ملاحظة: يجب تنفيذ الإجراءات التالية في غطاء تدفق المخاطر البيولوجية من الفئة الثانية أو غطاء التدفق الصفحي. تمت الموافقة على التعامل مع HBV أخلاقيا من قبل IRB (MURA2020/1545). راجع جدول المواد للحصول على تفاصيل حول جميع الحلول والكواشف والمعدات وخطوط الخلايا المستخدمة في هذا البروتوكول.
1. تحضير الخلايا المضيفة (خلايا الكبد الناضجة)
- خلايا الكبد المستزرعة (3.75 × 105 خلايا HepaRG أو imHC) وتحافظ على قارورة مزرعة 75 سم2 مع 10 مل من وسط DMEM / F12 مكمل ب 10٪ مصل بقري جنيني (FBS) ، 1٪ L- جلوتامين ، 100 وحدة / مل بنسلين ، و 100 ميكروغرام / مل ستربتومايسين. انتظر حتى تصل الخلايا إلى التقاء 80٪ -90٪ (خلال أسبوع 1).
- تخلص من الوسط القديم من القارورة واغسل الخلايا ب 4 مل من محلول ملحي مخزن بالفوسفات (PBS).
- نضح PBS وإضافة 4 مل من 0.05٪ تربسين-EDTA.
- احتضان القارورة في حاضنة 37 درجة مئوية لمدة 2-3 دقائق ، وتحقق من الخلايا الملتصقة باستخدام مجهر مقلوب مع عدسة موضوعية 10x. تأكد من انفصال الطبقة الأحادية عن سطح الزراعة.
- تثبيط التربسين عن طريق إضافة 4 مل من وسط الاستزراع المكمل بنسبة 10٪ FBS إلى القارورة وإعادة تعليق الخلايا المحصودة بعناية. انقل معلق الخلية إلى أنبوب مخروطي سعة 15 مل وأجهزة طرد مركزي لمدة 3 دقائق عند 300 × جم ، 25 درجة مئوية.
- استنشاق المادة الطافية من حبيبات الخلية وإعادة تعليقها ب 1-2 مل من وسط الاستزراع قبل التسخين المكمل بنسبة 10٪ FBS والمضادات الحيوية.
- امزج 10 ميكرولتر لكل من معلق الخلية والتريبان الأزرق وعد الخلايا باستخدام مقياس الدم. تأكد من أن صلاحية الخلية أعلى من 90٪ قبل المتابعة إلى الخطوة التالية.
- قم بالبذور 1 × 10 6 خلايا لكل 2 مل في كل بئر من لوحة6 آبار واحتفظ بها في وسط DME / F12 الكامل حتى تصل الخلايا إلى التقاء 100٪.
- للنضج الكبدي ، قم بإعداد وسط النضج الكبدي (وسط Williams 'E المكمل ب 10٪ FBS ، 100 وحدة / مل بنسلين ، 100 ميكروغرام / مل ستربتومايسين ، 5 ميكروغرام / مل أنسولين ، 50 ميكرومتر هيدروكورتيزون ، 2 مليمول L-جلوتامين ، و 2٪ DMSO).
- استبدل وسط الاستزراع 2x في الأسبوع.
- الحفاظ على خلايا الكبد في وسط النضج لمدة 2 أسابيع للحصول على خلايا الكبد الناضجة جاهزة لعدوى HBV.
2. القياس الكمي ل NTCP الخلوي
- قياس تعبير NTCP باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل في الوقت الفعلي
- اجمع حبيبات خلايا الكبد الناضجة من خلال التربسين (انظر الخطوات 1.2-1.5).
- استخرج إجمالي الحمض النووي الريبي من حبيبات الخلية باستخدام مجموعة استخراج الحمض النووي الريبي مع علاج DNase I.
- توليف cDNA من 200 نانوغرام من إجمالي الحمض النووي الريبي باستخدام التمهيدي oligo-dT ونظام النسخ العكسي باتباع تعليمات الشركة المصنعة.
