يصف هذا البروتوكول نهج التهجين في الموقع الفعال للكشف عن مستويات التعبير mRNA والأنماط المكانية للجينات المستهدفة في السائل الكوليسي.
يتطلب اشتراك JoVE لعرض هذا المحتوى. تسجيل الدخول أو ابدأ نسخة تجريبية مجانية
مقالة منهجية
يصف هذا البروتوكول نهج التهجين في الموقع الفعال للكشف عن مستويات التعبير mRNA والأنماط المكانية للجينات المستهدفة في السائل الكوليسي.
التهجين في الموقع (ISH) هو تقنية مفيدة للغاية لتقديم أنماط التوزيع الخلوي لجينات محددة (على سبيل المثال، مرنا وncRNA) في الأنسجة. دودة sipunculid Sipunculus nudus هو مورد مصائد الأسماك الحاسمة كما أن لديها قيم غذائية وطبية عالية. حاليا ، فإن البحوث على البيولوجيا الجزيئية من Nudus Sipunculus لا تزال في مهدها. الغرض من هذه المقالة هو تطوير طريقة حساسة لتوطين مرنا محددة في السائل الكوليسي سيبونكولوس. يتضمن البروتوكول خطوات مفصلة من ISH ، بما في ذلك antisense المسمى digoxigenin وإعداد الريبوسبر بالإحساس ، وجمع السوائل الكيوموإعداد القسم ، وتهجين الريبوسوم المحدد ، واحتضان الأجسام المضادة ، والتلوين وعلاجات ما بعد التلوين. يتم عرض النتائج التمثيلية التي تم الحصول عليها من تجربة ناجحة باستخدام هذه الطريقة. وينبغي أن ينطبق البروتوكول على أنواع سيفونكولا الأخرى أيضا.
ISH، وذلك باستخدام مسبار الحمض النووي المسمى للكشف عن الحمض النووي محددة أو تسلسل الحمض النووي الريبي من الفائدة، هو وسيلة مفيدة لوصف نمط التعبير المكاني للجينات المستهدفة في الأنسجة المحفوظة شكليا1،2،3. عادة ، يتم إنشاء تسلسل الهدف عن طريق تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) ، ثم يستخدم كقالب لتوليف مسبار الحمض النووي الريبي المضاد / الإحساس المسمى بيوريدين-5-ثلاثي الفوسفات digoxigenin. يتم إصلاح العينات وpermeabilized قبل الحضانة مع الريبوسبر. بعد غسل قبالة التحقيق الزائد، يتم تصور التهجين من قبل الكيمياء المناعية باستخدام الأجسام المضادة للأكسجين، وهو القلوية فوسفاتاز مترافق3،,4،,5،,6.
Sipunculus nudus (فيلوم سيبوناولا؛ النظام Sipunculida: Sipunculidae) هو دودة بحرية غير مجزأة، coelomate ومتناظرة ثنائيا7،8. Sipunculus nudus هو نوع عالمي موزعة على نطاق واسع في المياه الساحلية الاستوائية والمعتدلة. كما أنها مورد صيد بحري مهم في جنوب الصين بسبب قيمها الغذائية والطبية العالية9،10. ومع ذلك ، فإن Sipunculus nudus في البيولوجيا الجزيئية لا يزال في مراحله الأولى. لفهم الدور البيولوجي للجينات بشكل كامل ، فإن التحقيق في أنماط تعبير الجينات في قرار خلوي هو أمر مهم بشكل كبير. في الكائن غير النموذجي Sipunculus nudus، لم يتم بعد إنشاء طريقة ISH ، وهي طريقة مثالية للكشف عن أنماط تعبير الجينات. يحتوي السائل الكائي على عدة أنواع من الخلايا ، بما في ذلك الخلايا الحبيبية ، وخلايا الجر ، والخلايا العمودية ، والخلايا الجرثومية ، والكريات الحمراء ، وما إلى ذلك11. الجنس المزدوج / ماب-3 عامل النسخ ذات الصلة-1(dmrt1),تستخدم كجين تمثيلي في هذه الطريقة, هو منظم النسخ المحفوظة للغاية من تحديد الجنس والتمايز في معظم الأنواع التي تتراوح بين اللافقاريات إلى الثدييات12,,13. في مجموعة من الأنواع (أي الإباحية السوداء، وما إلى ذلك) 14, تم التعبير عن dmrt1 في خلايا سيرتولي, المحيطة الخلايا الانباتية, وظيفتها مماثلة لخلايا التروبهوبلاس سبونكولوس. لذلك ، افترضنا أن dmrt1 من Sipunculus nudus يتم التعبير عنه في الخلايا الغذائية من الحيوانات المنوية ، ونتيجة لطريقة ISH أكدت بوضوح الفرضية.
يصف هذا البروتوكول لأول مرة ISH ، مع تحقيقات antisense/sense ssense /sense ssense ، لتحديد أنماط تعبير مرنا في مسحة السائل الكوافي. يتم توفير ظروف التفاعل الأمثل ، والتي تسمح بتصور حساس للغاية للتعبير مرنا بدقة عالية. يمكن تطبيق طريقة ISH المطورة في أنواع سيباونكوليدا أكثر من Sipunculus nudus.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
وقد وافقت لجنة رعاية الحيوان ورعاية الحيوان بجامعة هواتشياو على اجراء الحيوان .
