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Articles by Ayalkibet Hundesa in JoVE
JoVE Immunology and Infection
Método rentable para el Rastreo de uso microbiana específica virus humanos y animales
El estudio describe un método costo-efectivo para la identificación de la fuente de contaminación fecal / orina o la contaminación por nitratos en el agua utilizando qPCR para la cuantificación específica de los virus de ADN humano / porcino / bovino, adenovirus y poliomavirus, propuesto como herramientas de MST.
Other articles by Ayalkibet Hundesa on PubMed
La Detección De Adenovirus Bovina Y Porcina Para La Búsqueda De La Fuente De Contaminación Fecal
En este estudio, un procedimiento molecular para la detección de adenovirus de origen animal fue desarrollado para evaluar el nivel de excreción de estos virus por cerdos y ganado y para diseñar una prueba para facilitar el rastreo de las fuentes específicas de contaminación viral del medio ambiente. Dos juegos de oligonucleótidos fueron diseñados, uno para la detección de adenovirus porcino y el otro para la detección de adenovirus bovino y ovino. La especificidad de los ensayos se evaluó en 31 muestras de heces y 12 muestras de aguas residuales que fueron recolectadas mensualmente durante un período de 1 año. Los datos también proporcionaron información sobre la prevalencia del medio ambiente de los adenovirus de origen animal. Adenovirus porcino se detectaron en 17 de 24 (70%) con series de muestras de cerdos estudiados, con la mayoría de los aislados siendo estrechamente relacionado al serotipo 3. Adenovirus bovino estaban presentes en 6 de 8 (75%) piscinas estudiadas, con cepas pertenecientes a la Mastadenovirus géneros y Atadenovirus y siendo similar a la especie bovina de adenovirus tipo 2, 4 y 7. Estos conjuntos de cebadores produjeron resultados negativos en los ensayos de PCR anidada cuando los controles de adenovirus humanos y las muestras de aguas residuales urbanas y se pusieron a prueba. Asimismo, los conjuntos de cebadores previamente diseñados para la detección de adenovirus humano también produjo resultados negativos con adenovirus animales. Estos resultados indican la importancia de realizar más estudios para evaluar la utilidad de estas pruebas para rastrear la fuente de contaminación fecal en el agua y los alimentos y para los estudios ambientales.
Multiplex PCR Anidada Ensayo Para La Detección De Virus Entéricos Humanos En Los Mariscos Y Alcantarillado
Las muestras ambientales y mariscos contaminados con frecuencia presentan concentraciones bajas de más de una especie viral. Por esta razón, un multiplex RT-PCR anidada fue desarrollado para la detección de adenovirus, enterovirus y virus de la hepatitis A en diferentes muestras ambientales, tales como las aguas residuales urbanas y el marisco. Este ensayo se ahorra tiempo y costo para la detección de estos virus entéricos con un menor volumen de muestra, que de lo contrario puede ser un factor limitante en el análisis de rutina. El límite de detección fue de aproximadamente 1 copia para adenovirus y 10 copias por enterovirus y virus de hepatitis A por reacción de PCR utilizando tituladas cultivo celular los virus como material de plantilla. En muestras de mariscos y ambiental, este multiplex PCR se ha optimizado para detectar los tres virus simultáneamente cuando la concentración de cada virus fue igual o inferior a 1000 copias por reacción de PCR. Este es el nivel que se encuentra predominantemente en el medio ambiente y en los mariscos cuando el número de indicadores fecales de bacterias y fagos son bajos. La detección de adenovirus humanos por PCR ha sido sugerido como un índice molecular de contaminación fecal de origen humano en el medio ambiente y la alimentación y el ensayo múltiple desarrollado puede ser una herramienta para evaluar la presencia de contaminación viral en mariscos y agua y para ampliar el control microbiológico para incluir marcadores víricos.
