وهدف البروتوكول المعروضة هنا دراسة استجابة ترانسكريبتوميك اندوسفيري-المعزولة Bacillus ميكويديس للإفرازات الجذرية البطاطا. هذا الأسلوب يسهل تحديد الجينات البكتيرية الهامة المشاركة في التفاعلات بين الميكروبات والنبات وهو مبدأ ينطبق على اندوفيتيس والنباتات، مع إدخال بعض التعديلات الطفيفة الأخرى.
يتطلب اشتراك JoVE لعرض هذا المحتوى. تسجيل الدخول أو ابدأ نسخة تجريبية مجانية
مقالة منهجية
الميكروبات والنباتات التفاعل: استجابة النسخي Bacillus ميكويديس للإفرازات الجذرية البطاطا
في هذه المقالة
ملخص
الملخص
البكتيريا المفيدة المرتبطة بالنباتات تلعب دوراً هاما في تعزيز النمو والوقاية من الأمراض في النباتات. تطبيق رهيزوباكتيريا تشجيع نمو النبات (PGPR) كوكلاء الأسمدة أو عشب أصبح بديل فعال لاستخدام الأسمدة التقليدية ويمكن زيادة إنتاجية المحاصيل بتكاليف منخفضة. التفاعلات بين الميكروبات والنبات تعتمد على إشارات يفرز النبات المضيف، ورد الممتلكات من البكتيريا المقترنة بها. بيد أن الآليات الجزيئية للبكتيريا المفيدة كيف تستجيب ليرتبط المشتقة من النباتات إشارات غير مفهومة تماما. تقييم استجابة ترانسكريبتوميك البكتيريا للإفرازات الجذرية نهج قوية لتحديد الجينات البكتيرية وتنظيم ظروف رهيزوسفيريك. هذه المعرفة أمر ضروري لفهم الآليات الكامنة التي تشارك في التفاعلات بين الميكروبات والنبات. وتصف هذه الورقة بروتوكول مفصل لدراسة رد ترانسكريبتوميك ميكويديس EC18، سلالة معزولة من اندوسفيري البطاطا، للإفرازات الجذرية البطاطا. مع مساعدة التكنولوجيا التسلسل الفائق الأخيرة، يمكن تنفيذ هذا البروتوكول في عدة أسابيع وإنتاج مجموعات ضخمة. أولاً، نقوم بجمع الإفرازات الجذرية تحت ظروف معقمة، بعد التي يتم إضافتها إلى الثقافات mycoides باء . الجيش الملكي النيبالي من هذه الثقافات معزولة باستخدام أسلوب فينول/كلوروفورم جنبا إلى جنب مع مجموعة تجارية وتخضع لمراقبة الجودة بصك التفريد الآلي. بعد التسلسل، هو إجراء تحليل البيانات مع أنبوب تي ركس المستندة إلى ويب وهو تحديد مجموعة من الجينات الأثران المعرب عنها. هذا الأسلوب أداة مفيدة لتسهيل الاكتشافات الجديدة في الجينات البكتيرية المشتركة في التفاعلات بين الميكروبات والنبات.
المقدمة
النباتات قد نضحة تصل إلى 20 في المائة الكربون ثابتة خلال عملية التمثيل الضوئي من خلال الجذور rhizosphere1، أي، منطقة ضيقة من التربة قرب الجذور. نظراً لتوافر المغذيات أعلى، rhizosphere كموئل مناسب للكائنات الدقيقة المتنوعة، بما في ذلك البكتيريا تشجيع نمو النباتات. نتحات الجذر يحتوي على مجموعة من المركبات غير العضوية مثل الأيونات والأحماض غير العضوية والأكسجين والماء. ومع ذلك، معظم الإفرازات الجذرية شكلتها المواد العضوية، والتي يمكن تقسيمها إلى مركبات الوزن الجزيئي المنخفض وارتفاع الوزن الجزيئي المركبات. وتشمل المركبات منخفضة الوزن الجزيئي الأحماض الأمينية والأحماض العضوية والسكريات، والمركبات الفينولية، والأحماض الدهنية ومجموعة واسعة من نواتج الأيض الثانوية. تتكون مركبات عالية الوزن الجزيئي من الصمغ والبروتينات2،3. يمكن استخدام الكائنات المجهرية رهيزوسفيري بعض من هذه المركبات كمصدر للطاقة للنمو والتنمية. الإفرازات الجذرية تلعب دوراً هاما في تشكيل المجتمع رهيزوباكتيريال نظراً للمركبات المنتجة في مصنع في الإفرازات يمكن التأثير على سلوك البكتيريا rhizosphere المرتبطة بالتأثير على الجينات المحددة.
