يتطلب اشتراك JoVE لعرض هذا المحتوى. تسجيل الدخول أو ابدأ نسخة تجريبية مجانية

مقالة منهجية

التنميط N-glycan للبروتينات السكرية عن طريق الكروماتوغرافيا السائلة للتفاعل المحب للماء مع التألق والكشف الطيفي الكتلي

1.3K مشاهدات

⸱

DOI:

10.3791/62751

⸱

سبتمبر 25, 2021

 , 
1Department of Biomedical Engineering, Karabuk University, 2Department of Chemistry, Hacettepe University

في هذه المقالة

ملخص

يعد التنميط N-glycan للبروتينات السكرية أمرا ضروريا لاكتشاف المؤشرات الحيوية الجديدة وفهم وظائف الجليكان في الأحداث الخلوية. بالإضافة إلى ذلك ، يعد تحليل N-glycan للمستحضرات الصيدلانية الحيوية للبروتين مهما جدا للاستخدام البشري. في هذه المقالة الحالية ، تم تقديم استراتيجية عالية الإنتاجية لتحديد وقياس هياكل N-glycan باستخدام تقنية HILIC-FLD-MS / MS.

الملخص

الارتباط بالجليكوزيل هو تعديل حيوي موجود في البروتينات. مطلوب التنميط N-glycan للبروتينات السكرية للكشف عن مرشحي المؤشرات الحيوية الجديدة وتحديد تغيرات الجليكان في الأمراض. معظم البروتينات الصيدلانية الحيوية المتاحة تجاريا هي البروتينات السكرية. تتأثر فعالية هذه الأدوية بأنماط الارتباط بالجليكوزيل. لذلك ، من الضروري استخدام طريقة توصيف متعمقة ل N-glycans. هنا ، نقدم نهجا شاملا للتحليل النوعي والكمي ل N-glycans باستخدام كروماتوغرافيا سائل التفاعل المحبة للماء المجهز بالكشف عن التألق وقياس الطيف الكتلي الترادفي (HILIC-FLD-MS / MS). تم إطلاق N-glycans من البروتينات السكرية بطريقة سهلة وتم تصنيفها بواسطة علامة فلوروفور بروكايناميد في الاستراتيجية. بعد ذلك ، تم تحليل البروكايناميد المسمى N-glycans بواسطة تقنية HILIC-FLD-MS / MS. في هذا النهج ، تم تأكيد هياكل N-glycan من خلال التحليل الطيفي للكتلة الترادفية ، بينما تم استخدام الكشف عن التألق للتحليل الكمي. تم وصف تطبيق لتحليل البيانات لقمم N-glycan المكتشفة في الدراسة. يمكن تطبيق هذا البروتوكول على أي بروتين سكري مستخرج من أنواع مختلفة.

المقدمة

الارتباط بالجليكوزيل هو تعديل حيوي بعد الترجمة لوحظ فيالبروتينات 1. تنظم العمليات الأنزيمية المتعددة تعديل الارتباط بالجليكوزيل في الكائنات الخلوية. ترتبط الجليكان بالبروتينات من خلال هذه العمليات الأنزيمية ، وتسمى البروتينات الخاضعة لهذا التعديل بالبروتينات السكرية1. يلاحظ نوعان من الغليكوزيلات بشكل شائع في البروتينات. O-glycosylation هو ارتباط O-glycans بالسلسلة الجانبية لبقايا الأحماض الأمينية سيرين أو ثريونين. N-glycosylation هو ارتباط N-glycans بالسلسلة الجانبية لبقايا الأحماض الأمينية الأسباراجين في البروتين.

يتأثر هيكل البروتينات واستقرارها وطيها بمرفقات الجليكان2. تؤثر عملية الغليكوزيلاسیون بشكل كبير على وظائف البروتينات ، وتنظم البروتينات السكرية العديد من الوظائف الخلوية في الكائناتالحية 3،4. على سبيل المثال ، تحمي البروتينات شديدة الغليكوزيلات البروتينات السكرية من التحللالبروتيني 5. مثال آخر هو جليكانات بروتينات الغدة الدرقية التي تنظم نقل Tg وتخليق الهرمونات6،7. لشرح أدوارهم في الأحداث الخلوية ، يلزم توصيف متعمق للبروتيناتالسكرية 8.

