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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Experimentos de aquecimento do solo em laboratório geralmente empregam duas ou mais temperaturas constantes em várias câmaras. Ao apresentar uma câmara ambiental sofisticada, fornecemos um método preciso de controle de temperatura para imitar a magnitude e amplitude da temperatura do solo in situ e melhorar o projeto experimental de estudos de incubação do solo.
O estudo do impacto do aquecimento nos solos requer uma representação realista e precisa da temperatura. Em estudos de incubação em laboratório, um método amplamente adotado tem sido renderizar temperaturas constantes em várias câmaras e, por meio de comparações de respostas do solo entre câmaras de baixa e alta temperatura, derivar o impacto do aquecimento nas mudanças do solo. No entanto, este método comumente usado não conseguiu imitar tanto a magnitude quanto a amplitude das temperaturas reais observadas em condições de campo, potencialmente minando a validade de tais estudos. Com câmaras ambientais sofisticadas se tornando cada vez mais disponíveis, é imperativo examinar métodos alternativos de controle de temperatura para pesquisa de incubação do solo. Este protocolo introduzirá uma câmara ambiental de última geração e demonstrará métodos convencionais e novos de controle de temperatura para melhorar o projeto experimental de incubação do solo. O protocolo compreende principalmente quatro etapas: monitoramento e programação de temperatura, coleta de solo, incubação laboratorial e comparação do efeito de aquecimento. Um exemplo será apresentado para demonstrar diferentes métodos de controle de temperatura e os cenários de aquecimento contrastantes resultantes; ou seja, um projeto de temperatura constante referido como aquecimento gradual (SW) e um projeto de temperatura in situ simulado como aquecimento gradual (GW), bem como seus efeitos na respiração do solo, biomassa microbiana e atividades enzimáticas extracelulares. Além disso, apresentamos uma estratégia para diversificar os cenários de mudança de temperatura para atender às necessidades específicas de pesquisa sobre mudanças climáticas (por exemplo, calor extremo). O protocolo de controle de temperatura e os cenários recomendados de mudança de temperatura bem adaptados e diversificados ajudarão os pesquisadores a estabelecer experimentos confiáveis e realistas de incubação do solo em laboratório.
Espera-se que a temperatura da superfície global aumente este século em 1,8-6,4 °C 1,2. O aquecimento global pode aumentar o fluxo de CO2 do solo para a atmosfera, resultando em feedback positivo com o aquecimento 3,4,5,6. Como as comunidades microbianas desempenham um papel crítico na regulação das respostas respiratórias do solo ao aquecimento7,8, as mudanças na respiração microbiana e os mecanismos microbianos subjacentes com o aquecimento têm sido um foco de pesquisa. Embora os experimentos de aquecimento do solo implantados na condição de campo, através de um cabo de aquecimento 9 e uma câmara de topo aberto10, tenham sido vantajosos na captura de características naturais do solo, como a temperatura11, seu alto custode instalação e manutenção limitou sua aplicação. Alternativamente, experimentos de incubação de solo sujeitos a diferentes temperaturas são uma escolha favorável. A principal vantagem da incubação do solo em laboratório é que as condições ambientais bem controladas (por exemplo, temperatura) são capazes de desembaraçar o efeito de um fator de outros fatores de confusão em um ambiente experimental de campo12,13. Apesar das diferenças entre a câmara de crescimento e os experimentos de campo (por exemplo, crescimento de plantas), a tradução dos resultados de laboratório para o campo está prontamente disponível14. A incubação de amostras de solo em um ambiente de laboratório poderia ajudar a melhorar nossa compreensão mecanicista da resposta do solo ao aquecimento15.
Nossa revisão da literatura identificou vários métodos de controle de temperatura e, consequentemente, modos distintos de mudança de temperatura em estudos anteriores de incubação do solo (Tabela 1). Primeiro, os instrumentos usados para controlar a temperatura são principalmente através de uma incubadora, câmara de crescimento, banho de água e, em um caso raro, cabo de aquecimento. Diante desses instrumentos, três padrões típicos de mudança de temperatura foram gerados (Figura 1). Estes incluem o modo mais implementado, temperatura constante (CT), mudança linear (LC) com uma taxa de mudança de temperatura constante diferente de zero e mudança não linear (NC) apresentada com um tipo diurno de temperatura. Para um caso de padrão de TC, a temperatura pode variar em magnitude ao longo do tempo, embora a temperatura constante permaneça por um determinado período de tempo durante a incubação (Figura 1B). Para LC, a taxa de mudança de temperatura pode variar em diferentes estudos em mais de duas ordens de magnitude (por exemplo, 0,1 °C/dia vs. 3,3 °C/h; Tabela 1); Para os casos de NC, a maioria se baseou na capacidade intrínseca dos instrumentos utilizados, levando a vários modos. Apesar disso, um tipo de mudança de temperatura diurna foi reivindicada através de um cabo de aquecimento ou incubadora16,17; no entanto, as temperaturas da câmara nesses experimentos não foram validadas. Outros resultados importantes da revisão na Tabela 1 incluem a faixa de temperatura de incubação de 0-40 °C, com a maioria entre 5-25 °C; a duração dos experimentos variou de algumas horas (<1 dia) a quase 2 anos (~ 725 dias). além disso, solos submetidos incubações foram coletados de ecossistemas florestais, pastagens e terras agrícolas, com horizonte mineral dominante, orgânico até mesmo solo contaminado, localizados principalmente nos eua, china europa (Tabela 1).
