John D. Aitchison Institute for Systems Biology Biography Publications Institution JoVE Articles John D. Aitchison has not added a biography. If you are John D. Aitchison and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications An Indicator Cell Assay for Blood-based Diagnostics PloS One. 2017 | Pubmed ID: 28594877 Combining Inferred Regulatory and Reconstructed Metabolic Networks Enhances Phenotype Prediction in Yeast PLoS Computational Biology. May, 2017 | Pubmed ID: 28520713 One-Cell Doubling Evaluation by Living Arrays of Yeast, ODELAY! G3 (Bethesda, Md.). Jan, 2017 | Pubmed ID: 27856698 Co-dependence Between Trypanosome Nuclear Lamina Components in Nuclear Stability and Control of Gene Expression Nucleic Acids Research. Sep, 2016 | Pubmed ID: 27625397 Human SRMAtlas: A Resource of Targeted Assays to Quantify the Complete Human Proteome Cell. Jul, 2016 | Pubmed ID: 27453469 Severe Adult Malaria is Associated with Specific PfEMP1 Adhesion Types and High Parasite Biomass Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jun, 2016 | Pubmed ID: 27185931 Peroxins Pex30 and Pex29 Dynamically Associate with Reticulons to Regulate Peroxisome Biogenesis from the Endoplasmic Reticulum The Journal of Biological Chemistry. Jul, 2016 | Pubmed ID: 27129769 Systematic Analysis of Yeast Proteome Reveals Peptide Detectability Factors for Mass Spectrometry Journal of Proteomics & Bioinformatics. 2015 | Pubmed ID: 26962293 The Interactome Challenge The Journal of Cell Biology. Nov, 2015 | Pubmed ID: 26572620 Corrigendum: Pan-viral Specificity of IFN-induced Genes Reveals New Roles for CGAS in Innate Immunity Nature. Sep, 2015 | Pubmed ID: 26153856 Signaling Dynamics and Peroxisomes Current Opinion in Cell Biology. Aug, 2015 | Pubmed ID: 26042681 Rapid, Optimized Interactomic Screening Nature Methods. Jun, 2015 | Pubmed ID: 25938370 Bicluster Sampled Coherence Metric (BSCM) Provides an Accurate Environmental Context for Phenotype Predictions BMC Systems Biology. 2015 | Pubmed ID: 25881257 Systems Cell Biology The Journal of Cell Biology. Sep, 2014 | Pubmed ID: 25225336 Predicting Antidisease Immunity Using Proteome Arrays and Sera from Children Naturally Exposed to Malaria Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Oct, 2014 | Pubmed ID: 25023128 Quantitative Proteomic Analysis of Host-virus Interactions Reveals a Role for Golgi Brefeldin A Resistance Factor 1 (GBF1) in Dengue Infection Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Nov, 2014 | Pubmed ID: 24855065 The Multifunctional Nuclear Pore Complex: a Platform for Controlling Gene Expression Current Opinion in Cell Biology. Jun, 2014 | Pubmed ID: 24657998 An Evolutionarily Conserved RNase-based Mechanism for Repression of Transcriptional Positive Autoregulation Molecular Microbiology. Apr, 2014 | Pubmed ID: 24612392 Nuclear Pore Complex Evolution: a Trypanosome Mlp Analogue Functions in Chromosomal Segregation but Lacks Transcriptional Barrier Activity Molecular Biology of the Cell. May, 2014 | Pubmed ID: 24600046 Pan-viral Specificity of IFN-induced Genes Reveals New Roles for CGAS in Innate Immunity Nature. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24284630 Molecular Mechanisms of System Responses to Novel Stimuli Are Predictable from Public Data Nucleic Acids Research. Feb, 2014 | Pubmed ID: 24185701 Peroxisomes Take Shape Nature Reviews. Molecular Cell Biology. Dec, 2013 | Pubmed ID: 24263361 PhosphoChain: a Novel Algorithm to Predict Kinase and Phosphatase Networks from High-throughput Expression Data Bioinformatics (Oxford, England). Oct, 2013 | Pubmed ID: 23832245 Multifunctional Double-negative T Cells in Sooty Mangabeys Mediate T-helper Functions Irrespective of SIV Infection PLoS Pathogens. 2013 | Pubmed ID: 23825945 A Role for the Nucleoporin Nup170p in Chromatin Structure and Gene Silencing Cell. Feb, 2013 | Pubmed ID: 23452847 대상된 질량 분석에 의해 전사 인자 DNA 상호 작용의 체계적인 측정 후보 유전자 규정 단백질을 식별합니다 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Feb, 2013 | Pubmed ID: 23388641 Metallochaperones Regulate Intracellular Copper Levels PLoS Computational Biology. 2013 | Pubmed ID: 23349626 Global Analysis of Condition-specific Subcellular Protein Distribution and Abundance Molecular & Cellular Proteomics : MCP. May, 2013 | Pubmed ID: 23349476 A FOXO3-IRF7 Gene Regulatory Circuit Limits Inflammatory Sequelae of Antiviral Responses Nature. Oct, 2012 | Pubmed ID: 22982991 Asymmetric Positive Feedback Loops Reliably Control Biological Responses Molecular Systems Biology. Apr, 2012 | Pubmed ID: 22531117 NUP 1은 Lamin 같은 기능을 가진 Trypanosomes에 큰 코일 코일 Nucleoskeletal 단백질 PLoS Biology. 2012 | Pubmed ID: 22479148 The Yeast Nuclear Pore Complex and Transport Through It Genetics. Mar, 2012 | Pubmed ID: 22419078 Nanospray FAIMS 분류 Unfractionated 복잡 한 단백질 다이제스트 프로테옴 범위에 상당한 증가 제공합니다 Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Dec, 2011 | Pubmed ID: 22186714 높은 처리량 Cytometry에 셀 형태 교정 활성화 회귀 모델 접근 Molecular Systems Biology. 2011 | Pubmed ID: 21952134 바이오 네트워크 역학의 수학적 모델링입니다 Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2011 | Pubmed ID: 21877294 동적 Transcriptional 규제 네트워크 구조의 통계 분석입니다 Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2011 | Pubmed ID: 21877289 응답 속도 분자 시스템 응답 환경 신호에에서 잡음 억제 사이의 트레이드 오프 PLoS Computational Biology. Jun, 2011 | Pubmed ID: 21738459 효 모 Peroxisome 인구 규제 부서 Peroxisomal 단백질의 Pex11 가족과 Peroxin Pex34p 기능 Molecular Biology of the Cell. May, 2011 | Pubmed ID: 21441307 양적, 빠르고 정확한 전조 수집 이온 수 로부터 독립 Analytical Chemistry. Mar, 2011 | Pubmed ID: 21341720 게놈 조직 및 유전자 식 핵 봉투의 역할 Wiley Interdisciplinary Reviews. Systems Biology and Medicine. Mar-Apr, 2011 | Pubmed ID: 21305702 환경 반응 전사 인자 Subtelomeric 요소를 바인딩하고 유전자 입을 규제 Molecular Systems Biology. Jan, 2011 | Pubmed ID: 21206489 Expression of the Salmonella Spp. Virulence Factor SifA in Yeast Alters Rho1 Activity on Peroxisomes Molecular Biology of the Cell. Oct, 2010 | Pubmed ID: 20739463 Peroxisome 속의 이펙터의 게놈 넓은 분석 PloS One. 2010 | Pubmed ID: 20694151 QTIPS: 단기 실험에서 Isotopic 아미노산 분포의 자율된 결정의 새로운 방법 Journal of the American Society for Mass Spectrometry. Aug, 2010 | Pubmed ID: 20451407 영양소 응답과 Peroxisome 유도 제어 신호 네트워크의 통합된 Phosphoproteomics 분석 Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Sep, 2010 | Pubmed ID: 20395639 GINS 모션 복제 포크 진행을 현저 하 게 효 모 게놈에 걸쳐 균일 한 나타냅니다 Molecular Systems Biology. 