مقالة منهجية

التوصيف والتنبؤ الوظيفي للبكتيريا في أنسجة المبيض

DOI:

10.3791/61878

⸱

أكتوبر 23, 2021

 ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Obstetrics and Gynecology, First Affiliated Hospital of Xi’an Jiaotong University, 2School of Social Sciences, University of Manchester, 3Department of Pathology, First Affiliated Hospital of Xi’an Jiaotong University, 4Omega Bioservices Inc

* These authors contributed equally

في هذه المقالة

ملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تم إجراء تلطيخ الكيمياء المناعية وتسلسل جين الحمض النووي الريبي الريبوسومي 16S (جين 16S rRNA) من أجل اكتشاف البكتيريا والتمييز بينها في أنسجة المبيض السرطانية وغير السرطانية في الموقع. تم التنبؤ بالاختلافات التركيبية والوظيفية للبكتيريا باستخدام BugBase والتحقيق النباتي للمجتمعات عن طريق إعادة بناء الدول غير الملمة (PICRUSt).

الملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

نظرية "عقيمة" الجهاز التناسلي العلوي الإناث تواجه معارضة متزايدة بسبب التقدم في الكشف عن البكتيريا. ومع ذلك، لم يتم بعد تأكيد ما إذا كان المبيضان يحتويان على البكتيريا. هنا، تم إدخال تجربة للكشف عن البكتيريا في أنسجة المبيض. اخترنا مرضى سرطان المبيض في مجموعة السرطان والمرضى غير السرطانيين في مجموعة التحكم. 16S تم استخدام تسلسل الجينات rRNA للتمييز بين البكتيريا في أنسجة المبيض من السرطان ومجموعات التحكم. وعلاوة على ذلك، توقعنا التكوين الوظيفي للبكتيريا التي تم تحديدها باستخدام BugBase وPICRUSt. ويمكن أيضا أن تستخدم هذه الطريقة في الأحشاء والأنسجة الأخرى منذ العديد من الأجهزة قد ثبت لإيواء البكتيريا في السنوات الأخيرة. قد يساعد وجود البكتيريا في الأحشاء والأنسجة العلماء على تقييم الأنسجة السرطانية والعادية وقد يساعد في علاج السرطان.

المقدمة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

في الآونة الأخيرة ، تم نشر عدد متزايد من المقالات التي تثبت وجود البكتيريا في الأحشاء الصلبة في البطن ، مثل الكلى والطحال والكبد والمبيض1،2. جيلر وآخرون وجدت البكتيريا في أورام البنكرياس, وكانت هذه البكتيريا مقاومة لgemcitabine, دواء العلاج الكيميائي2. S. مانفريدو فييرا وآخرون خلصت إلى أن المكورات المعوية gallinarum المحمولة إلى الغدد الليمفاوية, الكبد والطحال, ويمكن أن تدفع المناعة الذاتية3.

وبما أن عنق الرحم يلعب دورا كمدافع، فقد تم إجراء أبحاث طفيفة على البكتيريا الموجودة في الجهاز التناسلي العلوي للأنثى، والتي تحتوي على الرحم وقناتي فالوب والمبيضين. ومع ذلك، تم وضع بعض النظريات الجديدة في السنوات الأخيرة. البكتيريا قد يكون الوصول إلى تجويف الرحم خلال الدورة الشهرية بسبب التغيرات في mucins4,5. بالإضافة إلى ذلك، أكد زيرفومنولاكيس وآخرون أن الرحم، جنبا إلى جنب مع قناتي فالوب، هو مضخة تمعج يسيطر عليها نظام الغدد الصماء في المبيضين، وهذا الترتيب يمكن البكتيريا من دخول بطانة الرحم وقناتي فالوب والمبيضين6.

