مقالة منهجية

Transcriptome على من التنميط في الجسم الحي إنتاج الأبقار الأجنة قبل الزرع عن طريق اللونين ميكروأري منصة

DOI:

10.3791/53754

⸱

يناير 30, 2017

 ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Agricultural, Food and Nutritional Science, University of Alberta, 2Livestock Research Branch, Alberta Agriculture and Forestry, 3Laboratory of Functional Genomics of Early Embryonic Development, Université Laval

* These authors contributed equally

في هذه المقالة

ملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
تسمح تقنية

Microarray بالقياس الكمي والتنميط الجيني للنصوص على مستوى الجينوم. لذلك ، يوفر هذا البروتوكول إجراء تقنيا محسنا في مصفوفة أبقار مخصصة بلونين باستخدام أجنة البقر في اليوم السابع لإثبات جدوى استخدام كمية منخفضة من إجمالي الحمض النووي الريبي.

الملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

الفقدان الجنيني المبكر هو مساهم كبير في العقم في الماشية. علاوة على ذلك ، يصبح الأبقار نموذجا مثيرا للاهتمام لدراسة تطور الجنين البشري قبل الزرع بسبب عملية النمو المماثلة. على الرغم من أنه من المعروف أن العوامل الوراثية تؤثر على التطور الجنيني المبكر ، إلا أن اكتشاف هذه العوامل كان يمثل تحديا خطيرا. تسمح تقنية المصفوفات الدقيقة بالقياس الكمي وتوصيف التعبير الجيني لمستويات النسخ على مستوى الجينوم. أحد القرارات الرئيسية التي يجب اتخاذها عند التخطيط لتجربة المصفوفة الدقيقة هو ما إذا كنت ستستخدم نهجا بلون واحد أو لونين. يزيد التصميم ثنائي اللون من التكرار التقني ، ويقلل من التباين ، ويحسن الحساسية والدقة ، بالإضافة إلى السماح بوجود تصميمات حلقية ، وتحديد العينات المرجعية الشائعة. على الرغم من أن المصفوفات الدقيقة هي أداة بيولوجية قوية ، إلا أن هناك مزالق محتملة يمكن أن تخفف من قوتها. ومن ثم ، نعرض في هذه الورقة الفنية بروتوكولا محسنا لاستخراج الحمض النووي الريبي ، والتضخيم ، ووضع العلامات ، وتهجين الحمض النووي الريبي المضخم المسمى إلى المصفوفة ، ومسح المصفوفة وتحليل البيانات باستخدام استراتيجية التحليل ثنائي اللون.

المقدمة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

فقدان الجنينية المبكرة في الأبقار المنتجة العالية هي واحدة من التحديات الرئيسية في صناعة الالبان 1 و 2. أصبح الأبقار نموذج مثير للاهتمام لدراسة تطور سابق للانغراس الجنين الإنسان بسبب عملية تنموية مماثلة من 3 و 4. ومع ذلك، مطلوب مزيد من البحوث لدينا فهم أفضل عن جينات لها دور في التطور الجنيني المبكر البقري.

بعد عشرين عاما على تكنولوجيا متطورة للالأولى وضعت في عام 1995 5، وتطوير التكنولوجيا التحقيق تلفيق تقليل أخطاء الطباعة أكثر تطورا وتقلبه من رقائق مجموعة داخل وبين منصات ميكروأري مختلفة 6. وأسفرت تحسين تكنولوجيا متطورة في تطبيق على نطاق واسع لهذه التكنولوجيا في البحوث السريرية 7 و في الآونة الأخيرة، في ف الجنين في وقت مبكرتقييم ينشيء 8.

كمية كبيرة من المواد اللازمة لتكنولوجيا متطورة للهو السبب الرئيسي وراء فشل تكنولوجيا متطورة في البداية للدخول في عدد من المجالات البحثية مثل التطور الجنيني المبكر. وفي الآونة الأخيرة، تم تحسين أساليب RNA التضخيم لتضخيم خطيا RNA تصل إلى مستوى ميكروغرام من دون نانوغرام بدءا مادة RNA 9. هناك عدة مجموعات الحمض النووي الريبي التضخيم التجارية المتاحة في السوق. ومع ذلك، ترتبط أكثر شعبية في مجموعات متطورة لRIBO-واحدة التمهيدي متساوي التضخيم 10 و T7 المروج دفعت 11 الأساليب. يستخدم الأكثر شعبية التضخيم العقاقير الحمض النووي الريبي في النسخ المختبر مع جزئية DT التمهيدي ربط المروج T7 في "نهاية 12 5. وتسمح هذه التكنولوجيا الحفاظ على معظم النصوص مكافحة الشعور التمثيلية بعد الخطي التضخيم وأو صفائف التهجين 13. وقد تم تكييف هذا الأسلوب لتضخيم مستوى بيكو غرام من الحمض النووي الريبي مجموع المستخرج من الأبقار الجنين 8.

