本文介绍了一种在溶液中制备固态纳米孔以用于生物分子穿膜实验的方法。通过施加短时的高强度电场脉冲,可原位精确调控纳米孔直径,实现亚纳米级精度的扩孔,并显著改善其电学噪声特性。该操作利用标准实验室设备,在实验条件下原位完成。
本文介绍了一种在溶液中制备固态纳米孔以用于生物分子穿膜实验的方法。通过施加短时的高强度电场脉冲,可原位精确调控纳米孔直径,实现亚纳米级精度的扩孔,并显著改善其电学噪声特性。该操作利用标准实验室设备,在实验条件下原位完成。
固态纳米孔已成为表征核酸和蛋白质等单个生物大分子的多功能工具1然而,在薄绝缘膜上制备纳米孔仍然具有挑战性。采用专用聚焦电子束系统进行加工可制备出结构明确的纳米孔,但在 commercially available membranes 中获得可靠且低噪声纳米孔的产率仍然较低2,3 且大小控制并非易事4,5在此展示了施加高电场以在确保最佳低噪声性能的同时精细调节纳米孔尺寸的应用。通过使用高电场的短暂脉冲,可获得纯净的电信号,并在长时间作用下实现纳米孔亚纳米级精度的扩孔。该方法的实施 原位 使用标准实验室设备在水相环境中提高固态纳米孔制备的产率和可重复性。
生物纳米孔和固态纳米孔为在单分子水平上检测生物分子分析物提供了一种手段1。单个纳米孔通常嵌入在薄的绝缘膜中,构成两个液体储液池之间离子电流的唯一通路。利用大规模库尔特计数器的原理,纳米孔实验通过检测离子电流的变化,来确定带电生物分子在外部电场作用下以电泳方式穿过纳米孔时的长度、尺寸、电荷和构象。
尽管诸如α-溶血素之类的生物纳米孔通常具有更高的灵敏度和低噪声特性3,但其支撑的脂双层较为脆弱且尺寸固定,限制了其应用范围。相比之下,固态纳米孔是在薄(10–50 nm)氮化硅或二氧化硅膜上制备的,可制成不同尺寸,易于与晶圆级技术集成6,7,并且更加坚固,允许更广泛的实验条件。尽管具有这些优势,固态纳米孔技术仍存在若干实际缺陷,限制了其在生物分子研究中的实用性。虽然可以控制纳米孔的尺寸,但通常需要专用设备和熟练人员,实现起来成本高昂且费时费力。例如,最近研究表明,在扫描电子显微镜(SEM)特定实验条件下,聚焦离子束钻取的纳米孔会发生收缩5。在其他方法中,透射电子显微镜(TEM)钻取的纳米孔可能因电子束条件以及后续接触水性溶剂而发生扩张或收缩8。在这些情况下,纳米孔尺寸的可调范围有限,难以精确控制,甚至不可靠,因为纳米孔在化学处理后或浸入特定液体环境时尺寸可能发生改变9。
固态纳米孔中的离子电流同样可能受到高噪声的影响,其噪声来源是纳米孔文献中深入研究的课题2,3,10,11。尽管已有多种方法被提出用于降低电噪声,但可靠、稳定且低噪声纳米孔的产率通常较低。在钻孔和成像过程中沉积的碳质残留物会对电信号质量产生不利影响,常常导致完全润湿困难,并引发难以去除的纳米气泡的形成12。此外,分析物分子对纳米孔的堵塞会降低信号质量,使孔道无法用于后续实验13,14。总体而言,这些因素显著降低了功能性纳米孔器件的产率,并增加了固态纳米孔研究的相关成本。
使用Ag/AgCl电极施加电压以在0.15–0.3 V/nm范围内产生强电场,为解决上述挑战提供了一种出人意料的简单方案。通过循环施加短电压脉冲,可获得洁净、低噪声的纳米孔表面,非常适合单分子研究。长时间暴露于强电场会引发构成纳米孔孔壁的膜材料被移除,从而导致纳米孔直径增大。通过调节脉冲强度和持续时间,可精确控制这种生长过程。在实验过程中,由于分子吸附到纳米孔表面导致孔道堵塞,电流信号逐渐恶化,而该方法可重复用于恢复原本将被废弃的堵塞器件。因此,同一器件可多次使用,进一步提高了功能性纳米孔的产率。该方法具有多项优势:可在实验条件下的液体环境中快速完成,仅需常规实验室设备,可通过软件实现自动化,且能制备出高质量的功能性纳米孔,产率超过95%。
