مقالة منهجية

الفحص المجهري للقوة الذرية بفاصل زمني عالي السرعة لالتقاط ديناميكيات النيوكليوسوم

يوليو 8, 2025

في هذه المقالة

الملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

المصدر: Stumme-Diers ، M. P. ، et al. ، Investigation the structure and dynamics of nucleosomes باستخدام التصوير المجهري للقوة الذرية.J. Vis. Exp.(2019)

في هذا الفيديو ، نوضح الفحص المجهري عالي السرعة للقوة الذرية بفاصل زمني ، AFM ، تقنيات التصوير لدراسة ديناميكيات مجمعات النيوكليوسوم. عندما يقوم طرف AFM بمسح سطح النيوكليوسوم ، فإنه يكتشف التغيرات في ارتفاع النيوكليوسوم ويسجل فك الحمض النووي بمرور الوقت.

البروتوكول

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
< p class = "jove_title" >1. تجميع التخفيف المستمر للنيوكليوسومات الأحادية

  1. قم بإنشاء وتنقية ركيزة الحمض النووي بحجم 400 نقطة أساس تقريبا تحتوي على تسلسل تحديد موضع النيوكليوسوم Widom 601 غير المركزي. < / > ملاحظه: للحد من التكوين غير المرغوب فيه لثنائي النيوكليوسومات ، يجب ألا يتجاوز كل "ذراع" يحيط بتسلسل تحديد المواقع ~ 150 نقطة أساس.
    1. استخدم البلازميد pGEM3Z-601 جنبا إلى جنب مع الاشعال المصممة وتضخيم الحمض النووي للركيزة باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR). بالنسبة للركيزة 423 نقطة أساس مع أطوال ذراع 122 و 154 نقطة أساس المستخدمة هنا ، استخدم بادئات أمامية (5'-CAGTGAATTGTGTAATACGACTC-3') وخلفية (5'-ACAGCTATGACGATTAC-3').

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

figure-results-1
الشكل 1: تخطيطي لمضخة الحقنة المستخدمة في تجميع النيوكليوسوم المجهري.يتم وضع خليط التجميع ليكون ملامسا لنهاية إبرة المحقنة. عندما يتم توصيل المخزن المؤقت للتخفيف بواسطة مضخة الحقنة إلى خليط التجميع ، ينخفض تركيز كلوريد الصوديوم ، مما يعزز تجميع النيوكليوسومات. هذا الرقم مقتبس من Stumme-Diers et al.

< p class = "jove_content" >figure-results-2
الشكل 2: S.......

