1. كيناز تنقية الموارد و إمونوبريسيبيتاتيون خط أنابيب
ملاحظة: كيناسيس للاستخدام مع هذا الفحص قد تكون مصدرها إمونوبريسيبيتاتس من الخلايا المستزرعة أو وسائل المؤتلف مثل تنقية تقارب الموسومة 6 . وفيما يلي بروتوكول عام للعلم الموسومة مناعي التي قد تضطر إلى تعديل اعتمادا على كيناز الفائدة. يجب حفظ كل شيء على الجليد عند الإمكان.
- إضافة 2 ميكرولتر من 1 ملغ / مل الأجسام المضادة إلى 200 ميكرولتر من ليسيتس الخلية (عادة ~ 1 ملغ / مل تركيز البروتين الكلي) واحتضان عند 4 درجات مئوية لمدة 1 ساعة بينما هزاز.
- غسل البروتين وحبات سيفاروس 2-3 مرات مع العازلة تحلل (انظر أدناه) عن طريق الغزل لفترة وجيزة في 4 درجات مئوية لمدة 30 ثانية إلى 1 دقيقة في 5000 x ج ("تدور اللمس")، وإزالة طاف مع ماصة، وإعادة تعليق الخرز في المخزن المؤقت .
- إعداد تحلل العازلة: 50 ملي هيبيس الرقم الهيدروجيني 7.7، 150 ملي كلوريد الصوديوم، 1.5 ملي مغكل 2، 1 ملي إغتا، 10٪ الجلسرين، 0.2 ملي أورثوفاناديت الصوديوم، 100 ملي فلوريد الصوديوم، 50 ملي β- غليسيروفوسفهات، 0.1٪ تريتون X 100 أو 0.1٪ نب-40.
- إضافة 30 ميكرولتر من الطين 50٪ من البروتين A الخرز سيفاروس في تحلل العازلة إلى ليسيتس؛ احتضان في 4 درجات مئوية لمدة 1 ساعة بينما هزاز.
- لمس تدور في 4 درجات مئوية لبيليه الخرز وإزالة طاف.
- غسل 3 مرات مع 1 مل من حبة غسل العازلة (1 M كلوريد الصوديوم، 20 ملي تريس درجة الحموضة 7.4).
- يغسل مرة واحدة مع 1X كيناز رد فعل العازلة (10 ملي هيبيس درجة الحموضة 8.0، 10 ملي مغكل 2 ). إزالة أكبر قدر ممكن من المخزن المؤقت دون إزالة الخرز.
2. إنيتياليزينغ كيناس ردود الفعل
ملاحظة: لفحوصات كيناز إب، ~ 15 ميكرولتر من الخرز غير معلق هو نموذج البداية نموذجية. بالنسبة لفحوصات كيناز البروتين المؤتلف، تتراوح كميات البداية النموذجية من 0.1-1.0 ميكروغرام في 1-10 لأحجام التفاعل النهائية 25-50 ميكرولتر. ضبط وحدات التخزين من عينة البروتين المؤتلفs لتكون متساوية مع المخزن المؤقت يتم تخزينها في قبل تهيئة الفحص. عند استخدام كميات عالية من كيناز، وتشمل بروتين الناقل مثل بسا للمساعدة في الحفاظ على استقرار البروتين لمدة الفحص.
- إعداد 5X كيناز رد فعل العازلة الواردة أدناه:
50 ملي هيبيس الرقم الهيدروجيني 8.0
50 ملي مغكل 2
50 ملي بنزاميدين (مثبط البروتياز)
50 ملي دت (عامل تخفيض)
250 ميكرومتر أتب (غير المسماة، أو "الباردة") - الحفاظ على عينات كيناز على الجليد في أنابيب 1.5 مل. إعداد خليط التفاعل التالي في منفصلة، المبردة 1.5 مل أنابيب:
21 ميكرولتر H 2 O
6 ميكرولتر 5X كيناز رد فعل العازلة
1 ميكرولتر راديولبلد ("الساخنة") أتب
2 الركيزة ميكرولتر (~ 5 ملغ / مل)
ملاحظة: لفحوصات كيناز المؤتلف، قد يتم تعديل حجم لاستيعاب البروتين المنقى. حساب مثل هذا الحجم التفاعلي النهائي هو 30 ميكرولتر. استخدام هذه الوصفة لإعداد سيدمزج. عند استلام أتب المسمى، مخفف الأسهم في H 2 O إلى نشاط محدد من 0.01 ميسي / ميكرولتر قبل إضافة إلى خليط التفاعل. - لتهيئة الفحص، إضافة خليط التفاعل الكامل إلى عينة كيناز واحتضان رد فعل في 30 درجة مئوية لمدة 5 دقائق إلى 1 ساعة اعتمادا على نشاط كيناز يجري مقايسة.
ملاحظة: عند العمل مع كيناز الذي لم يتم تقييم نشاط سابقا، إجراء دورة الوقت من النشاط كيناز مع فترات 5 دقائق بين نقاط الوقت.
3. رد الفعل إنهاء و سدز-بادج
- وقف رد فعل من خلال وضع على الجليد وإضافة 7.5 ميكرولتر 5X العازلة عينة ليملي 6 .
