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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
O presente protocolo descreve o estudo das interações neutrófilo-biofilme. Os biofilmes de Staphylococcus aureus são estabelecidos in vitro e incubados com neutrófilos humanos derivados do sangue periférico. A resposta de explosão oxidativa dos neutrófilos é quantificada e a localização dos neutrófilos dentro do biofilme é determinada por microscopia.
Os neutrófilos são a primeira linha de defesa implantada pelo sistema imunológico durante a infecção microbiana. In vivo, os neutrófilos são recrutados para o local da infecção, onde usam processos como fagocitose, produção de espécies reativas de oxigênio e nitrogênio (ROS, RNS, respectivamente), NETosis (armadilha extracelular de neutrófilos) e degranulação para matar micróbios e resolver a infecção. Interações entre neutrófilos e micróbios planctônicos têm sido extensivamente estudadas. Tem havido interesses emergentes no estudo de infecções causadas por biofilmes nos últimos anos. Os biofilmes exibem propriedades, incluindo tolerância à matança por neutrófilos, distintas de suas contrapartes cultivadas em plâncton. Com o estabelecimento bem-sucedido de modelos de biofilme in vitro e in vivo , as interações entre essas comunidades microbianas com diferentes células imunes podem agora ser investigadas. Aqui, técnicas que usam uma combinação de modelos tradicionais de biofilme e ensaios de atividade de neutrófilos bem estabelecidos são adaptadas especificamente para estudar interações de neutrófilos e biofilmes. A microscopia de fluorescência de campo amplo é usada para monitorar a localização de neutrófilos em biofilmes. Esses biofilmes são cultivados em condições estáticas, seguidos pela adição de neutrófilos derivados do sangue periférico humano. As amostras são coradas com corantes apropriados antes da visualização ao microscópio. Além disso, a produção de EROs, que é uma das muitas respostas de neutrófilos contra patógenos, é quantificada na presença de um biofilme. A adição de células imunes a esse sistema estabelecido expandirá a compreensão das interações hospedeiro-patógeno, garantindo o uso de condições padronizadas e otimizadas para medir esses processos com precisão.
Um biofilme é uma comunidade de micróbios associados à superfície ou agregados não ligados envoltos em uma substância polimérica extracelular (EPS)1,2. Essas comunidades protegem os microrganismos envolvidos de estressores ambientais, incluindo a tolerância a agentes antimicrobianos e ao sistema imunológico3. Várias espécies microbianas patogênicas formam biofilmes que têm sido associados a infecções crônicas4. O desenvolvimento de biofilmes é um processo intrincado que envolve a fixação a superfícies, a produção de EPS, a proliferação celular, a estruturação do biofilme e o descolamento celular5. Uma vez que as células se dispersam para formar um biofilme, elas permanecem planctônicas ou se translocam para um novo substrato e reiniciam o desenvolvimento do biofilme6.
Staphylococcus aureus, um patógeno oportunista, segue um esquema geral de desenvolvimento de biofilme, incluindo fixação, proliferação, maturação e dispersão7. O processo de fixação em biofilmes de S. aureus é ditado por interações hidrofóbicas, ácidos teicóicos e componentes da superfície microbiana que reconhecem moléculas de matriz adesiva (MSCRAMMs)8,9. À medida que a proliferação de S. aureus começa, a EPS, que consiste principalmente em polissacarídeos, proteínas, DNA extracelular e ácidos teicóicos, é produzida5. À medida que os componentes da EPS são produzidos, várias exoenzimas e pequenas moléculas também são produzidas, contribuindo para a estrutura tridimensional do biofilme e auxiliando no descolamento5. S. aureus aproveita esse estilo de vida altamente coordenado para estabelecer várias infecções crônicas, incluindo infecções devido à permanência de dispositivos médicos10.
