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Dissection, Culture, and Analysis of <em>Xenopus laevis</em> Embryonic Retinal Tissue

The process by which  the anterior region of the neural plate gives rise to the vertebrate retina  continues to be a major focus of both clinical and ...

College of William and Mary

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&#x6269;&#x5927;&#x7684;&#x5206;&#x679D;&#x6746;&#x83CC;&#x566C;&#x83CC;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#xFF1A; &#x6DF1;&#x5165;&#x4E86;&#x89E3;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x6F14;&#x53D8;&#x3002;

Mycobacteriophages are viruses that infect mycobacterial hosts such as Mycobacterium smegmatis and Mycobacterium tuberculosis. All mycobacteriophages characterized to date are dsDNA tailed phages, and have either siphoviral or myoviral morphotypes. However, their genetic diversity is considerable, and although sixty-two genomes have been sequenced and comparatively analyzed, these likely represent only a small portion of the diversity of the mycobacteriophage population at large. Here we report the isolation, sequencing and comparative genomic analysis of 18 new mycobacteriophages isolated from geographically distinct locations within the United States. Although no clear correlation between location and genome type can be discerned, these genomes expand our knowledge of mycobacteriophage diversity and enhance our understanding of the roles of mobile elements in viral evolution. Expansion of the number of mycobacteriophages grouped within Cluster A provides insights into the basis of immune specificity in these temperate phages, and we also describe a novel example of apparent immunity theft. The isolation and genomic analysis of bacteriophages by freshman college students provides an example of an authentic research experience for novice scientists.

Expanding the diversity of mycobacteriophages: insights into genome architecture and evolution.

Mycobact&eacute;riophages sont des virus qui infectent les h&ocirc;tes mycobact&eacute;riennes comme Mycobacterium smegmatis et Mycobacterium tuberculosis. Mycobact&eacute;riophages tous caract&eacute;ris&eacute;s &agrave; ce jour sont les phages dsDNA &agrave; queue et morphotypes soit siphoviral ou myoviral. Cependant, leur diversit&eacute; g&eacute;n&eacute;tique est consid&eacute;rable, et bien que soixante-deux g&eacute;nomes ont &eacute;t&eacute; s&eacute;quenc&eacute;s et analys&eacute;s comparativement, ces chances repr&eacute;sentent seulement une petite partie de la diversit&eacute; de la population mycobacteriophage dans son ensemble. Nous rapportons ici l&#39;analyse g&eacute;nomique isolement, s&eacute;quen&ccedil;age et comparative de 18 mycobact&eacute;riophages nouveau isol&eacute;s des endroits g&eacute;ographiquement distinctes sur le territoire des &Eacute;tats-Unis. M&ecirc;me si on ne peut discerner aucune corr&eacute;lation claire entre l&#39;emplacement et le type de g&eacute;nome, ces g&eacute;nomes &eacute;largir notre connaissance de la diversit&eacute; mycobacteriophage et am&eacute;liorent notre compr&eacute;hension des r&ocirc;les des &eacute;l&eacute;ments mobiles dans l&#39;&eacute;volution du virus. Augmentation du nombre des mycobact&eacute;riophages regroup&eacute;s au sein du groupe A donne un aper&ccedil;u &agrave; la base de la sp&eacute;cificit&eacute; immunitaire chez ces phages temp&eacute;r&eacute;s, et nous d&eacute;crivons aussi un exemple novateur de vol immunit&eacute; apparente. L&#39;isolement et analyse g&eacute;nomique des bact&eacute;riophages par les &eacute;tudiants de premi&egrave;re ann&eacute;e coll&egrave;ge fournit un exemple d&#39;une authentique exp&eacute;rience de recherche pour les chercheurs d&eacute;butants.

&Eacute;largir la diversit&eacute; des mycobact&eacute;riophages : insights into architecture du g&eacute;nome et &eacute;volution.

Mycobacteriophages sind Viren, die mykobakterieller Hosts wie z. B. Mycobacterium Smegmatis und Mycobacterium Tuberculosis infiziert. Alle Mycobacteriophages, die bis heute gekennzeichnet sind DsDNA beschattete Phagen und haben entweder Siphoviral oder Myoviral Morphotypes. Jedoch, ihre genetische Vielfalt ist betr&auml;chtlich, und obwohl zweiundsechzig Genome sequenziert und vergleichsweise analysiert wurden, diese wahrscheinlich repr&auml;sentieren nur einen kleinen Teil der Vielfalt der Mycobacteriophage Bev&ouml;lkerung. Hier berichten wir die Isolation, Sequenzierung und vergleichende genomische Analyse der 18 neue Mycobacteriophages isoliert von geographisch unterschiedlichen Standorten innerhalb der Vereinigten Staaten. Obwohl keine eindeutige Korrelation zwischen Lage und Genom-Typ nicht erkannt werden kann, diese Genome erweitern unser Wissen &uuml;ber Mycobacteriophage Vielfalt und unser Verst&auml;ndnis der Rollen mobile Elemente in der viralen Evolution. Erweiterung der Anzahl der Mycobacteriophages innerhalb der Cluster A gruppiert bietet Einblicke in die Basis der immun Besonderheit in diesen gem&auml;&szlig;igten Phagen und auch beschreiben wir eine neuartige Beispiel von offensichtlichen Immunit&auml;t Diebstahl. Die Isolation und genomische Analyse der Bakteriophagen von Neuling College-Studenten enth&auml;lt ein Beispiel f&uuml;r eine authentische Forschungserfahrung f&uuml;r Anf&auml;nger-Wissenschaftler.