La Cuantificación Y La Estabilidad De Adenovirus Humanos Y JCPyV Poliomavirus En Matrices De Aguas Residuales
Los adenovirus humanos (HAdV) y humano JCPyV poliomavirus se han propuesto anteriormente como indicadores de contaminación fecal viral en el ambiente. Diferentes matrices de aguas residuales han sido analizados mediante la aplicación cuantitativa en tiempo real los procedimientos de PCR para detectar la presencia, cantidad y estabilidad de una gran diversidad de excreta y HAdV JCPyV. Grandes cantidades de HAdV y JCPyV fueron detectados en las aguas residuales, efluentes de aguas residuales, lodos y biosólidos muestras. Ambos virus muestran una gran estabilidad en las aguas residuales urbanas. Estos resultados confirman la idoneidad de ambos virus como indicadores de contaminación viral humana fecal.
La Identificación De Adenovirus Humanos Y Animales Y Poliomavirus Para La Determinación De Las Fuentes De Contaminación Fecal En El Medio Ambiente
Las familias y Adenoviridae Polyomaviridae comprenden una amplia diversidad de virus que pueden ser excretados por largos períodos en las heces o la orina. En este estudio, un análisis preliminar de la prevalencia en el medio ambiente y la utilidad potencial como herramientas de seguimiento de código de adenovirus humanos y animales y poliomavirus se ha desarrollado. Los ensayos moleculares basados en PCR dirigido específicamente a los adenovirus humanos (HAdV), adenovirus porcino (PADV), adenovirus bovino, BADV) y poliomavirus de la especie bovina (BPYV) se aplicaron a muestras ambientales, incluyendo las aguas residuales urbanas, matadero, y las muestras de agua del río. PADV y BPYV fueron detectados en un porcentaje muy alto de muestras que puedan verse afectados por cualquiera de porcino o bovino contaminación fecal, respectivamente. Sin embargo, BADV fueron detectados en una sola muestra, que muestra una prevalencia más baja que BPYV en las muestras de aguas residuales analizadas. Las 22 muestras de mataderos con la contaminación fecal de origen animal mostró resultados negativos para la presencia de HAdV. Las muestras de agua de los ríos analizados fueron positivos a la presencia de adenovirus humanos y animales y los poliomavirus, lo que indica la existencia de diversas fuentes de contaminación. Las identidades de los virus detectados fueron confirmados por análisis de las secuencias amplificadas. Todos los aislados BPYV mostró una similitud del 97% en las secuencias de nucleótidos. Esta es la primera vez que PAdV5, BAdV6, y BPYV Se ha informado que se producen en muestras ambientales. Los adenovirus humanos y porcinos y poliomavirus humanos y bovinos, se proponen como herramientas para evaluar la presencia de contaminación viral y para rastrear el origen de la contaminación fecal / orina en muestras ambientales.
Distribución De Los Poliomavirus Humanos, Adenovirus Y Virus De La Hepatitis E En El Medio Ambiente Y En Una Planta De Tratamiento De Agua Potable
Un gran número de virus se excreta en las heces y la orina humanas, que incluso a bajas concentraciones puede causar la enfermedad cuando se ingiere. Algunos de estos virus no han sido tradicionalmente controlados en términos de enfermedades transmitidas por el agua y son considerados como los virus emergentes, tales como el virus de la hepatitis E (VHE) y JC y BK poliomavirus (JCPyV y BKPyV). La alta prevalencia de adenovirus humanos (HAdV) y poliomavirus, que los dos genomas de ADN muestran, en las aguas residuales de las zonas muy divergentes ha sugerido la importancia de la evaluación de estos virus como posibles indicadores de contaminación viral. La concentración de estos virus se analizó en las aguas residuales y agua de río y después del tratamiento en una planta de tratamiento de agua potable incluyendo la cloración, floculación, ozonización y carbón activo granular (GAC) filtración. Las muestras de agua filtrada GAC se recogieron antes de un tratamiento de cloración segundo. El río utilizado como una fuente de agua dulce presenta una concentración media de 2,6 x 10 (1) JCPyV y 4 x 10 (2) HAdV GC (copias del genoma) / L. Una eliminación de 2 logaritmos (99%) de HAdV y JCPyV se observó en la planta de tratamiento de agua potable. Todos los GAC-filtrados muestras de agua estudiadas contiene HAdV, con un valor medio de 4,3 HAdV GC / L. Cepas del VHE pertenecientes al genotipo 3 se han detectado con frecuencia en bajas concentraciones en las aguas residuales urbanas y en los biosólidos o de aguas residuales que contienen heces de cerdos, pero no en las muestras de agua de los ríos estudiados. La detección de virus por medio de técnicas moleculares es útil para describir genéticamente los virus emergentes en las aguas residuales de la comunidad y el suministro de agua. La cuantificación de JCPyV y HAdV utilizando cuantitativa en tiempo real PCR (QPCR) puede ser útil para evaluar la eficiencia de eliminación de virus en plantas de tratamiento de agua y como un índice de la calidad virológica del agua y de la posible presencia de virus humanos.