فهم رد بكتيرية على الإفرازات الجذرية خطوة رئيسية في فك رموز آليات التفاعل الميكروبات والنباتات. كما رد البكتيرية للتفاعلات بين الميكروبات والنبات هو نتاج التعبير الجيني التفاضلي، فإنه يمكن دراستها بتحليل الترنسكربيتوم. باستخدام هذا الأسلوب، دراسات سابقة حددت عدة جينات هامة تشارك في التفاعلات بين الميكروبات والنبات. في الزائفة الزّنجاريّة، عرضت الجينات المشتركة في الأيض وانزيمية، والنوع الثاني إفراز الاستجابة بنجر السكر الجذرية نتحات4. مروحة وآخرون. 5 دراسة التنميط ترانسكريبتوميك من FZB42 أميلوليقويفاسينس (ب) استجابة للإفرازات جذر الذرة. وتظهر نتائجها، عدة مجموعات من الجينات بشدة فعل الإفرازات الجذرية، تشارك في الأيضية المتصلة باستخدام المغذيات وانزيمية وحركية والتوليف غير ريبوسومال الببتيدات المضادة للميكروبات و polyketides.
تعتمد دقة هذه الدراسات على جمع الإفرازات الجذرية. على الرغم من أن وصف عدة طرق جمع الإفرازات الجذرية لأغراض مختلفة، أنها تتطلب أدوات متطورة أو لا تتم في ظروف خاضعة للرقابة جيدا6،،من78. وعلاوة على ذلك، يمكن أن تؤثر الكائنات المجهرية التي تحول دون رهيزوسفيري تكوين الإفرازات الجذرية التي تؤثر على نفاذية غشاء الخلية النباتية وإلحاق الضرر بأنسجة الجذر، لا سيما في حالة اتحادات للكائنات الحية الدقيقة9. عند التحقيق في الاستجابة للميكروبات للإفرازات الجذرية، من المهم استخدام شروط محددة تحديداً جيدا تفاديا لتغيير المركبات بسائر الكائنات الحية الدقيقة10. وعلاوة على ذلك، مطلوب رنا عالية الجودة لتسلسل الحمض النووي الريبي على أساس دراسات الترنسكربيتوم. ومع ذلك، عند التعامل مع السلالات البكتيرية النموذجية غير، البروتوكولات القياسية أو مجموعات تجارية وعادة ما يكون كفاءة منخفضة بسبب عوامل غير معروفة أو خصائص النمو الخاصة.
تم التحقق من البروتوكول بوصفها هنا باستخدام ميكويديس (ب)، وبكتيريا إيجابية، وتشكيل بوغ من الأسرة في اللغات فيرميكوتي. وموجود في كل مكان في رهيزوسفيري من مختلف الأنواع النباتية. قد تم الإبلاغ عن عدة خصائص تشجيع نمو النبات لهذه الأنواع، بما في ذلك تحريض منهجي المقاومة (ISR) في بنجر السكر11، تثبيط التخميد قبالة الممرض بيثيوم لخيار12، فضلا عن النتروجين التثبيت في عباد الشمس رهيزوسفيري13. ومع ذلك، الآليات الجزيئية لتفاعلها مع مصنع لمضيف لم تدرس جيدا.
والهدف من هذه التجارب المقدمة هنا دراسة استجابة ترانسكريبتوميك اندوسفيري-المعزولة ميكويديس باء- للإفرازات الجذرية البطاطا. وباختصار، البروتوكول يتكون من الخطوات التالية: أولاً، جمع الإفرازات الجذرية البطاطس تحت ظروف معقمة. بعد ذلك، استخراج الحمض النووي الريبي عالية الجودة من الخلايا البكتيرية تعامل مع الإفرازات الجذرية. والخطوة الأخيرة تحليل البيانات باستخدام خط أنابيب تي ركس المستندة إلى ويب14. هذا البروتوكول المستخدم لتحديد الجينات ميكويديس (ب) أن تظهر تحولاً في مستويات التعبير عند ملامسة الإفرازات الجذرية، وهكذا قد تلعب دوراً هاما في التفاعلات بين الميكروبات والنبات.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
البروتوكول
1-الإنبات البطاطا في ظروف معقمة
- أشطف السطح البطاطس مع الماء المعقم. يستحم البطاطا في الإيثانول 70%، ومن ثم في تحت كلوريت الصوديوم 3%، لمدة 5 دقائق. يشطف مرة أخرى بالماء المعقم لإزالة أي تحت كلوريت الصوديوم المتبقية.
