$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
1. تكبير البلازميدات المحتوية المطلوبة الترميز تسلسل الحمض النووي (CDS)
- قبل الدافئ المتوسطة SOC، والتي يتم تضمينها في عدة التحول، إلى درجة حرارة الغرفة و لوحات أجار LB تحتوي على 100 ميكروغرام / مل الأمبيسلين إلى 37 درجة مئوية. تتوازن حمام مائي إلى 42 درجة مئوية.
- ذوبان الجليد قارورة واحدة من المكونات كيميائيا E. القولونية على الجليد.
- إضافة 1-5 ميكرولتر من البلازميد (10 خريج إلى 100 نانوغرام) التي تحتوي على CDS في قارورة من عنصر كيميائيا E. القولونية وتخلط بلطف. لا تخلط الخلايا بواسطة pipetting. بعد إضافة البلازميدات، خلط من خلال الاستفادة من أنبوب بلطف.
- احتضان الخليط على الجليد لمدة 30 دقيقة.
- للحرارة صدمة للE. كولاي لمدة 30 ثانية في 42 درجة مئوية في حمام مائي دون أن تهتز.
- ضع قارورة على الجليد لمدة 2 دقيقة.
- إضافة 250 ميكرولتر من قبل تحسنت المتوسطة SOC إلى E. القولونية والبكتيريا يهز أفقيا في 300 دورة في الدقيقة لمدة 1 ساعة عند 37 درجة مئوية في حاضنة جرثومية.
- نشر 100 ميكرولتر و 150 ميكرولتر من مزيج التحول على لوحات أجار LB استعد مسبقا، عكس لوحات واحتضان بين عشية وضحاها في 37 درجة مئوية.
- بعد أن أصبحت المستعمرات مرئية، تلقيح مستعمرة واحدة من كل لوحة إلى ثقافة أنبوب 15 مل تحتوي على 5 مل LB المتوسطة مع 100 ميكروغرام / مل الأمبيسلين. احتضان لهم بين عشية وضحاها في 37 درجة مئوية مع اهتزاز عند 300 دورة في الدقيقة حتى الثقافة في أواخر السجل أو مرحلة ثابتة.
- عن التخزين الطويل الأمد للتحول E. القولونية، الماصة 75 ميكرولتر من الجلسرين بنسبة 100٪ في cryovial. إضافة 225 ميكرولتر من ثقافة البكتيرية (ستحتوي الأسهم المجمدة الجلسرين 25٪)، تخلط جيدا وتخزينها cryovial في -80 درجة مئوية.
- عزل البلازميدات تحتوي على CDS المطلوبة باستخدام طقم تنقية البلازميد وفقا لتعليمات الشركة الصانعة.
- تحديد تركيز البلازميد باستخدام مقياس الطيف الضوئي.
- إعداد aliquots من 20 ميكرولتر وتخزينها في -20 درجة مئوية لوقت طويل.
_title "> 2. التضخيم من البلازميد وإضافة مدرجات للبولي T-الذيل بواسطة تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR)
- ملاحظة: للحصول على قالب DNA لالنسخ في المختبر (IVT)، وCDS المصالح، هنا EGFP، يتم تضخيمه باستخدام PCR. في نفس الوقت، يتم إضافة بولي T-ذيل 120 thymidines (T) لإدراج باستخدام التمهيدي العكسي مع 120 التمديد تي. وبالتالي، فإن من mRNAs لدت حصول على بولي A-ذيل بطول محدد بعد IVT.
- تحضير خليط PCR كما هو مفصل في الجدول 1.
- خلط مزيج رد فعل تماما. ملاحظة: يمكن استخدام المنتج PCR في 4-5 ردود فعل IVT. لزيادة كمية الحمض النووي قالب لIVT، الحجم الكلي للخليط PCR يمكن زيادة. ويمكن استخدام كل منها يحتوي على 100 ميكرولتر PCR خليط عدة أنابيب PCR للحصول على عائد كاف من المنتجات PCR.
- وضع أنابيب PCR في thermocycler وتشغيل PCR باستخدام بروتوكول الدراجات PCR (الجدول 2).
- تنظيف Pرد فعل CR استخدام عدة تنقية PCR وفقا لتعليمات الشركة الصانعة وأزل الحمض النووي باستخدام 20 ميكرولتر nuclease خالية من المياه.