نظام الربط العالمي (ULS) هو طريقة وضع العلامات التي تضم بشكل مباشر على الحمض النووي الريبي أو تضخيم مع مرتبطة البلاتين صبغة الفلورسنت إما Cyanine 547 أو 647 Cyanine، من خلال تشكيل السندات التنسيقي على موقف N7 من جوانين 14. وقد تم تكييف هذه الطريقة في البحث الأجنة لتوليد أكثر استقرارا تضخيم آرنا دون تعديل بالمقارنة مع aminoallyl تعديل لآرنا الناتجة عن طريقة الأنزيمي 15. وقد تم تكييف أساليب كلا صبغ واحد واثنين من الأصباغ وصفها باستخدام نظام الربط العالمي في ميكروأري. وكانت دراسة مقارنات ميكروأري كبيرة أن هناك علاقة جيدة جودة البيانات بين منصات مجموعة واحدة وهما لونا 6.

في الآونة الأخيرة، على حد سواء T7 محرك المروجوقد تم تطوير أساليب ن العقاقير RNA التضخيم وULS وضع العلامات لتوفير بروتوكول أكثر موثوقية لتوليد كمية كافية من جودة عالية وصفت المواد آرنا لميكروأري التهجين 8 و 16. ولذلك، فإن هذه الدراسة على بروتوكول لإظهار بعض الخطوات الهامة من استخراج الحمض النووي الريبي لتحليل البيانات المشاركة في ميكروأري اللونين استخدام يوم واحد 7 أجنة الأبقار كمثال على ذلك.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

وأجري الجزء الحيواني من هذه الدراسة في وحدة أبحاث التمثيل الغذائي في جامعة ألبرتا، ادمونتون، كندا، مع كل الإجراءات التجريبية الحيوانية المعتمدة (بروتوكول # AUP00000131) من جامعة ألبرتا رعاية الحيوان واللجنة الاستخدام، والحيوانات رعايتهم وفقا إلى المجلس الكندي للمبادئ التوجيهية رعاية الحيوان (1993).

