1. أخذ عينات البعوض والفرز
- اصطياد البعوض البالغ من خلال الفخاخ الخفيفة MXA-02 أو مصائد بعوض ثاني أكسيد الكربون في الحقل.
- قتل البعوض الذي تم جمعه عن طريق غمس النيتروجين السائل10،11. نقلهم إلى المختبر بواسطة النظام اللوجستي لسلسلة التبريد12.
ملاحظة: تم استخدام الثلج الجاف بشكل أساسي في النظام اللوجستي لسلسلة التبريد.
- (اختياري) إذا كانت مواقع العينات بالقرب من المختبر ، أرسل البعوض الحي مباشرة في الفخاخ الشبكية إلى المختبر والقتل الرحيم عن طريق التجميد عند ≤-20 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة4.
- قم بإجراء تحديد مورفولوجي للبعوض الذي تم جمعه من خلال كتاب الأدوات13 لتصنيف وتحديد البعوض.
ملاحظة: إذا لزم الأمر ، يمكن استخدام الترميز الشريطي للحمض النووي لتصنيف وتحديد البعوض14،15.
- بناء على تواريخ ومواقع أخذ العينات ، قم بتعيينها في تجمعات مختلفة ، ثم قم بتخزينها في أنابيب 2-5 مل.
- ارسم جدولا لتسجيل كل أنبوب مع أنواع البعوض والرقم ورمز أخذ العينات والتاريخ والمواقع.
- اطبع الملصقات مع رموز أخذ العينات وأرفقها بالأنابيب.
- احتفظ بالأنابيب مع عينات البعوض عند -80 درجة مئوية حتى إجراء مزيد من التحليل.
2. طحن البعوض
- ضع 20-50 بعوضة في كل أنبوب معقم سعة 2 مل مع خرز خزفي 3 مم مع 1.5 مل من وسط معهد روزويل بارك التذكاري (RPMI) يحتوي على 2٪ محلول بنسلين-ستربتومايسين-أمفوتريسين ب.
ملاحظة: احتفظ بالأنابيب على صينية ثلج أو لطيفة.
- تجانس البعوض باستخدام خالط الأنسجة بدرجة حرارة منخفضة عن طريق الطحن لمدة 30 ثانية عند 70 هرتز عند 4 درجات مئوية لمدة ثلاث دورات16.
- أجهزة الطرد المركزي في الخلائط عند 15000 × جم لمدة 30 دقيقة عند 4 درجات مئوية ونقل المواد الطافية إلى أنابيب جديدة.
- أجهزة الطرد المركزي مرة أخرى عند 15000 × جم لمدة 10 دقائق عند 4 درجات مئوية لإزالة حطام البعوض12,17.
ملاحظة: إذا لزم الأمر ، يمكن تصفية المواد الطافية باستخدام مرشحات 0.22 ميكرومتر.
- قم بقسمة المواد الطافية (P0) في أنابيب تخزين بغطاء لولبي سعة 2 مل (200 ميكرولتر لكل أنبوب) وتخزينها في -80 درجة مئوية.
3. إعداد الخلايا ووسط صيانة زراعة الخلايا
ملاحظة: تم استخدام خط خلية البعوض C6/36 (Aedes albopictus RNAi-ناقص) وخط خلايا الفقاريات BHK-21 (كلية الهامستر الصغيرة) لتضخيم الفيروس وعزله.
- تلقيح 1 × 106 خلايا C6 / 36 في دورق 75 سم 2 مع 10 مل من وسط RPMI المكمل بمصل بقري جنيني 10٪ (FBS) و 1٪ بنسلين / ستربتومايسين (P / S) عند 28 درجة مئوية في حاضنة مرطبة بنسبة 5٪ CO2.
- تلقيح 1 × 106 خلايا BHK-21 في قارورة 75 سم 2 مع 10 مل من وسط النسر المعدل من Dulbecco (DMEM) المكمل ب 10٪ FBS و 1٪ P / S عند 37 درجة مئوية في حاضنة مرطبة بنسبة 5٪ CO2.
