Method Article

بروتوكول المسح الضوئي على مدار الساعة لتحليل الصور: إيماجيج الإضافات

DOI:

10.3791/55819

⸱

June 19th, 2017

 ,  ,  , 
1Department of Anesthesiology, University of Arkansas for Medical Sciences, 2Department of Lymphocyte Development, Max Plank Institute for Infection Biology, 3Department of Neurobiology & Developmental Sciences, University of Arkansas for Medical Sciences

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تصف هذه الورقة اثنين من الإضافات إيماجيج رواية لتحليل الصور "مسح الساعة". هذه الإضافات توسيع وظائف البرنامج البصري الأساسي 6 الأصلي، والأهم من ذلك، جعل البرنامج متاح لمجتمع بحثي كبير من خلال تجميعه مع إيماجيج مجانا حزمة برامج تحليل الصور.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ويعد بروتوكول المسح الضوئي على مدار الساعة لتحليل الصور أداة فعالة لتحديد متوسط ​​كثافة البكسل داخل المنطقة الحدودية أو الخلفية (أو الخلفية) المغلقة أو المجزأة ذات الاهتمام المحدود، مما يؤدي إلى توليد متوسط ​​التكامل البيني الشعاعي، الكثافة الشخصية. وقد تم تطوير هذا البروتوكول أصلا في عام 2006، باعتباره البصرية الأساسية 6 النصي، ولكن على هذا النحو، كان توزيع محدود. لمعالجة هذه المشكلة والانضمام إلى جهود مماثلة مماثلة من قبل الآخرين، قمنا بتحويل الأصلي رمز بروتوكول المسح الضوئي على مدار الساعة إلى اثنين من الإضافات المستندة إلى جافا متوافق مع نيه برعاية ومتاحة بحرية برامج تحليل الصور مثل إيماجيج أو فيجي إيماجيج. وعلاوة على ذلك، هذه الإضافات لديها العديد من الوظائف الجديدة، وزيادة توسيع مجموعة من قدرات البروتوكول الأصلي، مثل تحليل مناطق متعددة من الفائدة وصورة مداخن. الميزة الأخيرة للبرنامج مفيدة بشكل خاص في التطبيقات التي من المهم تحديد التغييرات ذات الصلةإلى الوقت والمكان. وهكذا، فإن تحليل المسح الضوئي على مدار الساعة من أكوام من الصور البيولوجية يمكن أن تطبق على نشر نا + أو كا ++ داخل خلية واحدة، وكذلك لتحليل النشاط انتشار (على سبيل المثال ، موجات كا ++ ) في السكان من سينابتيكالي متصلة أو الفجوة تقاطع الخلايا. هنا، ونحن تصف هذه الإضافات المسح الضوئي على مدار الساعة الجديدة وتظهر بعض الأمثلة على تطبيقاتها في تحليل الصور.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

والهدف من هذا العمل هو تقديم بروتوكول المسح الضوئي على مدار الساعة التي هي منصة خالية ومتوفرة بحرية لأي باحث مهتم في هذا النوع من تحليل الصور. وقد تم تطوير بروتوكول المسح الضوئي على مدار الساعة في الأصل في عام 2006 1 ، بهدف تحسين الطرق القائمة لقياس كثافة بكسل ضمن مناطق محدبة الشكل ذات الاهتمام (روي)، وهي الطريقة التي لديها قدرة تكامل أفضل وتحسين القرار المكاني. خلال عملية الاستحواذ، بروتوكول بالتتابع بجمع متعددة شعاعي بكسل الكثافة ملامح، الممسوحة ضوئيا من مركز روي إلى حدودها، أو إلى مسافة محددة سلفا خارج العائد على الاستثمار لغرض قياس "الخلفية" كثافة بكسل. بروتوكول موازين هذه التشكيلات وفقا لنصف قطر الخ....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. تثبيت البرامج