O S. aureus resistente à meticilina (MRSA) é uma das principais causas de infecções relacionadas a dispositivos médicos de demora, como cateteres venosos e urinários centrais, próteses articulares, marcapassos, valvas cardíacas mecânicas e dispositivos intrauterinos11. Durante essas infecções, os neutrófilos são as primeiras células imunes hospedeiras recrutadas para o local da infecção para combater patógenos por meio de múltiplas estratégias12. Estes incluem fagocitose, degranulação, produção reativa de espécies de oxigênio e nitrogênio (ROS/RNS) ou liberação de armadilhas extracelulares de neutrófilos (TNEs) para eliminar patógenos13.
A geração de EROs na fagocitose de micróbios é uma das principais respostas antimicrobianas exibidas pelos neutrófilos14. A fagocitose é aumentada se os micróbios forem revestidos de opsoninas, particularmente imunoglobulinas e componentes do complemento encontrados no soro15. Os micróbios opsonizados são então reconhecidos pelos receptores da superfície celular nos neutrófilos e engolfados, formando um compartimento chamado fagossomo15. Os neutrófilos geram e liberam EROs no fagossomo através da NADPH-oxidase associada à membrana16. Esse complexo enzimático multicomponente gera ânions superóxidos pela transferência de elétrons para oxigênio molecular16. Além disso, os neutrófilos também geram RNS através da expressão da óxido nítrico sintase induzível (iNOS)17. Esses radicais de alto superóxido e óxido nítrico dentro do fagossomo têm amplas atividades antimicrobianas. Podem interagir com centros metálicos em enzimas e danificar ácidos nucleicos, proteínas e membranas celulares do patógeno 18,19,20,21. Numerosos micróbios adotam um estilo de vida biofilme e empregam diferentes estratégias para evitar a morte por ROS22,23. Assim, ensaios padronizados que acoplam biofilmes com neutrófilos para quantificar ROS são benéficos para resultados consistentes.
Embora os ensaios, como a quantificação da produção de ROS de neutrófilos, forneçam informações sobre as respostas dos neutrófilos aos biofilmes, a capacidade de visualizar as interações dos neutrófilos dentro de um biofilme também pode servir como uma ferramenta poderosa. O uso de corantes fluorescentes para microscopia geralmente requer otimização para obter imagens de alta qualidade que podem ser usadas para análise de imagens microscópicas. A flexibilidade para otimizar algumas condições é limitada, pois os neutrófilos podem sofrer morte celular pós-isolamento. Além disso, os biofilmes são tipicamente lavados para remover a população planctônica da configuração experimental antes da adição de neutrófilos. Durante a lavagem, a variabilidade entre os biofilmes replicados pode surgir devido à perda de biomassa parcial se os biofilmes forem fracamente aderidos à superfície.
Em linhas gerais, os métodos atuais no campo para analisar as interações entre neutrófilos e biofilmes incluem principalmente microscopia, citometria de fluxo e enumeração de unidades formadoras de colônias (UFC)24,25,26,27. A microscopia envolve o uso de corantes que mancham diretamente os neutrófilos e biofilmes, ou visam várias respostas de neutrófilos contra micróbios, como formação de NET, degranulação e morte celular25,28. Um subconjunto dessas respostas, como morte celular de neutrófilos e degranulação, também pode ser analisado por citometria de fluxo, mas requer que os neutrófilos sejam preferencialmente não associados a grandes agregados de micróbios em um biofilme28,29. A citometria de fluxo também pode quantificar alguns parâmetros do biofilme, como a viabilidade celular27. Esses processos, no entanto, requerem ruptura da biomassa do biofilme e não seriam úteis para visualizar outras interações importantes, como a distribuição espacial dos neutrófilos e seus componentes dentro de um biofilme27,29,30.
O presente protocolo se concentra na adaptação de alguns dos métodos tradicionalmente utilizados para estudar as interações neutrófilo-biofilme em biofilmes que foram otimizados para fornecer variabilidade mínima durante o manuseio. Este protocolo, portanto, fornece métodos padronizados para cultivar e quantificar biofilmes, isolar neutrófilos humanos primários do sangue periférico, quantificar a produção de ROS e visualizar interações biofilme-neutrófilo via microscopia. Este protocolo pode ser adaptado a diferentes sistemas para entender as interações biofilme-neutrófilo, considerando a heterogeneidade entre os grupos de doadores.