- إعداد المواد اللازمة للإنبات ونمو درنات البطاطا؛ تعقيم الأواني البلاستيكية، سلال engraftment، الفيرميكوليت، والمياه بالتعقيم لهم في 121 درجة مئوية لمدة 20 دقيقة.
ملاحظة: تأكد من أن جميع المواد المستخدمة أوتوكلافابل. وبخلاف ذلك، استخدام طرق التعقيم الأخرى. - وضع البطاطا تعقيم سطح في سلة انجرافتمينت، وهذا في وعاء يعقم المحتوية على الفيرميكوليت الرطب.
- الاحتفاظ الوعاء في دائرة مناخ في 24 درجة مئوية لمدة ثلاثة أسابيع. وضعه على دورات 16 ساعة من الضوء (120 µmol m-2s-1) و 8 ح الظلام. لتجنب التلوث الميكروبي، استخدم مربع ألياف زجاجية كبيرة لتغطية الوعاء.
2-جمع نتحات جذر البطاطا
- عندما تنبت البراعم ونقل تملأ السلة مع البطاطا كله في كوب معقم مع 150 مل من يعقم المياه، مع البطاطا الدرنات توضع فوق سطح الماء والجذور المغمورة في الماء (انظر الشكل 1). الاحتفاظ الشتلات في دائرة المناخ، واستخدام نفس الإعدادات كما كانت من قبل [24 درجة مئوية؛ ودورات 16 ساعة من الضوء (120 µmol m-2s-1)، ح 8 من الظلام].
- من اليوم الثاني في جمع المياه التي تحتوي على الإفرازات، وإعادة ملء كوب ماء منزوع العقيمة. القيام بأخذ عينات كل يوم حتى اليوم السابع بعد نقل الشتلات.
- تخزين كل عينة على حدة عند 4 درجة مئوية. لكل عينة، انتشر 100 ميليلتر في لوريا-بيرتاني (رطل؛ تريبتوني 1%، استخراج الخميرة 0.5%، 0.5% كلوريد الصوديوم) طبق أجار للتحقق من التلوث الميكروبي. تجاهل هذه العينات الملوثة.
- الجمع بين العينات التي تم جمعها من الشتلات واحدة، والتركيز عليها بالتجميد لهم في-40 درجة مئوية إلى وحدة تخزين نهائي من 150 مل.
3-زراعة البكتيريا
- متتالية سلالة mycoides باء من مخزون والغليسيرول-80 درجة مئوية على صفيحة أجار رطل، واحتضان لوحة عند 30 درجة مئوية بين عشية وضحاها.
- تطعيم وسيلة سائل رطل مع مستعمرة واحدة من اللوحة، وتنمو الثقافة في حاضنة تهز 200 لفة في الدقيقة بين عشية وضحاها في 30 درجة مئوية.
4-العلاج وأخذ عينات من البكتيريا
- لمقارنة منحنى نمو البكتيريا تعامل مع الإفرازات الجذرية لعنصر تحكم سلبية، إعداد مجموعة من قوارير تحتوي على 50 مل من رطل السائلة المتوسطة. إضافة 0.5 مل ثقافة البكتيرية بين عشية وضحاها إلى جميع قوارير، وإضافة 0%، 5%، 10%، أو الإفرازات الجذرية 15% (v/v) أو تعقيم المياه للمتوسط، على التوالي.
- استخدام ثقافة مع المياه بدلاً من الإفرازات الجذرية كعنصر تحكم. قياس الكثافة البصرية 600 نانومتر (OD600) كل ح 1 بعد ذلك. إنشاء منحنى نمو برسم القيم600 OD مقابل الوقت.
