Summary
Wir beschreiben das ausführliche Protokoll für Konstruktion, Simulation, nass-Laborversuche und Analyse für eine rekonfigurierbare DNA Akkordeon Rack 6 mal 6 Maschen.
Abstract
DNA-Nanostruktur-basierte mechanische Systeme oder DNA Nanomaschinen, die komplexe nanoskaligen Bewegung in 2D und 3D in den Nanometer Ångström Auflösung zu produzieren, zeigen großes Potenzial in verschiedenen Bereichen der Nanotechnologie wie die molekulare Reaktoren, Drug-Delivery, und Nanoplasmonic Systeme. Rekonfigurierbare DNA Akkordeon Rack, die gemeinsam eine 2D oder 3D nanoskaligen Netzwerk Elemente, in mehreren Stufen in Reaktion auf die DNA-Eingaben ändern können, wird beschrieben. Die Plattform hat Potenzial, die Anzahl der Elemente zu erhöhen, die DNA Nanomaschinen maßstabsgetreu ein Netzwerk mit mehreren Stufen der Neukonfiguration von ein paar Elemente kontrollieren kann.
In diesem Protokoll beschreiben wir den gesamten experimentellen Prozess der rekonfigurierbare DNA-Akkordeon-Rack 6 mal 6 Maschen. Das Protokoll enthält ein Berechnungsvorgang Regel und Simulation der Strukturen und eine nass-Laborversuch für Synthese und Neukonfiguration. Darüber hinaus ist die Analyse der Struktur mit TEM (Transmissions-Elektronenmikroskopie) und FRET (Fluoreszenz Resonanz Energietransfer) im Protokoll enthalten. Die neuartige Konstruktion und Simulation Methoden fallen in diesem Protokoll unterstützen Forscher, die DNA-Akkordeon-Rack für weitere Anwendungen zu verwenden.
Introduction
Mechanische Systeme auf Basis von DNA Nanostrukturen oder DNA Nanomaschinen1,2,3,4,5 sind einzigartig, weil sie komplexe nanoskaligen Bewegung in 2D und 3D in den Nanometer zu produzieren Ångström Auflösung, nach verschiedenen biomolekularen Reize2,3,6. Durch Anbringen von funktionalen Materialien auf diese Strukturen und ihre Positionen zu kontrollieren, können diese Strukturen in verschiedenen Bereichen angewendet werden. Zum Beispiel wurden DNA-Nanomaschinen für eine molekulare Reaktor7, Drug-Delivery-8und Nanoplasmonic Systeme9,10vorgeschlagen.
Zuvor führten wir die rekonfigurierbare DNA-Akkordeon-Rack, die eine 2D oder 3D nanoskaligen Netzwerk Elemente11 (Abbildung 1A) manipulieren kann. Im Gegensatz zu anderen DNA-Nanomaschinen, die nur wenige Elemente steuern, kann die Plattform gemeinsam periodisch angeordneten 2D oder 3D Elemente in verschiedenen Stadien zu manipulieren. Wir erwarten, dass eine programmierbare chemische und biologische Reaktion-Netzwerk oder einem molekularen Computersystem aus unserem System gebaut werden kann durch die Erhöhung der Anzahl der steuerbaren Elemente. Das DNA-Akkordeon-Rack ist eine Struktur, in der das Netzwerk mehrere DNA-Balken mit Gelenken bestehend aus einzelsträngiger DNA (Abbildung 1 b) verbunden ist. Das Akkordeon Rack durch die DNA-Balken erzeugt wird durch die DNS-Sperren neu konfiguriert die hybridisieren auf den klebrigen Teil der Strahlen und ändern Sie den Winkel zwischen den Balken entsprechend der Länge der Brücke Teil der Schleusen (gesperrten Zustand). Darüber hinaus zeigt mehrstufigen Neukonfiguration durch das Hinzufügen von neuen Schleusen nach Bildung des Freistaates durch DNA-Sperren durch Brückenkopf-basierte Strang Verdrängung12,13abnehmen.
In diesem Protokoll beschreiben wir den Gesamtprozess für Design und die Synthese der rekonfigurierbare DNA-Akkordeon-Rack. Das Protokoll umfasst Konstruktion, Simulation, nass-Laborversuche und Analyse für die Synthese von DNA-Akkordeon Rack 6 mal 6 Maschen und eine Neukonfiguration von diesen. Die Struktur des Protokolls ist das Basismodell der bisherigen Forschung11 und 65 nm von 65 nm Größe, bestehend aus 14 Strahlen. In Bezug auf die Konstruktion und Simulation unterscheidet sich der konstruktive Aufbau des Akkordeon Racks von konventionellen DNA Origami14,15 (d. h. dicht gepackt). Daher wurden die Gestaltungsregel und molekulare Simulation von traditionellen Methoden modifiziert. Um zu demonstrieren, zeigen wir die Designtechnik mit der modifizierten Ansatz von CaDNAno14 und die Simulation des Akkordeon Racks mit zusätzliche Skripte OxDNA16,17 . Schließlich sind beide Protokolle der TEM und Bund für die Analyse der konfigurierten Akkordeon Rack Strukturen beschrieben.
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Protocol
1. Aufbau der 6 von 6 DNA-Akkordeon-Rack mit CaDNAno14
- Herunterladen und installieren CaDNAno 2.0 Software14 um ein DNA-Akkordeon-Rack zu entwerfen (CaDNAno 2.5 ist auch verfügbar auf https://github.com/cadnano/cadnano2.5). Öffnen Sie CaDNAno14 , und klicken Sie auf das Quadrat-Werkzeug fügen Sie ein neues Bauteil mit einem quadratischen Gitter.
- Nummer jeder Strahl des Racks, Akkordeon und zeichnen Sie auf der linken Gitter des CaDNAno14 (Abbildung 2).