Desarrollo De Un Ensayo Cuantitativo De PCR Para La Cuantificación De Poliomavirus De Bovino Como Fuente Microbiana De Seguimiento De La Herramienta
Los adenovirus y poliomavirus son dos familias distintas de ADN viral que se excretan en grandes concentraciones y se distribuye en las poblaciones humanas y animales. Targeting virus específico incluido en estas familias ha demostrado ser una herramienta prometedora y útil para el rastreo específicamente fuentes de contaminación ambiental. En este estudio, un ensayo cuantitativo de PCR que es específico para la especie bovina poliomavirus fue desarrollada y utilizada para determinar el nivel de la excreción y la concentración de la especie bovina poliomavirus en la orina y muestras ambientales, incluyendo las aguas residuales urbanas, aguas residuales de matadero, y el agua del río. Un conjunto de cebadores y una sonda TaqMan fueron diseñados para dirigir una región 77-pb del gen VP1 poliomavirus bovina, y las condiciones de la reacción fueron optimizados. Un límite de detección se estableció en copias del genoma 1-10 por tubo de ensayo. El ensayo fue específico y produjo resultados negativos cuando las muestras que contienen contaminación fecal humana o porcina se analizaron. Esto es, a nuestro entender, la primera descripción de la especie bovina poliomavirus excretados en la orina de la especie bovina (valores de 10 (4) GC / l). Poliomavirus de bovino también se detectaron y cuantificaron en el matadero de aguas residuales y las aguas del río, lo que muestra la propagación de estos virus en muchas muestras ambientales que contienen la contaminación de origen bovino. El procedimiento descrito en este documento ofrece un análisis cuantitativo de código de seguimiento de la herramienta para el análisis de poliomavirus de la especie bovina como indicadores de la presencia de contaminación bovina en muestras ambientales.
Análisis De La Evolución En La Circulación De VHA Y El VHE En El Este De España Por Análisis De Muestras De Aguas Residuales Urbanas
El objetivo del estudio fue analizar la evolución de la prevalencia de VHA y VHE en la población del este de España mediante el análisis de los virus excretados en las aguas residuales urbanas. Muestras de aguas residuales urbanas primas fueron recogidos y analizados durante varios años utilizando las técnicas de RT-PCR y análisis de secuenciación. Dos regiones que limitan fueron analizados, uno de ellos que han aplicado programas de vacunación VHA. Casos agudos sintomáticos VHE también fueron examinados. Los resultados se compararon con los de estudios previos en el área utilizando metodología idéntica. El porcentaje de muestras positivas VHA en las aguas residuales urbanas se redujo de 57,4% a 3,1% en 5-10 años en las dos áreas estudiadas en España. Alrededor del 30% de las muestras de aguas residuales urbanas fueron positivos para el VHE en ausencia de fuentes agrícolas de contaminación. HEV RNA fue detectado también en cuatro casos clínicos de hepatitis aguda. La reducción drástica de la presencia de VHA en aguas residuales urbanas se observa en el este de España podría ser más probable en relación a la mejora general de saneamiento. Sin embargo, estas mejoras no tendría un efecto equivalente sobre la circulación de VHE y esta observación podría explicarse por la presencia de reservorios animales para VHE, que actúan como fuentes externas de las infecciones.
