RESEARCH
Peer reviewed scientific video journal
Video encyclopedia of advanced research methods
Visualizing science through experiment videos
EDUCATION
Video textbooks for undergraduate courses
Visual demonstrations of key scientific experiments
BUSINESS
Video textbooks for business education
OTHERS
Interactive video based quizzes for formative assessments
Products
RESEARCH
JoVE Journal
Peer reviewed scientific video journal
JoVE Encyclopedia of Experiments
Video encyclopedia of advanced research methods
EDUCATION
JoVE Core
Video textbooks for undergraduates
JoVE Science Education
Visual demonstrations of key scientific experiments
JoVE Lab Manual
Videos of experiments for undergraduate lab courses
BUSINESS
JoVE Business
Video textbooks for business education
Solutions
Language
ar
Menu
Menu
Menu
Menu
A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Research Article
Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.
Erratum Notice
Important: There has been an erratum issued for this article. View Erratum Notice
Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
نقدم هنا الحبرية عنونة [ميكروارس] (ADMs)، أسلوب صفيف على أساس الحبرية قادراً على تحديد وفرة البروتين المطلق في الخلايا المفردة. علينا أن نظهر قدرة ADMs على تميز عدم التجانس في التعبير عن p53 البروتين القامع الورم في خط خلية سرطان بشرية.
ويتم تحليل السلوك كثيرا ما الخلوية والاستجابات الخلوية على مستوى السكان حيث يتم تجميع الردود من العديد من الخلايا معا كنتيجة متوسط إخفاء سلوك خلية مفردة غنية داخل سكان معقدة. جعلت تكنولوجيات الكشف والتحديد الكمي البروتين وحيد الخلية أثرا ملحوظا في السنوات الأخيرة. هنا يصف لنا منصة تحليل عملي ومرن من خلية واحدة استناداً إلى الحبرية عنونة [ميكروارس]. تصف هذه الدراسة كيف يمكن قياس الأرقام المطلقة نسخة من البروتينات المستهدفة مع القرار خلية مفردة. هو p53 القامع الورم الأكثر شيوعاً تحور الجين في السرطان البشري، مع أكثر من 50% حالات سرطان الكلي نستعرض نمط تعبير p53 غير صحية. البروتوكول يصف الخطوات لإنشاء 10 قطرات nL ضمنه الخلايا السرطانية البشرية واحدة معزولة ويتم قياس عدد نسخ البروتين p53 مع القرار جزيء واحد لدقة تحديد التغير في التعبير. قد يتم تطبيق الأسلوب إلى أي نوع من الخلايا بما في ذلك المواد الأولية لتحديد عدد النسخ المطلق من البروتينات المستهدفة أي اهتمام.
والهدف من هذا الأسلوب لتحديد التباين في وفرة البروتين المستهدف في عدد سكان خلية مع القرار خلية مفردة. تحليل وحيد الخلية يوفر عددا من المزايا التي لا تتوفر بالطرق البيوكيميائية الفرقة التقليدية. 1 , 2 , 3 , 4 , 5 أولاً، العمل على مستوى الخلية الواحدة التقاط الغنية عدم تجانس السكان الخلية التي سوف تضيع خلاف ذلك من متوسط الذي يحدث مع التقنيات التقليدية فرقة البيوكيميائية. غالبية الطرق البيوكيميائية الحصان العمل العمل مع الجزء الأكبر، التي تتطلب، كما يفعلون في كثير من الأحيان، ملايين خلايا للحصول على نتيجة. بطبيعة الحال، والمترتبة على تقييم السكان الخلية بأكملها يتوقف على عدد من العوامل، على سبيل المثال، عدم التجانس في التعبير البروتين حيث قد غاب عن بعض الميزات الهامة لتوزيع وفرة البروتين. من منظور عملي، جعلها الحساسية اللازمة لتقنيات خلية واحدة قادرة على العمل مع كميات من المواد البيولوجية التي لا تكفي حتى التقنيات الأكبر أكثر حساسية وظيفة. مثال أساسي لهذا هو دراسة أنواع الخلايا النادرة مثل تعميم ورم الخلايا (ريادية) فيها حتى بالنسبة للمرضى الذين يعانون من نظرة تشخيصية فقراء أقل من 10 ريادية قد تكون موجودة في دم واحد 7.5 مل رسم. 6 هنا نقدم المنهجية اللازمة لإجراء القياسات البروتين وحيد الخلية تخفيض حجم التحليل القائم على جسم تستخدم قطرات النفط توج المطبوعة على ميكرواري جسم استخدام.
