هنا، نحن نقدم بروتوكولا لتأكيد وجود طفرة نقطة لتشخيص الداء النشواني ترانسثيريتين وراثية، باستخدام Ala97Ser، أن الطفرة المستوطنة الأكثر شيوعاً في تايوان، على سبيل مثال.
يتطلب اشتراك JoVE لعرض هذا المحتوى. تسجيل الدخول أو ابدأ نسخة تجريبية مجانية
مقالة منهجية
هنا، نحن نقدم بروتوكولا لتأكيد وجود طفرة نقطة لتشخيص الداء النشواني ترانسثيريتين وراثية، باستخدام Ala97Ser، أن الطفرة المستوطنة الأكثر شيوعاً في تايوان، على سبيل مثال.
الاختبارات الجينية هو الاختبار الأكثر موثوقية ترانسثيريتين وراثية تتعلق بالداء النشواني، وينبغي أن يقوم في معظم الحالات من الداء النشواني ترانسثيريتين (أتتر). ATTR مرض نادر ولكن قاتلة مع تعمل غير المتجانسة؛ ولذلك، في بعض الأحيان تأخر التشخيص. ومع تزايد الاهتمام واعتراف أوسع نطاقا في مظاهرة أوائل ATTR، فضلا عن العلاجات الناشئة، اختبار الدراسات التشخيصية الملائمة، بما في ذلك ترانسثيريتين (بعد) الوراثية، للتأكد من الأنواع وبالتالي فمتغيرات أتتر الأساسية لتحسين التشخيص. التحليلات الجينية بوليميريز سلسلة من ردود الفعل (الاسترداد) أساليب تأكيد وجود الطفرات نقطة بعد أسرع بكثير وأكثر أمنا من الطرق التقليدية مثل الجنوب وصمة عار. هنا، علينا أن نظهر تأكيد الوراثية للطفرة Ala97Ser أتتر، أن الطفرة المستوطنة الأكثر شيوعاً في تايوان. يتضمن البروتوكول أربع خطوات رئيسية: جمع عينات الدم كله واستخراج الحمض النووي والتحليل الجيني لجميع exons بعد أربعة مع بكر، وتسلسل الحمض النووي.
ترانسثيريتين (بعد) الداء النشواني (أتتر) هو الشكل الأكثر شيوعاً للداء النشواني الجهازية وراثية1، ويمكن أن يكون سببها طفرة موروثة المهيمن جسمية في الجينات ترانسثيريتين (بعد)2. الطفرات بعد زعزعة استقرار هيكل البروتين تيتراميريك ويؤدي إلى الانفصال عن إلى مونومرات أن يعيد إلى ييفات اميلويد2. وكانت الطفرات بعد أميلويدوجينيك أكثر من 1001المبلغ عنها في جميع أنحاء العالم. تأكيد وجود طفرة نقطة بعد التحاليل الجينية بوليميريز سلسلة من ردود الفعل (الاسترداد) أساليب والمزايا بما في ذلك تجنب التعامل مع تحقيقات المسمى إشعاعيا بالمقارنة بوصمة عار الجنوبي3. بكر هو تقنية سريعة، سهلة ورخيصة ويمكن الاعتماد عليها الذي تم تطبيقه في العديد من المجالات في العلوم الحديثة4.
التشخيص المبكر لهذا المرض تقدمية وفادح يشكل تحديا نظراً لتغاير المظهرية لها. مع تزايد اهتمام واعتراف أوسع نطاقا في مظاهرة أوائل ATTR، فضلا عن العلاجات الناشئة5، ولذلك الدراسات التشخيصية الملائمة بما في ذلك الاختبار الوراثي بعد الأهمية الأساسية لتحسين التشخيص. وعلاوة على ذلك، ترتبط طفرات مختلفة مع penetrance مختلفة لسمة، وسن، وأنماط التقدم، شدة المرض، ومتوسط البقاء على قيد الحياة، ونجاعة لزرع الكبد، أو بعد مثبتات2،6، و درجات متفاوتة من مشاركة الجهاز العصبي والقلب، التي لها آثار كبيرة على المشورة الوراثية7،،من89. وإلى جانب ذلك، اختبار وراثية دقيقة للغاية هو الأداة الوحيدة التي تميز نوعين متميزين من ATTR: وراثية (المسخ) ونوع البرية (النموذج غير متحولة، خرف الجهازية الداء النشواني، وزارة الصحة)7. من الضروري التأكد من أنواع أتتر، لأن العلاجات تختلف على نطاق واسع2. ولذلك، ثمة ضرورة متزايدة لوصف البروتوكول التدرجي للاختبار الجيني بعد.