1. 纳米孔的制备与清洗
注意:一旦在绝缘膜上形成纳米孔,可直接将其安装到液体池中,无需进一步处理或清洗,具体操作如步骤2所述。然而,若需在实验之间去除残留的污染物,可通过使用piranha溶液3,15,16 (3:1 H2SO2:H2O2)或暴露于氧气等离子体2来清洗纳米孔芯片。因此,若无需通过piranha溶液预清洗,则以下方案中的步骤1.2至1.9为可选步骤。
2. 安装纳米孔
3. 纳米孔表征
4. 使用高电场对纳米孔进行预处理
注意:如果生成的电流-电压(I-V)曲线表现出不对称性或电导低于预期,或者电流轨迹在低频区域显示出不稳定性和高噪声水平,则有必要使用高电场对纳米孔进行预处理,以去除孔表面的任何污染物质和/或润湿纳米孔。该方法虽然不能影响由膜电容或测量中所用电流放大器输入端耦合的寄生电容引起的高频噪声,但可显著降低低频噪声(也称为1/f噪声)18。用于执行此预处理的装置示意图见图2。
5. 使用高电场扩大纳米孔
注意:纳米孔的直径对其在特定生物分子传感应用中的功能至关重要。为此,可利用透射电子显微镜(TEM)制备的纳米孔,通过施加高电场将其扩大至所需尺寸,直至达到合适的直径,此过程使用与清洗和润湿纳米孔相同的装置(图2)。
6. DNA 易位
本研究中使用的纳米孔是在厚度为 30 nm 或 10 nm 的氮化硅薄膜窗口上钻取的。尽管此处描述的方案可适用于采用任意方法制备的各种材料的固态纳米孔,但通常使用透射电子显微镜(TEM)并依据先前建立的方案进行钻孔11,14。通过 TEM 钻取的纳米孔直径通常在 4–8 nm 之间(图 2)。虽然上述方案可用于安装和处理厚度为 30 nm 和 10 nm 的薄膜,但所描述的电压偏置是指适用于 30 nm 厚薄膜的情况,除非另有说明。对于不同厚度的薄膜,应调节施加的电压,以在纳米孔内部产生 0.15–0.3 V/nm 范围内的电场。
图3a 显示了一个位于30 nm厚膜上的10 nm纳米孔在施加高电场处理前后两种典型的电导轨迹。在新制备的纳米孔安装完成后,通常容易获得不稳定且噪声较高的离子电流信号,表现出显著的低频波动。图中所示的纳米孔在 图3a 突出了这一行为。其电导明显低于与其尺寸相当的纳米孔预期值,最可能的原因是润湿不完全。当施加由8 V脉冲(90个持续2秒的脉冲)产生的强度为0.27 V/nm的高电场时,纳米孔实现完全润湿,并随后扩大至直径21 nm。此时,该孔表现出稳定的电导和低噪声特性。类似纳米孔中噪声的定量分析以功率谱密度图形式展示于 图3b未润湿和/或堵塞孔隙的低频噪声幅度非常高(>20 pA RMS),导致其在实验中无法使用。经强电场处理后,低频区域的噪声功率(<10 kHz)的噪声降低高达三个数量级,适用于低噪声实验。
图4a 显示了在施加电势于高电场(用于扩增)和低电场(用于测量)之间脉冲变化时的典型电流测量结果。每次脉冲后,在测量电压下通过纳米孔的离子电流响应即 纳米孔电导)增加了一个有限的量。这表明纳米孔的尺寸增大,因为其直径 d 可以从其电导率推断 G 在电导率溶液中 σ,将纳米孔近似为具有有效长度的圆柱几何结构 leff. 尽管存在多种其他模型用于关联纳米孔电导与其几何结构17,19-21,以下关系式在高盐浓度下对适用于双链DNA穿行的多种直径范围内的透射电子显微镜钻孔纳米孔已被证实有效,该关系式包含一个几何项和一个通路电阻项17,22.