Todos os procedimentos foram aprovados pelo Ohio State University Institutional Review Board (IRB) (2014H0154). O consentimento informado por escrito foi obtido de todos os doadores para coleta de sangue periférico para isolamento primário de neutrófilos humanos. Staphylococcus aureus (USA300 LAC)31 foi utilizado como organismo modelo para a realização dos experimentos. Os experimentos foram realizados com equipamentos de proteção individual (EPIs) adequados devido à exposição potencial a um patógeno transmitido pelo sangue.
1. Preparação de biofilme in vitro
2. Quantificação da biomassa de biofilme
3. Isolamento de neutrófilos
NOTA: Os neutrófilos foram isolados seguindo um método previamente publicado com pequenas alterações36. Este protocolo de isolamento combina primeiro a centrifugação do gradiente de densidade, seguida pela sedimentação de dextrano a 3%. Esta seção cobre apenas o protocolo geral de isolamento de neutrófilos, concentrando-se nas alterações feitas no protocolo publicado. Além disso, o protocolo descrito abaixo é um dos muitos métodos que podem isolar neutrófilos e podem ser substituídos conforme necessário. Outros métodos para isolar neutrófilos incluem o uso de meios de separação celular ou separação celular de anticorpos magnéticos37.
4. Medição de ROS produzidas por neutrófilos
5. Interações biofilme-neutrófilo por imagem
Os meios utilizados para o cultivo de biofilmes bacterianos influenciam a sobrevivência dos neutrófilos. Diferentes meios foram testados para reduzir o efeito dos meios isolados sobre a viabilidade dos neutrófilos para o estudo das interações neutrófilo-biofilme (Figura 1). Meios de crescimento bacteriano, como o caldo de soja tríptico, minimizam a viabilidade dos neutrófilos, de modo que ~60% dos neutrófilos estão vivos após um período de incubação de 30 minutos a 37 °C com 5% de CO2. Meios de cultura de células de mamíferos, como o MEMα, não afetam a viabilidade dos neutrófilos e apoiam o crescimento de biofilmes de S. aureus. De fato, o meio mínimo promove o crescimento robusto de biofilmes em outras bactérias46,47.
Para avaliar o efeito do meio sobre o crescimento do biofilme e a variabilidade na quantificação da biomassa de biofilme após a lavagem da biomassa para eliminar células planctônicas, um biofilme de S. aureus de 18 h foi cultivado em uma placa de 96 poços, com poços tratados ou não com poli-L-lisina. Um meio rico em nutrientes (Caldo de Soja Tríptico (TSB)) e mínimo (MEMα) foi utilizado como está ou suplementado com glicose a 2%. A biomassa de biofilme corada com CV revelou que o biofilme de S. aureus cultivado em MEMα suplementado com glicose a 2% produziu o biofilme mais robusto entre todos os meios testados (Figura 2A). Além disso, os biofilmes cultivados em poços pré-tratados com PLL contendo MEMα + 2% de glicose apresentaram menor variabilidade do que os biofilmes em poços não tratados com PLL contendo MEMα + glicose a 2%. Esses biofilmes apresentaram menor variabilidade na quantificação via ensaio CV35 e UFC/mL quando banhados após o manuseio preciso de biofilmes para quantificação de biomassa. Esses biofilmes contiveram, em média, 1 x 108 UFC/mL, como demonstrado pelo revestimento dos biofilmes em 3 dias distintos (Figura 2B). Este número é útil para determinar o número de neutrófilos a serem adicionados aos biofilmes para ensaios de funcionalidade de neutrófilos.
