بروتوكول مفصلة لتطبيق انقر فوق الكيمياء-وساعدت الاستراتيجية التقاط (كاريك) إينتيراكتومي الحمض النووي الريبي لتحديد البروتينات ملزما لكلا الترميز وفضله يرد الكشف.
مقالة منهجية
* These authors contributed equally
بروتوكول مفصلة لتطبيق انقر فوق الكيمياء-وساعدت الاستراتيجية التقاط (كاريك) إينتيراكتومي الحمض النووي الريبي لتحديد البروتينات ملزما لكلا الترميز وفضله يرد الكشف.
تعريف شامل للجيش الملكي النيبالي ملزم البروتينات (الممارسات التجارية التقييدية) هو المفتاح لفهم هذه الشبكة التنظيمية بوسترانسكريبشونال في الخلايا. استراتيجية تستخدم على نطاق واسع لمكافحة الممارسات التجارية التقييدية التقاط يستغل بوليادينيليشن [poly(A)] للكشف المستهدف، الذي غالباً ما يحدث في حقيقية النواة مرناس ناضجة، ترك معظم البروتينات ملزمة من non-poly(A) الكشف مجهولي الهوية. هنا يمكننا وصف الإجراءات المفصلة لأسلوب تم الإبلاغ عنها مؤخرا وصف فوق الكيمياء-وساعدت الجيش الملكي النيبالي إينتيراكتومي التقاط (كريك)، التي تمكن التقاط الترنسكربيتوم على نطاق المنظومة للممارسات التجارية التقييدية poly(A) و non-poly(A) من خلال الجمع بين العلامات الاستقلابية من الكشف، في فيفو الأشعة فوق البنفسجية العابرة للربط، ووضع علامات على بيورثوجونال.
يتم نسخها الجينوم البشري إلى أنواع شتى من الترميز وفضله الكشف (نكرناس)، بما في ذلك مرناس، ررناس، ترنس والكشف النووية الصغيرة (سنرناس) والكشف النوية الصغيرة (سنورناس) والكشف (لنكرناس) منذ فترة طويلة غير الترميز1. معظم هذه الكشف تمتلك ملابس للممارسات التجارية التقييدية وتعمل ك جسيمات (رنبس) ريبونوكليوبروتين2. ولذلك، تعريفاً شاملا للممارسات التجارية التقييدية شرط أساسي لفهم الشبكة التنظيمية بين الكشف والممارسات التجارية التقييدية، الذي تورط في مختلف الأمراض البشرية3،،من45.
وقد شهدت الأعوام القليلة الماضية دفعة كبيرة للممارسات التجارية التقييدية التي اكتشفت في مختلف نظم حقيقية النواة2،6، بما في ذلك الإنسان7،،من89،10،11، ماوس12،،من1314، الخميرة9،،من1516، الزرد17، melanogaster المورفولوجية18،19 ، ايليجانس كاينورهابديتيس16، و أعطيت التمويل20،،من2122، والطفيليات البشرية23،24،25 . وقد سهل هذه السلف باستراتيجية القبض على الممارسات التجارية التقييدية وضعتها كاستيللو et al. 7 وبالتز et al. 8 في عام 2012، الذي يجمع في فيفو الأشعة فوق البنفسجية العابرة للربط من الجيش الملكي النيبالي والبروتينات المتفاعلة، والتقاط oligo(dT) من poly(A) الكشف، والطيف الكتلي (مللي ثانية)-على أساس البروتين التنميط. ومع ذلك، نظراً لحقيقة أن poly(A) معظمها موجود في مرناس الناضجة، التي تمثل لفقط ~ 3%-5% من التوكسينات الترنسكربيتوم26، هذه الاستراتيجية المستخدمة على نطاق واسع ليست قادرة على التقاط التفاعل مع non-poly(A) الكشف، بما في ذلك نكرناس معظم الممارسات التجارية التقييدية وقبل مرناس.