تتغير ملامح N-glycan للبروتينات السكرية في حالات المرض9،10،11،12. مطلوب التنميط N-glycans المشتق من البروتينات السكرية الهامة أو سوائل الجسم لاكتشاف مؤشرات حيوية جديدة وفهم تغيرات النشاط الأنزيمي في حالات المرض. من ناحية أخرى ، فإن معظم المستحضرات الصيدلانية الحيوية للبروتين هي بروتينات سكرية ، وتؤثر ملامح الجليكان الخاصة بها على فعالية الدواء13. لذلك ، يجب إجراء طريقة مقبولة للتنميط N-glycan في تطوير المستحضرات الصيدلانية الحيوية البروتينية المناسبة للاستخدام البشري14.

Glycomics هو تخصص ناشئ يستخدم لتحديد وتحديد هياكل الجليكان للجزيئات الجليكوزيلية15،16. تم استخدام العديد من الطرق لتنميط الجليكانات للأنواع الجليكوزيلية ، بما في ذلك الرنين المغناطيسيالنووي 17 و MS18. الكروماتوغرافيا السائلة للتفاعل المحب للماء - مع الكشف عن التألق (HPLC-HILIC-FLD) هي الطريقة القياسية الذهبية لتنميط N-glycans المشتقة من البروتينات السكرية19. عندما يتم الجمع بين هذه الاستراتيجية والكشف الطيفي الكتلي ، يمكن أن يكون تحديد هياكل N-glycan أسهل وأكثر موثوقية. تتميز معظم علامات التألق المستخدمة في تحليل N-glycan باستخدام قياس الطيف الكتلي بكفاءة تأين منخفضة. في المقابل ، يزيد البروكايناميد من كفاءة التأين ل N-glycans ، والتي تستخدم للحصول على أطياف كتلة ترادفية فعالة لهياكل N-glycan 20،21. يمكن الحصول على شظايا محددة من هذه الاستراتيجية عن طريق قياس الطيف الكتلي الترادفي للتحديد الهيكلي ل N-glycans مثل النواة fucosylated22 (proc-HexNAc1Fuc1) وأنواع التقسيم23 (proc-Hex1HexNAc3 ، proc-Hex1HexNAc3Fuc1).

توضح هذه الدراسة بروتوكولا سهلا للتنميط N-glycan للبروتينات السكرية باستخدام HILIC-FLD-MS / MS. تتضمن الطريقة المقدمة أربع خطوات: (1) إطلاق N-glycans من البروتينات السكرية (2) وضع العلامات على N-glycans بواسطة علامة بروكايناميد (3) تنقية البروكايناميد المسمى N-glycans ، و (4) تحليل البيانات.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

ملاحظة: البلازما البشرية المستخدمة متاحة تجاريا (جدول المواد). لم يتم استخدام أي عينات بيولوجية أخرى تم الحصول عليها من البشر.