- Klicken Sie auf das Bleistiftwerkzeug und ziehen Sie jeden Strahl auf die richtige Bearbeitungsfeld auf der CaDNAno14. Pause strahlt jede 32 bp, die für Fugen zwischen benachbarten Balken ist. Legen Sie Grundnahrungsmittel Frequenzweichen in der gleichen Position wie die Gelenke. Verwenden Sie das Tool einfügen und das Buntstift-Werkzeug in CaDNAno14 zusätzliche einsträngige Frequenzweichen haben Gelenke lassen.
- Klicken Sie auf das Bleistift-Werkzeug und verbinden Sie die Gelenke zu. Jeder Strahl hat sieben Gelenke.
- Gerüst Frequenzweichen um die einzelne Schleife die Gerüste zusammenführen, mithilfe der zuvor gemeldete Gerüst routing Algorithmus11zu generieren. Lassen Sie sich nicht die minimale bindende Domäne zwischen Gerüst und Grundnahrungsmittel Stränge werden weniger als 8 bp (Abbildung 3).
- Platzieren Sie die Gerüste, die nicht verwendet werden in der Baugruppe an den Scheitelpunkten auf gegenüberliegenden Seiten des Akkordeon Racks, gelegen, wie in Abbildung 3dargestellt.
- Klicken Sie auf das Werkzeug zu brechen. Brechen die Stränge wo Grundnahrungsmittel Stränge kreisförmige oder länger als 60 sind bp.
- Die DNA-Stränge Sperre zu entwerfen.
- Klicken Sie auf das Werkzeug zu brechen. Pause 8 bp ein Grundnahrungsmittel DNA-Region ein klebrigem Teil zu löschen 8 bp ein Grundnahrungsmittel DNA-Region. In der 6 x 6-Akkordeon-Rack gibt es 18 klebrigen Teile (Abbildung 1).
- Platzieren Sie Sequenzen, die umgekehrte sind an beiden Enden der Sperre Stränge komplementär zu den klebrigen Teile zu und verbinden sie durch eine Überbrückung Region, bestehend aus Poly T Stränge der gewünschten Länge (Abbildung 1 b).
- Für die Neukonfiguration hinzufügen 8 bp Brückenkopf Sequenzen am Ende des DNA sperrt für Strang Verschiebung. Die Brückenkopf-Sequenz verwendet, ist in Tabelle 2.
- Bereiten Sie Poly A Stränge, die komplementär zu der Überbrückung Region rückgängig zu machen sind.
- Design-Stränge, die komplementär zu der DNA-Schlösser für die Neukonfiguration Experiment rückgängig zu machen sind.
- Klicken Sie auf die Sequenz-Werkzeug und klicken Sie auf Gerüst DNA. Wählen Sie das Gerüst als standard M13mp18. Klicken Sie auf das Export-Tool und speichern Sie die Sequenz im Csv-Format (Tabelle 1).
(2) die Struktur mit dem OxDNA zu simulieren.
- Downloaden Sie und installieren Sie der OxDNA16,17. Die neuesten Quellcode ist verfügbar auf https://sourceforge.net/projects/oxdna/files/.
- Stellen Sie Start Konfigurations-Dateien aus der CaDNAno-14 -Datei mit Python-Skript "cadnano_interface.py", die in der OxDNA16,-17 -Paket bereitgestellt wird. Die Nutzung ist wie folgt: 'Python cadnano_interface.py cadnano_file.json sq'. Jetzt werden die Topologie und Konfigurationsdatei generiert.
Hinweis: Die topologiedatei enthält wie viele Stränge und Nukleotide sind in der Struktur und Informationen über Rückgrat-Backbone Verbindungen zwischen Nukleotiden. Die Konfigurationsdatei enthält allgemeine Informationen wie Zeitschritt, Energie und Boxgröße. Orientierungsinformationen wie Position Vektor, Rückgrat-Base Vektor, Normalenvektor, Velocity und Winkelgeschwindigkeit der Nukleotide ist auch enthalten (Abbildung 4). - Ändern Sie die Informationen in der Topologie und Konfiguration-Datei vom CaDNAno14 zu machen, die echte strukturelle Informationen des Akkordeon Racks zu reflektieren. Alle Balken sind parallel angeordnet, wenn die Topologie und Konfiguration-Dateien von CaDNAno14 visualisiert werden. Allerdings ist das Akkordeon Rack eine Gitterstruktur, so dass der Abstand zwischen verklebten Nukleotide sind weit für Simulation (Abbildung 5).
- Drehen Sie und verschieben Sie jeder Strahl auf die gewünschte Gitterstruktur. Die neun Spalten auf der linken Seite in der Konfigurationsdatei sind der Position Vektor, Rückgrat-Base Vektor und Normalenvektor (Abbildung 4). Um einen Lichtstrahl zu drehen, drehen Sie alle Stellung, Rückgrat-Base und normalen Vektoren mit rotatorischen Transformation. Dann bewegen Sie einen Strahl durch Veränderung des Position Vektors um es zu finden, wie in Abbildung 5dargestellt.
- Entspannen Sie die Struktur mit dem Skript in das OxDNA-Paket zur Verfügung gestellt (siehe Beispiel in $oxDNA/Beispiele/RELAX_INITIAL_CONFIGURATION für weitere Informationen).
- Molekulardynamik-Simulation für 10 Millionen Schritte mithilfe der entspannten Konfigurationsdatei ausgeführt. Die Nutzung ist wie folgt: '. / OxDNA < Eingabe >' speichern Daten alle 5000 oder 10000 Schritte.
- Visualisierung
Hinweis: Die Strukturen wurden mit Cogli visualisiert.- Downloaden Sie und installieren Sie die neueste Version von Cogli (https://sourceforge.net/projects/cogli1/).
- Führen Sie die Cogli mit der Topologie und Konfiguration Dateien aus der OxDNA-Simulation. Die Nutzung ist wie folgt: '. / cogli1 -t < topologiedatei >< Konfigurations-Datei > ".
- Verstecken Sie die Box mit der Taste b.