Erweitern die Vielfalt der Mycobacteriophages: Einblicke in Genom-Architektur und Entwicklung.

Mycobacteriophages sono virus che infettano i micobatteri host quali Mycobacterium smegmatis e Mycobacterium tuberculosis. Tutti i mycobacteriophages caratterizzato fino ad oggi sono fagi dsDNA dalla coda e morphotypes o siphoviral o myoviral. Tuttavia, loro diversit&agrave; genetica &egrave; considerevole, e sebbene genomi di sixty-two sono stati sequenziati e comparativamente analizzati, questi probabilmente rappresentano solo una piccola porzione della diversit&agrave; della popolazione mycobacteriophage at larga. Riportiamo l&#39;analisi genomica isolamento, sequenziamento e comparativo di 18 mycobacteriophages nuovo isolato da luoghi geograficamente distinti all&#39;interno degli Stati Uniti. Anche se non chiara correlazione tra posizione e tipo di genoma pu&ograve; essere discernuto, questi genomi espandere la nostra conoscenza della diversit&agrave; mycobacteriophage e migliorano la nostra comprensione del ruolo degli elementi mobili in evoluzione virale. Espansione del numero di mycobacteriophages raggruppati all&#39;interno di Cluster A fornisce intuizioni alla base del sistema immunitario specificit&agrave; in questi fagi temperati, e descriviamo anche un esempio di romanzo di furto apparente immunit&agrave;. L&#39;isolamento e l&#39;analisi genomica dei batteriofagi da studenti universitari matricola fornisce un esempio di un&#39;esperienza autentica ricerca per scienziati novizio.

Espandendo la diversit&agrave; di mycobacteriophages: intuizioni architettura del genoma ed evoluzione.

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&#x30DF;&#x30B3;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x3092;&#x62E1;&#x5927;: &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x9032;&#x5316;&#x3078;&#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x529B;&#x3002;

Mycobacteriophages&#xB294; Mycobacterium smegmatis &#xACB0;&#xD575;&#xADE0; &#xB4F1; mycobacterial &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB97C; &#xAC10;&#xC5FC; &#xD558;&#xB294; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;. &#xBAA8;&#xB4E0; mycobacteriophages &#xB0A0;&#xC9DC; &#xD2B9;&#xC9D5; dsDNA &#xAF2C;&#xB9AC; &#xD398;&#xC774;&#xC9C0; &#xACE0; siphoviral &#xB610;&#xB294; myoviral morphotypes. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC801; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC740; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C;, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; 69 2 &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xB418;&#xC5B4; &#xC788;&#xACE0; &#xBE44;&#xAD50;&#xC801; &#xBD84;&#xC11D;, &#xBE44;&#xB85D; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; &#xB300;&#xD45C; &#xB300;&#xD615; mycobacteriophage &#xC778;&#xAD6C;&#xC758; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC758; &#xB2E8;&#xC9C0; &#xC791;&#xC740; &#xBD80;&#xBD84;. &#xC5EC;&#xAE30;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; 18 &#xC0C8; mycobacteriophages &#xBBF8;&#xAD6D; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9C0;&#xB9AC;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC11C;&#xB85C; &#xB2E4;&#xB978; &#xC704;&#xCE58;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC808;&#xC5F0;&#xC758; &#xC808;&#xC5F0;, &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xBC0F; &#xBE44;&#xAD50; &#xAC8C;&#xB188; &#xBD84;&#xC11D; &#xBCF4;&#xACE0;&#xC11C;. &#xC704;&#xCE58;&#xC640; &#xAC8C;&#xB188; &#xC885;&#xB958; &#xAC04;&#xC758; &#xBA85;&#xD655;&#xD55C; &#xC0C1;&#xAD00; &#xAD00;&#xACC4;&#xAC00; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;, &#xBE44;&#xB85D; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; mycobacteriophage &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC758; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC9C0;&#xC2DD;&#xC744; &#xD655;&#xC7A5; &#xD558; &#xACE0; &#xBAA8;&#xBC14;&#xC77C; &#xC694;&#xC18C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC9C4;&#xD654;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xC5ED;&#xD560;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC774;&#xD574;&#xB97C; &#xD5A5;&#xC0C1;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC628;&#xD654;&#xD55C; &#xD398;&#xC774;&#xC9C0; &#xBA74;&#xC5ED; &#xD2B9;&#xC774;&#xC131;&#xC758; &#xAE30;&#xCD08;&#xC5D0; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; mycobacteriophages A &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xADF8;&#xB8F9;&#xD654; &#xC218;&#xC758; &#xD655;&#xC7A5; &#xACE0; &#xC6B0;&#xB9AC; &#xB610;&#xD55C; &#xBA85;&#xBC31;&#xD55C; &#xBA74;&#xC81C; &#xB3C4;&#xB09C;&#xC758; &#xC18C;&#xC124; &#xC608;&#xB97C; &#xC124;&#xBA85; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xACA9;&#xB9AC; &#xBC0F; &#xC2E0;&#xC785;&#xC0DD; &#xB300;&#xD559; &#xD559;&#xC0DD; &#xB4E4;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; bacteriophages&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xBD84;&#xC11D; &#xCD08;&#xBCF4;&#xC790; &#xACFC;&#xD559;&#xC790;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBCF8;&#xACA9;&#xC801;&#xC778; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACBD;&#xD5D8;&#xC758; &#xC608;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Mycobacteriophages&#xC758; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131; &#xD655;&#xB300;: &#xAC8C;&#xB188; &#xAD6C;&#xC870;&#xC640; &#xC9C4;&#xD654;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;.

