يتطلب اشتراك JoVE لعرض هذا المحتوى. تسجيل الدخول أو ابدأ نسخة تجريبية مجانية

مقالة منهجية

جيل من جودة عالية لونين القالب الحمض النووي مناعي لتسلسل عالية الإنتاجية (رقاقة وما يليها)

24K مشاهدات

⸱

DOI:

10.3791/50286

⸱

أبريل 19, 2013

 ,  ,  , 
1Division of Human Genetics, Children's Hospital of Philadelphia Research Institute, 2Department of Pediatrics, Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania

في هذه المقالة

ملخص

ويمكن الجمع بين لونين مناعي والتسلسل فائقة الإنتاجية (رقاقة وما يليها) تحديد ورسم خريطة التفاعلات البروتين DNA في نسيج أو خلية خط معين. المبين هو كيفية إنشاء قالب الشذرة ذات جودة عالية للتسلسل لاحقة، وذلك باستخدام الخبرة مع عامل TCF7L2 النسخ كمثال على ذلك.

الملخص

(رقاقة وما يليها) طرق رقاقة تسلسل تقدم مباشرة تغطية كامل الجينوم، حيث الجمع بين لونين مناعي (رقاقة) ويمكن استخدامها على نطاق واسع التسلسل موازية للتعرف على ذخيرة من تسلسل الحمض النووي الثدييات ملزمة عوامل النسخ في الجسم الحي. "الجيل التالي" التكنولوجيات تسلسل الجينوم توفير 1-2 أوامر من زيادة حجم في كمية تسلسل التي يمكن أن تكون فعالية من حيث التكلفة ولدت أكثر من التقنيات القديمة وبالتالي السماح لأساليب الشذرة وما يليها مباشرة لتوفير تغطية كامل الجينوم لالتنميط فعالة من الثدييات تفاعلات البروتين DNA.

لنهج الشذرة وما يليها ناجحة، يجب على المرء أن تولد قالب DNA الشذرة ذات جودة عالية للحصول على أفضل النتائج التسلسل. ويستند هذا الوصف حول تجربة مع المنتج البروتين من الجين متورط بشدة في التسبب في مرض السكري من النوع 2، وهما عامل عامل النسخ النسخ 7-2 مثل (TCF7L2). كما تم المتورطين هذا العامل في مختلف أنواع السرطان.

المبين هو كيفية توليد قالب DNA عالية الجودة رقاقة المستمدة من القولون والمستقيم خط خلية سرطان، HCT116، من أجل بناء خريطة عالية الدقة من خلال التسلسل لتحديد الجينات ملزمة TCF7L2، وإعطاء مزيد من التبصر في لدورها الرئيسي في التسبب من الصفات المعقدة.

المقدمة

لسنوات عديدة كانت هناك الحاجة غير الملباة لتحديد مجموعة من الجينات ملزمة والتي تنظمها معين من البروتين واسعة الجينوم، ولا سيما في فئة عامل النسخ.

أودوم وآخرون. 1 تستخدم لونين مناعي (رقاقة) جنبا إلى جنب مع ميكروأرس المروج لتحديد منهجية الجينات التي تحتلها المنظمين النسخي محددة سلفا في كبد الإنسان والجزيرات البنكرياسية. وفي وقت لاحق، وضعت جونسون وآخرون. 2 على نطاق واسع لونين فحص مناعي يعتمد على المباشر فائقة تسلسل الحمض النووي عالية الإنتاجية (رقاقة وما يليها) من أجل تعيين شامل تفاعلات البروتين DNA عبر الجينوم بأكمله الثدييات. كحالة اختبار، فإنها تعيينها في الجسم الحي الربط عامل كاتم الصوت الخلايا العصبية المقيدة (NRSF) إلى عام 1946 موقعا في الجينوم البشري. عرض البيانات قرار حاد من موقف ملزم (+ 50 أزواج القاعدة)، التي سهلت كل من أناتحلول من الزخارف وتحديد الزخارف NRSF ملزم. وكان لهذه البيانات رقاقة وما يليها أيضا حساسية عالية وخصوصية وثقة إحصائية (P <10 -4)، والخصائص التي تعتبر مهمة لاستنتاج التفاعلات مرشحا جديدا.

