Method Article

مجموعة المقارن الجينوم التهجين (صفيف [ك]) عن الكشف عن الجينوم نسخ عدد المتغيرات

DOI:

10.3791/51718

⸱

February 21st, 2015

 ,  ,  , 
1Cytogenetics Department, Guy's & St Thomas' NHS Foundation Trust, 2Cytogenetics Department, Viapath Analytics

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

حلت محل مجموعة [ك] للكشف عن الجينومية المتغيرات في عدد النسخ تحليل النمط النووي G النطاقات. وتصف هذه الورقة التكنولوجيا وتطبيقاتها في مختبر خدمة التشخيص.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Array CGH للكشف عن متغيرات عدد النسخ الجينومية حلت محل تحليل النمط النووي G-banded. تصف هذه الورقة التكنولوجيا وتطبيقها في مختبر خدمة التشخيص السريري. يتم تصنيف الحمض النووي المستخرج من عينة المريض (الدم أو اللعاب أو أنواع الأنسجة الأخرى) بالفلوروكروم (إما السيانين 5 أو السيانين 3). يتم تصنيف عينة الحمض النووي المرجعية بالفلوروكروم المعاكس. فيما يلي خطوة تنظيف لإزالة النيوكليوتيدات غير المدمجة قبل خلط الحمض النووي المسمى وإعادة تعليقه في مخزن مؤقت للتهجين وتطبيقه على مصفوفة تتكون من ~ 60,000 مجسات قليل النوكليوتيدات من المواقع عبر الجينوم ، مع كثافة مسبار عالية في المناطق المهمة سريريا. بعد التهجين ، يتم غسل المصفوفات ، ثم مسحها ضوئيا وتحليل الصور الناتجة لقياس التألق الأحمر والأخضر لكل مسبار. يستخدم البرنامج لتقييم جودة كل قياس مسبار ، وحساب نسبة التألق الأحمر إلى الأخضر واكتشاف المتغيرات المحتملة لعدد النسخ.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

وقد كان من المعروف لسنوات عديدة أن الحذف أو نسخ إضافية من شرائح الكروموسومات تسبب الإعاقة الفكرية، وخلل البنية؛ شوهة والتشوهات congentical، وفي بعض الحالات تسبب متلازمات وراثية 1. ومع ذلك، فإن التكنولوجيا الوحيدة المتاحة حتى منتصف 2000s للكشف على نطاق الجينوم من هذه التغييرات G-النطاقات تحليل كروموسوم، التي لديها قرار حول 5-10Mb، اعتمادا على المنطقة وطبيعة الخلل، والتي لا يمكن كشف الكروموسومات غير طبيعية حيث تم استبدال المواد من قبل المنطقة من كروموسوم مختلفة مع نمط النطاقات نفسه. كانت التقنيات الوراثية الخلوية الإضافية مثل مضان التهجين في الموقع ومتعدد ربط محددة التحقيق التضخيم في متاحة للاستجواب م....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. وضع البطاقات التعريفية رد الفعل

  1. قبل استخدامها، dUTPs قبل قسامة cyanine 3 و 5 المسمى، النيوكليوتيدات غير المسماة والاشعال عشوائية في تركيزات الموصى بها الشركة المصنعة في لوحات وتخزين 96-جيدا في -20 C جاهزة للاستخدام. لأغراض هذا البروتوكول، وقسامة 10.5 ميكرولتر من dUTP المسمى الاقتضاء و 10.5 ميكرولتر النيوكليوتيدات غير المسماة والاشعال عشوائية لكل بئر.
  2. ذوبان الجليد لوحة الجاهزة للاستخدام 96-جيدا من النيوكليوتيدات والاشعال في 4 درجة مئوية لمدة 1 ساعة، محمية من الضوء.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

وتصور كل مسبار على مجموعة المهجنة على شكل مزيج من fluorochromes الأحمر والأخضر (انظر الشكل 1). وكميا نسبة اللون الأحمر إلى إشارة الفلورسنت الخضراء لكل التحقيق بواسطة الماسح الضوئي والبرامج المرتبطة المؤامرات هذه كما نسب log2 وفقا لموقفهم الجيني، ويحدد المناطق التي تقع خارج حدود محددة مسبقا. آثار مجموعة الناتجة تسمح تفسير المناطق تحديدها على أنها غير متوازنة genomically. على سبيل المثال، تتبع من طفل متلازمة وليامز، وهو متلازمة microdeletion المتكررة بوساطة يكرر نسخ.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ومجموعة [ك] لم يكشف إعادة ترتيب متوازنة أو تشوهات الصيغة الصبغية مثل تثلث الصيغة الصبغية. وعلاوة على ذلك، قد لا يتم الكشف عن الاختلالات الفسيفساء مستوى منخفض. ومع ذلك، مجموعة [ك] لديها دقة أعلى للكشف CNV من التحليل الصبغي G النطاقات الذي حل محله في العديد من المختبرات علم الوراثة الخلوية. ولذلك فمن معيار الذهب الحالي لالجينوم على نطاق الكشف CNV. ويمكن استبداله تقنيات التسلسل الجيل القادم في المستقبل لكن في الوقت الراهن، تكلفتها والتعقيدات التقنية المرتبطة باستخدام باختصار يقرأ للك.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ليس لدى المؤلفين ما يكشفون عنه.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

المؤلفون ليس لديهم أي اعترافات.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
CGH microarray 8 × 60KAgilentG4126
Array CGH مخازن الغسيلAgilent5188-5226
Array CGH المخزن المؤقت للتهجينAgilent5188-5380
طقم تنقية MineluteQiagen28006
مجموعة وضع العلامات CGH المصفوفةEnzoENZ-42672-0000

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Miller, D. T., et al. Consensus statement: chromosomal microarray is a first-tier clinical diagnostic test for individuals with developmental disabilities or congenital anomalies. Am. J. Hum. Genet. 86, 749-764 (2010).
  2. Ahn, J. W., et al.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Array CGHCopy Number VariantsDNA LabelingFluorescent DyesHybridization BufferOligonucleotide ProbesFluorescence ScanningLog Two RatiosGenomic Imbalance DetectionClinical Diagnostic Service

Related Articles