نحن هنا وصف بروتوكول باستخدام بحار بوساطة الطفرات ينقول مصغرة himar1 لتوليد مكتبة متحولة عالية الكثافة الإدراج إلى الشاشة، وعزل وتحديد الجينات رواية المنظمين في prototypic الزائفة الزنجارية سلالة PAO1.
يتطلب اشتراك JoVE لعرض هذا المحتوى. تسجيل الدخول أو ابدأ نسخة تجريبية مجانية
مقالة منهجية
نحن هنا وصف بروتوكول باستخدام بحار بوساطة الطفرات ينقول مصغرة himar1 لتوليد مكتبة متحولة عالية الكثافة الإدراج إلى الشاشة، وعزل وتحديد الجينات رواية المنظمين في prototypic الزائفة الزنجارية سلالة PAO1.
الزائفة الزنجارية هي سالبة الجرام، بكتيريا البيئية مع قدرات التمثيل الغذائي تنوعا. P. الزنجارية هو الممرض الانتهازية البكتيرية التي تنص على الالتهابات الرئوية المزمن في المرضى الذين يعانون من التليف الكيسي (CF). الافراط في السكاريد المحفظة تسمى الجينات، والمعروف أيضا باسم mucoidy، ويشجع على تشكيل الأغشية الحيوية مخاطي التي هي أكثر مقاومة من خلايا العوالق للعلاج الكيميائي للمضادات الحيوية ودفاعات المضيف. بالإضافة إلى ذلك، التحويل من nonmucoid إلى النمط الظاهري مخاطي هو علامة السريرية لظهور عدوى مزمنة في CF. الإفراط الجينات التي كتبها P. الزنجارية هي عملية ماص للطاقة التي ضرائب ثقيلة على الطاقة الخلوية. لذلك، يتم تنظيم الجينات في إنتاج عالية P. الزنجارية. من أجل فهم أفضل تنظيم الجينات، وصفنا بروتوكول باستخدام مصغرة himar1 ينقول الطفرات لتحديد الجينات منظم الروايةق في سلالة PAO1 prototypic. يتكون هذا الإجراء من خطوتين أساسيتين. أولا، ونقل ينقول مصغرة himar1 (pFAC) من المضيف E. القولونية SM10/λpir إلى المتلقي P. الزنجارية PAO1 عبر اقتران متحدر من والدين لإنشاء مكتبة متحولة عالية الكثافة الإدراج، والتي تم اختيارها على لوحات الزائفة عزلة أجار تستكمل مع الجنتاميسين. ثانيا، نحن فحص وعزل مستعمرات مخاطية لرسم خريطة للموقع من خلال الإدراج العكسية PCR باستخدام بادئات الحمض النووي لافتا إلى الخارج من الكاسيت الجنتاميسين وتسلسل الحمض النووي. باستخدام هذا البروتوكول، حددنا اثنين من المنظمين رواية الجينات، mucE (PA4033) وkinB (PA5484)، في سلالة PAO1 مع البرية من نوع mucA ترميز عامل مكافحة سيغما MucA للسيد الجينات منظم ALGU (AlgT، σ 22) . يمكن تعديل هذا البروتوكول الطفرات الإنتاجية العالية لتحديد الجينات الأخرى ذات الصلة الفوعة تسبب تغيير في كولونيويورك التشكل.
قدرة الانتهازية، الممرض سالبة الجرام الزائفة الزنجارية لتحفيزه على إنتاج الجينات هو أحد العوامل الرئيسية في قدرتها على إنشاء بيوفيلم. الافراط في الجينات هو النمط الظاهري غالبا ما يشار إليها باسم mucoidy. عزل مستعمرات مخاطية من sputa الأفراد المصابين بالتليف الكيسي (CF) يدل على وجود عدوى مزمنة، ويرتبط مباشرة مع الانخفاض العام في صحة المريض 1. حاليا، فمن المفهوم أن تنظيم وإنتاج الجينات في P. الزنجارية يحدث في المقام الأول على اثنين من operons. الأول هو الاوبرون السكروز الجينات، والذي يحتوي على 12 الجينات (algD - alg8 - alg44 - algK - الالم - algG - algX - algL - ALGI - algJ - algF - الطحالب) التي هي المسئولة عن تصنيع وتصدير البوليمر الجينات عبر والجبلة المحيطية إلى خارج الخلية environmeالإقليم الشمالي 2-5. والاوبرون الثاني هو مجموعة من الجينات التي تبدأ مع عامل سيغما بديل ALGU / T والمستمر مع mucA، mucB، وmucD. ALGU / T هو منظم إيجابية، في حين تصنف mucAB-D كما المنظمين السلبية لإنتاج الجينات 6-8. بالإضافة إلى ذلك، والمنظمين النسخي، مثل AlgB، AlgQ، الغر، وRpoN، وكذلك في مرحلة ما بعد النسخي وتعديل آخر متعدية عن طريق التحكم القمع مقيضة، والنشاط كيناز (KinB) والتحلل البروتيني intramembrane، وأيضا ثبت أن تشارك في الجينات تنظيم 9-14.
