A encefalomielite autoimune experimental (EAE) é um modelo de doença que recapitula o distúrbio autoimune esclerose múltipla (EM) em níveis histopatológicos e moleculares. A EAE é induzida pela imunização de animais experimentais por meio de injeção subcutânea de peptídeos curtos de mielina juntamente com adjuvantes específicos para aumentar a resposta imune. Como a contraparte humana, os camundongos EAE desenvolvem lesões desmielinizantes, infiltração de células imunes no sistema nervoso central (SNC), ativação da glia e lesão neuronal. Um corpo consistente de evidências também apóia um papel mecanicista para a disfunção das células B na etiologia da EM e da EAE. As células B podem servir como células apresentadoras de antígenos, bem como uma fonte primária de citocinas pró-inflamatórias e autoanticorpos. Na EAE, os anticorpos são gerados contra os peptídeos de mielina que foram empregados para induzir a doença. Foi demonstrado que esses autoanticorpos mediam a perda de mielina ou a reativação de células T patogênicas no SNC. Este artigo descreve um protocolo eficiente baseado em ELISA para quantificar autoanticorpos no soro de camundongos C57BL/6J imunizados com o peptídeo glicoproteína 35-55 de oligodendrócitos de mielina (MOG35-55). O método proposto serve como uma ferramenta poderosa para investigar a especificidade e a magnitude da resposta humoral aberrante no contexto da desmielinização autoimune.