- قم بتخفيف cDNA إلى 50 نانوغرام / ميكرولتر واستخدمه كقالب لتفاعل تفاعل البوليميراز المتسلسل. امزج 2 ميكرولتر من cDNA المخفف مع كواشف المزيج الرئيسية PCR التي تحتوي على محلول SYBR الأخضر qRT-PCR Kit مع 5 ميكرومتر من البادئات الخاصة ب NTCP (5'-GGACATGAACCTCAGCATTGTG-3' و 5'-ATCATAGATCCCTGGAGTAGAT-3').
- للتطبيع ، استخدم GAPDH كجين تدبير منزلي مع بادئات محددة (5'-GAAATCCCATCACCATCTTCC-3' و 5'-AAATGAGCCCCCCCCTTCTC-3').
- تضخيم عينات cDNA باستخدام دورة حرارية تحت ظروف درجة الحرارة التالية: 1 دورة من 3 دقائق عند 95 درجة مئوية (تمسخ الأولي) ؛ 40 دورة من 30 ثانية عند 95 درجة مئوية (تمسخ) ، 30 ثانية عند 60 درجة مئوية إلى 65 درجة مئوية (التلدين) ، 30 ثانية عند 72 درجة مئوية (تمديد) ؛ 1 دورة من 5 دقائق عند 72 درجة مئوية (التمديد النهائي).
- احسب تغير طية NTCP في خلايا الكبد الناضجة على الخلايا غير المتمايزة باستخدام GAPDH كجين معاير بناء على طريقة 2-ΔΔCT .
- قياس NTCP باستخدام تحليل اللطخة الغربية
- حصاد خلايا الكبد باستخدام مكشطة الخلايا والطرد المركزي لهم في 300 × غرام ، 25 درجة مئوية لمدة 5 دقائق لجمع بيليه الخلية.
- اتبع تعليمات الشركة المصنعة للمخزن المؤقت RIPA لاستخراج البروتين الخلوي مع 100 ميكرولتر من المخزن المؤقت RIPA الذي يحتوي على 1x مثبط الأنزيم البروتيني.
- قم بقياس تركيز البروتين الكلي باستخدام طريقة حمض البيسينتشونينيك (BCA).
- امزج 12.5 ميكرولتر من البروتين مع صبغة تحميل 2x بنسبة 1: 1 من حيث الحجم.
- يغلى خليط البروتين والسلم القياسي على حرارة 95 درجة مئوية لمدة 5 دقائق.
- أضف 1x تشغيل العازلة إلى غرفة الكهربائي.
- قم بتحميل 5 ميكرولتر من سلم البروتين القياسي أو 20 ميكرولتر من خليط البروتين المغلي في هلام بولي أكريلاميد 10٪ (وزن / حجم).
- أداء هلام الكهربائي: 50 فولت لمدة 30 دقيقة تليها 90 فولت لمدة 1 ساعة في درجة حرارة الغرفة.
- قم بإعداد غشاء PVDF عن طريق نقعه في الميثانول لمدة 30 ثانية ، واغسله بالماء المقطر المزدوج لمدة 1-2 دقيقة ، ثم انقعه مع قطعتين من ورق الترشيح في محلول النقل لمدة 10 دقائق أو حتى الاستخدام.
- ضع ورقة الترشيح على لوحة الأنود لخلية نقل شبه جافة ؛ ثم ضع غشاء PVDF والهلام وورق الترشيح في الأعلى بهذا الترتيب.
- انقل البروتينات من الجل إلى غشاء PVDF عند 10 فولت لمدة 25 دقيقة في درجة حرارة الغرفة.
- سد الغشاء بمحلول حجب WB لمدة 1 ساعة في درجة حرارة الغرفة.
- احتضان الغشاء مع ببتيد ببتيد توروكولات المضاد للصوديوم (مضاد NTCP) (تخفيف 1: 100) عند 4 درجات مئوية طوال الليل.
- اغسل الغشاء 3 × 10 دقائق باستخدام TBST.
- احتضان الغشاء مع بيروكسيديز الفجل (HRP) - مترافق الماعز المضادة للأرانب (1: 10000 تخفيف) لمدة ساعة واحدة في درجة حرارة الغرفة.