روبرتسون وآخرون. 3 تستخدم أيضا الشذرة وما يليها من أجل تعيين STAT1 أهداف في انترفيرون γ (الإنترفيرون γ) في حفز وunstimulated الخلايا S3 هيلا البشرية في الجسم الحي. بواسطة Chip وما يليها، وذلك باستخدام 15.1 و 12.9 مليون تسلسل تعيين فريد يقرأ، ومعدل اكتشاف كاذبة المقدرة أقل من 0.001، وحددوا 41582 و11،004 المناطق STAT1 ملزم المفترضة في الخلايا حفز وunstimulated، على التوالي. من 34 مواضع معروفة لاحتواء STAT1 انترفيرون استجابة ملزم 4-8 المواقع، وجدت الشذرة وما يليها 24 (71٪). وقد أثرى أهداف الشذرة وما يليها في تسلسل مماثل ليعرف STAT1 زخارف ملزمة. مقارنات مع اثنين من بيانات الشريحة-PCR القائمة يحدد اقترحوكان أن حساسية رقاقة وما يليها ما بين 70٪ و 92٪، وكان التحديد لا يقل عن 95٪. بالإضافة إلى ذلك، كان من الواضح أن الشذرة وما يليها يقدم كل من التعقيد والحساسية التحليلية المنخفضة التي تزيد مع العمق التسلسل.

كما توفر تقنيات التسلسل مثل، "الجيل القادم" الجينوم 1-2 أوامر من زيادة حجم في كمية تسلسل التي يمكن أن تكون فعالية من حيث التكلفة ولدت أكثر من التقنيات القديمة 9. ولذلك أساليب الشذرة وما يليها توفير تغطية مباشرة لكامل الجينوم التنميط فعالة من الثدييات تفاعلات البروتين DNA 3.

في عام 2006، تم اكتشاف وجود ارتباط قوي من المتغيرات في عامل النسخ 7-2 مثل (TCF7L2) الجينات مع مرض السكري من النوع 2 10. وقد محققين آخرين بالفعل تكرارها بشكل مستقل هذه النتيجة في أعراق مختلفة و، ومن المثير للاهتمام، من الجينوم واسعة جمعية دراسات الأول من مرض السكري من النوع 2 نشرت في مجلة نيتشر 11،12 ، العلوم 13-15 وغيرها 16،17، وكان أقوى رابطة في الواقع مع TCF7L2، وهذا يعتبر الآن هذا الاكتشاف الجيني الأكثر أهمية في مرض السكري من النوع 2 حتى الآن 18-20. وبالإضافة إلى ذلك، وقد تم ربط TCF7L2 لمخاطر سرطان 21،22، بل أصبح هذا الصدد أكثر وضوحا عندما تبين أن موضع 8q24 التي كشفت عنها الجينوم واسعة جمعية دراسات لعدد من أنواع السرطان، بما في ذلك سرطان القولون والمستقيم، أن ذلك يعود إلى المنبع المدقع عنصر TCF7L2 ملزم القيادة نسخ من MYC 23،24. على هذا النحو، وهناك اهتمام كبير في تحديد الجينات المصب التي ينظمها هذا عامل النسخ مفتاح.

