RESEARCH
Peer reviewed scientific video journal
Video encyclopedia of advanced research methods
Visualizing science through experiment videos
EDUCATION
Video textbooks for undergraduate courses
Visual demonstrations of key scientific experiments
BUSINESS
Video textbooks for business education
OTHERS
Interactive video based quizzes for formative assessments
Products
RESEARCH
JoVE Journal
Peer reviewed scientific video journal
JoVE Encyclopedia of Experiments
Video encyclopedia of advanced research methods
EDUCATION
JoVE Core
Video textbooks for undergraduates
JoVE Science Education
Visual demonstrations of key scientific experiments
JoVE Lab Manual
Videos of experiments for undergraduate lab courses
BUSINESS
JoVE Business
Video textbooks for business education
Solutions
Language
ar
Menu
Menu
Menu
Menu
A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Research Article
Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.
Erratum Notice
Important: There has been an erratum issued for this article. View Erratum Notice
Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
يتم تقديم بروتوكول لتسامي مصفوفة DAN على أنسجة دماغ الفئران للكشف عن العقد باستخدام قياس الطيف الكتلي للتصوير MALDI.
إعداد العينات هو المفتاح للكشف عن الأمثل والتصور من التحاليل في الليزر الامتزاز / التأين (MALDI) التصوير الطيف الكتلي (IMS) التجارب بمساعدة مصفوفة. يمكن تحديد البروتوكول المناسب لمتابعة جميع مراحل عملية إعداد العينات من الصعب كما يجب أن يكون الأمثل كل خطوة ليتوافق مع خصائص فريدة من التحاليل من الفائدة. وتنطوي هذه العملية ليس فقط إيجاد مصفوفة متوافقة يمكن أن يلتفظ وتأيين جزيئات ذات الاهتمام بكفاءة، ولكن أيضا اختيار تقنية المصفوفة ترسب المناسبة. على سبيل المثال، وهي تقنية المصفوفة ترسب الرطب، الذي ينطوي على حل مصفوفة في المذيبات، هو الافضل لالامتزاز من معظم البروتينات والببتيدات، في حين أن تقنيات المصفوفة ترسب الجافة فعالة بشكل خاص للتأين من الدهون. تم الإبلاغ عن التسامي كوسيلة فعالة للغاية من ترسب مصفوفة الجاف للكشف عن نسبة الدهون في الأنسجة عن طريق MALDI IMS بسبب homogeneiتي واي لترسب مصفوفة الكريستال والحد الأدنى من عدم تمركز تحليلها بالمقارنة مع العديد من الأساليب ترسب الرطب 1 و 2. على نطاق واسع، فإنه ينطوي على وضع عينة ومصفوفة مسحوق في غرفة مختومة فراغ مع العينات الضغط على سطح بارد. ثم يتم إنزال الجهاز في حمام ساخن (الرمل أو النفط)، مما أدى إلى التسامي مصفوفة مسحوق على سطح عينة الأنسجة تبريده. نحن هنا وصف بروتوكول التسامي باستخدام 1،5-diaminonaphthalene (DAN) مصفوفة للكشف وتصور gangliosides في الدماغ الفئران باستخدام MALDI IMS.