- اغسل الغشاء 3 × 10 دقائق باستخدام TBST ثم 1 × 5 دقائق باستخدام TBS.
- كشف NTCP باستخدام ركيزة HRP (انظر جدول المواد).
- أضف ما لا يقل عن 0.1 مل من محلول ركيزة HRP / سم2 من الغشاء واحتضان الغشاء لمدة 3-5 دقائق في الظلام.
- تصور NTCP باستخدام نظام توثيق الهلام في وضع التلألؤ الكيميائي ، وحدد خيار العلامة للغشاء ، واضبط وقت التعرض مع الوضع التراكمي كل 1 دقيقة ، والتقط الصورة بأوقات تعرض مختلفة لمدة 5 دقائق.
- قم بتجريد وفحص اللطخة باستخدام الجسم المضاد ل GAPDH للفأر (1: 200000 تخفيف) والجسم المضاد الثانوي المضاد للفأر المقترن بالماعز HRP (1: 10000 تخفيف).
- قياس مستوى NTCP باستخدام قياس التدفق الخلوي
- اجمع كريات الخلايا من خلايا الكبد الناضجة عن طريق احتضان الخلايا ب 8 mM EDTA لمدة 15 دقيقة.
ملاحظة: تجنب استخدام التربسين أو البروتياز الأخرى التي يمكن أن تعطل مستقبلات سطح الخلية. نظرا لأن NTCP هو بروتين مستقبلات سطح الخلية ، فإن الضرر الناجم عن التربسين يمكن أن يعطي نتائج سلبية.
- إصلاح خلايا الكبد مع 300 ميكرولتر من 3.7 ٪ بارافورمالدهيد في 1x PBS لمدة 15 دقيقة. انقل معلق الخلية إلى أنبوب طرد مركزي دقيق سعة 1.5 مل وجهاز طرد مركزي لمدة 10 دقائق عند 300 × جم ، 25 درجة مئوية.
- اغسل الخلايا 2x ب 700 ميكرولتر من 1x PBS مع 1٪ FBS (v / v) ، جهاز طرد مركزي لمدة 10 دقائق عند 300 × جم ، 25 درجة مئوية ، أضف 300 ميكرولتر من 0.05٪ Triton X-100 في PBS إلى حبيبات الخلية ، واحتضان الخلايا في درجة حرارة الغرفة لمدة 20 دقيقة لاختراقها.
- جهاز طرد مركزي لمدة 10 دقائق عند 300 × جم ، 25 درجة مئوية ، اغسل حبيبات الخلية 3 × 1 دقيقة مع 700 ميكرولتر من PBS تحتوي على 1٪ FBS (v / v). احتضان الخلايا بالجسم المضاد الأساسي ضد NTCP (تخفيف 1: 100) عند 4 درجات مئوية لمدة 30 دقيقة. اغسل الخلايا 3 × 1 دقيقة باستخدام بيرم / واش عازلة وأجهزة طرد مركزي لمدة 10 دقائق عند 300 × جم ، 25 درجة مئوية.
- قم بتلطيخ الخلايا بجسم مضاد ثانوي مقترن ب Alexa Fluor 488 عند 4 درجات مئوية لمدة 30 دقيقة. اغسل الخلايا 3 × 1 دقيقة باستخدام عازل بيرم / واش وأجهزة طرد مركزي لمدة 10 دقائق عند 300 × جم ، 25 درجة مئوية. أعد تعليق حبيبات الخلية ب 200 ميكرولتر من PBS مع 1٪ FBS (v / v).
- قم بتشغيل مقياس التدفق الخلوي ، وقم بتسخين الليزر لمدة 15 دقيقة ، وقم بإجراء التنظيف الروتيني.
- حدد معلمات القياس ، بما في ذلك التشتت الأمامي (FSC) ، والتشتت الجانبي (SSC) ، وإيزوثيوسيانات الفلوريسئين (FITC) أو phycoerythrin (PE) ، وقم بتعيين تعديل التعويض التلقائي بواسطة البرنامج. قم بتضمين عينات التحكم في التعويض: التحكم غير الملوث ، والتحكم الملون ب FITC ، والتحكم الملون ب PE.