1. إنتاج الأجنة، عزل الحمض النووي الريبي مجموع والدناز العلاج

  1. لبروتوكولات التجريبية الحيوانية وجمع الأجنة الرجوع في المنشورات السابقة لدينا 17، 18.
  2. تجمع والمفاجئة تجميد الأجنة مرحلة مماثلة من كل بقرة في النيتروجين السائل ومن ثم الحفاظ على -80 درجة مئوية حتى استخراج الحمض النووي الريبي.
  3. استخراج الحمض النووي الريبي مجموع طريق RNA عدة الاستخراج القائم على العمود الذي تمكن من استخراج الحمض النووي الريبي من عينات بيكو النطاق (مجموعة مواد متوفرة في قائمة المواد).
    تحتوي الموصى بها عدة: ملاحظة: تكييف العازلة، استخراج BUFفر، و 70٪ إيثانول، مخزن اغسل 1، مخزن اغسل 2، شطف العازلة، والأعمدة تنقية RNA مع أنابيب جمع وأنابيب microcentrifuge.
  4. إضافة 10 ميكرولتر استخراج العازلة إلى أنبوب يحتوي على الأجنة واحتضان لمدة 30 دقيقة في درجة حرارة 42 درجة مئوية. أنبوب الطرد المركزي في 800 x ج لمدة 2 دقيقة لجمع استخراج الخلايا في أنبوب microcentrifuge.
  5. ماصة 250 ميكرولتر تكييف عازلة على الغشاء العمود تنقية التصفية. احتضان العمود تنقية RNA مع تكييف العازلة لمدة 5 دقائق في درجة حرارة الغرفة. أجهزة الطرد المركزي العمود تنقية في أنبوب جمع في 16000 x ج لمدة 1 دقيقة.
  6. ماصة 10 ميكرولتر من الايثانول 70٪ في خليط من استخراج الحمض النووي الريبي العازلة والأجنة. مزيج جيد من قبل pipetting صعودا وهبوطا. خليط ماصة في العمود تنقية شروطا مسبقة.
  7. لربط الحمض النووي الريبي، الطرد المركزي العمود تنقية لمدة 2 دقيقة في 100 x ج وتابع على الفور من قبل الطرد المركزي في 16000 x ج لمدة 30 ثانية لإزالة التدفق من خلال.
  8. ماصة 10081؛ ل من الاحتياطي اغسل 1 في العمود تنقية وأجهزة الطرد المركزي لمدة 1 دقيقة في 8000 ز س.
    ويوصى الدناز العلاج إذا أداء النسخ العكسي أو التضخيم بعد عزل الحمض النووي الريبي: ملاحظة.
  9. هضم الحمض النووي الجيني الحق بعد خطوة 1.8.
    ملاحظة: الموصى به عدة الدناز متوفرة في قائمة المواد. يحتوي على عدة الموصى بها: أنا الدناز محلول المخزون والاحتياطي.
  10. إعداد الدناز حضانة خليط طريق خلط 5 ميكرولتر الدناز أنا حل الأسهم مع 35 ميكرولتر العازلة. مزيج من قبل قلب بلطف.
  11. ماصة ميكرولتر الدناز حضانة خليط 40 مباشرة في غشاء عمود تنقية. يحضن في درجة حرارة الغرفة لمدة 15 دقيقة.
  12. ماصة 40 ميكرولتر غسل العازلة 1 في غشاء عمود تنقية ثم الطرد المركزي في 8000 x ج لمدة 15 ثانية.
  13. ماصة 100 ميكرولتر غسل العازلة 2 في العمود تنقية وأجهزة الطرد المركزي لمدة 1 دقيقة في 8000 ز س.
  14. ماصة آخر 100 ميكرولتر غسل العازلة 2 في العمود تنقية وأجهزة الطرد المركزيلمدة 2 دقيقة في 16000 ز س.
  15. نقل العمود تنقية ل0.5 أنبوب جديد مل microcentrifuge. ماصة 11 ميكرولتر من شطف العازلة مباشرة على الغشاء العمود تنقية. لضمان أقصى قدر من الاستيعاب للشطف العازلة في غشاء، لمس بلطف غيض من ماصة على سطح الغشاء في حين الاستغناء عن شطف العازلة.
  16. احتضان العمود لمدة 1 دقيقة في درجة حرارة الغرفة. أجهزة الطرد المركزي العمود لمدة 1 دقيقة في 1000 x ج لتوزيع الاحتياطي شطف في العمود، ثم تدور لمدة 1 دقيقة في 16000 x ج لأزل الحمض النووي الريبي.
  17. استخدام أداة bioanalyzer وفقا لتعليمات الشركة الصانعة لتقييم نوعية الحمض النووي الريبي وكمية 19.
  18. تخزين عينة الحمض النووي الريبي في -80 درجة مئوية حتى الاستخدام.

2. الحمض النووي الريبي التضخيم وصفها لتحليل ميكروأري

ملاحظة: للحصول على أول المستخدم وقت العمل للإجراءات التضخيم RNA ووضع العلامات، واستخدام خمسة نانوغرام من ارتفاع في الحمض النووي الريبي الونانوغرام مع العينات آرنا الفعلية لمراقبة وقياس ومراقبة الجودة لتضخيم الحمض النووي الريبي والتهجين. ارتفاع في مزيج RNA يحتوي على عشرة في المختبر توليفها، ونصوص مذيل بعديد الأدينيلات في نسب محددة مسبقا. عندما إجراء العملية بشكل صحيح، والنصوص وصفت هجن خصيصا فقط لتحقيقات الرقابة التكميلية في المصفوفات ويمكن تفحص بيانات لتتبع ضمان مراقبة الجودة مع الحد الأدنى الذاتي أو عبر التهجين. مزيد من التفاصيل وصف بشأن إجراء ارتفعت في شدة الرقابة والتطبيع بعد مسح تحليل مجموعة والبيانات الرجوع إلى الإصدارات السابقة 20 و 21. وبالنظر إلى الإجراء التالي لمستخدمي ميكروأري الروتيني.

