نظام تصنيف الكائنات الدقيقة

التصنيف هو عملية تنظيم الكائنات الحية في مجموعات شمولية هرمية بناءً على أوجه التشابه الظاهري أو العلاقات التطورية. تتكوَّن الفصيلة (species) من سلالة واحدة أو أكثر، ويتم تجميع الأنواع المتقاربة في أجناس (genera)، ثم تُصنَّف الأجناس ضمن عائلات (families)، والعائلات ضمن رُتب (orders)، والرُّتب ضمن طوائف (classes)، وهكذا حتى نصل إلى مستوى النطاق (domain)، وهو أوسع رتبة تصنيفية يتم تحديدها من خلال مزيج من البيانات الظاهرية والجينية.

تتبع تسمية الكائنات الحية النظام الثنائي الذي طوّره كارل لينيوس، حيث يُمنَح كل كائن حي اسم جنس (genus) ولقب نوع (species epithet)، ويُكتبان بخط مائل. وتخضع تسمية الأصناف الميكروبية الجديدة للجنة الدولية لتصنيف البكتيريا (International Committee on the Systematics of Prokaryotes - ICSP) التي تُشرف على "المدونة الدولية لتسمية البكتيريا" (المعروفة أيضًا باسم المدونة البكتريولوجية). وتحدِّد هذه المدونة الإجراءات الرسمية المطلوبة من أجل التصديق على الأسماء الجديدة. يجب أن يكون اسم النوع الجديد مصحوبًا بوصف مفصل للخصائص المميزة له، إلى جانب إيداع عينات حية قابلة للنمو في مركزين دوليين على الأقل. وعندما يتعذر عزل الكائنات أو زراعتها في شكل نقي، يُمنَح الاسم بشكل مؤقت باستخدام البادئة "Candidatus". على سبيل المثال: Candidatus Pelagibacter ubique (وهو نوع بكتيري واسع الانتشار يصعب جدًا زراعته في المختبر)، وCandidatus Heliomonas lunata (نوع بكتيري لا يمكن زراعته في صورة نقية مخبريًا). يمكن العثور على القوائم المحدّثة و المعتمدة للبكتيريا و العتائق في قاعدة أسماء الكائنات الأولية المعترف بها في التسمية (http://www.bacterio.net)، وقاعدة التسمية البكتيرية المحدثة (http://www.dsmz.de).

يُعد "دليل بيرجي لتصنيف البكتيريا المنهجي" (Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology) النظام التصنيفي الأكثر شهرة للبكتيريا و العتائق. ومنذ انطلاقه عام 1923، أصبح مرجعًا أساسيًا لعلماء الأحياء الدقيقة، حيث يُقدّم معلومات تفصيلية تشمل جداول منهجية، ورسوم توضيحية، وأدوات تعريف الأنواع. ويُعد "البدائيات" (The Prokaryotes) مصدرًا مهمًا آخر، حيث يوفّر رؤى معمّقة في فسيولوجيا، وبيئة، وتطور، وزراعة الكائنات بدائية النواة.

تلعب مجموعات حفظ السلالات الميكروبية الوطنية مثل مجموعة الزراعة النموذجية الأمريكية (American Type Culture Collection)، والمجموعة البلجيكية المنسقة للكائنات الدقيقة (Belgian Coordinated Collection of Microorganisms)، ومجموعة معهد باستور (Collection of the Institut Pasteur)، وغيرها الكثير، دورًا حيويًا في علم تصنيف الكائنات الدقيقة. تُحفظ هذه السلالات الحية في ظروف تضمن استقرارها الجيني، مما يضمن إتاحتها للبحث العلمي والحفاظ على التنوع البيولوجي. وعلى عكس العينات المحنطة في المتاحف التقليدية، تُحفظ هذه السلالات في حالات حية تُمكِّن من مواصلة دراستها وتوصيفها. كما تحمي هذه المجموعات أيضًا "السلالات النموذجية" (type strains) التي تُستخدم كنقاط مرجعية في المقارنات التصنيفية المستقبلية.