1. إطلاق الجليكان

  1. تمسخ البروتينات (جليكو)
    1. قم بإعداد معايير البروتين السكري (على سبيل المثال ، IgG ، وهو جسم مضاد أحادي النسيلة) بتركيز 10 ميكروغرام ميكرولتر -1 في H2O منزوع الأيونات. بالنسبة للبلازما البشرية ، يبلغ التركيز المستخدم 70 ميكروغرام ميكرولتر -1.
      ملاحظة: يجب أن تكون العينات دوامة حتى تذوب جميع البروتينات الصلبة. تم استخدام البلازما البشرية (المجففة) لتحضير عينات البلازما.
    2. خذ 20 ميكرولتر من عينات البروتين السكري (200 ميكروغرام) والبلازما البشرية المجففة بالتجميد (1.4 مجم).
    3. أضف 40 ميكرولتر من 2٪ SDS (كبريتات دوديسيل الصوديوم) (وزن / حجم).
    4. احتضان العينات عند 60 درجة مئوية لمدة 10 دقائق لتغيير طبيعة البروتينات (الجليكو).
      ملاحظة: يمكن خلط العينات عند 500 دورة في الدقيقة بواسطة خلاط حراري أثناء الحضانة. يمكن استخدام حمام مائي مهتز بدلا من ذلك.
  2. إطلاق الجليكان
    1. أضف 20 ميكرولتر من 4٪ Igepal-CA630 إلى العينات من الخطوة 1.1.4.
    2. أضف 20 ميكرولتر من 5x PBS (محلول ملحي عازل للفوسفات).
    3. تحضير إنزيم PNGase F بتركيز 1 U · μL -1 في الماء منزوع الأيونات.
    4. أضف 1 وحدة من الإنزيم لمعايير البروتين السكري و 2 وحدة من الإنزيم لعينات البلازما البشرية.
    5. احتضان العينات عند 37 درجة مئوية لمدة 16 ساعة.
  3. وضع العلامات على Procainamide
    1. تحضير محلول الملصقات باستخدام حمض بروكايناميد هيدروكلوريك (110 مجم · مل -1 في DMSO / AA (ثنائي ميثيل سلفوكسيد / حمض الخليك الجليدي) 7/3 ، v / v).
    2. تحضير محلول أمينين مختزل باستخدام سيانوبوروهيدريد الصوديوم (65 مجم · مل -1 في DMSO / AA ، 7/3 ، v / v).
      تنبيه: سيانوبوروهيدريد الصوديوم شديد السمية وقابل للاشتعال. ارتد واقيات للعين. يمكن استخدام مركب 2-بيكولين بوران (107 مجم · مل -1 في DMSO) بدلا من ذلك.
    3. امزج هذه المحاليل بنسبة 1: 1 ، v / v لتحضير خليط الملصقات.
    4. أضف 100 ميكرولتر من خليط الملصقات هذا إلى عينة الجليكان المنبعثة من الخطوة 1.2.5.
    5. احتضان العينات عند 65 درجة مئوية لمدة ساعتين.

2. تنقية البروكايناميد المسمى N- glycans بواسطة خرطوشة استخراج الطور الصلب (SPE)

  1. تحضير محلول السليلوز الجريزوفولفين (100 مجم · مل -1) في الماء منزوع الأيونات.
  2. خذ 300 ميكرولتر من السليلوز الجريزوفولفين وأدخله في أنابيب الطرد المركزي الدقيقة.
  3. اغسل السليلوز الجريزوفولفين ب 1 مل من H2O.
  4. اغسل السليلوز الجريزوفولفين ب 1 مل من ACN / MQ (الأسيتونيتريل / الدي هيومن2O) ، 85/15 ، v / v للتكييف.
    ملاحظة: يجب استخدام جهاز الطرد المركزي الدقيق لمدة 1 دقيقة للتخلص من محاليل الغسيل بعناية.
  5. خذ 120 ميكرولتر من محلول إطلاق الجليكان واخلطه مع 680 ميكرولتر من ACN للحصول على ظروف التحميل المناسبة (85/15 ، حجم / حجم ، ACN / عينة).
  6. امزج هذا الخليط مع السليلوز الجريزوفولفين في أنابيب الطرد المركزي الدقيقة.
  7. احتضنه في درجة حرارة الغرفة في خلاط حراري عن طريق رجه عند 500 دورة في الدقيقة لمدة 15 دقيقة.
  8. انقل الملاط إلى خرطوشة SPE (سعة حجم 1 مل).
    ملاحظة: لا تسمح للهواء بالدخول إلى عبوة الخرطوشة.
  9. تخلص من محاليل التحميل عن طريق المرور ببطء (1 قطرة / ثانية).
    ملاحظة: تأكد من توصيل نظام SPE بمضخة التفريغ. قد تتدفق المذيبات مع الجاذبية. عند الضرورة ، قم بتطبيق الفراغ عبر مضخة تفريغ. يجب ضبط ضغط الفراغ المطبق بشكل مناسب لنقل السوائل ببطء.
  10. اغسل العينة عن طريق تمرير 1 مل من محلول ACN / MQ / TFA (أسيتونيتريل / ديساهرتز2O / حمض ثلاثي فلورو أسيتيك) (85/14/1 ، v / v / v) مرتين.
  11. اغسل العينة عن طريق تمرير 1 مل من خليط ACN / MQ (85/15 ، v / v) مرتين.
  12. قم بتخفيض البروكايناميد المسمى N-glycans ب 0.75 مل من الماء.
  13. جفف محلول الشطف باستخدام مكثف طوال الليل.
    ملاحظة: استخدم درجة حرارة مكثف تبلغ 45 درجة مئوية للتجفيف.
  14. قم بإذابة العينات المجففة في خليط من 100 ميكرولتر من ACN / MQ (75/25 ، v / v) ونقل هذا المحلول إلى القوارير ، بما في ذلك إدخال.
    ملاحظة: يجب أن تكون العينات المعاد إذابتها دوامة لمدة 20 ثانية.