![figure-results-1 电导公式,G=σ[4Leff/πd² + 1/d]⁻¹,用于纳米线分析。](/files/ftp_upload/51081/51081eqn.jpg)
当达到所需直径时,软件将自动停止该过程。随后可通过精确的电流-电压(I-V)测量来确认所获得的纳米孔直径,如图4b所示。
需要注意的是,使用高电场处理的纳米孔完全具备功能。这一点通过λ DNA穿行检测得到了验证,如图5a所示的电导轨迹。在该图中,双链DNA被驱动穿过两个经所述方法扩大至11 nm和32 nm的纳米孔。在每种情况下,基线电导极为稳定,并且当双链DNA分子穿过纳米孔时可观察到清晰的阻断信号,与未经处理、噪声较高的纳米孔相比,呈现出高信噪比的单分子穿行事件。如图5a插图所示,随着单个折叠分子的穿行,可观察到多个离散的阻断水平,这与这些尺寸的纳米孔预期结果一致。图5b展示了每个纳米孔在穿行事件期间电导的直方图。纳米孔的低噪声特性揭示了清晰可分辨的不同峰,分别对应于基线状态(无DNA)、单阻断状态(一条DNA链——未折叠)和双阻断状态(两条DNA链——折叠)。值得注意的是,单个双链DNA分子占据纳米孔所引起的电导变化在大、小两种纳米孔中有所不同。这间接证明了高电场的应用确实扩大了原有的纳米孔,因为在处理过程中如果是在膜上生成了新的纳米孔或裂纹,则应观察到相同的阻断幅度17。
同样,图6展示了高强度电场在不同厚度膜上制备的纳米孔扩孔中的有效性。此处,在10 nm厚的SiNx膜中制备的纳米孔最初部分未润湿,表现出不稳定且相对较小的电导。施加持续4秒的交替±3 V(±0.3 V/nm)脉冲(共30次)后,该纳米孔实现完全润湿,并表现出直径3 nm纳米孔理想的I-V特性。随后,该方法重复施加400次脉冲,将纳米孔扩大至8 nm。这一扩孔过程在与30 nm膜中制备纳米孔相当的电场强度下进行,但所用偏置电压更低,表明该过程主要由电场驱动。由于分子穿过较薄膜时产生的电流阻断比穿过较厚膜时更大,因此经此方式处理的薄膜纳米孔可用于以更高灵敏度研究蛋白质等较短分子。

图1. 纳米孔电池组件。 含有纳米孔的氮化硅薄膜被置于硅胶弹性垫圈之间,垫圈由两个含有电解液储液池的聚四氟乙烯半电池压紧固定。点击此处查看高清图像。

图2. 纳米孔调节与扩孔装置示意图。 在一片厚度为30 nm的氮化硅(SiNx)膜上钻制的纳米孔(左侧)连接两个电解质储液池。通过计算机控制膜片钳放大器或外部电源(DAQ卡),经由浸入电解质储液池中的Ag/AgCl电极在纳米孔两侧施加电势差。电流放大器将测得的离子电流实时传输至计算机软件进行监测。该图已根据文献[11]修改。点击此处查看高清图像。

图3. 施加高电场前后电流信号的变化。(a)在安装后,即使使用piranha溶液清洗,纳米孔的电导仍不稳定,且低于预期的10 nm圆柱形孔道的电导值(蓝色)。施加持续2秒、8 V的脉冲电压后,纳米孔完全润湿并扩大,表现出稳定的电导,可用于生物分子检测实验(绿色)。(b)未完全润湿且堵塞的纳米孔的功率谱密度图(分别为蓝色和橙色)。施加持续200毫秒、8 V的脉冲电压后,纳米孔实现润湿,并清除了碎片(分别为绿色和红色)。本图改编自[11]。点击此处查看高清大图。

