نقترح هنا استراتيجية لدراسة تأثير عامل النسخ ذي الأهمية على نسخ الحمض النووي الريبي الصغير باستخدام البيانات المتاحة للجمهور والموارد الحسابية وبيانات الإنتاجية العالية من مصفوفات الحمض النووي الريبي الصغير بعد نقل الخلايا ذات دبوس الشعر الصغير (sh) RNA الذي يستهدف عامل نسخ ذي أهمية.
يتطلب اشتراك JoVE لعرض هذا المحتوى. تسجيل الدخول أو ابدأ نسخة تجريبية مجانية
مقالة منهجية
واصفا تنظيم النسخ عامل تابع للالرنا الميكروي Transcriptome على
في هذه المقالة
ملخص
الملخص
في حين تم دراسة تنظيم النسخ من البروتين الجينات الترميز على نطاق واسع، لا يعرف إلا القليل عن الكيفية التي تشارك عوامل النسخ في النسخ من الرنا غير الترميز، وتحديدا من microRNAs. هنا، نقترح استراتيجية لدراسة الدور المحتمل للعامل النسخ في تنظيم النسخ من microRNAs باستخدام البيانات المتاحة علنا والموارد الحاسوبية والبيانات إنتاجية عالية. نحن نستخدم التوقيع جينية H3K4me3 لتحديد المروجين الرنا الميكروي والكروماتين مناعي (رقاقة) البيانات -sequencing من مشروع ترميز لتحديد المروجين الرنا الميكروي التي المخصب مع مواقع عامل النسخ ملزمة. قبل transfecting الخلايا في المصالح مع shRNA استهداف عامل النسخ من الفائدة وتعريض الخلايا لالرنا الميكروي مجموعة، ونحن ندرس تأثير هذا العامل النسخ على Transcriptome على الرنا الميكروي. كمثال توضيحي نستخدم دراستنا حول تأثير STAT3 على Transcriptome على الرنا الميكروي من لاي المزمنسرطان الدم mphocytic (CLL) الخلايا.
المقدمة
الرنا الميكروية هي الذاتية الرنا التنظيمية غير الترميز الصغيرة التي تعمل عادة المنظمين سلبية التعبير مرنا على مستوى posttranscriptional. ما يقرب من 1000 غير الترميز 20-25 النوكليوتيدات توجد الرنا الميكروية طويلة في الجينوم البشري 1،2. الرنا الميكروية تنظيم التعبير الجيني من خلال قاعدة الاقتران الكنسي بين تسلسل البذور من الرنا الميكروي ومكملة تسلسل مباراة بذوره، والذي يقع عادة في المنطقة غير مترجمة 3 '(UTR) من من mRNAs الهدف. بشكل جماعي، الرنا الميكروية تنظم أكثر من 30٪ من البروتين ترميز الجينات 3، ولكن لا يعرف سوى القليل عن النسخ من الحمض النووي من microRNAs. فقد قيل أن تنظيم الرنا الميكروي النسخ مماثل....
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
البروتوكول
1. تحديد النسخ عامل مواقع الربط في المروج من الجينات الرنا الميكروي عن طريق نهج استخراج البيانات
- استخدام جامعة كاليفورنيا سانتا كروز (UCSC) متصفح الجينوم لاستخراج لونين البيانات مناعي (رقاقة) تسلسل ولدت كجزء من موسوعة مشروع عنصر الحمض النووي (ترميز).
- فتح متصفح الجدول في متصفح الجينوم UCSC.
- استخدام المواصفات التالية لاستخراج الجدول: كليد: (الثدييات)، الجينوم: (الإنسان)، الجمعية: (Feb2009 (GRch37 / hg18)....
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
النتائج
STAT3 هو عامل النسخ الذي يدفع عادة نسخ من الجينات التي لديها لمكافحة أفكارك والآثار التكاثري 12. سواء STAT3 تؤثر أيضا على غير الترميز Transcriptome على RNA غير معروف حاليا. في جميع الخلايا CLL STAT3 غير فسفرته جوهري على سيرين 707 بقايا 10،13. المكوكات Phosphoserine STAT3 إلى النواة، يربط الحمض النووي، وينشط الجينات المعروف أن تفعيلها من خلال التيروزين pSTAT3 في أنواع الخلايا الأخرى 10. لأنه يتميز CLL من رفع القيود ا.......
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
المناقشة
وقد تمت دراسة الآلية الكامنة وراء RNA البلمرة ثانيا: النسخ يعتمد على البروتين الجينات الترميز على نطاق واسع. في حين أن هذه العناصر تشكل سوى 1٪ - 2٪ من الجينوم البشري، والأدلة من مشروع ترميز تشير إلى أن أكثر من 80٪ من الجينوم البشري قد تخضع النسخ 17 وما ينظم النسخ من عناصر الحمض النووي غير الترميز لا يزال غير معروف إلى حد كبير 6 .
العديد من الدراسات، التي أشارت إلى أن بول الثاني هو مسؤول أيضا.......
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
الإفصاحات
يعلن المؤلفون عدم وجود مصالح مالية متنافسة.
شكر وتقدير
وأيد هذه الدراسة عن طريق منحة من مؤسسة الأبحاث العالمية CLL. ويدعم إم دي أندرسون في جزء من المعاهد الوطنية للصحة من خلال سرطان مركز دعم جرانت (P30CA16672).
....الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
المواد
| الاسم | الشركة | رقم فهرسي | التعليقات |
|---|---|---|---|
| Lipofectamin 2000 | Life Technologies | 11668027 | |
| 0.45 & micro; مرشح حقنة m | Thermo Scientific (Nalgene) | 190-2545 | |
| جهاز تصفية الطرد المركزي الفائق Amicon مع عتبة 100 & nbsp ؛ كيلو دا | ميرك ميليبور | ||
| بوليبرين | ميرك ميليبور | TR-1003-G | |
| كاشف تريزول | تاختنايات الحياة (Invitrogen) | 15596-026 | |
| 293 خط الخلية البشري | سيجما | ألدريتش 85120602 |
المراجع
- Bentwich, I., et al. Identification of hundreds of conserved and nonconserved human microRNAs. Nat Genet. 37, 766-770 (2005).
- Hata, A. Functions of microRNAs in cardiovascular biology and disease. Annu Rev Physiol. 75, 69-93 (2013).
- Bar....
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
إعادة الطباعة والأذونات
الوسوم