هي منصات الحبرية موائع جزيئية عالية الإنتاجية، قادرة على توليد آلاف قطرات في الثانية، وقادرة على عزل، واستزراع حتى، الخلايا المفردة في قطرات الفردية لأداء مجموعة واسعة من الاختبارات البيوكيميائية. الأساليب المستندة إلى الحبرية أيضا مناسبة لتحليل خلية مفردة،7،،من89 مع الأمثلة الأخيرة الجديرة بالذكر بما في ذلك دروبسيق10 وإيندروب11، التي ساعدت إلى حد كبير بقوة تقنيات التضخيم. كمية محدودة من المواد ولا أساليب التضخيم للبروتينات تجعل البروتيوميات خلية مفردة تنطوي على تحديات خاصة.
قطرات قد يتم تحليلها بعدد من الأساليب والفحص المجهري الأسفار وقد استخدمت على نطاق واسع. تقنيات جزيء واحد مثل الانعكاس الداخلية مجموع الأسفار (TIRF) مجهرية تسمح جزيئات الفلورية تصور مع نسبة الإشارة إلى الضوضاء لا مثيل لها. 12 سبب الانحلال الأسى من ميدان زائل، متحمسون فقط فلوروفوريس بالقرب من السطح (ترتيب 100nm) عالية مما يجعل TIRF استراتيجية جيدة في الكشف عن كميات صغيرة من جزيء الهدف في خليط معقد. قوة تقطيع البصرية المتأصلة TIRF كما يساعد على تجنب خطوات الغسيل والاعتداء حدود الوقت وتعقيد. ومع ذلك، TIRF يتطلب السطوح المستوية وأمثلة للفحص المجهري TIRF المطبقة على قطرات في تدفق تنطوي على تشكيل سطح مستو منها بصورة. 13 تحقيقا لهذه الغاية، تقنيات البروتين وحيد الخلية غالباً تصميم رقائق موائع جزيئية حول عوامل التقاط سطح معطلة في شكل ميكرواري. 4 , 14
قد شكلت القطرات، أنفسهم، في صفائف على الأسطح المستوية الحبرية ما يسمى [ميكروارس]. 15 , 16 , 17 تنظيم قطرات مكانياً في صفائف يسمح لهم بتكون مريح فهرستها بسهولة رصدها مع مرور الوقت وفردية موجهة و، إذا لزم الأمر، استرداد. ويمكن تحقيق الحبرية [ميكروارس] بكثافة عالية من المفاعلات الصغيرة مع آلاف عناصر كل شريحة بذاتها أو تدعمها هياكل ميكروويل. 18 , 19 , 20 أنها قد تكون شكلت بترسب متسلسلة بمناولة السائل الروبوتات، مستطلعين النافثة للحبر، اتصل ميكرواراييرس21،،من2223،،من2425، 26 أو أنها يمكن تجميع ذاتي على السطوح مثل سوبيرهيدروفيليك البقع منقوشة على سطح سوبيرهيدروفوبيك. 27 , 28 , 29