  1. إعداد 100 خريج جودة عالية عينة الحمض النووي الريبي (RNA عدد النزاهة (رين) القيمة على الأقل> 7.0) في إجمالي حجم 10-11 ميكرولتر.
  2. تضخيم عينات الحمض النووي الريبي مع عدة التضخيم أن تكون قادرة علىالعمل مع عينات بيكو الحجم (اقل من 100 خريج).
    ينصح المعلومات عدة التضخيم المتاحة في قائمة المواد ويتبع تعليمات الشركة الصانعة دون أي تعديل: ملاحظة.
  3. استخدام الكميات القائم على مضان لتقييم الملف الشخصى نطاق حجم آرنا تضخيمها.
  4. استخدام أداة طيفي (استنادا إلى الامتصاصية في 260 و 280 نانومتر) لقياس تركيز آرنا تضخيمها.
  5. تخزين آرنا تضخيمها في -80 درجة مئوية حتى على استعداد لوضع العلامات.
  6. استخدام 2 ميكروغرام من الحمض النووي الريبي تضخيمها لوضع العلامات الفلورية وفقا لدليل المستخدم ULS آرنا العلامات عدة.
    ملاحظة: منذ Cyanine 547 و 647 Cyanine صبغة حساسة للالصور التدهور وCyanine 647 صبغ تتحلل بسهولة عن طريق الأوزون، وإجراء وسم تجري في كمية ضئيلة من الضوء وتحت بيئة خالية من الأوزون.
  7. بدوره على مربع الأوزون (الشكل 1A) حتى مستوى الأوزون هو 0.001 جزء من المليون.
    8. هل الإعداد رد فعل داخل منطقة الجزاء الأوزون (الشكل 1B) وذلك بإضافة 2 ميكرولتر من Cyanine 547 أو Cyanine 647، 2 ميكرولتر من العازلة وضع العلامات، ومن ثم التكيف مع الحجم النهائي من 20 ميكرولتر مع ريبونوكلياز خالية من المياه تحت safelight. إضافة فلتر غرفة مظلمة لمصدر الضوء.
  8. المزيج بلطف واحتضان الأنابيب في thermocycler في 85 درجة مئوية لمدة 15 دقيقة. مكان عينات على الجليد لمدة 1 دقيقة على الأقل. تدور باستمرار لجمع المحتوى من الأنابيب قبل الشروع في عدة استخراج الحمض النووي الريبي، باستثناء الخطوات المتعلقة العلاج الدناز (1،9 حتي 1،11)، لتنظيف الحمض النووي الريبي تضخيمها وصفت قبرصي صبغ.
  9. استخدام أداة معمل لقياس وتحديد تركيز الحمض النووي الريبي تضخيمها وصفت والحفاظ على آرنا المسمى في -80 درجة مئوية كحد أقصى لمدة 3 أيام قبل الاستخدام.

3. ميكروأري التهجين وغسل

ملاحظة: يتم تكييفها الخطوات الهامة التالية وفقا لبروتوكول تحليل اللونين القائم على ميكروأري التعبير الجيني (الإصدار6.5، مايو 2010).

  1. إضافة كمية مساوية من 825 نانوغرام من كل Cyanine 547- وCyanine 647 المسمى آرنا وتخلط مع 25X تجزئة و 10x مخازن الحجب.
  2. تسخين الخليط في 60 درجة مئوية لمدة 15 دقيقة وباردة على الجليد لمدة 1 دقيقة.
  3. إضافة مبلغ مساو من العازلة التهجين 2X و تخلط جيدا.
  4. أجهزة الطرد المركزي في 13000 دورة في الدقيقة، ثم خليط جاهز للتهجين.
  5. تحميل 100 ميكرولتر من الخليط على الشريحة مجموعة وختم الشريحة داخل غرفة التهجين.
  6. تحميل غرفة تجميعها في الفرن التهجين لمدة 17 ساعة عند 65 درجة مئوية الدورية في 10 دورة في الدقيقة في الفرن.
  7. غسل المصفوفات وفقا لبروتوكول العلاج حماية طبقة الأوزون عن طريق غمس في تحقيق الاستقرار وتجفيف حل لمدة 30 ثانية.
  8. إزالة صفائف من الحل وتأكد من أن السطح مجموعة جاف مع عدم وجود جزيئات الغبار

4. الضوئي ميكروأري الشريحة

  1. الحفاظ على المصفوفات في مكان مظلم وتشغيل scannإيه حتى انها مستعدة لاستخدام (15 دقيقة وقت الانتظار).
  2. تحميل الباركود مجموعة على اليسار، في الماسح الضوئي وبدء المسح الضوئي. هل تحليل البقعة وفقا لدليل مستخدم البرنامج وحفظ البيانات و(GPR) تنسيق الملف.