Para medir a produção de ROS por neutrófilos em resposta a biofilmes, os biofilmes de S. aureus foram cultivados estaticamente por 18-20 h em uma placa de 96 poços. Biofilmes foram então opsonizados e neutrófilos foram adicionados. A produção de EROs foi então medida por 60 min (Figura 3A). A área sob a curva é calculada a partir da curva cinética para quantificar a produção total de ROS por neutrófilos. Neutrófilos tratados com um agonista, como o PMA, usado como controle, mostram um aumento na produção de EROs. Na ausência de biofilmes, os neutrófilos tratados com PMA apresentaram produção robusta de EROs. Na presença de biofilme de S. aureus , a produção global de EROs por neutrófilos tratados com PMA diminuiu. Na ausência de PMA, os neutrófilos dependem exclusivamente de sua interação com o biofilme, o que reduz ainda mais a quantidade de EROs produzidas (Figura 3B).
Para visualizar as interações neutrófilo-biofilme usando microscopia de fluorescência, foi utilizada uma cepa de S. aureus que expressa GFP, corante Blue CMAC e homodímero etídio-1, que cora o citoplasma de células vivas e o DNA de células mortas, respectivamente. O biofilme de S. aureus foi cultivado por 18 h em um slide de 6 μ canais. Neutrófilos marcados com corante CMAC azul foram adicionados juntamente com homodímero de etídio-1 aos biofilmes lavados e incubados por 30 min a 37 °C com 5% de CO2 antes da imagem. A microscopia fluorescente de campo amplo revelou que muitos neutrófilos estavam localizados na superfície dos biofilmes de S. aureus, enquanto alguns estão dentro do biofilme (Figura 4A). A interação entre as células de S. aureus dentro dos neutrófilos também foi aparente (Figura 4C). A maioria das células de S. aureus que interagiam com neutrófilos (ciano) estava morta (magenta), enquanto algumas permaneciam vivas (amarelo), conforme determinado pela coloração de mortos-vivos (Figura 4C). Para comparação, os biofilmes de S. aureus que expressam GFP foram corados com homodímero etídio-1, o que revelou uma fração da população morta de S. aureus dentro do biofilme (Figura 4B). Neutrófilos não viáveis que foram positivos para homodímero de etídio-1 foram quantificados usando software de análise (ver Tabela de Materiais) após incubação com biofilmes de S. aureus. Aproximadamente 48% dos neutrófilos já estavam mortos dentro de 30 minutos da incubação com biofilme de S. aureus. Durante a otimização do protocolo de microscopia, avaliou-se também o efeito da lavagem do biofilme e dos neutrófilos após 30 min de incubação para remoção de neutrófilos não aderidos, revelando cerca de 33% de neutrófilos mortos ainda aderidos ao biofilme (Figura 4D).

Figura 1: O ensaio LIVE-DEAD compara a sobrevivência de neutrófilos entre os meios de crescimento bacterianos e mamíferos. Os neutrófilos foram isolados e incubados em HBSS, MEMα, TSB ou SDS a 0,1% por 30 min. A coloração LIVE-DEAD foi realizada usando Calcein AM (vivo) e homodímero etídio-1 (morto). A porcentagem de neutrófilos vivos foi determinada, onde os neutrófilos incubados com HBSS foram tratados como neutrófilos 100% vivos. Os resultados representam uma média de dois experimentos independentes realizados em triplicata, com neutrófilos obtidos de dois doadores diferentes. Os dados são apresentados como DP médio ± (*p < 0,05, ****p < 0,0001. ANOVA unidirecional). Por favor, clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 2: Quantificação da biomassa de biofilme em diferentes condições e contagem de viabilidade bacteriana de biofilmes cultivados nas condições otimizadas. (A) S. aureus foi semeado em uma placa de 96 poços revestida ou não revestida com poli-L-lisina (PLL). Os biofilmes foram cultivados em TSB, MEMα ou qualquer um dos meios suplementados com glicose a 2% em condições estáticas por 18 h. A coloração violeta cristal (CV) foi realizada para corar a biomassa do biofilme. A coloração CV eluída foi diluída à 1:10 e lida em um leitor de microplacas. Os resultados representam uma média de três experimentos independentes realizados em triplicado. Os dados são apresentados como média ± DP. O DP para cada grupo é mostrado na parte inferior para demonstrar a