في ضوء هذه الاعتبارات، صممت عنونة الحبرية [ميكروارس] (ADMs) الجمع بين براعة و addressability المكانية وكميات مخفضة من [ميكروارس] الحبرية مع حساسية جزيء واحد TIRF المجهري للكمية قياس وفرة البروتين. 5 ADMs تمكين تحليل خلية مفردة تشكيل ميكرواري الحبرية التي تحتوي على خلايا مفردة أكثر جسم ميكرواري، الذي هو ثم توج بالنفط لمنع التبخر. وحدات تخزين القطرات منفصلة لمنع فقدان عينة، تتحقق إلا بأحكام بصمام على شريحة في تدفق مستمر ميكروفلويديكس. 30 المبلغ المطلق للبروتين الهدف من خلية واحدة صغيرة للغاية؛ ومع ذلك، يسمح تدني حجم القطرات لتركيز المحلية مرتفعة نسبيا كيما يتم الكشف عنها باستخدام مقايسة أضداد ساندويتش-جسم هو المعطل تداولها في منطقة متميزة، أو بقعة على سطح الذي يلتقط البروتين الذي يربط بدوره لجسم فلوريسسينتلي المسمى الكشف عن هذا في حجم قطره. كنهج خالية من التسمية (أي البروتين أهدافا لا تحتاج إلى أن توصف بشكل مباشر)، ADMs قابلة للتطبيق عموما لتحليل الخلايا من المصادر الأولية، مثل الدم المجهزة، وغرامة بحاجة إلى تبين وينتابها ورم الخزعات، فضلا عن خلايا من الثقافة و ما ليساتيس.
قياس التباين في وفرة البروتين عبر سكان خلية مهم في تحديد تباين استجابة، على سبيل المثال، إلى مخدرات وسوف يساعد في توفير نظرة ثاقبة الوظائف الخلوية ومسارات، تقييم الفئات السكانية الفرعية وبهم السلوك، فضلا عن تحديد الأحداث النادرة التي خلاف ذلك سوف يكون مقنعا بأساليب الجزء الأكبر. توضح هذه المقالة كيفية إنتاج واستخدام عنونة الحبرية [ميكروارس] لتحديد الكمية وفرة p53 عامل النسخ في الخلايا السرطانية البشرية هذا البروتوكول ويمكن استخدامها للتحقيق في دور p53 في الاستجابة للعلاج الكيميائي المخدرات. البروتين الهدف يتحدد باختيار الالتقاط والكشف عن الأجسام المضادة ويمكن تعديله لتشمل أهدافا مختلفة أو أكثر. يتم توفير إرشادات لبناء جهاز بسيطة تتضمن فوهة متحدة مركز من لوازم مختبر العامة لصفيف 10 قطرات nL توج بالنفط يدوياً. ويرد وصف عملية تجريبية كاملة بموجبه كل قطره ثم تحميل مع خلية مفردة، ومن ثم تفكيك والتعبير عن البروتين مصممة مع القرار جزيء واحد استخدام الفحص المجهري TIRF.
1-إعداد
2-تشكيل قطرات عنونة وتحميل مع خلايا مفردة
3-بيانات التحليل
تم تحديد عدد نسخ البروتين القاعدي المطلقة p53 مع القرار خلية مفردة في القولون بشرية سرطان خلية خط، وتكون الخلايا. ونحن تثبت كيف يمكن أن تختلف على عدة أوامر من ضخامة التعبير p53 وتظهر علاقة إيجابية ضعيفة بين عدد نسخ البروتين وحجم الخلايا داخل السكان خلية يكون يستريح.