(3) Synthese der Struktur
Hinweis: Die Synthese-Methode wird von der vorherigen Protokoll15,18angepasst.
- Erwerben Sie die gestalteten DNA-Klammern bei einem Oligonukleotid-Anbieter.
- Passen Sie die Konzentration von diesen DNA-Klammern zu 100 μM mit Nuklease-freies Wasser.
- Bündeln Sie jeder DNA-Strang, die eine "free State" Struktur in eine Röhre bildet und passen Sie die Konzentration auf 2 μM für jeden Strang.
- Pool DNS Sperre Stränge durch Länge und Anzahl der Sperre Orte in Röhren und passen Sie die Konzentration auf 2 μM für jeden Strang. 18, 9 und 4 Sperre Websites dienen. Fügen Sie Poly-A-Stränge, die zu überbrückenden Region bei der gleichen Konzentration sind.
- Pool-Stränge, die komplementär zu der DNA umzukehren sind Sperren Stränge durch Länge in Röhren und passen Sie die Konzentration auf 2 μM für jeden Strang.
- Bereiten Sie MgCl2 Lösung von 300 nM durch Mischen von 70 μL der Nuklease-freies Wasser und 30 μl 1 μM MgCl2 Lösung. Bereiten Sie eine 5 x Tris-EDTA-Lösung durch Mischen von 95 μL der Nuklease-freies Wasser und 5 μL der 100 X-Tris-EDTA-Lösung.
- Fügen Sie 2 μL Heftklammer DNA, 1,1 μl MgCl2 Lösung, 2 μl Tris-EDTA-Lösung, 7,6 μl der Nuklease-freies Wasser und 7,3 μL Gerüst DNA von denen die Konzentration beträgt 110 nM 20 μL des gemischten Materials zu machen. Setzen Sie die Endkonzentration des Gerüstes DNA auf 40 nM, Heften DNA zu 200 nM, MgCl2 bis 16 mM und Tris-EDTA-Lösung 0,5 X.
- Erhitzen Sie schnell gemischte Vorratslösung in einem Thermocycler bis 80 ° C und kühlen bis 60 ° C mit einer Rate von 4 min pro ° C und kühlen von 60 ° C bis 4 ° C mit einer Rate von 40 min pro ° C.
4. Reinigung der Struktur
Hinweis: Die Proben aller Strukturen wurden vor der Analyse gereinigt. In diesem Abschnitt beschreiben wir das Protokoll der PEG Reinigung, vom früheren Literatur19angepasst ist. Die Probe kann auch durch Gelelektrophorese gereinigt werden, wie im vorherigen Literatur15,18beschrieben.
- 5 M NaCl und 100 X Tris-EDTA vorzubereiten.
- Bereiten Sie Niederschlag-Puffer durch das Mischen von 150 μL der PEG 8000, 500 μL 100 x Tris-EDTA und 101 μL 5 M NaCl und 249 μL der Nuklease-freies Wasser.
- Bereiten Sie Ziel-Puffer durch das Mischen von 5,5 μl 300 nM MgCl2 Lösung von Abschnitt 3.3, 10 μl 5 X Tris-EDTA-Lösung von Abschnitt 3.3 und 84,5 μL der Nuklease-freies Wasser.
- Mix 20 μL der synthetisierten Struktur aus Abschnitt 3 und 20 μL des Niederschlag-Puffer von Abschnitt 4.2. Dann drehen Sie den gemischten bestand bei 16000 X g bei 4 ° c Entfernen des Überstands und Pellet in den Zielpuffer aus Abschnitt 4.3 auflösen.
(5) Neukonfiguration des Akkordeon Racks von einem "freien Staat" zu "Gesperrten Zustand"
- Die Struktur ohne DNA-Schlösser für die Konfiguration-Experiment zu synthetisieren.
- Bereiten Sie DNS-Sperre Stränge aus Abschnitt 3.
- Fügen Sie 2 μL der DNA-Stränge der Sperre der gewünschten Länge in 20 μL der synthetisierten Struktur. Die DNA-Sperre Stränge Konzentration ist fünfmal höher als die Struktur.
- Inkubation der Probe für 0, 10, 25, 50 oder 100 Minuten zu sehen, wie schnell Neukonfiguration auftritt.
- Für die Inkubation von 100 Minuten 30 Minuten Probe bei 50 ° C inkubieren und bis zu 25 ° C mit einer Rate von 0,33 ° C/min langsam abkühlen.
- Für die 50-minütige Inkubation Inkubation der Probe bei 50 ° C für 15 Minuten und bis zu 25 ° C mit einer Rate von 0,66 ° C/min langsam abkühlen.
- Für die 25 minütige Inkubation 7,5 Minuten Probe bei 50 ° C inkubieren und bis zu 25 ° C mit einer Rate von 1,32 ° C/min langsam abkühlen.
- Für die 10 Minuten Inkubation 3 Minuten Probe bei 50 ° C inkubieren und bis zu 25 ° C mit einer Rate von 3,3 ° C/min langsam abkühlen.
- Für die 0-minütige Inkubation speichern Sie Muster 4 ° C rechts nachdem Schleusen DNA-Stränge hinzugefügt werden.
- Direkt nach dem anbringen Schritt rasch Abkühlen der Probe auf 4 ° C zu verhindern, dass unerwünschte Denaturierung.
6. Umgestaltung des Akkordeon Racks aus "Gesperrten Zustand" zu einem "freien Staat"
- Die Struktur mit DNA-Schlössern der gewünschten Länge für die Konfiguration-Experiment zu synthetisieren.
- Umgekehrte komplementäre Stränge aus Abschnitt 3 vorbereiten.
- Fügen Sie 2 μL der Stränge, die komplementär zu der Sperre Stränge der gewünschten Länge in 20 μL der synthetisierten Struktur rückgängig zu machen sind. Die DNA-Sperre Stränge Konzentration ist fünfmal höher als die Struktur.
- Inkubation der Probe für 0, 12, 60, 120, 240 Minuten zu sehen, wie schnell Neukonfiguration auftritt.
