Method Article

بناء من CRISPR Plasmids والكشف عن كفاءة خروج المغلوب في خلايا الثدييات من خلال نظام مراسل Luciferase مزدوجة

DOI:

10.3791/59639

⸱

December 5th, 2020

 ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Qingdao Agricultural University, Qingdao, China, 2University of Cantabria, Santander y Torrelavega, Spain

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

هنا، نقدم بروتوكول يصف طريقة مبسطة لتوليد كفاءة البلازميدات التعبير عن كل من الانزيم CRISPR ودليل واحد المرتبطة RNA (sgRNAs). co-transfection من خلايا الثدييات مع هذا الناقل sgRNA / CRISPR وseiferase مزدوجة لوسيفيراز مراسل الناقل الذي يدرس مزدوجة حبلا كسر إصلاح يسمح بتقييم كفاءة خروج المغلوب.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

على الرغم من كفاءة عالية، تعديل موقع الجينوم من قبل انزيم CRISPR يتطلب توليد sgRNA فريدة من نوعها إلى الموقع المستهدف (المواقع) مسبقا. يصف هذا العمل الخطوات الرئيسية التي تؤدي إلى بناء ناقلات SgRNA فعالة باستخدام استراتيجية تسمح بالكشف الفعال للمستعمرات الإيجابية بواسطة PCR قبل تسلسل الحمض النووي. وبما أن تحرير الجينوم الفعال باستخدام نظام CRISPR يتطلب SgRNA عالية الكفاءة ، فإن الاختيار المسبق لأهداف SgRNA المرشحة ضروري لتوفير الوقت والجهد. وقد تم تطوير نظام مراسل luciferase مزدوجة لتقييم كفاءة خروج المغلوب من خلال دراسة إصلاح كسر حبلا مزدوجة عن طريق حبلا وحيد. هنا ، نستخدم نظام المراسل هذا لالتقاط الهدف المفضل xCas9/sgRNA من ناقلات sgRNA المرشحة لتحرير جينات محددة. وسيوفر البروتوكول المبين ناقل إنزيم SgRNA/CRISPR المفضل في 10 أيام (بدءًا من oligonucleotides المصمم بشكل مناسب).

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

و CRISPR sgRNAs تضم تسلسل 20-النيوكليوتيدات (بروتوسبر), وهو مكمل لتسلسل الهدف الجينومي1,2. على الرغم من كفاءة عالية، فإن قدرة نظام CRISPR/Cas على تعديل موقع الجينوم معين يتطلب توليد ناقل يحمل sgRNA كفاءة فريدة من نوعها إلى الموقع المستهدف (ق)2. هذه الورقة تصف الخطوات الرئيسية في توليد هذا المتجه sgRNA.

لنجاح تحرير الجينوم باستخدام نظام CRISPR / Cas ، فإن استخدام sgRNAs عالية الكفاءة هو شرط أساسي حاسم3و4و5. منذ النوى المهندسة المستخدمة في تحرير الجينوم تظهر كفاءات متنوعة في مختلف loci المستهدفة1، واختيار مسبق من أهداف sgRNA مرشح ضروري من أجل توفير الوقت والجهد6،7،8،9. وقد تم تطوير نظام مراسل luciferase المزدوج لتقييم كفاءة خروج المغلوب من خلال دراسة إصلاح كسر حبلا مزدوجة عن طريق حبلا واحد التلاهم3,10. هنا نستخدم هذا النظام مراسل لاختيار هدف كريسبر SgRNA المفضل من مختلف ناقلات sgRNA مرشح مصممة لتحرير الجينات محددة. تم تنفيذ البروتوكول المذكور هنا في مجموعتنا والمختبرات المتعاونة على مدى السنوات القليلة الماضية لتوليد وتقييم SgRNAs كريسبر.

يلخص البروتوكول التالي كيفية تصميم sgRNA مناسبة من خلال برامج الشبكة. بمجرد تحديد sgRNAs مناسبة، ونحن وصف الخطوات المختلفة للحصول على oligonucleotides المطلوبة، فضلا عن نهج لإدراج oligonucleotides المقترنة في ناقلات التعبير pX330-xCas9. ونحن نقدم أيضا طريقة لتجميع sgRNA التعبير عن وseiferase مزدوجة ناقلات مراسل استنادا إلى ربط هذه التسلسلات في ناقلات التعبير قبل هضم (الخطوات 2-10، الشكل 1A). وأخيراً، فإننا نُصف كيفية تحليل كفاءة قطع الحمض النووي لكل من الـ sgRNAs (الخطوات 11-12).

