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Articles by Rachna Nandwani in JoVE
JoVE Immunology and Infection
Bestimmung von Molekülstrukturen von HIV Hüllglycoproteine mit Cryo-Elektronen-Tomographie und automatisierte Sub-Tomogramm Averaging
1Laboratory of Cell Biology, Center for Cancer Research, National Cancer Institute, National Institutes of Health, 2The Medical Research Council Mitochondrial Biology Unit, University of Cambridge, 3National Library of Medicine, National Institutes of Health, 4Massachusetts Institute of Technology, 5William Fremd High School, 6University of Virginia, 7Duke University, 8Yale University, 9University of Notre Dame, 10Washington University in St. Louis, 11Bioinformatics and Computational Biosciences Branch, National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institutes of Health, 12Thomas Jefferson High School for Science and Technology
Das Protokoll beschreibt eine High-Throughput-Ansatz zur Bestimmung Strukturen von Membranproteinen mittels Kryo-Elektronen-Tomographie und 3D-Bildverarbeitung. Es deckt die Einzelheiten der Probenvorbereitung, Datenerfassung, Datenverarbeitung und-interpretation, und schließt mit der Produktion von einer repräsentativen Ziel für den Ansatz, die HIV-1 Envelope Glykoproteins. Diese Berechnungsverfahren sind in einer Weise, Forscher und Studenten ermöglicht, remote arbeiten und einen Beitrag zur Datenverarbeitung und Statik ausgelegt.
Other articles by Rachna Nandwani on PubMed
Molekulare Vielfalt Der Native Mesorhizobial Einwohner Nodulating Kichererbse (Cicer Arietinum L.) Im Indischen Boden
Kichererbsen-Pflanzen mit Knötchen wurden acht Distrikten des Bundesstaates Haryana aus 32 verschiedenen Bauern gesammelt. Insgesamt waren 137 Mesorhizobial Isolationen aus diese Knötchen und authentifiziert. Schließlich wurden 50 Mesorhizobia ausgewählt anhand der Nodulation Test, Wachstumseigenschaften und Ort der Probenahme. Die molekulare Vielfalt der Mesorhizobial Bevölkerung wurde von ERIC PCR-verstärkten Profilen sowie RFLP der 16S rDNA bewertet. Große Molekulare Vielfalt in Haryana Böden wurde beobachtet. Kichererbse Rhizobia wurden in sechs verschiedenen Clustern auf 70 % Ähnlichkeit Ebene eingeteilt, nach beiden Methoden, aber clustering von den Strapazen war anders. Wenn man bedenkt, dass jeder Cluster dargestellt, eine Mesorhizobial-Genotyp, Haryana Böden zeigten einen hohen Reichtum-Index (0.46) und RFLP-Analyse zeigte, dass der Genotyp Mesorhizobial (MG) ich bei 38 % der Knötchen war, gefolgt von MG III, die in 34 % der die Knötchen entdeckt wurde. Die Verteilung der verschiedenen MG in Haryana Böden zeigten, dass alle sechs Arten von Rhizobia nie in keinem der Bezirke waren; allerdings maximal fünf Arten wurden im Bhiwani Bezirk. Rhizobial Genotyp III war ausnahmslos in allen Knötchen Proben getestet.