وتتشكل عنونة الحبرية [ميكروارس] عندما يتم الاستغناء عن مواقع بقعة جسم قطرات مائي وتوج مع النفط. هنا، دعم القطرات مقايسة بروتين p53 حساسة. هي صفت كوفيرسليبس مع بقع جسم القبض استخدام ميكروارايير اتصال ورقم pin. جسم التقاط p53 المضادة مأخوذ من مجموعة اختبار أليسا تجارية. وكانت ظروف الطباعة مثل أن كانت البقع القبض على حوالي 100 ميكرومتر في القطر بالتقاط أقصى سعة 6.2 ± 0.5 × 105 البروتينات كل بقعة. 32
يسمح استخدام المعزل الرهينة إلى ساترة كثافة أعلى من قطرات التي سيتم تشكيلها نظراً لأنه يحد من انتشار بجسم قريب التقاط بقع النفط. في كل بئر المعزل تتشكل قطرات قبل صرفها محلول مائي، الذي هو ثم توج بالنفط لمنع التبخر (الشكل 1A). يمكن الاستغناء عن كمية ضئيلة من النفط كاب الحبرية؛ ومع ذلك، أنها مفيدة الاستغناء عن مبلغ الذي يملأ كل المعزل جيدا تماما مثل من سطح النفط مسطحة للتصوير. عوازل هي أما تجارياً من مصادر أو بواسطة الليزر قطع ألواح اﻷكريليك. عوازل السيليكون هي الآبار قبل قطع متوفرة في مجموعة 4 × 6 (n = 24) ولكن يمكن تعديلها إلى مصفوفة 4 × 11 (ن = 44) استخدام لكمه جلدية خزعة أو ثقب متعددة. الليزر قطع المعزل في الشكل 1B يظهر صفيف من 100 بئر سداسية كل قطره قصوى مم 2.89 وفصل مركز إلى مركز 3.9 ملم وارتفاعه 0.5 مم. قد يتم تخزين القطرات وتبقى مستقرة لفترات طويلة من الوقت (لاحظ مدة تصل إلى 3 أشهر).
قطرات يتم إنشاؤها يدوياً باستخدام جهاز الصنع، الذي يترجم فوهة أنابيب متحدة مركز (الشكل 1)، التي يتم توصيلها إلى مضختين المحاقن (الشكل 1A). فوهة أنابيب متحدة المركز تتكون من السيليكا فوسيد الشعرية، الذي يوزع في مرحلة مائي، تتغذى من خلال مدة قصيرة من أنابيب نظرة خاطفة، الذي يوزع في مرحلة النفط. استخدام مجهر، تتم محاذاة الفوهة إلى بقعة جسم والمضخات أولاً أن تستغني عن محلول مائي متبوعاً مباشرة بالنفط (الشكل 1E، الخطوات 1-4). حالما يتم تشكيل قطرات كافة في ADM، ميكروينجيكتور وميكرومانيبولاتور (انظر الجدول للمواد) تستخدم لتحميل كل قطره مع خلية واحدة (الشكل 1). ميكروبيبيتي أن القبض على خلية من خزان للخلايا والاستغناء عن في أحد الآبار على الرقاقة وتترجم إلى معالجة تجميعية جيدا وثم اختراق النفط عملية النداء الموحد توصيل الخلية إلى الحبرية مائي (الشكل 1، الخطوات من 5-8).
يتم تصويرها قبل تحلل جميع المواقع داخل القطرات وسوف تستخدم لتحديد الدرجة غير محددة ملزمة للبقع (الشكل 2A). يتم تفكيك خلايا مفردة تماما (بما في ذلك نواة) استخدام وسائل بصرية. 31 تحلل البصرية تعتمد على قوة القص فقاعة التجويف المستحثة بنبض الليزر الآخذة في التوسع لتعطيل الخلايا. ويجب بذل العناية أن واجهة الزيت عن الماء لا يكون بانزعاج هذه العمليات التي تحد من طاقات نبض وإيداع الخلايا بعيداً عن الواجهة النفط والمياه. حالما يتم تفكيك الخلايا، الصفيف يتم تصويرها بالفحص المجهري TIRF استخدام مجهر الآلي؛ إطارات تكتسب كل 10 دقيقة و 30 دقيقة وبعد ذلك كل 20 دقيقة لزيادة 60 دقيقة. وشروط، مثل تقارب الأجسام المضادة والبروتين نشرها وحجم التجميعية، وأن الربط التوازن الذي تم التوصل إليه في الحصول على 90 دقيقة. نموذجي وحيد خلية المنسدلة يرد في الشكل 2 ألف.