لم يعد الجهاز التناسلي العلوي لغزا بعد الآن بفضل تطوير طرق الكشف البكتيرية. Verstraelen وآخرون استخدم الباركود المقترن نهاية طريقة التسلسل لاكتشاف البكتيريا الرحمية من خلال استهداف في منطقة V1-2 hypervariable من الجين RNA 16S7. فانغ وآخرون تستخدم تسلسل الباركود في المرضى الذين يعانون من الاورام الحميدة بطانة الرحم وكشفت عن وجود البكتيريا داخل الرحم المتنوعة8. بالإضافة إلى ذلك، باستخدام الجين RNA 16S، مايلز وآخرون وتشن وآخرون وجدت البكتيريا في الجهاز التناسلي للنساء الذين خضعوا لاستئصال السالبنغو-oophorectomy واستئصال الرحم، على التوالي5،9.

اكتسبت البكتيريا في أنسجة الورم اهتماما متزايدا في السنوات الأخيرة. اكتشف بانيرجي وآخرون أن توقيع الميكروبيوم يختلف بين مرضى سرطان المبيض ويتحكمفي 10. وارتبطتنوكسيناترونوم سيبيريكوم مع مرحلة الورم, ويمكن استخدام ميثانوسارسينا vacuolata لتشخيص سرطان المبيض11. بالإضافة إلى سرطان المبيض، أثبتت أنواع السرطان الأخرى، مثل المعدة والرئة والبروستاتا والثدي وعنق الرحم والبطانة، أنها مرتبطة بالبكتيريا12و13و14و15و16و17و18. اقترح Poore وآخرون فئة جديدة من تشخيص الأورام القائم على الميكروبات ، وتوقع في مرحلة مبكرة من فحص السرطان19. في هذا البروتوكول، قمنا بالتحقيق في الاختلافات بين أنسجة المبيض السرطانية والعادية من خلال مقارنة تكوين ووظيفة البكتيريا في هذين النسيجين.

تم إجراء تلطيخ الكيمياء المناعية وتسلسل الجينات 16S rRNA لتأكيد وجود البكتيريا في المبيضين. تمت دراسة الاختلافات والوظائف المتوقعة لبكتيريا المبيض في أنسجة المبيض السرطانية وغير السرطانية. وأظهرت النتائج وجود البكتيريا في أنسجة المبيض. كانت مرتبطة Anoxynatronum سيبيريكوم وVacuolata ميتانوساركينا إلى المرحلة وتشخيص سرطان المبيض، على التوالي. تمت مقارنة ستة وأربعين مسارا مختلفا بشكل كبير ل KEGG كانت موجودة في كلتا المجموعتين.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

وقد وافقت على هذه الدراسة لجنة الأخلاقيات المؤسسية الطبية التابعة لأول مستشفى منتسب لجامعة شيان جياوتونغ (رقم XJTUIAF2018LSK-139). وتم الحصول على موافقة مستنيرة من جميع المرضى المسجلين.

1. معايير دخول مجموعة السرطان ومجموعة المكافحة

  1. بالنسبة لمجموعة السرطان ، تسجيل المرضى الذين يتم تشخيصهم في المقام الأول بسرطان المبيض ، وبعد استئصال البطن ، ثبت أنهم مصابون بسرطان المبيض المصلي من خلال النتائج المرضية.
  2. بالنسبة لمجموعة التحكم ، قم بتسجيل المرضى الذين يتم تشخيصهم في المقام الأول بالورم النخاعي الرحمي أو غد الرحم ، دون تقديم أي حالة المبيض ، والذين خضعوا لاستئصال الرحم واستئصال المبيض.
    ملاحظة: هذا المعيار غير محدد. كما يمكن تسجيل المرضى الذين يعانون من أمراض لا تؤثر على المبيضين الذين يخضعون لاستئصال الرحم واستئصال السالبنغو أوفورو.
  3. استبعاد المرضى الذين يعانون من واحد أو أكثر من المعايير التالية:
    النساء الحوامل أو المرضعات.
    تناول المضادات الحيوية قبل شهرين من الجراحة.
    وجود حمى أو علامات التهابية مرتفعة.
    وجود التهاب من أي نوع.
    بعد أن خضع للعلاج الكيميائي neoadjuvant.