على أساس الخبرة مع TCF7L2 كمثال على المنهجية، وتحدد هذه الورقة كيفية توليد قالب DNA الشذرة ذات جودة عالية. وقد أجريت الشذرة خارج القولون والمستقيم في خط خلية سرطان، HCT116، لتسلسل اللاحقة من أجل بناء-RESOL عاليةخريطة ution من الجينات ملزمة TCF7L2 25 في مسعى لانتاج مزيد من التبصر في لدورها الرئيسي في التسبب في الصفات المعقدة.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

1. الكروماتين عبر الرابط

  1. تنمو الخلايا في أطباق ثقافة خلية 100x20mm. ويمكن لكمية من الخلايا تتراوح 1-10 مليون خلية لكل طبق اعتمادا على نوع من الخلايا. ما يقرب من 2 مليون خلية كافية لمناعي واحد.
  2. الخلايا عبر الرابط في فورمالديهايد 1٪ لمدة 10 دقيقة في درجة حرارة الغرفة مع هزاز في بعض الأحيان.
  3. إرواء عبر ربط بإضافة تركيز النهائي من 125 ملم جليسين واحتضان لمدة 5 دقائق في درجة حرارة الغرفة.
  4. غسل الخلايا مع 1X الفوسفات مخزنة المالحة (PBS) مرتين، صب PBS، ثم قم بإضافة 0.2 مل من برنامج تلفزيوني.
  5. حصاد الخلايا مع مكشطة الخلية البلاستيك في أنبوب microcentrifuge.
  6. تدور باستمرار خلايا في 2،000 دورة في الدقيقة لمدة 5 دقائق في 4 درجات مئوية.
  7. نضح طاف. Resuspend الخلايا في SDS تحلل العازلة (1٪ SDS، 10MM EDTA، 50MM تريس، حمض الهيدروكلوريك درجة الحموضة 8.1) لخلية كاملة المحللة أو الاحتفاظ بها باعتبارها بيليه لاستخراج النووية.
  8. الخلايا يمكن حفظها في -80 درجة مئوية أو يمكن للمرء أن المضي قدما فوريااعل مع صوتنة.

2. إعداد النواة (انتقل إلى الخطوة 3.5 لالخلايا المحللة الجامعة)

  1. تكملة الاحتياطي تحلل الخلية (5 ملم أنابيب ودرجة الحموضة 8.0، 85 ملي بوكل، 0.5٪ NP-40) مع 1X بروتين المانع كل تجربة.
  2. Resuspend إذابة الخلية بيليه في ما يقرب من 10 أضعاف حجم بيليه مع العازلة تحلل الخلية.
  3. Dounce-التجانس 10 مرات مع مدقة ثم احتضان على الجليد لمدة 10 دقيقة.
  4. أجهزة الطرد المركزي لعينة في 4،000 دورة في الدقيقة لمدة 5 دقائق في 4 درجات مئوية، وتجاهل طاف، وحفظ بيليه النووية.

3. صوتنة *

  1. الاحماء SDS الاحتياطي تحلل وكمية ملحق العازلة ليتم استخدامها مع المانع بروتين.
  2. Resuspend بيليه النووية في SDS تحلل العازلة (حوالي 0.5 مل من العازلة لكل 1-10٬000٬000 الخلايا)
  3. احتضان على الجليد لمدة 10 دقيقة.
  4. إضافة 0.5 مل aliquots من عينات لأنابيب microcentrifuge.
  5. يصوتن على الجليد الرطب باستخدام Misonix sonicator مع 30 ثانية و 45 ثانية على وقبالة في بيئة السعة من 2. عدد دورات للحجم المثالي جزء يمكن تحديده من خلال محاولة الأول من دورة أعداد مختلفة (مثلا: 2، 4، 8، 12، 16، و 20 دورات أو أكثر). علامة تجارية مختلفة من sonicator يمكن استخدامها، ومع ذلك، سوف تختلف الظروف. يجب أن يتم التجريب مع عدد من الدورات ومقدار الوقت وإيقاف خارج من أجل تحديد الظروف المثالية.
  6. جمع 20 ميكرولتر من كل عينة للتحقق من النتائج صوتنة والقيام الكمي،. ويمكن تخزين ما تبقى من العينة عند -80 درجة مئوية.
  7. تمييع ميكرولتر من 20 عينة وذلك بإضافة 30 ميكرولتر من 0.1X TE العازلة.
  8. علاج عينة مع 1 ميكرولتر من ريبونوكلياز A عند 37 درجة مئوية لمدة 1 ساعة ثم إضافة 1 ميكرولتر من بروتين K واحتضان عند 62 درجة مئوية لمدة 2 ساعة.
  9. تشغيل 20 ميكرولتر من العينة على 2٪ الاغاروز هلام.
  10. تنقية المبلغ المتبقي من العينة مع QIAquick PCR عدة تنقية ثم قياس باستخدام معمل NanoDrop.

