التجميعي تقسيم وبركة وتوصيف الببتيد المكتبة أميد العالي

Summary

الببتيد الأميدات العالي (اتفاقيات التجارة التفضيلية) هي الفصيلة من peptidomimetics التي تشمل ولكن لا تقتصر على الببتيدات، peptoids والببتيدات ميثليته N-. نحن هنا تصف طريقة الاصطناعية الذي يجمع بين كل تقسيم وحمام سباحة واستراتيجيات مونومر فرعية لتجميع، حبة واحدة مكتبة المجمع واحدة من اتفاقيات التجارة التفضيلية.

Abstract

Peptidomimetics هي مصادر كبيرة من البروتين بروابط. طبيعة من oligomeric من هذه المركبات تمكننا من الوصول إلى المكتبات الاصطناعية كبير على المرحلة الصلبة باستخدام الكيمياء اندماجي. واحدة من الفئات الأكثر مدروسة من peptidomimetics هو peptoids. Peptoids سهلة لتجميع ولقد ثبت أن تكون مقاومة للتحلل البروتين وخلايا قابلة للاختراق. على مدى العقد الماضي، تم تحديد العديد من البروتين بروابط مفيدة من خلال الفحص المكتبات peptoid. ومع ذلك، فإن معظم بروابط حدد من المكتبات peptoid لا تعرض تقارب عالية، مع استثناءات نادرة. قد يكون هذا بسبب، في جزء منه، إلى عدم وجود مراكز مراوان والقيود بتكوين جزيئات في peptoid. في الآونة الأخيرة، وصفنا مسار الاصطناعية الجديدة للوصول الببتيد الأميدات العالي (اتفاقيات التجارة التفضيلية). اتفاقيات التجارة التفضيلية هي الفصيلة من peptidomimetics التي تشمل ولكن لا تقتصر على الببتيدات، peptoids والببتيدات ميثليته N-. مع السلاسل الجانبية على كلا α الكربون وذرات النيتروجين سلسلة الرئيسية،التشكل من هذه الجزيئات مقيدة إلى حد كبير من قبل عائق sterical وallylic 1،3 السلالة. (الشكل 1) دراستنا تشير إلى أن هذه الجزيئات منطقة التجارة التفضيلية ومنظم للغاية في حل، ويمكن استخدامها لتحديد بروابط البروتين. ونحن نعتقد أن هذه الجزيئات يمكن أن تكون مصدرا مستقبل عالية تقارب بروابط البروتين. نحن هنا وصف طريقة تركيبية تجمع بين قوة كل من الانقسام وحمام سباحة واستراتيجيات مونومر فرعية لتجميع عينة حبة واحدة في مركب واحد (OBOC) مكتبة اتفاقيات التجارة التفضيلية.

Introduction

Peptidomimetics هي مركبات التي تحاكي بنية الببتيدات الطبيعية. أنها مصممة على الإبقاء على النشاط الحيوي في حين التغلب على بعض المشاكل المرتبطة الببتيدات الطبيعية، بما في ذلك نفاذية الخلية والاستقرار ضد التحلل البروتيني ^1-3. نظرا لطبيعة من oligomeric من هذه المركبات، والمكتبات الاصطناعية الكبيرة يمكن الوصول إليها بسهولة من خلال الطرق التركيبية أحادى أو دون أحادى ^4-7. واحدة من الفئات الأكثر دراسة من peptidomimetics هو peptoids. Peptoids هي الأوليغومرات من GLYCINES N-الألكيلية التي يمكن توليفها بسهولة باستخدام استراتيجية مونومر الفرعي ^{8، 9.} وقد تم تحديد العديد من البروتين بروابط مفيدة بنجاح من فحص ا....

Protocol

1. أساسيات سبليت وبركة التجميعي

من أجل توليد كفاءة عدد كبير من المركبات على المرحلة الصلبة، وغالبا ما يتم توظيف التوليف تقسيم وتجمع كاستراتيجية عامة. كما هو مبين في الشكل (4)، tentagel الخرز هي الانقسام الأول إلى ثلاثة أجزاء. وكان رد فعل كل جزء مع كاشف مختلفة، وتوليد بقايا الأولى على الخرز. بعد رد الفعل الأول، ويتم تجميع جميع أجزاء الثلاثة معا، ويخلط، ثم انقسمت إلى ثلاثة أجزاء مرة أخرى. سوف تتفاعل كل جزء مرة أخرى مع كاشف مختلفة، وتوليد بقايا الثانية على الخرز. بعد اثنين وانقسام وبركة الخطوات، يتم إنشاء تسع مركبات.

Results

نحن هنا تظهر ثلاثة أطياف MALDI ممثل من مثلوث منطقة التجارة التفضيلية مع رابط. كما هو مبين في الشكل 6A، عندما المشقوق تحت درجة حرارة الغرفة باستخدام 50٪ TFA / DCM الحل، لوحظ تدهور كبير. في الشكل 6A، ذروتها 593 و 484 تتوافق مع رابط ومثلوث منطقة التجارة التفضيلية على التوالي، وتبين أن جزيء كله تم تصنيعه بنجاح على حبة ولكن تدهورت خلال الانقسام. عندما المشقوق في ظل انخفاض درجة الحرارة شرط كما هو موضح أعلاه، يتم قمع كمية من التدهور الناجم عن TFA إلى حد .......

