$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
1. تقييم البكتيرية الجدوى مع يوديد propidium وSYTO9
- تصيب الخلايا التي هي ملتصقة إلى 12 مم coverslips الزجاج الدائرية في 24 لوحات جيدة مع البكتيريا من الفائدة. لا تصلح الخلايا مع الألدهيدات أو المذيبات العضوية.
- شطف بلطف خلايا مرة واحدة في 0.1 م 3 - (N-morpholino) حمض propanesulfonic (اجتماعات الأطراف)، ودرجة الحموضة 7.2، يحتوي على 1 ملم MgCl 2 (اجتماعات الأطراف / MgCl 2).
- احتضان الخلايا لمدة 10 دقيقة في الظلام في درجة حرارة الغرفة مع اليكسا فلور الأضداد مقرونة-647 أو كتين التي تربط إلى الأنواع البكتيرية من الفائدة، في اجتماعات الأطراف / MgCl 2، للكشف عن البكتيريا الخارجية.
ملاحظة: يتحكم السلوك مع البكتيريا الحية والميتة، في غياب الخلايا المضيفة، لإظهار أن كتين أو الضد من مصلحة ملزم لجميع البكتيريا بغض النظر عن الجدوى (الشكل 1).
- شطف الخلايا مرتين مع اجتماعات الأطراف / MgCl 2.
- نضح مالقانونين من الخلايا وإضافة 0.5 مل لايف / الميت تلطيخ الحل. الحية / الميت تلطيخ الحل هو 5 ميكرومتر SYTO9، 30 ميكرومتر يوديد propidium، و 0.1٪ سابونين (تركيزات النهائي) في اجتماعات الأطراف / MgCl 2.
- احتضان الخلايا لمدة 15 دقيقة في درجة حرارة الغرفة في الظلام.
- شطف الخلايا مرتين في اجتماعات الأطراف / MgCl 2.
- coverslips قلب وجهه لأسفل على الشرائح الزجاجية وختم بطلاء الأظافر واضحة. لا تستخدم وسائل الإعلام في تصاعد مستمر.
- الحصول على صور في غضون 30 دقيقة، وذلك باستخدام المجهر مضان مع مجموعات مرشح متوافق مع الأخضر والأحمر، والأحمر حتى الحصول على الصور.
ملاحظة: كلا التقليدية المجهري مضان، ويمكن استخدامها متحد البؤر المسح المجهري بالليزر. بعد 30 دقيقة تبدأ الأصباغ الفلورية لتسرب من البكتيريا والتي لم تعد البيانات المكتسبة دقيقة. تم الحصول على الصور المبينة في هذه المادة على نيكون الكسوف E800 مضان المجهر تستقيم مع كاميرا رقمية هاماماتسو أوركا-ER باستخدام برنامج Openlab. تم الكشف عن مضان من اليكسا فلور 647 باستخدام فلتر مع الإثارة الطول الموجي من 590-650 نانومتر وعامل تصفية الانبعاثات من 663-735 نانومتر، وباطل اللون الأزرق. تم الكشف عن مضان من يوديد propidium باستخدام فلتر مع الإثارة الطول الموجي من 540-580 نانومتر وعامل تصفية الانبعاثات من 600-660 نانومتر. تم الكشف عن مضان من SYTO9 باستخدام فلتر مع الإثارة الطول الموجي من 465-495 نانومتر وعامل تصفية الانبعاثات من 515-555 نانومتر.
- وسوف يؤدي هذا البروتوكول في صور حيث تظهر البكتيريا غير قابل للحياة الخارجية أزرق + أحمر، تظهر البكتيريا غير قابل للحياة الداخلية الحمراء فقط، والبكتيريا قادرة على البقاء الخارجية تظهر أزرق + أخضر، والبكتيريا الداخلية قابلة للحياة تظهر خضراء فقط. عد بالعين أعداد البكتيريا التي هي غير قابل للحياة الخارجية، الداخلية غير قابل للحياة، قابلة للحياة الخارجية، والداخلية قابلة للحياة.
- حساب في المئة من البكتيريا قادرة على البقاء الخارجية بقسمة عدد من البكتيريا قادرة على البقاء الخارجية من العدد الكلي للبكتيريا الخارجية (قابلة للحياة بالإضافة إلى nonviقادرة). حساب في المئة من البكتيريا الداخلية قابلة للحياة بقسمة عدد من البكتيريا الداخلية قابلة للحياة من العدد الكلي للبكتيريا الداخلية (قابلة للحياة بالإضافة إلى غير قابل للحياة) (الشكل 4).
