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Biology

Electroeluting的DNA碎片

Published: September 5, 2010 doi: 10.3791/2136

Summary

此过程允许高产纯化的DNA片段。

Abstract

在分子生物学,纯化后的DNA片段用于不同的目的,他们可以通过以下几个步骤的准备。他们大多需要以前的DNA片段的电泳以独立乐队的利益。然后,这个乐队是切除了从琼脂糖或丙烯酰胺凝胶,并用纯化之一:具有约束力,从玻璃或石英颗粒,DEAE -纤维素膜,洗脱“粉碎和浸泡法”,电泳或非常往往是昂贵的商业纯化试剂盒。因此,选择一种方法,主要将取决于什么是可在实验室。电泳程序允许一个净化非常干净的DNA,在大量的应用(放射性标记,测序,限制酶,酶的修饰,克隆等)使用。这个过程包括在把DNA带含有样品井electroeluter,然后应用当前的琼脂糖或丙烯酰胺片的DNA片段离开琼脂糖,因此被困在一个缓冲盐乙醇沉淀后予以追缴。

Protocol

  1. 为了得到净化的兴趣选择的D​​NA片段,这些应解决的琼脂糖或丙烯酰胺凝胶,凝胶用溴化乙锭染色使用0.5X TBE缓冲液(三硼酸盐,EDTA)电泳,在120伏1小时。对于这一点,以前〜700质粒pProEx GdMre11S吴(6000 - BP)与NdeI和HindIII消化,是用来释放一个900 bp的片段(560片段的质粒和84吴吴)。
  2. electroeluter坦克(图1)应填写与同样分布在高原中的每一​​侧的0.5X TBE考虑到中期高原照顾不泄漏。
  3. 所选波段(或波段)的凝胶切出,并尽可能靠近V通道(片,每孔)放置在样品室。运行缓冲液应该被添加到每个分庭;只够盖的凝胶片。
  4. 每个通道使用,必须刷新巴斯德吸管,以消除任何气泡被困。
  5. 然后10米NH 4醋酸100 UL(方便的可视化,加入少量的溴酚蓝,刚够颜色)轻轻加入V通道内。
  6. 应关闭盖子,轻轻地,以防止任何再悬浮的高盐缓冲。
  7. 电泳是在100伏25分钟开始。
  8. 当electrolution完成后,400 UL,从V -通道,并在离心管置于2卷,冷乙醇和糖原(建议提高DNA回收)在4 ° C沉淀1个小时或过夜。
  9. 离心20分钟,去除上清液,并用70%乙醇。
  10. 干管和量化外径260纳米的DNA。
  11. 回收率为75%(63纳克恢复时,84纳克被放置在V -通道)。

图1
图1,Electroeluter图。 Anod一个阴极上标明每个侧槽,切片凝胶中的DNA(作为一个黑色的方形所示)将移向阴极,由于其负电荷。然后,将被困在盐缓冲位于V型通道(作为一个倒置的黑色三角形表示)。

Discussion

运行的时间将取决于高度上的片段大小,通常为片段高达20 KB 50分钟到1小时就足够了,而小碎片的监测,每10分钟的紫外灯是需要防止的片段,经过盐垫,从而减少恢复正极缓冲室。重要的是要确保,当您设定在100伏的电源,是目前至少有10 MAMP。 DNA条带,使用的紫外线灯,可以监测和检测时放弃的凝胶片。坐垫也可以带3米的钠醋酸盐。

此过程允许将放射性恢复良好(〜80%)的大小不同的DNA或RNA片段的纯化,限制性内切酶消化,加工修饰酶,等

Disclosures

没有利益冲突的声明。

Acknowledgments

贝穆德斯实验室博士的工作是由国家科学技术委员会(#82622),我们感谢加布里埃拉古铁雷斯索萨,Eliuth雷耶斯Martinez和Ximena罗德里格斯 - 托雷斯视频录制electroleution程序。

Materials

Name Company Catalog Number Comments
NdeI New England Biolabs R0111L
HindIII New England Biolabs R0104L
NH4 acetate JT Baker 0596
agarose Invitrogen 15510-027
Biophotometer Eppendorf 6131 000 020
Electr–luter IBI UEA CAT 46000

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References

  1. Sambrook, J., Fritsch, E. F., Maniatis, T. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. , 2nd Ed, Cold Spring Harbor Laboratory Press. 3 Volume Set (1989).

Tags

基本协议,第43期,电泳过程,核酸,琼脂糖,丙烯酰胺
Electroeluting的DNA碎片
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Cite this Article

Zarzosa-Álvarez, A. L.,More

Zarzosa-Álvarez, A. L., Sandoval-Cabrera, A., Torres-Huerta, A. L., Ma. Bermudez-Cruz, R. Electroeluting DNA Fragments. J. Vis. Exp. (43), e2136, doi:10.3791/2136 (2010).

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