مصفوفة بمساعدة الليزر الامتزاز / التأين (MALDI) التصوير الطيف الكتلي (IMS) أصبحت سعى للغاية بعد تقنية لرؤية التوزيع المكاني للدهون، والببتيدات والبروتينات عبر السطوح عينة سليمة. MALDI IMS كان يعرف سابقا باسم تقنية تحليلية لالتحاليل تنقيته قبل، ولكن في السنوات الأخيرة، فقد كان لافتا الانتباه في العديد من التخصصات الأخرى بسبب القدرة على الجمع بين دقة قياس الطيف الكتلي مع ارتفاع القرار نقاط مرجعية التشريحية / البصرية دون تحتاج لأي وضع العلامات الخارجي. مع استمرار تجمع علمي من الباحثين الاستفادة من هذه التقنية في النمو، وهناك زيادة الحاجة إلى بروتوكولات سهلة لمتابعة موحدة للمساعدة في تطوير وتعظيم الاستفادة من التجارب IMS. Gangliosides، مجموعة من الدهون غشاء فيرة للغاية في النظام العصبي المركزي، وتعتبر مثالية لإجراء التجارب MALDI IMS كما مواقعها، وجزءا لا يتجزأ من داخل الغشاء، يجعل SPECI معينوفاق المستحيل للكشف عن استخدام التقليدية المناعي وضع العلامات. بالإضافة إلى ذلك، لقد أظهرنا، وذلك باستخدام MALDI IMS، أن هذه الدهون، التي تعمل كما جهري من الإشارات الخلوية، من بين أمور أخرى، لديها أنماط التوزيع التشريحي فريدة من نوعها في الدماغ القوارض الصحي التي يتم تعديلها بعد إصابات الدماغ 3، 4، 5. تقع Gangliosides في مجموعة والشامل أعلى بالمقارنة مع معظم أنواع الدهون، وبالتالي فهي أكثر ملاءمة لمنصة MALDI التصوير.

الشكل 1: سير العمل من MALDI IMS تجربة. الرسم البياني لسير العمل العام من تجربة MALDI IMS باستخدام التسامي. هو مقطوع الأنسجة المجمدة في -80 درجة مئوية في ناظم البرد و 10 ميكرومتر أقسام هي التي شنت ذوبان الجليد على الشرائح ايتو موصل. ثم يتم وضع الشريحة في مجفف حتى التسامي. سليتندس دي في جهاز التسامي ويتم تطبيق طبقة حتى من مصفوفة على سطح عينة الأنسجة. يتم تجميد عينات بين عشية وضحاها في الثلاجة -20 درجة مئوية ثم توضع في مجفف لمدة 10 دقيقة. مرة واحدة وقد تم تطبيق المعايير، يتم إدراج العينات في الصك MALDI حيث يتم توجيه الليزر عبر الأنسجة مما تسبب جزيئات المستوعبة في مصفوفة لتأيين. السفر الأيونات أسفل أنبوب الطيران ومنفصلة على أساس كتلتها (الوقت من الطيران / TOF) حتى وصولها إلى كاشف. يتم عرض المعلومات على وفرة الأيونية في التحاليل ضمن الكتلة للتهمة (م / ض) مجموعة محددة سلفا على حد سواء صورة الجزيئية والطيف الشامل. ويمكن استخدام هذه البيانات لكلا تصور وقياس وفرة الأيونية الحليلة المصالح داخل الأنسجة المصورة. الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.
إعداد عينةلMALDI IMS غير متغيرة بصورة كبيرة حيث أن كل خطوة من خطوات العملية يجب أن تكون مخصصة للالتحاليل من الفائدة. والسمة المميزة لتجاربه التي تستند MALDI-هو استخدام طلاء مصفوفة المتوضعة على سطح العينة قبل التحليل. بالإضافة إلى دور امتصاص ونقل الطاقة من الإشعاع من الليزر أثناء عملية الاجتثاث، مصفوفة يخدم أيضا لعزل التحاليل المختلفة من العينة، مما يسهل تحليل المركبات من الفائدة 6 و 7. تطبيق متجانس من مصفوفة لسطح العينة هي الخطوة الأكثر أهمية في عملية إعداد العينات. غير لائق مصفوفة ترسب يمكن أن يؤدي إلى كبيرة تشكيلات غير متجانسة مصفوفة الكريستال وتطوير الأعمال الفنية، وانخفاض ايون إشارة، وضعف استنساخ 7.