- هناك نوعان من الضوابط الأساسية لأداء مع هذا البروتوكول. أولا، تحقق من أن كل البكتيريا غير قابل للحياة هي propidium يوديد-الإيجابية وجميع البكتيريا الحية هي SYTO9 إيجابية. وينبغي أن يكون ثقافة منتصف لوغاريتمي من البكتيريا (في حالة عدم وجود أية خلايا المضيف)> 95٪ SYTO9 إيجابية. هو مبين في الشكل 2 هي ثقافة منتصف لوغاريتمي من N. البنية (في 10 وحدة في مستعمرة 8 مل تشكيل) حضنت مع لايف / الميت تلطيخ الحل. الثانية، التحقق من أن كل من يوديد propidium وSYTO9 يمكن أن تدخل permeabilized، الخلايا المضيفة المصابة.
- لتوليد السكان من البكتيريا الميتة، وجمع 2 × 10 8 مستعمرة بكتيرية تشكيل وحدة في 1.5 مل microfuge أنبوب، إضافة 70٪ الأيزوبروبانول والجلوس لمدة 10 دقيقة. بيليه البكتيريا في microfuge لالثانية يغسل البكتيريا مرتين في برنامج تلفزيوني لإزالة الأيزوبروبانول المتبقية. ثم اتبع الخطوات بروتوكول 1،5-1،7. إضافة 5 ميكرولتر من تعليق البكتيرية لشريحة زجاجية وتراكب مع ساترة. عينات الصورة كما في البروتوكول الخطوة 1.9. في ظل هذه الظروف، يجب أن يكون 100٪ من السكان يوديد propidium إيجابية (الشكل 2). في بعض الأنواع البكتيرية، يوديد propidium قد لا تطغى تماما SYTO9 تلطيخ، وغير قابل للحياة قد تظهر البكتيريا الأصفر أو البرتقالي.
- لخلايا البلعمة مثل العدلات، تعرض الخلايا لقتل البكتيريا الأيزوبروبانول والتأكد من أن 100٪ من البكتيريا داخل الخلايا هي propidium يوديد إيجابية-(الشكل 3). لخلايا nonphagocytic التي قد لا تستوعب البكتيريا الميتة، قد تكون كافية لعلاج الخلايا المصابة مع أزيد الصوديوم أو غيرها من العوامل المضادة للجراثيم خلايا نفيذ قبل مضيفا ايف / الميت تلطيخ الحل.
2. تقييم الجدوى البكتيرية مع SYTOX GREEن ودابي
- البكتيريا التسمية في المصالح مع 10 ميكروغرام / مل دابي في مورس معرفة متوسطة 25 لمدة 20 دقيقة في درجة حرارة الغرفة في الظلام.
- تصيب الخلايا التي هي ملتصقة إلى 12 مم coverslips الزجاج الدائرية في 24 لوحات جيدة مع البكتيريا دابي المسمى. لا تصلح الخلايا مع الألدهيدات أو المذيبات العضوية.
- شطف خلايا مرة واحدة مع اجتماعات الأطراف / MgCl 2.
- احتضان الخلايا لمدة 10 دقيقة في درجة حرارة الغرفة في الظلام مع اليكسا فلور الأضداد مقرونة-647 أو كتين التي تربط إلى الأنواع البكتيرية من الفائدة، في اجتماعات الأطراف / MgCl 2، للكشف عن البكتيريا الخارجية. انظر الملاحظة في البروتوكول الخطوة 1.3 لعناصر المقترحة.
- وسائل الإعلام نضح من الخلايا وإضافة 0.5 مل 0.4 ميكرومتر SYTOX الخضراء في اجتماعات الأطراف / MgCl 2.
- احتضان الخلايا لمدة 5 دقائق في درجة حرارة الغرفة في الظلام.
- شطف الخلايا مرتين في اجتماعات الأطراف / MgCl 2.
- غسل خلايا مرة واحدة في اجتماعات الأطراف / MgCl 2 لمدة 5 دقائق.
- الحصول على صور في غضون 30 دقيقة مع المجهر مضان. انظر البروتوكول الخطوة 1.9 لوصف المجهر، والكاميرا الرقمية، والبرمجيات الاستحواذ.
ملاحظة: تم الكشف عن مضان من اليكسا فلور 647 باستخدام فلتر مع الإثارة الطول الموجي من 590-650 نانومتر وعامل تصفية الانبعاثات من 663-735 نانومتر، وغير صحيح اللون الأحمر. تم الكشف عن مضان من SYTOX الأخضر باستخدام فلتر مع الإثارة الطول الموجي من 465-495 نانومتر وعامل تصفية الانبعاثات من 515-555 نانومتر. تم الكشف عن مضان من دابي باستخدام فلتر مع الإثارة الطول الموجي من 355-375 نانومتر ومرشح حاجز 400 نانومتر.
- وسوف يؤدي هذا البروتوكول في صور حيث تظهر البكتيريا غير قابل للحياة الخارجية الحمراء + الخضراء والبكتيريا غير قابل للحياة الداخلية تظهر أخضر + أزرق، والبكتيريا قادرة على البقاء الخارجية تظهر أحمر + أزرق، والبكتيريا الداخلية قابلة للحياة تظهر الزرقاء فقط (الشكل 4). قياس المئة من البكتيريا الخارجية والداخلية كما هو موضح في البروتوكول الظريفص 1.11.