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. SGRNA oligonucleotide تصميم

  1. تصميم sgRNAs باستخدام أدوات على الإنترنت مثل أداة Cas-Designer عبر الإنترنت (http://www.rgenome.net/cas-designer/). تسلسل PAM مهم استناداً إلى Cas9 قيد الاستخدام. لxCas9 ، وتسلسل PAM ذات الصلة هي NG والسابق المشار إليها كاس مصمم أداة على الانترنت يمكن أن تولد xCas9 sgRNAs ذات الصلة.
    1. استخدام أدوات تصميم sgRNA التي تشمل خوارزميات للتنبؤ على وخارج الهدف (http://www.broadinstitute.org/rnai/public/analysis-tools/sgrna-design)11. ويفضل درجة 0.2 أو أكبر.
  2. حدد ما يصل إلى 3 أهداف لتحرير الجينات لإجراء فحص أمثل (على سبيل المثال، T1 و T2 و T3 تم تصميمها لاستهداف جينات DKK2 EXON 1 [الجدول 1]).

2. تعديل أوليغونوكليوتيد

  1. لتعديل oligonucleotide sgRNA، حذف 3'-NG protospacer ازرفر المجاورة (بام)، والحفاظ على تسلسل protospacer (على سبيل المثال، تسلسل البداية لـ T1: TGCCTGCCTCTGGCCGC [20 nt]).
  2. إضافة خماسي ينوكليوتيد CACCG إلى 5'نهاية من oligo.
    ملاحظة: عند الربط إلى الهيكل العظمي pX330-xCas9، سوف يحتوي هذا التسلسل على 3'-نهاية المروج U6 تحفيز النسخ sgRNA. مجموعة "CACC" يضمن أن oligo هو مطابقة مع التراكمات من pX330-xCas9 يبسي هضم. القاعدة "G" هو شرط مسبق للرنا بوليميراز الثالث المروجين ويضمن بدء التشغيل الفعال للنسخ sgRNA (على سبيل المثال، إلحاق 5'CACCG صفيف إلى protospacer من T1، وتحقيق T1-F: CACCGTGCGCGCCTCTCTCCCTGC [25 nt]). إن كفاءة الانقسام 21 NT GRNA يختلف بشكل كبير عن 20 NT GRNA1,12,13,14. ينصح عموما لاستخدام 20 NT مع 5'-G عن طريق توليد protospacer أقصر، إذا لم يكن ذلك ممكنا ثم 21 NT مع 5 إضافية'-G يمكن استخدامها.
  3. إنشاء تكملة عكسي (rc) من تسلسل protospacer.
    ملاحظة: على سبيل المثال، RC من protospacer T1 هو GCGGCCAGTAGGAGCAGGCA (20 nt).
  4. إلحاق AAAC إلى 5 'نهاية تسلسل protospacer rc. إلحاق ج إضافية إلى 3 'نهاية protospacer rc.
    ملاحظة: يضمن تسلسل "AAAC" أن oligonucleotide مناسب للاستنساخ في pX330-xCas9 Bbsi هضم. "ج" إضافية على 3'-نهاية ضروري لالحن مع بدء "G" ل النسخ sgRNA المذكورة أعلاه (على سبيل المثال، AAACGCGGCCAGTAGGAGGGCAC [25 nt] هو تسلسل oligonucleotide النهائي ل T1 rc protospacer).
  5. اطلبي القلاغوت

3. أوليغونوكليوتيد الصلب

  1. تخفيف القلة القل سنوية الميوفيلية إلى تركيز نهائي 10 ميكرومتر في الماء المقطر المزدوج (ddH2O).
  2. مزيج إلى الأمام وعكس oligonucleotides في جدار رقيقة أنبوب PCR maintaning نسبة 1:1 (على سبيل المثال، 20 ميكرولتر لكل من) دون إضافة أي عازلة إضافية.
  3. احتضان الخليط في 95 درجة مئوية لمدة 5 دقائق ثم منحدر إلى أسفل درجة الحرارة إلى 72 درجة مئوية لمدة 10 دقيقة. اتبع مع فترة التبريد في درجة حرارة الغرفة (RT) تتكون من مجرد إزالة العينة من آلة PCR ووضعها في RT.
    ملاحظة: ليس من الضروري أن تُفسّر خلائط القلونويكلوتيد لتسهيل الربط.