- Für die 12, 60, 120, 240 Minuten Inkubation, rasch die Probe auf 40 ° C erhitzen und langsam abkühlen auf 20 ° C für die Zeit, die für jede. Direkt nach dem Trennen Schritt rasch Abkühlen der Probe auf 4 ° C zu verhindern, dass unerwünschte Denaturierung.
- Für die 0-minütige Inkubation speichern Sie Muster 4 ° C rechts nach rückwärts komplementäre Stränge hinzugefügt werden.
(7) TEM Imaging
Hinweis: TEM-imaging-Protokoll wurde von früheren Literatur18,20angepasst.
- Bereiten Sie 1,25 M NaOH-Lösung durch Mischen von 87,5 μL der Nuklease-freies Wasser und 12,5 μl 10 M NaOH Lösung vor.
- 50 μL der 2 %-Uranyl-Formiat-Lösung 1 μl 1,25 M NaOH-Lösung hinzufügen.
- Vortex: die Lösung für 3 Minuten und Zentrifuge bei max. Drehzahl für 3 Minuten. Kaution 3 μL der gereinigten Probe in der Glut entladen TEM Startaufstellung für 3 Minuten und schnell auswaschen mit Filterpapier.
- 7 μL bereit Uranyl Formiat Lösung für 30 Sekunden zu hinterlegen und schnell auswaschen mit Filterpapier.
- Messen Sie die Länge und den Winkel der Akkordeon-Struktur durch TEM abgebildet.
(8) Bund-Analyse
- Verwenden Sie Atto 550 und Atto 647N Farbstoff, wofür die Förster-Entfernung 6,5 beträgt nm. Ersetzen Sie Grundnahrungsmittel 58 und Grundnahrungsmittel 117 in Tabelle 1 mit Gewebekulturen gekennzeichneten Adern. Dann synthetisieren Sie die Struktur mit Gewebekulturen gekennzeichneten Adern durch die in Abschnitt 3 beschriebenen Methode.
- Die Konzentration der gereinigten Probe zu messen.
- Normalisieren Sie die Probe 10 nM und Last 50 μL, 384 Mikroplatten gut.
- Begeistern Sie die Probe mit Donor und Akzeptor Farbstoffe bei 550 nm und messen die Fluoreszenz-Spektrum von 570 nm bis 800 nm mit einem Fluorometer.
- Die Fluoreszenz-Spektrum der Spender nur Probe auf die gleiche Weise zu messen.
- Begeistern die Farbstoffe der Probe bei 650 nm und die Fluoreszenz-Spektrum und Messen von 670 nm bis 800 nm. Dies ist zur Messung der Konzentration der Akzeptor.
- Erhalten Sie die Standardabweichungen durch Wiederholung des gleichen Experiments mit drei Proben, die synthetisiert werden und separat gereinigt.
- Berechnung der FRET-Effizienz mit dem Verhältnis eine Methode wie beschrieben durch die Gleichung unten21.
DA550: Akzeptor-Peak-Fluoreszenz-Intensität der Probe mit Donor und Akzeptor bei 550 nm Anregung.
D-550: Fluoreszenz-Intensität an den Akzeptor Emissionsbereich der Spender nur Probe bei 550 nm Anregung.
DA650: Akzeptor-Peak-Fluoreszenz-Intensität der Probe mit Donor und Akzeptor bei 650 nm Anregung.
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Representative Results
Gestalteten 6 mal 6 DNA Akkordeon Rack wird von den OxDNA16,17 simuliert und die Ergebnisse sind in Abbildung 6dargestellt. Aus dem Simulationsergebnis bestätigte sich, dass die beabsichtigte Struktur ohne Verzerrung der Struktur gebildet wird.
Die TEM-Bilder in Abbildung 7 sind Bilder der konfigurierten Strukturen mit einer Sperre Länge von 2, 8, 13 und 20 bp. Auf dem Bild wird der Winkel der Strukturen (Abb. 8A) verringert, wie die Länge der Sperre länger wird. Um die Tendenz statistisch zu analysieren, wurden der Mittelwert und die Standardabweichung des Winkels (Abb. 8A) von mehreren konfigurierten Strukturen (Abb. 8 b) erhalten. Auch die Bund-Messergebnisse zeigen, Strukturwandel und seine Geschwindigkeit, neben der strukturellen Tendenz gezeigt, in der TEM-Bild (Abbildung 8).
Aus dieser Analyseverfahren Charakterisierung des DNA-Akkordeon Racks wie wie viele Schlösser sind notwendig für die strukturelle Konfiguration und Rekonfiguration Geschwindigkeit bestimmt war.
Abbildung 1: Eine rekonfigurierbare DNA-Akkordeon-Rack. A. das DNA-Akkordeon Rack besteht aus starren DNA-Balken und mehrere flexible Gelenke, die einzelnen Balken verbinden. Das Akkordeon Rack ist unterschiedlich nach der Länge der DNA Sperren konfiguriert. Verschiedene 2D und 3D Plattformen können entworfen werden, indem Sie die Plattform ändern. B. die Neukonfiguration des DNA-Akkordeon Racks wird durch Hybridisierung von DNA-Schlösser mit unterschiedlichen Längen erreicht. In der "Freistaat"-Struktur wenn die Frequenzweichen (oder Gelenke, gelb), zusätzliche Nukleotide hinzugefügt werden kann durch die lockere Verbindung zwischen den DNA-Balken (bestehend aus zwei Helices), der Winkel (oberen Teil) geändert werden. Hybridisierung der Schleusen DNA mit verschiedenen Längen Teil der Brücke auf den klebrigen Teil der beiden benachbarten Strahlen erzeugt die "gesperrten Zustand" (unterer Teil). Strang Verschiebung mit den Brückenkopf teilen (blau) der DNA-Schleusen mit dem Kraftstoff-Strang DNA Schlösser aus dem gesperrten Zustand der Struktur zu lösen und ändern Sie den Status des freien. Wiederholen Sie den Prozess mit verschiedenen Bibliotheken der Schleusen DNA, ist die Struktur mit unterschiedlichen Winkeln neu konfiguriert. Diese Zahl wurde von der bisherigen Forschung11geändert. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.