- وتحدد الضوابط المبينة في البروتوكول خطوة 1.12 ينبغي أن يقوم مع دابي / SYTOX الأخضر صبغ مزيج (الشكلين 2 و 3).
3. تقييم الجدوى البكتيرية إلى جانب توطين التحت خلوية
- البكتيريا التسمية في المصالح مع 10 ميكروغرام / مل دابي في متوسطة مورس محدد لمدة 20 دقيقة في درجة حرارة الغرفة في الظلام.
- تصيب الخلايا التي هي ملتصقة إلى 12 مم coverslips الزجاج الدائرية في 24 لوحات جيدة مع البكتيريا دابي المسمى. لا تصلح الخلايا مع الألدهيدات أو المذيبات العضوية.
- شطف خلايا مرة واحدة مع اجتماعات الأطراف / MgCl 2.
- احتضان 10 دقيقة في درجة حرارة الغرفة في الظلام مع اليكسا فلور الأضداد مقرونة-647 أو كتين التي تربط إلى الأنواع البكتيرية من الفائدة، في اجتماعات الأطراف / MgCl 2، للكشف عن البكتيريا الخارجية. انظر الملاحظة في البروتوكول الخطوة 1.3 لعناصر المقترحة.
- وسائل الإعلام نضح من الخلايا وشطف خليتين منظمة الشفافية الدوليةMES في اجتماعات الأطراف / MgCl 2.
- احتضان الخلايا مع اليكسا فلور الأضداد مقرونة-555 ضد علامة التحت خلوية من الفائدة لمدة 20 دقيقة، في اجتماعات الأطراف / MgCl 2 تحتوي على 0.2٪ سابونين.
- شطف الخلايا مرتين في اجتماعات الأطراف / MgCl 2.
- غسل خلايا مرة واحدة في اجتماعات الأطراف / MgCl 2 لمدة 5 دقائق.
- وسائل الإعلام نضح من الخلايا وإضافة 0.4 ميكرومتر SYTOX الخضراء في اجتماعات الأطراف / MgCl 2.
- احتضان الخلايا 5 دقائق في درجة حرارة الغرفة في الظلام.
- شطف الخلايا مرتين في اجتماعات الأطراف / MgCl 2.
- غسل خلايا مرة واحدة في اجتماعات الأطراف / MgCl 2 لمدة 5 دقائق.
- الحصول على صور من الشرائح في غضون 30 دقيقة على المجهر مضان. انظر البروتوكول الخطوة 1.9 لوصف المجهر، والكاميرا الرقمية، والبرمجيات الاستحواذ.
ملاحظة: تم الكشف عن مضان من اليكسا فلور 647 باستخدام فلتر مع الإثارة الطول الموجي من 590-650 نانومتر وتصفية الانبعاثات من 663-735 نانومتر، وباطل اللون الأرجواني. مضان وتم الكشف مدمج اليكسا فلور 555 باستخدام فلتر مع الإثارة الطول الموجي من 540-580 نانومتر وعامل تصفية الانبعاثات من 600-660 نانومتر. تم الكشف عن مضان من SYTOX الأخضر باستخدام فلتر مع الإثارة الطول الموجي من 465-495 نانومتر وعامل تصفية الانبعاثات من 515-555 نانومتر. تم الكشف عن مضان من دابي باستخدام فلتر مع الإثارة الطول الموجي من 355-375 نانومتر ومرشح حاجز 400 نانومتر.
- وسوف يؤدي هذا البروتوكول في صور حيث تظهر البكتيريا غير قابل للحياة الخارجية الأرجواني + الخضراء والبكتيريا غير قابل للحياة الداخلية تظهر أخضر + أزرق، والبكتيريا قادرة على البقاء الخارجية تظهر الأرجواني الأزرق + والبكتيريا الداخلية قابلة للحياة تظهر الأزرق فقط، ويظهر بروتين التحت خلوية الحمراء (الشكل 4). قياس perecent من البكتيريا قادرة على البقاء الخارجية والداخلية كما هو موضح في البروتوكول الخطوات 1.11.
- وتحدد الضوابط المبينة في البروتوكول خطوة 1.12 ينبغي أن يقوم مع دابي / SYTOX الأخضر صبغ مزيج (الشكلين 2 و 3).
- فيبالإضافة إلى عد البكتيريا قادرة على البقاء وغير قابل للحياة، وتصنيف كل البكتيريا إما إيجابية أو سلبية على colocalization مع علامة التحت خلوية من الفائدة.
- حساب في المئة من البكتيريا قادرة على البقاء colocalized مع علامة التحت خلوية بقسمة عدد من البكتيريا قادرة على البقاء colocalized من العدد الكلي للبكتيريا قابلة للحياة. حساب في المئة من البكتيريا غير قابل للحياة colocalized مع علامة التحت خلوية بقسمة عدد من البكتيريا colocalized غير قابل للحياة من العدد الكلي للبكتيريا غير قابل للحياة.