2010 | Pubmed ID: 20212525 시스템 세포 생물학 Mitotic 스핀 들의 The Journal of Cell Biology. Jan, 2010 | Pubmed ID: 20065087 셀 스트레스에 대 한 응답에서 Gpd1p Subcellular 분포에 동적 변화 The Journal of Biological Chemistry. Feb, 2010 | Pubmed ID: 20026609 히스톤 보호자 Chz1p H2B Ubiquitination 및 Subtelomeric 안티-침묵을 조절 Nucleic Acids Research. Mar, 2010 | Pubmed ID: 20008511 Deterministic and Stochastic Models of Genetic Regulatory Networks Methods in Enzymology. 2009 | Pubmed ID: 19897099 Karyopherin Kap123p Microtubule 안정성에 대 한 역할 Traffic (Copenhagen, Denmark). Nov, 2009 | Pubmed ID: 19761543 Myosin-driven Peroxisome Partitioning in S. Cerevisiae The Journal of Cell Biology. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19687257 AAA ATPase 단백질 Yta7 비정규 Bromodomain 염색체 위치 및 장벽 Chromatin 활동을 지휘하 고 있습니다 Molecular and Cellular Biology. Sep, 2009 | Pubmed ID: 19581291 히스톤 변형 H2a의 역할입니다.Z/Htz1p TBP 모집, Chromatin 역학 및 Oleate 반응 유전자의 레 귤 레이트 된 표현 Molecular and Cellular Biology. May, 2009 | Pubmed ID: 19273605 Peroxisome 역학의 규제입니다 Current Opinion in Cell Biology. Feb, 2009 | Pubmed ID: 19188056 피드-포워드 규정 모티브를 겹쳐서 Transcriptional 가변성의 제어 Biophysical Journal. Oct, 2008 | Pubmed ID: 18621837 시스템 생물학 연구소에서 시스템 생물학 Briefings in Functional Genomics & Proteomics. Jul, 2008 | Pubmed ID: 18579616 Saccharomyces Cerevisiae Yta7 히스톤 유전자 발현 조절 Genetics. May, 2008 | Pubmed ID: 18493054 시그널링의 게놈 넓은 분석 네트워크 규제 지방산 유도 유전자 발현 및 트는 속 The Journal of Cell Biology. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18426976 Subcellular 분수의 라벨 동위 원소 코딩 한 트는의 타고 난 구성 요소를 식별: Peroxisomes에서 예 Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2008 | Pubmed ID: 18370030 세포 생물학: 기 공 퍼즐 Nature. Nov, 2007 | Pubmed ID: 18046388 다양 한 Ribonucleoprotein 단지의 포괄적인 분석입니다 Nature Methods. Nov, 2007 | Pubmed ID: 17922018 지방산 Transcriptional 응답은 조합 제어에 의해 조정 됩니다 Molecular Systems Biology. 2007 | Pubmed ID: 17551510 Septins의 레 귤 레이트 된 Sumoylation에서 Karyopherins의 역할 The Journal of Cell Biology. Apr, 2007 | Pubmed ID: 17403926 K4에서 H3 Trimethylated Yng1 박사 손가락 바인딩을 H3 K14에서 NuA3 햇 활동과 타겟된 Orfs의 하위 집합에서 전사를 촉진합니다 Molecular Cell. Dec, 2006 | Pubmed ID: 17157260 효 모에 공부 핵 단백질 가져오기입니다 Methods (San Diego, Calif.). Aug, 2006 | Pubmed ID: 16979507 GAL Regulon 듀얼 피드백 루프 억제 효 모 세포 이종 Nature Genetics. Sep, 2006 | Pubmed ID: 16936734 표현과 기능 프로 파일링 관련된 지방 산 성 대사에 고유한 유전자 클래스 공개 Molecular Systems Biology. 2006 | Pubmed ID: 16738555 Peroxisomal 막 단백질 Inp2p Myosin V 모터 Myo2p의 Saccharomyces Cerevisiae의 Peroxisome 특정 수용 체 이다 Developmental Cell. May, 2006 | Pubmed ID: 16678774 Pex19p Pex30p 및 Pex32p Peroxisomal 그들의 지역화에 필요한 지역에 바인딩합니다 있지만 그들의 Peroxisomal 대상 신호에서 분리 The Journal of Biological Chemistry. May, 2006 | Pubmed ID: 16551610 효 모 Saccharomyces Cerevisiae의 Dynamin 같은 단백질 Vps1p Peroxisomes Pex19p 종속 방식으로 연결합니다 The Journal of Biological Chemistry. May, 2006 | Pubmed ID: 16520372 모바일 