Name: Identificação de A Bela Adormecida Inserções de transposões em tumores sólidos utilizando Linker mediada por PCR (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2013-02-01T13:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 34 s
Description: Aprenda a identificar oncogenes e genes supressores tumorais mapeando inserções de transposons Sleeping Beauty em tumores sólidos de camundongos usando PCR mediada por linker. Este método permite descobrir novos drivers genéticos do câncer.

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Os autores gostariam de agradecer Branden Moriarity, David Largaespada, e Vincent Keng da Universidade de Minnesota, e Adam Dupuy da Universidade de Iowa para a sua assistência no desenvolvimento do protocolo descrito acima.

1. Reprodução e Envelhecimento de Animais Transgênicos <ol><li> Selecione as linhagens de camundongos transgênicos adequadas para a sua experiência. Uma experiência típica vai usar três linhas transgénicas, um rato transposase condicional, um rato portador de um dos transposões concatamer, e um rato expressando recombinase Cre nas células crê serem as células de origem para o cancro desejado. Se o cancro a ser modelada tem uma mutação conhecida num grande percentagem dos pacientes, pode ser desejável incluir essa mutação no início. Exemplos desses &quot;predisponentes&quot; mutações incluem Kras ativados, dominantes TP53 negativas ou um alelo Pten floxed. Ao adicionar em uma mutação predisponente o modelo pode representar melhor o câncer humano (ver 1.3). Transposase Beleza vários ratos de dormir e de transposons estão disponíveis no Instituto Nacional de Câncer Rato Repository ( <a href="http://mouse.ncifcrf.gov/" target="_blank">http://mouse.ncifcrf.gov/</a> ). </li><li> Camundongos da raça condicionais transposase com ratos, contendo os transposons para, eventualmente, obter camundongos homozigotos para ambos os alelos se possível. Breed descendência homozigótica para ratinhos que expressam Cre recombinase para gerar os seus triplos transgénicos ratinhos experimentais (figura 2). Nota: Obtenção de camundongos homozigotos nem sempre é possível ou ideal. Por exemplo, p53 homozigotos dominantes negativos ratos são muito mais difíceis de produzir do que os ratos heterozigotos. Além disso, é útil para assegurar que ninhadas seguir genética mendeliana para confirmar que o sistema de criação de animais é bem sucedido. </li><li> Se usar um fundo predispostos, os ratos da raça primeiro com a transposase de camundongos com o alelo de predisposição. Simultaneamente, os ratos da raça expressando a recombinase Cre ratinhos que transportam os transposons. Criar ratos homozigotos para cada alelo, se possível. Finalmente, produzir a prole homozigótica dos últimos dois esquemas de melhoramento para gerar quadruplicar anim experimental transgênicoals. </li><li> Além dos animais experimentais, gerar coortes de controlo de ratos. O grupo de controlo é normalmente constituída por ninhada do que apenas a reprodução experimental herdam dois dos três alelos (Figura 2). No caso de um fundo predispostos, incluindo ratos, três dos quatro alelos será também necessário. </li><li> Monitorar ratinhos experimentais e de controlo por dia durante o desenvolvimento do tumor e / ou moribundity. Siga o seu cuidado com os animais institucional e de uso da comissão (IACUC) requisitos para a criação de animais. Além disso, é típico para determinar uma idade em que você vai sacrificar um animal, se ele ainda não se tornou moribundo. Dezoito meses é uma idade típica em que os ratos são sacrificados. </li></ol> 2. Necropsia de Animais Transgênicos <table border="1"><tbody><tr><td> Nome do reagente </td><td> Companhia </td><td> Número de catálogo </td></tr><tr><td> Sure-Seal InducCâmara ção </td><td> Cérebro Árvore Científico </td><td> EZ-177 </td></tr><tr><td> Criotubo </td><td> Bioexpress </td><td> C-3355-2 </td></tr><tr><td> Formol tamponado 10% </td><td> Sigma Aldrich </td><td> HT501128-4L </td></tr></tbody></table> Reagentes Tabela 1. Necessário. <ol><li> Quando um rato está moribundo ou atingiu o fim da vida útil determinado, eutanásia animal, usando uma câmara de 2 CO seguindo suas diretrizes IACUC. Geralmente, colocar o animal em uma câmara de gás limpo, abrir o tanque de gás e ajustar o regulador de ler não superior a 5 libras