ملاحظة: يتم استخدام معلمات FSC و SSC لتحديد حجم ودقة الخلايا الفردية لتحديد عدد الخلايا لتحليل البوابات. يحتوي كاشف قناة التألق على قنوات FITC و PE . بالنسبة لهذا البروتوكول ، حدد قناة FITC لاكتشاف Alexa Fluor 488.
- قم بتشغيل العينة غير الملوثة بمعدل تدفق سائل متوسط (60 ميكرولتر / دقيقة) ، واضبط عتبة FSC و SSC حتى تغطي عدد الخلايا محل الاهتمام ، وحدد منطقة البوابة في هذه المنطقة ، وتنطبق على جميع ضوابط التعويض.
- اضبط أنبوب المضاعف الضوئي الفلوري (PMT) باستخدام التحكم غير الملوث ، واضبط جهد PMT ل FITC أو PE في الربع السالب. قم بتشغيل العينة الملطخة الموجبة واضبط FITC أو PE في مقياس الربع الموجب. قم بتشغيل عناصر التحكم غير الملوثة أو الملطخة ب FITC أو الملطخة ب PE ، واحسب التعويض ، وقم بتطبيقه على إعدادات العينة. قم بتشغيل عينة خلايا الكبد لقياس مستوى NTCP.
- تحليل خلايا الكبد الملطخة باستخدام برنامج مقياس التدفق الخلوي (انظر جدول المواد).
- ضمن نوافذ BD FACSuite ، انقر فوق أنبوب التحكم في علامة التبويب مصادر البيانات وانتظر ظهور البيانات الأولية.
- في علامة التبويب ورقة العمل على الجانب الأيمن ، انقر فوق الزر Ellipse Gate ، وحدد مجتمع الخلية في SSC ومخطط نقطة FSC باستخدام مؤشر الماوس ، وانتظر ظهور الدائرة P1.
- انقر فوق الزر Interval Gate وقم بتمييز المنطقة في الرسم البياني FITC ، بدءا من أعلى قيمة لشدة التألق إلى الجانب الأيمن. لاحظ السطر P2 الذي يظهر.
- انقر فوق أنبوب التجربة ولاحظ أن البيانات الموجودة في علامة التبويب ورقة العمل تتغير. انقر فوق الزر إحصائيات ثم على المساحة الفارغة في ورقة العمل. لاحظ القيم الإحصائية لمجتمع NTCP الذي يظهر.
3. إنتاج جسيمات HBV المشتقة من زراعة الخلايا (HBVcc)
- استزرع HepG2.2.15 في وسط كامل (مكمل DMEM ب 10٪ FBS و 100 وحدة / مل بنسلين و 100 ميكروغرام / مل ستربتومايسين) في طبق بتري 10 سم لمدة 24 ساعة.
- استبدل الوسط الكامل المكمل ب 380 ميكروغرام / مل من الجينات (G418) عندما يصل HepG2.2.15 إلى التقاء 60٪ -70٪. حصاد المتوسطة المكيفة كل 2 أيام ؛ قم بتخزين الوسط الذي يحتوي على HBV عند 4 درجات مئوية.
- قم بإزالة حطام الخلية عن طريق الطرد المركزي للمادة الطافية عند 5000 × جم ، 4 درجات مئوية لمدة 20 دقيقة. اجمع الوسط المكيف باستخدام حقنة سعة 20 مل وقم بترشيحه من خلال مرشح منخفض البروتين 0.45 ميكرومتر لإزالة بقايا الخلية.
- لتركيز HBV ، قم بتخفيف حجم 1 من المكثف مع 3 مجلدات من المادة الطافية المفلترة من الخطوة 3.3 في أنبوب طرد مركزي مخروطي وخلط المحلول بعناية عن طريق انعكاس الأنبوب. ضع الخليط على حرارة 4 درجات مئوية لمدة 1 ساعة. جهاز طرد مركزي للمحلول لمدة 1 ساعة عند 1500 × جم ، 4 درجات مئوية وتأكد من ظهور حبيبات بيضاء اللون.