2. جمع العينات

  1. أثناء الجراحة، ضع المبيضين المستئصالين في أنبوب معقم وضع الأنبوب في النيتروجين السائل لنقله. تجنب لمس أي شيء آخر طوال العملية بأكملها.
  2. فصل المبيضين إلى عينات الأنسجة سميكة ما يقرب من 1 سم مع زوج من ملاقط عقيمة جديدة تحت خزانة تدفق صفح. بعد الانفصال، احتفظ بالعينات عند -80 درجة مئوية.
    ملاحظة: جميع إجراءات جمع العينات هي مطهرة، بما في ذلك فصل المبيضين.

3. تسلسل الجين 16S rRNA

  1. استخراج الحمض النووي.
    1. إضافة 1.2 مل من العازلة EX تمنع في أنبوب الطرد المركزي 2 مل. ثم، إضافة 180-220 ملغ من العينات في الأنبوب. دع العينة تختلط بالكامل (70 درجة مئوية حمام مائي لمدة 5 دقائق ثم دوامة لمدة 15 s).
    2. الطرد المركزي أنبوب لمدة 1 دقيقة في 600 × ز.
    3. ضع 550 ميكرولتر من الناطور في أنبوب جديد سعة 1.5 مل، وطارد مركزي لمدة دقيقة واحدة عند 600 × ز.
    4. نقل 400 ميكرولتر من supernatant مع 30 ميكرولتر من البروتين K إلى أنبوب آخر 1.5 مل.
    5. إضافة 400 ميكرولتر من AL العازلة واستخدام خلاط دوامة لمدة 15 ثانية.
    6. حضانة في 70 درجة مئوية لمدة 10 دقيقة.
    7. إضافة 400 ميكرولتر من الكحول 96-100٪. استخدام خلاط دوامة لمدة 15 ق.
    8. نقل 600 ميكرولتر من الخليط إلى عمود امتصاص وطارد مركزي لمدة دقيقة واحدة عند 13700 غرام. تبادل أنبوب أقل. كرر هذه الخطوة 11 مرة.
    9. أضف 500 ميكرولتر من AW1 العازلة، والطرد المركزي لمدة دقيقة واحدة عند 13700 × غرام، وغير الأنبوب السفلي.
    10. أضف 500 ميكرولتر من AW2 العازلة، والطرد المركزي لمدة 3 دقائق عند 13700 × ز، وغير الأنبوب السفلي.
    11. جهاز طرد مركزي لمدة 3 دقائق عند 13,700 x g.
    12. نقل الخليط إلى أنبوب جديد 1.5 مل، إضافة 200 ميكرولتر من ATE العازلة، واحتضان في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق والطرد المركزي لمدة 1 دقيقة في 13700 × ز.
  2. اختبار الجودة. استخدام 1٪ سيفروز هلام الكهربائي لاختبار الجودة. إضافة 400 نانوغرام من العينة، 120 V، 30 دقيقة. النتيجة المثالية: تركيز الحمض النووي: ≥ 10 نانوغرام/ميكرولتر، نقاء الحمض النووي: A260/A280 = 1.8-2.0، الحمض النووي الإجمالي: ≥ 300 نانوغرام.
  3. إعداد المكتبات باستخدام مجموعة تسلسل metagenomic 16S وفقا لبروتوكول الشركة المصنعة.
    1. تنفيذ PCR. باختصار، كل تفاعل PCR 25 ميكرولتر يحتوي على 12.5 نانوغرام من عينة الحمض النووي كمدخل، 12.5 ميكرولتر من 2x KAPA HiFi HotStart ReadyMix و 5 ميكرولتر من كل التمهيدي في 1 ميكرومتر.
    2. تنفيذ PCR باستخدام البروتوكول التالي: خطوة التشبع الأولية التي أجريت في 95 درجة مئوية لمدة 3 دقائق تليها 25 دورات من التشبع (95 درجة مئوية، 30 ق)، والتمليس (55 درجة مئوية، 30 s) وتمديد (72 درجة مئوية، 30 ق)، والاطالة النهائية من 5 دقائق في 72°C.
    3. تنظيف المنتج PCR من مزيج التفاعل مع الخرز المغناطيسي باستخدام تعليمات الشركة المصنعة.
    4. كرر الخطوتين 3.3.1 و3.3.2.
    5. اختبار الجودة. يرجى الرجوع إلى الخطوة 3.2.
    6. كرر الخطوة 3.3.3.
    7. اختبار الجودة. استخدام 1٪ سيفروز هلام الكهربائي لاختبار النجاسة، والمطياف لاختبار النقاء، والفلورومتر لاختبار التركيز، وعدة فحص الحمض النووي الريبي لاختبار السلامة. اتبع بروتوكول الشركة المصنعة. تطبيع وتجميع المكتبات؛ ثم تسلسل (2 × 300 نقطة أساس المقترنة نهاية إعداد القراءة) باستخدام 600 دورة V3 خلايا التدفق القياسية، وإنتاج ما يقرب من 100،000 المقترنة نهاية 2 × 300 يقرأ قاعدة.
      ملاحظة: تسلسل التمهيدي كامل الطول: 16S أمبيرليكون بوليمراز سلسلة من ردود الفعل (PCR) التمهيدي الأمامي: 5 ' TCGTCGGGCGCGTGTGTATAAGA GACAG-[CCTACGGGNGG CWGCAG] و16S أمبيرليكون PCR التمهيدي العكسي: 5 'GTCTCGTGGGCTCGGGAGGTATAAGAGACAG-[GACTACHVGGTATCTAATCC].