variabilidade das diferentes condições de crescimento do biofilme. (B) As contagens bacterianas de UFC foram obtidas a partir de biofilmes cultivados em meio otimizado (MEMα + glicose a 2%). Os biofilmes estáticos de 18 h foram submetidos ao mesmo número de lavagens seguidas de uma sonicação de 10 min para soltar a biomassa do biofilme e passaram por uma agulha 22G para interromper os agregados antes do revestimento. Os resultados representam três repetições realizadas em triplicata. Os dados são apresentados como média ± DP (ns = não significativo. ANOVA unidirecional). Por favor, clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 3: Quantificação da produção de EROs por neutrófilos via ensaio de quimioluminescência. (A) Os neutrófilos (PMN) foram incubados com biofilmes de S. aureus (BF) lavados com HBSS, seja na presença (triângulo cinza fechado) ou ausência (triângulo invertido cinza aberto) de PMA para medir a produção de ROS por neutrófilos. O luminol foi utilizado para detectar EROs a cada 3 min por 60 min em um leitor de microplacas. Enquanto os neutrófilos tratados com PMA na ausência de um biofilme (círculo preto fechado) serviram como um controle positivo, apenas os grupos neutrófilos (círculo preto aberto) e biofilme apenas (triângulo cinza aberto) serviram como controles negativos. Os dados representam uma média de dois experimentos independentes realizados em triplicado com neutrófilos obtidos de dois doadores diferentes. Os dados são apresentados como média ± DP. (B) A área sob a curva de (A) foi calculada para quantificar as EROs totais geradas pelos neutrófilos. Os dados são representados como média ± DP. (***p < 0,0001. ANOVA unidirecional). Por favor, clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 4: Visualização da interação entre o biofilme de S. aureus e neutrófilos utilizando microscopia de fluorescência de campo amplo. Neutrófilos marcados com corante CMAC azul (ciano) foram suplementados com homodímero-1 de etídio (magenta; morto) antes da incubação com um biofilme de S. aureus de 18 h (amarelo). As interações biofilme-neutrófilo foram fotografadas usando microscopia fluorescente de campo amplo e as imagens processadas usando um software de análise de imagens. Foram realizados experimentos com três doadores diferentes. Imagens representativas são apresentadas como (A) visão 3D do biofilme de S. aureus com neutrófilos vivos (cianos) e mortos (magenta; alguns indicados com setas brancas), (B) visão 3D de um biofilme de S. aureus na ausência de neutrófilos com S. aureus vivo expressando GFP (amarelo) ou S. aureus morto corado com homodímero-1 (magenta), (C) uma visão ortogonal de S. aureus e interação com neutrófilos, conforme representado pelos planos xy, yz e xz, e (D) quantificação da viabilidade dos neutrófilos na presença de biofilme de S. aureus após 30 minutos imediatamente (não lavado) ou após três rodadas de lavagens com HBSS para remover neutrófilos não aderidos (lavados). A morte celular de neutrófilos é apresentada como média ± DP (teste t de Student). A barra de escala indica 50 μm em (A) e (B) e 10 μm em (C). Por favor, clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Os autores não têm nada a revelar.
O presente protocolo descreve o estudo das interações neutrófilo-biofilme. Os biofilmes de Staphylococcus aureus são estabelecidos in vitro e incubados com neutrófilos humanos derivados do sangue periférico. A resposta de explosão oxidativa dos neutrófilos é quantificada e a localização dos neutrófilos dentro do biofilme é determinada por microscopia.
Este trabalho foi financiado pelo Instituto Nacional de Alergia e Doenças Infecciosas (R01AI077628) para DJW e um Prêmio de Desenvolvimento de Carreira da American Heart Association (19CDA34630005) para ESG. Agradecemos ao Dr. Paul Stoodley por nos fornecer a cepa USA 300 LAC GFP. Além disso, reconhecemos os recursos do Campus Microscopy and Imaging Facility (CMIF) e do OSU Comprehensive Cancer Center (OSUCCC) Microscopy Shared Resource (MSR), da Ohio State University. Também agradecemos a Amelia Staats, Peter Burback e Lisa Coleman, do laboratório Stoodley, pela realização de coletas de sangue.