- الحرارة عند 100 درجة مئوية لمدة 30 ثانية إلى 2 دقيقة في كتلة الحرارة.
- اللمس تدور وتحميل 20 ميكرولتر لكل بئر على 10-15٪ سدز-بادج هلام. تشغيل هلام طويلة بما فيه الكفاية لفصل كيناز والركيزة (عادة 1 ساعة في قوة ثابتة من 5 W) تأكد من الحفاظ على جهاز هلام محمية للحد من التعرض ل 32 P.
- هنا، استخدام أجهزة هلام محلية الصنع، ولكن القياسية المتاحة تجاريا مصغرة هلام هي مناسبة تماما. استخدم الأبعاد كما يلي:
المواد الهلامية: 8 سم العرض، 5.5 سم طول (حل)، سمك 1.5 مم.
أمشاط: 15 بئرا، سمك 1.5 مم، عرض 2.9 مم، عمق 16 ملم
4. جل تلطيخ والتجفيف
تنبیھ: یجب أن تکون جمیع الخطوات مؤکدة للحد من التعرض الشخصي ل 32 P باستخدام التدریع المشع وارتداء معدات الوقایة الشخصیة. لمزيد من المعلومات حول خطوات محددة يتم تضمين بعض المراجع المفيدة.
- إزالة هلام من الزجاج / الألومينا لوحات ومكان في 50 مل كوماسي وصمة عار (10٪ حمض الخليك الجليدي، 50٪ الميثانول، 0.25٪ R-250 صبغ) لمدة 1 ساعة على شاكر المداري تعيين إلى 50 دورة في الدقيقة. لهذه الخطوة استخدام حاوية أكبر قليلا من هلام نفسها. 8
- نقل هلام من وصمة عار لإصلاح الحل (10٪ جلي الخليك أسيد، 20٪ الميثانول) من أجل إزالة وصمة عار. روك الهلام في 600-700 مل من حل تحديد بين عشية وضحاها على شاكر المداري في 50 دورة في الدقيقة. مكان قطع من رغوة أو معقود مناديل مختبر في الحاوية مع هلام لامتصاص صبغ كوماسي 8 ، 9 .
- إزالة هلام من تحديد الحل ونقع في 200 مل الميثانول لمدة 1-2 دقيقة مع التحريض لطيف حتى هلام يتحول الأبيض حليبي. وهذا سوف يساعد على منع تكسير خلال خطوة التجفيف.
- الرطب 14 سم × 14 سم قطعة من ورقة مرشح النوعي مع الميثانول ومكان على بلاطة هلام فراغ بلاطة. وضع هلام أسفل على الجانب الأمامي ورقة مرشح مواجهة.
- تغطية هلام مع التفاف البلاستيك بعناية لتجنب التجاعيد والهواء فقاعات. تشغيل مجفف لمدة 1.5 ساعة عند 80 درجة مئوية. بعد أن تم تحقيق الفراغ فتح الغطاء ولف أي فقاعات الهواء إذا لزم الأمر مع لينة المطاط المطاط.
5. أوتوراديوغرام والتلألؤ التهم
- إزالة دريهلام إد وإرفاق علامة أوتوراد، حاكم الفسفورية أو النقاط إلى ورقة الترشيح على جانب هلام. إذا كنت تستخدم النقاط تأكد من أنها في نمط غير المتماثلة. هذا سوف محاذاة هلام مع الفيلم بعد التعرض والتنمية.
- استخدام عداد جيجر للتحقق من شدة الإشارة. لتعرض الإشارات الأضعف في -70 درجة مئوية إلى -80 درجة مئوية مع شاشة تكثيف زيادة كثافة الفرقة الفيلم.
- في غرفة مظلمة وضعت هلام المجففة في فيلم كاسيت مع فيلم وشاشة تكثيف في الترتيب التالي من أعلى إلى أسفل: هلام، فيلم، وتكثيف الشاشة.
- إرفاق الشاشة المكثفة لغطاء الكاسيت والشريط هلام في مكان لجعل هذه الخطوة أسهل. تنبعث الشاشة المكثفة الضوء عندما تشعع جزيئات بيتا من 32 P. هذه الانبعاثات الخفيفة تخترق الفيلم أكثر كفاءة من جزيئات بيتا.
- تأكد من أن طول الموجة المنبعثة من تكثيف الشاشةالبرك إلى الطول الموجي الفيلم هو الأكثر حساسية ل.
- استخدام عداد جيجر لتحديد كم من الوقت لتترك التعرض ل: إذا كان عدد كيم ~ 100 أو أقل، حاول بين عشية وضحاها في -70 درجة مئوية. إذا العد هو ~ 10،000، تبدأ مع التعرض 1 ساعة وتحسين من هناك.
- في ختام التعرض إزالة الفيلم وتطوير في المعالج الطبي / الأشعة السينية فيلم. إذا تم إجراء التعرض في -70 إلى -80 درجة مئوية، إما السماح كاسيت لتدفئة إلى درجة حرارة الغرفة لتقليل التكثيف على الفيلم أو إزالة الفيلم مباشرة قبل التكثيف أشكال 10 .