* للحصول على تشي الأصليP، microccocal نوكلياز الهضم يمكن أن تستخدم بدلا من ذلك إلى القص الحمض النووي.

4. كتلة الخرز الاغاروز *

  1. إذا تم حظر حبات بالفعل، انتقل إلى الخطوة 5.1.
  2. استخدام البروتين أو بروتين G الاغاروز. لمدة 5 immunoprecipitations (آي بي إس)، استخدم 600 ميكرولتر من 50٪ حبة الطين (300 ميكرولتر حبة بيليه)
  3. لغسل الخرز، وتدور عليهم في 800 دورة في الدقيقة لمدة 1 دقيقة في 4 درجات مئوية، وتجاهل طاف. إضافة ما يزيد قليلا عن 2 مل الشذرة العازلة تخفيف (0.01٪ SDS، 1.2 ملي EDTA، 167 ملي مول كلوريد الصوديوم، 1.1٪ تريتون X-100، 16.7 ملي تريس، حمض الهيدروكلوريك درجة الحموضة 8.1) وتخلط بواسطة ببطء قلب الأنبوب 10X. تدور باستمرار مرة أخرى في 800 دورة في الدقيقة لمدة 1 دقيقة في 4 درجات مئوية، وتجاهل طاف. تكرار غسل 2 مرات أكثر.
  4. منع حبات من خلال تناوب على 4 درجات مئوية خلال الليل في عرقلة الحل. الرجوع إلى الجدول رقم 1 لوصفة عرقلة الحل.

5. الكروماتين قبل اضحة

  1. ذوبان الجليد sonicated لونين على الجليد.
  2. تدور باستمرار في 12،000 دورة في الدقيقة وأو 10 دقيقة في 4 درجات مئوية ثم وضع على الجليد على الفور لإزالة SDS (أبيض بيليه).
  3. جمع طاف، وتجاهل بيليه، والجمع بين عينات إذا لزم الأمر.
  4. اخراج المبالغ اللازمة للتجربة مبنية على حسابات (1-10 ميكروغرام من لونين لكل IP).
  5. تمييع لونين 10X في العازلة تخفيف الشذرة تستكمل مع مثبط بروتين.
  6. إضافة 100 ميكرولتر من الخرز سدت في IP.
  7. تناوب على 4 درجات مئوية لمدة 1 ساعة.

6. مناعي

  1. تدور باستمرار في 800 دورة في الدقيقة العينات لمدة 1 دقيقة وطاف لنقل أنبوب جديد.
  2. تدور باستمرار طاف في 800 دورة في الدقيقة لمدة 1 دقيقة، ونقل إلى أنبوب نظيف آخر.
  3. وفر 20 ميكرولتر من طاف، لتكون بمثابة مراقبة المدخلات، في -20 درجة مئوية.
  4. قسامة لونين لعدد من البرامج المتكاملة ينبغي القيام به في التجربة.
  5. إضافة 2 ميكروغرام من الأجسام المضادة في المرحلة 1-10 من لونين إلى كل عينة.
  6. احتضان بين عشية وضحاها 4 ° C مع التناوب.
  7. إضافة 100 ميكرولتر من الخرز حظر على كل عينة IP.
  8. احتضان لمدة 1 ساعة في 4 درجات مئوية مع التناوب.
  9. بيليه حبات من قبل الغزل أسفل في 800 دورة في الدقيقة لمدة 1 دقيقة وتجاهل قدر من طاف ممكن.
  10. تغسل حبات مرة واحدة مع منخفض الملح المناعي غسل العازلة مجمع. إضافة 1 مل من العازلة لكل أنبوب؛ تناوب في درجة حرارة الغرفة ل5-8 دقيقة، تدور باستمرار في 800 دورة في الدقيقة لمدة 1 دقيقة، ثم تجاهل طاف. كرر يغسل مرة واحدة مع الملح العالية العازلة يغسل مجمع المناعي وLiCl المناعي غسل العازلة مجمع ومرتين مع TE العازلة لما مجموعه 5 يغسل (الجدول 2).