4. تحليل 16S rRNA بيانات تسلسل الجينات

  1. تصفية قراءات الخام من كل عينة على أساس جودة التسلسل مع حزمة البرمجيات QIIME 2-20180220.
    1. نسخ ثلاثة ملفات في الدليل: emp-المقترنة-end-sequences_01
      ملف .gz forward.fastq واحد يحتوي على قراءة التسلسل للأمام،
      ملف واحد عكس.fastq.gz يحتوي على قراءة التسلسل العكسي،
      ملف واحد barcodes.fastq.gz يحتوي على الرمز الشريطي المقترن يقرأ
    2. أعدم
      استيراد أدوات qiime \
      --اكتب EMPPairedEndSequences \
      --input-path emp-يقترن-نهاية-sequences_01 \--إخراج-مسار emp-المقترن-نهاية-sequences_02.qza
  2. إزالة التمهيدي ومحول تسلسل.
    qiime قطعة تقليم يقترن \
    --i-demultiplexed-تسلسلات demultiplexed-seqs_02.qza \
    --ف الجبهة و GCTACGGGGGG \
    -- ف الجبهة ص GCTACGGGGGG \
    --p-معدل الخطأ 0 \
    --الجودة قطع 25 \
    --o-قلصت تسلسل قلصت-seqs_03.qza \
    --مطول
  3. تقصير تسلسل يقرأ فيها كل من الصفات المقترنة نهاية أقل من 25. انظر أعلاه -- الجودة قطع 25
  4. تحليل بيانات التسلسل.
    1. جمع تسلسل لتشكيل وحدات التصنيف التشغيلية (OTUs) مع قطع التشابه في 97٪.
      qiime vsearch تسلسلات dereplicate \
      --i-تسلسل قلصت-seqs_03.qza \
      -- س dereplicated الجدول table_04.qza \
      --o-تسلسلات dereplicated-rep-seqs_04.qza
      ​
      qiime vsearch الكتلة ميزات مغلقة المرجع \
      --i-الجدول table_04.qza \
      --i-تسلسل مندوب seqs_04.qza \
      --i-تسلسل مرجع 97_otus.qza \
      --p-perc-الهوية 0.97 \
      -- س جدول متفاوت المسافات - cr - 97.qza \
      --o-متفاوتة-تسلسلات مندوب-seqs-cr-97.qza \
      --o-لا مثيل لها تسلسل لا مثيل لها cr-97.qza
    2. بالنسبة ل OTUs، احسب الوفرة النسبية في كل عينة. وفرة المعلومات في الجدول cr-97.qza
  5. توظيف مصنف بايزي الأصلي، الذي يهدف إلى مجموعة التدريب RDP (الإصدار 9؛ http://sourceforge.net/projects/rdp-classifier/)، لفرز جميع التسلسلات. معلومات التصنيف المعينة في الجدول cr-97.qza
  6. ضمن وحدة الإرسال الكبرى المعينة، قم بتعيين تصنيف يعكس التماسك الرئيسي للتسلسلات إلى وحدات OTUs. ثم قم بمحاذاة وحدات OTUs. انظر الجدول cr-97.qza وممثل-seqs-cr-97.qza
  7. استنادا إلى معلومات مجموعة العينة، قم بأداء فهارس ألفا المتنوعة (بما في ذلك فهارس تشاو 1، ACE، شانون، سيمبسون و Evenness) وتحليل الإحداثيات الرئيسية المستندة إلى UniFrac (PCoA).
    تصدير أدوات qiime \
    --الإدخال المسار الجدول cr-97.qza \
    --output-مسار تصدير-ميزة-جدول
    تصدير ميزة الجدول