Detección Molecular De Patógenos En El Agua - Los Pros Y Los Contras De Las Técnicas Moleculares
La contaminación del agua por aguas residuales y la escorrentía de las fincas produce un grave problema de salud pública en muchos países. Los virus, junto con las bacterias y los protozoos en el intestino o en la orina se liberan y se transporta a través del sistema de alcantarillado. Incluso en los países altamente industrializados, los agentes patógenos, incluyendo virus, son frecuentes en todo el entorno. Los métodos moleculares se utilizan para controlar los patógenos virales, bacterianos y protozoarios, y hacer un seguimiento de patógenos-y fuente de marcadores específicos en el medio ambiente. Las técnicas moleculares, en particular basados en la reacción en cadena de polimerasa-métodos, proporcionar herramientas analíticas sensibles, rápidos y cuantitativos con los que estudian patógenos tales, incluidas las cepas nuevas o emergentes. Estas técnicas se utilizan para evaluar la calidad microbiológica de los alimentos y el agua, y para evaluar la eficacia de eliminación de virus en el agua potable y plantas de tratamiento de aguas residuales. La gama de métodos disponibles para la aplicación de técnicas moleculares se ha incrementado, y los costos involucrados han caído. Estos avances han permitido la estandarización y la automatización de potencial de ciertas técnicas. En algunos casos, facilitar la identificación, determinación del genotipo, la enumeración, la evaluación de la viabilidad, y la fuente de rastreo de la contaminación humana y animal. Además, las recientes mejoras en las tecnologías de detección han permitido la detección simultánea de múltiples objetivos en un solo ensayo. Sin embargo, las técnicas moleculares disponibles en la actualidad y aquellos en vías de desarrollo requieren un mayor refinamiento con el fin de ser uniforme, y aplicable a una diversidad de matrices. Tratamientos de desinfección del agua puede tener un efecto sobre la viabilidad de los patógenos y los números obtenidos por técnicas moleculares pueden sobreestimar la cuantificación de los microorganismos infecciosos. Los pros y los contras de las técnicas moleculares para la detección y cuantificación de patógenos en el agua se discuten.
El Aislamiento De Un Adenovirus Monkey Novela Revela Un Clado Filogenético De Nuevo En La Historia Evolutiva De Adenovirus Simian
Los adenovirus de primates incluyen humana (HAdV) y de simio (SADV) aísla clasifican en 8 especies de adenovirus humano (A a G, y el adenovirus de simio A). En este estudio, un nuevo adenovirus se aisló a partir de una colonia de macacos cangrejeros (Macaca fascicularis) y se subcultivaron en células VERO. Su genoma completo fue purificado y una región que abarca el gen hexón, el gen de la proteasa, la proteína de unión al ADN (DBP) y la proteína de 100 kDa fue amplificado por PCR y se secuenció por caminar cebador. El análisis de secuencia de estos cuatro genes mostraron que el nuevo aislado tenía 80% de identidad a otros adenovirus de primates y carecía de eventos de recombinación. El estudio de las relaciones evolutivas de este AdV mono nuevo basado en las secuencias combinadas de los cuatro genes apoyado una estrecha relación con SADV-3 y SADV-6, linajes aislados de monos Rhesus. El clado formado por estos tres tipos se separa de los restantes clados y establece una rama novedosa que está relacionada con las especies HAdV-A, F y G. Sin embargo, la distancia genética que corresponde a la mono recién aislado AdV considerablemente difiere de éstos como pertenecer a una nueva, aún no establecido especies. Los resultados presentados aquí ampliar nuestro conocimiento sobre SADV y representa una importante contribución a la comprensión de la historia evolutiva de los adenovirus de primates.
