde gelişimsel olarak yetkili ve fizyolojik sağlıklı doku sürekli gözetim için, kapasitesi vardır. Daha önce, fide jölelenmişti medya dikey yetiştiği ve sadece bir kez 8 de tek kök ölçüm izin deney, hemen önce bir perfüzyon sistemine aktarılabilir. Mikroakışkan araçları Arabidopsis için değil, düşük entegrasyon seviyesi 9 veya perfüzyon kontrolü 10 görülmemiştir. RootChip hassas akış rehberlik yoluyla deneyler otomatikleştirmek yeteneği ile bütünleşme yüksek düzeyde birleştirir. Tüm mikroakışkan cihazlar 11 karakteristik özelliği, bu platform, diğer bir avantajı, bu sıvı, sadece minimum miktarda gerekli somun ile kök talep edilen birHatta birkaç gün süren deneyler için rients. RootChip şu anda tek kullanımlık bir cihaz olarak tasarlanmış, ancak fişleri üretim maliyetleri düşük olduğundan, tüketilen reaktif küçük miktarlarda hala çok düşük maliyetli yonga yapar. Fide sağlığı garanti etmek için alınması gereken birkaç önemli adım vardır: Plastik koni içinde hacim havaya maruz kaldığında kurumaya başlayacak sadece 3-4 ul vardır. Dolayısıyla konileri hızlı yonga üzerine aktarılır ve kökler yeterli su ile tedarik edecek gözlem odaları, ulaşana kadar nem oranının yüksek tutulması önemlidir. 4,2-4,5 adımlar hızlı ve fide kurumasını önlemek için kesintisiz yapılmalıdır. Adımlar 3,5-3,8 kökleri gözlem odalarına büyümeye sırasında sıvı ortamda çip kuluçka açıklar. Bu adım c içine çip monte edilerek atlanabilirarrier hemen ve büyüme ortamı ile sürekli perfüzyon başlıyor. Bazı avantajları vardır Ancak, biz, gece büyüme ortamında iliklerine tavsiye: filizlere gözlem odasına büyüdükçe kurumuş olma ihtimali daha azdır bu yüzden nemli bir ortam oluşturur 1); 2) çip sıvı içinde kalıyor, bu yüzden Gaz alma (adım 6.4) daha hızlı olacaktır. Düşük solüt konsantrasyonu ile medya kullanmak önemlidir. Daha konsantre solüsyonlar çip birkaç gün içinde kullanıldığında, özellikle çökelmesi ve kanalları tıkayabilir. Cihaz, hava basıncı hattına bağlı sonra, orta akışı vanalar hidrolik basınç değiştirerek kontrol edilir. Mikromekanik vanalar doğru kapatılması sağlamak için, akış basıncı yaklaşık üç kat daha fazla kontrol basıncı seçmek önemlidir. Sıvı kök girişlerinin basılmış olacaktır gibi akış basıncı 15 psi geçmemelidir. Yüksek basınç may da çip kullanılamaz hale getirmektedir çip, bir delaminasyon neden olur. RootChip bir sınırlandırma PDMS gözenekli ve hidrofobik olmasıdır. Malzeme sulu çözeltiler pratik olarak eylemsiz iken, organik bileşikler 12 absorbe edebilir. Bu organik bileşikler, bu bileşiğin besleme girişinde durduruldu da malzemenin akabilir gibi çözeltilerin hızlı bir değişim ile karışabilir. Porozite nedeniyle, organik çözücüler kullanılarak PDMS 12 şişmesine neden olabilir. Biz ürün bitkilerinin kökleri ile RootChip optimize ve örneğin, kendi programını genişletmek için devam etmektedir. Biz tedavi ve gözlem için kök erişimi iyileştirerek, RootChip gibi mikroakışkan araçları root araştırma yeni ufuklar açacaktır inanıyorum.