    qiime التنوع ألفا \
    --i جدول-cr-97.qza \
    --p-متري observed_otus \
    -- o-ألفا التنوع observed_otus_vector.qza

    qiime التنوع بيتا \
    --i جدول-cr-97.qza \
    --p متري برايكورتس \
    --o مصفوفة المسافة unweighted_unifrac_distance_matrix.qza

5. التنبؤ بالوظيفة البكتيرية

  1. للتنبؤ بالتمثيل ذي الصلة لخصائص البكتيريا ، استخدم BugBase21. يتم إعداد جدول OTU الإدخال ل BugBase باستخدام الأوامر التالية.
    biom تحويل -i otu_table.biom -o otu_table.txt --إلى tsv
    biom تحويل -i otu_table.txt -o otu_table_json.biom --الجدول نوع = "OTU الجدول" -- إلى json
    ملاحظة: يستند التنبؤ إلى ست فئات من النمط الظاهري (Ward et al. غير منشورة) (https://bugbase.cs.umn.edu/): تلطيخ الغرام، وتحمل الأكسجين، والقدرة على تشكيل الأغشية الحيوية، ومحتوى العنصر المتنقل، والتسبب في الأمراض، وتحمل الإجهاد التأكسدي.
  2. التنبؤ التكوين الوظيفي للميتاجينوم من قبل PICRUSt مع استخدام البيانات الجينية علامة وقاعدة بيانات تحتوي على الجينوم المرجعي22.
    make_otu_table.py -i microbiome_97/uclust_ref_picked_otus/test_paired_otus.txt-t/mnt/nas_bioinfo/ref/qiime2_ref/97_otu_taxonomy.txt -o otu_table.biom &
    normalize_by_copy_number.py -i otu_table.biom -o normalized_otus.biom
    predict_metagenomes.py -i normalized_otus.biom -o metagenome_predictions.biom
    categorize_by_function.py -i metagenome_predictions.biom -c "KEGG_Pathways" -l 1 -o picrust_L1.biom
    categorize_by_function.py -f-i metagenome_predictions.biom-c KEGG_Pathways-l 1-o metagenome_predictions. L1.txt
  3. تحليل الاختلافات في الوظائف بين كل مجموعة بمساعدة STAMP23،24. يرجى الرجوع إلى الاستشهادات لتشغيل البرنامج.

6. البيانات

  1. استخدام البرامج الإحصائية لحساب أهمية النتائج. وينبغي تحديد الإشارة إلى الأهمية الإحصائية على أنها P < 0.05.
  2. تقييم الفروق في العمر والتكافؤ حسب اختبار الطالب t. تقييم الاختلافات في حالة انقطاع الطمث، وتاريخ ارتفاع ضغط الدم ومرض السكري عن طريق اختبار تشي مربع. تقييم الاختلافات في عدد من الأنواع البكتيرية المبيض من قبل اختبار مان ويتني يو.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

المرضي
وشملت الدراسة ما مجموعه 16 مريضا مؤهلا. وشملت مجموعة المراقبة 10 نساء مع تشخيص ورم الرحم الحميد (من بينها، تم تشخيص 3 مرضى مع الورم النخاعي الرحمي، وتم تشخيص 7 مرضى مع غد الرحم). وفي الوقت نفسه، احتوت مجموعة السرطان على 6 نساء مصابات بتشخيص لسرطان المبيض المصلي (من بينهن مريضان تم تشخيصإصابتهما بالمرحلة الثانية، وتم تشخيص حالتين منهن بالمرحلة الثالثة). لم تظهر الخصائص التالية أي اختلافات بين المرضى في المجموعة الرقابية ومجموعة السرطان: العمر، وحالة انقطاع الطمث، والتكافؤ، وتاريخ ارتفاع ضغط الدم...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

