Præsenteret her er en protokol til udførelse af Single-molekyle Förster Resonance energioverførsel til at studere HJ opløsning. To-farve alternerende excitation bruges til bestemmelse af dissociations konstanter. Enfarvet tidsforskydning smFRET påføres derefter i realtid spaltning assays for at opnå den pause tidsfordeling før HJ opløsning.