Micobacteri&oacute;fagos son virus que infectan a los anfitriones por micobacterias como Mycobacterium smegmatis y Mycobacterium tuberculosis. Todos Micobacteri&oacute;fagos caracterizados hasta la fecha son phages dsDNA cola y tienen morfotipos de siphoviral o myoviral. Sin embargo, su diversidad gen&eacute;tica es considerable, y aunque sesenta y dos genomas han sido secuenciados y comparativamente analizados, estos probablemente representa s&oacute;lo una peque&ntilde;a porci&oacute;n de la diversidad de la poblaci&oacute;n mycobacteriophage en general. Presentamos el an&aacute;lisis gen&oacute;mico de aislamiento y secuenciaci&oacute;n comparativa de 18 Micobacteri&oacute;fagos nuevos aislado geogr&aacute;ficamente distintas localizaciones dentro de los Estados Unidos. Aunque ninguna correlaci&oacute;n clara entre la ubicaci&oacute;n y el tipo de genoma puede percibirse, estos genomas ampl&iacute;an nuestro conocimiento de la diversidad de mycobacteriophage y mejoran nuestra comprensi&oacute;n de los papeles de elementos m&oacute;viles en evoluci&oacute;n viral. Expansi&oacute;n del n&uacute;mero de Micobacteri&oacute;fagos agrupados dentro de la categor&iacute;a A proporciona informaci&oacute;n detallada sobre la base de la especificidad inmunol&oacute;gica en estos phages templados, y tambi&eacute;n Describimos un ejemplo novedoso de robo aparente inmunidad. El aislamiento y el an&aacute;lisis gen&oacute;mico de bacteri&oacute;fagos por estudiantes universitarios de primer a&ntilde;o es un ejemplo de una experiencia aut&eacute;ntica investigaci&oacute;n para cient&iacute;ficos noveles.

Ampliar la diversidad de Micobacteri&oacute;fagos: arquitectura del genoma y la evoluci&oacute;n.

&#x4E94;&#x65B0;&#x9694;&#x79BB;&#x5206;&#x679D;&#x6746;&#x83CC;&#x566C;&#x83CC; &mdash; &mdash; &#x5F53;&#x5F52;&#x3001; CrimD&#x3001; Adephagia&#x3001; Anaya&#xFF0C;&#x5996;&#x7CBE; &mdash; &mdash; &#x6709;&#x5206;&#x679D; TM4&#xFF0C;&#x4EE5;&#x524D;&#x4E3A;&#x7279;&#x5F81;&#x7684;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#xFF0C;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x5E94;&#x7528;&#x4E8E;&#x5206;&#x679D;&#x6746;&#x83CC;&#x9057;&#x4F20;&#x5230;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7ED3;&#x6784;&#x3002;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x5E8F;&#x5217;&#x76F8;&#x4F3C;&#x6027;&#x503C;&#x5F97;&#x5206;&#x7EC4;&#x5230;&#x7FA4;&#x96C6; K&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x4E0E;&#x7EC6;&#x5206;&#x6210;&#x4E09;&#x4E2A;&#x5C0F;&#x7C7B;&#xFF1A; K1&#x3001; K2&#x3001; K3&#x3002;&#x867D;&#x7136;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x7684;&#x6574;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4F53;&#x7CFB;&#x7ED3;&#x6784;&#x76F8;&#x4F3C;&#xFF0C;&#x4F46; TM4 &#x4F3C;&#x4E4E;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x5931;&#x53BB;&#x4E86;&#x5176;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#xFF0C;&#x5305;&#x542B;&#x96C6;&#x6210;&#x88C5;&#x7F6E;&#x548C;&#x53F3;&#x8FB9;&#x672B;&#x5C3E;&#x4E00;&#x6BB5;&#x4E2D;&#x592E;&#x533A;&#x57DF;&#x7684;&#x81F3;&#x5C11;&#x4E24;&#x4E2A;&#x90E8;&#x5206;&#x3002;&#x8FD9;&#x8868;&#x660E; TM4 &#x662F;&#x6E29;&#x5E26;&#x7236;&#xFF0C;&#x89E3;&#x51B3;&#x6709;&#x5173;&#x5176;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x3001; &#x957F;&#x671F;&#x96BE;&#x9898;&#xFF0C;&#x5B83;&#x636E;&#x8BF4;&#x4ECE;&#x9E1F;&#x5206;&#x652F;&#x6746;&#x83CC;&#x6EB6;&#x5E94;&#x53D8;&#x6062;&#x590D;&#xFF0C;&#x4F46;&#x4E0D;&#x80FD;&#x5F62;&#x6210;&#x4EFB;&#x4F55;&#x5206;&#x679D;&#x7684;&#x4E3B;&#x673A;&#x4E2D;&#x7684; lysogens &#x6700;&#x8FD1;&#x5BFC;&#x6570;&#x3002;TM4&#xFF0C;&#x50CF;&#x6240;&#x6709;&#x7684;&#x7FA4;&#x96C6; K &#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x611F;&#x67D3;&#x5FEB;&#x901F;&#x548C;&#x6162;&#x901F;&#x589E;&#x957F;&#x7684;&#x5206;&#x679D;&#xFF0C;&#x548C;&#x6240;&#x6709;&#x4EBA;--TM4 &mdash; &mdash; &#x9664;&#x4E86;&#x5728;&#x803B;&#x57A2;&#x5206;&#x679D;&#x548C;&#x7ED3;&#x6838;&#x5206;&#x679D;&#x6746;&#x83CC; &#xFF1B; &#x7A97;&#x4F53;&#x7A33;&#x5B9A; lysogens&#x514D;&#x75AB;&#x673A;&#x80FD;&#x8BC4;&#x4F30;&#x663E;&#x793A;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x7684;&#x6240;&#x6709;&#x4E94;&#x4E2A;&#x5171;&#x4EAB;&#x76F8;&#x540C;&#x7684;&#x514D;&#x75AB;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x3002;TM4 &#x611F;&#x67D3;&#x8FD9;&#x4E9B; lysogens &#x6697;&#x793A;&#x5B83;&#x8981;&#x4E48;&#x4ECE; heteroimmune &#x6E29;&#x5E26;&#x7236;&#x6216;&#x6D3E;&#x751F;&#xFF0C;&#x5B83;&#x83B7;&#x5F97;&#x4E86;&#x6076;&#x6027;&#x8868;&#x578B;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FD8; TM4 &#x5E7F;&#x6CDB;&#x7528;&#x4E8E;&#x6709;&#x6761;&#x4EF6;&#x5730;&#x590D;&#x5236;&#x5BFC;&#x6570;&#x7684;&#x7279;&#x70B9;&#xFF0C;&#x5E76;&#x786E;&#x5B9A;&#x6388;&#x4E88;&#x7684;&#x6E29;&#x5EA6;&#x654F;&#x611F;&#x8868;&#x578B;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7A81;&#x53D8;&#x3002;&#x6240;&#x6709;&#x7684;&#x7FA4;&#x96C6; K &#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x5305;&#x542B;&#x4E00;&#x7CFB;&#x5217;&#x7684;&#x597D;&#x5B88;&#x6052; 13 bp &#x91CD;&#x590D;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x8D77;&#x59CB;&#x4F4D;&#x70B9;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0; &#xFF1B; &#x4E00;&#x4E2A;&#x5B50;&#x96C6;&#x7684;&#x5173;&#x8054;&#x5927;&#x7EA6;&#x6709;&#x4E00;&#x534A;&#x7684;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5305;&#x542B;&#x9644;&#x52A0;&#x5E8F;&#x5217;&#x529F;&#x80FD;&#x5206;&#x9694;&#x53D8;&#x91CF;&#x5206;&#x9694;&#x4E0D;&#x5B8C;&#x5584;&#x5B88;&#x6052; 17 bp &#x5012;&#x91CD;&#x590D;&#x5E8F;&#x5217;&#x7EC4;&#x6210;&#x3002;K1 &#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x878D;&#x5165;&#x4E3B;&#x673A; tmRNA &#x548C;&#x7FA4;&#x96C6; K &#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x4EE3;&#x8868;&#x6F5C;&#x5728;&#x7ED3;&#x6838;&#x5206;&#x679D;&#x6746;&#x83CC;&#x548C;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x7269;&#x79CD;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x65B0;&#x5DE5;&#x5177;&#x3002;