Abbildung 2. 6 mal 6 Akkordeon Rack ist entworfen, mit der CaDNAno. Die 14 Strahlen die DNA-Akkordeon-Rack sind nummeriert und auf das Gitter-Panel von der CaDNAno gezeichnet. Diese Zahl wurde von der bisherigen Forschung11geändert. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.
Abbildung 3. Gerüst Routingalgorithmus. A. Gerüst, die nicht in der Versammlung auf den Scheitelpunkten befindet sich auf gegenüberliegenden Seiten des Akkordeon Racks verwendet werden. B. sieben Regelkreise werden in einer einzelnen Schleife durch die Generierung von Gerüst Frequenzweichen zusammengeführt. Mindestens sechs Gerüst Frequenzweichen Points sind notwendig, und die Position des Gerüst Frequenzweichen angepasst aus der bisherigen Literatur. Diese Zahl wurde von der bisherigen Forschung11geändert. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.
Abbildung 4. Beispiel einer Konfigurationsdatei. Die Konfigurationsdatei enthält allgemeine Informationen wie den Zeitschritt, Energie und Box Größe und Ausrichtung. Die neun Spalten auf der linken Seite in der Konfigurationsdatei sind der Position Vektor, Rückgrat-Base Vektor und Normalenvektor bzw.. Die sechs Spalten auf der rechten Seite sind Geschwindigkeiten und Winkelgeschwindigkeiten. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.
Abbildung 5. Visualisierung der Konfigurationsdatei vor und nach der Änderung. Position, Rückgrat-Base und normaler Vektor wurde geändert mit rotatorischen Transformation um die Informationen in der Konfigurationsdatei die Strukturinformationen des Akkordeon Racks zu reflektieren. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.
Abbildung 6. Simulationsergebnis aus OxDNA. Das Akkordeon Rack mit DNA-Schlössern, von denen die Längen 2, 8, 13 und 20 bp sind wurden simuliert. 18 Seiten Sperren wurden verwendet. Eine 6 x 6 Akkordeon Rack mit einer DNA zu sperren, von denen ist die Länge A 2, bp, B 8 bp, C 13 bp und D 20 bp werden simuliert undvisualisiert durch Cogil. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.
Abbildung 7. TEM Bilder von konfigurierten 6 mal 6 DNA Akkordeon Racks. Strukturen mit Sperre Längen A 2 bp, B 8 bp, C 13 bp und D 20 bp wurden abgebildet. 18 Sperren Websites wurden für dieses Experiment verwendet. (Maßstab: 100 nm). Diese Zahl wurde von der bisherigen Forschung11geändert. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.
Abbildung 8: Die Winkelsteuerung 2D Akkordeon Rack. Der Winkel des Akkordeon Racks, bestehend aus 6 x 6 Maschen wurde durch die Länge der DNA Sperren gesteuert. A. 18 Sperren Websites des Akkordeon Racks DNA-Schleusen mit einer Länge von 2, 8, 13 und 20 bp hinzufügen, der Winkel (blau) Konfiguration ist in den repräsentativen TEM Bildern sehen. Der Farbstoff-Paar, Atto647N und Atto550 ist die Struktur für FRET-Effizienz-Analyse beigefügt. (Maßstab: 100 nm) B. die Verteilung der konfigurierten Winkel. Die überlagerten Trendlinie (grau) ist aus dem Diagramm der 1 Sperre pro 2 Maschen. Darüber hinaus entspricht das Raster der x-Achse das gleiche Raster auf dem Graphen der 1 Sperre pro 2 Maschen. Balken stehen für eine Standardabweichung vom Mittelwert Winkel. C. die Verteilung der FRET-Effizienz. Balken stehen für eine Standardabweichung von der mittleren Effizienz. D. Bund Effizienz ändern, während der Staat umgestellt von frei, gesperrt oder umgekehrt nach unterschiedlichen Inkubationszeiten gemessen wurde. Die DNS-Sperre mit einer Länge von 2 bp verwendet wurde. Balken stehen für eine Standardabweichung von der mittleren Effizienz. Diese Zahl wurde von der bisherigen Forschung11geändert. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.