نظرا لتقارب بعض المصفوفات لعزل التحاليل محددة، ونوع من مصفوفة اختيار لتجربة يمكنتغيير كبير في النتيجة. المصفوفات المستخدمة في التصوير من البروتينات والببتيدات غالبا ما تختلف عن تلك المستخدمة لنسبة الدهون في التصوير وعملية تعقيدا بسبب الحاجة إلى إجراءات إضافية مثل الغسيل والإماهة الخطوات من أجل الكشف عن إشارات بنجاح من الأنسجة. على الرغم من وجود غسل خطوات لتعزيز الإشارات الدهون 8، فهي ليست شرطا مسبقا للكشف عن معظم أنواع الدهون. عند اختيار مصفوفة لتجربة الدهون التصوير، فمن المهم النظر في قطبية الدهون من الاهتمام حيث سيؤدي ذلك إلى تضييق نطاق المصفوفات مناسبة. على سبيل المثال، gangliosides تحتوي على بقايا حمض اللعابي الذي منحهم الاستقطاب السلبي العام. وهناك عدد من المصفوفات التي يمكن أن يلتفظ بفعالية وتأيين gangliosides من الأنسجة. ومع ذلك، هناك عوامل مثل قمم المشتقة من مصفوفة في الطيف والاستقرار في المصفوفة تحت فراغ يجب أن تؤخذ قيد النظر. 1،5-diaminonapthalene (DAN) مصفوفة مستقرة بما فيه الكفاية في ظل ظروف أداة فراغ بالنسبة لغالبية تطبيقات التصوير وأظهرت درجة عالية من الحساسية لالامتزاز الدهون، ويمكن استخدامها لتحليل الدهون في كل من وسائط أيون الإيجابية والسلبية 2. DAN مصفوفة، بالمقارنة مع غيرها من المصفوفات السلبي الدهون تقارب مثل حمض dihydroxybenzoic (DHB)، 9-aminoacridine (9-AA)، و5-كلورو-2-mercaptobenzothiazole (CMBT)، وكان قادرا على يلتفظ gangliosides من دماغ الفئران أكثر كفاءة الأنسجة في وضع الأيونات السالبة (مخطوطة قيد الإعداد).
اختيار الطريقة الملائمة لترسب مصفوفة غير ذات أهمية متساوية للاختيار المصفوفة نفسها. طرق مصفوفة ترسب الرطب حيث يذوب المصفوفة الصلبة في المذيبات العضوية، وأودعت التي تعمل بالهواء المضغوط أو آليا الرشاشات أو راصدي، هي فعالة بشكل خاص لالامتزاز من البروتينات والببتيدات كسائل يتخلل العينة للسماح للخارجction من المركبات وشارك في بلورة مع المصفوفة. على الرغم من أن هذه التقنيات يمكن أن تستخدم أيضا لتطبيقات الدهون، عدم التمركز تحليلها ومصفوفة متفاوتة تشكيلات الكريستال والحدوث بسبب وفرة عالية وقابلية ذوبان الدهون في المذيبات، وخاصة في الأنسجة 2 و 9. لأن الدهون هي المتأينة بسهولة من الأنسجة الجافة التقنيات ترسب مصفوفة مثل التسامي، وتقديم بسيط، والتكلفة بديل فعال للرشاشات في حين التحايل على العديد من العيب من هذه التقنيات. ويعزى نجاح التسامي في التجارب MALDI IMS إلى ميزات مثل التشكل الجريزوفولفين المصفوفة مما يزيد من مساحة السطح لمصفوفة الحليلة ملزمة، وزيادة نقاء مصفوفة، ومتجانسة ترسب مصفوفة مما يؤدي إلى زيادة استنساخ مقارنة مع تقنيات المصفوفة الرطب 1 و 10.