هنا، نحن تقرير الإجراءات المفصلة لاستراتيجية وضعت مؤخرا لإلقاء القبض على الترنسكربيتوم على نطاق المنظومة ل الممارسات التجارية التقييدية poly(A) و non-poly(A)27. ووصف كريك، يجمع هذه الاستراتيجية في فيفو الأشعة فوق البنفسجية العابرة للربط ووسم الأيضية للكشف مع فوتواكتيفاتابل و "نقر" نوكليوزيد النظير (والتي تحتوي على مجموعة وظيفية بيورثوجونال التي يمكنها المشاركة في رد فوق)، 4- ثيوريديني (4SU)، و 5-اثينيلوريديني (الاتحاد الأوروبي). الخطوات الأساسية للحصول على نتائج مثالية مع استراتيجية كريك هي وسم الأيضية الفعالة والرد العابرة للربط، وانقر فوق الأشعة فوق البنفسجية، والحفاظ على سلامة الحمض النووي الريبي. لأن Cu(I) يستخدم المحفز في انقر فوق رد فعل يمكن أن يسبب تجزئة الكشف، ضروري يجند Cu(I) التي يمكن أن تقلل من تفتيت الحمض النووي الريبي. ونحن تصف كيفية تنفيذ ردود فعالة انقر في الخلية ليساتيس دون التسبب في تدهور حاد في الجيش الملكي النيبالي.
على الرغم من أن القبض على الممارسات التجارية التقييدية وتحديد الهوية في خلايا هيلا فقط هي المبينة في هذا البروتوكول، يمكن تطبيق هذه الاستراتيجية كريك لمختلف أنواع الخلايا وربما للكائنات الحية. وإلى جانب الاستيلاء على الممارسات التجارية التقييدية، يوفر هذا البروتوكول أيضا تبسيط الإجراءات خطوة بخطوة لإعداد نموذج MS وتحديد البروتين، والتقدير الكمي، التي يمكن أن تكون مفيدة لأولئك الذين ليسوا على دراية بتجارب البروتين.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
تنبيه: عند الاقتضاء، والكواشف المستخدمة ينبغي شراؤها في شكل رناسي خالية، أو حله في رناسي-مجاناً، المذيبات (لمعظم الحالات، في بيروكاربوناتي إثيل (ديبك)-المياه المعالجة). عند التعامل مع عينات الحمض النووي الريبي وخالية من رناسي الكواشف، دائماً ارتداء القفازات والأقنعة، وتغييرها متكرر لتجنب تلوث رناسي.
1-إعداد أيضي المسمى وخلايا Cross-linked الأشعة فوق البنفسجية
2-إعداد عينات الحمض النووي الريبي إينتيراكتومي التقاط
3 القبض على من الجيش النيبالي الملكي-إينتيراكتومي
4-مراقبة الجودة
5-إعداد العينات لمرض التصلب العصبي المتعدد
6-أداء مرض التصلب العصبي المتعدد وتحليل البيانات
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
وترد نتائج تمثيلية لخطوات مراقبة الجودة. وتشمل النتائج الأرقام لتحليل fluorescence في جل الموضحة في الخطوة 2.3.2 (الشكل 1)، وتحليل لطخة غربية الموضحة في الخطوة 4.1.3 (الشكل 2A)، وتحليل الفضة تلطيخ الموضحة في الخطوة 4-2-2 (الشكل 2). خطوات مراقبة الجودة حاسمة بالنسبة للاستفادة المثلى البروتوكولات كريك. تشمل عناصر الجودة دائماً في إعداد تجارب تحديد الممارسات التجارية التقييدية على نطاق واسع.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
الحفاظ على سلامة الحمض النووي الريبي عادلة أحد مفاتيح نجاح تجارب كريك. بمناسبة يغاندس Cu(I) وعملية متأنية، تدهور الجيش الملكي النيبالي يمكن إلى حد كبير تخفيض، على الرغم من أن تم ملاحظة انخفاض جزئي. أن نسب الاستبدال من الاتحاد الأوروبي و 4SU في العينات التجريبية هي 1.18% و 0.46 في المائة، على التوالي (البيانات لا تظهر). للكشف سليمة بطول ألفي nt، ~ 90% الكشف يحتوي على واحد على الأقل من الاتحاد الأوروبي و 4SU واحد. للكشف جزئيا المتدهورة بطول 1000 nt، ~ 70% الكشف يحتوي على واحد على الأقل من الاتحاد الأوروبي و 4SU واحد. ولذلك...