Molekulare Architekturen Der Trimere SIV Und HIV-1 Umschlag-Glykoproteine Auf Intakte Viren: Stamm-abhängigen Schwankungen Der Quartären Struktur
Der erste Schritt in deiner Zelle Infektion von Menschen und die eng verwandten Simianes Immundefizienz-Viren (HIV und SIV, beziehungsweise) tritt bei der Bindung von Trimere Umschlag Glykoproteinen (Env), bestehend aus Heterodimere der viralen Transmembran-Glykoprotein (gp41) und Oberflächen-Glykoprotein (gp120) in T-Zellen als Ziel. Wissen über die molekulare Struktur der Trimere Env auf intakte Viren ist wichtig für das Verständnis der molekularen Mechanismen Virus-Zell-Interaktionen sowohl für die Gestaltung der wirksame Immunogen-basierte Impfstoffe zur Bekämpfung von HIV/AIDS. Frühere Analysen der intakten HIV-1 BaL Virionen führten bereits Strukturen der Trimere Env in Unliganded und CD4-liganded Zustände bei ~ 20 Å Auflösung. Hier zeigen wir, dass die molekularen Architekturen der Trimere Env aus SIVmneE11S, SIVmac239 und HIV-1-R3A-Stämme sind eng vergleichbar, die zuvor für HIV-1 BaL, mit der V1 und V2, die Variable Schleifen auf dem Höhepunkt der Spike, nahe an der Kontaktzone zwischen Virus und Zelle gelegen. Die Lage der V1/V2 Schleifen in Trimere Env bestätigte endgültig Strukturanalyse von HIV-1-R3A Virionen konstruiert, ausdrückliche Env mit löschen diese Schleifen. Auffällig ist, ist in der CP-MAC, einem CD4-unabhängigen Stamm SIV, Trimere Env in eine konstitutiv "offen" Konformation mit gp120 Trimere gespreizten heraus in eine Konformation wie man für HIV-1 BaL Env, wenn es mit sCD4 und der CD4i-Antikörper 17b komplexiert ist. Unsere Ergebnisse eine strukturelle Erklärung für die molekularen Mechanismen der CD4-unabhängigen Viren Eintrag vorschlagen und, dass Cryo-Elektron-Tomographie verwendet werden kann, um getrennte, funktionell relevante Quaternäre Strukturen der Env angezeigt auf intakte Viren zu entdecken weiter aufzubauen.
Dreidimensionale Strukturen Der Löslichen CD4-gebundenen Staaten Trimere Simianes Immundefizienz-Virus Umschlag Glykoproteine Mit Cryo-Elektron Tomographie Ermittelt
Die Trimere Umschlag Glykoprotein (Env) Spikes angezeigt auf den Oberflächen der Simianes Immundefizienz-Virus (SIV) und humanen Immundefizienz-Virustyp 1 (HIV-1) Virionen bestehen aus drei Heterodimere der viralen Glykoproteinen gp120 und gp41. Bindung von gp120 an CD4 Oberfläche und ein Chemokin-Rezeptor Zellen zu Konformationsveränderungen in gp120 und gp41 entlocken bekannt, haben Änderungen in quartären das Trimer erst kürzlich geklärt. Für die HIV-1-BaL zu isolieren, führt eine auffallende Neuordnung der Trimer aus einer "geschlossenen" zu einer "offenen" Konformation CD4-Anlage. Die Wirkung von CD4 auf SIV Trimere, wurde jedoch nicht beschrieben. Mit Cryo-Elektron Tomographie, wir haben jetzt bestimmt Molekulare Architekturen von löslichen CD4 (sCD4)-Staaten von SIV Env Trimere für drei verschiedene Stämme (SIVmneE11S, SIVmac239 und SIV CP-MAC) gebunden. Im Gegensatz zu HIV-1-BaL zeigte SIVmneE11S und SIVmac239 Env nur geringfügige Konformationsveränderungen nach sCD4 Bindung. In SIV CP-MAC, wo Trimere Env eine konstitutiv "offene" für HIV-1 BaL Env im sCD4-komplexiert Zustand ähnlich Konformation zeigt, wir zeigen, dass in Konformation auf die Bindung von sCD4 oder 7 3 gibt es keine weiteren wesentlichen Änderungen Antikörper. Die Dichte-Karten zeigen auch, dass 7 3 und 17 b Antikörper Ziel Epitopes auf gp120, die sich auf Gegensätze Seiten des Coreceptor-Bindungsstelle. Diese Ergebnisse erlauben neue Einblicke in die strukturelle Vielfalt der SIV Env und zeigen, dass es Stamm-abhängige Unterschiede in der Ausrichtung des sCD4 an Trimere SIV Env gebunden.