4. sgRNA / CRISPR هضم ناقلات

  1. اجسّغ 1 ميكروغرام من متجه pX330-xCas9 المحدد مع BbsI (10 وحدات من الإنزيم لكل 1 ميكروغرام من البلازميد) لـ 2 ساعة عند 37 درجة مئوية(الشكل 2). إجراء عملية الهضم من pX330-xCas9 sgRNA التعبير ناقلات في حجم إجمالي 50 ميكرولتر, تحتوي على 5 ميكرولتر من 10x الهضم العازلة والمياه المقطرة لتحقيق حجم النهائي.
  2. تنقية ناقلات هضم بواسطة استخراج الفرقة من هلام agarose 2٪ تحت 10 V / سم وتنقية في وقت لاحق باستخدام عمود السيليكا باستخدام مجموعة استخراج هلام التجارية.

5. ربط من القلة sgRNA oligonucleotides إلى ناقلات التعبير

  1. اخلطي حمض sgRNA القلوي (5 ميكرولتر من الخليط من الخطوة 4) مع المتجه pX330-xCas9 المهضم ببيساي (المنقي، 100 نانوغرام).
  2. إضافة 1 ميكرولتر من الرباط و 1 ميكرولتر من 10x عازلة.
  3. إضافة الماء المقطر مع حجم مناسب، تصل إلى 10 ميكرولتر.
  4. احتضان ليلة وضحاها في 4 °C.

6. تحويل الخلايا المختصة

  1. إخراج الخلايا المختصة E. coli DH5α من التخزين عند -80 درجة مئوية وذوبانها على الجليد.
  2. أضف 5 ميكرولتر من مزيج الربط إلى 50 ميكرولتر من الإشريكية القولونية المختصة DH5α والاحتفاظ بالخليط على الجليد لمدة 30 دقيقة.
  3. سخني الخليط عند 42 درجة مئوية لمدة 90 درجة مئوية.
  4. بقية على الجليد لمدة 2 دقيقة.
  5. استعادة الثقافة على شاكر دوارة في 500 ميكرولتر من وسائل الإعلام LB لمدة 1 ساعة في 37 درجة مئوية.
  6. لوحة 200 μL من الثقافة على مقاومة ampicillin LB ازهري لوحة واحتضانه بين عشية وضحاها في 37 درجة مئوية.

7. تحديد البلازميدات المؤتلفة الصحيحة بواسطة PCR

  1. اختيار 5 إلى 10 مستعمرات بكتيرية من لوحة LB واستخدام كل واحد منهم لتطعيم أنبوب واحد 1.5 مل تحتوي على 1 مل من وسائل الاعلام LB مع 60 ملغم / مل أمبيسيلين.
  2. احتضان الأنابيب على شاكر دوار لمدة 2-3 ساعة.
  3. تنفيذ الكشف عن البلازميدات المؤتلفة الصحيحة باستخدام أزواج التمهيدي محددة لـ sgRNA oligonucleotides [على سبيل المثال، التمهيدي الأمامي لبناء ناقلات التعبير T1 sgRNA (T1-F): CACCGTGCCTCTCTCTCCGC، التمهيدي العكسي (BbsI-R): AAAGTCCCTCTGGTCGTTAC، وإنتاج 287 bplicon (الشكل 3)).
    1. تحضير خليط PCR(الجدول 2).
    2. استخدام شروط ركوب الدراجات PCR التالية: 95 درجة مئوية لمدة 5 دقائق ل مرحلة ما قبل denaturation; 30 دورات من 95 درجة مئوية ل 30 s لdenaturation، 60 درجة مئوية ل 30 s للحن، و 72 درجة مئوية ل 30 s للتمديد. بعد الانتهاء من 30 دورات، تنفيذ خطوة التمديد النهائي عن طريق التدفئة لمدة 5 دقائق في 72 درجة مئوية.
    3. تشغيل المنتج PCR على 2٪ agarose هلام تحت 10 V/cm. ويعتبر النطاق في الحجم المناسب [على سبيل المثال، 287 bp] إيجابية.