por polegada quadrada. Encher lentamente para minimizar a irritação nasal e ocular e aversão ao CO 2. Certifique-se de que o coração do animal já não é bater e não responde quando tocado no olho. </li><li> Pulverização exterior de rato sacrificados com etanol a 70%. </li><li> Lugar do mouse em uma placa de necropsia e prenda com alfinetes de dissecação. Use a tesoura umd pinças para abrir o mouse e remover órgãos. Determinar que os órgãos devem ser coletados é o projeto dependente. No entanto, recomenda-se sempre coletar o baço e do fígado, como esses órgãos muitas vezes, dar uma visão importante porque o mouse estava moribunda. Também recolher o esterno para a análise de potencial de medula óssea. Além disso, é sempre vantajoso para recolher qualquer órgão ou tecido que aparece anormal. </li><li> Tecidos e tumores que são coletados deve ser dividido em quatro seções. Uma secção é fixado em formalina tamponada a 10% durante 18 horas seguido de 70% de etanol. Esta secção pode ser usada para coloração de H &amp; E e / ou IHC. Os restantes três secções, as quais são geralmente 50 a 100 mg de tamanho, são de encaixe congelados em azoto líquido. Estes podem ser usados ​​para DNA, RNA e isolada de proteínas. </li><li> Dispor de tecidos da carcaça e restante de acordo com as diretrizes IACUC. </li></ol> 3. Isolar o ADN genómico a partir de tumores <table border="1"><tbody><tr><td> &lt;&gt; Nome forte do reagente </td><td> Companhia </td><td> Número de catálogo </td></tr><tr><td> Solução Protein Precipitation </td><td> Qiagen </td><td> 158910 </td></tr><tr><td> Tampão de lise celular </td><td> Qiagen </td><td> 158906 </td></tr><tr><td> Proteinase K </td><td> Qiagen </td><td> 158920 </td></tr><tr><td> RNase A </td><td> Qiagen </td><td> 158924 </td></tr><tr><td> Tampão TE </td><td> Promega </td><td> V6232 </td></tr></tbody></table> Reagentes Tabela 2. Necessário. <ol><li> Finamente tritura a amostra de tumor congeladas (50 a 100 mg), utilizando uma lâmina de barbear limpa. </li><li> Colocar o tecido triturado em um tubo de microcentrífuga de 1,5 ml e adicionar 1 ml de tampão de lise de células, contendo 5 ul de solução de proteinase K (20 mg / ml). </li><li> Vortex completamente. </li><li> Incubar em 55 ° C Agitador ajustado a 250 rpm durante pelo menos 4 horas, de preferência durante a noite. </li><li> Adicionar 1 ml de RNase A solução (10 mg / ml) e inverter o tubo 25 vezes. </li><li> Incubar a 37 ° C durante 30 min. </li><li> Arrefecer até à temperatura ambiente, colocando em gelo durante 3 min. </li><li> Adicionar 333 ul solução de precipitação de proteínas e vortex vigorosamente. </li><li> Centrifugar a 14.000 rpm 10 min. As proteínas devem pellet. Se é muito pequeno pellet de vórtice, de novo, incubadas em gelo durante 5 min, e em seguida, re-centrífuga. </li><li> Decantar o sobrenadante contendo ADN num tubo limpo de centrífuga de 15 ml. </li><li> Adicionar um volume igual de isopropanol a 100% e misturar suavemente por inversão 50 vezes. </li><li> Centrifugar a 3500 rpm durante 3 min. </li><li> Elimine o sobrenadante. </li><li> Adicionar 1 ml de etanol a 70% e inverter tubo várias vezes para lavar o sedimento. </li><li> Transferir o sedimento lavado juntamente com o etanol, para um tubo de microcentrífuga de 1,5 ml. </li><li> Centrifugar a 14.000 rpm durante 5 min a 4 ° C. </li><li> Verter o etanol e inverter o tubo de ar seco (cerca de 5 a 30 min). </li><li> Ressuspender DNA pEllet em 50 a 500 ul de TE, dependendo do tamanho do DNA de ressuspensão. </li><li> Incubação opcional a 37 ° C para voltar a suspender o DNA. </li><li> Armazenar a 4 ° C, ou -20 ° C para armazenamento a longo prazo. </li></ol> 4. Linker Mediada por PCR usando DNA genômico de Tumores <table border="1"><tbody><tr><td> Nome do reagente </td><td> Companhia </td><td> Número de catálogo </td></tr><tr><td> BfaI </td><td> New England Biolabs </td><td> R0568S </td></tr><tr><td> NlaIII </td><td> New England Biolabs </td><td> R0125S </td></tr><tr><td> MinElute placas de 96 poços </td><td> Qiagen </td><td> 28051 </td></tr><tr><td> QIAvac colector de vácuo 96 </td><td> Qiagen </td><td> 19504 </td></tr><tr><td> Multi-microplaca Genie, 120V </td><td> Scientific Industries, Inc. </td><td> SI-4000 </td></tr><tr><td> DNA-ligase de T4 com tampão de ligação 5x </td><td> Invitrogen </td><html><td> 15224-041 </td></tr><tr><td> BamHI </td><td> New England Biolabs </td><td> R0136S </td></tr><tr><td> 25 mM de dNTPs </td><td> Bioexpress </td><td> C-5014-200 </td></tr><tr><td> Taq Platinum </td><td> Invitrogen </td><td> 10966-034 </td></tr><tr><td> FastStart DNA polimerase Taq </td><td> Roche </td><td> 12032929001 </td></tr><tr><td> Agarose </td><td> Promega </td><td> V3121 </td></tr><tr><td> Tampão TAE </td><td> Promega </td><td> V4271 </td></tr><tr><td> Tampão TE </td><td> Promega </td><td> V6232 </td></tr><tr><td> O brometo de etídio </td><td> Promega </td><td> H5041 </td></tr></tbody></table> Reagentes Tabela 3. Necessário. Seqüências Linker BfaI linker + 5 &#39;GTAATACGACTCACTATAGGGCTCCGCTTAAGGGAC 3&#39; BfaI vinculador-5 &#39;Phos-TAGTCCCTTAAGCGGAG 3&#39;NH2 &quot;&gt; Linker NlaIII + 5&#39;GTAATACGACTCACTATAGGGCTCCGCTTAAGGGACCATG 3 &#39; NlaIII linker-5 &#39;-Phos GTCCCTTAAGCGGAGCC 3&#39; Seqüências de primers Primária PCR frente lado direito (NlaIII): Spl IRDR R1 1 GCTTGTGGAAGGCTACTCGAAATGTTTGACCC Primária PCR frente do lado esquerdo (BfaI): Spl IRDR L1 1 CTGGAATTTTCCAAGCTGTTTAAAGGCACAGTCAAC Reversa PCR primário para o lado direita e esquerda: SPL Link1 um GTAATACGACTCACTATAGGGC PCR secundário lateral direito para a frente: Exemplo de um iniciador de código de barras Illumina secundário 5 &#39;AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTNNNNNNNNNNNNaGgtgtatgtaaacttccgacttcaa (A de N representa o código de barras 12 bp, a sequência em letras maiúsculas são necessários para a plataforma Illumina, e a sequência em letras minúsculas se ligará ao transposão.) PCR secundário frente do lado esquerdo: Exemplo de um código de barras secon Illuminainiciador dary 5&#39;AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTNNNNNNNNNNNNaAgtgtatgtaaacttccgacttcaa (A de N representa o código de barras 12 bp, a sequência em letras maiúsculas são necessários para a plataforma Illumina, e a sequência em letras minúsculas se ligará ao transposão.) Reversa PCR secundário para o lado direita e esquerda: primer aninhada vinculador reverso 5 &#39;CAAGCAGAAGACGGCATACGAGCTCTTCCGATCTAGGGCTCCGCTTAAGGGAC <ol><li> Hibridar a + e - ligantes para ambos os ligantes e linkers BfaI NlaII pela mistura de 50 ul de linker + (100 uM) com 50 ul de linker (100 uM) e adicionar 2 ul de NaCl (5 M), num tubo de microcentrífuga de 1,5 ml. Lugar no bloco de aquecimento de 95 ° C durante 5 min. Desligue o bloco de aquecimento e deixar arrefecer lentamente até à temperatura ambiente (isto demora uma hora ou mais). Após o arrefecimento, os ligantes recozido pode ser armazenado num congelador a -20 ° C até ser necessário. </li><li> Preparar duas alíquotas do ADN do tumor, cada um contendo alíquotas de 1 ug de DNA. Uma alíquota será digerido witha enzima de restrição que vai cortar perto do fim &quot;direito&quot; do transposon. A segunda alíquota será digerido com uma enzima de restrição que corta perto da extremidade &quot;esquerda&quot; do transposão. Isto é feito para maximizar as chances de ampliar cada local de inserção do transposon. </li><li> Digerir o ADN do tumor em uma alíquota usando o &quot;direito&quot; NlaII enzima lado, e digerir o ADN do tumor no outro alíquota usando o &quot;lado esquerdo&quot; do lado enzima BfaI: combinar 1 ul de enzima, 5 ul de tampão NEB 10x # 4, DNA ( 1 ug) e DDQ 2 O para um volume total de 50 ul. Digest de ADN durante a noite a 37 ° C em banho-maria ou incubadora. </li><li> Aquecer inactivar enzimas (BfaI = 80 ° C, durante 20 min, NlaIII = 65 ° C durante 20 min). </li><li> Limpar as amostras digeridas colocando as amostras em placas de 96 poços MinElute, colocar a placa no distribuidor de vácuo e de vácuo durante cerca de 15 min até poços aparência seca. </li><li> Retire a placa do colector de vácuo e inferior blot de placa de 96 poços com uma toalha de papel para remover todo o liquid </li><li> Adicionar 30 ul de DDH 2 O a cada poço e agitar num agitador orbital em conjunto elevado durante 2 minutos, ou pipetar para cima e para baixo, 20 a 40 vezes. </li><li> Transferir volume total em poços (30 ul) de MinElute placa de 96 poços em placas de 96 poços limpos. </li><li> Realizar reacções de ligação com ligantes de ADN digerido a partir do passo 4.8 e ligantes a partir do passo 4.1. Misturar 10 uL de ADN digerido, 4 uL de tampão de ligação 5x, 5,5 ul de linkers recozido (950 ug / ul), 0,5 ul de ligase de T4 (5 U / uL). </li><li> Incubar durante 4 horas a durante a noite a 16 ° C. </li><li> Aquecer inactivar a ligase de ADN de T4 a 65 ° C durante 10 min. </li><li> Limpar ligadura MinElute usando placas de 96 poços e um colector de vácuo, tal como descrito nos passos 4,5-4,6. </li><li> Ressuspender em 30 ul de H2O e transferir para uma placa de 96 limpa bem. </li><li> Realizar uma digestão do DNA segundo para destruir restante transposons concatamer. Isto é conseguido cortando o DNA de uma segunda vez usando uma enzima que corta o plasmídeo vector de ADN que foi usado para criar os ratinhos transgénicos que contêm o concatamer transposon. </li><li> Digest de DNA usando BamHI (lado esquerdo e direito): Mistura de 25 ul de DNA linker-ligado a partir do passo 4.13, 5 uL de tampão NEB 10x # 3, 0,5 ul BamHI (20 U / ul), 0,5 ul de BSA (10 mg / ml ), e 19 ul de DDH 2 O. </li><li> Digest 3-6 horas ou durante a noite a 37 ° C. </li><li> Realizar PCR primário, utilizando um iniciador específico para o transposão específico e um iniciador para o linker. Estes irão variar dependendo do que transposon e vinculador você está usando. Os iniciadores indicados na tabela acima iniciador de trabalho para o T2/Onc e T2/Onc2 transposons. </li><li> Primário PCR: 5 ul de tampão 10x, 2,0 ul de MgCl2 (50 mM), 4 uL dNTPs (2,5 nM), 1 ul de iniciador 1 (20 uM), 1 ul de iniciador 2 (20 mM), 0,25 ul de Platinum Taq (5 U / ul), 3 uL de ADN digerido com ligantes (quantidade pode variar), até 50 ul DDH 2 O. </li><li> Programa de PCR: 94 ° C por 5 min, 30 ciclos de 94 ° C durante 30 seg, 60 &amp; dpor exemplo, C durante 30 seg, 72 ° C durante 90 seg. Extensão final a 72 ° C durante 5 min. </li><li> Limpar PCR MinElute produto utilizando placas de 96 poços e um colector de vácuo, tal como descrito acima. </li><li> Ressuspender em 30 ul de H2O e transferir para uma placa de 96 limpa bem. </li><li> Fazer uma diluição 1:75 do 1 ° PCR por diluição de 2 ul de DNA a partir do passo 4,21 em 148 uL DDH 2 O </li><li> Realizar PCR secundária utilizando versões aninhados dos iniciadores que têm também a sequência necessária para a máquina GAIIx Illumina, bem como um código de barras 12 pares de bases que é único para cada amostra de tumor transformadas (ver tabela de primer acima para exemplos desses iniciadores). </li><li> Secundário PCR: 10 ul de tampão 10x com MgCl2, 8 uL dNTP (2,5 mM), 1 ul de código de barras Illumina iniciador secundário (20 uM), 1 ul Nest Illumina um iniciador secundário (20 uM), 0,25 ul FastStart Taq (5 U / uL ), 2 uL de ADN a partir de 1:75 primários de PCR diluído, até 100 ul DDH 2 O. </li><li> Programa de PCR: 94 °; C durante 2 min, 30 ciclos de 94 ° C durante 30 segundos, 53 ° C durante 45 seg, 72 ° C durante 90 seg. Extensão final a 72 ° C durante 5 min. </li><li> 45 ul de executar esta reacção de PCR num gel de agarose a 1% contendo brometo de etídio (0,5 ug / ml). Deve haver uma &quot;mancha&quot; de produtos de PCR que representam amplicons das inserções de transposões muitos diferentes no tumor (Figura 3). </li><li> Limpar restante 50 ul de produto de PCR MinElute usando placas de 96 poços e um colector de vácuo, tal como descrito acima. Lavar uma vez colocando 50 ul DDH 2 O nos poços e aspirar de novo. </li><li> Ressuspender em 30 ul de TE e transferido para uma placa de 96 limpa bem. </li><li> Determinar a concentração de ADN em cada amostra. Combinar iguais quantidades de DNA de um único tubo de microcentrífuga de 1,5 ml. Este será o da biblioteca que é sequenciado em uma única pista de um Illumina HiSeq 2000 máquina. É possível sequência de várias centenas de tumores em uma única pista de uma execução de Illumina. </li><li> Submetero único tubo que contém quantidades iguais de DNA de todos os tumores de sequenciação. Isto pode ser feito pela sua instituição ou comercialmente. </li></ol> 5. Análise de inserções de transposões <ol><li> Software para análise de transposon inserção de dados está disponível para download gratuito através do SourceForge ( <a href="http://sourceforge.net/projects/tapdancebio/" target="_blank">http://sourceforge.net/projects/tapdancebio/</a> ). O programa, chamado TapDance, requer o arquivo de seqüência a partir da plataforma Illumina e um código de barras para biblioteca de arquivo de texto mapa. </li></ol>