&#x7FA4;&#x96C6; K &#x5206;&#x679D;&#x6746;&#x83CC;&#x566C;&#x83CC;&#xFF1A; &#x6D1E;&#x5BDF;&#x5206;&#x679D; TM4 &#x7684;&#x8FDB;&#x5316;&#x8D77;&#x6E90;&#x3002;

Five newly isolated mycobacteriophages--Angelica, CrimD, Adephagia, Anaya, and Pixie--have similar genomic architectures to mycobacteriophage TM4, a previously characterized phage that is widely used in mycobacterial genetics. The nucleotide sequence similarities warrant grouping these into Cluster K, with subdivision into three subclusters: K1, K2, and K3. Although the overall genome architectures of these phages are similar, TM4 appears to have lost at least two segments of its genome, a central region containing the integration apparatus, and a segment at the right end. This suggests that TM4 is a recent derivative of a temperate parent, resolving a long-standing conundrum about its biology, in that it was reportedly recovered from a lysogenic strain of Mycobacterium avium, but it is not capable of forming lysogens in any mycobacterial host. Like TM4, all of the Cluster K phages infect both fast- and slow-growing mycobacteria, and all of them--with the exception of TM4--form stable lysogens in both Mycobacterium smegmatis and Mycobacterium tuberculosis; immunity assays show that all five of these phages share the same immune specificity. TM4 infects these lysogens suggesting that it was either derived from a heteroimmune temperate parent or that it has acquired a virulent phenotype. We have also characterized a widely-used conditionally replicating derivative of TM4 and identified mutations conferring the temperature-sensitive phenotype. All of the Cluster K phages contain a series of well conserved 13 bp repeats associated with the translation initiation sites of a subset of the genes; approximately one half of these contain an additional sequence feature composed of imperfectly conserved 17 bp inverted repeats separated by a variable spacer. The K1 phages integrate into the host tmRNA and the Cluster K phages represent potential new tools for the genetics of M. tuberculosis and related species.

Cluster K mycobacteriophages: insights into the evolutionary origins of mycobacteriophage TM4.