- قياس تركيز الحمض النووي باستخدام مقياس الطيف الضوئي. ملاحظة: تركيز الحمض النووي الكشف عن حوالي 300 ميكروغرام / مل. وبالتالي، يجب أن يكون المبلغ الإجمالي المتوقع ~ 6 ميكروغرام. كمية من الحمض النووي لبروتينات أخرى يمكن أن تختلف تبعا لطول CDS، وكمية من بلازميد تستخدم لPCR، ودرجة الحرارة الصلب من الاشعال، وعدد دورة.
- تجميد DNA في -20 درجة مئوية لمدة طويلة أو استخدامه بشكل مباشر عن IVT.
3. مراقبة الخطوة: جودة المنتج PCR
- تحقق من جودة المنتج PCR بواسطة هلام DNA الكهربائي.
- مزيج من المبلغ المطلوب من الاغاروز مع 1X TBE في قارورة. ل1٪ agarose هلام، إضافة 0.5 غرام من الاغاروز إلى 50 مل من 1X TBE.
- يذوب الميكروويف حتى الاغاروز. لا ندعه يغلي. تأكد من أن الاغاروز تماما في الحل.
- إضافة 5 ميكرولتر هلام حمض النووي وصمة عار إلى 50 مل هلام الاغاروز.
- صب جل في مربع agarose هلام، تعيين مشط، والانتظار حوالي 1 ساعة حتى طدت هلام.
- إزالة مشط ووضع هلام مربع في علبة الجل.
- خلط 2 ميكرولتر (200 نانوغرام) من 80-10،000 BP-DNA سلم و 200 نانوغرام من الناتج PCR مع كل 6X 2 ميكرولتر العازلة تحميل في إجمالي حجم 12 ميكرولتر.
- تحميل بعناية عينات من الحمض النووي في الآبار من هلام الاغاروز.
- باستخدام 1X TBE كما يعمل العازلة، تشغيل agarose هلام في 100 فولت لمدة 1 ساعة.
- تصور العصابات الحمض النووي على نظام التصوير (الشكل 2).
4. النسخ في المختبر (IVT)
- ملاحظة: بعد PCR، وتتضخم لإدراج بلازميد وأضاف بولي T-الذيل. خلال IVT، ونسخه من المعلومات الوراثية من الحمض النووي RNA ل. يتم استخدام النص مرنا ولدت لإنتاج البروتينات في الخلايا.
- تنظيف منطقة العمل والماصات مع ريبونوكلياز دحل econtamination. استخدام PCR نصائح نظيفة ومعقمة ماصة المزدوج مرشح وكثيرا ما تتغير قفازات للحد من التلوث من رد فعل ستختلط مع RNases.
- إعداد NTP / كاب خليط التناظرية كما هو موضح في الجدول رقم 3.
- خلط NTP / كاب مزيج دقيق من قبل vortexing التناظرية وتدور باستمرار لفترة وجيزة.
- تجميع خليط التفاعل IVT كما هو موضح في الجدول رقم 4.
- مزج خليط التفاعل IVT بشكل دقيق من قبل pipetting بلطف صعودا وهبوطا. ثم الطرد المركزي أنبوب PCR لفترة وجيزة لجمع الخليط في الجزء السفلي من الأنبوب.
- احتضان عند 37 درجة مئوية لمدة 3 ساعات في thermomixer.
ملاحظة: فترة حضانة الأمثل يعتمد على طول إدراج والكفاءة النسخي من قالب معين. لإدراج قصيرة (<500 الإقليم الشمالي)، قد يكون وقتا أطول حضانة المفيد. ويمكن أن يتم تجربة الوقت بالطبع لتحديد فترة حضانة الأمثل لأقصى قدر من العائد. لذا، قم بإعداد ردود فعل IVT، على الامثلهه، ل 1، 2، 3، 4، 6 ساعة، والحضانة بين عشية وضحاها، وتحديد كمية مرنا. يظهر حركية النسخ في المختبر لتوليد EGFP مرنا في الشكل 3. - لإزالة قالب الحمض النووي، إضافة 1 ميكرولتر من الدناز (2 U / ميكرولتر) إلى IVT خليط التفاعل، تخلط جيدا واحتضان 15 دقيقة عند 37 درجة مئوية.