عملية تحليل الصور لتحديد التهم جزيء واحد يرد تخطيطياً في الشكل 2. صور بقع أما تعتبر غير مزدحمة، حيث تركيز البروتين المستهدف أن هذه الجزيئات واحدة أيضا فصل وتمييزها بسهولة، أو مزدحمة، حيث تركيز البروتين المستهدف هو جزيء أعلى وواحدة من الصور التداخل، وهي لم تعد فردية مميزة. منذ الشخصية الإثارة TIRF غير متساوية، من الأهمية بمكان أن كل ما اكتسبت الصور تكون مسطحة-حقل تصحيح. يتم تطبيق طمس غاوسي إلى إطار غير مزدحمة، الذي يعمل بمثابة عامل تصفية تجانس لإزالة من التفصيل، والضوضاء، وإنتاج صورة مع صورة الشخصية الإثارة TIRF متوسط. يمكن استخدام هذه الصورة المجهزة 'تسوية' الصورة الأصلية. للصور غير مزدحمة، وفيها، حتى في التوازن، وهناك جزيئات مفردة قليلة، قد تتم معالجة إطار لتصحيح نفسها. هذا النهج لا ينطبق على بقعة مزدحمة، حيث تشغل جزيئات مفردة كثيفة الفور، ويتطلب صورة خلفية الحصول عليها للتسوية. إطارات مسطح ثم ثريشولديد لوحدات البكسل بكثافة على الأقل 3 مرات الانحراف المعياري الخلفية بالإضافة إلى قيمته يعني. جزيئات مفردة ثم الكشف عن تلقائياً عن طريق تحديد 4-9 بكسل متفاوت المسافات مع تدوير أكبر من 0.5 باستخدام ميزات "تحليل الجسيمات" من فيجي. من النتائج، قد يكون حساب متوسط كثافة جزيء واحد. يتم استخدامه لتحديد عدد جزيئات مفردة على بقعة مكتظة بقسمة كثافة جسم مجموع بقعة بكثافة متوسط المعروفة من جزيء واحد. هذه الخطوات قد تكون تلقائية استخدام محرر البرامج النصية في فيجي.
يتم تنفيذ سلسلة تركيز لتحديد عدد جزيء واحد في التوازن في القطرات مع تركيزات المعروف من البروتين p53 المؤتلف (الشكل 3A). الشروط أن البقع جسم التقاط التقاط جزء صغير من البروتين الهدف الإجمالي، ما يقرب من 1 في المائة في منطقة الخطي (5-10 108 البروتينات كل قطره R2 = 0.99). مستوى الربط غير محددة في القطرات من جزيئات 60 ± 187. قد يتم تحويل نتائج بولدوونس خلية واحدة ثم تحقيق توزيع عدد نسخ البروتين المطلق كل خلية. يبين الشكل 3B توزيع تعبير البروتين p53 المطلق في واحدة تكون الخلايا باستخدام ADMs. تعبير البروتين P53 في تكون الخلايا، الذي يمكن أن يفترض أن يكون وراثيا متماثلة أو متشابهة جداً، عملية عشوائية. يتم التوزيع غاما-مثل-غير متماثلة والواسطة مع ذيل طويل. ونتيجة لذلك، يعني (1.82 × 106 البروتينات) يمكن أن نبالغ في تقدير وفرة البروتين مشروط (بن 0-5.0 البروتينات5 × 10)، والانحراف المعياري (1.88 البروتينات6 × 10) لا تماما التقاط ملامح التوزيع. هذا التوزيع هو مثال على أهمية القياسات خلية واحدة لالتقاط تباين التعبير البروتين في السكان الخلية، وإلا سيتم فقدان عند حساب متوسط مع القياسات الأكبر. ويمكن قياس معلمات إضافية لكل خلية. هنا، يقدر حجم الخلية بقياس كل قطر الخلية قبل تحلل في الحبرية وافتراض الخلية كروية تقريبا. ويبين الشكل 3 مقارنة لعدد النسخ المطلق البروتين p53 في واحدة وتكون الخلايا كدالة لحجم الخلية. وهناك ميل لخلايا أكبر عدد نسخ p53 مجموع أعلى. من المثير للاهتمام، فمن الممكن من التوزيع أن هناك تنسيق بين التعبير p53 وحجم الخلية حيث يبدو أن هناك عدة نسخ p53 الحد أدنى كل خلية؛ إلا أن الآليات التي تنشأ وهذا يتطلب المزيد من التحقيق.

