$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
1. البلازميد البناء
- بناء على التعبير البلازميد (pBAD-HerFab-L177TAG) التي من شأنها التعبير عن الجين الضد المستهدف (pBAD-HerFab-WT) مع صاحب 6 -tag، واستبدال رامزة لوسين-177 مع كودون العنبر (TAG) 27، وذلك باستخدام التقليدية تقنية الطفرات موقع الموجه.
انظر الجدول المواد. - بناء التعبير البلازميد آخر (pEVOL-AFRS) التي تحتوي على جينات الحمض الريبي النووي النقال صور تطورت وأمينوأسيل-الحمض الريبي النووي النقال مخلقة (AARS) زوج. استخدام ناقلات البلازميد المصممة خصيصا، pEVOL، لإدراجها كفاءة UAAs. يتم وصف البروتوكولات المعلومات البلازميد والاستنساخ مفصلة في التقرير السابق. 28
- الحصول على جودة عالية DNA البلازميد باستخدام المتاحة تجاريا مجموعات إعداد البلازميد. نسبة 260/280 من ~ 1.8 هو الأمثل لالحمض النووي المنقى. إذا لزم الأمر، نفذ 1٪ هلام الاغاروز الكهربائي للتحقق من نقاء الحمض النووي.
الصورة = "jove_title"> 2. إعداد ثقافة
- Electroporation لل
- إضافة كل DNA 1 ميكرولتر من pEVOL-AFRS 28 و pBAD-HerFab-L177TAG إلى 20 ميكرولتر كولاي DH10β سلالة. المزيج بلطف، وذلك باستخدام ماصة. البلازميدات يمكن أن تتحول معا أو في ردود الفعل مستقلة.
- 0.1 سم cuvettes، تعيين إعدادات Electroporation لل25 μF و 2.5 كيلو فولت.
- إدراج كفيت في الشريحة الغرفة المروعة. دفع الشريحة في غرفة حتى كفيت يجعل اتصال ثابت مع الأقطاب غرفة.
- نبض مرة واحدة عن طريق الضغط على زر نبض حتى الصفافير آلة Electroporation لل.
- إضافة 1 مل مرق السوبر الأمثل مع مقيضة القمع (SOC) متوسطة تحتوي على 2٪ (ث / ت) تريبتون، 0.5٪ (ث / ت) خلاصة الخميرة، 10 مم كلوريد الصوديوم، 2.5 ملي بوكل، 10 ملي MgCl 2 و 20 ملي الجلوكوز لكفيت بسرعة ونقل الخليط إلى أنبوب اختبار. احتضان الخلايا لمدة 1 ساعة عند 37 درجة مئوية مع الهز.
- انتشار تتحول خلايا القولونية E. على استذابة مرق (LB) أجار لوحات تحتوي على المضادات الحيوية المناسبة (35 ميكروغرام / مل الكلورامفينيكول و 100 ميكروغرام / مل الأمبيسلين لاختيار pEVOL-AFRS وpBAD-HerFab-L177TAG، على التوالي). احتضان لوحات عند 37 درجة مئوية لمدة 12 ساعة.
- إعداد ثقافة
- تطعيم مستعمرة تحولت واحدة في 5 مل LB المضادات الحيوية المتوسط تحتوي على. احتضان لمدة 12 ساعة عند 37 درجة مئوية مع الهز.
3. التعبير وتنقية HerFab-L177AF
- التعبير عن HerFab-L177AF
- نقل الثقافة الأساسية (5 مل) إلى 200 مل LB المتوسطة التي تحتوي على الأمبيسلين (100 ميكروغرام / مل) وAF (1 ملم)، تليها الحضانة عند 37 درجة مئوية مع الهز.
ملاحظة: تم 100 ملم AF حل سهم (10 مل) عن طريق إذابة 206 ملغ AF في 100 ملي حمض الهيدروكلوريك (10 مل، الحجم النهائي) التي أعدت. - إضافة 2 مل من 1.6 M الارابينوز (16ملي تركيز النهائي) عندما تصل إلى ثقافة المرحلة السجل (OD 550 = 0.8، OD = الكثافة البصرية). احتضان لمدة 12 ساعة عند 30 درجة مئوية مع الهز.
- حصاد الخلايا بواسطة الطرد المركزي في 11000 x ج لمدة 5 دقائق. تجاهل طاف وتجميد بيليه في -20 درجة مئوية.
- تحلل الخلية
- Resuspend والكريات خلية في 20 مل العازلة تحلل محيط بالجبلة تحتوي على 30 ملي تريس (8.0 درجة الحموضة)، 1 ملم EDTA، 20٪ سكروز، و 0.2 ملغ / مل الليزوزيم، واحتضان الخليط لمدة 1 ساعة عند 37 درجة مئوية.
- الطرد المركزي الخلايا المحللة في 18000 x ج في 4 درجة مئوية لمدة 15 دقيقة. طاف لنقل أنبوب جديد وتجاهل بيليه.