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
لم يتم الإعلان عن أي تضارب في المصالح.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة الاسم الشركة رقم فهرسي التعليقات البلازميد pGEM3Z-601 أدجين ، كامبريدج ، ماساتشوستس هاتف: 26656 بادئات PCR IDT ، كورالفيل ، آي إيه طلب مخصص (FP) 5'- CAGTGAATTGTTAATACGACTC-3'
(RP) 5 '-ACAGCTATGACCATGATTAC-3' دريم تك بوليميراز ThermoFischer Scientific ، والثام ، ماساتشوستس برنامج إب 0701 رقم الفهرس ل 200 وحدة طقم تنقية PCR Qiagen ، هيلدن ، ألمانيا هاتف: 28104 رقم الكتالوج ل 50 وحدة قاعدة تريس سيجما ألدريتش ، سانت لويس ، ميزوري 10708976001 رقم الفهرس ل 250 جرام EDTA ThermoFischer Scientific ، والثام ، ماساتشوستس 15576028 رقم الفهرس ل 500 جرام (CENP-A / H4)2 ، إنسان مؤتلف إبي سايفر ، دورهام ، نورث كارولاينا 16-0010 رقم الكتالوج ل 50 ug H2A / H2B ، مؤتلف الإنسان إبي سايفر ، دورهام ، نورث كارولاينا 15-0311 رقم الكتالوج ل 50 ug H3 Octamer ، إنسان مؤتلف إبي سايفر ، دورهام ، نورث كارولاينا 16-0001 رقم الكتالوج ل 50 ug طقم جهاز غسيل الكلى Slide-A-Lyzer MINI، 10K MWCO، 0.1 مل ThermoFischer Scientific ، والثام ، ماساتشوستس 69574 رقم الكتالوج ل 10 أجهزة كلوريد الصوديوم سيجما ألدريتش ، سانت لويس ، ميزوري S9888-500G رقم الفهرس ل 500 مجم مرشحات الطرد المركزي Amicon Ultra-0.5 مل ميليبور سيجما ، برلنغتون ، ميزوري UFC501008 رقم الكتالوج ل 8 أجهزة حمض الهيدروكلوريك سيجما ألدريتش ، سانت لويس ، ميزوري 258148-25 مل رقم الكتالوج ل 25 مل تريسين سيجما ألدريتش ، سانت لويس ، ميزوري تي 0377-25 جي رقم الكتالوج ل 25 جم الحزب الديمقراطي الصربي سيجما ألدريتش ، سانت لويس ، ميزوري 11667289001 رقم الكتالوج ل 1 كجم بيرسلفات الأمونيوم (AmmPS) بيو راد ، هرقل ، كاليفورنيا هاتف: 1610700 رقم الكتالوج ل 10 جم 30٪ محلول أكريلاميد / مكرر ، 37.5: 1 بيو راد ، هرقل ، كاليفورنيا 1610158 رقم الكتالوج ل 500 مل تيميد بيو راد ، هرقل ، كاليفورنيا هاتف: 1610800 رقم الكتالوج ل 5 مل 4x عينة بروتين Laemmli عازلة ل SDS-PAGE بيو راد ، هرقل ، كاليفورنيا 1610747 رقم الكتالوج ل 10 مل 2-أنا سيجما ألدريتش ، سانت لويس ، ميزوري M6250-10 مل رقم الكتالوج ل 10 مل سلم البروتين الملون من PageRuler ThermoFischer Scientific ، والثام ، ماساتشوستس هاتف: 26616 رقم الفهرس ل 500 ميكرولتر صبغة Coomassie الآمنة™ بيولوجيا بيو راد ، هرقل ، كاليفورنيا 1610786 رقم الفهرس ل 1 لتر مناديل غرف الأبحاث غير المنسوجة: TX604 TechniCloth تكس وايب ، كيرنرسفيل ، نورث كارولاينا TX604 موسكوفيت بلوك ميكا آشفيلميكا ، نيوبورت نيوز ، فيرجينيا الصف -1 أمينوبروبيل سيلاتران (APS) تم تصنيعه كما هو موضح في 22 هيبس سيجما ألدريتش ، سانت لويس ، ميزوري H4034-25G رقم الكتالوج ل 25 جم سكوتش الشريط سكوتش 3 م ، سانت بول ، مينيسوتا آرون ألفا الصناعية كرازي غراء Toagosei أمريكا ، ويست جيفرسون ، أوهايو AA480 رقم الكتالوج لأنبوب 2 جرام كلوريد المغنيسيوم 2 سيجما ألدريتش ، سانت لويس ، ميزوري M8266-100G رقم الفهرس ل 100 جرام مرشح Millex-GP ، 0.22 ميكرومتر سيجما ألدريتش ، سانت لويس ، ميزوري SLGP05010 رقم الكتالوج ل 10 أجهزة مسبار BL-AC10DS-A2 AFM (ل HS-AFM) أوليمبوس ، اليابان مركب FG-3020C-20 شركة FluoroTechnology Co.، Ltd. ، Kagiya ، Kasugai ، أيتشي ، اليابان مركب FS-1010S135-0.5 شركة FluoroTechnology Co.، Ltd. ، Kagiya ، Kasugai ، أيتشي ، اليابان الفحص المجهري للقوة الذرية بفاصل زمني عالي السرعة توشيو أندو ، معهد علوم الحياة النانوية ، جامعة كانازاوا ، كاكوما ماتشي ، كانازاوا ، اليابان

إعادة الطباعة والأذونات

طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه

طلب إذن

الوسوم

مقالات ذات صلة