- وضع الفيلم على ورقة هلام / مرشح المجففة ومحاذاة صورة علامة / النقاط مع علامات / النقاط على هلام المجففة. علامة على الفيلم العصابات المقابلة لمعايير البروتين. تسمية معايير البروتين والتي يمر ردود الفعل هي للرجوع إليها في المستقبل.
- استئصال العصابات من هلام التي تتوافق مع فرق من الفائدة على الفيلم ووضعهافي 7 مل قوارير التلألؤ. إضافة 4 مل من سائل التلألؤ والعد مع عداد التلألؤ السائل. تأكد من ضبط العداد لمراقبة نافذة طيف الطاقة الصحيحة ل 32 ص.
ملاحظة: تأكد من أيضا مكوس الفرقة المقابلة للركيزة من حارة التحكم لا كيناز. سيتم استخدام هذا لحساب الإشعاع الخلفية التي سيتم طرحها من جميع التهم التلألؤ عينة.
6. تحليل النتائج
ملاحظة: يوفر أوتوراديوغرام التصور النوعي للنتائج. ولقياس الكميات الدقيقة، يمكن قياس التضمين 32 P بواسطة عداد التلألؤ. يتم التعبير عن البيانات عادة من حيث النشاط النسبي، كما هو مبين في الشكل 1B . وطالما تم الحفاظ على ظروف موحدة لجميع العينات، والقياسات النسبية لنشاط معين كافية لمقارنة العلاجات.
- عند حساب قيم النشاط المحدد المطلق، قم بإجراء الدقةأوس الأمثل لجميع ظروف التفاعل، بما في ذلك كيناز، الركيزة، وتركيزات أتب الباردة، من أجل ضمان نطاق خطي من النشاط على مدى دورة الزمن (على سبيل المثال 2 × [كيناز] = 2 × نشاط معين). ل كيناسيس مع نشاط معين عالية، إجراء المقايسات مع زيادة تركيز الركيزة في حالة النشاط كيناز محدودة بمقدار الركيزة.
- حساب النشاط المحدد للكيناز من الفائدة في وحدات من نانوموليز الفوسفات نقلها في الدقيقة لكل كيناز ملغ.
- اطرح الفراغات من التكلفة لكل ألف ظهور في النطاقات المحسوبة.
- احسب تسوس أتب الساخن: [(1/2) ^ (t / t 1/2 )] x 0.95 حيث t هو عدد الأيام منذ تاريخ المرجعية (يجب أن يوفرها البائع)، t 1/2 هو نصف عمر 32 P، وهو 14.3 يوما، و 0.95 يعكس كفاءة عداد التلألؤ. مثال: إذا كان استخدام أتب الساخن الذي هو 28 يوما من العمر، يجب أن تكون قيمة الاضمحلال 0.245.
- احسب(بمول) من مجموع أتب في الفحص (عادة هذا يساوي كمية أتب الباردة في رد الفعل): حجم الفحص (ميكرولتر) × [أتب الباردة] (ميكرومتر) = إجمالي أتب (بمولس). مثال: 30 ميكرولتر × 50 ميكرومتر = 1500 بمول
- حساب كيم / بمول أتب: [ميكرولتر من أتب الساخنة × (2.2 × 10 7 ) عامل تسوس] / بمول من أتب الباردة.
ملاحظة: قيمة 2.2 × 10 7 تحويل 0.01 مسي / ميكرولتر من أتب إلى كيم. - حساب كمية كيناز في الفحص في ملغ. لكل من كيناز المؤتلف و كيناسس إمونوبريسيبيتاتد، أساليب قياسية مثل المقايسات بكا هي مناسبة لتحديد تركيزات البداية. مثال: wtERK2 0.0002 ميكروغرام / ميكرولتر في رد فعل كيناز 50 ميكرولتر هو 0.01 ميكروغرام، أو 1 × 10 -5 ملغ.
- حساب إجمالي التكلفة لكل ألف ظهور في الفحص. تجميع 30 ميكرولتر ردود الفعل وتشغيل 20 ميكرولتر من كل رد فعل على هلام. ضرب عد في الدقيقة (بعد الطرح فارغة) من خلال عامل من إجمالي حجم الفحص / حجم تحميلها. الاستمرار في ما سبقعلى سبيل المثال، ضرب كل التهم بمقدار 1.5، أو 30/20.
- حساب النشاط المحدد من كيناز أكيد:
مجموع كيم في مقايسة) / (كيم / بمول أتب) / (فحص الوقت بالدقائق) / (كمية كيناز في ملغ)
ملاحظة: تقسيم القيمة أعلاه بنسبة 1،000 ينتج النشاط المحدد في نانوموليز / دقيقة / ملغ
- حساب عدد مولز الفوسفات تدرج في الركيزة (طالما وزنه الجزيئي هو معروف). ويستخدم هذا لتحديد عدد الفوسفوسايت على بروتين معين مرة واحدة وقد ذهب رد الفعل إلى الانتهاء.
إجمالي قيمة النقرة في الفحص) / (كيم / بمول أتب)] / (كمية الركيزة في بمولس)