5. التحليل الإحصائي

  1. تحميل البرنامج FlexArray http://genomequebec.mcgill.ca/FlexArray/license.php انقر على "البيانات الخام استيراد" وتحميل الملفات GPR إلى FlexArray.
  2. إجراء تطبيع والتحليل الإحصائي إذا لزم الأمر عن طريق اتباع التعليمات. ملاحظة: احسب عتبة لاختيار بقعة إيجابية في هذه الدراسة كما وصفه سابقا 22.
  3. حدد المنسدلة دليل من المشاهد مؤامرة من FlexArray لعرض جميع البقع المهجنة والإشارات الخلفية. ملاحظة: صورة مماثلة من ارتفعت في الضوابط بعد التهجين لميكروأري يمكن أن ينظر في دراسة سابقة (8).
  4. اخترتطبيع اللوس ضمن مجموعة التالية من قبل quantile بين عملية صفائف التطبيع من FlexArray المنسدلة دليل وفقا لذلك.
  5. تصدير جميع البيانات تطبيع من FlexArray إلى ملف إكسل لمزيد من الاستخدام.

6. تحليل المعلومات البيولوجية

الشرح الأصلي للتسلسل التحقيق من النصوص-جنين محدد الأبقار وقد وصفت (BESTv1) ميكروأري قبل 8. في الدراسة الحالية، تم الحصول على 20403 الرموز جين فريدة (ع) ( الملحق FILE1 ) من خلال مختبر نظام إدارة المعلومات EmbryoGENE (LIMS) ELMA (http://elma.embryo-gene.ca). قائمة 6765 الجينات الفريدة ( الملحق FILE2 تم اختيار) ويتفق مع الإشارات كلها إيجابية بعد عملية ميكروأري التطبيع (الخطوة 50.5) من الأبقار يوم 7 أجنة الجينات الشخصية التعبير. تم حساب عتبة إشارة إيجابية على أساس نشر الأسبق 16 من قوة إشارة قيمة A.

  1. لإجراء تحليل وظيفي مع كوجر (البروتين خلال تحليل التطوري العلاقات) نظام تصنيف 23، 24، افتح الرابط التالي (http://www.pantherdb.org/about.jsp).
  2. تحميل قائمة من 6765 GS-جنين محددة لتحديد عملية بيولوجية معينة أثناء التطور الجنيني باستخدام اختبار زيادة تمثيل الإحصائي واستخدام الإعداد الافتراضي لبوس الثور (جميع الجينات في قاعدة البيانات) عن قائمة مرجعية 25.
    ملاحظة: هذا يسمح تحديد العمليات المتعلقة التنموية، من حيث GO التي هي الإفراط إحصائيا أو تحت أعرب باستخدام اختبار ذي الحدين.
  3. تعيين عتبة ف قيمة في <0.05 كما الافتراضية البرمجيات. البيانات التي يمكن تحميلها والمعرضrted إلى ملف إكسل لمزيد من اختيار 16.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ويرد نتيجة ممثل من الحمض النووي الريبي مجموع وتضخيمها آرنا من يوم 7 أجنة الأبقار في الشكل (3) وتلخيصها في الجدول 1.

ويمكن تقييم سلامة الحمض النووي الريبي والشخصية بعد استخراج الحمض النووي الريبي. يمكن أن يتم تقييم نوعية الحمض النووي الريبي أداة bioanalyzer (الشكل 3A) وفقط تلك العينات مع قيمة رين أع...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

المشكلة الأولى لأداء تحليل ميكروأري استخدام يوم واحد 7 أجنة الأبقار هو عدم الحصول على كميات كافية من الحمض النووي الريبي ذات جودة عالية لدراسة التعبير الجيني. لا ينصح استخراج الحمض النووي الريبي الفينول التقليدي / الكلوروفورم وطريقة الإيثانول هطول الأمطار ليوم 7 الأجنة، مما أدى إلى انخفاض المحصول والممكن الفينول بقايا تثبيط رد الفعل RNA التضخيم. بدلا من ذلك، وهو أسلوب قائم على العمود هو معيار أفضل لعزل الحمض النووي الريبي مجموع ثم أزل الحمض النووي الريبي مع الحد الأدنى من شطف العا...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ليس لدى المؤلفين ما يكشفون عنه.