التسامي invoالتلاميذ تسخين مصفوفة مسحوق تحت فراغ تحت سطح العينة تبريد مما أدى إلى الحالة الصلبة إلى غاز مرحلة الانتقال من مصفوفة مسحوق تليها ترسب على سطح عينات الأنسجة على الفور. خلال التسامي، ويمكن التحكم ترسب مصفوفة بعوامل مختلفة مثل الساعة ودرجة الحرارة والضغط لتقديم نتائج استنساخه للغاية. تجربة التسامي واحدة يمكن أن تتخذ في أي مكان 5-20 دقيقة اعتمادا على نوع من مصفوفة محددة، والتي يمكن إعادة استخدامها عدة مرات قبل التخلص منها. جهاز يمكن شراؤها تجاريا في جزء صغير من سعر الرشاشات الآلية ويسهل تفكيكها للتنظيف والصيانة. منخفضة التكلفة والبساطة النسبية لهذه التقنية ترسب مصفوفة تجعله مثاليا للباحثين بداية أو التوسع فيها تطبيقات الدهون التصوير في MALDI IMS. على الرغم من أن المعلومات بالتفصيل بروتوكولات للتسامي من الأنسجة لIMS تم الإبلاغ عن 11، وعدد قليل بروتوكولات موحدة توجد ثهيك التركيز على العمل الأساسية المعنية مع إجراء تجربة التسامي لتصوير الدهون كتلة عالية في وضع الأيونات السالبة، مما يجعل من الصعب تحديد الأسلوب دون محاكمة واسعة والخطأ. ما يلي هو بروتوكول تجريبي يهدف إلى سد هذه الفجوة من أجل التسامي DAN مصفوفة على أقسام دماغ الفئران للتصوير عالية الدقة والكشف عن gangliosides.

الشكل 2: التسامي جهاز. صورة (A) والرسم التخطيطي (ب) من جهاز التسامي. توصيل مضخة الفراغ أنابيب المطاط إلى فخ بارد مليئة 300 مل من الايثانول. فخ البارد ثم يتم توصيلها عن طريق أنابيب المطاط إلى جهاز التسامي. يتكون الجهاز يتكون من قطعتين منفصلتين من الأواني الزجاجية التي مختومة مع المعدن U-المفصل. النصف العلوي من sublimatorيحتوي المكثف وهي مليئة طين الجليد. وسجلت لوحة العينة على الجزء السفلي من المكثف، داخل جهاز والزجاج مغلق. يحتوي على النصف السفلي من جهاز التسامي مصفوفة DAN، انتشرت التي تواجه بالتساوي لوحة عينة. خلال التسامي، يتم وضع جهاز والزجاج على حمام الرمل تسخينه إلى 140 درجة مئوية بحلول طبق ساخن أسفله مباشرة. مسبار درجة الحرارة يساعد على الحفاظ على درجة حرارة ثابتة طوال التجربة التسامي من خلال ردود الفعل لدرجة حرارة حمام الرمل بالمقارنة مع درجة الحرارة مسبقا للتجربة. الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.
جميع إجراءات التعامل مع الحيوانات المذكورة أدناه التمسك جامعة جنة رعاية الحيوان يسترن اونتاريو في (2016-014).
1. الأنسجة إعداد وباجتزاء
2. Sublimator جهاز مجموعة المتابعة
ملاحظة: تنفيذ هذه الخطوات في غطاء الدخان.