8. التحقق من صحة تسلسل التعبير sgRNA plasmid

  1. تحقق من تسلسل مستعمرات PCR الإيجابية بواسطة سانجر تسلسل15 باستخدام التمهيدي العكسي BbsI-R(راجع الخطوة 7.3). هذا التمهيدي الصلب في الموقع المصب من إدراج هتكوري sgRNA. تم بناء pX330-xCas9-T1 التعبير عن تسلسل sgRNA تحتوي على protospacer TGCCTGCCTCTCTGGCCGCGG وxCas9.
  2. استخدام التمهيدي إلى الأمام T1-F لتسلسل المستعمرات الإيجابية. لا يمكن أن تعطي إلى الأمام واحدة معلومات تسلسل كاملة للموقع المحيط موقع الإدراج من oligo sgRNA، لأن 30-50 bp جزء بعد التمهيدي تسلسل لا يمكن أن تقرأ بالضبط.

9. بناء ثنائي لوسيفيراز مراسل ناقلات

  1. توليف 300-500 BP شظايا الحمض النووي التي تحتوي على أهداف sgRNA و subclone إلى ناقل مراسل لوسيفيراز المزدوج من خلال الهضم المزدوج [على سبيل المثال، subclone 440 BP الأغنام DKK2 exon1 جزء في pSSA-Dual plasmid16،17 باستخدام الهضم المزدوج مع AscI وسالى، مما أدى إلى PSSA-Dual-DKK2].
  2. توليف 300-500 شظايا الحمض النووي BP التي تحتوي على أهداف sgRNA. لاحظ أن تسلسل أجزاء الحمض النووي يجب أن يكون أجزاء من التسلسلات الجينومية، والتي يمكن الحصول عليها من موقع NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) أو المراجع ذات الصلة.
  3. حدد مناسبة مزدوجة لوسيفيراز مراسل ناقلات مثل PSSA-Dual16،17 (أو اثنين من ناقلات التعبير عن لوسيفراز اليراعات ورينيلا لوسيفراز على التوالي) ومن ثم هضم هذا الناقل وشظايا الحمض النووي المذكورة أعلاه مع اثنين endonucleases مثل AscI وسالى.
  4. أخيرا ligate هذه الشظايا اثنين مع T4 الحمض النووي Ligase، مما أدى إلى pSSA-الهدف المزدوج. يتم عرض تفاصيل الهضم المزدوج واللبل في الجدول 3 والجدول 4، على التوالي. ومن الجدير بالذكر أن ناقلات المراسل ينبغي أن تضخّم في سلالات البكتيريا المستقرة (مثل Top10)، والتي يوصى بزرعها بسرعة دورانية أقل (عادة لا تزيد عن 200 دورة في الدقيقة)، لغرض تجنب إعادة التكتّن في الحمض النووي.

10. خلية نقل

  1. استخراج البلازميدات الخالية من الـ endotoxin للمواتجهات المذكورة أعلاه. تقييم نقاء وتركيز البلازميدات باستخدام أدوات مناسبة. ويوصى بتركيز نهائي لا يقل عن 500 نانوغرام/ميكرولتر ونسبة نقاء 1.7-1.9 عند الامتصاص 260/280 نانومتر (A260/A280) لهذه البلازميدات.
  2. شارك في نقل خط خلية مناسب مثل PIEC18 مع البلازميدات في نسبة متساوية (على سبيل المثال، pX330-xCas9-T1: pSSA-Dual-DKK2=1:1، 0.5 ميكروغرام بلاسميد لكل ازدواجية عند استخدام 24 لوحة جيدة). استخدام ناقل فارغ مثل pX330-xCas9 كتحكم سالب.
    1. قبل يوم واحد من transfection، خلايا لوحة في لوحة ثقافة 24-جيدا في كثافة 2 × 105 خلايا / جيدا. وستكون الخلايا جاهزة لتحول الدم عندما تحقق التقاء 60-80٪.
    2. قبل نقطة الوقت transfection، إزالة ناظر أكبر قدر ممكن وإضافة بلطف 0.5 مل من وسائل الإعلام الطازجة لكل بئر.
    3. تخفيف كاشف transfection في وسائل الاعلام DMEM في نسبة 1:25 ومزيج جيد.
    4. إعداد مزيج رئيسي من الحمض النووي عن طريق تخفيف 0.5 ميكروغرام من الحمض النووي في 25 ميكرولتر من وسائل الاعلام DMEM، ثم إضافة 1 ميكرولتر من كاشف P3000.
    5. إضافة الحمض النووي المخفف إلى كل أنبوب من كاشف transfection المخفف (نسبة 1:1).
    6. احتضان لمدة 10-15 دقيقة في درجة حرارة الغرفة.
    7. إضافة 50 ميكرولتر من الحمض النووي الدهون المعقدة إلى الخلايا.
    8. احتضان الخلايا لمدة 24 ساعة في 37 درجة مئوية. ثم، تحليل الخلايا المُصابة كما في الخطوة 11.