شكر وتقدير

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

بحث مدعوم من وكالة ألبرتا للثروة الحيوانية واللحوم ، ألبرتا تبتكر - BioSolutions ، ألبرتا للحليب ، وفرع أبحاث الثروة الحيوانية ، والزراعة والغابات في ألبرتا.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
طقم عزل الحمض النووي الريبي PicoPureالأنظمة الحيويةالتطبيقية KIT0204
مجموعة DNase الخالية من RNase (50)Qiagen79254
Agilent RNA 6000 Pico KitAgilent Technologies5067-1513
Arcturus RiboAmp HS PLUS Kitالأنظمة الحيويةالتطبيقية KIT0505
2100 أدوات التحليل الحيويAgilent TechnologiesG2940CA
شريط شاشة الحمض النووي الريبيAgilent Technologies5067-5576
ULS طقم وضع العلامات الفلوريةKreatech DiagnosticsEA-021
المصفوفات الدقيقة للتعبير الجيني المخصصAgilent TechnologiesG2514F
Agilent Gene Expression wash Buffer 1Agilent TechnologiesPart # 5188-5325
Agilent Gene Expression wash buffer 2Agilent TechnologiesPart # 5188-5326
2x Hi-RPM Hybridization bufferAgilent Technologies  الجزء #5190-0403
25x جزء عازلةAgilent Technologiesالجزء #5185-5974
10x GE Blocking AgentAgilent Technologiesالجزء #5188-5281
حل التثبيت والتجفيفAgilent Technologies  الجزء # 5185-5979
شرائح الحشية التي تم تمكينها بواسطة Agilent SureHyb techonolgyAgilent TechnologiesG2524-60012حزمة من 20 شريحة حشية ، 4 مصفوفات دقيقة / شريحة
ثنائية اللون RNA Spike-In KitAgilent Technologies  ؛ Cat # 5188-5279
GenePix 4000B صفيف ماسحضوئي للأجهزة الجزيئيةGENEPIX 4000B-U
صندوق الأوزون الخاليBioTrayOFB_100x200
ملف GALتقنياتAgilent-
من