<table border="1"><tbody><tr><td> Öğeler </td><td> Kaynak </td><td> Bilgi </td></tr><tr><td> Yonga taşıyıcı, yazılım ve diğer bilgileri. </td><td> Carnegie Enstitüsü - DPB </td><td> Taşıyıcı imalat, kontrol yazılımı ve daha fazla bilgi için CAD ​​ve CNC dosyalarını web sitesinden indirebilirsiniz <a href="http://dpb.carnegiescience.edu/technology/rootchip" target="_blank">http://dpb.carnegiescience.edu/technology/rootchip</a> Taşıyıcılar da bu web sitesinden sipariş edilebilir. </td></tr><tr><td> RootChip </td><td> Stanford Döküm </td><td> Maske tasarım ve üretim protokolleri istek üzerine mevcuttur. Hazır kullanımı RootChips sipariş edilebilir <a href="http://www.stanford.edu/group/foundry/" target="_blank">http://www.stanford.edu/group/foundry/</a> </td></tr><tr><td> Chip denetleyici </td><td> -Ev inşa-</td><td> Otomatik valf kontrol sistemi başlangıçta Rafael Gomez-Sjöberg, Lawrence Berkeley Ulusal Laboratuarı tarafından geliştirildi. Nasıl kendi aktüatörlü vana denetleyicisi oluşturmak için ayrıntılı bir talimat bulunabilir <a href="https://sites.google.com/a/lbl.gov/microfluidics-lab/valve-controllers" target="_blank">https://sites.google.com/a/lbl.gov/microfluidics-lab/valve-controllers</a> </td></tr></tbody></table>

rootchip kullanarak kök Çevre rapid manipülasyonu ile arabidopsis kök büyüme time-lapse floresans görüntüleme

Time-lapse Fluorescence Imaging of Arabidopsis Root Growth with Rapid Manipulation of The Root Environment Using The RootChip

Kök bitkinin fiziksel çapa olarak fonksiyonları ve bu tür bitkilerin topraktan edindiğiniz azot, fosfor, sülfat ve eser elementler olarak su ve mineral besin alımı sorumlu bir organdır. Biz yüksek mahsul üreten sürdürülebilir yaklaşımlar geliştirmek istiyorsak, daha iyi kök besinlerin geniş bir spektrum kaplıyor ve simbiyotik ve patojen organizmalar ile etkileşime, nasıl geliştiğini anlamak gerekir. Bu hedefleri gerçekleştirmek için, biz dakika gün arasında değişen süreler içinde mikroskobik ayrıntılı köklerini keşfetmek gerekiyor. Tabanlı mikro cihaz, görüntüleme 1 (Şekil 1) için hazırlık sırasında köklerine herhangi bir fiziksel stres kaçınarak bize Arabidopsis fidecilikten büyümeye ve görüntü kökleri sağlar - Biz RootChip, bir polidimetilsiloksan (PDMS) geliştirdi. Cihaz sıvı akışını yönlendirmek için mikromekanik vanalar featuring çatallı kanal yapısı içerençözeltisi girişlerden itibaren sekiz gözlem odalarına 2 her birine. Bu perfüzyon sistemi kök mikro kontrollü ve kesinlik ve hız ile değiştirilmiş izin verir. Odalarının hacmi dolayısıyla testi çözümün sadece az miktarda gerektiren, yaklaşık 400 nl olduğunu. Burada gerçek zamanlı çözünürlüklü görüntüleme tabanlı yaklaşımlar kullanılarak RootChip kök biyolojisi çalışmaları için ayrıntılı bir protokol sağlar. Kökler time lapse mikroskobu kullanarak birkaç gün içinde analiz edilebilir. Kökler besin çözümler veya inhibitörleri ile perfüze edilebilir ve sekiz fidan paralel olarak analiz edilebilir. Bu sistem, kimyasal maddeler, gen ekspresyonunun floresans bazlı analizi, ve biyosensör analizi varlığında veya yokluğunda büyüme kök analizi de dahil olmak üzere, geniş bir uygulama alanı için potansiyele sahip, örneğin nanosensors 3 FRET.

Bu makale RootChip içinde Arabidopsis fide ekimi için bir protokol, mikroskobik kök izleme ve hücre içi metabolit düzeylerinin FRET tabanlı ölçümü ile büyüme koşullarını otomatik kontrol birleştiren bir mikroakışkan görüntüleme platform sağlar.

RootChip kullanarak Kök Çevre Rapid manipülasyonu ile Arabidopsis Kök Büyüme Time-lapse Floresans Görüntüleme

Kök, bitkinin fiziksel çapası görevini görür ve su ile azot gibi mineral besinlerin alımından sorumlu organdır, ...