ملاحظة: تم تمرير الزنازين مرتين أو ثلاث مرات في الأسبوع17,18.
- زرع الخلايا المستزرعة في قارورة 75 سم2 (خلايا C6 / 36 أو BHK-21) في ألواح 24 بئر (C6 / 36 لكل بئر: 1.4 × 105 ؛ BHK-21 لكل بئر: 0.8 × 105).
- ضع الألواح المكونة من 24 بئرا على حرارة 28 درجة مئوية أو 37 درجة مئوية طوال الليل.
- راقب الخلايا الموجودة تحت المجهر وتأكد مما إذا كان التقاء الخلايا في كل بئر هو 80٪ -90٪.
- تحضير وسط صيانة زراعة الخلايا (500 مل).
ملاحظة: بالنسبة ل C6/36 ، كان الوسط عبارة عن متوسط RPMI مكمل بمحلول FBS 2٪ و 2٪ محلول البنسلين - الستربتومايسين - الأمفوتريسين B. بالنسبة ل BHK-21 ، كان الوسط عبارة عن وسط DMEM مكمل بمحلول FBS 2٪ و 2٪ محلول البنسلين - الستربتومايسين - الأمفوتريسين B.
4. عزل الفيروسات
ملاحظة: نفذت جميع الخطوات في مختبر السلامة الأحيائية من المستوى 2 (BSL-2). تم تحديد متطلبات مستوى الأمان لمختبر السلامة الأحيائية من خلال تقييم مخاطر السلامة الأحيائية بناء على لوائح البلدان والمناطق المختلفة. يجب تنفيذ العملية في خزانة السلامة البيولوجية.
- قم بإزالة وسط زراعة الخلايا من ألواح 24 بئرا وأضف 100 ميكرولتر من وسط صيانة زراعة الخلايا و 100 ميكرولتر من طاف تجانس البعوض (P0) إلى كل بئر.
- احتضن الألواح على حرارة 28 درجة مئوية أو 37 درجة مئوية لمدة 60 دقيقة ورجها برفق كل 15 دقيقة لمنع جفاف الخلايا.
- قم بإزالة المادة الطافية وشطف كل بئر برفق باستخدام 600 ميكرولتر من وسط صيانة زراعة الخلايا لإزالة الحطام تماما.
- أضف 800 ميكرولتر من وسط صيانة زراعة الخلايا إلى كل بئر واحتفظ بالألواح في حاضنة مرطبة بنسبة 5٪ CO2 عند 28 درجة مئوية أو 37 درجة مئوية لمدة 7 أيام.
- مراقبة حالة الخلية لكل بئر تحت المجهر يوميا15.
- جمع المواد الطافية للخلايا (الطافات P1)في اليوم السابع وتخزين المواد الطافية في -80 درجة مئوية.
- كرر الخطوات 4.1-4.6 2x للحصول على طاف P2 و P3.
ملاحظة: في الخطوة 4.3 ، كان شطف كل بئر برفق باستخدام 600 ميكرولتر من وسط صيانة زراعة الخلايا اختياريا ل P2 و P3.
- اعتمادا على أي بئر يظهر التأثير الممرض للخلايا (CPE) - تموت الخلايا ، pyknosis ، وتنفصل عن السطح ؛ الانصهار مع الخلايا المجاورة لتشكيل syncytia. أو ظهور أجسام التضمين النووية أو السيتوبلازمية - أضف 300-400 ميكرولتر من طافية بئر CPE هذا في كل بئر من الألواح الجديدة المكونة من 6 آبار والتي تحتوي على خلايا (كان التقاء الخلايا 80٪ -90٪) لتضخيم الفيروسات بشكل كبير.
- اجمع المواد الطافية وقسمها في أنابيب تخزين بغطاء لولبي سعة 2 مل (500 ميكرولتر لكل أنبوب). قم بتخزينها في درجة حرارة -80 درجة مئوية.
