Dans le cortex des mammifères, les neurones forment des réseaux très complexes et l'échange d'informations au niveau des synapses. Changements dans la force synaptique, ainsi que l'ajout / suppression de synapses, se produisent d'une manière dépendant de l'expérience, fournissant la base structurelle de la plasticité neuronale. Comme composants post-synaptiques des synapses excitateurs plus dans le cortex, épines dendritiques sont considérées comme un bon indicateur de synapses. Prendre avantages de la génétique de la souris et des techniques de marquage par fluorescence, des neurones et de leurs structures synaptiques peuvent être marqués dans le cerveau intact. Ici, nous introduisons un protocole d'imagerie transcrânienne utilisant deux photons microscopie à balayage laser à suivre épines dendritiques post-synaptiques marquées par fluorescence dans le temps in vivo. Ce protocole utilise une préparation-crâne amincie, ce qui maintient intact le crâne et évite les effets inflammatoires causées par l'exposition des méninges et le cortex. Par conséquent, les images peuvent être acquises immédiatement après surgery est effectuée. La procédure expérimentale peut être effectuée de manière répétitive au cours de différents intervalles de temps allant de quelques heures à plusieurs années. L'application de cette préparation peut également être étendu pour étudier différentes régions et couches corticales, ainsi que d'autres types de cellules, dans des conditions physiologiques et pathologiques.