Maksimal verim sağlamak için bitkilerin bir dizi besinle desteklenmesi gerekir; besin eksiklikleri, soğuk veya aşırı sıcak gibi stresler, kuraklık veya patojenler her yıl ürün veriminde büyük kayıplara neden olur. Bu sorunların çoğunun kaynağı genellikle yer altındadır. Kök, bitkinin fiziksel çapası olmasının yanı sıra, su alımından ve azot, fosfor sülfat ve birçok eser element gibi mineral besinlerin alımından sorumlu olan organdır.Yüksek ürün verimi elde etmek için sürdürülebilir yaklaşımlar geliştirmek istiyorsak, köklerin nasıl geliştiğini, bu geniş besin spektrumunu nasıl aldığını ve simbiyotik ve patojenik organizmalarla nasıl etkileşime girdiğini daha iyi anlamamız gerekir. Bunu gerçekleştirmek için, belirgin nedenlerle, kökleri mikroskobik düzeyde inceleyebilmemiz gerekir. Kök biyolojisini incelemek, bitkinin toprak üstü kısımlarının incelenmesinden her zaman daha zorlayıcı olmuştur.Kökler genellikle yer altında gizli olduğundan, mikroskobik çalışmalar için onlara erişim kolay değildir. Topraktan çıkarma işlemi kök sistemine ciddi zarar verir ve bu nedenle kök davranışlarını incelemek için iyi bir yöntem değildir. Kökleri daha erişilebilir kılmak için bir çözüm, onları jöle üzerinde veya bu örnekte gösterildiği gibi hidroponik ortamlarda büyütmektir.Jelleştirilmiş ortamlarda veya hidroponik ortamlarda bitki yetiştirmek birçok kök çalışmasında çok başarılı bir şekilde kullanılmıştır; ancak bu yöntemlerle, kökleri mikroskobik detayda ve uzun süreler boyunca incelemek hala oldukça zordur. Büyüyen köke mümkün olduğunca yaklaşmak ve görüntüleme hazırlıklarından kaynaklanan her türlü fiziksel stresten kaçınmak amacıyla, kökleri yetiştirmemize ve görüntülememize olanak tanıyan, aynı zamanda köklerin mikroçevresini çok yüksek hassasiyet ve hızla kontrol edip modifiye etmemize imkan veren bir platform oluşturduk. Bu platformu kök çipi olarak adlandırdık. Kök çipi, silikon bazlı bir organik polimer olan PDMS'den imal edilmiş mikroakışkan bir cihazdır.Çip, rabbit opsis fidelerinin köklerinin büyütülmesi ve görüntülenmesi için gözlem odacıklarına sahiptir. Tohumlar ilk olarak, katı besiyeri ile doldurduğumuz plastik pipet uçlarından imal edilmiş plastik konilerde çimlenir. Kök ucu daha sonra besiyeri boyunca büyür ve odacığa ulaşarak, odacıktaki koşulları koruyan sürekli bir sıvı besiyeri akışına maruz kalır.Stanford Üniversitesi'ndeki Steve Quake laboratuvarı tarafından geliştirilen sabit mikromekanik valfler burada kırmızı kontrolle gösterilmiştir. Çip, mikroskopi için tipik olarak kullanılan şeffaf bir lamel üzerine monte edildiğinden, gözlem odasındaki tüm süreçler ters mikroskop altında izlenebilir. Akışkan akışını yönlendiren çatallı kanal yapısı mikroskop altında görülebilir.Kök çipi, valfleri içeren bir kontrol katmanı ve büyüme ortamı ile test çözeltilerinin gözlem odacıklarına aktığı kanalları içeren bir akış katmanı olmak üzere iki katmandan oluşur. Bu odacıkların hacmi yaklaşık 400 nanoliterdir. Bu durum, sadece çok küçük miktarlarda çözelti gerektiğini ve koşulların çok hızlı bir şekilde değiştirilebileceğini ifade eder.Bu protokol, sekiz veya daha fazla Arabidopsis fidelerinin canlı köklerinin kök çipi üzerinde paralel mikroskobik görüntüleme için nasıl hazırlandığını ve üç güne kadar nasıl gözlemlendiğini açıklamaktadır; başlangıçta, ortam henüz sıvı haldeyken 10 milimetrelik bir Petri kabı %1 agar içeren büyüme ortamı ile doldurulur. Çok kanallı bir pipet kullanarak Petri kabındaki ortamdan 5 mikrolitre ortam ile 10 mikrolitrelik pipet uçları doldurulur. Doldurulan uçlar, ortam katılaşana kadar pipet ucu kutusunda saklanır.Ardından dört milimetre uzunluğunda plastik koniler kesilir ve katı besi ortamı içeren bir Petri kabına dik olarak yerleştirilir. Yüzey sterilizasyonunun ardından, tekil tohumlar medya ile doldurulmuş konilerin üzerine yerleştirilir. Kap daha sonra mikropore bant ile mühürlenir ve çimlenmeyi senkronize etmek için plak dört derecede saklanır.