- ني NTA تقارب اللوني
- إضافة ني NTA تعليق الراتنج إلى كل أنبوب الطرد المركزي (400 الراتنج ميكرولتر للثقافة 200 مل)، وتخلط بلطف عند 4 درجة مئوية لمدة 1 ساعة.
- صب تعليق في عمود البولي بروبلين ويغسل الراتنج ثلاث مرات مع 5 بو غسل ملffer يحتوي على 50 ملي ناه 2 ص 4 (درجة الحموضة 8.0)، 20 ملي ايميدازول، و 300 ملي مول كلوريد الصوديوم.
- أزل الضد المستهدف مع 300 ميكرولتر شطف العازلة التي تحتوي على 50 ملي ناه 2 ص 4 (درجة الحموضة 8.0)، و 250 ملي ايميدازول، و 300 ملي مول كلوريد الصوديوم.
- تحديد تركيز البروتين متحولة من برادفورد البروتين فحص 29 أو عن طريق قياس الامتصاصية في 280 نانومتر. حساب معامل الانقراض (75866 م -1 سم -1) لHerFab-L177AF عند 280 نانومتر البروتين الانقراض معامل الحاسبة باستخدام معامل الانقراض (2471 م -1 سم -1) لAF.
ملاحظة: تسلسل الأحماض الأمينية من HerFab يمكن العثور عليها في موقع NCBI (GI: 783282791 وGI: 783282792).
4. الإقتران من تنقية HerFab-L177AF مع آلكاين تحقيقات عن طريق-أزيد آلكاين Cycloaddition-روجت سلالة (SPAAC)
- إضافة 20 ميكرولتر من Cy5.5-Azadibenzocyclooctyne (Cy5.5-ADIBO) في H 2 O (20081؛ M تركيز النهائي) إلى محلول 10 ميكرولتر من HerFab-L177AF (10 ميكرومتر تركيز النهائي) في العازلة الفوسفات التي تحتوي على 10 ملي نا 2 هبو 4 (7.0 درجة الحموضة) و 100 ملي مول كلوريد الصوديوم.
ملاحظة: كما بدائل، cyclooctyne difluorinated (DIFO) وbicyclo [6.1.0] nonyne (BCN) المشتقات متوفرة لنفس التطبيق أيضا. - السماح للتفاعل cycloaddition-روجت سلالة المضي قدما لمدة 6 ساعات عند 37 درجة مئوية. إذا تم استخدام مسبار حساسة للضوء (على سبيل المثال، Cy5.5)، تغطية وعاء التفاعل مع رقائق الألومنيوم.
- تنقية HerFab المسمى وفقا لالخطوة 5.
5. تنقية HerFab إعتبر
- إضافة 500 ميكرولتر من عينة إلى عمود مرشح تدور الطرد المركزي.
- أجهزة الطرد المركزي لعمود الدوران في 14000 x ج في 4 درجة مئوية لمدة 15 دقيقة.
- تخلصي من خلال تدفق ونقل تنقية عينة من عمود الدوران إلى أنبوب microcentrifuge 1.5 مل.
- كبديل للخطوة 5.1- 5.3، نفذ purificaنشوئها قبل غسيل الكلى ضد المخزن نفسه.
- تخزين HerFab المسمى المنقى في 4 درجات مئوية.
6. SDS-PAGE تحليل HerFab إعتبر
- إضافة 5 ميكرولتر LDS عينة العازلة التي تحتوي على البروتينات 106 ملي تريس · حمض الهيدروكلوريك، و 141 ملي تريس قاعدة (الرقم الهيدروجيني 8.5)، 2٪ LDS، و 10٪ الجلسرين، 0.51 ملي EDTA، 0.22 ملي SERVA الأزرق G250، و0.175 ملي الفينول الأحمر إلى 13 ميكرولتر من النقاء وصفت HerFab (7.8 ميكرومتر أو 0.38 ملغ / مل) في وجود (+) أو غياب (-) من 2 ميكرولتر dithiothreitol (DTT و 100 ملي تركيز النهائي). احتضان الخليط في درجة حرارة 95 درجة مئوية لمدة 10 دقيقة.
- إرفاق 4-12٪ مكرر تريس هلام SDS-PAGE كاسيت إلى الخلية الكهربائي وإضافة العازلة على التوالي. تحميل عينات البروتين مترافق وقبل الملون الوزن الجزيئي علامة. أداء هلام الكهربائي لمدة 35 دقيقة في 200 V.
ملاحظة: حافظ على خلية الكهربائي في الظلام خلال كامل الفترة لتقليل الصور التبييض من fluorophore. - بعد الكهربائي، ونقلهلام إلى ماسح ضوئي هلام الفلورسنت، وبالبحث عن الانبعاثات مضان في الطول الموجي المناسب. لCy5.5، استخدم وضع Cy5 في برنامج الماسح الضوئي.
- وصمة عار الجل مع وصمة عار البروتين التجارية.