ملاحظة: لقد رأينا أن 10% الإفرازات الجذرية لم تؤثر على نمو ميكويديس (ب) (انظر الشكل 2)؛ واستخدمت هذه النسبة لتجارب تسلسل الحمض النووي الريبي. - تمييع ثقافة ميكويديس باء- بين عشية وضحاها مع 90 مل المعالجون مسبقاً رطل المتوسطة والتطوير التنظيمي الأولى600 من ~ 0.05 في قارورة 300 مل. أضف 10 مل الإفرازات الجذرية للثقافة واحتضان أنه عند 30 درجة مئوية ح 1.
- تستخدم لعلاج مياه معقمة 10 مل كعنصر تحكم. جمع الخلايا من الثقافة بالطرد المركزي في 9,000 س ز 2 دقيقة في 4 درجات مئوية. تجاهل المادة طافية، وفورا تجميد بيليه في النتروجين السائل، ثم احفظها في-80 درجة مئوية حتى الاستخدام.
5. عزل الحمض النووي الريبي
ملاحظة: قبل البدء العزل، إعداد منضدة ورفوف والماصات عن طريق تنظيف لهم مع حلاً تطهير رناسي (انظر الجدول للمواد). ارتداء القفازات في كل وقت، وتأكد من أن جميع الأنابيب ونصائح وحلول يتم رناسي مجاناً. دائماً تبقى العينات على الجليد عندما يكون ذلك ممكناً.
- إضافة 0.1% (v/v) من ثنائي إثيل بيروكاربوناتي (ديبك) إلى الماء عالي النقاوة (100 ميليلتر من ديبك كل حل 100 مل) ومزجها جيدا، والاحتفاظ بها في درجة حرارة الغرفة بين عشية وضحاها. اﻷوتوكﻻف المخلوط لإلغاء تنشيط ديبك بعد العلاج بين عشية وضحاها. استخدم هذا الماء عالي النقاوة معاملة ديبك لإعداد المخزن المؤقت TE [10 ملم تريس-HCl (pH = 8)؛ 1 مم يدتا] وحل الحزب الديمقراطي الصربي (w/v) 10%.
- ذوبان الجليد الكريات الخلية على الجليد وتعليق بعضها في 400 ميليلتر من المخزن المؤقت "الشركة المصرية للاتصالات" (ديبك). تحويل التعليق إلى أنابيب ملولبة 2 مل.
- بريمكس 300 ميليلتر من الكحول كلوروفورم-إيسواميل (24:1 v/v) و 300 ميليلتر من الفينول (حمض الفينول، والجيش الملكي النيبالي الصف)، والسماح الخليط الوقوف لمدة 5 دقائق. تأخذ 500 ميليلتر للمرحلة العليا العضوية إضافة إلى الخلايا ريسوسبينديد. قم بإضافة 50 ميليلتر من الحزب الديمقراطي الصربي 10% وز 0.5 من الزجاج الخرز (0.5 ميكرومتر) في الأنبوب.
- قم بإغلاق الغطاء بقوة ووضع الأنبوب في الخالطون طاحونة حبة (انظر الجدول للمواد). القيام تجانس نبض s 3 × 45 مع فاصل زمني 1 دقيقة على الجليد.
- الطرد المركزي العينات لمدة 10 دقائق في س 11,000 ز (4 درجة مئوية)، ونقل في المرحلة العليا لأنبوب جديد.
- إضافة 500 ميليلتر من الكحول كلوروفورم-إيسواميل (24:1) إلى المرحلة العليا من الخطوة 5.5 والطرد المركزي المخلوط لمدة 5 دقائق في 11,000 س ز (4 درجات مئوية).
ملاحظة: الخطوات التالية تم تعديلها من تعليمات الشركة المصنعة لعزل الحمض النووي الريبي المستندة إلى عامل التصفية الزجاج التجارية الألياف كيت (انظر الجدول للمواد). - نقل 500 ميليلتر للمرحلة العليا لأنبوب جديد وإضافة وحدات التخزين 2 (1 مل) من المخزن المؤقت تحلل/ملزمة وأنها مزيج من بيبيتينج صعودا وهبوطاً.
- الجمع بين أنابيب التصفية وجمع (من عدة عزل الحمض النووي الريبي) و "الماصة؛" الخليط من الخطوة 5.7 إلى أنبوب تصفية. الطرد المركزي هذه الأنابيب لمدة 15 ثانية بواقع 000 8 × ز وتجاهل التدفق من خلال.