سرطان المبيض له تأثير ملحوظ على خصوبة المرأة25. يتم تشخيص معظم مرضى سرطان المبيض في المراحل المتأخرة، ومعدل البقاء على قيد الحياة لمدة 5 سنوات هو أقل من 30٪18. وقد نشر تأكيد للبكتيريا في الأحشاء الصلبة في البطن، بما في ذلك الكبد والبنكرياس والطحال. يحدث وجود البكتيريا في الجهاز التناسلي الأنثوي العلوي لأن عنق الرحم غير مغلق2،3،4،5. ومع ذلك، لم يتم...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

وليس لدى صاحبي البلاغ ما يكشفان عنه.

شكر وتقدير

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تم دعم هذا العمل من خلال جائزة البحوث السريرية لأول مستشفى تابع لجامعة شيان جياوتونغ، الصين (XJTU1AF-2018-017، XJTU1AF-CRF-2019-002)، مشروع البحوث الأساسية الرئيسية للعلوم الطبيعية في إدارة العلوم والتكنولوجيا الإقليمية شنشي (2018JM7073، 2017ZDJC-11)، المشروع الرئيسي للبحث والتطوير التابع لإدارة العلوم والتكنولوجيا في مقاطعة شنشي (2017ZDXM-SF-068، 2019QYPY-138)، مشروع الابتكار التكنولوجي التعاوني لمقاطعة شنشي (2 017XT-026, 2018XT-002), ومشروع البحوث الطبية لخطة شيان لتوجيه التنمية الاجتماعية (2017117SF/YX011-3). لم يكن للممولين أي دور في تصميم الدراسة أو جمع البيانات وتحليلها أو قرار نشر المخطوطة أو إعدادها.

نشكر الزملاء في قسم أمراض النساء في المستشفى التابع الأول لجامعة شيان جياوتونغ على مساهماتهم في جمع العينات.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
2200 برنامج TapeStationAgilgent
الولايات المتحدة
AmpliSeq لإعداد مكتبة Illumina والفهارس والملحقاتIllumina
Image-pro plus 7Media Cybernetics
Leica ASP 300SLeica Biosystems قسم النظم الحيوية من Leica Microsystems
Leica EG 1150Leica Biosystems قسم Leica Microsystems
Leica RM2235Leica Biosystems Division of Leica Microsystems
LPS Core أحادي النسيلة الجسم المضاد ، استنساخ WN1 222-5Hycult Biotech
Mag-Bind RxnPure Plus الخرز المغناطيسيأوميغا بيوتيكM1386-00
Mag-Bind العالمي Pathogen 96 Kitأوميغا BiotekM4029-01
MiSeqبيانات سيلوميناSY-410-1003
معهدماكس بلانك لعلم الأحياء الدقيقة البحرية وجامعة
نظام QuantiFluor dsDNAPromegaE2670
TrimmomaticBj & ouml; rn Usadel
ZytoChem Plus (HRP) مجموعة مضادة للأرانب (DAB)أنظمة زيتوميدHRP008DAB-RB
قاعدة جاكوبس