Üç gün sonra plakalar, çimlendirmeyi başlatmak için bir büyüme kabinine aktarılır. Bu deneydeki büyüme koşullarımız 23 °C'dir. 16 saat ışık ve 8 saat karanlık döngüsünde, çimlendirmeden beş ila yedi gün sonra fide, kök çip sistemine aktarılmaya hazır olmalıdır; fidenin sağlıklı olup olmadığı ve kök uzunluğu ve eğer uygulanabiliyorsa, floresan belirtecin ekspresyonu bir diseksiyon mikroskobu altında kontrol edilmelidir.Fidelerin kök uçları plastik koninin alt çıkışına ulaştığında, çipe aktarılmak üzere münferit fideler işaretlenir. Kök çipinin sterilizasyonu sırasında aktarım aşamasında bir tanesinin zarar görme ihtimaline karşı yaklaşık 10 adet bitki fidesi seçilmelidir. Uzun süreli deneyler için cihaz dokuya sarılır, cam bir Petri kabına yerleştirilir ve otoklavlanır.Bu çip az önce otoklavdan çıkarılmıştır. Soğuma işleminin ardından, deney aşamasında çipin üzerine sıvı büyüme besiyeri eklenir. Çip tamamen kaplanmalıdır, ancak sıvı seviyesi çip yüzeyinden üç milimetreden daha yüksek olmamalıdır.Kök girişinden ve hazne çıkışından medyumu çekmek için 20 microliter'lik bir pipet kullanılır. Bu işlem gözlem haznesini doldurur. Seçilen medyum ile birlikte plastik koniler kök çipine yerleştirilir.Koni, girişlere sıkıca oturmalıdır. Kök çipi ince bir optik cam tabakası üzerine monte edildiğinden, çipe çok fazla basınç uygulamamak için dikkatli olunmalıdır. Bu adımın ardından çip, yüzmesini önlemek amacıyla sıvı besiyeri içerisinde gece boyu inkübasyona hazır hale getirilmiş olur.İki lam ve yarıya bölünmüş bir lam çipin üzerine yerleştirilir. Bir manyetik balık eklenir ve kap kapatılır. Düzenek, ortamı nazikçe karıştırarak köklerin çıkışlara doğru büyümesini kolaylaştırmak amacıyla manyetik karıştırıcıya aktarılır.Kök çipinin girişleri, istenilen yöndeki büyümeyi daha fazla desteklemek için belirli bir açıyla delinmiştir. Çipin çıkışlarının karşı tarafındaki kısmını kaldırarak düzeneği hafifçe eğin.Çip, ışık-karanlık ritmini korumak için bir zamanlayıcı anahtara bağlı halka lamba ile aydınlatılır. Gece boyu süren inkübasyonun ardından, sızdırmaz ve basınç dayanımlı bir şişede sıvı büyüme besiyeri hazırlanır. Fidelerin kurumasını önlemek için aşağıdaki adımlar hızlıca ve kesintisiz olarak gerçekleştirilmelidir.Çip şimdi sıvı ortamdan çıkarılır ve aynı şekilde ters çevrilmiş olan çip taşıyıcının alt açıklığına baş aşağı yerleştirilir. Çip, kontrol katmanı girişlerini içeren tarafı basınç hattının olduğu tarafa bakacak şekilde yönlendirilmelidir. Taşıyıcı yan duvarında iki büyük konnektör bulunmaktadır.Çipin altındaki lam, peçete ile nazikçe kurulanarak taşıyıcıya sabitlenir. Ardından, tüm düzenek bant ile ters çevrilir. Boru konnektörleri bir şırınga yardımıyla suyla doldurulur ve her bir boru konnektörü ilgili girişe takılır.Çip üzerinde. Borular ortama ve çözeltiye bağlanmıştır. Ardından, çözelti şişesine hava dolu bir şırınga ile basınç uygulanarak hatlardaki viyoller ve hava temizlenir; taşıyıcı şeffaf plastikle kapatılır.Düzenekte yüksek nemi korumak için taşıyıcı, mikroskop tablasına yerleştirilir. Tablanın çentiklerine tam olarak oturmalıdır. Çip valfleri ve çip üzerinden gerçekleşen besiyeri akışı, hava basıncı ile kontrol edilir.Ana basınç hattından regülatörlü iki hat ayrılmıştır. Bunlardan biri akışkan akışını kontrol etmek için kullanılır, diğeri ise solenoid hava valflerine bağlanmıştır. Bu valfler, USB valf kontrolörü aracılığıyla bilgisayar üzerinden çalıştırılır ve çip üzerindeki valfleri harekete geçirmekten sorumludur.Çip bağlanmadan önce her iki basınç regülatörü de kapatılmalıdır. Borular, konnektörler ve solüsyon şişeleri ilgili basınç hatlarına bağlanır. Taşıyıcının rezervuarlarına birkaç mililitre su eklenir.Bu adım, daha uzun süreli deneyler boyunca tekrarlanması gerekebilir. Nem oranını yüksek tutmak için, mikroskop üzerine dökülebilecek olası sıvı miktarını en aza indirmek amacıyla hacim yüklemesini düşük tutun. Deney başlayana kadar ışık-karanlık döngüsünü sürdürmek için halka ışık, çip üzerindeki konumuna getirilir.