3. تحليل HILIC-FLD-MS / MS

  1. أدخل محولات Tee (T) في عمود HILIC لفصل التدفق إلى مجلدين متساويين. قم بتوصيل أحدهما بكاشف FLD ، والآخر بكاشف MS.
    ملاحظة: يجب أن تكون خطوط التدفق بنفس الأطوال.
  2. اضبط برنامج التدرج لفواصل HILIC من البروكايناميد المسمى N-glycans كما هو موضح في الشكل التكميلي 1. استخدم المرحلة المتنقلة أ: 50 ملي مولار فورمات الأمونيوم (الرقم الهيدروجيني: 4.4 والمرحلة المتنقلة ب: 100٪ ACN).
    ملاحظة: يمكن تحسين برنامج التدرج بشكل أكبر اعتمادا على عدم تجانس الجليكان للعينات.
  3. انقر فوق الزر Sampler واضبط حجم الحقن على 10 ميكرولتر.
  4. انقر فوق Column Comp واضبط درجة حرارة العمود على 60 درجة مئوية.
  5. انقر فوق FLD واضبط الأطوال الموجية للإثارة والانبعاث FLD على 310 نانومتر و 370 نانومتر على التوالي.
  6. اضبط مصدر MS وضبطه ومعلمات MS / MS كما هو موضح في الشكل التكميلي 2.
    ملاحظة: يمكن تغيير معلمات MS و MS / MS اعتمادا على مطياف الكتلة المستخدم في التحليل.

