Transcriptome على من التنميط في الجسم الحي إنتاج الأبقار الأجنة قبل الزرع عن طريق اللونين ميكروأري منصة

Reza Salehi; Stephen C.M. Tsoi; Marcos G. Colazo; Divakar J. Ambrose; Claude Robert; Michael K. Dyck

doi:10.3791/53754

يتطلب اشتراك JoVE لعرض هذا المحتوى. تسجيل الدخول أو ابدأ نسخة تجريبية مجانية

مقالة منهجية

Transcriptome على من التنميط في الجسم الحي إنتاج الأبقار الأجنة قبل الزرع عن طريق اللونين ميكروأري منصة

7.4K مشاهدة

⸱

DOI:

10.3791/53754

⸱

يناير 30, 2017

Reza Salehi^*¹ , Stephen C.M. Tsoi^*¹ , Marcos G. Colazo² , Divakar J. Ambrose¹^,² , Claude Robert³ , Michael K. Dyck¹

¹Department of Agricultural, Food and Nutritional Science, University of Alberta, ²Livestock Research Branch, Alberta Agriculture and Forestry, ³Laboratory of Functional Genomics of Early Embryonic Development, Université Laval

^* These authors contributed equally

في هذه المقالة

ملخص

تسمح تقنية

Microarray بالقياس الكمي والتنميط الجيني للنصوص على مستوى الجينوم. لذلك ، يوفر هذا البروتوكول إجراء تقنيا محسنا في مصفوفة أبقار مخصصة بلونين باستخدام أجنة البقر في اليوم السابع لإثبات جدوى استخدام كمية منخفضة من إجمالي الحمض النووي الريبي.

الملخص

الفقدان الجنيني المبكر هو مساهم كبير في العقم في الماشية. علاوة على ذلك ، يصبح الأبقار نموذجا مثيرا للاهتمام لدراسة تطور الجنين البشري قبل الزرع بسبب عملية النمو المماثلة. على الرغم من أنه من المعروف أن العوامل الوراثية تؤثر على التطور الجنيني المبكر ، إلا أن اكتشاف هذه العوامل كان يمثل تحديا خطيرا. تسمح تقنية المصفوفات الدقيقة بالقياس الكمي وتوصيف التعبير الجيني لمستويات النسخ على مستوى الجينوم. أحد القرارات الرئيسية التي يجب اتخاذها عند التخطيط لتجربة المصفوفة الدقيقة هو ما إذا كنت ستستخدم نهجا بلون واحد أو لونين. يزيد التصميم ثنائي اللون من التكرار التقني ، ويقلل من التباين ، ويحسن الحساسية والدقة ، بالإضافة إلى السماح بوجود تصميمات حلقية ، وتحديد العينات المرجعية الشائعة. على الرغم من أن المصفوفات الدقيقة هي أداة بيولوجية قوية ، إلا أن هناك مزالق محتملة يمكن أن تخفف من قوتها. ومن ثم ، نعرض في هذه الورقة الفنية بروتوكولا محسنا لاستخراج الحمض النووي الريبي ، والتضخيم ، ووضع العلامات ، وتهجين الحمض النووي الريبي المضخم المسمى إلى المصفوفة ، ومسح المصفوفة وتحليل البيانات باستخدام استراتيجية التحليل ثنائي اللون.

المقدمة

فقدان الجنينية المبكرة في الأبقار المنتجة العالية هي واحدة من التحديات الرئيسية في صناعة الالبان ¹ ^و ^2. أصبح الأبقار نموذج مثير للاهتمام لدراسة تطور سابق للانغراس الجنين الإنسان بسبب عملية تنموية مماثلة من ³ ^و ^4. ومع ذلك، مطلوب مزيد من البحوث لدينا فهم أفضل عن جينات لها دور في التطور الجنيني المبكر البقري.

بعد عشرين عاما على تكنولوجيا متطورة للالأولى وضعت في عام 1995 ^5، وتطوير التكنولوجيا التحقيق تلفيق تقليل أخطاء الطباع....