| Name | Sequenz | Länge | |||
| Grundnahrungsmittel 1 | ATAAGAGGTCATTTTTGCGGATGGATGTTACT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 2 | CAAAGTTACCAGAAGGAAACCGAGACATCGGG | 32 | |||
| Heftklammer 3 | ACAATGAAATAGCAATAGCTATCTCAAATAAA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 4 | CGCTAATATGAACGGTGTACAGACCAGGCGCATAGGCTGGGAACAAAGTCAGAGGG | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 5 | CAGAAAACCCGGAATAGGTGTATCACCGTACTCAGGAGGTCCCCCTCAAATGCTTT | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 6 | AGTGAGAATAGAAAGGTATGATATTCAACCGTTCTAGCTGATAAATTATCAACAGT | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 7 | ATTTGGGGCGCGAGCTATATGGTT | 24 | |||
| Grundnahrungsmittel 8 | GCCTTTATTTCAACGCAAGGATAATTAATGGA | 32 | |||
| Heftklammer 9 | TCAATTACCCACTACGAAGGCACCGGTAAAAT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 10 | ATTCAGTGAATAAGGCTTGCCCTGAAAACAGA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 11 | AGAAACAATAACGGATTCGCCTGATAGCCGAA | 32 | |||
| Heftklammer 12 | ATCAATATCTGGTCAGTTGGCAAAAGTAACAA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 13 | CGGAGACAGTCAAATCACCATCAAGGGTTAGA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 14 | GAGAATTAACTGAACACGAAACAAAGTACAACGGAGATTTGTATCATCGAAGCGCA | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 15 | CGAGAGGGTTGATATAAGTATAGCATAGGAAC | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 16 | CCCTTATTAGCGTTTGCCATCTTTTGGTGCCG | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 17 | GTTTTCATCGGCATTTATGCCGGA | 24 | |||
| Grundnahrungsmittel 18 | GTAGCAACTTCCAGTAAGCGTCATGTCTCTGA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 19 | AGCTAATGCAGAACGCAATAAACA | 24 | |||
| Grundnahrungsmittel 20 | CCGTAATGGGATAGGTCACGTTGGGCCTATTT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 21 | ACCAGAGCCACCACCGCGAGAGGC | 24 | |||
| Grundnahrungsmittel 22 | AGGCTCCAAAAGGAGCCGTTTACCAGACGACGATAAAAACCAAAATAGAAAATCTC | 56 | |||
| Heftklammer 23 | GCCGGAAGGAAACGCAATAATAACGGAATACCCAAAAGAACTCACAATTCCACACA | 56 | |||
| Heftklammer 24 | TTTTTCACCGGTGTCTGGAAGTTTCATTCCATATAACAGTACTAAAGGAATTGCGA | 56 | |||
| Klammer 25 | ATCAGGTCTTTACCCTCGCATTAAATTTTTGTTAAATCAGCTCATTTTTGACCATA | 56 | |||
| Klammer 26 | TGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTGACATTCA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 27 | AATAAAGAAATTGCGTAGATTTTCAGCTGCTC | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 28 | CCCAATCCTCGCACTCCAGCCAGCTTTCCGGCACCGCTTCAAAATAAACAGCCATA | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 29 | AAAGACTTCAAATATCATCAAAAGAATAGCCCGAGATAGGGTTGAGTGATTAAGAG | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 30 | GTAGCGACAGAATCAAGTTTGCCTGATTTAGA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 31 | GCCACCCTCAGAACCGCCACCCTCAACAAGAG | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 32 | AAGCAAGCCGTTTTTATTTTCATCTCCTGATT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 33 | GAGGGTAGCTATTTTTGAGAGATCCGTCAGAC | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 34 | TATGACCCTGTAATACTCCCATCCTAATTTACGAGCATGTAGAAACCAGTTGTACC | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 35 | GATTAGAGAGTACCTTAACAGTGCCCGTATAAACAGTTAATGCCCCCTAACTCCAA | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 36 | CGTCTTTCCAGACGTTGTAGGAATCATTACCGCGCCCAATAGCAAGCACGATCTAA | 56 | |||
| Klammer 37 | TTTAACGTCAAAAATGAGTGAGACGGGCAACAGCTGATTGCCCTTCACAAGAAACG | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 38 | TTTAACGGGGTCAGTGCCTTGAGTATAAGGGA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 39 | AATTGTGTGCAAAATCCCTTATAAGGTGGTTC | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 40 | ACCAGTAGCACCATTACCATTAGCTTTCAGGG | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 41 | AAACATCAAGAAAACAAAATTAATTCACATTA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 42 | TTGGCCTTGATATTCATCATCTTT | 24 | |||
| Heftklammer 43 | TGCATCAATCAACAGTTGAAAGGAATTGAGGAAGGTTATCATTATAGTCAGAAGCA | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 44 | GCCCCAGCAGGCGAAAATCCTGTTAGGGGACG | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 45 | TCCTCATTAAAGCCAGAATGGAAAAGCAAGAA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 46 | GAGCCTAATTTGCCAGGGGGGTAATAGTAAAATGTTTAGACTGGATAGAACGAGCG | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 47 | TAAGAGCAACACTATCATAACCCTTTAACGTC | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 48 | ATAGCAAGCCCAATAGGAACCCATGCAAAATC | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 49 | CATAAAAACTTAGAGCTTAATTGCTGAATATAATGCTGTATAGCAGCCTTTACAGA | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 50 | ATTTACCGGGCTACAGAGGCTTTGGAACGAGG | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 51 | GTGCCTAATGAGTGAGAATGCAGATACATAACGCCAAAAGGAATTACGAAGTGTAA | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 52 | ATACCGATAGTTGCGCATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTTTCTTAA | 56 | |||