7. شطف

  1. أذاب عينات المدخلات من اليوم السابق لتتم معالجتها مع eluants.
  2. جعل شطف العازلة الطازجة (الجدول 3).
  3. جعل مزيج ماجستير في المخزن ما يكفي شطف اللازمة لعينات البرامج المتكاملة ومراقبة المدخلات زائد 1-2 عينات اضافية.
  4. إضافة 100 ميكرولتر العازلة شطف IP لكل عينة واحتضان في درجة حرارة الغرفة لمدة 15 ساعةفي مع التناوب.
  5. تدور باستمرار في 800 دورة في الدقيقة لمدة 1 دقيقة ثم أضيفي طاف لأنبوب جديد.
  6. إضافة 100 ميكرولتر من العازلة شطف آخر إلى كل أنبوب من الخرز واحتضان في درجة حرارة الغرفة لمدة 15 دقيقة مع التناوب.
  7. دوامة لمدة 15 ثانية بعد مرور فترة الحضانة؛ تدور باستمرار في 5،000 دورة في الدقيقة لمدة 1 دقيقة، ثم الجمع بين طاف مع طاف من شطف الأولى. (تأكد من عدم وجود خلفها حبات في supernatants. إذا لم تكن متأكدا، وتدور باستمرار طاف مرة أخرى في 5،000 دورة في الدقيقة لمدة 1 دقيقة وجمع طاف في أنبوب جديد.
  8. إضافة 180 ميكرولتر من الاحتياطي شطف إلى 20 ميكرولتر من عينات مراقبة المدخلات.

8. عكس الصليب الارتباط

  1. لميكرولتر 200 من eluants وضوابط المدخلات، وإضافة 8 ميكرولتر من 5 M كلوريد الصوديوم.
  2. أنابيب ختم مع parafilm واحتضان في حمام الماء عند 65 درجة مئوية خلال الليل.

9. تنقية الحمض النووي

  1. علاج كل عينة مع 1 ميكرولتر من ريبونوكلياز A لمدة 1 ساعة عند 37 درجة مئوية.
  2. إضافة 4 μl من 0.5 M EDTA، 8 ميكرولتر 1M تريس، حمض الهيدروكلوريك، المزيج، ثم إضافة 1 ميكرولتر من بروتين كاف لكل عينة واحتضان عند 45 درجة مئوية لمدة 2 ساعة.
  3. تنقية العينات باستخدام PCR QIAquick عدة تنقية. العينات يمكن حفظها عند درجة حرارة -20 ° C PCR ويمكنك التحقق من ذلك في وقت لاحق.

* وبدلا من ذلك، ورقاقة الصف حبات مغناطيسية يمكن استخدامها في مكان الاغاروز للجزء مناعي.