Dados os três principais modos de mudança de temperatura, vários cenários distintos de aquecimento alcançados nos estudos anteriores foram resumidos na Tabela 2. Eles incluem aquecimento gradual (SW), SW com magnitude variável (SWv), aquecimento gradual linearmente (GWl), aquecimento gradual não linear (GWn) e aquecimento gradual diurno (GWd).
Em resumo, incubações de solo passadas geralmente capturavam a temperatura média do ar ou do solo em um local. Em muitos casos, como mostra a Tabela 1, incubadoras ou câmaras foram programadas manualmente a uma temperatura fixa, mas incapazes de ajustar automaticamente a temperatura conforme desejado, sem a capacidade de controlar o modo e a taxa de mudança de temperatura com o tempo (Eq. 1) e, assim, levando à dificuldade de imitar a temperatura diurna do solo local. Por outro lado, embora tentado em dois experimentos16,17, não identificamos estudos que imitassem explicitamente o aquecimento gradual diurno (GWd) em seus experimentos de incubação (Tabela 1). Com base na revisão da literatura, o principal obstáculo reside no mau desenho experimental, particularmente na falta de um instrumento sofisticado que permita a implementação e validação de cenários de aquecimento diurno ou outros cenários de aquecimento gradual.
(Eq. 1)
Onde ΔT é a quantidade de mudança de temperatura, m é o modo de mudança de temperatura, r é a taxa de mudança de temperatura e t é a duração da mudança.
Para melhorar o rigor experimental na incubação do solo, um método de controle de temperatura preciso e sofisticado é apresentado neste estudo. Adotando uma câmara ambiental de última geração, cada vez mais disponível e economicamente viável, o novo projeto deve não apenas permitir a simulação precisa da temperatura do solo in situ (por exemplo, padrão diurno), mas também, ao contabilizar possíveis extremos de mudança de temperatura, fornecer uma maneira confiável de minimizar os artefatos do viés instrumental. O atual projeto de incubação do solo deve ajudar os pesquisadores a identificar estratégias ideais que atendam às suas necessidades de incubação e pesquisa. O objetivo geral deste método é apresentar aos biogeoquímicos do solo uma abordagem altamente operacional para reformar o projeto de incubação do solo.
1. Monitoramento e programação de temperatura
2. Coleta e homogeneização do solo
3. Incubação laboratorial
4. Comparação do efeito de aquecimento
As câmaras de última geração selecionadas replicaram a temperatura alvo com alta precisão (Figura 2A,B,E,F) e atenderam aos requisitos técnicos do experimento de incubação. Dada a facilidade de uso e operação, isso significou a técnica para melhorar a simulação de temperatura em estudos de aquecimento do solo e em outras aplicações, como estudos de plantas. O procedimento foi empregado em nosso recente estudo de caso baseado em uma terra de cultivo de switchgrass em Middle-Tennessee.
Os resultados da pesquisa mostraram que, em relação ao tratamento controle, o aquecimento levou a perdasrespiratórias significativamente maiores (R s e R c) em ambos os cenários de aquecimento (SW e GW), e GW dobrou a perda respiratória induzida pelo aquecimento (Rc) em relação ao SW, 81% vs. 40% (Figura 3). No dia 42, o MBC e o EEE também foram significativamente diferentes entre SW e GW, de modo que o MBC foi maior no SW do que no GW (69% vs. 38%; Figura 4) e glicosidases e peroxidase (por exemplo, AG, BG, BX, CBH, NAG, AP, LAP) foram significativamente maiores em GW do que em cenários de SW (Figura 5).