المراجع

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Royal, M. D., Smith, R. F., Friggens, N. C. Fertility in dairy cows: bridging the gaps. Animal. 2 (08), 1101-1103 (2008).
  2. Diskin, M. G., Murphy, J. J., Sreenan, J. M. Embryo survival in dairy cows managed under pastoral conditions. Anim. Reprod. Sci. 96 (3-4), 297-311 (2006).
  3. Wrenzycki, C., et al. Effects of culture system and protein supplementation on mRNA expression in pre-implantation bovine embryos. Hum. Reprod. 16 (5), 893-901 (2001).
  4. Menezo, Y. J., Herubel, F. Mouse and bovine models for human IVF. Reprod. Biomed. Online. 4 (2), 170-175 (2002).
  5. Schena, M., Shalon, D., Davis, R. W., Brown, P. O. Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray. Science. 270 (5235), 467-470 (1995).
  6. Patterson, T. A., et al. Performance comparison of one-color and two-color platforms within the MicroArray Quality Control (MAQC) project. Nat. Biotechnol. 24 (9), 1140-1150 (2006).
  7. Rhodes, D. R., Chinnaiyan, A. M. Integrative analysis of the cancer transcriptome. Nat. Genetics. 37, 31-37 (2005).
  8. Robert, C., et al. Combining resources to obtain a comprehensive survey of the bovine embryo transcriptome through deep sequencing and microarrays. Mol. Reprod. Dev. 78 (9), 651-664 (2011).
  9. Nygaard, V., Hovig, E. Options available for profiling small samples: a review of sample amplification technology when combined with microarray profiling. Nucleic Acids Res. 34 (3), 996-1014 (2006).
  10. Kurn, N., Chen, P., Heath, J. D., Kopf-Sill, A., Stephens, K. M., Wang, S. Novel isothermal, linear nucleic acid amplification systems for highly multiplexed applications. Clin Chem. 51 (10), 1973-1981 (2005).
  11. Van Gelder, R. N., von Zastrow, M. E., Yool, A., Dement, W. C., Barchas, J. D., Eberwine, J. H. Amplified RNA synthesized from limited quantities of heterogeneous cDNA. Proc. Natl. Acad. Sci. 87 (5), 1663-1667 (1990).
  12. Phillips, J., Eberwine, J. H. Antisense RNA Amplification: A linear amplification method for analyzing the mRNA population from single living cells. Methods. 10 (3), 283-288 (1996).
  13. Gilbert, I., Scantland, S., Dufort, I., Gordynska, O., Labbe, A., Sirard, M. A., Robert, C. Real-time monitoring of aRNA production during T7 amplification to prevent the loss of sample representation during microarray hybridization sample preparation. Nucleic Acids Res. 37 (8), 65(2009).
  14. Gijlswijk, R. P., Talman, E. G., Jansse, P. J., Snoeijers, S. S., Killian, J., Tanke, H. J., Heetebrij, R. J. Universal Linkage System: versatile nucleic acid labeling technique. Expert Re. Mol. Diagn. 1 (1), 81-91 (2001).
  15. Gilbert, I., Scantland, S., Sylvestre, E. L., Dufort, I., Sirard, M. A., Robert, C. Providing a stable methodological basis for comparing transcript abundance of developing embryos using microarrays. Mol. Hum. Reprod. 16 (8), 601-616 (2010).
  16. Tsoi, S., et al. Development of a porcine (Sus scofa) embryo-specific microarray: array annotation and validation. BMC Genomics. 13, 370(2012).
  17. Salehi, R., et al. Superovulatory response and embryo production in Holstein cows fed diets enriched in oleic, linoleic or α-linolenic acid. Reprod. Fertil. Dev. 26 (1), 218-218 (2013).
  18. Thangavelu, G., Colazo, M. G., Ambrose, D. J., Oba, M., Okine, E. K., Dyck, M. K. Diets enriched in unsaturated fatty acids enhance early embryonic development in lactating Holstein cows. Theriogenology. 68 (7), 949-957 (2007).
  19. Agilent 2100 Bioanalyzer User's Guide. , Available from: https://www.agilent.com/cs/library/usermanuals/Public/G2946-90004_Vespucci_UG_eBook_(NoSecPack).pdf (2016).
  20. Kerr, K. F. Extended analysis of benchmark datasets for Agilent two-color microarray. BMC Bioinformatics. 8, 371(2007).
  21. Zhu, Q., Miecznikowski, J. C., Halfon, M. S. A wholly defined Agilent microarray spike-in dataset. Bioinformatics. 27 (9), 1284-1289 (2011).
  22. Vallee, M., Gravel, C., Palin, M. F., Reghenas, H., Stothard, P., Wishart, D. S., Sirard, M. A. Identification of novel and known oocyte-specific genes using complementary DNA subtraction and microarray analysis in three different species. Biol. Reprod. 73 (1), 63-71 (2005).
  23. Thomas, P. D., et al. PANTHER: a library of protein families and subfamilies indexed by function. Genome Res. 13 (9), 2129-2141 (2003).
  24. Mi, H., et al. The PANTHER database of protein families, subfamilies, functions and pathways. Nucleic Acids Res. 33, 284-288 (2005).
  25. Mi, H., Muruganujan, A., Casagrande, J. T., Thomas, P. D. Large-scale gene function analysis with the PANTHER classification system. Nat. Protoc. 8, 1551-1566 (2013).
  26. Ross, P. J., Wang, K., Kocabas, A., Cibelli, J. B. Housekeeping gene transcript abundance in bovine fertilized and cloned embryos. Cell Reprogram. 12 (6), 709-717 (2010).
  27. Gilbert, I., et al. The dynamics of gene products fluctuation during bovine pre-hatching development. Mol. Reprod. Dev. 76, 762-772 (2009).
  28. Vallee, M., et al. Revealing the bovine embryo transcript profiles during early in vivo embryonic development. Reproduction. 138 (1), 95-105 (2009).
  29. Dafforn, A., et al. Linear mRNA amplification from as little as 5 ng total RNA for global gene expression analysis. Biotechniques. 37 (5), 854-857 (2004).
  30. Beaujean, N., Jammes, H., Jouneau, A. Nuclear Reprogramming. Studying Bovine Early Embryo Transcriptome by Microarray. Dufort, I., Rovert, C., Sirard, M. A. , Humana Press, Springer. NY. Chapter 15 (2015).
  31. Patterson, T. A., et al. Performance comparison of one-color and two-color platforms within the MicroArray Quality Control (MAQC) project. Nat. Biotechnol. 24 (9), 1140-1150 (2006).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه

طلب إذن

الوسوم

RNA

مقالات ذات صلة