Cinq nouvellement isol&eacute; mycobact&eacute;riophages--Angelica, CrimD, Adephagia, Anaya et Pixie--ont des architectures g&eacute;nomiques similaires &agrave; mycobacteriophage TM4, un phage d&eacute;j&agrave; largement utilis&eacute; en g&eacute;n&eacute;tique mycobact&eacute;rienne. Les similitudes de s&eacute;quences nucl&eacute;otidiques justifient ces derniers en Cluster K, regroupement avec la subdivision en trois sous-groupes : K1, K2 et K3. Bien que les architectures de g&eacute;nome globale de ces phages sont semblables, TM4 semble avoir perdu au moins deux segments de son g&eacute;nome, une r&eacute;gion centrale contenant le dispositif d&#39;int&eacute;gration et un segment &agrave; l&#39;extr&eacute;mit&eacute; droite. Ceci sugg&egrave;re que TM4 est un d&eacute;riv&eacute; r&eacute;cent d&#39;un parent temp&eacute;r&eacute;, r&eacute;soudre une &eacute;nigme depuis longue sur sa biologie, qu&#39;il a &eacute;t&eacute; r&eacute;cup&eacute;r&eacute; aurait &eacute;t&eacute; d&#39;une souche lysog&egrave;ne de Mycobacterium avium, mais il n&#39;est pas capable de discernement lysog&egrave;nes dans n&#39;importe quel h&ocirc;te mycobact&eacute;rienne. Comme TM4, tous les phages de Cluster K infectent les mycobact&eacute;ries &agrave; croissance rapide et lente et tous d&#39;entre eux--&agrave; l&#39;exception de TM4--lysog&egrave;nes stable de forme en Mycobacterium smegmatis et Mycobacterium tuberculosis ; essais d&#39;immunit&eacute; montrent que tous les cinq de ces phages partagent la m&ecirc;me sp&eacute;cificit&eacute; immunitaire. TM4 infecte ces que lysog&egrave;nes sugg&eacute;rant qu&#39;il &eacute;tait que soit d&eacute;riv&eacute; d&#39;un parent temp&eacute;r&eacute;es immunologiquement ou qui il a acquis un ph&eacute;notype virulent. Nous avons &eacute;galement caract&eacute;ris&eacute; un d&eacute;riv&eacute; conditionnellement r&eacute;plication r&eacute;pandu de TM4 et identifi&eacute; des mutations conf&eacute;rant le ph&eacute;notype sensible &agrave; la temp&eacute;rature. Tous les phages de Cluster K contiennent une s&eacute;rie de bien conserv&eacute; 13 bp r&eacute;p&eacute;titions associ&eacute;s avec les sites d&#39;initiation de traduction d&#39;un sous-ensemble des g&egrave;nes ; environ la moiti&eacute; d&#39;entre eux contiennent un &eacute;l&eacute;ment de s&eacute;quence additionnelle compos&eacute; d&#39;imparfaitement conserv&eacute; 17 r&eacute;p&eacute;titions de bp invers&eacute; s&eacute;par&eacute;es par une cale d&#39;espacement variable. Les phages K1 s&#39;int&eacute;grer dans la tmRNA de l&#39;h&ocirc;te et les phages Cluster K repr&eacute;sentent des outils nouveaux potentiels pour la g&eacute;n&eacute;tique de M. tuberculosis et esp&egrave;ces apparent&eacute;es.

Cluster K mycobact&eacute;riophages : mieux comprendre les origines &eacute;volutionnaires des mycobacteriophage TM4.

F&uuml;nf isoliert neu Mycobacteriophages--Angelica, CrimD, Adephagia, Anaya und Pixie--haben &auml;hnliche genomische Architekturen zu Mycobacteriophage TM4, ein zuvor gekennzeichnete Bakterium, die in mykobakterieller Genetik verbreitet ist. Die Nukleotid-Sequenz &Auml;hnlichkeiten zu rechtfertigen, gruppieren diese in Cluster K, mit Unterteilung in drei Subclusters: K1, K2 und K3. Obwohl die gesamte Genom-Architekturen diese Phagen &auml;hnlich sind, scheint TM4 mindestens zwei Segmente seines Genoms eine zentrale Region, die mit der Integration-Apparat und ein Segment am rechten Ende verloren haben. Dies legt nahe, dass TM4 eine aktuelle Ableitung des gem&auml;&szlig;igten Eltern l&ouml;sen ein langj&auml;hriger R&auml;tsel &uuml;ber seine Biologie ist, es wurde angeblich von einem Lysogener Stamm von Mycobacterium Avium erholt, aber es ist nicht in der Lage, Lysogens in jedem mykobakterieller Host zu bilden. Wie TM4 infizieren alle die Cluster K-Phagen schnell und langsam-wachsenden Mykobakterien sowohl alle davon--mit Ausnahme der TM4--Form stabile Lysogens in Mycobacterium Tuberculosis und Mycobacterium Smegmatis; Immunit&auml;t Proben zeigen, dass alle f&uuml;nf dieser Phagen die gleiche immune Spezifit&auml;t teilen. TM4 infiziert diese Lysogens, die darauf hindeutet, dass es war, dass entweder von gem&auml;&szlig;igten Eltern Heteroimmune oder dass abgeleitet, f&uuml;r die sie einen virulenten Ph&auml;notyp erworben hat. Wir haben auch charakterisiert eine weit verbreitete bedingt Repro Ableitung von TM4 und zur &Uuml;bertragung der temperaturempfindliche Ph&auml;notyp Mutationen identifiziert. Alle die Cluster K-Phagen enthalten eine Reihe von gut erhaltene 13 bp-Wiederholungen der &Uuml;bersetzung Einleitung Websites einer Teilmenge der Gene zugeordnet; etwa die H&auml;lfte davon enthalten eine weitere Sequenz-Funktion nur unvollkommen konservierte 17 bp invertierte Wiederholungen getrennt durch eine Variable Abstandhalter aus. Die K1-Phagen in die Host-TmRNA integrieren und die Cluster-K-Phagen stellen potenzielle neue Tools f&uuml;r die Genetik der M. Tuberkulose und verwandte Arten.