- تنقية خليط التفاعل باستخدام طقم تنقية RNA وفقا لتعليمات manufacturer's. أزل مرنا معدلة من الغشاء عمود الدوران مرتين مع 40 ميكرولتر nuclease خالية من المياه. ملاحظة: تركيز الحمض النووي الريبي الكشف عن حوالي 1500 ميكروغرام / مل. وبالتالي، يجب أن يكون المبلغ الإجمالي المتوقع ~ 120 ميكروغرام. كمية مرنا مركبة للبروتينات أخرى يمكن أن تختلف تبعا لطول CDS وكمية المنتج PCR تستخدم لIVT.
5. علاج تنقية مرنا مع القطب الجنوبي الفوسفاتيز
- ملاحظة: يتم التعامل مع مرنا ولدت مع الفوسفاتيز لإزالة 5 "ثلاثيالفوسفات، والتي يمكن التعرف عليه بواسطة RIG-I، وتؤدي إلى تنشيط جهاز المناعة. وعلاوة على ذلك، فإن العلاج الفوسفاتيز يمنع إعادة التعميم في رد فعل الربط الذاتي.
- إضافة 9 ميكرولتر من 10X القطب الجنوبي عازلة رد فعل الفوسفاتيز إلى 79 ميكرولتر من حل مرنا النقي. وفي وقت لاحق، إضافة 2 ميكرولتر من الفوسفاتيز القطب الجنوبي (5 U / ميكرولتر) وتخلط بلطف العينة. احتضان خليط التفاعل عند 37 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة.
- تنقية خليط التفاعل باستخدام طقم تنقية RNA وفقا لتعليمات manufacturer's. أزل مرنا معدلة من الغشاء عمود الدوران مرتين مع 50 ميكرولتر nuclease خالية من المياه.
- قياس تركيز مرنا تعديلها باستخدام مقياس الطيف الضوئي. تحقق من أن نسبة الامتصاصية في 260 نانومتر / 280 نانومتر (A 260 / A 280) هي ≥ 1.8 ونسبة 260 / A 230 هو 2.0، مما يشير إلى النقاء.
ملاحظة: العائد الإجمالي المتوقع يجب أن يكون حوالي 90 ميكروغرام، والذي هو sufficieالإقليم الشمالي لحوالي 36 transfections مرنا. - ضبط تركيز مرنا إلى 100 نانوغرام / ميكرولتر بإضافة nuclease خالية من المياه.
- قسامة مرنا في تعديل مأخوذة تستخدم مرة واحدة اللازمة لtransfections وتخزينها في -80 درجة مئوية. تجنب متعددة تجميد والذوبان دورات. أعدت بشكل صحيح وتخزينها مرنا مستقرة لسنوات عديدة. أثناء العمل، والحفاظ دائما مرنا تعديل على الجليد.
6. مراقبة الخطوة: جودة تجميعي مرنا التعديل
- تحقق من جودة مرنا تعديلها من قبل جل RNA الكهربائي.
- مزيج من المبلغ المطلوب من الاغاروز مع 1X TBE في قارورة. ل1٪ agarose هلام، إضافة 0.5 غرام من الاغاروز إلى 50 مل من 1X TBE.
- يذوب الميكروويف حتى الاغاروز. لا ندعه يغلي. تأكد من أن الاغاروز تماما في الحل.
- إضافة 5 ميكرولتر هلام حمض النووي وصمة عار إلى 50 مل هلام الاغاروز.
- صب جل في صندوق agarose هلام، تعيين مشط، والانتظار حوالي 1 ساعة حتى هلام هو سوليdified.
- إزالة مشط ووضع هلام مربع في علبة الجل.
- مزيج 3 ميكرولتر (3 ميكروغرام) من 0.5-10 كيلوبايت RNA سلم و 200 نانوغرام من توليفها تعديل مرنا مع كل 7 ميكرولتر العازلة تحميل في الحجم الإجمالي من 10 ميكرولتر. يوصف تكوين العازلة تحميل في الجدول 5.
- تفسد السلم والعينات مرنا عند 70 درجة مئوية لمدة 10 دقيقة.
- تحميل بعناية سلم وعينات مرنا على agarose هلام 1٪.
- أداء الكهربائي على 100 فولت لمدة 1 ساعة باستخدام 1X TBE كما يعمل العازلة.
- تصور السلم وشرائح مرنا على نقل transilluminator الأشعة فوق البنفسجية وصورة باستخدام نظام التوثيق هلام (الشكل 4).
