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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Este protocolo descreve uma plataforma de cultura celular baseada em membrana reconfigurável que integra o formato de poço aberto com recursos de fluxo de fluido. Esta plataforma é compatível com protocolos padrão e permite transições reversíveis entre os modos de cultura de poço aberto e microfluídica, acomodando as necessidades dos laboratórios de engenharia e biociências.
Sistemas microfisiológicos são plataformas de cultura celular miniaturizadas usadas para mimetizar a estrutura e função de tecidos humanos em laboratório. No entanto, essas plataformas não ganharam ampla adoção em laboratórios de biociências, onde abordagens baseadas em membranas de poço aberto servem como padrão-ouro para mimetizar barreiras teciduais, apesar de não terem capacidade de fluxo de fluidos. Esse problema pode ser atribuído principalmente à incompatibilidade dos sistemas microfisiológicos existentes com protocolos e ferramentas padronizadas desenvolvidas para sistemas de poço aberto.
Aqui, apresentamos um protocolo para a criação de uma plataforma reconfigurável baseada em membrana com uma estrutura de poço aberto, capacidade de aumento de fluxo e compatibilidade com protocolos convencionais. Este sistema utiliza uma abordagem de montagem magnética que permite a comutação reversível entre os modos de poço aberto e microfluídico. Com essa abordagem, os usuários têm a flexibilidade de iniciar um experimento no formato de poço aberto usando protocolos padrão e adicionar ou remover recursos de fluxo conforme necessário. Para demonstrar o uso prático desse sistema e sua compatibilidade com técnicas padrão, uma monocamada de células endoteliais foi estabelecida em um formato de poço aberto. O sistema foi reconfigurado para introduzir fluxo de fluido e, em seguida, mudou para o formato de poço aberto para conduzir a imunomarcação e extração de RNA. Devido à sua compatibilidade com protocolos convencionais de poço aberto e capacidade de aumento de fluxo, espera-se que este projeto reconfigurável seja adotado por laboratórios de engenharia e biociências.
As barreiras vasculares servem como uma interface crítica que separa o compartimento sanguíneo do tecido circundante. Desempenham papel fundamental na preservação da homeostase, atraindo células imunes, controlando a permeabilidade molecular e blindando contra a intrusão de patógenos no tecido 1,2. Modelos de cultivo in vitro têm sido desenvolvidos para mimetizar o microambiente in vivo, permitindo investigações sistemáticas sobre os fatores e condições que afetam as propriedades de barreira tanto em estados saudáveis quanto doentes 3,4.
A abordagem mais utilizada para tais modelos de cultura é a configuração Transwell-like "open-well"5, onde uma membrana de cultura porosa e condicionada por trilhos separa compartimentos preenchidos por meios (Figura 1A). Neste formato, as células podem ser semeadas em ambos os lados da membrana, e uma ampla gama de protocolos experimentais foi desenvolvida. No entanto, esses sistemas são limitados em sua capacidade de fornecer os fluxos de fluidos essenciais para suportar a maturação da barreira e mimetizar a circulação de células imunes observadas in vivo 5,6. Consequentemente, não podem ser utilizados para estudos que necessitem de fluxos dinâmicos que introduzam doses de fármacos, estimulação mecânica ou tensões de cisalhamento induzidas por fluidos 6,7,8.
Para superar as limitações dos sistemas de poço aberto, plataformas microfluídicas que combinam membranas de cultura porosas com canais fluídicos endereçáveis individualmente foram desenvolvidas9. Essas plataformas oferecem controle preciso sobre o roteamento de fluidos, perfusão e introdução de compostos químicos, estimulação de cisalhamento controlada e capacidade de adição dinâmica de células 7,10,11,12,13. Apesar das capacidades avançadas proporcionadas pelas plataformas microfluídicas, elas não têm sido amplamente adotadas nos laboratórios de biociências devido aos complexos protocolos microfluídicos e sua incompatibilidade com fluxos de trabalho experimentais estabelecidos4,10,14.