Cluster K Mycobacteriophages: Einblicke in die evolution&auml;ren Urspr&uuml;nge der Mycobacteriophage TM4.

Appena cinque isolati mycobacteriophages - Angelica, CrimD, Adephagia, Anaya e Pixie - hanno architetture genomiche simili a mycobacteriophage TM4, un fago precedentemente caratterizzato che &egrave; ampiamente usato in genetica micobatteriche. Le somiglianze di sequenza nucleotidica garantiscono il raggruppamento di questi in Cluster K, con suddivisione in tre subclusters: K1, K2 e K3. Sebbene le architetture del genoma complessiva di questi fagi sono simili, TM4 sembra di aver perso almeno due segmenti del suo genoma, una regione centrale contenente l&#39;apparato di integrazione e un segmento all&#39;estremit&agrave; destra. Ci&ograve; suggerisce che TM4 &egrave; un derivato di recente di un genitore temperato, risolvendo un annoso enigma sulla sua biologia, che secondo come riferito &egrave; stato recuperato da un ceppo di Mycobacterium avium lisogeno, ma non &egrave; in grado di formare che in qualsiasi host micobatteriche. Come TM4, tutti i fagi K Cluster infettare sia rapida e lenta-crescita dei micobatteri e tutti loro - con l&#39;eccezione di TM4 - stabile che forma in Mycobacterium smegmatis e Mycobacterium tuberculosis; immunit&agrave; dosaggi mostrano che tutte e cinque di questi fagi condividono la stessa specificit&agrave; immune. TM4 infetta questi che suggerendo che era che sia derivato da un genitore temperato heteroimmune o che ha acquisito un fenotipo virulento. Abbiamo inoltre caratterizza un derivato condizionalmente replicazione ampiamente usato di TM4 e identificate mutazioni che conferiscono il fenotipo sensibile alla temperatura. Tutti i fagi K Cluster contengono una serie di ripetizioni di bp 13 ben conservata associati con i siti di iniziazione di traduzione di un sottoinsieme dei geni; circa la met&agrave; di questi contengono una sequenza aggiuntiva funzione composta imperfettamente conservata 17 ripetizioni bp invertita separati da un distanziatore variabile. I fagi K1 integrano il tmRNA host e i fagi K Cluster rappresentano potenziali nuovi strumenti per la genetica di M. tuberculosis e specie affini.

5 &#x65B0;&#x305F;&#x30DF;&#x30B3;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;--&#x306B;&#x5206;&#x96E2;&#x3055;&#x308C;&#x305F; CrimD&#x3001;Adephagia&#x3001;Anaya&#x3001;&#x30A2;&#x30F3;&#x30B8;&#x30A7;&#x30EA;&#x30AB;&#x3001;&#x30D4;&#x30AF;&#x30B7;&#x30FC;--mycobacteriophage TM4, &#x6297;&#x9178;&#x83CC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B66;&#x3067;&#x5E83;&#x304F;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x7279;&#x5FB4;&#x3065;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30AA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x306B;&#x985E;&#x4F3C;&#x3057;&#x305F;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30A2;&#x30FC;&#x30AD;&#x30C6;&#x30AF;&#x30C1;&#x30E3;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x914D;&#x5217;&#x985E;&#x4F3C;&#x6027;&#x3092;&#x4FDD;&#x8A3C;&#x3059;&#x308B;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC; K &#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7D30;&#x5206;&#x5316;&#x306B; 3 &#x3064;&#x306E; subclusters &#x3068;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x5316;: K1&#x3001;K2&#x3001;K3&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x306E;&#x5168;&#x4F53;&#x7684;&#x306A;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30A2;&#x30FC;&#x30AD;&#x30C6;&#x30AF;&#x30C1;&#x30E3;&#x306F;&#x4F3C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x304C;&#x3001;TM4, &#x7D71;&#x5408;&#x88C5;&#x7F6E;&#x3068;&#x53F3;&#x7AEF;&#x306E;&#x30BB;&#x30B0;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x4E2D;&#x592E;&#x5730;&#x57DF;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x5C11;&#x306A;&#x304F;&#x3068;&#x3082; 2 &#x3064;&#x306E;&#x30BB;&#x30B0;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x3092;&#x5931;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x306F;&#x3001;TM4 &#x6E29;&#x5E2F;&#x306E;&#x89AA;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x304C;&#x4F1D;&#x3048;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x80BA;&#x306E;&#x6EB6;&#x3072;&#x305A;&#x307F;&#x304B;&#x3089;&#x56DE;&#x5FA9;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3001;lysogens &#x4EFB;&#x610F;&#x6297;&#x9178;&#x83CC;&#x306E;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x3067;&#x5F62;&#x6210;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3067;&#x306F;&#x306A;&#x3044;&#x3053;&#x3068;&#x306F;&#x9577;&#x5E74;&#x306E;&#x96E3;&#x554F;&#x305D;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x306E;&#x89E3;&#x6C7A;&#x306E;&#x6700;&#x8FD1;&#x8A98;&#x5C0E;&#x4F53;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;TM4 &#x3088;&#x3046;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC; K &#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x9AD8;&#x901F;- &#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x6210;&#x9577;&#x306E;&#x9045;&#x3044;&#x6297;&#x9178;&#x83CC; TM4--&#x3092;&#x9664;&#x3044;&#x3066; - &#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x3092;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x5B89;&#x5B9A; lysogens &#x30A2;&#x30E9;&#x30D3;&#x30CE;&#x30FC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30BD;&#x30E1;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;&#x3068;&#x7D50;&#x6838;&#x83CC;&#x611F;&#x67D3;;&#x514D;&#x75AB;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306F;&#x3001;5 &#x3064;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x540C;&#x3058;&#x514D;&#x75AB;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x3092;&#x5171;&#x6709;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;TM4 &#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x3044;&#x305A;&#x308C;&#x304B; heteroimmune &#x6E29;&#x5E2F;&#x89AA;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x305D;&#x308C;&#x304B;&#x3089;&#x6D3E;&#x751F;&#x3057;&#x305F;&#x3060;&#x3063;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506; lysogens &#x306F;&#x5287;&#x6BD2;&#x6027;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x3092;&#x8CB7;&#x53CE;&#x3057;&#x305F;&#x306B;&#x611F;&#x67D3;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x307E;&#x305F; TM4 &#x306E;&#x5E83;&#x304F;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x6761;&#x4EF6;&#x4ED8;&#x304D;&#x3067;&#x30EC;&#x30D7;&#x30EA;&#x30B1;&#x30FC;&#x30C8;&#x3059;&#x308B;&#x6D3E;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x7279;&#x5FB4;&#x3057;&#x3001;&#x6E29;&#x5EA6;&#x306B;&#x654F;&#x611F;&#x306A;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x5909;&#x7570;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC; K &#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30B5;&#x30D6;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x958B;&#x59CB;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x3088;&#x304F;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F; 13 bp &#x7E70;&#x308A;&#x8FD4;&#x3057;&#x306E;&#x30B7;&#x30EA;&#x30FC;&#x30BA;&#x3092;&#x542B;&#x3080;;&#x7D04;&#x534A;&#x5206;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x8FFD;&#x52A0;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x6A5F;&#x80FD;&#x4E0D;&#x5B8C;&#x5168;&#x306B;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F; 17 &#x5012;&#x7ACB; bp &#x7E70;&#x308A;&#x8FD4;&#x3057;&#x5909;&#x6570;&#x306E;&#x30B9;&#x30DA;&#x30FC;&#x30B5;&#x30FC;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x5206;&#x96E2;&#x306E;&#x69CB;&#x6210;&#x306B;&#x306F;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;K1 &#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8; &#x30DB;&#x30B9;&#x30C8; tmRNA &#x306B;&#x7D71;&#x5408;&#x3001;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC; K &#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x306F;, &#x7D50;&#x6838;&#x3084;&#x8FD1;&#x7E01;&#x7A2E;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B66;&#x306E;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x3092;&#x8868;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC; K &#x30DF;&#x30B3;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;: mycobacteriophage TM4 &#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x306E;&#x8D77;&#x6E90;&#x3078;&#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x529B;&#x3002;