10. PCR الاختيار

  1. للتحقق من PCR، استخدم الاشعال للمناطق المعروفة على الالتزام بروتين من الفائدة. أيضا، استخدم الاشعال للمناطق غير ملزم كما ضوابط السلبية.
  2. مزج الكواشف للتفاعل. تمييع عينة الإدخال في 1:100 (الجدول 3).
  3. تشغيل رد فعل. PCR البرنامج:

الخطوة 1: 94 ° C 3 دقائق

خطوة 2: 94 ° C و 20 ثانية
59 ° C 30 ثانية
72 ° C 30 ثانية
(كرر الخطوة 2 لمدة 30 على الأقل الجسم الهدبيES)

الخطوة 3: 72 ° C 2 دقيقة

  1. تشغيل العينات على agarose هلام 1٪.
  2. ويمكن أيضا أن تحدد كميا تخصيب في الوقت الحقيقي مع PCR.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

مرة واحدة وقد تم sonicated لونين وتم التعامل مع ريبونوكلياز وبروتين، ينبغي أن عينات تعمل على 2٪ الاغاروز هلام تقديم مسحة مع الجزء الأكبر من الحمض النووي في الحجم المطلوب. إذا تم اختبارها عدة دورات مختلفة، ينبغي أن ينظر إلى انخفاض تدريجي في حجم وعدد من زيادة دورات (الشكل 2).

بعد الانتهاء من جزء مناعي من البروتوكول إثراء يمكن أن تكون إما فحصها من قبل PCR أو في الوقت الحقيقي PCR. للحصول على عينات PC...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

فمن الممكن الآن لإجراء الشخصي الجينوم واسعة من جمعية تفاعلات البروتين DNA باستخدام رقاقة وما يليها، كما ثبت مؤخرا جدا مع عوامل النسخ الأخرى 2،3. المفتاح إلى نتيجة ناجحة التسلسل هو الجيل من قالب عالية الجودة لونين مناعي الحمض النووي.

مرة واحدة وقد تم إنشاء قالب الحمض النووي والتأكد من لتخصيبه على نحو كاف، يمكن للمرء ثم أعتبر في إعداد مكتبة للتسلسل اللاحقة. على سبيل المثال، يمكن للمرء استخدام بروتوكول مك...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

يعلن الكتاب أنه ليس لديهم مصالح مالية المتنافسة.

شكر وتقدير

يتم اعتماد العمل من قبل على جائزة معهد التنمية من مستشفى الاطفال في فيلادلفيا.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
طقم تنقية QIAquick PCRQiagen28104
EZ-ChIP Kit Millipore17-371
GoTaq Hot Start Polymerase PromegaM5001
Misonix SonicatorQsonicaXL-2000
NanoDrop 1000 مقياس الطيف الحراري العلمي
<>تسلسلات التمهيدي للتحكم الإيجابي الإيجابية (TCF7L2-1) < / قوي > < / > إلى الأمام - 5 '-TCGCCCTGTCAATAATCTCC-3 '
عكس- 5'-GCTCACCTCCTGTATCTTCG-3'
<قوي> تسلسل التمهيدي للتحكم السلبي (CTRL-1)
< / strong> إلى الأمام -5 '-ATGTGGTGTGGCTGTGTGATGGAAC-3'
عكس- 5'-CGAGCAATCGGTAAATAGGTCTGG-3'
الضوئي