| Irrigação com cloreto de sódio a 0,9%, USP | Baxter | 2F7124 | Livre de endotoxinas; Usado para isolamento de neutrófilos |
| Unidade de filtro de fluxo rápido de 150 mL | Thermo Scientific | 565-0020 | |
| Etanol de 200 provas | VWR | 89125-188 | |
| Seringa de 3 mL | BD | 309657 | Usado para coleta de sangue |
| Tubos de centrífuga cônicos de 50 mL | Seringa de 60 mL da Thermo Scientific 339652 | ||
| BD | 309653 | Usado para coleta de sangue | |
| Ágar | Fisher Biorreagentes | BP1423-2 | |
| Cotonete com álcool | BD | Usado para coleta de sangue | |
| Band-aids | Usado para coleta de sangue | ||
| BD Caldo de soja Bacto Tryptic | BD | DF0370-07-5 | Combine com 1,5% de ágar para fazer contador de células de ágar de soja tríptica |
| Bal Saupply | 202C | ||
| CellTracker azul CMCH | Invitrogen | C2111 | Blue CMAC Dye (BCD) |
| Placas de poliestireno de fundo plano de 96 poços | Costar | 3370 | |
| Gaze de algodão | Fisherbrand | 13-761-52 | Usado para coleta de sangue |
| Cristal violeta | Acros Organic | 40583-0250 | |
| Tubos de cultura | Fisherbrand | 14-961-27 | Vidro de borosilicato 13 x 100 mm |
| D-(+)- glicose | Sigma | G-8270 | |
| Dextran de Leuconostoc spp. | Sigma | 31392-250G | Usado para isolamento de neutrófilos |
| Solução salina tamponada com fosfato de Dulbecco (DPBS) 1x | Gibco | 14190-144 | |
| Etídio homodímero-1 | Invitrogen | L3224 B | |
| Ficoll-Paque mais | Cytiva | 17144003 | Usado para isolamento de neutrófilos (meio gradiente de densidade) |
| Solução salina balanceada de Hanks (HBSS) 1x | Corning cellgro | 21-022-CV | sem Hemacitômetro vermelho de cálcio, magnésio e fenol |
| Heparina Bright Line | |||
| Heparina | Novaplus | NDC 63323-540-57 | 1000 unidades USP/mL, Usado para coleta de sangue |
| IMARIS 9.8 | Oxford Instruments | Microscopia software de análise de imagem | |
| Luminol | Sigma | A8511-5G | |
| Minimal mídia essencial (MEM) Alpha 1x | Gibco | 41061-029 | |
| Agulha (23 G1) | BD | 305145 | Usado para coleta de sangue |
| Nikon Eclipse Ti2 | Nikon | ||
| NIS-Elements | Nikon | Quantificação de neutrófilos mortos Soro | |
| humano normal | Tecnologia de complemento | NHS | |
| Placa de Petri (100 x 15 mm) | VWR | 25384-342 | |
| solução de poli-L-lisina | do cloreto de sódio Sigma P4707-50ML | ||
| Phorbol 12-miristato 13 | Bioreagentes BP358-10 do cloreto de sódio Fisher usados para o software do isolamento SoftMax pro do neutrófilo Dispositivos moleculares Software do leitor de microplates usado para a aquisição de dados SpectraMax i3x|||
| Dispositivos Moleculares Leitor | de | microplacas | |
| Água estéril para irrigação, USP | Baxter | 2F7114 | Livre de endotoxinas; Usado para isolamento de neutrófilos |
| Conjunto de infusão com asas Surflo | Terumo | SC*19BLK | 19 G x 3/4", usado para coleta de sangue |
| Mancha azul de tripano (0,4%) | Gibco | 15250-061 | |
| Turnicado | Usado para coleta de sangue | ||
| Água destilada UltraPure | Invitrogen | 10977015 | |
| Placas opacas brancas de 96 poços | Falcon | 353296 | Placa de fundo plano e tratada para cultura |
| de tecidosμ-Slide VI 0,4 | Ibidi | 80601 | μ-canal |