- إعداد 1.5 مل أنابيب ميكروسينتريفوجي مع 100 ميليلتر من الدناز المخزن المؤقت، 10 ميليلتر من الدناز الأول، و 5 ميليلتر للمانع رناسي (انظر الجدول للمواد). إضافة مزيج استعداد الحل في عامل تصفية أنبوب تصفية، واحتضان أنه لمدة 20-30 دقيقة في 15-25 درجة مئوية.
- نفذ الخطوات الغسيل طبقاً لإرشادات الشركة المصنعة. استخدام 50 ميليلتر من مخزن مؤقت شطف الوتي الجيش الملكي النيبالي.
- حفظ التيد الجيش الملكي النيبالي في-80 درجة مئوية، ووضعت فيلما بارافين بلاستيك حوله. في الوقت نفسه، نقل ميكروليتيرس عدد قليل من العينة إلى أنبوب ميكروسينتريفوجي 1.5 مل لإجراء فحص جودة.
6-فحص الجودة الجيش الملكي النيبالي والتسلسل
- راجع الجيش الملكي النيبالي جهاز المطياف الضوئي ميكروفولومي.
ملاحظة: يجب أن تكون نسب امتصاص في 260/280 أعلاه 1.8، وينبغي أن تكون النسب في 260/230 أعلاه على الأقل 1.8، يفضل أن تكون فوق 2.0. - تشغيل مجموعة الجيش الملكي النيبالي المنقاة في صك التفريد مؤتمتة باستخدام تحليل الحمض النووي الريبي التوصية (انظر الجدول للمواد)؛ يجب أن يكون عدد سلامة الحمض النووي الريبي (رين) على الأقل فوق 7 المضي قدما.
- استخدم مبلغ إجمالي قدرة 3 ميكروغرام من الحمض النووي الريبي كل عينة لإنشاء مكتبات إعداد مكتبة تسلسل الحمض النووي الريبي كيت (انظر الجدول للمواد) عقب توصيات الشركة المصنعة.
ملاحظة: الإعداد مكتبة كانت متسلسلة على منصة تسلسل الفائق ويقرأ إقران نهاية تم إنشاؤها.
7-بيانات التحليل باستخدام خط أنابيب المستندة إلى ويب تي-ريكس
- إجراء تصفية الجودة استخدام الإصدار 0.0.13 فاستكس-مجموعة الأدوات (Phred نوعية عشرات > 20). تقليم على ما يلي تسلسل الحمض النووي الريبي الخام من تسلسل محول باستخدام أداة تريموماتيك.
ملاحظة: جميع التحليلات المتلقين للمعلومات التي استندت إلى بيانات نظيفة ذات جودة عالية. - تحميل قاعدة بيانات الجينوم ATCC 6462 نكبي mycoides باء (نكبي الانضمام رقم: CP009692.1) واستخدامها بوصفها جينوم مرجع لرسم الخرائط على ما يلي نظيفة باستخدام Bowtie2/2.2.3.
- استخدام هتسيق v0.6.1 عد الأرقام ما يلي: تعيين لكل الجينات ويقرأ كل كيلوبس للنسخة الواحدة مليون المعينة ما يلي (ربكم) لكل الجينات استناداً إلى طول مدة العد الجينات، وفيما يلي نص معين لهذا الجين.
- لتحليل البيانات بخط الأنابيب تي ركس، استخدم الجدول ربكم كمدخلات، فضلا عن ثلاثة ملفات وصفية: (ط) ملف عوامل لوصف التجربة في العوامل، (ثانيا) ملف تناقضات لتحديد العوامل التي سيتم مقارنة للتعبير الجيني التفاضلي ، و (iii) ملف فئة لوصف مجموعات الجينات للفائدة.