Figura 1: A ilustração do modo de mudança de temperatura em um experimento de aquecimento do solo conforme conceituado a partir da Tabela 1. (A) Temperatura constante (TC) adotada pela maioria dos estudos. (B) Temperatura constante com magnitude variável (CTv). (C,D) Variação linear (CL) com taxas positivas e negativas. (E,F) Alteração não linear (CP) com padrão irregular e padrão diurno. Por favor, clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 2: Temperatura direcionada através da programação e temperatura da câmara durante um período de ensaio de 24 horas. (A,B) Temperatura alvo (linha cinzenta) e registos de temperatura da câmara (linha tracejada) sob controlo e tratamentos de aquecimento do aquecimento gradual (SW); (C,D) Temperatura alvo (linha cinzenta) e registos de temperatura da câmara (linha tracejada) sob controlo e tratamentos de aquecimento de aquecimento gradual (GW); (E, F) A diferença de temperatura derivada para registros nos painéis C e D. Por favor, clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 3: Taxa de respiração cumulativa média (± SE) do solo (Rc, μg CO2-C·g solo-1) sob tratamentos de controle (oco) e aquecimento (escuro) em SW e GW em um experimento de incubação desolo de 42 dias. As inserções mostram taxas de respiração do solo (R s, μg CO2-C·h-1·g solo-1) aplicadas para estimar a respiração cumulativa, assumindo que R s foi constante até a medida seguinte. (A) Aquecimento gradual (SW) e (B) aquecimento gradual (GW). N = 4 em cada coleção. Por favor, clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 4: Média (± SE) de CBM sob controle e tratamentos de aquecimento em SW e GW em um experimento de incubação de solo de 42 dias. MBC = carbono da biomassa microbiana; N = 4 em cada coleção. S denota efeito significativo do cenário de aquecimento (SW vs. GW), a p < 0,05, com base em uma ANOVA de medidas repetidas de três vias. Por favor, clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 5: Glicosidases médias (± SE) e peroxidase (μmol atividade h-1·gsolo-1) sob controle e tratamentos de aquecimento em SW e GW em um experimento de incubação de 42 dias. BX =β1,4-xilosidase; AP = fosfatase ácida; LAP = Leucina Aminopeptidase; NAG =β-1,4-N-acetil-glucosaminidase; OX = Enzimas oxidativas; PHO = Fenol oxidase; POR = Peroxidase. N = 4 em cada coleção. S denota efeito significativo do cenário de aquecimento (SW vs. GW), a p < 0,05, com base em uma ANOVA de medidas repetidas de três vias. Por favor, clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Tabela 1: Revisão da literatura de métodos de controle de temperatura e modos de mudança de temperatura em estudos de incubação de solo 12,13,16,17,20,21,22,23,24,25,2 6,27,28,29, 30,31,32,
33,34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,50, 51 anos,
52,53,54,55,56,57,58,59,60,61,62.
No total, 46 estudos foram incluídos na revisão. Por favor, clique aqui para baixar esta Tabela.
Tabela 2: Principais modos de mudança de temperatura e os cenários de aquecimento correspondentes com base em uma revisão da literatura (Tabela 1). Cinco modos e cenários foram estabelecidos para representar uma ampla gama de possíveis mudanças de temperatura e condições de aquecimento. Por favor, clique aqui para baixar esta Tabela.
O autor não tem nada a revelar.
Experimentos de aquecimento do solo em laboratório geralmente empregam duas ou mais temperaturas constantes em várias câmaras. Ao apresentar uma câmara ambiental sofisticada, fornecemos um método preciso de controle de temperatura para imitar a magnitude e amplitude da temperatura do solo in situ e melhorar o projeto experimental de estudos de incubação do solo.
As fontes de financiamento usadas para apoiar a pesquisa incluem um HBCU−EiR (No. 1900885) da National Science Foundation (NSF) dos EUA, um Programa Sabático de Pesquisa da Faculdade do Departamento de Agricultura dos EUA (USDA) (ARS) de 1890 (No. 58-3098-9-005), uma bolsa do USDA NIFA (No. 2021-67020-34933) e uma Bolsa Evans-Allen do USDA (Nº 1017802). Agradecemos a assistência recebida dos membros da equipe do Centro de Pesquisa e Extensão Agrícola do Campus Principal da TSU (AREC) em Nashville, Tennessee.
| Seringa de 10 mL | Fisher Scientific | 14-826-13 | para medição da respiração do solo |
| Composer Software | TestEquity | Modelo #107 | para configuração da temperatura de incubação |
| Câmara ambiental | TestEquity | Modelo #107 | para incubação do solo |
| Analisador ambiental de gases | Sistemas PP | EGM5 | para medição |
| Papel de filtro | Fisher Scientific | 1005-125 | para incubação do solo |
| Frasco de pedreiro | Ball | 15381-3 | para incubação do solo |
| Forno | Fisher Scientific | 15-103-0520 | para medição da umidade do solo |
| Saco de armazenamento de vedação com zíper de plástico | Fisher Scientific | 09-800-16 | para coleta de solo |
| Leitor de placas | Dispositivos moleculares | FilterMax F5 | para análise de enzimas extracelulares do solo |
| R Software | The R Foundation | R versão 4.1.3 (2022-03-10) | Para computação estatística |
| Geladeira/Freezer | Fisher Scientific | 13-991-898 | para armazenamento de solo |
| Chave de fenda | Fisher Scientific | 19-313-447 | para coleta de solo |
| Sharpie | Fisher Scientific | 50-111-3135 | para coleta de solo |
| Peneira Fisher | Scientific | 04-881G | para peneirar amostras de solo |
| Silicone Septa | Duran Wheaton kimble | 224100-070 | para potes de pedreiro usados para incubação de solo |
| Trado de solo | AMS | 350.05 | para coleta de solo |
| SpecWare Software | Spectrum Technologies | WatchDog E2700 (3340WD2) | para configuração de intervalo de coleta de temperatura |
| Sonda de temperatura | Spectrum Technologies | WatchDog E2700 (3340WD2) | para temperatura do solo analisador |
| de TOC/TN | para mediçõesShimadzu | TOC-L series | para análise de biomassa microbiana do solo |