4. تحليل البيانات

  1. تحديد البروكايناميد المسمى N-glycans
    1. تصدير بيانات MS / MS بتنسيق مناسب لعمليات البحث في قاعدة البيانات (على سبيل المثال ، .mgf ، .xml).
    2. أدرجها في أداة البحث في قاعدة البيانات لتحديد N-glycans.
    3. حدد اسم العينة المدرج في البرنامج وانقر فوق الزر Glycan Search لتحديد البروكايناميد المسمى N-glycans باستخدام قاعدة بيانات Carbbank مع معلمات معينة (الشكل التكميلي 3).
    4. افتح زر تحرير الكروماتوغرامات في برنامج تحليل البيانات للبيانات الأولية وحدد نوع الكروماتوگرام الأيوني المستخرج عن طريق التصفية في جميع MSn.
    5. أضف كتل محددة للجزء النواة proc-N1F1 (م / z 587.3+) والأجزاء المنقسمة proc-H1N3 (م / z 1009.5+) و proc-H1N3F1 (م / z 1155.5+).
    6. تحديد السلائف التي تحتوي على شظايا بنية N-glycan ذات فوكوزيلات القلب والمقسمة.
    7. تصدير الهياكل N-glycan المحددة بواسطة البرنامج (الجدول التكميلي 1-3).
    8. تحقق من السلائف المكتشفة يدويا لتحديد هياكل N-glycan ذات الفوكوزيلات الأساسية والمقسمة.
  2. القياس الكمي للبروكايناميد المسمى N-glycans بواسطة برنامج مفتوح المصدر24
    1. حدد مخطط كروماتوغرام FLD في الكروماتوجرام وانقر فوق الطريقة في البرنامج. افتح طريقة لتصدير الكروماتوغرامات بتنسيق ملف .xy.
    2. قم بتحويل تنسيق الملف .xy للكروماتوغرامات المصدرة إلى ملفات .txt.
    3. افتح برنامج التحليل الكمي.
      ملاحظة: يمكن تنزيل البرنامج المستخدم في الدراسة من مصدر Github (https://github.com/Tarskin/HappyTools).
    4. اتبع التعليمات والبرامج التعليمية للبرنامج الذي يقدمه المطور.
      ملاحظة: يوصى باستخدام عملية مجمعة لتصدير المناطق النسبية.
    5. اضبط معلمات الإعداد (الشكل التكميلي 4). حدد أربعة قمم دنيا و 27 نسبة إشارة/ضوضاء للمعايرة.
    6. افتح ملف النتائج باستخدام البرامج المناسبة مثل Microsoft Excel لمزيد من التقييم.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

في هذا النهج المقدم ، تم إصدار N-glycans لأول مرة ، وتم تصنيفها بعلامة البروكايناميد وتنقيتها بواسطة خراطيش SPE المحتوية على السليلوز. بعد ذلك ، تم إجراء تحليل N-glycan ل IgG و trastuzumab والبلازما البشرية بواسطة نظام HPLC-HILIC-FLD-MS / MS. يظهر MS (الذروة الأساسية) و FLD للهياكل N-glycan المحددة التي تم الحصول عليها من IgG و trastuzumab في الشكل 1 ، على التوالي. تم استيراد بيانات MS / MS التي تم الحصول عليها من هذه التحليلات إلى البرنامج والبحث عنها مقابل قاعدة ...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

يتضمن التنميط N-glycan للبروتينات السكرية خطوات صعبة. على الرغم من وجود العديد من المنهجيات المختلفة لهذا الغرض ، يجب اختيار نهج مناسب لتحديد وقياس الهياكل N-glycan 14. HILIC-FLD هو النهج القياسي الذهبي للقياس الكمي ل N-glycans. ومع ذلك ، لم يتم تحديد جميع أنواع N-glycan عن طريق الكشف عن FLD. لذلك ، هناك حاجة إلى تحليل MS الترادفي لتأكيد هياكل N-glycan المشتقة من البروتينات السكرية. من خلال الجمع بين الكشف عن FLD و MS ف...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

المؤلفون ليس لديهم ما يكشفون عنه.