| Heftklammer 53 | ATAACCGATACCGAAGCCCTTTTTAAGAAAAGTAAGCAGAAATGACAACAACCATC | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 54 | TCAGAGCCGCCACCCTCAGAACCGGCTCAACA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 55 | TTTTGCAAAAGAAGTTTTGCCAGAAATCAAAA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 56 | GGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTAAGAAACC | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 57 | ACATGTTCAAAGACACCACGGAATCATATAAA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 58 | CTGTGTGAAATTGTTAGAGTAATGTGTAGGTAAAGATTCAAAAGGGTGTGGTCATA | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 59 | TTTCGAGGCCGGATATTCATTACCCAAATCAACGTAACAAAATTGTATCGGTTTAT | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 60 | CTTTAGGAGCACTAACAACTAATAAGCCCCAA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 61 | AGATTAGTTGCTATTTTACAAAGGCTATCAGGTCATTGCCTGAGAGTCTTGAAGCC | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 62 | GAGCCGCCGCCAGCATTGACAGGACTGACCTT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 63 | GAAACCAGGCAAAGCGCCATTCGCTCATAGCC | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 64 | CATCAAGAGTAATCTTGACAAGAACACCACCA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 65 | AACCTTGCTTCTGTAAATCGTCGCTTATCAAC | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 66 | TAGTTAGCGACAACTCGTATTAAATCCTTTGCCCGAACGTGTAGCATTCCACAGAC | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 67 | ACCGATTGAGGGAGGGAAGGTAAAGGGGGATG | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 68 | TACCAGCGCCAAAGACAAAAGGGCGTTTAGCT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 69 | TCATATATTTTAAATGCAATGCCTAAAACGAA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 70 | ACATTATCATTTTGCGTATTGACG | 24 | |||
| Grundnahrungsmittel 71 | CGGAACCTATTATTCTGAAACATGCGGATTGA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 72 | CCTGAGAGATATTTTGTTAAAATTTAAATTGT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 73 | GAAACCATCGATAGCAAATCAGAT | 24 | |||
| Grundnahrungsmittel 74 | CTCAGAGCCGCCACCATATTGGGC | 24 | |||
| Grundnahrungsmittel 75 | CACCGACTTGAGCCATTTGGGAATACACTGAG | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 76 | TCATGAGGAAGTTTCCATTAAACGTTTGCGGG | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 77 | AAACAGGAAGATTGTATAAGCAAATAAAATAT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 78 | ATCGTCACCCTCAGCAGCGAAAGAAGACTTTT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 79 | ATCAACATTAAATGTGTTGTTCCA | 24 | |||
| Grundnahrungsmittel 80 | TGCAGGGAGTTAAAGGAACGAAAGAGGCAAAAGAATACACTAAAACACTTCGGTCG | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 81 | ACGTAATGCTGAGCAAAAGAAGATTATTCATT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 82 | AATCGATGAACGGTAATCGTAAAATTAGTACC | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 83 | GACCCCCAGCGATTATACCAAGCGGAGGCAGG | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 84 | CGAAATCCGCGACCTGGCCTGATA | 24 | |||
| Grundnahrungsmittel 85 | GCCATCAAAAATAATTCGCGTCTGAGTGCCGT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 86 | TCGGCTGTCTTTCCTTATCATTCCATTACCTT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 87 | CAGACCGGGGGCGCATCGTAACCGTGCATCTGCCAGTTTGTTTAATTCGAGCTTCA | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 88 | GTTTGGAACAAGAGTCCACTATTACCTGTAGC | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 89 | AACAGTACATAAATCAATATATGTCGGGAGAA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 90 | GACGTTGGGAAGAAAAATCTACGTCTGGCATG | 32 | |||
| Heftklammer-91 | CAAAATCGCGCAGAGGCGGGAAAC | 24 | |||
| Heftklammer-92 | ATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTGATGAAAC | 32 | |||
| Heftklammer-93 | CCCCGGTTGATAATCACGTCCAAT | 24 | |||
| Heftklammer-94 | ATGCCTGCAGGTCGACAAGAACGGGTATTAAACCAAGTACCGCACTCACCAGTGCC | 56 | |||
| Heftklammer-95 | GTTTGGATTATACTTCTGAATAATTGATTCCC | 32 | |||
| Heftklammer-96 | ACCGAACTGACCAACTTTGAAAGATAATAAGT | 32 | |||
| Heftklammer-97 | GCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCCCTCAGAG | 32 | |||
| Heftklammer-98 | CAGTTGAGATTTAGGAATACCACATACATTTA | 32 | |||
| Heftklammer-99 | TAGCCGGAACGAGGCGCAGACGGTTCCTTTTG | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 100 | AGTATTAGACTTTACAAACAATTCCGTAATCA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 101 | CTTGCGGGAGAACCGCCACCCTCAGAGCCACCACCCTCATGAGGCGTTTTAGCGAA | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 102 | TTAAGAACTGGCTCATATCAATAA | 24 | |||
| Grundnahrungsmittel 103 | CATACAGGCAAGGCAAAGAATTAGAAGTTTAT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 104 | ATTGAGTTAAGCCCAAACATGGCTTTTGATGATACAGGAGTGTACTGGGAGATAAC | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 105 | ATAGAAGGCTTATCCGGTATTCTACGGAAACG | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 106 | CTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGATTTGAATA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 107 | CTTACCAAGATTAGAGCCGTCAATAGATAATACATTTGAGCCCAGCTACAATTTTA | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 108 | ACCTTGCTGAACCTCAAAAGTATTAAGAGGCTGAGACTCCTCAAGAGAAAAAATCT | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 109 | TTTGTCACAATCAATAGAAAATTCCAATAAAT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 110 | CAATTCTATTCAACTTTAATCATTCTTGAGAT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 111 | ACGACAGTATCGGCCTCAGGAAGAGCTGGTTT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 112 | ACTGCGGAATCGTCATAAATATTCATGTCAAT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 113 | TTTCGTCACCAGTACAAACTACAAATCACCGT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 114 | AATTCTGCGAACGAGTAGATTTAGTCCTGATT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 115 | GAAATTATTCATTAAAGGTGAATTTTTAAAAG | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 116 | ACCAGAAGGAGCGGAATTATCATCTCGGTGCG | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 117 | AATTCGTAACGAGAAACACCAGAACGAGTAGTAAATTGGGGAGGATCCCCGGGTAC | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 118 | ATTAAGACTCCTTATTACGCAGTACCAGTCAG | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 119 | GGTTTAATCTAATAGTAGTAGCATGGTGGCAT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 120 | AAACCGTCTTAGCGGGGTTTTGCTCAGTACCAGGCGGATATGGACTCCAACGTCAA | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 121 | TATCAAAATTATTTGCAGAAAGGC | 24 | |||