سوف يتضح النهج الجزيئية للكشف عن الطفرات استخدام Ala97Ser، أن الطفرة المستوطنة الأكثر شيوعاً في تايوان، على سبيل مثال. تقليل كمية الحلول الثلاثة تستخدم التعديلات في الخطوة استخراج الحمض النووي وينتج كمية كافية من الحمض النووي. في هذا البروتوكول، حللت جميع exons بعد أربعة، بينما المناطق بما في ذلك 5 'المنبع، 3' المصب، والمروجين، إينترونس، والمناطق غير مترجمة (UTR) كانت غير متسلسلة.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
أجريت تجارب أجريت في المختبر وفقا للمتطلبات من السريرية المختبر تحسين التعديلات (العملية) لعام 1988، النظام الذي أقرته "المؤسسية استعراض المجلس تشانغ الأمنيون التذكارية المستشفى" و جامعة (ترخيص رقم 100-4470A3 و 104-2462A3). تم الحصول على موافقة مستنيرة من جميع المرضى.
1. جمع عينات الدم
2-استخراج الحمض النووي من الدم المحيطي
استخدام "أدوات استخراج الحمض النووي" لاستخراج الحمض النووي الجينوم (انظر الجدول للمواد).
3-الحمض النووي الكمي
استخدام جهاز المطياف الضوئي (انظر الجدول للمواد) للكشف عن كمية ونوعية الحمض النووي.
4-الوراثية تحاليل الطفرات
تضخيم الحمض النووي الهدف مع بكر4. إجراء PCR في رد فعل 25 ميليلتر استخدام بوليميراز الدنا من المخلوط كيت (انظر الجدول للمواد). ويبين الجدول 1 الجينات بعد الإشعال إينترونيك.
| الجينات | تسلسل التمهيدي |
| Exon1 | واو: 5 '-تكاجاتجكاججاتاجك-3' R: 5 '-جكااجكتجاجاجتكاك-3' |
| Exon2 | واو: 5 '-تكتجتتكجكتككاجاتتك-3' R: 5 '-تكتاككاجتجاجججكاا-3' |
| Exon3 | واو: 5 '-جتجتاجتجتججججتجت-3' R: 5 '-تجاجتاااكتجتجكاتتككتج-3' |
| Exon4 | واو: 5 '-جاكتككجتجتكاجتكات-3' R: 5 '-جكجتكتجكككاجاتاكتت-3' |
الجدول 1. بعد الجينات الإشعال إينترونيك. (نكبي مرجع التسلسل: NC_000018.10)
| المكونات | وحدة التخزين (ميليلتر) | التركيز النهائي |
| 10 × المخزن المؤقت | 2.5 | س 1 |
| مجكل2 (25 مم) | 1.5 | 1.5 مم |
| 360 GC محسن | 1 | - |
| بوليميراز الدنا 360 | 0.2 | يو 2/رد فعل |
| دنتب ميكس (25 مم في كل) | 2 | 2 مم |
| التمهيدي و (10 ميكرون) | 1 | 0.4 ميكرومتر |
| التمهيدي R (10 ميكرون) | 1 | 0.4 ميكرومتر |
| الحمض النووي (100 نانوغرام) | 2 | |
| المياه PCR-الصف | 13.8 | - |
| الحجم الإجمالي | 25 | - |
الجدول 2. [بكر] رد فعل الظروف.
| الخطوة | درجة الحرارة (درجة مئوية) | الوقت | دورة |
| تمسخ الأولى | 95 | 5 دقيقة | 1 |
| الخطوة تمسخ الحمض النووي | 94 | 30 s | دورات 30 |
| الخطوة انلينغ التمهيدي | 58 | 30 s | دورات 30 |
| خطوة التمديد بوليميراز | 72 | 45 s | دورات 30 |
| وظيفة استطالة خطوة | 72 | 10 دقيقة | 1 |
| نهاية بكر ركوب الدراجات | 4 | إلى أجل غير مسمى |
الجدول 3. ركوب الدراجات الشروط لتضخيم منتجات PCR.