5 &#xC0C8;&#xB85C; mycobacteriophages-&#xACE0;&#xB9BD; &#xB41C; &#xC548; &#xC824; &#xB9AC;&#xCE74;, CrimD, Adephagia, &#xC544;&#xB098;&#xC57C;, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xD53D; &#xC2DC;-&#xAC00; mycobacteriophage TM4, mycobacterial &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xB110;&#xB9AC; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xD2B9;&#xC9D5;&#xC774; &#xC0B4; &#xADE0; &#xC18C;&#xC5D0; &#xC720;&#xC0AC;&#xD55C; &#xAC8C;&#xB188; &#xC544;&#xD0A4;&#xD14D;&#xCC98;. &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xC21C;&#xC11C; &#xC0C1;&#xC0AC; &#xC131;&#xC744; &#xBCF4;&#xC99D; 3 subclusters&#xB85C; &#xC138;&#xBD84; &#xB41C; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; K&#xC5D0; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xADF8;&#xB8F9;&#xD654;: K1, K2, K3. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xD398;&#xC774;&#xC9C0;&#xC758; &#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188; &#xAD6C;&#xC870;&#xB294; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C;, &#xBE44;&#xB85D; TM4 &#xC911;&#xC559; &#xC9C0;&#xC5ED; &#xD1B5;&#xD569; &#xAE30;&#xAD6C;&#xC640; &#xC624;&#xB978;&#xCABD; &#xB05D;&#xC5D0; &#xC138;&#xADF8;&#xBA3C;&#xD2B8;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xB450; &#xAC1C; &#xC774;&#xC0C1;&#xC758; &#xC138;&#xADF8;&#xBA3C;&#xD2B8;&#xB97C; &#xC783;&#xC740; &#xB4EF;&#xD558;&#xB2E4;. &#xC774; TM4 &#xCD5C;&#xADFC; &#xD30C;&#xC0DD; &#xC628;&#xD654;&#xD55C; &#xBD80;&#xBAA8;, &#xADF8; &#xC18C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xD558;&#xBA74; &#xC9C4; avium &#xC6A9;&#xC6D0;&#xC131; &#xBCC0;&#xD615;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCF5;&#xAD6C; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC5B4;&#xB5A4; mycobacterial &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; lysogens&#xB97C; &#xD615;&#xC131; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xADF8;&#xAC83;&#xC758; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC624;&#xB79C; &#xC218;&#xC218;&#xAED8;&#xB07C; &#xD574;&#xACB0;&#xC758; &#xB098;&#xC654;&#xB2E4;. TM4, &#xAC19;&#xC740; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; K &#xD398;&#xC774;&#xC9C0; &#xBE60;&#xB974;&#xAC8C; &#xD558; &#xACE0; &#xB290;&#xB9B0;-&#xC131;&#xC7A5; mycobacteria&#xC640; TM4-&#xB97C; &#xC81C;&#xC678; &#xD558; &#xACE0;-&#xADF8;&#xB4E4; &#xBAA8;&#xB450; Mycobacterium smegmatis &#xBC0F; &#xACB0;&#xD575;&#xADE0;; &#xD3FC; &#xC548;&#xC815;&#xC801;&#xC778; lysogens &#xAC10;&#xC5FC; &#xBA74;&#xC5ED; &#xBD84;&#xC11D; &#xC2E4;&#xD5D8; 5 &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xD398;&#xC774;&#xC9C0; &#xAC19;&#xC740; &#xBA74;&#xC5ED; &#xD2B9;&#xC774;&#xC131; &#xACF5;&#xC720; &#xD45C;&#xC2DC;. TM4 lysogens &#xC911; heteroimmune &#xC628;&#xD654;&#xD55C; &#xBD80;&#xBAA8; &#xB610;&#xB294; &#xADF8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD30C;&#xC0DD; &#xD588;&#xB2E4; &#xC81C;&#xC548; &#xC545;&#xC131; &#xD45C;&#xD604; &#xD615;&#xC774; &#xCC44;&#xC6CC;&#xC9C4; &#xC774;&#xB4E4;&#xC740; &#xAC10;&#xC5FC;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xB610;&#xD55C; &#xD2B9;&#xC9D5; tm4&#xC758; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD558; &#xAC8C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xC870;&#xAC74;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xBCF5;&#xC81C; &#xD30C;&#xC0DD; &#xD558; &#xACE0; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC628;&#xB3C4; &#xBBFC;&#xAC10;&#xD55C; &#xD45C;&#xD604; &#xD615;&#xC744; &#xBD80;&#xC5EC;. &#xBAA8;&#xB450; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; K &#xD398;&#xC774;&#xC9C0; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xC77C;&#xB828;&#xC758; &#xC798; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; 13 bp &#xBC18;&#xBCF5; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xBD80;&#xBD84; &#xC9D1;&#xD569;&#xC758; &#xBC88;&#xC5ED; &#xAC1C;&#xC2DC; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC640; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC57D; 1/2&#xC774; &#xBD88;&#xC644;&#xC804; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; 17 bp &#xAC70;&#xAFB8;&#xB85C; &#xBC18;&#xBCF5; &#xBCC0;&#xC218; &#xACF5;&#xBC31; &#xAD6C;&#xBD84;&#xC73C;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131;&#xB41C; &#xCD94;&#xAC00; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. K1 &#xD398;&#xC774;&#xC9C0; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; Tmrna&#xC5D0; &#xD1B5;&#xD569; &#xD558; &#xACE0; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; K &#xD398;&#xC774;&#xC9C0; M. &#xACB0;&#xD575; &#xBC0F; &#xAD00;&#xB828;&#xB41C; &#xC885;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xD559;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xB3C4;&#xAD6C;&#xB97C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; K mycobacteriophages: mycobacteriophage TM4 &#xC9C4;&#xD654; &#xAE30;&#xC6D0;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;.