رقم 1: جهاز ميكرواري الحبرية عنونة ورقاقة. () قطرات يتم الاستغناء عن يدوياً باستخدام مناور 3-محور لترجمة فوهة أنابيب متحدة مركز. يتم الاستغناء عن الحبرية مائي في مواقع محددة في ميكرواري جسم متبوعاً بوضع سقف للنفط. (ب) المعزل تمكن كثافة أعلى من قطرات عنونة على الركيزة بالحد من انتشار النفط. ويمكن إنتاج عوازل بالليزر قطع ألواح اﻷكريليك 0.5 مم. للمساعدة في تصور القطرات، الأزرق وتودع الغذاء تلوين صبغ استخدام الجهاز في). تغيير حجم شريط 10 مم، مقياس اقحم شريط 1 مم-(ج) فوهة أنابيب متحدة المركز يسمح قطرات سعته التي سيتم تشكيلها، تجميعها كما في الخطوة 1، 2 من البروتوكول. (د) ميكروينجيكتور وميكرومانيبولاتور تستخدم لعزل الخلايا إلى قطرات عنونة فردية، أعد كما في الخطوة 1، 3 من البروتوكول. (ه) ويبين الخطوات الرئيسية عملية إنشاء وتحميل قطرات عنونة. بقعة جسم يقع استخدام مرحلة ترجمة مرمز (1) حيث يتم محاذاة غيض الأنابيب الشعرية (2) ويتم الاستغناء عن مائي (3) ثم النفط (4) المكونات. الخلايا المفردة قد تكون محملة باستخدام زجاج ميكروكابيلاري (5-8)، التي يمكن معالجة الحبرية مائي (7) مرارا وتكرارا وإيداع خلية (8). تغيير حجم أشرطة 100 ميكرومتر. السهم الأحمر في (5) و (8) يسلط الضوء على خلية مفردة معزولة واقحم (8) يوضح خلية مفردة معزولة في تضخم عالية (مقياس بار 10 ميكرومتر). تم تعديل أجزاء من هذا الشكل من مرجع12، أعيد نشرها بإذن من "المجتمع الملكي للكيمياء". الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-

رقم 2: صورة خطوات التحليل. دورياً كل بقعة في الصفيف هو تصويرها بالمجهر TIRF حتى يتم التوصل إلى توازن (طنمكافئ) (90 دقيقة للمقايسة p53). يعتمد الوقت التوازن على تي في الحل، فضلا عن الصلات لزوج الأجسام المضادة للبروتين المستهدفة. أ) مثال جزيء واحد TIRF المجهري صور الخلفية، فضلا عن مثال وحيد خلية المنسدلة (مقياس أشرطة 20 ميكرومتر). تظهر الصورة اقحم تضخيم جزء من صورة الخلفية مع بعض جزيئات واحد أبرز الأسهم الحمراء (مقياس بار 5 ميكرومترات). ب) الخطوط العريضة لتحليل الصور المفصلة في الخطوة 3 من البروتوكول. بإيجاز، هناك نظامين واسعة حيث يمكن اعتبار البقع الجزيئات غير مزدحمة، وواحدة متفرقة، والمزدحمة، حيث كثافة الجزيئات واحد أن هناك تداخل كبير، وربما لم يعد يمكن التعرف عليها منفردة. خطوة حاسمة في تحليل الصور هو ميدان التسوية لإزالة تأثير الشخصية الكثافة غير موحدة من الليزر الإثارة. في نظام العد الرقمي، يتم تحديد الجزيئات واحدة مباشرة، استناداً