Çip üzerindeki valfler, bu durumda solenoid hava valflerinin açılmasıyla basınç uygulanarak kapatılır. LabVIEW arayüzü, valf numarasının altındaki düğmeye tıklanarak valflerin kontrol edilmesine olanak tanır. Parlak yeşil renk, basınç uygulandığını ve bir çip valfinin kapandığını gösterir.Bu şema, dört ile sekiz arasındaki vanalar tekil vanalar olarak işlev görürken, sıfır ile üç arasındaki vanaların gruplar halinde çalıştığı valf sisteminin organizasyonunu göstermektedir. Bu sistemde, vanaların belirli bir kombinasyonu aktif hale getirilerek tek bir bölmeye erişilebilir; örneğin, sıvı akışını yalnızca üstten üçüncü bölmeye yönlendirmek için sıfır, üç ve dört numaralı vanalar kapatılmalıdır. Ayrıca, altı, yedi ve sekiz numaralı vanalar A, B ve C girişlerini yıkamak için hangi çözeltinin kullanılacağını kontrol eder; şimdi üç çözelti giriş vanasını da kapatmak için aktif hale getirin.Kontrolör arayüzü, sistem durumunun izlenmesine olanak tanıyan bir geri bildirim döngüsüne sahiptir. Bu özellik, geri okuma (read back) düğmesine tıklanarak etkinleştirilebilir. Kontrol katmanı için basınç regülatörü önce açılır ve 15 PSI değerine ayarlanır.Ardından, akış katmanının regülatörü açılır ve 5 PSI değerine ayarlanır. Seçilen büyüme ortamının giriş valfi açılır ve odalar ortamla yıkanır; ortam akış yolları mikroskop altında kontrol edilmelidir. Çoğu durumda kanallarda hava hapsolur ve bunun giderilmesi gerekir.Ek olarak, kontrol havası kanalları hala dışarı atılması ve boru bağlantılarından gelen suyla değiştirilmesi gereken hava içermektedir. Bu işlem ölü uç doldurma (dead end filling) olarak adlandırılır. Her iki görev de, tüm hava kanallardan PDMS içine itilene kadar sekiz odanın her birinin birkaç kez yıkanmasıyla gerçekleştirilir.Sistem, deneyleri otomatize etmek için programlanabilir. Bu rutinler aynı zamanda çipteki gazları gidermek için de kullanılabilir. Kök çipin temel amacı, bir görüntüleme platformunu ve bir profüzyon sistemini tek bir cihazda birleştirmektir.Köklerin mikroçevresinin manipülasyonunu göstermek için, odaları boya ile yıkayıp odalar içindeki sıvı değişimini ölçtük. Önerilen 5 PSI basınçta, yaklaşık 1,5 microliters per minute olarak hesaplanan bir akış hızında, 10 saniye içinde tam bir değişim ölçtük. Ayrıca, bu durumda karanlıkta yetiştirilen ve harici bir enerji kaynağı olarak 10 millimolar glikoz sağlanan fidelerin kök büyümesini gözlemledik.Işık ve besiyeri bileşimi gibi büyüme koşullarına bağlı olarak, bitkiler kök çipinde üç güne kadar gözlemlenebilir. Bu sistem, genetik olarak kodlanmış nanosensörler eksprese eden köklerde hücre içi glikoz ve galaktoz seviyelerini izlemek için kullanılmıştır. Birinci veya rezonans enerji transferi veya fret tabanlı bu sensörler, Fromer laboratuvarında geliştirilmiştir.Bu deneyde, çipteki köklere glukoz veya galaktoz çözeltisi ile kare dalga şeklinde perfüzyon uygulanmıştır. Hücre içi şeker seviyeleri izlenmiş ve burada, solda akseptör florofor citrine yoğunluğunun donör ECFP yoğunluğuna oranı olarak ifade edilerek gösterilmiştir. Ortadaki rasyometrik kök ucu görüntüsünde citrine sensör miktarını gözlemliyoruz ve sağda, üç kez tekrarlanan glukoz (yeşil) ve galaktoz (kırmızı) kare dalga uygulamalarına yanıt olarak şeker miktarının değişimini izliyoruz.Orandaki artış, şeker birikimini göstermektedir. Kök çipinin geleneksel büyüme yöntemlerine göre temel avantajları; mikroskopi için minimal invaziv hazırlık imkanı, kök ortamının tersine döndürülebilir ve tekrarlanabilir şekilde değiştirilebilme yeteneği ile gelişimsel olarak yetkin ve fizyolojik olarak sağlıklı dokuların günler boyunca sürekli gözlemlenebilme kapasitesidir. Bir diğer gerçekten önemli avantaj ise, köklerin gerekli tüm besinlerle zaman içinde beslenmesi için yalnızca çok az miktarda sıvıya ihtiyaç duyulmasıdır.Bu durum, özellikle pahalı reaktifler kullanıldığında kök çipini oldukça maliyet etkin hale getirir. Kök çipini optimize etmeye ve kullanılabilirliğini artırmaya devam ediyoruz; çünkü bu önemli organın tedavi ve gözlemler için daha erişilebilir hale getirilmesinin, kök çipi gibi mikroakışkan araçların bitki araştırmalarında potansiyel olarak yeni boyutlar açacağına inanıyoruz. Bir kök çipi sisteminin nasıl kurulacağına dair daha fazla bilgiye web sitemizden ulaşılabilir.Çipler Stanford Foundry'den sipariş edilebilir.