ملاحظة: لكل 30 مل من المادة الطافية المفلترة من الخطوة 3.3، أضف 10 مل من المكثف للوصول إلى 40 مل من الحجم الكلي.
- تقييم عيار HBV (مكافئ الجينوم) مع HBV 1.3-mer WT replicon كمنحنى قياسي يتراوح من 1 × 102 إلى 1 × 1010 باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل المطلق في الوقت الفعلي ، كما هو موضح سابقا11.
- أعد تكوين الحبيبات برفق في FBS وقم بتخزينها لمدة تصل إلى 1 عام عند -80 درجة مئوية في القسمة ذات الاستخدام الواحد.
4. مقايسة دخول مكافحة HBV
- حافظ على 100٪ imHC أو HepaRG متكدس في 6 ألواح آبار في وسط النضج (2٪ DMSO في وسط Williams 'E ، 10٪ FBS ، 100 وحدة / مل بنسلين ، 100 ميكروغرام / مل ستربتومايسين ، 5 ميكروغرام / مل أنسولين ، 50 ميكرومتر هيدروكورتيزون ، و 2 مليمتر L-جلوتامين) لمدة أسبوعين وقم بتغيير المتوسط 2x في الأسبوع.
- نضح الوسط ، ثم أضف الكركمين (10-30 ميكرومتر) أو 4 ميكرومتر السيكلوسبورين A (CsA) المخفف بوسط ويليام E لمدة 2 ساعة. استنشاق مثبط دخول HBV المرشح واستبداله ب 1 مل من وسط William E الذي يحتوي على 4٪ بولي إيثيلين جلايكول.
- أضف جسيمات HBV إلى وسط الاستزراع عند تعدد العدوى (MOI) بمقدار 100 لكل بئر واحتضانها عند 37 درجة مئوية لمدة 18 ساعة. تخلص من المادة الطافية ، وأضف 2 مل من PBS البارد ، وقم بالدوران برفق لشطف الوسط القديم باستخدام HBV غير المرتبط.
- أضف 2 مل من وسيط William E الكامل والثقافة لمدة 7 أيام. نضح الوسط ، وغسل الخلايا مع 1x PBS ، وإصلاح الخلايا مع 3.7 ٪ بارافورمالدهيد في PBS لمدة 15 دقيقة في درجة حرارة الغرفة. اختراق الخلايا المصابة وحظرها بمحلول حجب IF (0.2٪ Triton X-100 و 3٪ ألبومين مصل الأبقار في PBS) واحتضانها لمدة 60 دقيقة في درجة حرارة الغرفة.
- أضف الجسم المضاد الأساسي (المستضد الأساسي المضاد لفيروس التهاب الكبد الوبائي) عند تخفيف 1: 200 في محلول الحجب واحتضانه طوال الليل عند 4 درجات مئوية. اغسل الخلايا 3 × 1 دقيقة بمحلول الغسيل (0.5٪ توين 20 في برنامج تلفزيوني).
- أضف جسما مضادا ثانويا (تخفيف 1: 500) إلى محلول حجب IF ، واحتضانه لمدة ساعة واحدة في درجة حرارة الغرفة ، واغسل الخلايا 3 × 1 دقيقة بمحلول الغسيل.
- قم بتركيب العينة بوسط تركيب مضاد للتلاشي باستخدام 4 '، 6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) ، وقم بتغطيتها بغطاء زجاجي. الكشف عن إشارة التألق باستخدام مجهر مضان مجهز بمرشح DAPI (Ex 352-402 nM و Em 417-477) ومرشح PE (Ex 542-582 و Em 604-644) ، جنبا إلى جنب مع عدسة موضوعية 20x ، وتحديد نشاط الدخول المضاد ل HBV للمركبات المرشحة.
5. مقايسة ربط خلية HBV
- حافظ على 100٪ imHC أو HepaRG متكدس في 6 ألواح آبار في وسط النضج (2٪ DMSO في وسط Williams 'E ، 10٪ FBS ، 100 وحدة / مل بنسلين ، 100 ميكروغرام / مل ستربتومايسين ، 5 ميكروغرام / مل أنسولين ، 50 ميكرومتر هيدروكورتيزون ، و 2 مليمتر L-جلوتامين) لمدة أسبوعين وقم بتغيير المتوسط 2x في الأسبوع.