المراجع

  1. Odom, D. T., et al. Control of pancreas and liver gene expression by HNF transcription factors. Science. 303, 1378-1381 (2004).
  2. Johnson, D. S., Mortazavi, A., Myers, R. M., Wold, B. Genome-wide mapping of in vivo protein-DNA interactions. Science. 316, 1497-1502 (2007).
  3. Robertson, G., et al. Genome-wide profiles of STAT1 DNA association using chromatin immunoprecipitation and massively parallel sequencing. Nature Methods. 4, 651-657 (2007).
  4. Reich, N. C., Liu, L. Tracking STAT nuclear traffic. Nat. Rev. Immunol. 6, 602-612 (2006).
  5. Lodige, I., et al. Nuclear export determines the cytokine sensitivity of STAT transcription factors. The Journal of Biological Chemistry. 280, 43087-43099 (2005).
  6. Schroder, K., Sweet, M. J., Hume, D. A. Signal integration between IFNgamma and TLR signalling pathways in macrophages. Immunobiology. 211, 511-524 (2006).
  7. Vinkemeier, U. Getting the message across, STAT! Design principles of a molecular signaling circuit. The Journal of Cell Biology. 167, 197-201 (2004).
  8. Brierley, M. M., Fish, E. N. Stats: multifaceted regulators of transcription. J. Interferon Cytokine Res. 25, 733-744 (2005).
  9. Bentley, D. R. Whole-genome re-sequencing. Current Opinion in Genetics & Development. 16, 545-552 (2006).
  10. Grant, S. F., et al. Variant of transcription factor 7-like 2 (TCF7L2) gene confers risk of type 2 diabetes. Nature Genetics. 38, 320-323 (2006).
  11. Sladek, R., et al. A genome-wide association study identifies novel risk loci for type 2 diabetes. Nature. 445, 881-885 (2007).
  12. Wellcome Trust Case Control Consortium. Genome-wide association study of 14,000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls. Nature. 447, 661-678 (2007).
  13. Saxena, R., et al. Genome-wide association analysis identifies loci for type 2 diabetes and triglyceride levels. Science. 316, 1331-1336 (2007).
  14. Zeggini, E., et al. Replication of genome-wide association signals in UK samples reveals risk loci for type 2 diabetes. Science. 316, 1336-1341 (2007).
  15. Scott, L. J., et al. A genome-wide association study of type 2 diabetes in Finns detects multiple susceptibility variants. Science. 316, 1341-1345 (2007).
  16. Steinthorsdottir, V., et al. A variant in CDKAL1 influences insulin response and risk of type 2 diabetes. Nature Genetics. 39, 770-775 (2007).
  17. Salonen, J. T., et al. Type 2 Diabetes Whole-Genome Association Study in Four Populations: The DiaGen Consortium. American Journal of Human Genetics. 81, 338-345 (2007).
  18. Zeggini, E., McCarthy, M. I. TCF7L2: the biggest story in diabetes genetics since HLA. Diabetologia. 50, 1-4 (2007).
  19. Weedon, M. N. The importance of TCF7L2. Diabet. Med. 24, 1062-1066 (2007).
  20. Hattersley, A. T. Prime suspect: the TCF7L2 gene and type 2 diabetes risk. The Journal of Clinical Investigation. 117, 2077-2079 (2007).
  21. Yochum, G. S., et al. Serial analysis of chromatin occupancy identifies beta-catenin target genes in colorectal carcinoma cells. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104, 3324-3329 (2007).
  22. Duval, A., Busson-Leconiat, M., Berger, R., Hamelin, R. Assignment of the TCF-4 gene (TCF7L2) to human chromosome band 10q25.3. Cytogenet. Cell Genet. 88, 264-265 (2000).
  23. Pomerantz, M. M., et al. The 8q24 cancer risk variant rs6983267 shows long-range interaction with MYC in colorectal cancer. Nature Genetics. 41, 882-884 (2009).
  24. Tuupanen, S., et al. The common colorectal cancer predisposition SNP rs6983267 at chromosome 8q24 confers potential to enhanced Wnt signaling. Nature Genetics. 41, 885-890 (2009).
  25. Zhao, J., Schug, J., Li, M., Kaestner, K. H., Grant, S. F. Disease-associated loci are significantly over-represented among genes bound by transcription factor 7-like 2 (TCF7L2) in vivo. Diabetologia. 53, 2340-2346 (2010).
  26. Benjamini, Y., Yekutieli, D. Quantitative trait Loci analysis using the false discovery rate. Genetics. 171, 783-790 (2005).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

الوسوم

TCF7L2 HCT116
جيل من جودة عالية لونين القالب الحمض النووي مناعي لتسلسل عالية الإنتاجية (رقاقة وما يليها)
اتصل بنا
أوصِ بها للمكتبة

الخصوصية

شروط الاستخدام

السياسات

2026 © حقوق الطبع والنشر MyJoVE Corporation. جميع الحقوق محفوظة.