<ol><li>Fearon, E. R., Vogelstein, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+genetic+model+for+colorectal+tumorigenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A genetic model for colorectal tumorigenesis.</a> Cell. 61, 759-767 (1990).</li>
<li>Wood, L. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Genomic+Landscapes+of+Human+Breast+and+Colorectal+Cancers%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">The Genomic Landscapes of Human Breast and Colorectal Cancers.</a> Science. 318, 1108-1113 (2007).</li>
<li>Ivics, Z., Hackett, P. B., Plasterk, R. H., Izsvák, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+Reconstruction+of+Sleeping+Beauty%2C+a+Tc1-like+Transposon+from+Fish%2C+and+Its+Transposition+in+Human+Cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Molecular Reconstruction of Sleeping Beauty, a Tc1-like Transposon from Fish, and Its Transposition in Human Cells.</a> Cell. 91, 501-510 (1997).</li>
<li>Starr, T. K., Largaespada, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+gene+discovery+using+the+Sleeping+Beauty+transposon%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Cycle%22%5BJournal%5D)">Cancer gene discovery using the Sleeping Beauty transposon.</a> Cell Cycle. 4, 1744-1748 (2005).</li>
<li>Mueller, P. R., Wold, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+Vivo+Footprinting+of+a+Muscle+Specific+Enhancer+by+Ligation+Mediated+PCR%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">In Vivo Footprinting of a Muscle Specific Enhancer by Ligation Mediated PCR.</a> Science. 246, 780-786 (1989).</li>
<li>Bergemann, T. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+methods+for+finding+common+insertion+sites+and+co-occurring+common+insertion+sites+in+transposon-+and+virus-based+genetic+screens%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+acids+research%22%5BJournal%5D)">New methods for finding common insertion sites and co-occurring common insertion sites in transposon- and virus-based genetic screens.</a> Nucleic acids research. 40, 3822-3833 (2012).</li>
<li>Copeland, N. G., Jenkins, N. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Harnessing+transposons+for+cancer+gene+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Cancer%22%5BJournal%5D)">Harnessing transposons for cancer gene discovery.</a> Nature Reviews Cancer. 10, 696-706 (2010).</li>
<li>Collier, L. S., Carlson, C. M., Ravimohan, S., Dupuy, A. J., Largaespada, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+gene+discovery+in+solid+tumours+using+transposon-based+somatic+mutagenesis+in+the+mouse%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Cancer gene discovery in solid tumours using transposon-based somatic mutagenesis in the mouse.</a> Nature. 436, 272-276 (2005).</li>
<li>Starr, T. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+transposon-based+genetic+screen+in+mice+identifies+genes+altered+in+colorectal+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">A transposon-based genetic screen in mice identifies genes altered in colorectal cancer.</a> Science. 323, 1747-1750 (2009).</li>
<li>Keng, V. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+conditional+transposon-based+insertional+mutagenesis+screen+for+genes+associated+with+mouse+hepatocellular+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A conditional transposon-based insertional mutagenesis screen for genes associated with mouse hepatocellular carcinoma.</a> Nature. 27, 264-274 (2009).</li>
<li>Dupuy, A. J., Akagi, K., Largaespada, D. A., Copeland, N. G., Jenkins, N. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mammalian+mutagenesis+using+a+highly+mobile+somatic+Sleeping+Beauty+transposon+system%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Mammalian mutagenesis using a highly mobile somatic Sleeping Beauty transposon system.</a> Nature. 436, 221-226 (2005).</li>
</ol>

