Method Article

المبادئ التوجيهية وتجربة استخدام التصوير مستكشف العلامات البيولوجية (الوعل) لراديوميكس

DOI:

10.3791/57132

⸱

January 8th, 2018

 ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Radiation Physics, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, 2UTHealth Graduate School of Biomedical Sciences, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, 3Department of Imaging Physics, The University of Texas MD Anderson Cancer Center

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يصف لنا IBEX، أداة مفتوحة المصدر مصممة للدراسات راديوميكس التصوير الطبي، وكيفية استخدام هذه الأداة. وبالإضافة إلى ذلك، التي عرضت بعض الأعمال المنشورة التي استخدمت IBEX تحليل عدم اليقين ونموذج بناء.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

التصوير مستكشف العلامات البيولوجية (الوعل) أداة مفتوحة المصدر للعمل راديوميكس التصوير الطبي. والغرض من هذه الورقة وصف كيفية استخدام IBEX في واجهة المستخدم الرسومية (GUI) وتبين كيفية حساب IBEX الميزات التي استخدمت في الدراسات السريرية. IBEX يسمح باستيراد صور DICOM مع قمة أو ملفات بنية العلاج بالإشعاع DICOM. حالما يتم استيراد الصور، قد IBEX أدوات داخل "واجهة المستخدم الرسومية اختيار البيانات" التعامل مع عرض الصور، وتدبير فوكسل القيم والمسافات، وإنشاء وتحرير معالم. ويأتي IBEX 27 خيارات ميزة 132 وتجهيزها لتصميم مجموعات ميزة. وقد كل فئة تجهيزها وميزة المعلمات التي يمكن تعديلها. الإخراج من الوعل هو جدول بيانات الذي يحتوي على: 1) لكل ميزة من مجموعة المحسوبة لكل كفاف في مجموعة البيانات، ومعلومات 2) صورة عن كل كفاف في مجموعة من البيانات، و 3) ملخصاً لتجهيزها ميزة والميزات المستخدمة مع تلك المحددة معلمات. ميزات تحسب من الوعل قد استخدمت في دراسات لاختبار مدى تغير ملامح ظروف التصوير المختلفة وفي نماذج البقاء على قيد الحياة لتحسين النماذج السريرية الحالية.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

في الطب، ويتضمن تشخيص مرض المريض عادة عدد كبير من الاختبارات التشخيصية مثل الأشعة السينية والموجات فوق الصوتية والتصوير المقطعي (CT) والرنين المغناطيسي التصوير (التصوير بالرنين المغناطيسي)، والتصوير المقطعي بالبوزيترون (PET) بمسح للمساعدة في تحديد دورة للعناية بالمرضى. في حين استخدم الأطباء هذه الصور لتقييم نوعية التشخيص للمريض، قد يكون هناك المزيد من الميزات الكمية التي يمكن استخراجها لتوجيه العناية بالمرضى. والأساس المنطقي أن هذه الميزات قد تمثل البروتين والجينوم أنماط أعرب على المقياس عيانية1. الجمع بين هذه المعلومات الكمية مع المعلومات السريرية الحالية، مثلاً، والتركيبة السكانية المريض، قد تسمح أكثر فردية من رعاية المرضى. هذه هي ال....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1-تثبيت الوعل

ملاحظة: لتثبيت نسخة التعليمات برمجية مصدر انتقل إلى الخطوة 1، 1. وبدلاً من ذلك، لتثبيت إصدار مستقل انتقل إلى الخطوة 1، 2.

  1. إصدار التعليمات البرمجية المصدر
    1. انتقل إلى موقع على شبكة الإنترنت نسخة التعليمات البرمجية المصدر IBEX3. تحميل ملفات "IBEX_Source.zip" و "How_to_use.pdf". ابحث في الملف "How_to_use.pdf" للعثور الشروط المسبقة لاستخدام أحدث إصدار الوعل.
      ملاحظة: الوعل يعمل فقط على 32 بت و 64 بت إصدارات Matlab 2011a و 2014b، على التوالي.
    2. بمجرد اكتمال التحميل، فك "IBEX_Source.zip" وإضافة المجلد \IBEX_Source إلى مسار محلي.
      ملاحظة: يمكن الاطلاع على إرشادا....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

الإخراج من الوعل جدول بيانات (انظر الشكل 4) الذي يحتوي على علامات التبويب 3. علامة التبويب "نتائج" يحتوي على قيم السمة لكل عائد الاستثمار في مجموعة البيانات (الشكل 4أ). علامة التبويب "بيانات المعلومات." يحتوي على معلومات حول الصور المأخوذة من كل عائد الاستثمار في مجموعة البيانات (الشكل 4ب). علامة التبويب "ميزة المعلومات." يحتوي على قائمة شاملة من الميزات المستخدمة مع.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

IBEX أداة قوية للبحث راديوميكس التصوير الطبي. حتى الآن معظمها تم استخدامه لأغراض علم الأورام الإشعاعي في الدراسات التي أجرتها مجموعة راديوميكس MD أندرسون. IBEX يسمح بالتلاعب في رويس وحساب ميزات ضمن 5 فئات الميزات الرئيسية. إصدار التعليمات البرمجية المصدر IBEX يسمح للمستخدم بتصميم التطبيقات التي ليست جزءا من الوعل، مثل ميزات مصفوفة المنطقة مستوى رمادي.

هي الخطوات الرئيسية التي تنطوي عليها IBEX استيراد الصور، نحت من رويس، اختيار رويس لمجموعة من البيانات، وإنشاء مجموعة ميزة. ملامح دقيقة ضرورية كم.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

الكتاب قد لا يوجد تضارب المصالح المالية الكشف عن.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

وتمول ألمانيا راشيل روزالي باء Hite زمالة الدراسات العليا والزمالات مساعدة الفيلق الأمريكي. وقد مولت "كارلوس كارديناس" الزمالة جورج م. ستانسيل درجة الدكتوراه في "العلوم الطبية الحيوية". ومولت تطوير IBEX لجنة التحقيق الوطنية (R03 CA178495).

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
ExcelMicrosoft Officeيجب أن يعمل أي إصدار من Excel.
يستخدم MatlabMathWorksIBEX فقط على 32 بت Matlab 2011a أو 64 بت Matlab 2014b.

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Lambin, P., et al. Radiomics: extracting more information from medical images using advanced feature analysis. EJC. 48, 441-446 (2012).
  2. Zhang, L., et al. IBEX: an open infrastructure software platform to facilitate collaborati....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Imaging Biomarker ExplorerIBEX SoftwareRadiomics Feature ExtractionDICOM Image ImportPreprocessing ParametersFeature Set CreationGray Level Co occurrenceNeighborhood Intensity DifferenceVoxel Value MeasurementContour Editing Tools

Related Articles