图 4. 使用高电场扩大纳米孔。 (a)在扩大电势偏压(红色)与测量电势偏压之间交替,可观察到通过纳米孔的离子电流(蓝色)呈有限阶跃式增加。由此获得的电导测量结果可用于推断纳米孔直径。一旦达到所需直径,即停止该过程。(b)精确的 I-V 电导测量证实纳米孔尺寸已增大。此类图谱比单点电流值能更准确地估算孔径,因其可进行拟合,并可验证其对称性和欧姆行为。本图经 [11] 修改。 点击此处查看高清图像。

图5. DNA通过预处理纳米孔的易位过程。 (a)在150 mV偏压下,将双链DNA(48.5 kbp)加入纳米孔的一侧,导致11 nm(蓝色)和32 nm(红色)纳米孔的电导轨迹中出现瞬时阻断。 (b)各纳米孔的电导直方图显示出对应于基线、单次和双次易位事件的离散峰。 本图经[11]修改。 点击此处查看高清图像。

图 6. 10 nm 膜中纳米孔的扩大。 在 10 nm 膜中的一个纳米孔最初表现出极低的电导率和非对称的 I-V 特性(橙色)。施加 30 次在 ±3 V 之间交替的脉冲(持续 4 秒)后,纳米孔被润湿,表现出理想的 I-V 特性,其电导率与预期的 3 nm 孔一致(蓝色)。进一步施加 400 次 ±3 V 脉冲后,纳米孔扩大至 8 nm 直径(绿色)。点击此处查看高分辨率图像。
纳米孔尺寸的控制在生物分子传感应用中具有根本性的重要性。纳米孔的直径必须与被检测分子的尺寸相当:既要足够大以容纳样品,又要足够小以实现最佳的信噪比。尽管本文所介绍的通过施加高电场来调控尺寸的方法是单向的——即在整个过程中纳米孔直径仅能增大,但仍可制备出直径在3–100 nm范围内的纳米孔,并实现亚纳米级的精度控制。由于使用透射电子显微镜(TEM)23, 可轻松制备3–4 nm的纳米孔,因此该方法能够可靠地为多种应用制备固态纳米孔,例如研究单链DNA结构或大体积蛋白质-配体复合物的相互作用。虽然当纳米孔直径超过100 nm时,其生长速度可能非常快且精度较低,但可通过采用更温和的扩孔条件来更好地控制该过程。因此,实现有效尺寸控制最关键的步骤是选择合适的脉冲强度和持续时间,以平衡扩孔效率与实现目标孔径所需的精度。这一点在较薄纳米膜(10 nm厚度)的扩孔过程中尤为明显:在此类材料中,较低的偏压但相当的电场强度即可观察到扩孔现象。根据最终所需尺寸,通常可在几分钟内将纳米孔扩大至亚100 nm的直径。
类似地,较大的低频电流波动会妨碍单分子研究,因为几乎无法将易位信号与背景噪声区分开来。不完全润湿24、初始制备后残留的碳质残留物25以及碎片在纳米孔壁上的吸附13均会降低信号质量,需要使用强腐蚀性化学试剂进行额外清洗,但这些方法通常无效。有趣的是,固态纳米孔实验方案中通常强调,在安装前使用芬顿溶液(piranha 溶液)或氧等离子体对纳米孔进行清洗,以促进润湿或去除钻孔、成像和操作过程中残留的污染物。然而,即使经过此类处理,纳米孔仍常常无法润湿或持续表现出高噪声,而针对失败情况建议的解决方案是进行进一步清洗,这一过程可能极为耗时14。当施加高电场时,根据具体应用,这些冗长的处理步骤可能不再必要。研究发现,大多数器件可通过本文所述方法在原位(in situ)重新处理,从而显著缩短制备时间,并减少对强腐蚀性化学品的操作需求。降低电噪声最关键的步骤是简单地提高电压和/或脉冲持续时间,以实现纳米孔的完全润湿并清除松散附着的碎片。经此方式处理的纳米孔可稳定地用于生物大分子易位实验,例如 DNA 和蛋白质的穿孔过程。若这些分子吸附在孔壁上,导致孔道堵塞并产生噪声较大的电信号,可再次施加高电场脉冲以清除阻塞物,恢复低噪声特性,从而继续后续实验,且无需将纳米孔芯片从流体池中拆卸。