Para preencher a lacuna entre essas tecnologias, apresentamos um protocolo que emprega um sistema baseado em módulos reconfigurável magneticamente. Este sistema pode ser facilmente alternado entre os modos de poço aberto e microfluídico com base nas necessidades específicas do experimento. A plataforma possui um dispositivo de poço aberto, conhecido como m-μSiM (sistema microfisiológico modular habilitado por uma membrana de silício), com uma membrana de cultura de 100 nm de espessura (nanomembrana). Esta nanomembrana possui alta porosidade (15%) e transparência semelhante a vidro, como ilustrado na Figura 1B. Ele separa fisicamente o compartimento superior de um canal inferior, permitindo o transporte molecular através de escalas de comprimento fisiológico15. Ao contrário das membranas convencionais gravadas por trilhos, que têm desafios conhecidos na obtenção de imagens de células vivas com imagens de campo claro, as propriedades ópticas e físicas favoráveis da nanomembrana permitem a visualização clara das células em ambos os lados da superfície da membrana 15,16,17.
O presente protocolo descreve a fabricação de módulos especializados de semeadura e fluxo e explica a reconfiguração magnética da plataforma. Isso demonstra como a plataforma pode ser empregada para estabelecer barreiras endoteliais em condições estáticas e dinâmicas. Esta demonstração revela que as células endoteliais alinham-se ao longo da direção do fluxo, com uma upregulation de alvos gênicos sensíveis ao cisalhamento sob estimulação de cisalhamento.
Este projeto pode ser usado em vários modos com base em requisitos experimentais e nas preferências do usuário final. Antes de cada experimento, consulte o fluxograma de decisão apresentado na Figura 2 para determinar as etapas e módulos necessários para o protocolo. Por exemplo, se o usuário pretende manter o formato de poço aberto durante um experimento para compará-lo diretamente com o sistema do tipo Transwell, o estêncil de padronização não é necessário para a semeadura de células. O módulo central está disponível comercialmente (consulte Tabela de Materiais), e a nanomembrana ultrafina pode ser selecionada de uma biblioteca de materiais com diferentes porosidades e tamanhos de poros para atender às necessidades experimentais.
1. Fabricação do estêncil de padronização
NOTA: O estêncil de padronização serve para posicionar as células exclusivamente na região porosa do chip de membrana, impedindo que as células se instalem na camada de silício circundante, onde poderiam sofrer danos após a adição do módulo de fluxo16 (consulte a Figura 3). Danos à monocamada podem afetar adversamente a integridade da barreira e comprometer os resultados experimentais. O estêncil é desnecessário em uma cultura aberta e estática, pois não há risco de danos.
2. Fabricação do módulo de fluxo
NOTA: O módulo de fluxo compartilha uma pegada semelhante com o poço em forma de trevo do módulo central e inclui um microcanal moldado (largura = 1,5 mm, altura = 0,2 mm, comprimento = 5 mm). A forma do trevo auxilia no alinhamento do canal sobre a região de cultura porosa (Figura 5).
3. Fabricação de carcaças de acrílico inferior e superior
NOTA: O módulo principal se encaixa na carcaça inferior. A atração entre ímãs embutidos nas carcaças comprime e sela o módulo de fluxo para o módulo central (Figura 6).
4. Fabricação do circuito de fluxo
NOTA: O circuito de fluxo em circuito fechado contém dois frascos de coleta de amostras como reservatórios (Figura 7). O reservatório de entrada possui um filtro de difluoreto de polivinilideno (PVDF) para permitir que o meio celular se equilibre com a concentração de CO2 na incubadora.
5. Semeadura celular
NOTA: Semelhante às inserções de membrana convencionais, diferentes tipos de células podem ser cultivados na nanomembrana. Um tipo celular secundário também pode ser co-cultivado do outro lado da membrana no canal inferior15.
6. Reconfiguração para modo microfluídico
7. Realização de análise a jusante em formato de poço aberto após a introdução do fluxo
NOTA: O tempo de cultura aqui depende dos objetivos experimentais. Os usuários podem realizar análises a jusante (por exemplo, imunocitoquímica, extração de RNA) nos formatos de poço aberto ou microfluídico com base em sua preferência. Por exemplo, se preferir um formato de poço aberto, o sistema deve ser reconfigurado para conduzir ensaios baseados em protocolos padrão16,19.
O módulo central de poço aberto é inicialmente posicionado dentro de uma cavidade específica criada por uma carcaça inferior e uma lamínula, como ilustrado na Figura 6A. Posteriormente, o módulo de fluxo, que inclui um microcanal e portas de acesso, é inserido no poço do módulo principal. O módulo de fluxo é selado firmemente contra a camada de suporte de silício da membrana devido à força de atração magnética entre os ímãs embutidos nas carcaças inferior e superior, conforme ilustrado na Figura 6B. Para avaliar a eficácia desse mecanismo de travamento magnético, foi realizado um ensaio de pressão de ruptura, demonstrando que o sistema pode suportar pressões sem saída de até 38,8 ± 2,4 kPa. Essa tolerância à pressão excede significativamente as pressões de operação típicas encontradas em aplicações de cultura de células. Além disso, o sistema permanece livre de vazamentos quando submetido a vazões de até 4000 μL/min, o que equivale a uma tensão de cisalhamento de 74 dinas/cm2 na região de cultivo16.