3. التسامي
4. الأنسجة التخزين / الإماهة
5. التصوير و Analysis
عند الانتهاء من التجربة التسامي، ويفصل شطري جهاز الزجاج في غطاء الدخان والشرائح، مسجلة إلى المكثف، ويمكن إزالتها (الشكل 3A). عند هذه النقطة، ينبغي دراسة شريحة لالتوزيع غير المتكافئ مصفوفة والوقت ودرجة الحرارة، أو وضع الجهاز في الحمام الرمال قد يكون من الضروري تعديل لالشريحة التالية. وهناك الناجحة DAN التسامي التجربة يؤدي حتى طلاء رمادي / مصفوفة البني على طول سطح الشريحة حيث الخصائص التشريحية للأنسجة يمكن تصور واضح وكمية من مصفوفة على شريحة زجاجية تشبه لكمية على النسيج (الشكل 3B). على سبيل المثال، إذا تم مصعد الكثير من مصفوفة على الأنسجة، وسمك مصفوفة تغطي ملامح النسيج وفقط الشكل العام سيكون ملحوظ. ومع ذلك، إذا كان مصعد مصفوفة صغيرة جدا، فإن الأنسجة هالقد مظهر أغمق من بقية الشرائح (الشكل 3C). كلا كثيرا وسوف مصفوفة قليلة جدا يؤدي إلى ضعف الإشارة في الصك MALDI. لأغراض مراقبة الجودة، وتوماس وآخرون. وزن كمية من مصفوفة المودعة على الشريحة وتقسيم الوزن عن طريق المساحة السطحية للشريحة. وذكرت أنها مبلغ الأمثل للترسب مصفوفة لعدة مصفوفات بما في ذلك DAN (110 ميكروغرام / سم ²) 2. على الرغم من أن معظم أرصدة تفتقر إلى الدقة اللازمة لتكرار مثل هذه النتائج، حاولنا هذه الطريقة في مراقبة الجودة؛ ولكن نظرا لدرجة عالية من التباين، يمكننا تقديم المشورة فقط مجموعة مناسبة من ترسب مصفوفة وجدت لتكون مرتبطة ناجحة مقابل تجارب فاشلة التسامي مع DAN المصفوفة كما هو محدد من خلال الكشف عن إشارة في الصك. ارتبطت قياس مصفوفة من أقل من 100 ميكروغرام / سم ² مع "القليل جدا" شروط مصفوفة بينما كان قياس فوق 140 ميكروغرام / سم ²يرتبط مع "بدرجة كبيرة". تم العثور على ترسب مصفوفة ما بين 100 و 140 ميكروغرام / سم ² أن تكون الكمية المثلى للتصوير مع DAN المصفوفة. ينبغي تطبيق معايير معايرة على شريحة زجاجية حول عينات الأنسجة لضمان دقة الجماعية لإشارات IMS الكشف عن (الشكل 3D)
في تجربة MALDI IMS، وصورة الجزيئية تسمح التصور للتوزيع المكاني لتحليلها من الفائدة جنبا إلى جنب مع أي نوع من الأنواع غير المعروفة التي قد تكون موجودة في مجموعة والشامل معينة. تم مضافين الصور الجزيئية للgangliosides في هذه التجربة باستخدام برنامج ImageJ لإظهار التوزيع التشريحي للعديد من الأنواع غانغليوزيد عبر المناطق القشرية وتحت القشرية من الدماغ الفئران (الشكل 4A). وgangliosides الأكثر وفرة في الدماغ هي الأنواع A-سلسلة GD1a وGM1 ولكن أيضا تحتوي على gangliosides GM2 وGM3 التي يمكن أن تكون جميع وجدت بين1،000-2،000 م / مجموعة ض الشامل، مجموعة الشامل أعلى من معظم الدهون الدماغ المشتركة، مما يجعل هذه gangliosides السهل التعرف على طول الطيف (الشكل 4B). وفرة الأيونية من كل الأنواع غانغليوزيد يمكن استخدامها لشبه تحديد الاختلافات أو التغيرات في الأنواع غانغليوزيد داخل الصورة نفسها. لأن كمية معينة من التباين في العينة الإعدادية لا يمكن تجنبها في IMS، بين تعتبر مقارنات المسح الضوئي لتكون شبه كمي.