شكر وتقدير

تم دعم هذا العمل جزئيا من قبل وزارة التنمية - الجمهورية التركية برقم المشروع: 2016 K121230. يعرب بكير صالح عن امتنانه للأكاديمية التركية للعلوم (TUBA) على الدعم المالي الجزئي.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
كواشف حمض الخليككارلو إربا401413الجليدية RS ل LC / MS
أسيتونيتريلميرك1000292500LC-MS LiChrosolv
Agilent 1200 Series HPLC مع 1260 سلسلة FLD dedectorAgilent Technologies
Ammoniumm FormateCarlo Erba الكواشف419741لقياس الطيف
الكتلي LC / MS Bruker TIMS-TOF (Q-TOF)بروكر دالتونيكس
السليلوزسيجما ألدريتش310697التبلور، مسحوق، 20 مو م
كواشف كارلو إرباللمياه منزوعة الأيونات412111ل LC / MS
ثنائي ميثيل سلفوكسيدSigma Aldrich41639BioUltra ، للبيولوجيا الجزيئية ، & ge ؛ 99.5٪ (GC)
أنبوب بولي بروبيلين SPE فارغ مع فريت PESigma Aldrich5422020 & م المسامية ، الحجم 1 مل
مشعب الاستخراج ، 20 موضعاWAT200607 المياهكاملة مع رف لأنابيب 13 × 100 مم
البلازما البشريةSigma AldrichP9523المجفف بالتجميد
IGEPAL CA-630Sigma AldrichI8896للبيولوجيا الجزيئية
IgGSigma AldrichI4506مسحوق مجفف بالتجميد
محلول ملحيمخزن بالفوسفاتسيجما ألدريتشP4417قرص
PNGase F إنزيمPromegaV483A
بروكايناميد هيدروكلوريدabcamab120955
سيانوبوروهيدريد الصوديومسيجما ألدريتش156159درجة الكاشف ، 95٪
كبريتات دوديسيل الصوديومسيجما ألدريتش71725
تشخيص trastuzumabروش
حمض ثلاثي فلورو أسيتيكسيجما ألدريتش302031ل HPLC ، & ge ؛ 99.9٪
دقيق