تم إنشاء ينقول ناقلات صغيرة himar1 المعروفة باسم pFAC أصلا في مختبر الدكتور Mekalanos 'في كلية هارفارد الطبية 15. يتكون البلازميد pFAC عنصر القابلة للنقل يحيط بها اثنان يكرر مقلوب من 27 نقطة أساس وكاسيت الجنتاميسين المقاومة في الوسط (aacC1: 534 بي بي)، جين ترميز hyperactإيف transposase مارينر 16، والجينات ترميز β-اكتاماز (بلوخ) (الشكل 1). تسلسل المعلومات عن العنصر القابلة للنقل من pFAC متاح في عدد انضمام بنك الجينات: DQ366300 13. في pFAC، هناك موقع استنساخ متعددة (MCS) وراء الجينات aacC1 والذي يستخدم لتحديد موقع الإدراج الكروموسومات باستخدام العكسية PCR. واحدة ميزة كبيرة مع استخدام ينقول مصغرة himar1 هو ليس هناك حاجة لعوامل المضيف محددة للتبديل (الطفرات). بالإضافة إلى ذلك، هناك وفرة عالية من TA المواقع الإدراج ثنائي النوكليوتيد جدت في جميع أنحاء الجينوم من P. الزنجارية. على سبيل المثال، TA المواقع ثنائي النوكليوتيد الإدراج يحدث و94404 100229 مرات في PAO1 (6264404 بت في الثانية، بنك الجينات عدد الانضمام NC_002516.2) وPA14 (6537648 بت في الثانية؛ رقم الوصول بنك الجينات NC_008463) الجينوم، على التوالي. بسبب وفرة من TA ثنائي النوكليوتيد في الجينوم، ميني himar1 ينقول يمكن أن يسبب عالية الكثافة والطفرات العشوائية، والتي هي مناسبة خاصة لتحليل الجينات الفوعة والجينات التي تنظم للغاية. نظريا، يمكن للينقول مصغرة himar1 إدراجها في أي الجينات غير الضرورية داخل جينوم P. الزنجارية. وهذا يوفر مواقع الإدراج TA حوالي 18 في إطار القراءة المفتوح في الجينوم PAO1.
هنا، نحن تصف البروتوكول باستخدام مصغرة himar1 بوساطة الطفرات ينقول لتحديد المنظمين رواية mucoidy في P. الزنجارية. وبشكل أكثر تحديدا، ونحن مترافق biparentally متجه pFAC تحتوي على ينقول مصغرة himar1 من E. القولونية SM10/λpir في nonmucoid أنموذجية التغذي سلالة PAO1. بعد دمج ينقول في الجينوم، سلالة المتلقي هو مثقف على الزائفة عزلة أجار (PIA) التي تحتوي على التريكلوسان الذي يمنع نمو E. القولونية. وبالتالي، مكتبة من المسوخ من P. يمكن اختيار الزنجارية من النمو على PIA وحة تستكمل مع الجنتاميسين وجود النمط الظاهري مخاطي. ملاحظة، صحيح سوف مقابل ومتحولة التكامل بوساطة ينقول يكون النمط الظاهري المقاومة والحساسة للكربنيسيلين الجنتاميسين. في هذه الدراسة، تم عزل ما يقرب من 80،000 من المسوخ الإدراج PAO1 من خلال أربعة الإقتران منفصلة. نحن بعد ذلك فرزها لعزلات مخاطي، وتحديد موقع من قبل الإدراج تقييد انزيم الهضم، وربط والعكسية PCR. أجرينا تحليل لطخة الجنوبية باستخدام المقاومة كاسيت الجنتاميسين كما تحقيقا لرؤية عدد من الإدراج في الجينوم. توصلنا إلى أن أكثر من 90٪ من المسوخ التي تم الحصول عليها في الاقتران باستخدام هذا البروتوكول لم يحصل إلا على نسخة واحدة من himar1 في الجينوم وعرض النمط الظاهري المقاومة والحساسة للكربنيسيلين الجنتاميسين. وقد تم تحديد ما مجموعه 32 عزلات مخاطي، تم تعيين 22 منهم إلى مواضع مختلفة من P. الزنجارية PAO1كروموسوم. هذا المعدل من الإدراج توفر تغطية كافية لتحديد العديد من المنظمين رواية من الإفراط الجينات.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
1. إعداد سلالات البكتيرية ومتحدر من والدين إختبارات
2. كشف وعزل المستعمرات موكويد
3. gDNA تقييد الهضم وربط
4. العكسية PCR (iPCR) وتحليل تسلسل
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
كما هو موضح في الشكل 1، وبحار ينقول ناقلات صغيرة himar1، pFAC، يحتوي على اثنين من 27 سنة مضت يكرر مقلوب مع مواقع الإدراج TA المرافقة المقاومة aacC1 الجنتاميسين كاسيت، مع σ المروج 70 التابعة لها، وموقع الاستنساخ متعددة (MCS). بالإضافة إلى ذلك، يحتوي pFAC ناقلات الجينات ترميز transposase نشطة للغاية himar1، β-اكتاماز (جيش تحرير بلوشستان)، ونقل الاوبرون هيئة تنظيم الاتصالات. المواقع الإدراج TA تسمح للتكامل فعال ...