11. الكشف المزدوج لوسيفراز

  1. إعداد كمية كافية من 1x السلبي تحلل العازلة (PLB) عن طريق إضافة 1 حجم من 5x PLB إلى 4 كميات من الماء المقطر وخلط جيدا.
  2. تحلل سلبي من الخلايا المستزرعة في لوحات ثقافة 24-well.
    1. إزالة متوسطة النمو من الخلايا المستزرعة، وتطبيق بلطف كمية كافية من الفوسفات المخزنة المالحة (PBS) لغسل سطح وعاء الثقافة. دوامة السفينة لفترة وجيزة لإزالة الخلايا المنفصلة ومتوسطة النمو المتبقية. إزالة تماما حل شطف قبل تطبيق كاشف PLB.
    2. الاستغناء 100 μL من 1x PLB في كل ثقافة بشكل جيد لتغطية الخلية تماما monolayer. دع لوحات الثقافة تقف لمدة 20 دقيقة.
    3. نقل lysate إلى أنبوب أو قارورة لمزيد من التعامل معها أو تخزينها.
  3. إعداد كاشف luciferase (LAR) عن طريق resuspending المقدمة مُقدس luciferase مُقدَّمًا في 10 مل من مخزن فحص luciferase المورد.
  4. إعداد حجم مناسب لأداء العدد المطلوب من مزدوجة لوسيفايراس المراسلة المقايسة (100 μL الكاشف لكل مُسَاَنَة). إضافة 1 حجم الركيزة 50x وقف إلى 50 وحدات تخزين من وقف العازلة في الزجاج أو سيليكون أنابيب البولي بروبلين.
  5. ثنائي لوسيفراز مراسل (DLR) مقايسة
    1. برنامج المقاييس الضوئية لتوفير تأخير ما قبل القراءة 2 ثانية، تليها فترة قياس 10 ثانية.
    2. Predispense 100 μL من كاشف luciferase في العدد المناسب من أنابيب luminometer لإكمال العدد المطلوب من DLR Assays.
    3. نقل بعناية تصل إلى 20 ميكرولتر من الخلية lysate في أنبوب مضيئة تحتوي على LAR; مزيج من الأنابيب 2 أو 3 مرات. ضع الأنبوب في المضيء وابدأ القراءة.
    4. إزالة أنبوب عينة من مضيئة، إضافة 100 ميكرولتر من كاشف وقف ودوامة لفترة وجيزة لخلط. استبدل العينة في المضيء، ثم ابدأ القراءة.
    5. سجل نشاط رينيلا لوسيفراز تطبيعها إلى نشاط لوسيفراز اليراعات، وهي تبادلية من نسبة المعروضة على الشاشة.
    6. تجاهل أنبوب رد الفعل، والمضي قدما في الفحص المقبل.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

الأساليب المبينة في هذا البروتوكول هي لبناء ناقلات التعبير sgRNA وxCas9 ومن ثم للفحص الأمثل من oligos sgRNA مع زيادة نسبيا الجينات استهداف الكفاءة. هنا نعرض مثالا تمثيليا من أهداف 3 sgRNA للخراف DKK2 exon 1. SgRNA و xCas9 التعبير عن يمكن أن يبنى ناقلات قبل هضم العمود الفقري ناقلات(الشكل 2)تليها ربط ذلك في سلسلة من شظايا قصيرة مزدوجة حبلا الحمض النووي من خلال أزواج القلة. ويمكن الكشف عن المستعمرات الإيجابية من خلال أزواج التمهيدي محددة موجهة PCR(الشكل 3).