ملاحظة: بعد ثلاثة أجيال من المرور المتتالي في الخلايا ، تم التخلص من العينات التي لم تحفز CPE. إذا لزم الأمر ، يمكن زيادة أجيال المرور المتتالية في الخلايا.
5. الكشف عن التسلسلات الفيروسية بواسطة RT-PCR
- استخراج إجمالي الحمض النووي الريبي من 200 ميكرولتر من المادة الطافية الفيروسية باستخدام مجموعة صغيرة من الحمض النووي الريبيالفيروسي 16.
ملاحظة: هنا ، تم استخدام نظام استخراج الحمض النووي الآلي لاستخراج إجمالي الحمض النووي الريبي باتباع تعليمات الشركة المصنعة للأداة.
- قم بتحويل الحمض النووي الريبي إلى cDNA باتباع تعليمات مجموعة RT-PCR باستخدام أداة تفاعل البوليميراز المتسلسل.
- أضف 15 ميكرولتر من الحمض النووي الريبي الممزوج ب 1 ميكرولتر من البادئات العشوائية في أنبوب PCR. ضع الأنبوب على حرارة 70 درجة مئوية لمدة 5 دقائق ثم ضعه على الثلج لمدة 5 دقائق.
- أضف 5 ميكرولتر من 5x buffer و 25 ميكرولتر من الخليط (10 mM dNTP ، 40 U / μL مثبط RNase ، و 200 U / μL M-MLV) في الأنبوب وضع الأنبوب عند 42 درجة مئوية لمدة 60 دقيقة و 95 درجة مئوية لمدة 10 دقائق.
- قم بتخزين الأنبوب في درجة حرارة -20 درجة مئوية.
- استخدم مجموعة PCR والبادئات العامة (الجدول 1) للكشف عن الفيروسات بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل.
- بالنسبة للفيروسات المنقولة بالمفصليات ، قم بإعداد نظام تفاعل تفاعل تفاعل البوليميراز المتسلسل (إجمالي 30 ميكرولتر) بالمكونات التالية: 3 ميكرولتر من 10x Taq buffer ، 3 ميكرولتر من dNTP (1 mM) ، 1 ميكرولتر من التمهيدي الأمامي (10 ميكرومتر) ، 1 ميكرولتر من التمهيدي العكسي (10 ميكرومتر) ، 0.3 ميكرولتر من Taq (10 U / μL) ، 19.7 ميكرولتر من ddH 2 O ، و2ميكرولتر من cDNA.
- للكشف عن الفيروسات المصفرة ، قم بإعداد عملية التفاعل على النحو التالي: المرحلة 1: 35 دورة من 94 درجة مئوية لمدة 30 ثانية ، و 52 درجة مئوية لمدة 30 ثانية ، و 72 درجة مئوية لمدة 30 ثانية ؛ المرحلة 2: 72 درجة مئوية لمدة 10 دقائق.
- للكشف عن فيروسات ألفا ، قم بإعداد عملية التفاعل على النحو التالي: المرحلة 1: 35 دورة من 94 درجة مئوية لمدة 30 ثانية ، و 50 درجة مئوية لمدة 30 ثانية ، و 72 درجة مئوية لمدة 30 ثانية ؛ المرحلة 2: 72 درجة مئوية لمدة 10 دقائق.
- للكشف عن فيروسات bunyavirus ، قم بإعداد عملية التفاعل على النحو التالي: المرحلة 1: 35 دورة من 94 درجة مئوية لمدة 30 ثانية ، و 50 درجة مئوية لمدة 30 ثانية ، و 72 درجة مئوية لمدة 30 ثانية ؛ المرحلة 2: 72 درجة مئوية لمدة 10 دقائق.
- الكشف عن منتجات تضخيم PCR بنسبة 1 ٪ هلام الأغاروز الكهربائي وإرسالها لتحليل التسلسل.
ملاحظة: إذا سمحت الظروف ، يمكن أن تخضع المواد الطافية لتحليل تسلسل الجيل التالي لتحديد الفيروسات الجديدة والحصول على تسلسل الجينوم الفيروسي بالكامل.