time-lapse-fluorescence-imaging-arabidopsis-root-growth-with-rapid

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Biyomühendislik

Biz stoma farklılaşma belgeleyen, gelişme birkaç gün içinde epidermis konfokal görüntüleme için bitki kotiledon hareketsiz odası slaytlar ve medya kullanarak bir protokol açıklar. Fluorofor etiketli proteinlerin hücre bölünmesi ve hücre tipi farklılaşması esnasında olası rollerini anlamayı arttırıyor, ifade ve hücre içi lokalizasyonu dinamik izlenebilir.

Uzun süreli, yüksek çözünürlüklü Konfokal Time Lapse Görüntüleme<em&gt; Arabidopsis Kotiledon</emÇimlenme sırasında&gt; Epidermis

Bu protokol, ticari olarak temin edilebilen düz yataklı tarayıcı kullanılarak bir yerçekimi uyarana yanıt Arabidopsis fide görüntülerin hızla toplanması için bir işlemi tarif etmektedir. Yöntem aşağı analiz algoritmaları için mükellef yüksek çözünürlüklü görüntüleri, ucuz, yüksek hacimli yakalamak için izin verir.

Arabidopsis Kök Gravitropic Müdahale Yüksek çözünürlüklü Zaman lapsed Resim Toplama Masaüstü Tarayıcılar kullanma

Bu protokol, ışık tabakası mikroskobu için bir bitki örneği hazırlama yöntemini gösterir. Kurulum, bitkinin bir jelin yüzeyine dikey olarak monte edilmesi ve kontrollü parlak koşullarda büyümesine izin verilmesiyle karakterize edilir. Bu, standartlaştırılmış koşullarda bitki organ gelişiminin uzun süreli gözlemlenmesini sağlar.