Ao desenvolver uma plataforma que possa alternar entre os modos de poço aberto e microfluídico, deve-se considerar cuidadosamente a abordagem de semeadura celular, que não é tipicamente uma preocupação para plataformas estáticas convencionais de poço aberto16. Danos à monocamada ao redor do limite do canal poderiam introduzir complicações nos resultados experimentais20. Para resolver essa questão, foi projetado um estêncil removível que se encaixa no poço aberto do módulo central e fornece uma janela específica para que as células se depositem preferencialmente na superfície da membrana (Figura 3). Uma vez que a monocamada celular é padronizada e atinge a confluência, o usuário tem a flexibilidade de continuar o experimento no formato de poço aberto ou reconfigurar a plataforma em modo microfluídico para expor a monocamada celular à tensão fisiológica de cisalhamento (Figura 3). O mecanismo de travamento magnético fornece a capacidade de alternar facilmente entre os formatos de poço aberto e microfluídico, conforme necessário. Por exemplo, o dispositivo pode ser revertido para o formato de poço aberto após uma estimulação de fluxo, oferecendo aos usuários a flexibilidade de conduzir uma variedade de ensaios (como imunomarcação, extração de RNA e medidas de permeabilidade molecular) usando protocolos experimentais padrão15,16.
No cenário fisiológico do corpo humano, a barreira vascular é exposta ao estresse de cisalhamento induzido pelo fluxo, que serve como uma pista biofísica fundamental que afeta a estrutura e a função da barreira 5,21,22. Assim, a adição de fluxo de fluidos em sistemas microfisiológicos é um requisito fundamental. Para demonstrar a versatilidade da plataforma, uma monocamada HUVEC foi estabelecida em um formato de poço aberto usando protocolos padrão. Após 24 h de cultura estática, a plataforma foi reconfigurada em modo microfluídico para expor a monocamada celular a tensões de cisalhamento de 10,7 dinas/cm2 por 24 horas. Os resultados indicaram que as células cultivadas sob fluxo alinharam-se ao longo da direção do fluxo, enquanto as células cultivadas sem fluxo permaneceram aleatoriamente orientadas (Figura 8A,B). Após estimulação por cisalhamento, a plataforma foi reconfigurada para o formato de poço aberto para extração de RNA utilizando protocolos padrão. Os resultados indicaram que a exposição das células ao shear stress resultou na suprarregulação do fator Kruppel-like 2 (KLF2) e da óxido nítrico sintase endotelial (eNOS), que desempenham funções críticas como funções antitrombóticas e ateroprotetoras em vasos sanguíneos saudáveis 23,24 (Figura 8C).

Figura 1: Comparação de modelos de barreira vascular in vitro . Ilustração esquemática de (A) pastilhas convencionais do tipo Transwell e (B) do poço aberto m-μSiM. Imagens de campo brilhante de uma monocamada HUVEC confluente destacam a diferença na qualidade de imagem de campo brilhante entre uma membrana gravada em trilha e uma nanomembrana ultrafina. Barras de escala = 100 μm. Adaptado de Mansouri et al.16. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 2: Fluxograma de tomada de decisão. Um fluxograma baseado nas necessidades experimentais e preferências de análise a jusante. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 3: Fluxo de trabalho experimental da plataforma. (A) Para posicionar diretamente as células na membrana porosa, um estêncil padrão removível é inserido no poço do módulo central (o inset mostra células padronizadas, linhas amarelas exibem limites de microcanais). (B) O estêncil pode ser mantido ou removido no dispositivo para cultura celular estática. (C) Para reconfigurar a plataforma em modo microfluídico, o estêncil é substituído pelo módulo de fluxo. Devido ao mecanismo de vedação magnética, a configuração é reversível; As caixas e o módulo de fluxo podem ser removidos para mudar para o modo de poço aberto. Barra de escala = 200 μm. Adaptado de Mansouri et al.16. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 4: Ilustração esquemática dos moldes. (A) O molde de estêncil. (B) Chapa acrílica cortada a laser. (C) visão montada do molde de estêncil. (D) Molde do módulo de fluxo. (E) Chapa acrílica cortada a laser. (F) Vista montada do molde do módulo de fluxo. Características em forma de triângulo são marcas de alinhamento para facilitar a fixação de folhas de acrílico aos moldes. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 5: Esquema do módulo de fluxo em forma de trevo. (A) A interface de contato entre o módulo de fluxo e o chip de membrana. As portas de entrada e saída para o fluxo de fluido são mostradas em rosa. (B) Imagem 3D do módulo de fluxo do PDMS. Adaptado de Mansouri et al.16. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 6: Montagem magnética para reconfiguração do dispositivo. (A) Demonstração esquemática de componentes para reconfiguração do dispositivo em modo microfluídico. Ímãs embutidos com polos opostos induzem atração pela vedação. (B) Vista transversal do dispositivo reconfigurado mostrando o canal vascular em rosa e o compartimento tecidual em verde. Adaptado de Mansouri et al.16. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 7: Vista montada do circuito de fluxo. O circuito é composto por uma bomba peristáltica, dois reservatórios para abastecimento de meios celulares e flutuações de amortecimento, tubulação e um estágio de acrílico para manter os componentes no lugar. Adaptado de Mansouri et al.16. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 8: Comparação das HUVECs cultivadas nos modos poço aberto e microfluídico. As células foram semeadas e cultivadas em poço aberto por 24 h para estabelecer uma monocamada confluente. Durante o período subsequente de 24 h, um conjunto de dispositivos foi reconfigurado para o modo microfluídico. (A) Células cultivadas sob fluxo (tensão de cisalhamento de 10,7 dynes.cm-2 ) alinhadas ao longo da direção do fluxo (o inset mostra actina e núcleos das células em verde e azul, respectivamente). (B) Células cultivadas sem fluxo em poço aberto não apresentaram alinhamento. O comprimento das barras em gráficos de radar mostra o número de células na direção correspondente. (C) Células cultivadas sob fluxo apresentaram maior upregulation dos genes KLF2 e eNOS em comparação com a condição no-flow (**p < 0,01, n = 3, média ± DP). Barras de escala = 100 μm. Adaptado de Mansouri et al.16. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Tabela suplementar 1: Tensão de cisalhamento na superfície da nanomembrana em diferentes vazões. Esta tabela fornece informações sobre os valores de tensão de cisalhamento na superfície da nanomembrana em várias taxas de fluxo. Clique aqui para baixar este arquivo.
Arquivo de Codificação Suplementar 1: Modelo CAD do molde de estêncil. Clique aqui para baixar este arquivo.
Arquivo de Codificação Suplementar 2: Modelo CAD de cavidades de corte a laser para o molde de estêncil. Clique aqui para baixar este arquivo.
Arquivo de Codificação Suplementar 3: Modelo CAD do módulo de fluxo. Clique aqui para baixar este arquivo.
Arquivo de codificação suplementar 4: Modelo CAD de cavidades de corte a laser para o molde do módulo de fluxo. Clique aqui para baixar este arquivo.
Arquivo de Codificação Suplementar 5: Modelo CAD da carcaça superior. Clique aqui para baixar este arquivo.
Arquivo de Codificação Suplementar 6: Modelo CAD da carcaça inferior. Clique aqui para baixar este arquivo.
Arquivo de Codificação Suplementar 7: Modelo CAD do estágio acrílico. Clique aqui para baixar este arquivo.
J.L.M. é co-fundador da SiMPore, Inc., e detém uma participação acionária na empresa. A SiMPore está comercializando as tecnologias à base de silício ultrafino, incluindo as membranas utilizadas neste estudo.
Este protocolo descreve uma plataforma de cultura celular baseada em membrana reconfigurável que integra o formato de poço aberto com recursos de fluxo de fluido. Esta plataforma é compatível com protocolos padrão e permite transições reversíveis entre os modos de cultura de poço aberto e microfluídica, acomodando as necessidades dos laboratórios de engenharia e biociências.