إلى المعلمات كثافة والشكل. في التناظرية عد النظام، يحسب عدد الجزيئات واحدة بقياس كثافة بقعة المجموع في التوازن وقسمة متوسط كثافة جزيء واحد، مما هو معروف من أن نظام عد الأصوات الرقمية. قد تكون خطوات تلقائية مستقيم في إيماجيج لتحليل البيانات. يظهر أسفل لوحة تسلسل الصور تراكم البروتين المستهدف في القبض على جسم بقعة؛ في البداية، ليست البقع المزدحمة (تي1) بينما كما يتراكم البروتين المستهدف على الفور جسم، الجزيئات واحدة يمكن أن يزداد ازدحاما (تين) حتى يتم التوصل إلى توازن (طنمكافئ). علما بأن ما إذا كنت بقعة ما زال غير مزدحمة أو يصبح مزدحمة يعتمد على عدد من العوامل، وبخاصة وفرة البروتين المستهدف في تحليل وحدة التخزين. الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-

الشكل 3: واحدة بيانات الخلية. ويتحقق القياس الكمي المطلق استخدام منحنى معايرة. () واحدة تهم جزيء يتم إجراؤها باستخدام تركيزات المعروف من البروتين المؤتلف. هذا هو منحنى معايرة ويستخدم لتحويل جزيء واحد تحسب في كل بقعة لعدد من البروتينات المستهدفة في وحدة التحليل وواحد وبالتالي عدد نسخ الخلايا. خط متقطع أحمر أفقي يشير إلى مستوى الربط غير محددة من الجزيئات 60 ± 187. أشرطة الخطأ تدير واحدة من الانحراف المعياري لمتوسط 3 التجريبية. خط متقطع يمثل الكشف عن 100 ٪ من البروتين. (ب) توزيع p53 القاعدية خلية مفردة التعبير البروتين في الخلايا السرطانية وتكون يرد عرض توزيع غاما تشبه الذيل طويلة حيث التعبير البروتين p53 في بعض الخلايا أعلى بكثير من القيمة الشكلية. (ج) مبعثر مؤامرة من البروتين p53 نسخ عدد كل خلية كدالة لحجم الخلية التي تظهر كيف يختلف التعبير البروتين كدالة لحجم الخلية. وقد تم تعديل من 12 أجزاء من هذا الرقم وتتكرر مع إذن. الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-
الكتاب ليس لها علاقة بالكشف عن.
نقدم هنا الحبرية عنونة [ميكروارس] (ADMs)، أسلوب صفيف على أساس الحبرية قادراً على تحديد وفرة البروتين المطلق في الخلايا المفردة. علينا أن نظهر قدرة ADMs على تميز عدم التجانس في التعبير عن p53 البروتين القامع الورم في خط خلية سرطان بشرية.
ASR تصميم التجارب ووضع البروتوكولات وتحليل البيانات. اتفاقية استكهولم و PS أجرى تجارب حجم الخلية. العصر وقائد كتب المخطوطة. الكتاب يرغب في الاعتراف بامتنان الدعم من البروفيسور ديفيد ر. كلوغ لتوفير إمكانية الحصول على المعدات. المؤلفون أن أتقدم بالشكر "هاكسبيس متقدمة كلية إمبيريال" للوصول إلى مرافق النماذج وتلفيق.