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

إجراءات استنساخ ناقلات sgRNA التي وصفناها هنا تسهل الإنتاج الفعال للـ sgRNAs ، مع معظم التكاليف المستمدة من طلب القلة وترتيب ناقلات. في حين أن الطريقة الموضحة مصممة للسماح للمستخدمين بتوليد sgRNAs للاستخدام مع CRISPR/Cas9 ، يمكن بسهولة تكييف البروتوكول للاستخدام مع تقويم Cas9 أو غيرها من عمليات الاستندق الموجهة من قبل RNA مثل Cpf1 ، وإدخال تعديلات طفيفة على العمود الفقري للنواقل وتسلسلات معلقة فوق القلووكليوتيدات.

وسيوفر البروتوكول المبين أعلاه هدفا مفضلا من الـ sgRNA في 10 أيام عندما يبدأ بـ ...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ويعلن أصحاب البلاغ أنهما لا يملكان مصالح مالية متنافسة.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تم تمويل هذا المشروع من قبل الدرجة الأولى برنامج العلوم في الأراضي العشبية من مقاطعة شاندونغ (الصين)، المؤسسة الوطنية للعلوم الطبيعية في الصين (31301936، 31572383)، الصندوق الخاص للبحوث الزراعية العلمية في المصلحة العامة (201403071)، وتقييم المخاطر الوطنية المشروع الخاص الرئيسي لجودة وسلامة منتجات الحليب (GJFP201800804) ومشاريع تشينغداو سبل العيش للشعب العلم والتكنولوجيا (19-6-1-68-nsh، 14-2-3-45-nsh، 13-1-3-88-nsh).

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
جيل جديد من أداة PCR المتدرجة بشاشة تعمل باللمسبالكامل LongGeneA200تضخيم الجينات المستهدفة
إنزيمات تقييد AscIنيو إنجلاند BiolabsR0558Vقطع نواقل الهدف
إنزيم تقييد BbsIنيو إنجلاند BiolabsR0539Sقطع ناقلات الهدف
منضدة عمل نظيفةAIRTECHSW-CJ-2FD / VS-1300L-Uجهاز تنقية جزئي على شكل تدفق رقائقي عمودي ، مما يخلق بيئة هواء نظيف محلية
عالية DH5 & alpha ؛ الخلايا المختصةTaKaRaK613تحويل ناقلات البلازميد
نظام فحص مراسل مزدوج LuciferasPromegaE1910فحص مراسل مزدوج luciferas
حمام مائي حراري كهربائيSanfa Scientific InstrumentsDK-S24كاشف التدفئة بدرجة حرارة ثابتة في حمام مائي
الرحلان الكهربائيبكين Liuyi التكنولوجيا الحيوية المحدودةDYY-6Cالتحكم في الجهد والتيار وما إلى ذلك.
مرجع Eppendorf 2Eppendorf China Ltd.المرجع 2رسم ونقل آثار محلل التصوير الجل
السائل بكين ليوي التكنولوجيا الحيوية المحدودة بدقةWD-9413Bلتحليل صور هلام الرحلان الكهربائي
GloMax 20/20 مقياس الإضاءةPromegaE5311الكشف عن نشاط لوسيفيراز مزدوج
طرد مركزي مبرد عالي السرعةBMHسيجما 3K15استخراج وتنقية الحمض
حاضنة كيميائية حيوية ذكيةSanfa Scientific InstrumentsSHP-160توفير بيئة درجة حرارة مناسبة لتجربة هضم الإنزيم
LB Broth AgarSangon BiotechA507003-0250لزراعة بكتريا قولونية
Lipofectamine 3000 طقم كاشف التعداءThermo FisherL3000015نقل الحمض النووي
SalI نيوإنجلاند BiolabsR3138Vقطع ناقلات الهدف
SanPrep العمود DNA Gel طقم الاستخراجSangon BiotechB518131-0050إعادة تدوير شظايا الحمض النووي
SanPrep Column Plasmid Mini-Preps KitSangon BiotechB518191-0100استخراج البلازميد DNA
T4 DNA LigaseNew England BiolabsM0202VLink DNA Part
TaKaRa MiniBEST طقم تنقية جزء الحمض النووي Ver.4.0TaKaRa9761تنقية الحمض النووي
العمودي معقم بالبخار بالضغطJIBIMEDLS-50LDدرجة حرارة عالية وأوتوكلاف لقتل البكتيريا والفطريات والكائنات الحية الدقيقة الأخرى في معدات المختبرات
ترموستات حمام الماءChangzhou Guoyu Instrument Manufacturing Co.، Ltd.SHZ-82دع البكتيريا تستمر في الاهتزاز ، وهو أمر جيد للتلامس مع الهواء.
جهاز النووي إنزيمات تقييد