ملاحظة: الملفات وصفية تنسيق in.txt. يمكن العثور على أمثلة في صفحة تي ركس (http://genome2d.molgenrug.nl/). يمكن الاطلاع على تعليمات مفصلة لتحليل البيانات باستخدام تي ركس في منشور سابق بشركة دي يونغ et al. 14.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
النتائج
الكائنات الحية الدقيقة المرتبطة النباتات يمكن أن يؤثر تأثيراً إيجابيا نمو النبات والصحة. ومع ذلك، آليات التفاعلات المعقدة بين النباتات وعلى سيمبيونتس الجرثومية ليست مفهومة تماما. الإفرازات الجذرية تلعب دوراً هاما في تنظيم نشاط رهيزوباكتيريال والسلوك، وعموما هو افترض أن استعمار الجراثيم من الجذور يبدأ مع الجذب للميكروبات للإفرازات الجذرية. وكان الهدف من هذا العمل للتحقيق في رد ترانسكريبتوميك رهيزوباكتيريال ميكويديس للإفرازات الجذرية البطاطا. ولتحقيق هذا، كانت درنات البطاطا سطح تعق...
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
المناقشة
التفاعلات بين الميكروبات والنبات وقد تم الافتراض يحدده توازناً دقيقا بين البكتيريا والنباتات. مثل هذه التفاعلات المعقدة للغاية وصعبة للدراسة في نظام طبيعي، التي تضم مختلف الأنواع الميكروبية، يحتمل أن يتصرف كاتحادات. وتصف هذه الورقة بروتوكول مبسط لدراسة رد بكتيرية على الإفرازات الجذرية تحت ظروف خاضعة للرقابة جيدا. صورة الترنسكربيتوم رهيزوباكتيريا، عند التعرض للإفرازات الجذرية، معلومات تفصيلية عن التكيف البكتيرية إلى مكانة رهيزوسفيري. هذا البروتوكول جمع الإفرازات الجذرية لا يتطلب إجراءات معقدة والمعدات المتخصصة. ومع ذلك، ي...
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
الإفصاحات
الكتاب يعلن أن لديهم لا تضارب المصالح المالية.
شكر وتقدير
ونشكر السيد جاكوب Viel على تعليقات مفيدة واقتراحاته. ونشكر أيضا أن دي يونغ لمساعدته في تحليل المعلومات البيولوجية. يي يانجلي ولي زهيبو معتمدة من مجلس المنح الدراسية الصيني (CSC). ونحن نشكر جمعية البحث العلمي الهولندية-شركة TTW بيرسبيكتيف Back2Roots غاب (TKI-AF-15510) لتقديم الدعم المالي إلى OPK.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
المواد
| الاسم | الشركة | رقم فهرسي | التعليقات |
|---|---|---|---|
| هيبوكلوريت الصوديوم | سيجما | CAS: 7681-52-9 | 10-15٪ الكلور النشط |
| Luria-Bertani (LB) مرق | |||
| incubater | نيو برونزويك Scientific | Innova 4000 | |
| مقياس الطيف الضوئي | Thermo Fisher Scientific | Genesys 20 | |
| من النيتروجين | |||
| Sigma | G8893 | 0.5 & micro ؛ م | |
| أنبوب 2.0 مل مع غطاء | RNase خال | ||
| من 1.5 مل و 2.0 مل أنبوب | RNase | ||
| BioSpec | 607 | Mini_beadbeater | |
| جهاز طرد مركزي | Eppendorf | 5430 | |
| ثنائي إيثيل بيروكربونات (DEPC) | سيجما | CAS: 1609-47-8 | |
| كبريتات دوديسيل الصوديوم (SDS) | سيجما | CAS: 151-21-3 | محلول 10٪ محضر بمياه MQ المعالجة DEPC |
| TE عازلة | 10 ملي مولار تريس-حمض الهيدروكلوريك ؛ 1 ملي مولار EDTA ، الرقم الهيدروجيني = 8 | ||
| الفينول | سيجما | الحمض النووي الريبي | |
| الكلوروفورم-إيزوأميل الكحول ؛ | تحضير 24: 1 من الكلوروفورم: كحول الأيزواميل ، وتخزينه في درجة حرارة الغرفة | ||
| طقم عزل الحمض النووي الريبي عالي النقاء | Roche | 11828665001 | |
| RNase محلول إزالة التلوث | Invitrogen | AM9780 | RNase-Zap |
| أداة الرحلان الكهربائي الآلي | Agilent | 2100 | Bioanalyzer |
| الطيف الضوئي الحجم | الصغير Thermo Fisher Scientific | Nanodrop ND-1000 | |
| RNA | Agilent | RNA 6000 Nano kit | |
| مثبط RNase | Thermo Fisher Scientific | RiboLock | |
| مكتبة الحمض النووي الريبي الاتجاهي مجموعة الإعدادية | NEB | Ultra | For Illumina |
المراجع
- Haichar, F. eZ., et al. Plant host habitat and root exudates shape soil bacterial community structure. The ISME Journal: Multidisciplinary Journal of Microbial Ecology. 2 (12), 1221-1230 (2008).