الرقم 3. DAN التسامي. نتائج ممثلة من التسامي من DAN مصفوفة على أنسجة دماغ الفئران. (A) وعند الانتهاء من التسامي، ويفصل شطري الجهاز وتتم إزالة الشريحة من المكثف. (ب) DAN مصفوفة ينتشر بالتساوي عبر عدة أقسام الأنسجة دماغ الفئران على سطح الشريحة للسماح repr للغايةالنتائج oducible (بين 100-150 ميكروغرام / سم ²). (ج) أمثلة من تجارب التسامي فشلت حيث مصفوفة القليل جدا (يسار - <90 ميكروغرام / سم ²) (اليمين أو الكثير من مصفوفة -> أودع 150 ميكروغرام / سم ²). أيضا مصفوفة قليلا وسوف يؤدي في الامتزاز كاف من التحاليل، في حين أن الكثير من مصفوفة لن تسمح ليزر لاختراق إلى الأنسجة خلال الاستحواذ، مما أدى إلى الكشف عن أيون منخفض. (D) الشريحة التي تحتوي على أقسام الأنسجة دماغ الفئران مصعد مع معايير مصفوفة ومعايرة DAN تطبيق مستعدة لإدراجها في الصك MALDI للتصوير. الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.

الشكل 4. MALDI IMS من Gangliosides في دماغ الفئران. Representativالبريد MALDI IMS صورة الجزيئية والطيف الشامل من gangliosides في الدماغ الفئران بعد التسامي مع DAN المصفوفة. الصورة الجزيئية هي مزيج مركب من الأنواع غانغليوزيد متعددة في الطيف مضافين وpseudocolored باستخدام برنامج J صورة لإظهار التوزيع التشريحي فريدة من الأنواع غانغليوزيد في جميع أنحاء الدماغ. الأنواع GM1d18: 1 (أحمر، كتلة ~ 1547 دا)، GM1d20: 1 (الأخضر وكتلة ~ 1573 دا)، GM3d18: 1 (الأزرق وكتلة ~ 1178 دا)، وGM3d20: 1 (البط البري والكتلة ~ 1207 دا) هي ممثلة. يعرض الطيف الكتلي وفرة الأيونية في التحاليل في غضون 1000 - مجموعة كتلة 2000. وصفت gangliosides A-سلسلة كبير على طول الطيف. الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.
ليس لدى المؤلفين ما يكشفون عنه.
يتم تقديم بروتوكول لتسامي مصفوفة DAN على أنسجة دماغ الفئران للكشف عن العقد باستخدام قياس الطيف الكتلي للتصوير MALDI.
نود أن نعرب عن تقديرنا للمساعدة الفنية المقدمة من كريستينا جورسيتش في منشأة MALDI MS بجامعة ويسترن أونتاريو ، بالإضافة إلى المجلس الوطني للعلوم والهندسة (NSERC) لتمويل هذا العمل. يود المؤلفون أيضا أن يقدروا مجموعة كابريولي (جامعة فاندربيلت ، تينيسي) ومجموعة تشاوراند (جامعة مونتريال ، QC) لنصائحهم في تحسين تقنية التسامي المقدمة في هذه المخطوطة.
| Sublimator | Chemglass Life Sciences | CG3038-01 | |
| 1،5-Diaminonapthalene (DAN) مصفوفة | Sigma-Aldrich | D21200 | 100 جرام |
| Cryostat | Thermo-Fisher Scientific | CryoStar NX50 | |
| لوحة ساخنة مع ردود فعل على درجة الحرارة | Thermo-Fisher Scientific | HP88857290 | Isotemp ADVD 7x7 HP 100 - 120 V |
| الفولاذ المقاوم للصدأ جاك | Thermo-Fisher Scientific | 2216479 | 10x10 |
| مصيدة | باردة | مخصصة بنيت في الموقع | |
| مضخة فراغ | فرانكلين إلكتريك | 1102180403 | Savant VP100 مرحلتين |
| أكسيد الإنديوم والقصدير (ITO) شرائح | Hudson Surface Technology | PSI 1111000 | النوع الثاني ، 1.1 مم / 25 لكل |
| منهما MALDI TOF / TOF 5800 Instrument | AB Sciex | ||
| Desiccator | Sigma-Aldrich | D2797 | مجفف منضدية |