Cinco reci&eacute;n aislado Micobacteri&oacute;fagos--Angelica, CrimD, Adephagia, Anaya y Pixie--tienen arquitecturas gen&oacute;micas similares a mycobacteriophage TM4, un Fago previamente caracterizado que es ampliamente utilizado en gen&eacute;tica micobacteriana. Las similitudes de la secuencia de nucle&oacute;tido garantizan el agrupamiento en cl&uacute;ster K, la subdivisi&oacute;n en tres subclusters: K1, K2 y K3. Aunque las arquitecturas total del genoma de estos fagos son similares, TM4 parece haber perdido al menos dos segmentos de su genoma, una regi&oacute;n central que contiene el aparato de la integraci&oacute;n y un segmento en el extremo derecho. Esto sugiere que el TM4 es un reciente derivado de un padre templado, resolver un enigma de larga data sobre su biolog&iacute;a, en que al parecer fue recuperado de una cepa lisog&eacute;nico de Mycobacterium avium, pero no es capaz de formar lysogens en cualquier host de micobacterias. Como TM4, todos los phages Cluster K infectan tanto r&aacute;pido y lento-crecimiento de micobacterias y todos ellos--a excepci&oacute;n de TM4--lysogens estable forma en Mycobacterium smegmatis y Mycobacterium tuberculosis; ensayos de inmunidad muestran que los cinco de estos fagos comparten la misma especificidad inmunol&oacute;gica. TM4 infecta a estos que lysogens, sugiriendo que era que ya sea derivado de un padre templado de heteroimmune o ha adquirido un fenotipo virulento. Tambi&eacute;n hemos caracterizado un derivado condicional replicante ampliamente utilizado de TM4 e identificado mutaciones que confieren el fenotipo termosensible. Todos los phages Cluster K contienen una serie de repeticiones de bp 13 bien conservados asociados con los sitios de iniciaci&oacute;n de la traducci&oacute;n de un subconjunto de los genes; aproximadamente la mitad de ellos contienen una caracter&iacute;stica adicional de la secuencia compuesta por imperfectamente conservado 17 repeticiones bp invertida, separadas por un espaciador variable. Los phages K1 integrar&aacute;n en la tmRNA de host y los phages Cluster K representan potenciales nuevas herramientas para la gen&eacute;tica de M. tuberculosis y especies afines.

Article	Year
Expanding the diversity of mycobacteriophages: insights into genome architecture and evolution. PloS one\| PubMed ID: 21298013	2011
Cluster K mycobacteriophages: insights into the evolutionary origins of mycobacteriophage TM4. PloS one\| PubMed ID: 22053209	2011

Molly J. McDonough

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