5. تسلسل الحمض النووي
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
[اغروس] هلام التفريد اثنين من المرضى وإحدى العصابات كشفت الفردية صحية من الأحجام المتوقعة، بما في ذلك منتج PCR bp 454 إكسون 4 الجينات بعد (الشكل 1).

الشكل 1 . التفريد جل يصور بكر تضخيم الجينات بعد. عادي: صحة فرد. 100 م: لين bp سلم الحمض النووي كعلامة الحجم الجزيئي. حارات...
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
هناك اثنين من الخطوات الحاسمة ضمن البروتوكول. أولاً، ينبغي أن تكون عينة هيموديلوتيد من أجل الحصول على عدد كاف من خلايا الدم البيضاء، تجنب11. ثانيا، استخدام المناسبة [بكر] كبسولة تفجير أساسي للحصول على نتائج يمكن الاعتماد عليها12. استخدمنا أداة ويب التمهيدي--انفجار لتصميم4،كبسولة تفجير13؛ ينبغي أن تغطي الحد أدنى من 40 قاعدة أزواج على كل جانب من exons بعد أربعة. ونحن أيضا تشغيل الانفجار على نكبي للتحقق من خصوصية الإشع...
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
الكتاب ليس لها علاقة بالكشف عن.
نود أن نشكر الآنسة وو شين-متعة لمساعدة لها في التجارب. وأيد هذه الدراسة بمنحه من "تشانغ الأمنيون برنامج البحوث الطبية" (CMRPG3C0371، CMRPG3C0372، CMRPG3C0373) والكندي 100-4470A3، 104-2462A3، تايوان.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
| الاسم | الشركة | رقم فهرسي | التعليقات |
|---|---|---|---|
| الأنابيب المعالجة ب EDTA BD | |||
| DNA Extraction | Kit Stratagen | 200600 | |
| NanoDrop ND2000 مقياس الطيف الضوئي ؛ | Thermo Fisher Scientific | NanoDrop 2000 | |
| مساحات مهمة حساسة | Kimberly-Clark | Kimtech Science Kimwipes | |
| AmpliTaq Gold 360 DNA Polymerase Kit | أنظمة حيوية تطبيقية | 4398823 | |
| TTR جين intronic primers | Exon1 | F: 5'-TCAGATTGGCAGGGATAAGC-3' | |
| Exon1 | R: 5'-GCAAAGCTGGAAGGAGTCAC-3' | ||
| Exon2 | F: 5'-TCTTGTTTCGCTCCAGATTTC-3' | ||
| Exon2 | R: 5'-TCTACCAAGTGAGGGGCAAA-3' | ||
| Exon3 | F: 5'-GTGTTAGTTGGTGGGGGT-3' | ||
| Exon3 | R: 5'-TGAGTAAACTGTGCATTTCCTG-3' | ||
| Exon4 | F: 5'-GACTTCCGGTGGTCAGTCAT-3' | ||
| Exon4 | R: 5'-GCGTTCTGCCCAGATACTTT-3' | ||
| thermocycler | التطبيقات الحيوية | نظام GeneAmp PCR 9700 | |
| خلية الرحلان الكهربائي | سلم الحمض النووي ADVANCE | Mupid-2plus | |
| Protech | PT-M1-100 | ||
| صبغ | BioLabs | B7021 | |
| AlphaImager EC | Alpha Innotech | AlphaImager EC | |
| التسلسل التلقائي | للأنظمة الحيوية | التطبيقية 3730xl |
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.