هناك عدد من القضايا الهامة التي يجب أخذها في الاعتبار لضمان نجاح رني، بما في ذلك طول وتركيز جزيئات الرنا المزدوج الجديلة، والمنافسة بين جزيئات الرنا المزدوج الجديلة مختلفة (عند محاولة متعددة نهدم)، وإمكانية خارج الهدف آثار (OTE).
طول الرنا المزدوج الجديلة
طول جزيئات الرنا المزدوج الجديلة يؤثر على كفاءة الاستجابة النظامية رني، مع الرنا المزدوج الجديلة أطول كونها أكثر كفاءة لتحريك رني 7،14،15 (على الرغم من أن الحد أطول من الرنا المزدوج الجديلة غير معروف حاليا). طول الرنا المزدوج الجديلة يجب أن يكون أطول من 50 نقطة للحث على فعالية رني في T. كاستانيم 7. الرنا المزدوج الجديلة بين 150 نقطة أساس و 500 نقطة أساس على ما يبدو مثاليا للتجارب رني. على الرغم من أن جزيئات الرنا المزدوج الجديلة أطول يمكن أن تستخدم أيضا، سيكون لديهم فرصة زيادة OTE وخطوة استنساخ الجين سوف يصبح من الصعب على نحو متزايد.
الرنا المزدوج الجديلة تركيز
ve_content "> درجات مختلفة من ضربة قاضية الجينات يمكن أن يتحقق اعتمادا على تركيز الرنا المزدوج الجديلة. 1 ميكروغرام / ميكرولتر يبدو أن تركيز انطلاق معقولة، والتي غالبا ما تنتج النمط الظاهري شبه فارغة (قد تختلف اعتمادا على الجينات (ق) من الفائدة ). رني لا يمكن أن يؤديها مع تركيز أعلى
(على سبيل المثال، 7-8 ميكروغرام / ميكرولتر) للحصول على النمط الظاهري رني أقوى. رني مع التخفيف التسلسلي الرنا المزدوج الجديلة يمكن أن تكون أحيانا مفيدة لإنتاج سلسلة من الظواهر hypomorphic (التكميلي بيانات توموياسو
وآخرون 2009
8، وبوراس-كاستلز بيانات غير منشورة).
رني المنافسة
ضربة قاضية متعددة الجينات يمكن أن يتحقق في T. كاستانيم عن طريق حقن جزيئات الرنا المزدوج الجديلة عدة مختلفة في نفس الوقت. ومع ذلك، فمن المعروف أيضا أن وجود عدة جزيئات الرنا المزدوج الجديلة مختلفة موجودة داخل الكائن الحي غالبا ما يؤدي إلى المنافسة بين dsRNAs للوصول إلى مكونات رني 7،14. من المهم استخدام نفس الطول ونفس التركيز لجميع الرنا المزدوج الجديلة عند محاولة متعددة الجينات لتجنب ضربة قاضية الرنا المزدوج الجديلة واحد خارج المنافسة الآخرين (على الرغم من أنه قد تكون هناك حاجة لإجراء مزيد من التعديلات على طول الرنا المزدوج الجديلة والتركيز عند مستويات التعبير تختلف بشكل كبير بين الجينات المستهدفة). نحن، فضلا عن غيرهم، أجرت بنجاح ضربة قاضية مزدوجة وثلاثية (على سبيل المثال، توموياسو وآخرون 2005 16، توموياسو وآخرون 2009 17، ويانغ وآخرون 2009 18). على الرغم من ذلك ممكنا، الرباعي رني (أو أكثر) قد تكون صعبة، لأنه من المحتمل أن يسبب انخفاض كبير في كفاءة رني لجميع الجينات الأربعة المستهدفة.
حالا تستهدف
OTE هو القلق المتأصل للنهج القائم رني. طريقة واحدة للحد من OTE في تحديد المناطق المستهدفة في الجينات التي تشترك تسلسل مماثلة مع جينات أخرى وتجنب هذه المناطق عند تصميم الرنا المزدوج الجديلة. تحليل بسيط BLAST ضد T. كاستانيم توقع مجموعة الجينات يمكن التعرف على هذه المناطق. العديد من الأدوات على الانترنت تسمح أيضا تقييم OTE المحتملين (مثل E-رني 19). أداء رني لمنطقتين غير متداخلة من الجين المستهدف هو وسيلة سهلة وفعالة للقضاء على احتمال تلك التي لوحظت هي سبب الظواهر التي OTE. يتم التقليل من إمكانية OTE إذا رني لمنطقتين غير متداخلة تنتج نفس الظواهر (ما لم تشترك في المنطقتين غير متداخلة تسلسل مماثل).