Discussion

الببتيد الأميدات العالي (اتفاقيات التجارة التفضيلية) هي الفصيلة من الأوليغومرات peptidomimetic. إلى جانب الببتيدات مدروسة، peptoids والببتيدات ميثليته N-، وجزء كبير من المركبات داخل هذه العائلة لا تزال سلوكه، مجورلي بسبب عدم وجود طريقة للوصول الاصطناعية العام الببتيدات N-الألكيلية. نحن هنا تصف وسيلة فعالة لتجميع اتفاقيات التجارة التفضيلية مع اللبنات مراوان المستمدة من الأحماض الأمينية. سابقا، لقد ذكرت لاستخدام الطريق مونومر فرعية جديدة إلى المكتبات تجميع جزيئات منطقة التجارة التفض.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
2،4،6 ثلاثي ميثيل بيريدين	أكروس	161950010	CAS: 108-75-8
2-مورفولينوإيثانامين	سيجما ألدريتش	06680	CAS: 2038-03-1   ؛
48٪ محلول مياه HBr	ALFA AESAR	AA14036AT	CAS: 10035-10-6
أسيتالديهايد	سيجما ألدريتش	402788	CAS: 75-07-0   ؛
أسيتونيتريل	فيشر	SR015AA-19PS	CAS: 75-05-8
رباعي هيدروفوران اللامائي (THF) EMD		EM-TX0277-6	CAS: 109-99-9
بنزيلامين	سيجما ألدريتش	185701	CAS: 100-46-9
مكرر (ثلاثي كلورو ميثيل) كربونات (BTC)	ACROS	258950050	CAS: 32315-10-9
حمض البروموسيتيك	ACROS	106570010	CAS:79-08-3
الكلورانيل	سيجما ألدريتش	23290	سجل المستخلصات الكيميائية: 118-75-2
سيكلوهكسانميثيل أمين	سيجما ألدريتش	101842	CAS: 3218-02-8
D2< / sub>O	نظير كامبريدج	DLM-4-99.8-1000	CAS: 7789-20-0
D-Alanine	Anaspec	61387-100	CAS: 338-69-2
ثنائي كلورو الميثان (DCM)	فيشر	BJ-NS300-20	CAS: 75-09-2
ثنائي ميثيل فورماميد (DMF)	فيشر	BJ-076-4	CAS: 68-12-2
إيثيلين جلايكول	أوكوود	44710	CAS: 107-21-1
إيزوبنتيلامين	سيجما ألدريتش	W321907	CAS: 107-85-7
كيلو بايت	ACROS	424070025	CAS: 7758-02-3
L-Alanine	Anaspec	61385-100	CAS:56-41-7
3-ميثوكسي بروبيلأمين	سيجما ألدريتش	M25007	CAS: 5332-73-0
2-ميثوكسي إيثيل أمين	سيجما ألدريتش	143693	CAS: 109-85-3
N- (3-أمينوبروبيل) -2-بيروليدينون	سيجما ألدريتش	136565	CAS: 7663-77-6   ؛
N ، N'-Diisopropylcarbodiimide (DIC)	ACROS	115211000	CAS: 693-13-0
N ، N-Diisopropylethylamine (DIPEA)	Sigma-Aldrich	D125806	CAS: 7087-68-5
NaNO2< / sub>	ACROS	424340010	CAS: 7631-99-4
NAOD محلول 40٪ في الماء	ACROS	200058-506	CAS: 7732-18-5
Piperidine	ALFA AESAR	A12442-AE	CAS: 110-89-4
بيبيرونيل أمين	سيجما-ألدريتش	P49503	CAS: 2620-50-0
بروبيلأمين	سيجما ألدريتش	240958	CAS: 107-10-8
حمض ثلاثي فلورو أسيتيك	سيجما ألدريتش	299537	CAS: 76-05-1
&alpha ؛ -Cyano-4-hydroxycinnamic acid	Sigma-Aldrich	39468	CAS: 28166-41-8
&alpha ؛ -Ketoglutarate	ALFA AESAR	AAA10256-22	CAS: 328-50-7
راتنج الواعظ مع رابط RINK	Rapp-Polymere	S30023
Alanine transaminase	Roche	10105589001	AKA: Glutamate-Pyruvate Transaminase (GPT)
حاضنة	نيو برونزويك Scientific	Innova44
NMR	Bruker	400 ميجا هرتز
مطياف الكتلة MALDI	الأنظمة الحيوية التطبيقية	4800 MALDI-TOF / TOF
Lyophilizer	SP Scientific	VirTis منضدة K
مفاعل حقنة	INTAVIS	عمود تفاعل	3 مل ، 5 مل ، 10 مل ، 20 مل
مشعب فراغ	Promega	A7231	Vac-Man