1. ريبوسوبر التحضير
2- جمع السوائل الكيومية
3- التهجين في الموقع
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
ويرد موجز للخطوات التي تنطوي عليها ISH في الشكل 1. تم تصنيع Antisense والريبوسبر اتى للdmrt1 من منتجات PCR تضخيمها من cDNAs السائل coelomic. وتم التحقق من صحة منتجات الـ PCR عن طريق التسلسل المباشر. تم تصنيع Riboprobes باستخدام تي 7 RNA البوليميراز وفقا لبروتوكولات الشركة المصنعة وتقرير سابق4 مع بعض التعديلات الطفيفة. وترد الإشارات التمثيلية لـ ISH في الشكل 2. ISH من السائل الكولودوس السبّالي مع الريبوسبر المضاد للمنطق ا...
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
أظهرت الدراسات السابقة أن ISH مناسبة للكشف عن RNAs متعددة الهدف16،17،18. في هذا البروتوكول، وصفنا طريقة ISH عالية الدقة للكشف عن مرنا في السائل coelomic والتأكيد على ظروف التهجين الأمثل في سيبونكولوس nudus. أظهرت الإشارات الواضحة لـ dmrt1 التي لاحظناها التطبيق الناجح لهذا البروتوكول في الكشف عن التعبير الجيني(الشكل 2).
خلال التجربة، يجب إيلاء سلسلة من ال...
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
وليس لدى أصحاب البلاغ ما يكشفون عنه.
وقد دعم هذا العمل صندوق العلماء الشباب التابع للمؤسسة الوطنية للعلوم الطبيعية في الصين (المنحة رقم 31801034)، ومؤسسة العلوم الطبيعية في مقاطعة فوجيان، الصين (2016J01161)، وصناديق البحث العلمي في جامعة هواتياو (15BS306) والصندوق المبتكر للدراسات العليا في البحث العلمي بجامعة هواتشياو.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
| الاسم | الشركة | رقم فهرسي | التعليقات |
|---|---|---|---|
| Agarose | Biowest | 111860 | |
| شظايا Anti-digoxigenin-AP Fab | Roche | 11093274910 | |
| BCI / NBT طقم تطوير لون الفوسفاتيز القلوي | Beyotime | C3206 | |
| مصل البقر الألبومين | Sigma | B2064 | |
| الطرد المركزي | Eppendorf | 5415R | |
| حامض | الستريكشركة سينوفارم للكاشف الكيميائي | 5949-29-1 | |
| حامض الستريك ثلاثي الصوديوم | سينوفارم الكاشف الكيميائي | 4/3/6132 | |
| Coverslips | Beyotime | FCGF60 | |
| فورماميد منزوع الأيونات | Amresco | 12/7/1975 | |
| ثنائي إيثيل بيروكربونات ، DEPC | Sigma | D5758 | مادة ضارة |
| Digoxigenin (DIG) RNA Labeling Mix | Roche | 11277073910 | |
| DNase I ، | Invitrogen | 18047019 | |
| EDTA | Sigma | 431788 | |
| جل الرحلان الكهربائي التصوير | Bio-Rad | Universal Hood III | |
| الكاشف الكيميائي للإيثانول سينوفارم | 64-17-5 | ||
| مجموعات استخراج الجل | أوميغا | D2500 | |
| جهاز الرحلان الكهربائي الهلامي | بكين Liuyi | للأدوات DYY-6C | |
| Glycerol | Sinopharm Chemical Reagent Co. | 56-81-5 | |
| جلايسين | سيجما | G5417 | |
| الهيبارين | سيجما | 8/1/9041 | |
| KCl | شركة كاشف سينوفارم الكيميائي | 7447-40-7 | |
| KH2PO4 | Sinopharm Chemical Reagent Co. | 7778-77-0 | |
| LiCl | Sigma | 203637 | |
| كاشف كيميائي لحمض الماليك | Sinopharm | 110-16-7 | |
| شركة كاشف الميثانول سينوفارم للكيماويات | 67-56-1 | مادة ضارة | |
| MgCl2 | Sinopharm Chemical Reagent Co. | 7786-30-3 | |
| Na2HPO4 | Sinopharm Chemical Reagent Co. | 7558-79-4 | |
| كلوريد الصوديوم | Biofount | JT0001 | |
| هيدروكسيد الصوديوم | سينوفارم كاشف كيميائي | 1310-73-2 | المسببة للتآكل |
| Bemis، Inc. | PM-996 | ||
| Paraformaldehyde ، PFA | Sigma | 158127 | مادة ضارة |
| PCR أداة | Life Technology | دبابيس Proflex | |
| دبابيس | ديلي | 16 | |
| ماصة | Eppendorf | plus G | |
| Poly-D-lysine المجهر المعالج | شرائح Liusheng | VER_A01 | |
| Proteinase K | Sigma | SRE0005 | |
| RNase ماء خال | من HyClone | SH30538. 02 | |
| RNase مثبط | Roche | 3335399001 | |
| S. nudus | |||
| مصل الأغنام | Beyotime | C0265 | |
| جرة تلطيخ منزلقة | Beyotime | FG010 | |
| صندوق تخزين الشرائح | Beyotime | FBX011 | |
| مقص صغير معقم | Shuanglu | sku_8330 | |
| مقاييس الطيف | الضوئي Thermo Fisher | NanoDrop 2000 / 2000c | |
| T7 RNA polymerases | Roche | 10881767001 | |
| Taq DNA polymerase mix (2X) | Thermo Scientific | K1081 | |
| Tris HCl | Sigma | RES3098T | |
| tRNA | Roche | 10109517001 | |
| Tween-20 | Sigma | P1379 | |
| حمام مائي | Zhengzhou Great Wall Scientific Industrial | HH-S2 |
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.