Bir Gel Yüzeyinde Büyüyen Bitki kökleri Işık Sac Flüoresan Mikroskopi

Burada, yüksek numerik diyafram açıklığı hedefleri ve daldırma ortamı olarak perflorodekalin kullanılarak 3 güne kadar kök ve hipokotil gelişiminin yüksek çözünürlüklü konfokal zaman atlamalı görüntülemesi için basit bir teknik sunulmuştur.

Kök ve Hipokotil Gelişimin Uzun Süreli Konfokal Görüntülemesi için Basit Bir Oda

Bu makalede, ana kök ve kök tüyleri tek bir optik uçağı için confines bir iki katlı mikrosıvısal platformda Arabidopsis thaliana fidan kültür gösterilmiştir. Bu platform iyi kök morfolojisi de yüksek çözünürlüklü görüntüleme gelince gerçek zamanlı optik görüntüleme için başka araçlar tarafından kullanılabilir.

Kök saç Morfoloji Arabidopsis fidan bir iki katlı mikrosıvısal platformda görüntüleme

Floresan canlı görüntüleme Arabidopsis thaliana yaprakların uzun bir zaman aralığı içinde gerçekleştirmek için basit ve çok yönlü bir yöntemi bildirin. Biz bir transgenik Arabidopsis bitki bitki bağışıklık yanıtı kronolojik zamanmekansal anlayış kazanıyor için bir örnek olarak bir bağışıklık ile ilgili düzenleyici denetimi altındaki bir floresan muhabir gen ifade kullanın.

Arabidopsis montaj için çok yönlü bir yöntem Intravital zaman hata görüntüleme için yaprakları

Hücre dışı glutamat tetiklenen sistemik kalsiyum sinyali, bitkilerde mekanik yaralama ve otobur saldırısına karşı bitki savunma yanıtlarının indüksiyonu için kritik öneme sahiptir. Bu makalede, kalsiyum ve glutamaca duyarlı floresan biyosensörleri ifade eden Arabidopsis thaliana bitkilerini kullanarak her iki faktörün de mekansal ve zamansal dinamiklerini görselleştirmek için bir yöntem açıklanmaktadır.

Arabidopsis'te Lokal ve Sistemik Yara Sinyallerinin Geniş Alan, Gerçek Zamanlı Görüntülenmesi

Arabidopsis ve Medicago'nun kök sistem mimarisini (RSA) incelemek için basit laboratuvar araçları kullanıyoruz. Fideler ağ üzerinde hidroponik olarak yetiştirilir ve RSA'yı ortaya çıkarmak için bir sanat fırçası kullanılarak yayılır. Görüntüler tarama veya yüksek çözünürlüklü bir kamera kullanılarak alınır, daha sonra özellikleri haritalamak için ImageJ ile analiz edilir.

Bitki kök sistemi mimari özelliklerini haritalamak için basit bir protokol

Bu süreç, Arabidopsis thaliana'da floresan etiketlenmiş çekirdek ve kromatin işaretleyici çizgisi ile birlikte konfokal mikroskopi kullanarak Arabidopsis köklerinde çekirdek ve kromatin dinamiklerini aynı anda kaydeder ve gelişimsel ile çevresel ipuçlarına yanıt olarak bu dinamiklerdeki değişiklikleri araştırır.

Arabidopsis thaliana Kökünde Gelişim Sırasında Nükleer Şekil ve Kromatin Dinamiklerinin Nicel Canlı Hücre Görüntülemesi ve Çevresel Stres

Bu amaç, işletme ve roman yerçekimi kuvveti spektrometresi temsilcisi sonuçları gösteren bir adım adım kılavuz.

Fibröz Proteinler gerin ve Tedbir Roman Yerçekimi Kuvveti Spektrometresi kullanır gösterilmesi

Öğrenin Arabidopsis kök gelişimini RootChip mikroakışkan platformu kullanarak mikroskobik düzeyde incelemeyi. Bu yöntem, kök mikroçevresinin hassas kontrolünü ve uzun süreli gözlemi mümkün kılar.

RootChip kullanarak Kök Çevre Rapid manipülasyonu ile Arabidopsis Kök Büyüme Time-lapse Floresans Görüntüleme

Daha fazla video keşfet