- نضح الوسط ، ثم أضف الكركمين (10-30 ميكرومتر) أو السيكلوسبورين A (4 ميكرومتر) المخفف في وسط ويليام E لمدة 2 ساعة. استنشاق مثبط دخول HBV واستبداله ب 1 مل من وسط William E الذي يحتوي على 4٪ بولي إيثيلين جلايكول.
- أضف جزيئات HBV إلى وسط الاستزراع عند MOI 100 لكل بئر واحتضانها عند 4 درجات مئوية لمدة 2 ساعة للسماح ل HBV بالارتباط بخلايا الكبد. تخلص من الوسيط الذي يحتوي على HBV غير المنضم ، وأضف 2 مل من PBS البارد ، وقم بالدوران برفق لإزالة آثار الوسط المستهلك.
- حصاد الخلايا المصابة باستخدام مكشطة الخلايا وتعطيل الخلايا مع العازلة التحلل. انقل المحللة إلى أنبوب تجميع واستخرج الحمض النووي الكلي لتقييم الحمض النووي HBV باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل في الوقت الفعلي مع بادئات محددة ل HBV (التمهيدي الأمامي: 5'- GTT GCC CGT TTG TCC TCT AATTC-3 '، والتمهيدي العكسي: 5 '- GGA GGG ATA CAT AGA GGT TCC TTG A-3 ') باستخدام PRNP (التمهيدي الأمامي: 5'- GACCAATTTATGCCTACAGC-3 '، التمهيدي العكسي: 5'- TTTATGCCTACAGCCTCCTA-3') كعنصر تحكم داخلي.
- قم بتضخيم منتجات تفاعل البوليميراز المتسلسل في جهاز تدوير حراري باستخدام ظروف درجة الحرارة الموضحة في الخطوة 2.1.
- احسب مستويات الحمض النووي النسبي HBV / 1 × 106 خلايا في العلاج مقابل التحكم باستخدام PRNP كجين معاير بناء على طريقة 2-ΔΔCT .
6. مقايسة امتصاص حمض التوروكوليك (TCA)
- حافظ على خلايا imHC و HepaRG المتقاربة بنسبة 100٪ في وسط النضج لمدة 14 يوما.
- نضح الوسط وغسل خلايا الكبد مع 1x PBS. أضف الكركمين أو السيكلوسبورين A (10-50 ميكرومتر) المخفف في وسط ويليام E لمدة 2 ساعة. استبدل الوسط بمحلول حمض توروكوليك الصوديوم (0.5 مليون هيدرات توروكولات الصوديوم في 1x HEPES) واحتضانه لمدة 15 دقيقة في درجة حرارة الغرفة.
- نضح محلول حمض توروكوليك الصوديوم ، واغسل 3x مع 1x HEPES الباردة. أضف 300-500 ميكرولتر من 1x HEPES البارد واحصد الخلايا بكاشطات الخلايا على الجليد.
- تجانس الخلايا عن طريق الموجات فوق الصوتية على تردد 20 كيلو هرتز لمدة 20 ثانية واحتضان على الجليد لمدة 5 دقائق. أجهزة الطرد المركزي المحللات عند 10000 × جم لمدة 20 دقيقة لترسيب حطام الخلية. اجمع الطافي وقم بتقييم تركيز حمض التوروكوليك داخل الخلايا باستخدام مجموعة مقايسة TCA ELISA (انظر جدول المواد).
7. تحديد تفاعلات البروتين والليجند باستخدام كالوريمتر المعايرة متساوي الحرارة
ملاحظة: تم تطوير نظام الفحص هذا بناء على برنامج MicroCal PEAQ-ITC (ITC).
- تحضير المخزن المؤقت (50 mM Tris-HCl buffer ، درجة الحموضة 7.0).
- تحضير 15 ميكرومتر من NTCP في المخزن المؤقت.