المراجع

  1. Dwek, R. A. Glycobiology: Toward understanding the function of sugars. Chemical Reviews. 96 (2), 683-720 (1996).
  2. Varki, A. Biological roles of glycans. Glycobiology. 27 (1), 3-49 (2016).
  3. Spiro, R. G. Protein glycosylation: nature, distribution, enzymatic formation, and disease implications of glycopeptide bonds. Glycobiology. 12 (4), 43(2002).
  4. Apweiler, R., Hermjakob, H., Sharon, N. On the frequency of protein glycosylation, as deduced from analysis of the SWISS-PROT database. Biochimica et Biophysica Acta. 1473 (1), 4-8 (1999).
  5. Stavenhagen, K., et al. and O-glycosylation Analysis of Human C1-inhibitor Reveals Extensive Mucin-type O-Glycosylation. Molecular & Cellular Proteomics. 17 (6), 1225-1238 (2018).
  6. Ząbczyńska, M., Kozłowska, K., Pocheć, E. Glycosylation in the Thyroid Gland: Vital Aspects of Glycoprotein Function in Thyrocyte Physiology and Thyroid Disorders. International Journal of Molecular Sciences. 19 (9), (2018).
  7. Mallet, B., et al. N-Glycans Modulate in Vivo and in Vitro Thyroid Hormone Synthesis: Study at the N-Terminal Domain Of Thyroglobulin. Journal of Biological Chemistry. 270 (50), 29881-29888 (1995).
  8. Dong, X., et al. Advances in mass spectrometry-based glycomics. Electrophoresis. 39 (24), 3063-3081 (2018).
  9. Ohtsubo, K., Marth, J. D. Glycosylation in cellular mechanisms of health and disease. Cell. 126 (5), 855-867 (2006).
  10. Koçak, ÖF., et al. N-glycan profiling of papillary thyroid carcinoma tissues by MALDI-TOF-MS. Analytical Biochemistry. 584, 113389(2019).
  11. Peng, W., et al. Clinical application of quantitative glycomics. Expert Review of Proteomics. 15 (12), 1007-1031 (2018).
  12. Yaman, M. E., Kayili, H. M., Albayrak, M., Kadioglu, Y., Salih, B. Differential N-glycosylation profiling of formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) invasive ductal carcinoma tissues using MALDI-TOF-MS. Molecular Omics. 17 (3), 394-404 (2021).
  13. Liu, L. Antibody Glycosylation and Its Impact on the Pharmacokinetics and Pharmacodynamics of Monoclonal Antibodies and Fc-Fusion Proteins. Journal of Pharmaceutical Sciences. 104 (6), 1866-1884 (2015).
  14. Zhang, L., Luo, S., Zhang, B. Glycan analysis of therapeutic glycoproteins. mAbs. 8 (2), 205-215 (2016).
  15. Hart, G. W., Copeland, R. J. Glycomics Hits the Big Time. Cell. 143 (5), 672-676 (2010).
  16. West, C. M., Malzl, D., Hykollari, A., Wilson, I. B. H. Glycomics, Glycoproteomics, Glycogenomics: An Inter-Taxa Evolutionary Perspective. Molecular & Cellular Proteomics. 20, 100024(2021).
  17. Unione, L., et al. Glycoprofile Analysis of an Intact Glycoprotein As Inferred by NMR Spectroscopy. ACS Central Science. 5 (9), 1554-1561 (2019).
  18. Morelle, W., Michalski, J. -C. Analysis of protein glycosylation by mass spectrometry. Nature Protocols. 2 (7), 1585-1602 (2007).
  19. Reusch, D., et al. Comparison of methods for the analysis of therapeutic immunoglobulin G Fc-glycosylation profiles--part 1: separation-based methods. mAbs. 7 (1), 167-179 (2015).
  20. Keser, T., Pavić, T., Lauc, G., Gornik, O. Comparison of 2-Aminobenzamide, Procainamide and RapiFluor-MS as Derivatizing Agents for High-Throughput HILIC-UPLC-FLR-MS N-glycan Analysis. Frontiers in Chemistry. 6, 324(2018).
  21. Kozak, R. P., Tortosa, C. B., Fernandes, D. L., Spencer, D. I. R. Comparison of procainamide and 2-aminobenzamide labeling for profiling and identification of glycans by liquid chromatography with fluorescence detection coupled to electrospray ionization-mass spectrometry. Analytical Biochemistry. 486, 38-40 (2015).
  22. Nwosu, C., Yau, H. K., Becht, S. Assignment of Core versus Antenna Fucosylation Types in Protein N-Glycosylation via Procainamide Labeling and Tandem Mass Spectrometry. Analytical Chemistry. 87 (12), 5905-5913 (2015).
  23. Kayili, H. M. Identification of bisecting N-glycans in tandem mass spectra using a procainamide labeling approach for in-depth N-glycan profiling of biological samples. International Journal of Mass Spectrometry. 457, 116412(2020).
  24. Jansen, B. C., et al. HappyTools: A software for high-throughput HPLC data processing and quantitation. PLOS ONE. 13 (7), 0200280(2018).
  25. Ruhaak, L. R., et al. Glycan labeling strategies and their use in identification and quantification. Analytical and bioanalytical chemistry. 397 (8), 3457-3481 (2010).
  26. Rojas-Macias, M. A., et al. Towards a standardized bioinformatics infrastructure for N- and O-glycomics. Nature Communications. 10 (1), 3275(2019).
  27. Everest-Dass, A. V., Abrahams, J. L., Kolarich, D., Packer, N. H., Campbell, M. P. Structural feature ions for distinguishing N- and O-linked glycan isomers by LC-ESI-IT MS/MS. Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 24 (6), 895-906 (2013).
  28. Li, X., Xu, Z., Hong, X., Zhang, Y., Zou, X. Databases and Bioinformatic Tools for Glycobiology and Glycoproteomics. International Journal of Molecular Sciences. 21 (18), 6727(2020).
  29. Qing, G., Yan, J., He, X., Li, X., Liang, X. Recent advances in hydrophilic interaction liquid interaction chromatography materials for glycopeptide enrichment and glycan separation. TrAC Trends in Analytical Chemistry. 124, 115570(2020).
  30. Reiding, K. R., et al. Human Plasma N-glycosylation as Analyzed by Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization-Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance-MS Associates with Markers of Inflammation and Metabolic Health. Molecular & Cellular Proteomics. 16 (2), 228-242 (2017).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

الوسوم

تم نشر هذه المقالة

الفيديو قريباً

اتصل بنا
أوصِ بها للمكتبة

الخصوصية

شروط الاستخدام

السياسات

2026 © حقوق الطبع والنشر MyJoVE Corporation. جميع الحقوق محفوظة.