Nucleoporin Nup2p 및 생 NPC 중재 Transcriptional 컨트롤에서 Chromatin 바인딩 Prp20p 함수 The Journal of Cell Biology. Dec, 2005 | Pubmed ID: 16365162 시스템 생물학에 대 한 데이터 통합 방법론입니다 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Nov, 2005 | Pubmed ID: 16301537 시스템 생물학에 대 한 데이터 통합 방법론: 실험 확인 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Nov, 2005 | Pubmed ID: 16301536 Mad1p 고 효 모 Saccharomyces Cerevisiae에 핵 전송 기계 사이의 상호 작용 Molecular Biology of the Cell. Sep, 2005 | Pubmed ID: 16000377 Inp1p Saccharomyces Cerevisiae에 Peroxisome 상속에 필요한 Peroxisomal 막 단백질 이다 The Journal of Cell Biology. Jun, 2005 | Pubmed ID: 15928207 Proteomic 및 경계에서 Chromatin 단지의 게놈 특성화 The Journal of Cell Biology. Apr, 2005 | Pubmed ID: 15824130 Nop53p 소설 Nucleolar 60 Ribosomal 소 단위 속 단백질 이다 The Biochemical Journal. Jun, 2005 | Pubmed ID: 15686447 양적 질량 분석 Peroxisome 멤브레인에 말라 조직의 GTPase Rho1p에 대 한 역할을 계시 한다 The Journal of Cell Biology. Dec, 2004 | Pubmed ID: 15596542 Karyopherin 화물의 핵 가져오기 Kap121p 중재의 독특한 메커니즘을 보여준다 Molecular and Cellular Biology. Oct, 2004 | Pubmed ID: 15367670 Pex30p, Pex31p, 및 Pex32p Peroxisomal 정수 막 단백질 Peroxisome 크기와 수 Saccharomyces Cerevisiae에 규제의 가족을 형성 Molecular Biology of the Cell. Feb, 2004 | Pubmed ID: 14617799 세포 주기 통제 변경 핵 기 공 단지에서에 의해 제어 전송 된다 Cell. Dec, 2003 | Pubmed ID: 14697200 가상 게이팅 및 핵 전송: 구멍 사진 Trends in Cell Biology. Dec, 2003 | Pubmed ID: 14624840 Pex11 관련 단백질 Peroxisome 역학: 소설 Peroxin Pex27p Peroxisome 크기와 Saccharomyces Cerevisiae의 수 조절에 대 한 역할 Molecular Biology of the Cell. Oct, 2003 | Pubmed ID: 14517321 Utp8p Saccharomyces Cerevisiae의 핵 TRNA 수출 기계의 필수적인 Intranuclear 구성 요소입니다 The Journal of Biological Chemistry. Aug, 2003 | Pubmed ID: 12794079 통찰력을 재고입니다 The Journal of Cell Biology. May, 2003 | Pubmed ID: 12743099 YHR150w 및 YDR479c Peroxisomal 정수 막 단백질 Peroxisome 번호, 크기, 및 Saccharomyces Cerevisiae의 유통 규제에 관련 된 인코딩 The Journal of Cell Biology. Apr, 2003 | Pubmed ID: 12707309 Karyopherins 핵에서 기 공 속: 핵 기 공 복합물으로 Nup53p 어셈블리의 Kap121p에 대 한 역할 The Journal of Cell Biology. Oct, 2002 | Pubmed ID: 12403813 가스 상 분류 하 여 완전 한 Peroxisome 특성화를 접근 Electrophoresis. Sep, 2002 | Pubmed ID: 12298092 Transcriptome Peroxisome 어셈블리 및 기능에 관련 된 유전자를 식별 하는 프로 파일링 The Journal of Cell Biology. Jul, 2002 | Pubmed ID: 12135984 핵 가져오기 Kap121p 중재 필요는 누 룩에서 짝짓기 및 세포 분화 Molecular and Cellular Biology. Apr, 2002 | Pubmed ID: 11909949 핵 봉투에 대 한 강렬한 시간입니다 Cell. Feb, 2002 | Pubmed ID: 11853664 ODELAY : 효모 성장의 다 변수 정량화를위한 대규모 방법 Thurston Herricks1, Fred D. Mast1,2, Song Li1, John D. Aitchison1,2 1Institute for Systems Biology, 2Center for Infectious Disease Research JoVE 55879 Biology 지방산의 정량 Phosphoproteomics은 자극 Saccharomyces cerevisiae Ramsey A. Saleem1, John D. Aitchison1 1Institute for Systems Biology JoVE 1474 Biology
ODELAY : 효모 성장의 다 변수 정량화를위한 대규모 방법 Thurston Herricks1, Fred D. Mast1,2, Song Li1, John D. Aitchison1,2 1Institute for Systems Biology, 2Center for Infectious Disease Research JoVE 55879 Biology
지방산의 정량 Phosphoproteomics은 자극 Saccharomyces cerevisiae Ramsey A. Saleem1, John D. Aitchison1 1Institute for Systems Biology JoVE 1474 Biology