المراجع

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Manfredo Vieira, S., et al. Translocation of a gut pathobiont drives autoimmunity in mice and humans. Science. 359 (6380), 1156-1161 (2018).
  2. Geller, L. T., et al. Potential role of intratumor bacteria in mediating tumor resistance to the chemotherapeutic drug gemcitabine. Science. 357 (6356), 1156-1160 (2017).
  3. Manfredo, V. S., et al. Translocation of a gut pathobiont drives autoimmunity in mice and humans. Science. 359 (6380), 1156-1161 (2018).
  4. Brunelli, R., et al. Globular structure of human ovulatory cervical mucus. FASEB J. 21 (14), 3872-3876 (2007).
  5. Chen, C., et al. The microbiota continuum along the female reproductive tract and its relation to uterine-related diseases. Nature Communications. 8 (1), 875(2017).
  6. Zervomanolakis, I., et al. Physiology of upward transport in the human female genital tract. Annals of the New York Academy of Sciences. 1101, 1-20 (2007).
  7. Verstraelen, H., et al. Characterisation of the human uterine microbiome in non-pregnant women through deep sequencing of the V1-2 region of the 16S rRNA gene. PeerJ. 4, 1602(2016).
  8. Fang, R. L., et al. Barcoded sequencing reveals diverse intrauterine microbiomes in patients suffering with endometrial polyps. American Journal of Translational Research. 8 (3), 1581-1592 (2016).
  9. Miles, S. M., Hardy, B. L., Merrell, D. S. Investigation of the microbiota of the reproductive tract in women undergoing a total hysterectomy and bilateral salpingo-oopherectomy. Fertil Steril. 107 (3), 813-820 (2017).
  10. Banerjee, S., et al. The ovarian cancer oncobiome. Oncotarget. 8 (22), 36225-36245 (2017).
  11. Wang, Q., et al. The differential distribution of bacteria between cancerous and noncancerous ovarian tissues in situ. Journal of Ovarian Research. 13 (1), 8(2020).
  12. Wang, L., et al. Bacterial overgrowth and diversification of microbiota in gastric cancer. European Journal of Gastroenterology & Hepatology. 28 (3), 261-266 (2016).
  13. Hosgood, H. D., et al. The potential role of lung microbiota in lung cancer attributed to household coal burning exposures. Environmental and Molecular Mutagenesis. 55 (8), 643-651 (2014).
  14. Kwon, M., Seo, S. S., Kim, M. K., Lee, D. O., Lim, M. C. Compositional and Functional Differences between Microbiota and Cervical Carcinogenesis as Identified by Shotgun Metagenomic Sequencing. Cancers. 11 (3), 309(2019).
  15. Urbaniak, C., et al. The Microbiota of Breast Tissue and Its Association with Breast Cancer. Applied and Environmental Microbiology. 82 (16), 5039-5048 (2016).
  16. Feng, Y., et al. Metagenomic and metatranscriptomic analysis of human prostate microbiota from patients with prostate cancer. BMC Genomics. 20 (1), 146(2019).
  17. Walsh, D. M., et al. Postmenopause as a key factor in the composition of the Endometrial Cancer Microbiome (ECbiome). Scientific Reports. 9 (1), 19213(2019).
  18. Walther-Antonio, M. R., et al. Potential contribution of the uterine microbiome in the development of endometrial cancer. Genome Medicine. 8 (1), 122(2016).
  19. Poore, G. D., et al. Microbiome analyses of blood and tissues suggest cancer diagnostic approach. Nature. 579 (7800), 567-574 (2020).
  20. Bolger, A. M., Lohse, M., Usadel, B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics. 30 (15), 2114-2120 (2014).
  21. Ward, T., et al. BugBase predicts organism-level microbiome phenotypes. bioRxiv. , (2017).
  22. Langille, M. G., et al. Predictive functional profiling of microbial communities using 16S rRNA marker gene sequences. Nature Biotechnology. 31 (9), 814-821 (2013).
  23. Langille, M. G. I., et al. Predictive functional profiling of microbial communities using 16S rRNA marker gene sequences. Nature Biotechnology. 31 (9), 814(2013).
  24. Parks, D. H., Tyson, G. W., Hugenholtz, P., Beiko, R. G. STAMP: statistical analysis of taxonomic and functional profiles. Bioinformatics. 30 (21), 3123(2014).
  25. Leranth, C., Hamori, J. 34;Dark" Purkinje cells of the cerebellar cortex. Acta Biologica Hungarica. 21 (4), 405-419 (1970).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه

طلب إذن

الوسوم

Ovarian Tissue Bacteria16S rRNA SequencingImmunohistochemistry StainingBugBase AnalysisPICRUSt Functional PredictionSterile Tissue ProcessingDNA Library PreparationQIIME Data AnalysisAlpha Diversity MetricsStatistical Significance Testing

مقالات ذات صلة