تقييم الجينات ضربة قاضية بوسائل غير المظهرية يحلل غالبا ما يكون حاسما في البيانات المتعلقة رني الحالية بشكل فعال. بطريقتين رئيسيتين لتقييم ضربة قاضية الجينات هي QRT-PCR وتحليل لطخة الغربي. QRT-PCR هو وسيلة مريحة لقياس مستوى مرنا الهدف، واستخدمت في العديد من الدراسات المتعلقة رني بما في ذلك تلك الموجودة في T. كاستانيم (انظر ميلر وآخرون 2012 7 على سبيل المثال). Howevإيه، ويجب اتخاذ الحذر، كما رأينا مؤخرا بعض الحالات التي يكون فيها مستوى مرنا الهدف بواسطة رني التنظيم حتى (على الرغم من أن المنتج هو بروتين ينظم أسفل) (بوراس-كاستلز بيانات غير منشورة). ومن غير المعروف حاليا ما إذا كان هذا مرنا رني الناجم عن التنظيم يمكن أن يكون واسع النطاق أو فريدة من نوعها لجينات معينة. تحليل لطخة الغربي هو طريقة أخرى لتأكيد ضربة قاضية الجين. هذه الطريقة غير موثوق بها تماما كما أنه يقيس كمية من البروتين المنتج النهائي. اشتراط وجود الأجسام المضادة المحددة ضد البروتين المنتج من الجين المستهدف هو الجانب السلبي لهذا النهج. وباستخدام قياسات مستقلة متعددة بالإضافة إلى تحليل المظهري زيادة ثقة البيانات المظهرية التي حصل عليها التحليل القائم رني.
منذ بدايته في T. كاستانيم، وقد استخدمت في المقام الأول رني لدراسة وظيفة الجين في التنمية وتشكيل نمط. هذه T. وكانت دراسات التنموية كاستانيم ناجحة للغاية في characterizing الوظائف المحفوظة تطويريا وتباعدت من الجينات (مراجعة في دينيل 2008 1 وKlingler و2004 2). دراسات ومع ذلك، استنادا رني في T. كاستانيم لا تقتصر على البيولوجيا التطورية. على سبيل المثال، رني يمكن استخدامها لدراسة وظيفة الجين في مجموعة واسعة من الاستجابات الفسيولوجية والسلوكية، بما في ذلك التسامح الإجهاد، والافتراس والعدوان، واختيار رفيقة، وأنماط النشاط، وآليات الدفاع.
واحد صعوبة تطبيق رني إلى هذه السياقات هي احتمالات الآثار عديد المظاهر. في كثير من الأحيان، فإن جينات الفائدة لديها مجموعة متنوعة من الأدوار في جميع أنحاء T. كاستانيم دورة الحياة، مما يجعل إزالة الجينات من دون آثار المظهري غير مقصودة الصعبة. ومع ذلك، فإن القدرة على أداء بسهولة رني في مجموعة متنوعة من المراحل يمكن أن يكون في كثير من الأحيان استراتيجية فعالة لتجنب هذه الآثار عديد المظاهر. على سبيل المثال، وأداء رني في البالغين بدلا من اليرقات أو العذارى قد تسمح لنا بالتغلب على عزيزمالت الفتك الناجمة عن ضربة قاضية الجين خلال النمو المبكر. المرونة للاستجابة رني في T. كاستانيم مما يجعل هذا الطراز خيارا جذابا للتكيف رني إلى تجارب من وظيفة الجين في الاستجابات الفسيولوجية والسلوكية.
ت. نظام كاستانيم هو أيضا مثالية للاستخدام في مختبر التدريس. T. كاستانيم يمكن تربيتها بسهولة على الدقيق / خليط الخميرة في درجة حرارة الغرفة (25 ° C) دون subculturing المتكرر، وتقنيات رني في T. كاستانيم بسيطة بما فيه الكفاية لأن تتكيف مع مختبر مع الشباب والعلماء التعلم. كما رني أصبح تقنية أساسية في مجموعة متنوعة من المجالات البيولوجية، فمن الأهمية بمكان أن يتعرض الطلاب لهذه التقنية. طبيعة مستقيم الى الامام لتقنية رني اليرقات في T. يشجع كاستانيم أيضا المزيد من الطلاب للمشاركة في البحوث، مما يجعل T. كاستانيم مرشح رئيس لالفصول الدراسية الموجهة للنظام وراثي.