使用所述装置施加高电场受到限制,原因是需要外部电源提供高达10 V的电压以及电流放大器,而这些设备在高带宽条件下缺乏足够的灵敏度和低噪声特性。>1 kHz)进行单分子检测。尽管典型的生物分子实验依赖于低噪声电流放大器,而此类放大器通常仅限于±1 V的电压范围,但设计一个能够同时实现高强度电场调控和高灵敏度电流测量(增益可调)的单一系统是可行的。尽管存在上述限制,两种配置之间的切换仍快速且简便。与现有的控制纳米孔尺寸的技术(如使用扫描电子显微镜(SEM))相比5,热氧化和膜重塑8, 高强度电场提供了一种更快、更精确且成本更低的制备方法,可在实验台上使用标准设备完成,并能实现更宽范围的纳米孔尺寸。该方法还能够快速且可重复地降低低频噪声,从而提高了初始制备的可靠性,并延长了固态纳米孔的使用寿命,因为先前使用过的纳米孔可被修复并用于后续实验。总体而言,超过95%经高强度电场处理的不同厚度纳米孔表现出极低的低频噪声特征,适用于生物分子检测。因此,制备过程更加简便且可靠,使固态纳米孔实验对研究人员更具可及性,并可能通过更稳定的制备工艺推动纳米孔技术的商业化进程。
作者无任何利益冲突需要披露。
感谢加拿大自然科学与工程研究理事会、加拿大创新基金会和安大略研究基金的支持。感谢 Y. Liu 在纳米孔制备与表征方面的协助,感谢 L. Andrzejewski 提供的宝贵讨论和技术支持,感谢 A. Marziali 在纳米孔软件和仪器设计方面的帮助。
| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| JEM-2100F 透射电子显微镜 | JEOL | 钻孔需要 200 kV 加速电压 | |
| Axon Axopatch 200B 膜片钳放大器 | 分子器件公司 | 低噪声电压和电流放大器 | |
| X 系列数据采集卡 | 国家仪器公司 | PCI-6351 | 与实验装置连接,施加高电场 |
| LabVIEW 2012 软件 | 国家仪器公司 | 施加电压、记录电流、数据分析 | |
| 电流放大器 | 吉时利 | 在高电场脉冲期间进行电流放大 | |
| 30 nm 厚氮化硅透射电镜膜窗 | Norcada 公司 | NT005X | 用于制备纳米孔的基底材料 |
| 10 nm 厚氮化硅透射电镜膜窗 | Norcada 公司 | NT005Z | 用于制备纳米孔的基底材料 |
| 硅橡胶 O 型密封圈 | Marian Chicago | HT6135 | 打孔后用于密封纳米孔芯片 |
| Ag/AgCl 电极 | In Vivo Metric | E255 | |
| 硝酸 | 费希尔科技公司 | 52004P | 用于清洗细胞——需谨慎操作 |
| 过氧化氢 | 费希尔科技公司 | H323 | 用于配制 piranha 溶液——需谨慎操作 |
| 硫酸 | 费希尔科技公司 | A300 | 用于配制 piranha 溶液——需谨慎操作 |
| 氯化钾 | 费希尔科技公司 | P335 | |
| HEPES | 费希尔科技公司 | BP310 | 用于缓冲 KCl 溶液 |
| 初级法拉第屏蔽笼 | 屏蔽纳米孔池和电极 | ||
| 次级法拉第屏蔽笼 | 屏蔽前置放大器和电极导线 | ||
| 聚四氟乙烯池 | 用于固定纳米孔芯片和储液池 | ||
| 加热板 | VWR | 加热 piranha 溶液 |