Las Aguas Negras Alberga Diversas Poblaciones Virales
En este momento, alrededor de 3.000 virus diferentes son reconocidos, pero estudios metagenomic sugieren que estos virus son una pequeña fracción de los virus que existen en la naturaleza. Hemos explorado la diversidad viral profunda secuenciación de ácidos nucleicos obtenidos de las poblaciones de viriones enriquecido de aguas residuales sin tratar. Se identificaron 234 virus conocidos, incluyendo 17 que infectan a los seres humanos. Los virus de plantas, insectos y algas, así como bacteriófagos estaban también presentes. Estos virus representan 26 familias taxonómicas e incluyó los virus con ADN de cadena simple (ssDNA), ADN de doble cadena (dsDNA), de sentido positivo ssRNA [ssRNA (+)], y los genomas de ARN de doble cadena. Los virus nuevos que podrían ser colocados en determinados taxa representadas 51 familias diferentes, haciendo aguas residuales no tratadas del metagenoma viral más diversos (material genético obtenidas de muestras ambientales) han examinado hasta el momento. Sin embargo, la gran mayoría de la secuencia lee relación ánima secuencia poco o ningún virus conocidos y por lo tanto no podría ser colocado en taxa específicos. Estos resultados muestran que la gran mayoría de los virus en la Tierra todavía no se han caracterizado. Aguas residuales sin tratar proporciona una matriz rica para la identificación de nuevos virus y para el estudio de la diversidad de virus. IMPORTANCIA: En este momento, la virología se centra en el estudio de un número relativamente pequeño de especies virales. Virus específicos se estudian, ya sea porque se propaga fácilmente en el laboratorio o porque están asociados con la enfermedad. La falta de conocimiento de la magnitud y características del universo viral y la diversidad de los genomas virales es un obstáculo para la comprensión de las cuestiones importantes, tales como el origen de los patógenos emergentes y el grado de intercambio de genes entre los virus. Aguas residuales sin tratar es un sistema ideal para la evaluación de la diversidad viral, porque las poblaciones de viriones de un gran número de individuos se depositan las aguas negras y porque se proporciona un rico entorno para el crecimiento de diversas especies huéspedes y por lo tanto sus virus. Estos estudios sugieren que el universo viral es mucho más vasto y diverso que se sospechaba.
Ocurrencia De Enfermedades Transmitidas Por El Agua De Los Virus Entéricos En Dos Asentamientos Basados en El Chad Oriental: Análisis De Los Virus De La Hepatitis E, Hepatitis A Y Adenovirus Humano En Fuentes De Agua
Virus de la hepatitis E (VHE) es una causa común transmitidas por el agua hepatitis aguda en áreas con mala higiene. En 2004 un brote de infección por VHE afectados alrededor de 2.000 personas en el este de Chad (Dar Sila). Este artículo describe la disminución de la incidencia del síndrome de ictericia aguda (AJS) desde 2004 hasta 2009, cuando una incidencia media de 0,48 casos por 1.000 personas al año se registró en la región. Los brotes de AJS fueron identificados en algunos de los campamentos en 2007 y 2008. Por otra parte, las muestras de agua de las fuentes de agua potable fueron seleccionados para los adenovirus humanos considerados como indicadores virales y virus de hepatitis A y el VHE. Tamizaje de las muestras de heces de burros para VHE dieron resultados negativos. Algunas de las muestras también se analizaron para los coliformes fecales con valores de antes del tratamiento de desinfección entre el 3 y> 50 unidades formadoras de colonias por 100 ml. Todas las muestras de agua analizadas fueron negativas para VHE y el VHA, sin embargo, la presencia de bajos niveles de adenovirus humanos en 4 de cada 16 muestras analizadas indica la posible contaminación fecal humana de las aguas subterráneas. En consecuencia, las interrupciones en el tratamiento de agua potable y / o aumento de la excreción del virus de la hepatitis, los cuales podrían estar relacionados con la llegada de una nueva población, podría extenderse a futuros brotes a través del agua potable.