Os autores não têm nada a revelar.

Uma tela para a frente genética utilizando o sistema Sleeping Beauty transposon fornece um método para identificar mutações que causam câncer. Ao seleccionar o promotor adequado para controlar a recombinase Cre para além de quaisquer mutações de predisposição, a tela SB identificará conhecidos e novos genes de cancro candidatas. O sucesso de uma tela de SB é largamente dependente dos ratos seleccionados para criar a tela. Para o transposon, recomendamos o uso de duas difere...

<table border="1"><tbody><tr><td> Nome do reagente </td><td> Companhia </td><td> Número de catálogo </td><td> Comentários (opcional) </td></tr><tr><td> Seal-Claro Câmara de Indução </td><td> Cérebro Árvore Científico </td><td> EZ-177 </td><td></td></tr><tr><td> Criotubo </td><td> Bioexpress </td><td> C-3355-2 </td><td></td></tr><tr><td> Formol tamponado 10% </td><td> Sigma Aldrich </td><td> HT501128-4L </td><td></td></tr><tr><td> Solução Protein Precipitation </td><td> Qiagen </td><td> 158910 </td><td></td></tr><tr><td> Tampão de lise celular </td><td> Qiagen </td><td> 158906 </td><td></td></tr><tr><td> Proteinase K </td><td> Qiagen </td><td> 158920 </td><td></td></tr><tr><td> RNase A </td><td> Qiagen </td><td> 158924 </td><td></td></tr><tr><td> Tampão TE </td> &lt;td&gt; Promega </td><td> V6232 </td><td></td></tr><tr><td> BfaI </td><td> New England Biolabs </td><td> R0568S </td><td></td></tr><tr><td> NlaIII </td><td> New England Biolabs </td><td> R0125S </td><td></td></tr><tr><td> MinElute placas de 96 poços </td><td> Qiagen </td><td> 28051 </td><td></td></tr><tr><td> QIAvac colector de vácuo 96 </td><td> Qiagen </td><td> 19504 </td><td></td></tr><tr><td> Multi-microplaca Genie, 120V </td><td> Scientific Industries, Inc. </td><td> SI-4000 </td><td></td></tr><tr><td> DNA-ligase de T4 com tampão de ligação 5x </td><td> Invitrogen </td><td> 15224-041 </td><td></td></tr><tr><td> BamHI </td><td> New England Biolabs </td><td> R0136S </td><td></td></tr><tr><td> DNTPs 25mM </td><td> Bioexpress </td><td> C-5014-200 </td><td></td></tr><tr><td> Taq Platinum </td><td> Invitrogen </td><td&gt; 10966-034 </td><td></td></tr><tr><td> FastStart DNA polimerase Taq </td><td> Roche </td><td> 12032929001 </td><td></td></tr><tr><td> Agarose </td><td> Promega </td><td> V3121 </td><td></td></tr><tr><td> Tampão TAE </td><td> Promega </td><td> V4271 </td><td></td></tr><tr><td> Tampão TE </td><td> Promega </td><td> V6232 </td><td></td></tr><tr><td> O brometo de etídio </td><td> Promega </td><td> H5041 </td><td></td></tr></tbody></table>

identificação de<em&gt; a bela adormecida</em&gt; inserções de transposões em tumores sólidos utilizando linker mediada por pcr

Identification of Sleeping Beauty Transposon Insertions in Solid Tumors using Linker-mediated PCR