| Grundnahrungsmittel 122 | ACAACATTATTACAGGTAGAACCC | 24 | |||
| Grundnahrungsmittel 123 | CCCGTCGGATTCTCCGTGGGAACAAACCCTCA | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 124 | ACAATTTCATTTGAATTACCTTTTAGATTCAT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 125 | GCTAAACACATTCAGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGAAATGAATTTTCTGTAT | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 126 | AATAGATAAGTCCTGAACAAGAAAGAGTGAAT | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 127 | AAAGCTAATGTTAGCAAACGTAGAAAATACATACATAAAGTTAAGCAATAAAGCCT | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 128 | TGTTTTAAATATGCAACTAAAGTACGCCTCCC | 32 | |||
| Grundnahrungsmittel 129 | ATACAGTAACAGTACCAGGCATAG | 24 | |||
| Heftklammer 130 | GTAAAACGTTTGACCATTAGATACATTTCGCAAATGGTCACAGGGTTTTCCCAGTC | 56 | |||
| Grundnahrungsmittel 131 | AGTTGCAGCAAGCGGTCGCCTGGC | 24 | |||
| Grundnahrungsmittel 132 | ATGGCAATTCATCAATTCGAGAAC | 24 | |||
Tabelle 1. Reihenfolge der Grundnahrungsmittel Stränge
| Name | Sequenz |
| Toehold_1 | AGAAGTCG |
| Toehold_2 | AGGTATGG |
| Toehold_3 | CTCCACTC |
| Toehold_4 | GTGTCCGA |
| Toehold_5 | AAGTAGAC |
| Toehold_6 | GAGTCGCT |
| Toehold_7 | AGTGTCTA |
| Toehold_8 | GTATCGTG |
| Toehold_9 | CATCACAG |
| Toehold_10 | CGAGACTT |
| Toehold_11 | ACGGACGA |
| Toehold_12 | GCCTACTC |
| Toehold_13 | GATGTGGA |
| Toehold_14 | GCGTGCGT |
| Toehold_15 | GTGGACAA |
| Toehold_16 | TACGACTG |
| Toehold_17 | CAGCCGTG |
| Toehold_18 | TGCCGCAT |
Tabelle 2. Brückenkopf-Sequenz für das Strang-Verschiebung-experiment
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Discussion
Dieses Protokoll stellt den gesamten Prozess aus Konstruktion, Simulation, Synthese und Analyse von der 2D DNA Akkordeon Grundregal. Das geänderte Design und Simulation Regeln sind beschrieben worden weil standard DNA Origami Design Rule anders, dass die DNA-Akkordeon-Rack zusätzliche Nukleotide an die Frequenzweichen für Flexibilität14,15hat. Aus diesem Grund erwarten wir, dass das Protokoll verschiedene Forschungen mit DNA-Akkordeon Regale beschleunigen kann. Das beschriebene Protokoll kann darüber hinaus auch auf andere Untersuchungen mit DNA Nanostructure anstatt standard DNA Origami angewendet werden.
Strukturen als die 2D Grundstruktur in der ursprünglichen Forschungsarbeit nachgewiesen kann das Design mit Änderungen des Protokolls beschrieben erfolgen. In Kürze soll eine Boxen-Handschuh-Feder-Struktur durch Ändern der Strahlenzahl und Länge aus dem Basismodell. 3D Nanotubular Strukturen können auch durch die Verbindung von beiden Ends einer 2D Akkordeon Rack-Struktur erstellt werden. Jedoch für die Simulation der 3D-Strukturen, die ursprüngliche Position der Balken im 3D-Raum betrachtet werden und der ursprüngliche Zustand der Balken soll gebogen werden. Daher ist mehr rechnerische Umwandlung erforderlich. Entwurf und Simulation von verschiedenen 2D und 3D DNA Akkordeon Rack, die Strukturen durchgeführt werden soll, durch die Entwicklung der CAD-Programm in Zukunft erforschen.
Geschwindigkeit und Wiederholbarkeit der Betätigung sind ebenfalls wichtige Faktoren im Bereich der dynamischen DNA-Nanotechnologie. Vor kurzem dynamische DNA-Strukturen, die auf externe elektrische oder magnetische Feld vorgeschlagen und mit hoher Geschwindigkeit22,23betrieben. Während die DNA Akkordeon Rack kollektiven Betätigung mehrere DNA-Balken aktiviert hat, war die Rekonfiguration Geschwindigkeit nicht wesentlich verbessert, da Betätigung auf DNA-Strang Hubraum basiert. Für weitere Anwendungen sollte als Reaktion auf äußere Reize durch DNA-Sperre Designoptimierung oder über eine andere äußere Reize verbessert werden.
Als eine Anwendung-Studie für die rekonfigurierbare Akkordeon Struktur, verschiedene Funktionsmaterialien wie Wirkstoffmoleküle, können Nanopartikel oder Proteine an der Struktur befestigt werden. Hierzu können die Moleküle an die Heftklammer angeschlossen werden, die an der vorgesehenen Position vorhanden ist. Alles in allem kann eine Vielzahl von Anwendungsstudien durch dieses Protokoll und seine Modifikationen durchgeführt werden.
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Disclosures
Die Autoren haben nichts preisgeben
Acknowledgments
Diese Forschung wurde teilweise durch das Global Research Center Entwicklungsprogramm durch die National Research Foundation von Korea(NRF) gefördert durch das Ministerium für Wissenschaft und IKT (MSIT) (2015K1A4A3047345) und Nano· unterstützt. Material Technology Development Program durch die National Research Foundation von Korea (NRF) gefördert durch das Ministerium für Wissenschaft und IKT (MSIT) (2012M3A7A9671610). Das Institute of Engineering Research an der Seoul National University zur Verfügung gestellt Forschungseinrichtungen für diese Arbeit. Autoren erkennen Dankbarkeit gegenüber Tae-Young Yoon (Biological Sciences, Seoul National University) bezüglich der Fluoreszenz-Spektroskopie für die Bund-Analyse.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| M13mp18 Single-stranded DNA | NEB | N4040s | |
| 1M MgCl2 Solution | Biosesang | M2001 | |
| Tris-EDTA buffer | Biosesang | T2142 | |
| Nuclease-Free Water | Qiagen | 129114 | |
| 5M Sodium Chloride solution | Biosesang | s2007 | |
| PEG 8000 | Sigma Aldrich | 1546605 | |
| 10N NaOH | Biosesang | S2038 | |
| Uranyl formate | Thomas Science | C993L42 | |
| Thermal cycler C1000 | Biorad | ||
| Nanodropic 2000 | Thermo Fisher Scientific | ||
| TEM (LIBRA 120) | Carl Zeiss | ||
| Fluorometer Enspire 2300 | Perkin-Elmer | ||
| Centrifuge | Labogene | LZ-1580 |
References
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