- Badri, D. V., Vivanco, J. M. Regulation and function of root exudates. Plant, Cell & Environment. 32 (6), 666-681 (2009).
- Rohrbacher, F., St-Arnaud, M. Root exudation: the ecological driver of hydrocarbon rhizoremediation. Agronomy Journal. 6 (1), 19(2016).
- Mark, G. L., et al. Transcriptome profiling of bacterial responses to root exudates identifies genes involved in microbe-plant interactions. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 102 (48), 17454-17459 (2005).
- Fan, B., et al. Transcriptomic profiling of Bacillus amyloliquefaciens FZB42 in response to maize root exudates. BMC Microbiology. 12 (1), 116(2012).
- Yoshitomi, K. J., Shann, J. R. Corn (Zea mays L.) root exudates and their impact on 14C-pyrene mineralization. Soil Biology and Biochemistry. 33 (12), 1769-1776 (2001).
- Lambert, M. R. Clover root exudate produces male-biased sex ratios and accelerates male metamorphic timing in wood frogs. Royal Society Open Science. 2 (12), (2015).
- Tuason, M. M. S., Arocena, J. M. Root organic acid exudates and properties of rhizosphere soils of white spruce (Picea glauca) and subalpine fir (Abies lasiocarpa). Canadian Journal of Soil Science. 89 (3), 287-300 (2009).
- Grayston, S. J., Vaughan, D., Jones, D. Rhizosphere carbon flow in trees, in comparison with annual plants: the importance of root exudation and its impact on microbial activity and nutrient availability. Applied Soil Ecology. 5 (1), 29-56 (1997).
- Rovira, A. D. Plant root exudates. Botanical Review. 35 (1), 35-57 (1969).
- Bargabus, R. L., Zidack, N. K., Sherwood, J. E., Jacobsen, B. J. Characterisation of systemic resistance in sugar beet elicited by a non-pathogenic, phyllosphere-colonizing Bacillus mycoides, biological control agent. Physiological and Molecular Plant Pathology. 61 (5), 289-298 (2002).
- Peng, Y. -H., et al. Inhibition of cucumber Pythium damping-off pathogen with zoosporicidal biosurfactants produced by Bacillus mycoides. Journal of Plant Diseases and Protection. 124 (5), 481-491 (2017).
- Ambrosini, A., et al. Diazotrophic bacilli isolated from the sunflower rhizosphere and the potential of Bacillus mycoides B38V as biofertiliser. Annals of Applied Biology. 168 (1), 93-110 (2016).
- de Jong, A., van der Meulen, S., Kuipers, O. P., Kok, J. T-REx: transcriptome analysis webserver for RNA-seq expression data. BMC Genomics. 16 (1), 663(2015).
- Yi, Y., de Jong, A., Frenzel, E., Kuipers, O. P. Comparative transcriptomics of Bacillus mycoides strains in response to potato-root exudates reveals different genetic adaptation of endophytic and soil isolates. Frontiers in Microbiology. 8, 1487(2017).
- Nwokeoji, A. O., Kilby, P. M., Portwood, D. E., Dickman, M. J. RNASwift: a rapid, versatile RNA extraction method free from phenol and chloroform. Analytical Biochemistry. 512, 36-46 (2016).
- Ramirez-Gonzalez, R. H., Bonnal, R., Caccamo, M., MacLean, D. Bio-samtools: Ruby bindings for SAMtools, a library for accessing BAM files containing high-throughput sequence alignments. Source Code for Biology and Medicine. 7 (1), 6(2012).
- Quinlan, A. R. BEDTools: the Swiss-army tool for genome feature analysis. Current Protocols in Bioinformatics. , (2014).
- Boria, I., Boatti, L., Pesole, G., Mignone, F. NGS-trex: next generation sequencing transcriptome profile explorer. BMC Bioinformatics. 14 (7), S10(2013).
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
إعادة الطباعة والأذونات
الوسوم