Genômica, proteômica análises, transcriptomic, e epigenômico de tumores humanos indicam que existem milhares de anomalias dentro de cada genoma do câncer em comparação com o tecido normal combinado. Com base nessas análises, é evidente que há muitos condutores não descobertas genéticas do câncer 1. Infelizmente esses drivers estão escondidos dentro de um número muito maior de anomalias de passageiros no genoma que não contribuem diretamente para a formação de tumor. Outro aspecto do genoma do cancro é que existe uma grande heterogeneidade genética considerável dentro semelhantes tipos de tumores. Cada tumor pode abrigar mutações diferentes que proporcionam uma vantagem seletiva para a formação do tumor 2. Realizando uma tela para a frente imparcial genética em ratos fornece as ferramentas para gerar tumores e analisar sua composição genética, além de reduzir o fundo de mutações de passageiros. The Sleeping Beauty (SB) sistema transposon é um tal método 3. O sistema utiliza o SB móvel vectors (transposons) que pode ser inserido por todo o genoma da enzima transposase. As mutações são limitados a um tipo de célula específico através da utilização de um alelo de transposase condicional que é activado pela recombinase Cre. Existem muitas linhas de ratinhos que expressa recombinase Cre em tecidos específicos. Ao cruzar uma dessas linhas para o alelo transposase condicional (por exemplo, pára--Lox Lox-SB11), o sistema de SB é activado apenas nas células que expressam Cre recombinase. A recombinase Cre vontade extirpar uma cassete de batente, que bloqueia a expressão do alelo de transposase, activando assim a mutagénese transposon dentro do tipo de célula designada. Uma tela de SB é iniciada por meio de cruzamento três estirpes de ratinhos transgénicos de modo a que os ratinhos experimentais portadores de um alelo transposase condicional, um concatamer de transposões, e um tecido específico de alelo recombinase Cre. Estes ratos são autorizados a idade até se formarem tumores e tornam-se moribundos. Os ratos são entãoDNA genómico necropsiados e é isolado a partir de tumores. Em seguida, o ADN genómico é submetido a linker mediada-PCR (LM-PCR), que resulta em amplificação de loci genómicos contendo um transposon SB. LM-PCR realizada sobre um único tumor vai resultar em centenas de amplicons distintas, representando as centenas de loci genómicos contendo inserções de transposões em um único tumor 4. As inserções de transposões, em todos os tumores são analisados ​​e locais de inserção comuns (CIS) são identificadas usando um método estatístico adequado 5. Genes dentro da CEI são altamente susceptíveis de ser oncogenes ou genes supressores de tumores, e são considerados genes de cancro candidatas. As vantagens de utilizar o sistema de SB para identificar genes candidatos cancerosas são: 1) o transposão pode ser facilmente localizado no genoma, porque a sua sequência é conhecida, 2) a transposição pode ser dirigido para quase qualquer tipo de célula e 3) o transposon seja capaz de introdução simultânea de ganho e perda de função-mutações 6. O following protocolo descreve a forma de conceber e realizar uma tela para a frente utilizando a genética SB sistema transposon para identificar genes candidatos cancro (Figura 1).

Após o regime de reprodução tiver sido estabelecida, os criadores devem produzir uma ninhada a cada 19-21 dias. Tamanho da ninhada pode variar entre 5 e 12 filhotes, dependendo da idade dos reprodutores e a base genética. Além disso, certifique-se de que o genótipo da ninhada segue genética mendeliana como uma forma para confirmar que o sistema de criação de animais é tanto correcta e bem sucedida. Para a experiência de ser bem sucedido, a incidência do tumor nos animais experimentais deve s...

Um método de identificação de condutores desconhecidos da carcinogénese, utilizando uma abordagem imparcial é descrito. O método utiliza o<em&gt; A Bela Adormecida</em&gt; Transposon como um mutagéneo aleatória dirigida a tecidos específicos. Mapeamento genómico de inserções de transposões que conduzem a formação de tumores identifica novos oncogenes e genes supressores tumorais

Identificação de<em&gt; A Bela Adormecida</em&gt; Inserções de transposões em tumores sólidos utilizando Linker mediada por PCR

Genomic, proteomic, transcriptomic, and epigenomic analyses of human tumors indicate that there are thousands of anomalies within each cancer genome ...

Este procedimento mostra como identificar novos oncogenes e genes supressores de tumor, mapeando a transposição em inserções no camundongo que impulsionam a formação do tumor. Isso é feito primeiro gerando e colhendo tumores do modelo de camundongo transgênico. As próximas etapas do procedimento são isolar o DNA tumoral, realizar PCR mediado por ligante, sequenciar as amostras de DNA amplificadas e analisar a transposição nas inserções.Em última análise, o procedimento identifica genes condutores de tumor candidatos. A principal vantagem de usar PCR mediada por ligante em conjunto com uma triagem genética imparcial usando transposons da beleza adormecida é que podemos identificar facilmente novos fatores genéticos do câncer. Sempre comece a dissecação borrifando o exterior do rato sacrificado com 70% de etanol.Os tecidos e tumores coletados devem ser divididos em quatro seções, de 50 a 100 miligramas de tamanho. Fixe uma seção em formina tamponada a 10% por 18 horas, seguida de etanol a 70%. Esta seção pode ser usada para coloração h e e e/ou imuno-histoquímica.Congele as seções restantes em nitrogênio líquido. Estes podem ser armazenados em um freezer e usados para D-N-A-R-N-A e i