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
من المهم أن نلاحظ أن هذه الطريقة يمكن استخدامها في الأنواع الأخرى الزائفة مع هذه التعديلات: احتضان P. المتألقة وP. الكريهة عند 30 درجة مئوية، وP. الشتوتسرية في 42 درجة مئوية، P. stuzeri ينبغي مثقف على لوحات LB تستكمل مع 150 ميكروغرام / مل من الجنتاميسين؛ على خطوة 1.11، P. ينبغي نقل الخلايا الشتوتسرية إلى 500 ميكرولتر من LB بدلا من 1 مل. بالإضافة إلى ذلك، هناك نوعان من الخطوات الحاسمة لهذا البروتوكول. أولا، يجب أن يكون مثقف سلال...
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
المؤلف هونغ وى D. يو هو موظف العلوم رئيس وأحد مؤسسي تكاثر مبكر تكنولوجيز، ذ.
وأيد هذا العمل من قبل الوطنية للملاحة الجوية والفضاء إدارة ولاية فرجينيا الغربية الفضاء غرانت اتحاد (ناسا WVSGC)، ومؤسسة التليف الكيسي (CFF-YU11G0) والمعاهد الوطنية للصحة وP20RR016477 P20GM103434 لشبكة فكرة ولاية فرجينيا الغربية للتميز بحوث الطبية الحيوية. نشكر Vonya M. Eisinger للمساعدة التقنية مع هذا العمل.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
| الاسم | الشركة | رقم فهرسي | التعليقات |
|---|---|---|---|
| Luria Broth | Difco | 240230 | عبر Fisher Scientific |
| Pseudomonas< / em> عزل أجار | Difco | 292710 | عبر Fisher Scientific |
| Small Plates (100 OD × 10 مم) | Fisher Scientific | 08-757-13 | |
| لوحات كبيرة (150 OD × 15 مم) | فيشر سيانتيفيك | 08-757-14 | |
| جلسرين | فيشر Scientific | BP229-4 | |
| حاضنة اهتزاز منضدة | نيو برونزويك Scientific | Innova 4080 | اهتزاز عند 200 دورة في الدقيقة |
| حاضنة الخزانة | VWR | 1540 | |
| جهاز الطرد المركزي | Sorvall | 75-003-287 | عبر مقياس الطيف الضوئي Bio-Rad |
| 170-2525 | أو الطريقة / البائع | ||
| المفضلحلقات التلقيح القابلة للانعفاء | فيشر سيانتيفك | 22-363-597 | |
| 1.5 مل أنابيب الطرد المركزي | فيشر ساينتفيك | 05-408-129 | |
| 2.0 مل قوارير مبردة | كورنينج | 430659 | عبر فيشر ساينتفيك |
| 15 مل أنابيب | فيشر ساينتفيك | 05-539-12 | |
| خالي الدسم | Difco | DF0032-17-3 | عبر فيشر Scientific |
| DNeasy الدم والأنسجة (250) | Qiagen | 69506 | أو الطريقة المفضلة / البائع |
| QIAquick PCR Purification Kit (250) | Qiagen | 28106 | أو الطريقة المفضلة / البائع |
| QIAprep Spin Miniprep Kit (250) ؛ | Qiagen | 27106 | أو الطريقة المفضلة / البائع |
| FastLink II DNA Ligation Kit | Epicentre Technologies | LK6201H | عبر Fisher Scientific |
| Accu block Digital Dry Bath | Labnet NC0205808 | عبر Fisher Scientific | |
| Sal1 ، تقييد نوكلياز | داخلي New England BioLabs | R0138L | |
| EasyStart Micro 50 | Molecular BioProducts | 6020 | عبر Fisher Scientific |
| Taq DNA Polymerase | New England BioLabs | M0267L | |
| iCycler ، Thermocycler | Bio-Rad | 170-8740 | |
| LE agarose | جينيميت | 3120-500 | عبر فيشر ساينتفيك |
| جنتاميسين كبريتات | فيشر Scientific | BP918-1 | |
| 2.0 مل قوارير مبردة | كورنينج | 430659 | عبر فيشر ساينتفيك |
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.