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
الكتاب ليس لها علاقة بالكشف عن.
ويدعم هذا العمل الوطنية العلوم الطبيعية مؤسسة من الصين منح 91753206، 21425204، و 21521003 و "البحوث الرئيسية الوطنية" و "مشروع تنمية" 2016YFA0501500.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
| الاسم | الشركة | رقم فهرسي | التعليقات |
|---|---|---|---|
| HeLa | ATCC | ||
| DMEM (وسط النسر المعدل من Dulbecco) | 11995065 | Thermo Fisher Scientific | |
| FBS (مصل الأبقار الجنينية) | Thermo Fisher Scientific | 10099141 | |
| البنسلين & الستربتومايسين | ثيرمو فيشر العلمي | 15140122 | |
| الاتحاد الأوروبي (5-إيثينيل يوريدين) شركة | ووهو هوارن | CAS: 69075-42-9 | |
| 4SU (4-thiouridine) | Sigma Aldrich | T4509 | |
| 10 & times ؛ PBS (محلول ملحي مخزن بالفوسفات) | Thermo Fisher Scientific | AM9625 | |
| الوصلة المتقاطعة للأشعة فوق البنفسجية | UVP | CL-1000 | مجهزة بمصباح الأشعة فوق البنفسجية 365 نانومتر |
| DEPC (بيروكربونات ثنائي الإيثيل) | Sigma Aldrich | D5758 | لمعالجة المياه. شديد السمية! |
| تريس & middot; حمض الهيدروكلوريك ، درجة الحموضة 7.5 | ثيرمو فيشر 15567027 | ||
| LiCl | سيجما ألدريتش | 62476 | |
| Nonidet P-40 | Biodee | 74385 | |
| كوكتيل مثبط البروتياز الخالي من | EDTA Thermo Fisher Scientific | 88265 | قرص واحد للمخزن المؤقت للتحلل 50 مل. |
| LDS (كبريتات الليثيوم دوديسيل) | أنبوب الترشيح الفائق Sigma Aldrich | L9781 | |
| سعة 15 مل (قطع 10 كيلو دالتون) | أنبوب الترشيح الفائق UFC901024 | ||
| 0.5 مل (قطع 10 كيلو دالتون) | حبات ميليبور | UFC501096 | |
| ستربتافيدين المغناطيسية | ثيرمو فيشر Scientific | 88816 | |
| DMSO (ثنائي ميثيل سلفوكسيد) | سيجما ألدريتش | 41639 | |
| Azide-biotin | Click Chemistry Tools | AZ104 | |
| كبريتات النحاس (II) | Sigma Aldrich | C1297 | |
| THPTA [تريس (3-هيدروكسي بروبيل تريازوليل ميثيل) أمين] | سيجما ألدريتش | 762342 | |
| أسكوربات الصوديوم | سيجما ألدريتش | 11140 | |
| Azide-Cy5 | Click أدوات الكيمياء | AZ118 | |
| المخزن المؤقت لعينة LDS (4 مرات ؛) | ثيرمو فيشر Scientific | NP0008 | |
| 10٪ مكرر تريس هلام | ثيرمو فيشر العلمي | NP0301BOX | |
| EDTA | ثيرمو فيشر العلمي | AM9260G | |
| RNase A | سيجما ألدريتش | R6513 | |
| SDS (كبريتات دوديسيل الصوديوم) | ثيرمو فيشر 15525017 | ||
| علمي الصوديوم | سيجما ألدريتش | S3014 | |
| بريج -97 [بولي أوكسي إيثيلين (20) أوليل إيثر] | J& أمبير K | 315442 | |
| Triethanolamine | Sigma Aldrich | V900257 | |
| Streptavidin agarose | Thermo Fisher Scientific | 20353 | |
| Urea | Sigma Aldrich | U5378 | |
| Sarkosyl (N< / em>-Lauroylsarcosine ملح الصوديوم) | Sigma Aldrich | 61743 | |
| البيوتين | سيجما Aldrich | B4501 | |
| ديوكسي كولات الصوديوم | سيجما ألدريتش | 30970 | |
| MaxQuant | الإصدار: 1.5.5.1 |
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه
طلب إذن