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Zhang, H., et al. A surrogate reporter system for multiplexable evaluation of CRISPR/Cas9 in targeted mutagenesis. Scientific Reports. 8 (1), 1042(2018).
  2. Nageshwaran, S., et al. CRISPR Guide RNA Cloning for Mammalian Systems. Journal of Visualized Experiments. (140), (2018).
  3. Dang, Y., et al. Optimizing sgRNA structure to improve CRISPR-Cas9 knockout efficiency. Genome Biology. 16, 280(2015).
  4. Doench, J. G., et al. Optimized sgRNA design to maximize activity and minimize off-target effects of CRISPR-Cas9. Nature Biotechnology. 34 (2), 184-191 (2016).
  5. Moreno-Mateos, M. A., et al. CRISPRscan: designing highly efficient sgRNAs for CRISPR-Cas9 targeting in vivo. Nature Methods. 12 (10), 982-988 (2015).
  6. Joung, J., et al. Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout and transcriptional activation screening. Nature Protocols. 12 (4), 828-863 (2017).
  7. Yang, L., Yang, J. L., Byrne, S., Pan, J., Church, G. M. CRISPR/Cas9-Directed Genome Editing of Cultured Cells. Current Protocols in Molecular Biology. 107, 1-17 (2014).
  8. Yang, L., Mali, P., Kim-Kiselak, C., Church, G. CRISPR-Cas-mediated targeted genome editing in human cells. Methods in Molecular Biology. 1114, 245-267 (2014).
  9. Vidigal, J. A., Ventura, A. Rapid and efficient one-step generation of paired gRNA CRISPR-Cas9 libraries. Nature Communications. 6, 8083(2015).
  10. Mazon, G., Mimitou, E. P., Symington, L. S. SnapShot: Homologous recombination in DNA double-strand break repair. Cell. 142 (4), 646(2010).
  11. Doench, J. G., et al. Rational design of highly active sgRNAs for CRISPR-Cas9-mediated gene inactivation. Nature Biotechnology. 32 (12), 1262-1267 (2014).
  12. Lee, J. K., et al. Directed evolution of CRISPR-Cas9 to increase its specificity. Nature Communications. 9 (1), 3048(2018).
  13. Sung, Y. H., et al. Highly efficient gene knockout in mice and zebrafish with RNA-guided endonucleases. Genome Research. 24 (1), 125-131 (2014).
  14. Ran, F. A., et al. Double nicking by RNA-guided CRISPR Cas9 for enhanced genome editing specificity. Cell. 154 (6), 1380-1389 (2013).
  15. Sanger, F., Nicklen, S., Coulson, A. R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 74 (12), 5463-5467 (1977).
  16. Ruan, J., et al. Highly efficient CRISPR/Cas9-mediated transgene knockin at the H11 locus in pigs. Scientific Reports. 5, 14253(2015).
  17. An plasmid with double fluorescent groups and its application as standard substance. China patent. , 201210509946.1 (2012).
  18. Li, H., et al. Characterization of the porcine p65 subunit of NF-kappaB and its association with virus antibody levels. Molecular Immunology. 48 (6-7), 914-923 (2011).
  19. A pair of sgRNAs targeting porcine RELA gene. China patent. , 201510398717.0 (2015).

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

CRISPR PlasmidssgRNA ConstructionDual Luciferase ReporterKnockout EfficiencyMammalian CellsxCas9 VectorBbs1 DigestionColony PCR ScreeningLuciferase AssayT7EI Assay

Related Articles