| <قوي > مزرعة خلية < / قوي > | |||
| محلول ملحي مخزن بالفوسفات (PBS) | Life Technologies | 10010015 | |
| DMEM مصل بقري الجنين عالي الجلوكوز | سيجما | D6429 | |
| (FBS)قوارير | زراعة الخلاياBiochrom | S0115 | |
| Corning | SIAL0639 | ||
| Trypsin / EDTA | Biochrom | L2153 | |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Microarray | |||
| Microcontact Arrayer | DigiLab, المملكة المتحدة | OmniGrid Micro | |
| دبوس | مصفوفة الاتصالات, الولايات المتحدة الأمريكية | 946MP2 | |
| أغطية (Nexterion) | شوت ، أوروبا | 1098523 | الحجم (مم): 65.0 × 25.0 ؛ سمك (مم) 0.17 |
| p53 التقاط الجسم المضاد | Enzo | ADI-960-070 | |
| p53 للكشف عن الجسم المضاد ، Alexa Fluor 488 المسمى | سانتا كروز | sc-126 | تركيز الأسهم 200 & mu ؛ جم / مل |
| عازلة سترات المحلول الملحي والصوديوم | Gibco | 15557-044 | |
| Betaine | Sigma | 61962 | |
| كبريتات دوديسيل الصوديوم | Sigma | L3771 | |
| 384 لوحة بئر (حجم منخفض) | Sigma | CLS4511 | |
| أسطوانة غاز النيتروجين | BOC | الصف الصناعي ، خالية من | الأكسجين |
| < قوية > الاسم < / قوي> | <قوي>الشركة | رقم الكتالوج | تعليقات |
| Droplets | |||
| Micromanipulator | Eppendorf | Patchman NP2 | |
| حاقن دقيق يدوي | Eppendorf | CellTram Vario | |
| Micropipette | Origio, Denmark | مضخات حقنة MBB-FP-L-0 | |
| KD Scientific | KDS-210 | ||
| 100 & L حقنة | هاميلتون | 81020 | غاز ضيق ، PTFE قفل لور |
| 1 مل حقنة | هاميلتون | 81327 | غاز محكم ، PTFE قفل لور |
| عازل سيليكون | Grace Bio-Labs | JTR24R-A-0.5 | 6x4 جيدا عازل سيليكون مع |
| قاطع ليزر | لاصقVersaLASE | VLS2.30 CO2 ليزر 3 واط | للقطع بالليزر للعوازل المخصصة |
| لوح | أكريليك بسمك 1 ممWeatherall-UK | Clarex Precision Sheet 001 | للقطع بالليزر للعوازل المخصصة |
| ورقة لاصقة | 3M | تستخدم للالتصاق بالعوازل المخصصة على أغطية microarray Super | |
| Glue | Loctite | LOCPFG3T | |
| 150 & mu ؛ م معرف / 360 & م أنابيب السيليكا المنصهرة OD | IDEX | FS-115 | |
| 1.0 مم ID / 1/16 " أنابيب OD PFA | IDEX | 1503 | |
| 0.014 " رقم التعريف / 0.062 " OD PTFE أنابيب | Kinesis | 008T16-100 | |
| 1.0 مم معرف / 2.0 مم OD FEP أنابيب | IDEX | 1673 | |
| زلال مصل الأبقار (BSA) | فيشر BP9700100 | ||
| الزيوت المعدنية | فيشر العلمي سيجما | M5904 | |
| المياه فائقة النقاء | ميليبور ، ألمانيا | MilliQ | |
| Name< / strong> | الشركة | رقم الكتالوج | تعليقات |
| المجهر & مجهر البصريات < / قوي > | |||
| TIRF مع مرحلة XY | المشفرة نيكون ، اليابان | نيكون Ti-E | |
| EM-CCD | Andor Technologies ، أيرلندا | IXON DU-897E | |
| مصدر الإثارة بالليزر | Vortran ، الولايات المتحدة الأمريكية | Stradus 488-50 | |
| مصدر ليزر التحلل البصري | Continuum ، الولايات المتحدة الأمريكية | Surelite SLI-10 | |
| المجهر مكعب تصفية ل TIRF | Chroma ، الولايات المتحدة الأمريكية | z488bp | |
| مكعب مرشح مجهر ليزر التحلل البصري | 2000 ، المملكة المتحدة | LPD01-532R-25 | |
| Name< / strong> | Company< / strong> | Catalog Number | Comments |
| Software | |||
| برنامج تحليل الصور | مفتوحالمصدر | في فيجي | |
| Matlab | Mathworks | الإصدار 7.14 أو أعلى | برنامج تحليل الصور |