  1. قم بتثبيت أحدث إصدارات جافا المجمعة وإيماجيج أو فيجي إيماجيج كما هو موصى به على مواقع الويب المعنية (انظر جدول المواد للروابط لمواقع الويب المقابلة). في النص أدناه، يشار إلى كلا البرنامجين باسم "إيماجيج".
  2. نسخ "Clock_Scan-1.0.1 جرة" و "Multi_Clock_Scan-1.0.1.jar" الملفات المساعد باستخدام الارتباط المنصوص عليها في جدول المواد ولصقها في الدليل المساعد إيماجيج. بدلا من ذلك، استخدم "الإضافات | تثبيت البرنامج المساعد" خيار القائمة لتثبيت هذه الملفات بعد أن تم حفظها على القرص الص....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

الصور التي يتم استخدامها هنا لغرض التوضيح، تؤخذ من قواعد البيانات التي تم إنشاؤها خلال دراستنا السابقة الخلايا والأنسجة البيولوجية 5 ، 6 ، 7 ومن أطلس الدماغ ألين ماوس 8 . تم اختبار كل من الإضافات بنجاح باستخدام إيماجيج 1.50i / جافا 1.8.0_77، إيماجيج 2.0.0-أرسي-44 / 1.50e / جافا 1.8.9_66 وفيجي إيماجيج 2.0.0-rc54 / 1.51g / جافا 1.8.0_.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

بروتوكول المسح الضوئي على مدار الساعة: بروتوكول المسح الضوئي على مدار الساعة هو أداة سريعة وبسيطة لتحليل الصور. وقد وصفت مزايا هذا البروتوكول، بالمقارنة مع النهج المشتركة القائمة لتحليل الصور (مثل المسح الضوئي كثافة بكسل الخطي أو حساب متوسط ​​كثافة بكسل للعائد على الاستثمار) في التفاصيل في المنشورات السابقة 1 ، 9 . باختصار، فإن هذا البروتوكول يسمح لتوليد ملامح شعاعي بكسل كثافة شعاعي من خلال تحديد شدة بكسل .......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ويعلن أصحاب البلاغ أنه لا توجد لديهم مصالح مالية متنافسة أو تضارب مصالح آخر.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

نشكر الدكتور تانيا ماريتزن والدكتور فابيان فيوتلينسك (معهد لايبنيز من علم الأدوية الجزيئي، برلين، ألمانيا) لتقاسم معنا نسختهم من فوجي إيماجيج ساعة المسح الضوئي المساعد والملهم لنا لتطوير هذا الإصدار من البرنامج. ونحن ممتنون أيضا للدكتور فريتز ميلشيرز (قسم تنمية الخلايا الليمفاوية، معهد ماكس بلانك لعلم الأحياء العدوى) لإذنه الكريمة لاستخدام الصور من قاعدة بيانات قسمه لغرض اختبار وتحسين البرنامج المساعد. الدعم: مركز العلوم العصبية متعدية؛ منحة المعاهد الوطنية للصحة: ​​P30-GM110702-03.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
الكمبيوترأيمتوافق مع البرامج المدرجة أدناه
ImageJ أو Fiji ImageJأو NIHhttps://imagej.nih.gov/ij/ أو https://fiji.sc/المجمعة مع Java 1.8 أو أعلى
Clock-scan pluginsمجانيةhttps://sourceforge.net/projects/clockscan/Clock_Scan-1.0.1 جرة و Multi_Clock_Scan-1.0.1 / جرة
Origin 9.0OriginLabنورثهامبتون ، ماساتشوستس ، الولايات المتحدة الأمريكيةتم استخدام هذا البرنامج لإنشاء بعض الرسوم البيانية لبيانات مسح الساعة الأصلية. يمكن استخدام أي برنامج رسومي آخر لأداء هذه الوظيفة

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Dobretsov, M., Romanovsky, D. "Clock-scan" protocol for image analysis. Am J Physiol Cell Physiol. 291, 869-879 (2006).
  2. Feutlinske, F., Browarski, M., Ku, M. C., et al. Stonin1 mediates endocytosis of the proteoglycan NG2 and regulates focal adhesion dynamics and cell motility. Nat Commun. 6, 8535(2015).
  3. Schneider, C. A., Rasband, W. S., Eliceiri, K. W.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Clock Scan ProtocolImageJ PluginsPixel Intensity AnalysisRegion of InterestImage Stack AnalysisRadial Pixel IntensityMulti Clock ScanBackground SubtractionStandard Deviation PlotROI Manager

Related Articles