- تحضير محاليل مثبطات دخول HBV المرشحة 150 ميكرومتر في المخزن المؤقت.
- اغسل خلية العينة والخلية المرجعية والمحقنة في أداة ITC باستخدام المخزن المؤقت (الخطوة 7.1.).
- قم بتشغيل برنامج ITC بالنقر المزدوج على أيقونة البرنامج في أنظمة Windows. ضمن علامة التبويب "تشغيل تمييز التجربة" ، حدد طريقة microCal ل 19 Injection.itcm ، وانقر فوق فتح. عند فتح نافذة جديدة ، انقر فوق علامة التبويب "تنظيف" ، وفي نافذة "طريقة التنظيف" ، حدد زر الغسيل لطريقة تنظيف الخلية وزر الشطف لطريقة تنظيف المحقنة. انقر فوق التالي واتبع التعليمات التي تظهر على الشاشة.
ملاحظة: يمكن أن تستغرق خطوة الغسيل 1.4 ساعة حتى تكتمل.
- قم بتحميل العينة في مركز التجارة الدولية ؛ ضمن علامة التبويب تشغيل التجربة ، انقر فوق الزر تحميل ، واقرأ التعليمات التي تظهر على الشاشة. انقر فوق التالي واتبع تعليمات الفيديو حتى تكتمل خطوة التحميل هذه.
- املأ الخلية المرجعية بمخزن محلول باستخدام حقنة. املأ خلية العينة ب 15 ميكرومتر NTCP في المخزن المؤقت باستخدام حقنة وقم بإزالة محلول NTCP الزائد فوق خلية العينة. املأ المحقنة بمحلول 150 ميكرومتر من الكركمين (يجند) ، وتجنب فقاعات الهواء في المحقنة.
- قم بتشغيل العينة ، وضمن علامة التبويب تشغيل التجربة ، انقر فوق الزر "تشغيل ". راقب النوافذ الموجودة على الجانب الأيسر والتي تعرض المعلومات التجريبية والإعداد التجريبي. أدخل تركيزات الليجند والبروتين على أنها 150 ميكرومتر في [Syr] ، و 15 ميكرومتر في [الخلية] ، و 25 درجة مئوية في درجة الحرارة.
- في البرنامج ، انقر فوق ابدأ لإجراء عملية الحقن وانتظر 1.4 ساعة حتى يكتمل تفاعل البروتين والرباط.
ملاحظة: يظهر زر التحليل الباهت أسفل إطارات البرامج.
- لاحظ أن زر التحليل يضيء بعد اكتمال الحقن. انقر فوق زر التحليل في برنامج التحكم لتحليل البيانات الأولية باستخدام برنامج التحليل . انقر فوق نظرة عامة لعرض البيانات الأولية واختيار نموذج التركيب كمجموعة واحدة من موقع الربط.
- تأكد من أن حالة الربط تظهر البيانات التجريبية (بيانات الربط أو عدم الربط أو التحكم أو التحقق) وأن قيم التجربة (KD و ΔG و ΔH و TΔS و N) معروضة على لوحة البرنامج.
- قم بتصدير المعلمات الديناميكية الحرارية التي تتنبأ بربط التفاعل ، بما في ذلك الرابطة الهيدروجينية ، ورابطة فان دير فال ، والتفاعل الكارهة للماء إلى تنسيق tif أو jpeg.
- بعد اكتمال التجربة ، اغسل خلية العينة باتباع الخطوة 7.4.
8. التحليل الإحصائي
- قم بإجراء جميع التجارب في ثلاث نسخ متماثلة مستقلة (n = 3).
- تقديم البيانات التجريبية كوسيلة ± SD، وإجراء التحليل الإحصائي باستخدام برنامج التحليل الإحصائي المطلوب.
- استخدم اختبار t للطلاب غير المزاوجين ثنائي الطرف للمقارنة بين قيمتين متوسطتين أو تطبيق تحليل التباين أحادي الاتجاه (ANOVA) مع Dunnett لإجراء مقارنات متعددة بين قيم متعددة لقيمة تحكم. اضبط مستوى الأهمية على p ≤ 0.05.