7. إعداد الخلايا لترنسفكأيشن
- لوحة 2 X10 5 الخلايا (خلايا HEK293) لكل بئر من لوحة 12-جيدا.
- احتضان خلايا بين عشية وضحاها في 37 درجة مئوية في حاضنة الخلية. ملاحظة: في يوم من ترنسفكأيشن، يجب أن الخلايا لديها REAC[هد] 80-90٪ التقاء.
8. أداء مرنا ترنسفكأيشن من الخلايا
- ذوبان الجليد مرنا المعدلة.
- توليد lipoplexes لترنسفكأيشن.
- إضافة 25 ميكرولتر (2.5 ميكروغرام) من تعديل مرنا و2 ميكرولتر من الدهون الموجبة كاشف ترنسفكأيشن إلى 473 ميكرولتر غروب-MEM (الحد الأدنى الضروري المتوسطة) أنا خفضت المتوسطة المصل لتوليد الخليط ترنسفكأيشن لترنسفكأيشن من بئر واحدة من لوحة 12-جيدا. زيادة في حجم وفقا لعدد من الآبار لتكون transfected. كما سيطرة سلبية، وإعداد خليط ترنسفكأيشن دون مرنا.
- تخلط المكونات بلطف بواسطة pipetting. احتضان الخليط ترنسفكأيشن في درجة حرارة الغرفة لمدة 20 دقيقة لتوليد lipoplexes لترنسفكأيشن.
ملاحظة: الخليط ترنسفكأيشن لا يحتوي على المضادات الحيوية. وبالتالي، الحرص على ضمان العقم أثناء التعامل مع الخلايا. - غسل الخلايا مع 500 DPBS ميكرولتر / جيد.
- إضافة 500 ميكرولتر ترنسفكأيشن الخليط جيدا إلى واحد من جيش التحرير الشعبى الصينى 12-جيداالشركة المصرية للاتصالات.
- احتضان الخلايا لمدة 4 ساعات في 37 درجة مئوية و CO 2 5٪.
- نضح الخليط ترنسفكأيشن وإضافة 1 مل كامل مستنبت الخلية إلى الخلايا.
- احتضان الخلايا لمدة 24 ساعة في حاضنة الخلية.
- أداء مضان المجهري تحليل باستخدام مجهر مضان (الشكل 5). ملاحظة: للنظر في التعبير عن بروتينات أخرى في خلايا، والتي يتم إنتاجها من قبل ترنسفكأيشن مع مرنا غير EGFP الترميز مرنا، ويمكن زراعة خلايا coverslips على. ثم ترنسفكأيشن لا يمكن أن يؤديها والخلايا يمكن ملطخة الأجسام المضادة المناسبة وتحليلها بواسطة المجهر مضان.
9. تحليل تدفق Cytometric من EGFP التعبير في خلايا
- إزالة خلية ثقافة المتوسط من الآبار، ويغسل جيدا مع كل 1 مل DPBS (بدون الكالسيوم والمغنيسيوم). إضافة 500 ميكرولتر التربسين / EDTA لكل بئر لفصل الخلايا من سطح وحات ثقافة الخلية. وفي وقت لاحق، إضافة 500TNS ميكرولتر لكل بئر لإبطال نشاط التربسين.
- أجهزة الطرد المركزي لفصل الخلايا لمدة 5 دقائق في 300 x ج في درجة حرارة الغرفة. إزالة طاف ولم يتبق سوى بيليه. resuspend الكرية الخلية في 150 ميكرولتر الحل تثبيت الخلية ونقل تعليق خلية في أنبوب التدفق الخلوي.
- تحليل نسبة الخلايا معربا عن EGFP وكثافة مضان باستخدام جيو المتوسط (الوسط الهندسي من كثافة مضان) (الشكل 6).
10. قياس التعبير البروتين على مر الزمن
- أداء مرنا ترنسفكأيشن من الخلايا في 3 آبار من لوحة 12-جيدا كما هو موضح في الخطوة 8. بالإضافة إلى ذلك، احتضان 3 آبار للخلايا HEK293 مع خليط ترنسفكأيشن بدون إضافة مرنا.
- قياس التعبير عن EGFP 1، 2، وبعد 3 أيام ترنسفكأيشن لتقييم مدة البروتين التعبير (الشكل 7).