Esta pesquisa foi financiada em parte pelo Instituto Nacional de Saúde sob os números de prêmio R43GM137651, R61HL154249, R16GM146687 e concessão da NSF CBET 2150798. Os autores agradecem à Oficina de Máquinas RIT pela fabricação de moldes de alumínio. O conteúdo é de responsabilidade exclusiva dos autores e não representa necessariamente a opinião oficial do National Institutes of Health.
| 0,5 x 0,86 micro tubos de fluxo | Langer Instruments | WX10-14 & Série | DG |
| 1 mm Punções de Biópsia Descartáveis, Integra Miltex | VWR | 95039-090 | |
| 1x PBS 7.4 pH | ThermoFisher Scientific | 10010023 | |
| 20 GAUGE IT SERIES PONTA DE DISPENSAÇÃO | Jensen Global | JG20-1.5X | |
| 21 GAUGE NT PREMIUM SERIES PONTA DE DISPENSAÇÃO ANGULAR | Jensen Global | JG21-1.0HPX-90 | |
| 3M 467 MP Sensível à pressão adesivo (PSA) | DigiKey | 3M9726-ND | |
| 3M 468 MP Adesivo sensível à pressão (PSA) | DigiKey | 3M9720-ND | |
| AlexaFluor 488 phalloidin conjugado | ThermoFisher Scientific | A12379 | |
| Biossistemas Aplicados TaqMan Fast Advanced Master Mix | Thermo Fisher Scientific | 4444556 | |
| Albumina de Soro Bovino (BSA), Fração V, 98%, Grau de reagente, Alfa Aesar, Tamanho = 10 g | VWR | AAJ64100-09 | |
| Folha de Acrílico Fundido Transparente Resistente a Arranhões e UV | McMaster-Carr | 8560K171 | 12" x 12" x 1/16" |
| Folha de Acrílico Fundido Transparente Resistente a Arranhões e UV | McMaster-Carr | 8589K31 | Folha de acrílico fundido transparente resistente a arranhões e UV de12" x 12" x 3/32" |
| McMaster-Carr | 8560K191 | 12" x 12" x 7.64" | |
| Corning Fibronectina, Humana, 1 mg | Corning | 47743-728 | |
| Óculos de cobertura, Globe Scientific, L x W = 24 x 60 mm | VWR | 10118-677 | |
| DOW SYLGARD 184 ENCAPSULANTE DE SILICONE TRANSPARENTE 0.5 KG KIT | Ellsworth Adesivos | 4019862 | |
| EGM-2 Meio de Crescimento de Células Endoteliais-2 BulletKit | Lonza | CC-3162 | |
| Fixação A1& A2 | SiMPore Inc. | Luminária NA | |
| B1& B2 | SiMPore Inc. | Kit de transcrição reversa de cDNA de alta capacidade NA | |
| com inibidor de RNase | Thermo Fisher Scientific | 4374966 | |
| células endoteliais da veia umbilical humana (HUVEC) | ThermoFisher Scientific | C0035C | |
| KIT DE IMAGEM DE CÉLULAS VIVAS/MORTAS (488/570) | Sondas moleculares Thermo Fisher Scientific | R37601 | |
| Hoechst 33342, tricloridrato, trihidrato | Thermo Fisher Scientific | H3570 | |
| Ímãs niquelados (4,75 mm de diâmetro, 0,34 kg de força de tração) | K& J Magnetics | D31 | 3/16" de diâmetro. x 1/16" de espessura |
| Paraformaldeído, 4% w/v aq. soln., sem metanol, Bomba | Peristáltica Alfa AesarFisher Scientific | aa47392-9M | |
| Langer Instruments | BQ50-1J-A | ||
| Photoresist SU-8 | Filtros | de seringaPVDF NC9901158 | |
| PerkinElmer 2542913 | |||
| Pastilha | de silícioBolacha da universidade, EUA | 1196 | |
| SU-8 3050 | Fisher Scientific | NC0702369 | |
| Gene do alvo: eNOS (Hs01574659_m1) | ThermoFisher Scientific | 4331182 | |
| Gene do alvo: GAPDH (Hs02786624_g1) | ThermoFisher Scientific | 4331182 | |
| Gene do alvo: KLF2 (Hs00360439_g1) | ThermoFisher Scientific | 4331182 | |
| Thermo Scientific Pierce 20x PBS Tween 20 | Thermo Fisher Scientific | 28352 | |
| Tubo de Transporte Amostra Tampas brancas, 5 mL, Estéril | VWR | 100500-422 | |
| TRI-reagente | ThermoFisher Scientific | AM9738 | |
| Membrana Nanoporosa Ultrafina Chip | SiMPore Inc. | NPSN100-1L | O design é compatível com todas as membranas SiMPore |
| uSiM componente 1 | SiMPore Inc. | NA | |
| uSiM componente 2 | SiMPore Inc. | NA |