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Research

JoVE Journal

Medicine

Medicina

O enriquecimento de gDNA para sequenciamento NGS é uma ferramenta fácil e poderosa para o estudo de mutações constitucionais. Neste artigo, apresentamos o procedimento para analisar de forma simples a sequência completa de 11 genes envolvidos no reparo de danos ao DNA.

gDNA Enriquecimento por uma tecnologia baseada em transposase para NGS Análise de toda a sequência de BRCA1, BRCA2 e 9 genes envolvidos na reparação de danos no DNA

Aqui descrevemos um protocolo eficiente e versátil para induzir, monitorar e analisar novos glioblastomas (GBM) usando DNA de transposon injetado nos ventrículos de camundongos neonatais. As células da zona subventricular, que absorvem o plasmídeo, transformam-se, proliferam e geram tumores com características histopatológicas do GBM humano.

Transposon Mediated Integração de DNA plasmídeo na zona subventricular de Neonatal Ratos para gerar modelos novela de Glioblastoma

Aqui, apresentamos um protocolo detalhado para identificar os eventos de recombinação homóloga que ocorreram em células-tronco embrionárias do mouse usando a mancha do Sul e/ou PCR. Este método é exemplificado pela geração de nonmuscle myosin II substituição genética rato modelos usando embrionária baseada em células-tronco homóloga mediada por recombinação segmentação tecnologia tradicional.

Identificação de eventos de recombinação homóloga em células-tronco embrionárias de camundongo usando Southern Blotting e reação em cadeia da polimerase

Aqui, apresentamos um protocolo para gerar clones de células de câncer que contém uma marca de sequência MS2 em um único subtelomere. Esta abordagem, baseando-se no sistema MS2-GFP, permite a visualização de transcrições endógenas de oligospermia repetição contendo RNA (TERRA) expressado de um único dos telômeros em células vivas.

Geração de Clones de células câncer Visualizar oligospermia Repeat-contendo RNA TERRA expressado de um único dos telômeros em células vivas

Este artigo descreve um método para identificar alterações clonais e subclonais entre diferentes espécimes de um determinado paciente. Embora os experimentos descritos aqui se concentrem em um tipo específico de tumor, a abordagem é amplamente aplicável a outros tumores sólidos.

Análise comparativa de lesões por meio de uma abordagem de sequenciamento direcionada

Este artigo esboça um ensaio PCR-baseado simples para monitorar a atividade de um Retrotransposão linha-1 ativo e para mapear retrotransposições de de novo em um genoma dado. Usando a linha celular MCF7, demonstramos aqui como esse método pode ser aplicado para detectar a atividade de uma linha-1 localizada em 22q 12.1.

Detecção de atividade de retrotransposição de Hot LINE-1s por PCR inverso de longa distância

Este trabalho predefine um protocolo avançado para avaliar com precisão o carregamento de tumores por meio da detecção de sinais de proteína fluorescente verde e bioluminescência, bem como a integração da técnica de detecção molecular quantitativa.

Estudando o câncer de mama triplo negativo usando modelo de câncer de mama ortotópico

Aqui apresentamos um protocolo para testar a eficácia de terapias-alvo selecionadas com base na composição genômica de um tumor. O protocolo descreve a identificação e validação de rearranjos estruturais de DNA, o enxerto dos tumores dos pacientes em camundongos e as respostas de teste a medicamentos correspondentes.

Testando terapias-alvo em câncer usando análise estrutural de alteração de DNA e xenoenxertos derivados do paciente

A microdissecção a laser (LMD) é uma técnica sensível e altamente reprodutível que pode ser usada para descobrir caminhos que mediam a heterogeneidade e invasão do glioma. Aqui, descrevemos um protocolo otimizado para isolar áreas discretas do tecido glioma usando LMD a laser seguido de análise transcritiva.

Microdissecção de Captura a Laser de Sub-regiões de Glioma para Caracterização Espacial e Molecular da Heterogeneidade Intratumoral, Oncostreams e Invasão

A utilização de um modelo de tumor autóctone imunocompetente conduzido por mutações comuns de pacientes para testes pré-clínicos é fundamental para testes imunoterapêuticos. Este protocolo descreve um método para gerar modelos de tumor cerebral em camundongos usando a entrega baseada em eletroporação de DNA plasmidial que representa mutações comuns em pacientes, fornecendo assim um modelo de camundongo preciso, reprodutível e consistente.

Modelando Tumores Cerebrais In Vivo Usando a Liberação Eletroporada de DNA Plasmidial Representando Assinaturas de Mutação de Pacientes

Aprenda a identificar oncogenes e genes supressores tumorais mapeando inserções de transposons Sleeping Beauty em tumores sólidos de camundongos usando PCR mediada por linker. Este método permite descobrir novos drivers genéticos do câncer.

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